CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_LS398548	Orientia tsutsugamushi isolate Karp chromosome I	7 crisprs	RT,DEDDh	9	4	14	1

1. NZ_LS398548

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_LS398548_1

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_1
• CRISPR_location: 280424-280506
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398548_1

Consensus_repeat	Method
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398548_1

>1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder
AACTAAAGGCATAGCTAAAGGCATAGCTAAAGGCATA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_1

>merge|NZ_LS398548|1|280424-280506|CRISPRCasFinder
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGCTAAAGGCATAGCTAAAGGCATAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGA

>NZ_LS398548|1|1|280424-280506|CRISPRCasFinder
GATGAAGGTATAGAGATTGGTGA	AACTAAAGGCATAGCTAAAGGCATAGCTAAAGGCATA
GCTGAAGGTATAGAGATTGGTGA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_045912344.1|276393_276939_-|peptide-deformylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234668
NZ_LS398548.1|WP_045912256.1|287474_289055_-|lysine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234829
NZ_LS398548.1|WP_174197561.1|267865_268009_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912343.1|275473_276397_-|methionyl-tRNA-formyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234567
NZ_LS398548.1|WP_012461847.1|289193_289742_+|disulfide-bond-formation-protein-B	unknown	unknown	gnl|CDD|376848
NZ_LS398548.1|WP_045912336.1|265108_266125_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|223566
NZ_LS398548.1|WP_045912263.1|284072_285626_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|182731
NZ_LS398548.1|WP_045912253.1|291070_291844_+|phosphatidylcholine/phosphatidylserine-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|224104
NZ_LS398548.1|WP_045912341.1|271981_272476_-|ribosome-maturation-factor-RimM	unknown	unknown	gnl|CDD|234650
NZ_LS398548.1|WP_045912258.1|285706_286456_+|triose-phosphate-isomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|238190
NZ_LS398548.1|WP_045912255.1|289704_290250_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|153101
NZ_LS398548.1|WP_045912261.1|281902_282928_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912257.1|286461_286755_+|preprotein-translocase-subunit-SecG	unknown	unknown	gnl|CDD|235881
NZ_LS398548.1|WP_045912342.1|272644_275176_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379224
NZ_LS398548.1|WP_045912340.1|270805_271762_-|malate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|133424
NZ_LS398548.1|WP_045912254.1|290326_291019_+|phosphatidylserine-decarboxylase	unknown	unknown	gnl|CDD|235400
NZ_LS398548.1|WP_045912337.1|266121_267027_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223268
NZ_LS398548.1|WP_081420653.1|278515_279610_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NZ_LS398548.1|WP_045912339.1|268346_270713_-|type-I-DNA-topoisomerase	unknown	unknown	gnl|CDD|235840
NZ_LS398548.1|WP_045912259.1|283454_284036_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_045912344.1|276393_276939_-|peptide-deformylase	gnl|CDD|234668	PRK00150, def, peptide deformylase; Reviewed.	1.63026e-74
NZ_LS398548.1|WP_045912256.1|287474_289055_-|lysine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234829	PRK00750, lysK, lysyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_LS398548.1|WP_045912343.1|275473_276397_-|methionyl-tRNA-formyltransferase	gnl|CDD|234567	PRK00005, fmt, methionyl-tRNA formyltransferase; Reviewed.	1.07456e-151
NZ_LS398548.1|WP_012461847.1|289193_289742_+|disulfide-bond-formation-protein-B	gnl|CDD|376848	pfam02600, DsbB, Disulfide bond formation protein DsbB. This family consists of disulfide bond formation protein DsbB from bacteria. The DsbB protein oxidizes the periplasmic protein DsbA which in turn oxidizes cysteines in other periplasmic proteins in order to make disulfide bonds. DsbB acts as a redox potential transducer across the cytoplasmic membrane and is an integral membrane protein. DsbB posses six cysteines four of which are necessary for it proper function in vivo.	1.07088e-28
NZ_LS398548.1|WP_045912336.1|265108_266125_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase	gnl|CDD|223566	COG0492, TrxB, Thioredoxin reductase [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones].	4.18694e-63
NZ_LS398548.1|WP_045912263.1|284072_285626_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|182731	PRK10788, PRK10788, periplasmic folding chaperone; Provisional.	1.51237e-25
NZ_LS398548.1|WP_045912253.1|291070_291844_+|phosphatidylcholine/phosphatidylserine-synthase	gnl|CDD|224104	COG1183, PssA, Phosphatidylserine synthase [Lipid metabolism].	6.31771e-47
NZ_LS398548.1|WP_045912258.1|285706_286456_+|triose-phosphate-isomerase	gnl|CDD|238190	cd00311, TIM, Triosephosphate isomerase (TIM) is a glycolytic enzyme that catalyzes the interconversion of dihydroxyacetone phosphate and D-glyceraldehyde-3-phosphate. The reaction is very efficient and requires neither cofactors nor metal ions. TIM, usually homodimeric, but in some organisms tetrameric, is ubiqitous and conserved in function across eukaryotes, bacteria and archaea.	3.30558e-79
NZ_LS398548.1|WP_045912255.1|289704_290250_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein	gnl|CDD|153101	cd01042, DMQH, Demethoxyubiquinone hydroxylase, ferritin-like diiron-binding domain. Demethoxyubiquinone hydroxylases (DMQH) are members of the ferritin-like, diiron-carboxylate family which are present in eukaryotes (the CLK-1/CAT5 family) and prokaryotes (the Coq7 family). DMQH participates in one of the last steps of ubiquinone biosysnthesis and is responsible for DMQ hydroxylation, resulting in the formation of hydroxyubiquinone, a precursor of ubiquinone. CLK-1 is a mitochondrial inner membrane protein and Coq7 is a proposed interfacial integral membrane protein. Mutations in the Caenorhabditis elegans gene clk-1 affect biological timing and extend longevity. The conserved residues of a diiron center are present in this domain.	3.12595e-66
NZ_LS398548.1|WP_045912341.1|271981_272476_-|ribosome-maturation-factor-RimM	gnl|CDD|234650	PRK00122, rimM, 16S rRNA-processing protein RimM; Provisional.	7.21327e-50
NZ_LS398548.1|WP_045912257.1|286461_286755_+|preprotein-translocase-subunit-SecG	gnl|CDD|235881	PRK06870, secG, preprotein translocase subunit SecG; Reviewed.	3.73812e-12
NZ_LS398548.1|WP_045912342.1|272644_275176_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein	gnl|CDD|379224	pfam13502, AsmA_2, AsmA-like C-terminal region. This family is similar to the C-terminal of the AsmA protein of E. coli.	7.60664e-16
NZ_LS398548.1|WP_045912340.1|270805_271762_-|malate-dehydrogenase	gnl|CDD|133424	cd01339, LDH-like_MDH, L-lactate dehydrogenase-like malate dehydrogenase proteins. Members of this subfamily have an LDH-like structure and an MDH enzymatic activity. Some members, like MJ0490 from Methanococcus jannaschii, exhibit both MDH and LDH activities. Tetrameric MDHs, including those from phototrophic bacteria, are more similar to LDHs than to other MDHs. LDH catalyzes the last step of glycolysis in which pyruvate is converted to L-lactate. MDH is one of the key enzymes in the citric acid cycle, facilitating both the conversion of malate to oxaloacetate and replenishing levels of oxalacetate by reductive carboxylation of pyruvate. The LDH-like MDHs are part of the NAD(P)-binding Rossmann fold superfamily, which includes a wide variety of protein families including the NAD(P)-binding domains of alcohol dehydrogenases, tyrosine-dependent oxidoreductases, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases, formate/glycerate dehydrogenases, siroheme synthases, 6-phosphogluconate dehydrogenases, aminoacid dehydrogenases, repressor rex, and NAD-binding potassium channel domains, among others.	2.13512e-173
NZ_LS398548.1|WP_045912254.1|290326_291019_+|phosphatidylserine-decarboxylase	gnl|CDD|235400	PRK05305, PRK05305, phosphatidylserine decarboxylase family protein.	1.81543e-109
NZ_LS398548.1|WP_045912337.1|266121_267027_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase	gnl|CDD|223268	COG0190, FolD, 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/Methenyl tetrahydrofolate cyclohydrolase [Coenzyme metabolism].	5.17382e-116
NZ_LS398548.1|WP_081420653.1|278515_279610_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	6.08528e-12
NZ_LS398548.1|WP_045912339.1|268346_270713_-|type-I-DNA-topoisomerase	gnl|CDD|235840	PRK06599, PRK06599, DNA topoisomerase I; Validated.	0

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_081420653.1|278515_279610_+|toprim-domain-containing-protein
MAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITYNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVETIVVNKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNDKDEITGAKILALNSKTCNKADVAEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIQQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPSPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQQRLCPKH
>NZ_LS398548.1|WP_045912344.1|276393_276939_-|peptide-deformylase
MSILSLITAPDPILKKVASPVDTVNDSIRQLMDDMLETMYHNHGVGLAAPQVAVSKRIIVLDLSKVDIKEDNITNSEYKYPLFMVNPIVKAISNQTVTAKEGCLSLPKQAIEVSRYHEIQVTYLDYYNNLKTLNAEGWLARAIQHEVDHLDGILLVDYLSNLKKEAALNTLSKIKDAAYDK
>NZ_LS398548.1|WP_045912343.1|275473_276397_-|methionyl-tRNA-formyltransferase
MKIIFMGSPEFAIPALKELVLSRHNVIAVFTSKPKKRDRYLNIQRSPIHKLASALSIPVYTPDSLKTNDVQNLIATLDADVIVVAAYGLIIPQAILKMKKYGCINIHPSMLPKYRGAAPIQRTIINGEKETAVCIIQMDQGVDTGDIILSQKFHLAKNICFSELHDQCAKVGAKLVVKAINYIHTLPRIPQSQYGASYAHKLSKSESKINWHESAYTIDCKIRGMNPWPGTFFTYNNCNIKVLKSKIVNNSHNLQPGTVQVVNNGKLLVACQKHFLELLSLQLPGRKELSSSQFLCGYHILPDTVLP
>NZ_LS398548.1|WP_045912342.1|272644_275176_+|AsmA-like-C-terminal-region-containing-protein
MRKKNYFFTIALLLLIGSILSIYLFNYNRLSKQVEQFVLSNKKLSFNTNLEFKNFPVPQVCVDNLSVDNKHFLIKKVKIYFSPLSLLIFRPVISHLVIEDANIMIDRPRFDYMVNLIDSIYEFLPGSYDIQMKNVNCVNSNSNIIRTVNELSANLVSDHYQIQGVFDGIHKVKGVLPCENQQEINLDFSSVNYVFTFKGVLNKHQLPVGNCKLLVKDLSSFINSYYYDIDSILTKFNTNEHVEIIFDTEITDQMMSIKNLKINSDSIEAVGTLTFFNDTHTADVISIAFNKLIMNQLFSGNGSSNIAGFQSKKTMSIPTTDSNIAITAKEVIIYDEKFTNISFVSEVRNQIMNISNFSGVINSGGNFQMVGTVKQNQYRSLFEGQVKLEHRNINDLLSLLNLKNIAVNEVQPMLFESNVRSTIIDHQLYDINMQIGKARVQGSMYNKSIGNNLSRIYTRLTLFDFNFNKSNYPLISSLLEYYQSLGTGIEEHNYLMKFVPLNTINYNACFFLNFKSVTFKGRETPNKLAVLVYLSPGQINVDNFYYGDEKNHLIGKVSLYTKDIKPRIDIAIDKGELYLNTDNSQLFDNMKKIINKLKYNKVVVNLNTNLQKFSYNDKLIQDFISKFSVQDSIVQVKDINCSIDNGEFQAKGSILMSPLAMTLVYAYNSFYIPTFSFILQDKESFLPKGFASMQGTITTNGENLADIMNNFNVTAKFVAKDVEITDISLDYLIDRVTQNNYVYDNLKKDINIAANHGKTIFQTVEGDFKLHKNAWQFSNYKLNTKQLNGEGTGLIRLDQSKLEFNSYLNINSTKNRNNLSNQKLYLKVNGSYDKPIKTIQFYH
>NZ_LS398548.1|WP_045912341.1|271981_272476_-|ribosome-maturation-factor-RimM
MSSESKLIPIGIISSPYGIRGQVAIKSFTDPASNILNYELKDYRKNIIKIHSAKILSKKIICNIDQIVTRTAAEQLARTKLYIYKHELPQLPDSEYYVANLNGIKVKNLEGEIIGKINNICNYNAGDIIEVVYNDGKKIMYPFTNEIFPQITEDFVVIVPPEFI
>NZ_LS398548.1|WP_045912340.1|270805_271762_-|malate-dehydrogenase
MSYKAKISIIGAGNVGATLAHLIAVKELGDVVIVDKTKAVAQGKALDISQSMGIGKSCINITGTNNYQEIQDSNVVIVTAGIARKPGMSRNDLVNTNAQIMIDIAAQIKYYSSNALVIVVTNPLDAMVWVMQKNLSFDHQKVIGMAGVLDSIRFKYFLSQEFGVSINNVNAMVLGGHGDTMIPLVKYSTIAGIPIMELVKMGWSTKERIDQIVQRTRDGGKEIVSLLQKSSAYYAPAAATMTMVESYLKDQKQILACSVYVENYYSIKSEGLYIGMPVVIGKNGVEKIIKLELTEIEQHAFTQSVNAVRELITTVQEL
>NZ_LS398548.1|WP_045912339.1|268346_270713_-|type-I-DNA-topoisomerase
MKLLIVESPAKAKTINKYLGSDFQVVASYGHVRDLLAKAGSVLPEQDFLIKYEINPKSTRHIKTICDLAKKSECIYLATDPDREGESISWHIVEVLKEKKIFANFKRIIFNEITKKAVSDALQQPRDINLNLVNAQQARRSLDYLVGFSLSPLLWRKLPGCKSAGRVQSVGLRLICEREEEISKFISQEYWNIHIDMISNKDEIVTAKLIEFDGNKLEKFSITNQSQAQDIVKNIENQQFKVIDITRKQRKKSPPPPFITSSLQQEAAGKLGFTAKKTMTIAQKLYEGIDLNNESTALITYMRTDSVMLSKDFIDETRNFISSSFGNNYLPKQIRAFKSKVKNAQEAHEAIRPININLTPELLLNKIEKDYLKLYELIWQRTVACQMENVILNLESINFASFNQLHVAKATGSTIAFDGFYKVYKEINDEEENKKLLPNLSQNEVMQVKNILPKQHFTEPPPRYSEATLVKTLEDLGIGRPSTYATIISVLQERDYVILDQKRFIPQNKGRLVTAFLTAFFKKYVEYDFTAKLEDQLDSIAKGMIGWQEILKNFWTGFNNNVQEIEQYKITDIIPQIETLLSNFLFPAQNDETNHKLCTLCKVGKLSLKLSKYGAFLACDNYPSCNFTRNIAAAFENNDNLPKGKNNKAIGYSDDMQKTIYLKEGPFGWYIQAGEDSTNKNDKPKRVPISVISSSPQDITLETAVKLLALPKVIGLNPNTNKEITVAVGRYGPYLKHDGKFISIPKNYDYLNLSINDCIKIITSTSPQLRKTKKDASTNSDKVAKSKS
>NZ_LS398548.1|WP_174197561.1|267865_268009_+|hypothetical-protein
MKTIKIINVKVILVKLYMLIVTRCKRIIATPKQDSPNIKIRLFIMGI
>NZ_LS398548.1|WP_045912337.1|266121_267027_+|bifunctional-5,10-methylenetetrahydrofolate-dehydrogenase/5,10-methenyltetrahydrofolate-cyclohydrolase
MTVIMDGKKLAELRLVETKNDLLALKDKYQITVKLVIILVGNNDASLIYVNNKVAKAKAIGMDSEIIRLFEFIEEKKLLSVIDDLNCDSTVHGIIVQLPLPPHIDALKIFARIDSRKDVDGLNPINIGYLNIGANHGLIPCTALGCIDLLQYYVTDLKGKHVVVIGKSNIVGKPLSALLLRHSCTVTICHSATVDLALHTRTADIVISAVGKANFLTDKHFSGNLAFIDVGISHIYDLQTHKRKLVGDGDFLKIKDLVKFITPVPGGVGPMTVAYLLKNTLTAAKLIYASIIDNDNEKRLC
>NZ_LS398548.1|WP_045912336.1|265108_266125_+|NAD(P)/FAD-dependent-oxidoreductase
MLSKNVHTTDVVIVGAGPVGLFAVFQAGMLEMKCHVVDALDCIGGQCVTLYPDKPIYDIPAYPVITAAELIEQLKQQSAPFDTVYHLGQQVIGCKIDNDMITITTSAEQVICAKSLIIAAGCGAFKYKRLALDNIEAFENKTVFYSVKDKNKFINKKVVIAGGGDSAIDWTLLLSDVAEVIYLVHRRENFRCAPHSLNQIKQLAECGKVQMIVPYQLAKLTGENGLLKEVLVTNFDGGAQTLPADYLLAFFGLAADLGPIHKWGLKTDLRRIEVNSITYETTVPGIYAIGDVASYPGKLKLILTGFAEAATAMSHCYQRVFGKKLHFQYSTVKGVLRS
>NZ_LS398548.1|WP_045912261.1|281902_282928_+|hypothetical-protein
MKNFTHLIQQLSHTQEDCILVKSKEQLPTNIAYNSDSHSLGLPQYNICNQIFIKLQGYLYQLSQCIWSPPSNESNSTVYSMDCSEAFGFSVNNDTKIDIDDEKYALRLISPEANEWIKKNACETIKNCTSNALDAISSEIIAYNKEAANEKYEPSISHNAQYAIIGASVVSAGLAIWGAKYCITKYQEYRRNKQKIDLISHVSKDYDDNAEKEPCISSTSERNIVNISKTDSFTEAKAFNLNAEPGSAHAIELIIHKSSQTNDFSTDVNLALQELRWSEDNDNYNEITTYTSSFDNVIKKAKHITTHADIHHSEAVKSFELSTNVVGEIKENIYESLDNIS
>NZ_LS398548.1|WP_045912259.1|283454_284036_+|hypothetical-protein
MFKRLRNALQLKPATFRPASSPAVAEAHESTEARENQKVQQQNENSFGVAASSGPKPEKHVSFSDNVKVKVRTPSPISSTSPSCNPESSFIFPETPTEQSPSIPSSSILARYYASSESTATSPETQHNPKSGIFKGKTLEQRMKMLCEANLVSQGILPKPDSTDDQAENSDQCSGEELSVDVAGACGGYDHDG
>NZ_LS398548.1|WP_045912263.1|284072_285626_-|SurA-N-terminal-domain-containing-protein
MLNKLRTASHSIAFKILILILILASVFWSIGTMFHSNDNRSDIVTFSKAKNITKSEFMQALKLAMHQIPQNSDQNLLTQNNIRELVLNNLISTHVLEQLAHEYNLTLSTAAVFKFIQNSKAFNNNQNFDINIFRNILKNLHISEPQYFDQAAKQQLSEILLRQFINNNYVPSILTKNIINLSAETRNIQLVSIDLQNEQLQPTLDSPSSEQLQEFYNNNQSKFEKPEQRHISYIVLDNNYFKNKVIVDNKSLEEFYRTHSDQFSEKNSFTKNIAEVREKYVNHQVDKLFNDTITLLEDEVASGSNSSEIAKMLNVKLLTLNNVTKQKLANNKILSNVADAIFALEEHETSYPLDVSSKMLIIVSIQKIIPSAVEKFDNVLNQVQEEWKKNTIRERNIELLNKFQQTTNADNFIADAKKYKLTVKPNVIVTRLNNNTIELPKEFVEQLLTLKKHQVSNVFISTSNQHAYVALISAITTDRDLTTKFLSLTEDIKGSFKNLVYHELVTYLYNLYKGEVK
>NZ_LS398548.1|WP_045912258.1|285706_286456_+|triose-phosphate-isomerase
MESIVVSNWKMHFSFSEACNYLNLITSLNSNLNIARMIFAVPNLYLSGLKLKFNDTYHFSAQDVSMITESSGPYTGEISASMLKNLNVNYAIVGHSERRLLFYEDANTIALKVRNCINNAIIPIVCIGEPIEARKNKTYLQYIAQQLSSISFSFTKNIIIAYEPVWSIGSGMIPTIDDIYEVVTMIREIQNRHIPHNIENSVKIVYGGSVSANNINQILTAGVDGVLIGKASLKLENLTTIIKTVQGLD
>NZ_LS398548.1|WP_045912257.1|286461_286755_+|preprotein-translocase-subunit-SecG
MMNILLFIHIVISVLLVTAILLHKTGADSLSGLSGRNEGIGIVTSKAATSFLTRIIVILATCFFINAIILANLSSKKNTSITDKLQLQDSNTVSLAK
>NZ_LS398548.1|WP_045912256.1|287474_289055_-|lysine--tRNA-ligase
MLEFLNHAMQSKAWPFIEAQKILNKLNYKVPSKGYVLFETGYGPSGLPHIGTFSEVARTVMVIEAFKQLSNIPTKLICFSDDMDGLRKVPTNLPNQDMLKKHLDKPLTSIPDPFNEAKSYGDYMNGKLIQFLNTFNFTYEFYSATKCYNSGMFDKMLLKVLANYEKIMEIMLPTLREERQATYCPFLPVCPETGKILQIPAIKVNKDAGTITFQNHNTGKIFETEVTKGRCKLQWKPDFAMRWAALEVDYEIYGKDHMINQHIYSKICQALDGIPPIQFFYEFFLDDTGDKISKSKGNSITVEQWLTYAPMESMLLFIYQSPTKAKRLHFNVIPKNVDDYLAFIKKYHQTDDQVARLANPVYHIHLGKVPNIDTYNLNFSLLLNLASVCNPENKSVLWGFINKYAPDASAISCPYLDQLIEFAIRYYNDYVKVQKKYLIPSIQQRTILEQIDLTLTDLYEADAETIQSAIYKIGINNGYDGNLRSYFQELYQILLGQLDGPRLGSFIKLFGIDNTKALIKEKLTNN
>NZ_LS398548.1|WP_012461847.1|289193_289742_+|disulfide-bond-formation-protein-B
MIDTILKGLILNSYRRFFIVLAIVPVVSLSFAYYVEYILEVAPCTLCTYQRWPYYMLFFLSILGISFSRLSNILHKVIILNFVISALISGYHYGIEKEIFSEPKTCKVNTIMSENLSVKERIKLLETIPVVKSCKAVPFKIMNMSMAVMNFLWSILLLLFCCIVNLYYCKYAKANICSRSSC
>NZ_LS398548.1|WP_045912255.1|289704_290250_+|demethoxyubiquinone-hydroxylase-family-protein
MPRPIFVQDRHAKITEMIRVNYAGEYGACRIYKGQINFINNKTCKAQIISMLEHEEEHCAFFAKQIQNRKIRPTCFMPLWHVFGYISGAITAITGPKFAMLYTEAVENAIDQHYQDQIRQLELIFAEREKKLTIAIKRFHQEEIEHKIIAKTYYNELSKIGIVFKNLVESICNVAICLSKK
>NZ_LS398548.1|WP_045912254.1|290326_291019_+|phosphatidylserine-decarboxylase
MPIQDFSKIIHKEGYIFIVISAAVTFLLASFSAALGWMGALATIFCVYFFRNPNRVVPKDSGLVISPADGRIQSILHAMPPPELGLLEEEMLKISIFLGVLDVHVNRIPADGKIVSLNYNPGKFINASFDKASIHNERQSVVMETTDKQTIVFVQIAGFIARRIVCDLEEGNEVSAGDRFGIIRFGSRVDIYLPKKTVPLVAVGQSCIGGETILADFKSKRIAPSKYDTK
>NZ_LS398548.1|WP_045912253.1|291070_291844_+|phosphatidylcholine/phosphatidylserine-synthase
MGKYQLFKKPKLSYPMPFIKLFPSIITLLGLSIGVSSIRYALDSKWEIAVVCILIAVVVDGIDGRIARLLNATSTFGAELDSLCDFVNFGLSAALVTYLWLAPTQQQKLVSWISVLVFVICIAIRLARFNIGILNNEPSNKKKYFFVGVPAPVGALLCLMPVMLDFDILPIWNLQIKNYKLCINIYLLIVGFLMASRIPTFSIKNIVIRPQYIWICLLLFATIGVTLLIYPWYIIPAFALSYIISIPVSIVIARRIN

Crispr_ID: NZ_LS398548_2

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_2
• CRISPR_location: 318163-318242
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
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Consensus repeat of NZ_LS398548_2

Consensus_repeat	Method
ATATCAAGAAGCAATAGAGAATTT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398548_2

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AATAAAGGAATTTCTTTATACCAATTAGGGCA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_2

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ATATCAAGAAGCAATAGAGAATTTAATAAAGGAATTTCTTTATACCAATTAGGGCAATATCAAGAAGCAATAGAGAATTT

>NZ_LS398548|2|2|318163-318242|CRISPRCasFinder
ATATCAAGAAGCAATAGAGAATTT	AATAAAGGAATTTCTTTATACCAATTAGGGCA
ATATCAAGAAGCAATAGAGAATTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_011944522.1|330625_330925_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064613025.1|319082_319985_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_080946435.1|316710_316971_-|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398548.1|WP_064613023.1|320103_320682_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_109510563.1|317296_318108_+|IS5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372649
NZ_LS398548.1|WP_045912241.1|310459_312670_-|polyribonucleotide-nucleotidyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|236995
NZ_LS398548.1|WP_081420649.1|328813_329032_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064613012.1|332248_333142_+|integrase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379139
NZ_LS398548.1|WP_162562999.1|329550_329721_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912872.1|323747_325010_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341039
NZ_LS398548.1|WP_045912242.1|309080_310328_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_109510565.1|328420_328747_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_012461867.1|313003_313273_-|30S-ribosomal-protein-S15	unknown	unknown	gnl|CDD|180170
NZ_LS398548.1|WP_045912871.1|325025_326429_+|sodium:pantothenate-symporter	unknown	unknown	gnl|CDD|271357
NZ_LS398548.1|WP_012461870.1|315085_315526_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|238045
NZ_LS398548.1|WP_081420648.1|329117_329432_-|conjugative-transfer-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377500
NZ_LS398548.1|WP_045912239.1|316218_316506_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_162562998.1|315826_315967_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912240.1|313296_314205_-|tRNA-pseudouridine(55)-synthase-TruB	unknown	unknown	gnl|CDD|179300
NZ_LS398548.1|WP_045912237.1|316974_317295_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|372224

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_064613025.1|319082_319985_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	6.31668e-48
NZ_LS398548.1|WP_080946435.1|316710_316971_-|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	1.2442e-28
NZ_LS398548.1|WP_064613023.1|320103_320682_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	2.06194e-31
NZ_LS398548.1|WP_109510563.1|317296_318108_+|IS5-family-transposase	gnl|CDD|372649	pfam13613, HTH_Tnp_4, Helix-turn-helix of DDE superfamily endonuclease. This domain is the probable DNA-binding region of transposase enzymes, necessary for efficient DNA transposition. Most of the members derive from the IS superfamily IS5 and rather fewer from IS4.	8.094e-16
NZ_LS398548.1|WP_045912241.1|310459_312670_-|polyribonucleotide-nucleotidyltransferase	gnl|CDD|236995	PRK11824, PRK11824, polynucleotide phosphorylase/polyadenylase; Provisional.	0
NZ_LS398548.1|WP_081420648.1|329117_329432_-|conjugative-transfer-protein	gnl|CDD|377500	pfam05309, TraE, TraE protein. This family consists of several bacterial sex pilus assembly and synthesis proteins (TraE). Conjugal transfer of plasmids from donor to recipient cells is a complex process in which a cell-to-cell contact plays a key role. Many genes encoded by self-transmissible plasmids are required for various processes of conjugation, including pilus formation, stabilisation of mating pairs, conjugative DNA metabolism, surface exclusion and regulation of transfer gene expression. The exact function of the TraE protein is unknown.	6.82795e-06
NZ_LS398548.1|WP_064613012.1|332248_333142_+|integrase-family-protein	gnl|CDD|379139	pfam13356, Arm-DNA-bind_3, Arm DNA-binding domain. This DNA-binding domain is found at the N-terminus of a wide variety of phage integrase proteins.	0.000110831
NZ_LS398548.1|WP_045912872.1|323747_325010_+|MFS-transporter	gnl|CDD|341039	cd17486, MFS_AmpG_like, AmpG and similar transporters of the Major Facilitator Superfamily. AmpG acts as an inner membrane permease in the beta-lactamase induction system and in peptidoglycan recycling. It transports meuropeptide from the periplasm into the cytosol in gram-negative bacteria, which is essential for the induction of the ampC encoding beta-lactamase. The AmpG family belongs to the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins, which are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.12449e-91
NZ_LS398548.1|WP_045912242.1|309080_310328_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	4.9677e-05
NZ_LS398548.1|WP_012461867.1|313003_313273_-|30S-ribosomal-protein-S15	gnl|CDD|180170	PRK05626, rpsO, 30S ribosomal protein S15; Reviewed.	8.13406e-47
NZ_LS398548.1|WP_045912871.1|325025_326429_+|sodium:pantothenate-symporter	gnl|CDD|271357	cd10322, SLC5sbd, Solute carrier 5 family, sodium/glucose transporters and related proteins; solute-binding domain. This family represents the solute-binding domain of SLC5 proteins (also called the sodium/glucose cotransporter family or solute sodium symporter family) that co-transport Na+ with sugars, amino acids, inorganic ions or vitamins. Family members include: the human glucose (SGLT1, 2, 4, 5), chiro-inositol (SGLT5), myo-inositol (SMIT), choline (CHT), iodide (NIS), multivitamin (SMVT), and monocarboxylate (SMCT) cotransporters, as well as Vibrio parahaemolyticus glucose/galactose (vSGLT), and Escherichia coli proline (PutP) and pantothenate (PutF) cotransporters. Vibrio parahaemolyticus Na(+)/galactose cotransporter (vSGLT) has 13 transmembrane helices (TMs): TM-1, an inverted topology repeat: TMs1-5 and TMs6-10, and TMs 11-12 (TMs numbered to conform to the solute carrier 6 family Aquifex aeolicus LeuT). One member of this family, human SGLT3, has been characterized as a glucose sensor and not a transporter. Members of this family are important in human physiology and disease.	2.80751e-44
NZ_LS398548.1|WP_012461870.1|315085_315526_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator	gnl|CDD|238045	cd00093, HTH_XRE, Helix-turn-helix XRE-family like proteins. Prokaryotic DNA binding proteins belonging to the xenobiotic response element family of transcriptional regulators.	1.39063e-11
NZ_LS398548.1|WP_045912240.1|313296_314205_-|tRNA-pseudouridine(55)-synthase-TruB	gnl|CDD|179300	PRK01528, truB, tRNA pseudouridine synthase B; Provisional.	1.9936e-97
NZ_LS398548.1|WP_045912237.1|316974_317295_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|372224	pfam12615, TraD_N, F sex factor protein N terminal. This domain family is found in bacteria, and is typically between 96 and 107 amino acids in length. The family is found in association with pfam10412. TraD is a cytoplasmic membrane protein with possible DNA binding domains. It is part of the bacterial F sex factor complex.	3.65787e-09

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_109510563.1|317296_318108_+|IS5-family-transposase
MLKELKDEKFRRLTGVRKRTFSKMVDILRKADGLKKSKGGRKNKLNLEEQLLMVLEYLREYRTYFHIGQNYGISESSAYKAVKWVEDTLVKHQNFALPGRKAIMKSDMNYEVVLIDATETPIERHKKKQKFYYSGKKNWHTLKTQIVVDKKTNQVICTDFSNYKKHDFRLFKKSKILIHPKVKVITDTGYQGIQKIHNNSELPKKKSKKNPLTKNDKKNNHGLAGARVVNENVIGMLKRFKIIADKYRNRRKRFSLRFNLISGIYNFELP
>NZ_LS398548.1|WP_045912237.1|316974_317295_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWIHLNAQDFLLESLIVFAIGVIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVGYKKNGLAKMLKRAKKASRICF
>NZ_LS398548.1|WP_080946435.1|316710_316971_-|Flp-pilus-assembly-complex-ATPase-component-TadA
MPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDSKCDKLLNSLEKIVSSGCLGMIVLKQLIFMI
>NZ_LS398548.1|WP_045912239.1|316218_316506_-|hypothetical-protein
MVFQHKVNNILGIEHMTLIDNLKLIRVDNLNTNIALALCNEEREFLAESKARYLINAGVIKPNSKKSQAMVDKDLLYWLRVSYSIEEYSFLYYGI
>NZ_LS398548.1|WP_162562998.1|315826_315967_-|hypothetical-protein
MKDSDFYLNKEILLVIKEALLQSIEQTLKDDFLDNSPLPLDIVEEL
>NZ_LS398548.1|WP_012461870.1|315085_315526_-|helix-turn-helix-transcriptional-regulator
MATSPNPNSNTKVDSIDLYVSKRLKMRRVILGLSQKKLAEAVDVSIQQIQKYEKSTNRISSGKLYSLANLLKVPIGYFFENASSYTDCKNNVNTISVFAEDQENFLSDDTVTEKEVLNLIKAFNEVKNSHVRKKIIDLVKSIKAME
>NZ_LS398548.1|WP_045912240.1|313296_314205_-|tRNA-pseudouridine(55)-synthase-TruB
MKSKINGWINLYKPAGISSAQAVAKIKHWLNLSKVGHAGTLDVEAEGVLPIAIGEATKLVQYLMEATKEYHFTMKFGTKTDSGDVSGKVVQVTSNIPTYDECLSVTKKFIGEIVQVPPSYSALKINGIRAYNLARSGHKVILSPRKVKIFSLKLESYDSINLTATYSTECSKGTYIRTLSQDIALCLQSLSFVVKLARTRVGCFNYKHGSLYLNALNSFSEAKTIAYLKDGIMDTKCVLSNIPSLSIDDVVARKIYFGQLVQLPRLHNCSLVWLQYNNQLIAIGKVEDGYFRSSKVFNFITL
>NZ_LS398548.1|WP_012461867.1|313003_313273_-|30S-ribosomal-protein-S15
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>NZ_LS398548.1|WP_045912241.1|310459_312670_-|polyribonucleotide-nucleotidyltransferase
MFNEILKKVDWHGNMLSLSTGKIARNADGAVLASMGNTSVLCTVVFDKNTKKDMDFFPLSVYYREMAYAAGKIPGGFIKKEGKFSEYEVLVSRLIDRSIRPLFDSNFRNDTQIICTVMSYDPRYSPDILAIIGSSAALAISGIPIIKPIGAARVGIVNDEFILNPVIHDNTGVNELDLVVAATFDSVTMIEAQACEIDEEKMLAAIEFGYKSLKPVINAIEEIKSSIRKDIFEVTARPHLRYNDEILKHFSSDIKSALLLQTKNERNQQLQLIQQKVVDYFSSEANDDDAILNIEKALDDAKSKIFRDLVLQDKTRIGNRAVDEIRPIICEAGLFNTVHGSALFTRGDTQSLATITLGSSTDEQIVEQLNKCERQNFLLDYIFLPYSVGEISPLRAASRREIGHGWLAKKAIQLVIPSKDVFPYTIRIVSEITQSDGSSSMATVCSASLSLMEAGVPIKTHVAGIAMGLVLGEGNKFEILSDISGCEDHLGDMDFKVASTKNGITALQLDIKVQGINLSMIESTFRQAKIGINHILNVMNNTISCPKSELSAYAPMVQTLEIQKEKIRDVIGLGGKVIKELCKTFDVEIDISENGEVKVWGNVGENVKKAVQNIENIVFVPQIGDIFDGEVVKVIESGAFIKYVTGRDGFVHISEINDTHIKDINAHVKLGDKVKVKIIGIDHKNRVKLTLRTDKEHCKNKNEQYNDITTTTGSVKKKIKIAPKEAAVISNRKYFD
>NZ_LS398548.1|WP_045912242.1|309080_310328_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MNPEDIALVQEVAELIQNRQHLQARILVKTRGGFSDNDAATSELYSRVPEELALEFVSFCENMENCKKSSRYAALFLNSDFPINEGDYCRRIAMDFYSQGKLSKQTANSVFGGMVVHPVIETVLIMNPHNASTSLLDTLLDYTINTNLRYQYKDDESKFEAKKMDLCNDYLRMVGISADNTNDYESKQRINCILENSGDPSKLINFDPNTVHILMFRLLDRNCKESAKLLLDSGLDVSALQEKYSRTGWLTILDAAIDRGNYDCAKILVQRGVDIVDDHSNNMSSEMKALCNTHQFLKNTGYFKEHKSIPDQMLDDSLKISSFITQDKSLRDNCWPALKSSVNSETLLSQMAYEFRCDKSLLPYFIELTQLELSELQLQSAASIDADNKECSSTTHRDKYTSRKSSPSTTDLGLK
>NZ_LS398548.1|WP_064613025.1|319082_319985_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNREITEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKDRVEELNDITEKWCYFFKHAKETTLDGYHKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLEHAKAEGKAEGKAEGKAEAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_064613023.1|320103_320682_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNVRFNTKIDLDRVEKAIFYAKKYHSNQKRDTGEHYYMHPLEVARMVADYSFKTDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIAIEFNDNIAEQVLALTRNRGGKKTSSMKMIQTLVNQDKVELLLIKLFDRLDNIKTIFIKPAKRRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIELNKYCELYTTK
>NZ_LS398548.1|WP_045912872.1|323747_325010_+|MFS-transporter
MGVITRTNLQLQIWLLGFISGFTLLINSNTLNFWLASEGISKSNIGLFSIIFLPYSINFLWAPLLDSKKIICLSHVLGHRISWLVIIQLLLAISIFIMSHLSPATELYMISIVAFIISVLSSTQNVVLGAIRSSIVQSNKQGLFSGVYIFGYRVAMIISGSGAMYYSTVISWKSIYQIFSLIIILFSIILIVFAKEFNHTDSNNLQIENTQLQINKSPMSLAFFFTELTKHIGSFRTVLVLLVFLIVCRIPDNFIWTMLNSFFLEIGFTTKEIAFAGKFLGTISAICGGLIASRIMHKITILDGLIYFGFLHAISHSCFIILDVFGKNLSILVIVNIFESLTGGMVMSSYIALISSLCKGYYRSTQYSFLSSMMGISRIFPVIAGYIIEAIGWRWFFVIVTINAILAVILAKLLAKILKT
>NZ_LS398548.1|WP_045912871.1|325025_326429_+|sodium:pantothenate-symporter
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>NZ_LS398548.1|WP_109510565.1|328420_328747_-|hypothetical-protein
MFIYQKSRLNMLKPTFGIQWNNVVVGLLIIITACVFSFEAALADTLEGQLNKIDGLFSGKLKTIGISSATILSSIWAVARGNVKLAGVMVAIGVILGFYLVNCQWYEN
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MNGVLISRTLRYWFSDSKHIAIDKTYFLTCKRTPNYLLLLSGVNKKKNWLKMLVFTSKTCKLRIKLIKTTSK
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>NZ_LS398548.1|WP_064613012.1|332248_333142_+|integrase-family-protein
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• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 4 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398548_3

Consensus_repeat	Method
TAAAGGCAGAGCTGAAGG	CRT

spacers of NZ_LS398548_3

>3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT
TATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGC
>3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT
TATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGC
>3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT
TATAGAGATTGGTGAGAC
>3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT
CAGAGCTGAAGGCAGAGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_3

>merge|NZ_LS398548|3|497946-498131|CRT
TAAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGG

>NZ_LS398548|3|1|497946-498131|CRT
TAAAGGCAGAGCTGAAGG	TATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGC
TAAAGGCAGAGCTGAAGG	TATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGC
TAAAGGCAGAGCTGAAGG	TATAGAGATTGGTGAGAC
TAAAGGCAGAGCTGAAGG	CAGAGCTGAAGGCAGAGC
TGAAGGCAGAGCTGAAGG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_109455797.1|484026_484521_+|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NZ_LS398548.1|WP_045915951.1|486882_487956_-|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NZ_LS398548.1|WP_109510577.1|501198_503838_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NZ_LS398548.1|WP_064613070.1|481649_482351_+|sensor-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|367112
NZ_LS398548.1|WP_109510546.1|507527_509222_-|conjugal-transfer-protein-TraN	unknown	unknown	gnl|CDD|369160
NZ_LS398548.1|WP_064613237.1|488277_488733_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NZ_LS398548.1|WP_064613239.1|485271_486282_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_109510576.1|484562_485150_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_109510579.1|511522_514015_-|TraC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274279
NZ_LS398548.1|WP_109510578.1|510866_511526_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW	unknown	unknown	gnl|CDD|274276
NZ_LS398548.1|WP_064612719.1|506039_507368_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_174190469.1|510602_510776_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064612989.1|498270_500025_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398548.1|WP_174197559.1|509624_510602_-|TraU-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377717
NZ_LS398548.1|WP_081420599.1|482579_483059_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236848
NZ_LS398548.1|WP_064612987.1|500030_501176_-|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NZ_LS398548.1|WP_045915527.1|481306_481585_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|509218_509602_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|370610
NZ_LS398548.1|WP_109510738.1|491358_494160_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_045913641.1|480123_480933_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_109455797.1|484026_484521_+|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	1.58871e-08
NZ_LS398548.1|WP_045915951.1|486882_487956_-|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	3.79541e-23
NZ_LS398548.1|WP_109510577.1|501198_503838_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	4.44033e-44
NZ_LS398548.1|WP_064613070.1|481649_482351_+|sensor-histidine-kinase	gnl|CDD|367112	pfam02518, HATPase_c, Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase. This family represents the structurally related ATPase domains of histidine kinase, DNA gyrase B and HSP90.	3.91936e-08
NZ_LS398548.1|WP_064613237.1|488277_488733_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	3.98344e-16
NZ_LS398548.1|WP_064613239.1|485271_486282_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	2.17262e-48
NZ_LS398548.1|WP_109510576.1|484562_485150_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	6.59688e-31
NZ_LS398548.1|WP_109510579.1|511522_514015_-|TraC-family-protein	gnl|CDD|274279	TIGR02746, hypothetical_protein, type-IV secretion system protein TraC. The protein family described here is common among the F, P and I-like type IV secretion systems. Gene symbols include TraC (F-type), TrbE/VirB4 (P-type) and TraU (I-type). The protein conyains the Walker A and B motifs and so is a putative nucleotide triphosphatase.	5.97416e-168
NZ_LS398548.1|WP_109510578.1|510866_511526_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW	gnl|CDD|274276	TIGR02743, hypothetical_protein, type-F conjugative transfer system protein TraW. This protein is an essential component of the F-type conjugative transfer sytem for plasmid DNA transfer and has been shown to be localized to the periplasm.	7.17059e-56
NZ_LS398548.1|WP_064612719.1|506039_507368_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	4.10867e-26
NZ_LS398548.1|WP_064612989.1|498270_500025_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	0
NZ_LS398548.1|WP_174197559.1|509624_510602_-|TraU-family-protein	gnl|CDD|377717	pfam06834, TraU, TraU protein. This family consists of several bacterial TraU proteins. TraU appears to be more essential to conjugal DNA transfer than to assembly of pilus filaments.	1.32861e-122
NZ_LS398548.1|WP_081420599.1|482579_483059_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|236848	PRK11107, PRK11107, hybrid sensory histidine kinase BarA; Provisional.	7.7616e-08
NZ_LS398548.1|WP_064612987.1|500030_501176_-|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	2.31112e-23
NZ_LS398548.1|WP_109510546.1|507527_509222_-|conjugal-transfer-protein-TraN	gnl|CDD|369160	pfam06986, TraN, Type-1V conjugative transfer system mating pair stabilisation. TraN is a large cysteine-rich outer membrane protein involved in the mating-pair stabilisation (adhesin) component of the F-type conjugative plasmid transfer system. TraN is believed to interact with the core type IV secretion system apparatus through the TraV protein.	1.78676e-107
NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|509218_509602_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	gnl|CDD|370610	pfam09673, TrbC_Ftype, Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein. This entry represents TrbC, a protein that is an essential component of the F-type conjugative pilus assembly system for the transfer of plasmid DNA. The N-terminal portion of these proteins is heterogeneous.	3.86822e-20
NZ_LS398548.1|WP_109510738.1|491358_494160_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	2.62322e-114
NZ_LS398548.1|WP_045913641.1|480123_480933_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	8.76724e-52

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_109510738.1|491358_494160_+|AAA-family-ATPase
MAIQFTRVEFLSRSTGGDSCRKAAYNARTIVKNKQTGIRYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVKQEFKNIQTLMNEVERTAKDPNSQLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHKPQIGDKNWHAHILLTMRRFRKDGTGLGDRAVDLNPKIITVNGKKVVIKDSKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSKVPGKHIGPRRIRNFINEVLNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDPTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINDQVYYNNIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLAKAHKLATNRGQKVIGIAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSENWSREAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKPHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKKSYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDTGKEVSFDPSEIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRHIKSLKLYCNNEATGSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDFEKERTKTTVFSKIENWFKSIINDINDRSHVNKEYYHFTAKPEEEAKVEKVQLKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVIHSEGEDFNEMLKNKGATAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTDIAQKIGLRR
>NZ_LS398548.1|WP_064613237.1|488277_488733_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQKKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLLAKANLDHLPTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDENTKRYIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYKLELVS
>NZ_LS398548.1|WP_045915951.1|486882_487956_-|tetratricopeptide-repeat-protein
MLTDKYFNKENSFFQLRKYQEAIKKFNLAIKCNPYSAEAYINKGIALDKLGQHQEAIENYDIAIKYKPDSVEAYINKGISLKQLGQYQDAIKNYDIAIKYKPDSAEAYNNKGASLNDLGQYEEAIENYDIAIKYKPDSAKAYINKGNTLMQLWQYQKAIENYDIAIQYNPNDVNAYYNKGIALNELGRYQETIDNYDIAIKYKPDLAKAYINKGNALNALGRYQEAIENFDTGIRYNPNDEKAYYNKGISLYQLGQYQEVIENCDIAIKHKPDLAEAYMNKGVALSKLGQHQEAIKKFNLAIKYKPGFAEAYLNKGESLKQLGQREKAIKNFELAIKYNPGLIAPYIRDILKKVEMQ
>NZ_LS398548.1|WP_064613239.1|485271_486282_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNREITEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKNRVEELSDITEKWCYFFKHAKETTLDGYNKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEAKKDFAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_109510576.1|484562_485150_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MLAFLNCEHINKLLDKLDLINHSFNKRIDLDKVKKAIFYAKKYHSNQKRDTGEPYYMHPLKVAYMVVEYSSETDTIITAILHDVIEDTKLTKKKIAMEFNDNIAEQVLALTRNIGGKKTSSMKMIQTLVNQDKVELLLIKLLDRLDNIKTIFIKPAKRRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIKLNKYCERYAT
>NZ_LS398548.1|WP_109455797.1|484026_484521_+|HAMP-domain-containing-histidine-kinase
MSHTIKSGDFGIQAKVNNTIRALKPFTENKGINLSCNFKNDIKDLIIVNSTQIQKVLTLLICNATNSKCSEISVEVDLLPSTNKKTNYRILQLIVRNNGIGISAEKVKKINNELRNLHIKSYAVLESELLLVKPFIHEMTGKIKLESKQDQYTAFTCSIPIEVR
>NZ_LS398548.1|WP_081420599.1|482579_483059_+|ATP-binding-protein
MLNGTIAAIRLIAEDENIELREKIGNDIYDIITGDRFRIRAVLTQLVGSAIMHSTNSKVRVSIDFLPPKNEQSNSKDRILKFVVHSVGAGISKNKLQEMNSELKKPHLIKHQALDSGLELIKHLTYEMKGSIKIESKEGHYTKFLVSIPIQTSNLNSQH
>NZ_LS398548.1|WP_064613070.1|481649_482351_+|sensor-histidine-kinase
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>NZ_LS398548.1|WP_045915527.1|481306_481585_+|hypothetical-protein
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>NZ_LS398548.1|WP_045913641.1|480123_480933_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
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>NZ_LS398548.1|WP_064612989.1|498270_500025_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFMIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTGKHGFKIQQLWEFLINSALLEGLIVFTIGVIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVGYKCLAKMLKRAKKASKIRFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGTFIDRFFDPKCDKLLNPLEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFKNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITANPNQRAALCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECDSMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVWGYKLLKKLKLVEY
>NZ_LS398548.1|WP_064612987.1|500030_501176_-|tetratricopeptide-repeat-protein
MKNIYKLAITIILPLMLLNTAIAAEENKLIPQNSSNDENVFAKEYFNIGSSFLKLKKYHEAIENFNIAIKYDPSYATAYNSKGIALADLGKALEAVENYDLAIKHKPHFAEAYNNKAVSYRKLGKNEEAITLCNLAIKYKPNYVTAYNNKGASLNNLGQYEEAMKNFDIAIRYNSSYPEAYYNKGTVLMNLGQFQEAIKNYDIAIRYRPNYSEAYHNKGLTLAILGQFQNAIEHFDLAIKYDPNDLKAYNNKGYVLNLLKRHAEAMESCNLAIKIDPNCADSYYIKGMVFEKLGKHQEAIKNYDIAIKYDPNFAKNYLEKGISLVNLGQYSSAKENFLLAIKYNPNIIAEHETMLKRLTELKNFTGVKEYEQKLQILKKYS
>NZ_LS398548.1|WP_109510577.1|501198_503838_-|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPIGIAMFASLSSQTSYFVSKMLENHLLPAYEGLSSRKTGIMFGAKAVAKIRDVQIHDPVTLTNTKEFLRQCFMKPYIIGNILGKKAAAQQTNDIIGFIEQNIPNNFGIYYREPSNLGISFKTCRQATPLIKAAIHKELNEGLLTKFAAAIGVQSDQSSMLSQRLKVMTGDTLKYLQREQQDIHEWMKQAMLLNANRESYDDWREKFSLSRIYPNLVSMHAIRGLFQQSFSYLVAGEMAAHMMPILQSVFFALVVSMIFIVFPMGLLPGGYNILKTWILLIIWVSSWPVFFTIIHCLGMISLSSKSGAFGSDYGLNMLSQGSFAEMILYSYATFQMLASSIPMLSWSVIKACAHATANLASQFSPIQVASSLGSNIVDNNLSMDNYSIGNRTISQQNLAPLLHMADNIIDYGSYKIITGNNGEQFVIQTVHSLETNFRSSALLQTGYQNQFVSSQSRLNSLTQKEANLISTGNSMAMEIAEKLTHDEALYIGLTESEYQALQKVSSDSESFSQHTGSSHSKSSGTSTSAGGGVWGVNSRVLGGNADEETQGKSANQQQSHSEALSKIQSAVQEGKFSSTNSEVKSLSENLSANLSEQQSVGQEIAKTKQEMEQLTHSMNYVFQNSATIDRNINELVLNEIIAQNPEIRSKEQAARWIINHSAKAEKIAFEVAKINNEVPKNLNDHINDGNFSTKKDLQSDFYKNVEQLEAIYDKSNQMHSQNIEQAFVDNEKIENLNQISDSIKDKTQKIQKKFSDTTDSTILRAGKQALENFGITNKDKS
>NZ_LS398548.1|WP_064612719.1|506039_507368_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MNNNDLLLEFRYASAVGNVERVKQILAQYNAGDIINALYGIGFDLHEAIRNDDINLVRLMLDSGADPNEQTVYGATPLHIAIWYNRVDMIYLLLDKNANINAQNRDGRTPLHVAACHGMNDNDNDIIMQILPNSVANINLQDDYGKTLLHYAARSGSKDLVEFLCNRNANIHIKDKSGKFPIHLAAGNGFKDVVQFLLDLDIYTYPNMINSQDNDGQTLLHLIAKYSFEKFPTNLLSTVLSYERDLDDYDKRFIDTADMLLNRGVDTNIQNNDGQTALHLAILYHPKDLHVRYEEYLRKNSNVAISYRSTELIKSLSSNNVNFNLKNKDGYTVLDLALAIEHDQHKIAEHLQEKRLLWREGQIKVANNSLVIIAENKEQILKLKPDSAKTDADKFLEKWRELPINITEQILDTLDDDDFGAFQQLNEERKVPLGEDSIHEMI
>NZ_LS398548.1|WP_109510546.1|507527_509222_-|conjugal-transfer-protein-TraN
MKQLIVLVLIILNINCCLASMQSSYNEASNYNVNLGNSSNTQELFHQGSNVNYPNNDEDLTYHGRNQLGTESGAMLFQAENSKNNALTQHNINDQNYMIANSMRIESDPLSALDSSNFVTQTSTTNTEIIQSCTEGSKFNIELIRELNVECKLENVWLPWQSRQMEFATEEIKENHSNWLNSRSDVYDDELDAQIYCLADDPEAIVKQMKWAIANRLGASIHNIGRNFLLEVNEKICILHYDYRDKTQELREVAEYWKVLNPELEQLTESNECYEVNRINYDGGDRVFFDKFKVNRPYWKQKIVFSCTSDPKDGCKHLKIQNCELKNSTCQKSVANICLLWQHDYSCSTEKQTMLHSSLRNNSIFCLGGNCNTPTIIPNRDIAKVAHLAMLNQMSKDIKTNPVSVFSGKHRKCKKDVFSFLNCCSSMTGWGRDIGLSQCKSKEQELALYRKKGYCYYIGTYCSSRIPILGICLARKSTYCCFQSKLARIFQEEARKQLKIDFGTPECPKCRGLTVKELQKVDFTKINMDELFGDILTKAQNSMNKDIIAGIKDKVHRIQQIQHY
>NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|509218_509602_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC
MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKVGAQLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEKYKVDVVPVIVIDDEKRGLTKKLTGHIPLATALEIMNENTP
>NZ_LS398548.1|WP_174197559.1|509624_510602_-|TraU-family-protein
MKELVILLAIVMSITANNCYAAAGCVGRFVNPITDVCWKCLFPITIAGFKVVSSSMPDTNASGRLICLCPKPGIPVPIPGIPVGFWEPVRLVDVTKSPMCMVSLGGLSFGTATQKGMKDEAEGSAFYHIHWYVYPVIYWLEILLDFICLEMAAVDIAYLTEFDPLWSDDAKSAILNPETLLFQNVAAYQACIADCISCSAGLLASDYAFWCAGCQGMLYPFTGTAAAHNGGVGTSVLMVSKFMAKMHRQLMLWGYYGYKGLCGKYPMPIIKKSQYRLQMTYPIPETKSCKSIGQTEAIWQAGREFPVNGEDFGYLIWRKRDCCLL
>NZ_LS398548.1|WP_174190469.1|510602_510776_-|hypothetical-protein
MKSWKLQQLEQDLVKIVNNTLRGEIQEIVNPGGETLYLIPGNRYPKLLRKISSMQAK
>NZ_LS398548.1|WP_109510578.1|510866_511526_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW
MKQGVVIGIGTLFALFAVAYQVSDIRANLLNADIGVEIKDYGTRGHVFPIIEESLLEVIMAKLNAASKSGLLNQMQLEFQEKVRQKIMRPVPVKNLSKATENKTRIYDSTYVQKDDIKTKNGIIIVKGGTKINPLEMIHWGEPLILIDGDDEDQVAWAKSRPGKIVLVNGNPIELSNLLGRHVFFDQLGFLSMKFKIQAVPAIIEQENTVLKISEVSTY
>NZ_LS398548.1|WP_109510579.1|511522_514015_-|TraC-family-protein
MNASIHKDFDRERFSKHFVYESYDDETQLFFNRGSIGFVLLAWPLVGASVSAQNEIAEFLKSDENLPAESSLQVLMLGSNNIENFLSNWQSYRKGEIFIELANKRTEFLRDQAQKVGSIKDVVLLISVTIPNLNANIDDMIRRRDALKDTFRSIGLSTENVNAQQLLKFLRVIFGWPEEEHSNINQYEILSEQILSGDFSLFENDDCINVNDDQIFISLEARKRPAEWKLSAMDLFLGNEMRRDEYIKSNFLIHFGLQILPNQAMERTAAITKREALERNINAGMSKFFPDIQQEAADLAGVVAALQSGDRVVNIHFNVIMFDKTKKAKQSASAFCSMLRRSGWYFVPCKYDHVAVLLAALPMQLVEQGPKGVLGQNKTSGVGVALSSLGRGIKTVSVESKVLLPIIGEWKGDLSSPGMLLAGRRGQIMYWSPFGGALLPALNKHGVAPNENFNLCIAGVPGSGKSVFMQELMLSVLGVGGKVFVLDYGRSFKRTCLILGGRYIEFDMKNPVSINPFSEVPEDDSAKSIEARSDFLSNFPSILATMAAPQYGTSDLQQPMLQRALISVWQKKGAKAEITDIADWLSNREESYAKELGNMLFPFTKDGQHGRFFSGKAQLSLNSDIVVIETDHLRSVPELLAVIVQIMIVHINQTMVKGDRSRPFLIMIDEAWKLLAGKRSGEFIEEAGRIARKYNGSIALATQQLTDYFRQEGSASEKAFENSSHKIILKQNSESFKAMRANPKLAGFVDEDWKLNLLQSVHSNPPYYSEIAIYSPNVSGVVGRLMIDPFTLLLTSTNARDYQAIEDHMAKGMNVSEAINYVIRERKIIP

Crispr_ID: NZ_LS398548_4

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_4
• CRISPR_location: 1662219-1662558
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398548_4

Consensus_repeat	Method
CAGATTATCCAGACGCTTACAATAATAAAGGAATTGCTTT	PILER-CR

spacers of NZ_LS398548_4

>4.1|1662259|62|NZ_LS398548|PILER-CR
ATACAAACTGGGACAATATCAAGAAGCAATAAAGCATTATGATATAGCTATTAAGTATCAAC
>4.2|1662361|62|NZ_LS398548|PILER-CR
GAAAAATCTTGGAAAGCTACTAGAAGCAATTGACAATTATGATCAAGCTATGCGATACAACA
>4.3|1662463|70|NZ_LS398548|PILER-CR
GCTGTTTTATGTATACTAGAACAATATCAAGAGGTAATAGAGAGTTTTGATTTGGCTATTAAGTATCAAC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_4

>merge|NZ_LS398548|4|1662219-1662558|PILER-CR
ATCTAGAGGTTTATATTAATAAAGGAGTTGCTTTATACAAACTGGGACAATATCAAGAAGCAATAAAGCATTATGATATAGCTATTAAGTATCAACCAGATTTTCCAGACGCTTACTATAATAAAGGAATTGCTTTGAAAAATCTTGGAAAGCTACTAGAAGCAATTGACAATTATGATCAAGCTATGCGATACAACACAAATTATGCAGGCTCTTACAATAATAAAGGAGCTGTTTTATGTATACTAGAACAATATCAAGAGGTAATAGAGAGTTTTGATTTGGCTATTAAGTATCAACCAGATTTTCCAGACGCTTACTATAATAAAGGAATTGCTTT

>NZ_LS398548|4|1|1662219-1662558|PILER-CR
ATCTAGAGGTTTATATTAATAAAGGAGTTGCTTTATACAA	ACTGGGACAATATCAAGAAGCAATAAAGCATTATGATATAGCTATTAAGTATCAACCAGATT
TTCCAGACGCTTACTATAATAAAGGAATTGCTTTGAAAAA	TCTTGGAAAGCTACTAGAAGCAATTGACAATTATGATCAAGCTATGCGATACAACACAAATT
ATGCAGGCTCTTACAATAATAAAGGAGCTGTTTTATGTAT	ACTAGAACAATATCAAGAGGTAATAGAGAGTTTTGATTTGGCTATTAAGTATCAACCAGATTTTCCAGAC
GCTTACTATAATAAAGGAATTGCTTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_109510673.1|1653401_1654046_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_080946515.1|1671092_1671410_-|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|315923
NZ_LS398548.1|WP_081420644.1|1668522_1669164_-|site-specific-integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271177
NZ_LS398548.1|WP_109510674.1|1683253_1683652_+|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NZ_LS398548.1|WP_045912909.1|1683739_1684120_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064612985.1|1654083_1654659_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_174197557.1|1659790_1660078_+|tyrosine-type-recombinase/integrase	unknown	unknown	gnl|CDD|271177
NZ_LS398548.1|WP_109510594.1|1648147_1649158_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_109510672.1|1651937_1652747_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398548.1|WP_052691726.1|1659260_1659545_+|DUF4102-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379139
NZ_LS398548.1|WP_045912939.1|1664687_1665338_+|SCO-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376869
NZ_LS398548.1|WP_064612973.1|1660573_1660909_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912774.1|1652750_1653299_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_174197587.1|1669528_1670271_-|IS5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372577
NZ_LS398548.1|WP_162563010.1|1665779_1665953_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912911.1|1684925_1685345_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912910.1|1684119_1684659_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_081420643.1|1661457_1661784_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_109510593.1|1649279_1649855_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_064612967.1|1668001_1668466_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_109510673.1|1653401_1654046_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	1.97064e-22
NZ_LS398548.1|WP_080946515.1|1671092_1671410_-|transposase	gnl|CDD|315923	pfam13358, DDE_3, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	1.922e-17
NZ_LS398548.1|WP_081420644.1|1668522_1669164_-|site-specific-integrase	gnl|CDD|271177	cd00796, INT_Rci_Hp1_C, Shufflon-specific DNA recombinase Rci and Bacteriophage Hp1_like integrase, C-terminal catalytic domain. Rci protein is a tyrosine recombinase specifically involved in Shufflon type of DNA rearrangement in bacteria. The shufflon of plasmid R64 consists of four invertible DNA segments which are separated and flanked by seven 19-bp repeat sequences. RCI recombinase facilitates the site-specific recombination between any inverted repeats results in an inversion of the DNA segment(s) either independently or in groups. HP1 integrase promotes site-specific recombination of the HP1 genome into that of Haemophilus influenza. Bacteriophage Hp1_like integrases are tyrosine based site specific recombinases. They belong to the superfamily of DNA breaking-rejoining enzymes, which share the same fold in their catalytic domain and the overall reaction mechanism. The catalytic domain contains six conserved active site residues. Their overall reaction mechanism is essentially identical and involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA.	6.11173e-42
NZ_LS398548.1|WP_109510674.1|1683253_1683652_+|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	5.48005e-17
NZ_LS398548.1|WP_064612985.1|1654083_1654659_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	1.3617e-34
NZ_LS398548.1|WP_109510594.1|1648147_1649158_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	6.82529e-48
NZ_LS398548.1|WP_109510672.1|1651937_1652747_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	1.00608e-50
NZ_LS398548.1|WP_109510593.1|1649279_1649855_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	1.84789e-37
NZ_LS398548.1|WP_045912939.1|1664687_1665338_+|SCO-family-protein	gnl|CDD|376869	pfam02630, SCO1-SenC, SCO1/SenC. This family is involved in biogenesis of respiratory and photosynthetic systems. SCO1 is required for a post-translational step in the accumulation of subunits COXI and COXII of cytochrome c oxidase. SenC is required for optimal cytochrome c oxidase activity and maximal induction of genes encoding the light-harvesting and reaction centre complexes of R. capsulatus.	2.44694e-55
NZ_LS398548.1|WP_052691726.1|1659260_1659545_+|DUF4102-domain-containing-protein	gnl|CDD|379139	pfam13356, Arm-DNA-bind_3, Arm DNA-binding domain. This DNA-binding domain is found at the N-terminus of a wide variety of phage integrase proteins.	2.74892e-12
NZ_LS398548.1|WP_174197557.1|1659790_1660078_+|tyrosine-type-recombinase/integrase	gnl|CDD|271177	cd00796, INT_Rci_Hp1_C, Shufflon-specific DNA recombinase Rci and Bacteriophage Hp1_like integrase, C-terminal catalytic domain. Rci protein is a tyrosine recombinase specifically involved in Shufflon type of DNA rearrangement in bacteria. The shufflon of plasmid R64 consists of four invertible DNA segments which are separated and flanked by seven 19-bp repeat sequences. RCI recombinase facilitates the site-specific recombination between any inverted repeats results in an inversion of the DNA segment(s) either independently or in groups. HP1 integrase promotes site-specific recombination of the HP1 genome into that of Haemophilus influenza. Bacteriophage Hp1_like integrases are tyrosine based site specific recombinases. They belong to the superfamily of DNA breaking-rejoining enzymes, which share the same fold in their catalytic domain and the overall reaction mechanism. The catalytic domain contains six conserved active site residues. Their overall reaction mechanism is essentially identical and involves cleavage of a single strand of a DNA duplex by nucleophilic attack of a conserved tyrosine to give a 3' phosphotyrosyl protein-DNA adduct. In the second rejoining step, a terminal 5' hydroxyl attacks the covalent adduct to release the enzyme and generate duplex DNA.	5.84491e-11
NZ_LS398548.1|WP_174197587.1|1669528_1670271_-|IS5-family-transposase	gnl|CDD|372577	pfam13359, DDE_Tnp_4, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	8.44395e-20

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_081420643.1|1661457_1661784_+|hypothetical-protein
MSIRILRFIIGFIALVNVNNIYAVEYELEADELLKLEISDSGPTRINLKDEKINDILMYHQNTVEVIVHESGFLFIAPREEGNKLYLTVIGEYKFLNLILLVLINQYI
>NZ_LS398548.1|WP_064612973.1|1660573_1660909_+|hypothetical-protein
MRNLMLKLQLKVIMQNQKLCWALSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRYAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVSENFLLKSFLVAKGLLPAPLGYSRLLGKKVGK
>NZ_LS398548.1|WP_174197557.1|1659790_1660078_+|tyrosine-type-recombinase/integrase
MLATLRTIFNKAIKWRLIENNPTLGIEPHKMQARERRLSYDEMSKFLHVLCGEATPLIRDFALLALYTGARKSNVLEMEWDNIDFKRKIWHIPKN
>NZ_LS398548.1|WP_052691726.1|1659260_1659545_+|DUF4102-domain-containing-protein
MKSITLKLTNKLIRKIKIPTKRTSTIQDKVEPELKLRISHTGRKTWSFEKKFRKEGIKIKIGVFPDLSIKEARKIARELKRLMTNGIDSREVKC
>NZ_LS398548.1|WP_064612985.1|1654083_1654659_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDRVEKAILYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITATLHDTLEDTKLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAEYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
>NZ_LS398548.1|WP_109510673.1|1653401_1654046_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MIFESKAKYSLHSAIQDGDIKKVKQLINKDSTLVNSKYKNGTTALSVALKYKNLPIAELLLSNGANVNAQDNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPIYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECRCIEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNEIIDVIQLLIDYGADIDAKDDNGMTPIDYAAKSGNADVFNFLTEQSVPWY
>NZ_LS398548.1|WP_045912774.1|1652750_1653299_-|hypothetical-protein
MSILKSPLQPCYAVMLAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGIATNYDTLEAGVGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSVFNGDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRFGLRVHI
>NZ_LS398548.1|WP_109510672.1|1651937_1652747_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSNLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGEQFYNSLPFDEKDQIRLRDFVQELTNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC
>NZ_LS398548.1|WP_109510593.1|1649279_1649855_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MINFYSESLLNKLFETNVRFNTEIDLDKVEKAIFYAQKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIGQEFGHNIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTFYRQNKTELLLIKLFDRFHNIQTVSIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIELNKYCKLYAT
>NZ_LS398548.1|WP_109510594.1|1648147_1649158_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNRKIIEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKNRVEELNDITEKWCYFFKHAKETTLDGYNKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGKAEGIKLGEAKGKAQGKAEGIKLGEAKAKKDFAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_045912939.1|1664687_1665338_+|SCO-family-protein
MNIISNKCFFKLLAILSIIIGMLSLYFIFILWPQSKKKVANTDNISYSMVTSSEILLGGDFTLIDTNNQEFYSKSLRGKPYLIYFGFTFCPDVCPATLEKLSKVIKVLDMYHIDISTIFVTVDPKRDNASTLKNYMTNFHSKIIALTGTKPQIEDITKKFGVYYSISALSDRNSNDYLIDHSTFIYLIDKNGKYMSHFTLDDTPEKIIEYIRIHLK
>NZ_LS398548.1|WP_162563010.1|1665779_1665953_+|hypothetical-protein
MESISLTLKLTNKLLRKIKIPTERTSIIEDKIEPGLKLRISPTVRKTWSFEKKLEKK
>NZ_LS398548.1|WP_064612967.1|1668001_1668466_+|hypothetical-protein
MSIRVLRFMIGLIALVNVNNIYAVEYELEADNLLKLEISDSGPTRINLKDEKINDILMYPQNAAEVVVHESGFLFIAPQEEGNKLYLTVIGEYKTIQDLMLTFTPKTQNPVMLVNAATKIQEKDNSKQNNANLFSNDVNTKELTAKLSNFTCDN
>NZ_LS398548.1|WP_081420644.1|1668522_1669164_-|site-specific-integrase
MFNKAIKWELMDRNPTLRIDKHKMQARERRLSYDEMTKFLQVLCREASVLIRDFALLALYTGARKRNVLEMEWDNIDFVRKIWHIPKTKNGKAQNIPLTDEIIEILQARKLTSKSKWVLSTDRSKSGHLENPYRRWYKICKKAGIKNLRIHDLRRTFASCMADKGAGQYIISAALNHSDIKSTSIYTKVSLEPVRQYISKVTQIIREHSGIDI
>NZ_LS398548.1|WP_174197587.1|1669528_1670271_-|IS5-family-transposase
MVDILRKADGLKKSKGGRKNKLNLEEQLLMVLEYLREYRTYFHIGQNYGISESSAYKAVKWVEDSLVKHQNFALPGRKALMKSDMNYEVVLIDDTESPIERPKKKQKFYYSGKKKRHTLKTQIVVDKKTRQVICTDFSNGKKHDFRLFKKSKILIHPKVKVITDTGYQGIQKIHNNSELPKKKSKKNPLTKNDKKNNHRLAGARVVNENVIGILKRFKIIADKYRNRRKRFGLRFNLISGIYNFELP
>NZ_LS398548.1|WP_080946515.1|1671092_1671410_-|transposase
MSFLFDANCNKSIFESCVQAILIKALTSEQTVILDNISFHNTVMVKFLIESVWCKLLYLPTYSPDLNLMWHYWFEVKNDICKVSYLFNNFNNNCFFMNKSKDLYL
>NZ_LS398548.1|WP_109510674.1|1683253_1683652_+|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMPTRPLIEMGGLVAKAKLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWPSQCSV
>NZ_LS398548.1|WP_045912909.1|1683739_1684120_-|hypothetical-protein
MLTFQDYFPMSAPNAVSASIGLTRNMNQVISEIFIDKDKDKVNIAEKHQHLYTLCSETTKPDAWLGRTYIIILQSLIKDWLRYIHGIEITDDEDINNDDPQFQNLTDTFANLCGDMIYLSDEHHKV
>NZ_LS398548.1|WP_045912910.1|1684119_1684659_-|hypothetical-protein
MSITLSIIEQKILQLLSLSSTAVSSILQPNGNQDQVDAKKVFLVSRFSYSTSINVVGCYTNPEVHTFSSKNLTRVSKLPSFGSYKDPENFKLLSAIHGPALSILKIFLTTSDLTVKLSPENQLIFTEFFSIFTCEVQRNLATILTLPMCFELYNHFLSKKRTTMELLNGILKFAYHKNC
>NZ_LS398548.1|WP_045912911.1|1684925_1685345_-|hypothetical-protein
MKPKGGFKIKSSSCNSNSDFKFKSNSPPGLFSKIYKCYINDIERTICNAKRYVPQNQFLYELSKKIKGHGSNTNDMIEFLEENRSVLKSFFGKKDNGVNSNYNYICIITNEEHPAMQIAFQEKIIEELGVSNIYLDESI

Crispr_ID: NZ_LS398548_5

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_5
• CRISPR_location: 1790698-1790948
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers
• Cas_protein_info: RT

Consensus repeat of NZ_LS398548_5

Consensus_repeat	Method
TCTAGTTTATTCAAAGCAGTTCCTTTATTAACATAAGCTAGTGCAAA	PILER-CR

spacers of NZ_LS398548_5

>5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR
ATCTGGTTTATACTTAATAGCTAAATCAAAATTCTCTATTGCATCTTGATATTGT
>5.2|1790847|72|NZ_LS398548|PILER-CR
TTGTAAGCATTTGGTAAATCTGGTTTATACTTAATAGCTTGATCATAATTTTCAATTGCTTCTAGTAGCTTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_5

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_5

>merge|NZ_LS398548|5|1790698-1790948|PILER-CR
CCTAATTCCTTCAAAGCAGCTCCTTTATTAACATAAGCTAGTGCAAAATCTGGTTTATACTTAATAGCTAAATCAAAATTCTCTATTGCATCTTGATATTGTTCTAGTGTACATAAAGCAGTTCCTTTATTATTGTAAGCATTTGGTAAATCTGGTTTATACTTAATAGCTTGATCATAATTTTCAATTGCTTCTAGTAGCTTATCAAGCTTTTTCAAAGCATTTCCTTTATTAACATAAGCTAGTGCAAA

>NZ_LS398548|5|2|1790698-1790948|PILER-CR
CCTAATTCCTTCAAAGCAGCTCCTTTATTAACATAAGCTAGTGCAAA	ATCTGGTTTATACTTAATAGCTAAATCAAAATTCTCTATTGCATCTTGATATTGT
TCTAGTGTACATAAAGCAGTTCCTTTATTATTGTAAGCATTTGGTAA	ATCTGGTTTATACTTAATAGCTTGATCATAATTTTCAATTGCTTCTAGTAGCTTATCAAGCTTTTTCAAAGC
ATTTCCTTTATTAACATAAGCTAGTGCAAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_064612763.1|1808678_1809395_-|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|372692
NZ_LS398548.1|WP_045912752.1|1769182_1769545_+|30S-ribosome-binding-factor-RbfA	unknown	unknown	gnl|CDD|234787
NZ_LS398548.1|WP_109510694.1|1811460_1813749_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372319
NZ_LS398548.1|WP_064613235.1|1797809_1799333_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_109510689.1|1781689_1783252_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_109510690.1|1785438_1787193_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398548.1|WP_109510686.1|1778643_1779582_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_064612812.1|1772598_1774767_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_109510688.1|1780402_1781644_+|MobA/MobL-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_174197589.1|1817200_1818178_-|TraU-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377717
NZ_LS398548.1|WP_109510691.1|1794116_1795832_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209
NZ_LS398548.1|WP_064612548.1|1784421_1785429_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|368098
NZ_LS398548.1|WP_109510692.1|1802645_1803593_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|368098
NZ_LS398548.1|WP_081420681.1|1793083_1793380_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_081420679.1|1796530_1797838_+|MobA/MobL-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_064613245.1|1789293_1790220_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_064612811.1|1775059_1775863_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398548.1|WP_064612762.1|1809521_1809968_-|DUF4065-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226128
NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|1816794_1817178_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|370610
NZ_LS398548.1|WP_109510687.1|1779649_1780105_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_LS398548.1|WP_109510691.1|1794116_1795832_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	1.1e-51	170.2	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_064612763.1|1808678_1809395_-|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|372692	pfam13728, TraF, F plasmid transfer operon protein. TraF protein undergoes proteolytic processing associated with export. The 19 amino acids at the amino terminus of the polypeptides appear to constitute a typical membrane leader peptide - not included in this family, while the remainder of the molecule is predicted to be primarily hydrophilic in character. F plasmid TraF and TraH are required for F pilus assembly and F plasmid transfer, and they are both localized to the outer membrane in the presence of the complete F transfer region, especially TraV, the putative anchor.	6.00056e-50
NZ_LS398548.1|WP_045912752.1|1769182_1769545_+|30S-ribosome-binding-factor-RbfA	gnl|CDD|234787	PRK00521, rbfA, 30S ribosome-binding factor RbfA.	1.20558e-20
NZ_LS398548.1|WP_109510694.1|1811460_1813749_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|372319	pfam12796, Ank_2, Ankyrin repeats (3 copies).	1.53192e-14
NZ_LS398548.1|WP_064613235.1|1797809_1799333_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	1.80323e-49
NZ_LS398548.1|WP_109510689.1|1781689_1783252_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	6.48467e-51
NZ_LS398548.1|WP_109510690.1|1785438_1787193_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	0
NZ_LS398548.1|WP_109510686.1|1778643_1779582_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	8.65446e-48
NZ_LS398548.1|WP_109510688.1|1780402_1781644_+|MobA/MobL-family-protein	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	1.31471e-50
NZ_LS398548.1|WP_174197589.1|1817200_1818178_-|TraU-family-protein	gnl|CDD|377717	pfam06834, TraU, TraU protein. This family consists of several bacterial TraU proteins. TraU appears to be more essential to conjugal DNA transfer than to assembly of pilus filaments.	2.92696e-122
NZ_LS398548.1|WP_109510691.1|1794116_1795832_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	6.91596e-119
NZ_LS398548.1|WP_064612548.1|1784421_1785429_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|368098	pfam04754, Transposase_31, Putative transposase, YhgA-like. This family of putative transposases includes the YhgA sequence from Escherichia coli and several prokaryotic homologs.	8.64544e-62
NZ_LS398548.1|WP_109510692.1|1802645_1803593_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|368098	pfam04754, Transposase_31, Putative transposase, YhgA-like. This family of putative transposases includes the YhgA sequence from Escherichia coli and several prokaryotic homologs.	2.42205e-62
NZ_LS398548.1|WP_081420679.1|1796530_1797838_+|MobA/MobL-family-protein	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	8.70635e-52
NZ_LS398548.1|WP_064613245.1|1789293_1790220_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	1.31882e-48
NZ_LS398548.1|WP_064612811.1|1775059_1775863_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	2.4395e-49
NZ_LS398548.1|WP_064612762.1|1809521_1809968_-|DUF4065-domain-containing-protein	gnl|CDD|226128	COG3600, GepA, Uncharacterized phage-associated protein [Function unknown].	8.0455e-17
NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|1816794_1817178_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	gnl|CDD|370610	pfam09673, TrbC_Ftype, Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein. This entry represents TrbC, a protein that is an essential component of the F-type conjugative pilus assembly system for the transfer of plasmid DNA. The N-terminal portion of these proteins is heterogeneous.	3.86822e-20
NZ_LS398548.1|WP_109510687.1|1779649_1780105_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	2.14466e-18

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_064613245.1|1789293_1790220_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNREITEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGTQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKNRVEELNDITEKWCYFFKHAKETTLDGYNKIIGKDLIIKKAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGKAEGKAEGKAEGIKLGEAKAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTNLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_109510690.1|1785438_1787193_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTSQHGFKIQQLLEFLINSALLEGLIVFAIGVIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVGYKCLAKMLKRAKKASKIRFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGTFIDRFFDSKCDKLLNPFEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVIPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY
>NZ_LS398548.1|WP_064612548.1|1784421_1785429_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MTKQLKHDSLAKTIMSDPVAAQEFLEYYLPSDFKSLIDLSQIKVEQESYIEESLKKKYSDIVYRVATKKHGNAFIYILIEAQSTVDYWTALRLWRYTLLLCERHKKEKTKLPLVYNLVIYNGKEVYKAPRNLWDLFTDSMIAKQLMTSDYQLVDLQSMSNDEIVRKKHIGMLEYMLKHIHQRDMLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYIYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKSNIMRTIAAKYIDEGIEIGETKGRAEGIEIGEIKGIAKGRAEGRAEGIEIGEVKAKQELARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVVNLKNNIEY
>NZ_LS398548.1|WP_109510689.1|1781689_1783252_+|AAA-family-ATPase
MQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEILSNIFGSHVLVNIRRQSKNWSREAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKLHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKEFYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVNKNEFVAKTDAGKEVSFDPSKIQFKHGYASTVYKAQGASIKDVYVLHNGISNISSSYVAMTRHIEKLQLYCNKKATVSINSLINQLSRPNDKSASITLKTAHDLEKEGTKTTVFSKVFSKVENWFKSIINDINDRSHVNEEYYHFTAKPEQEAKVEKVQQENSIKQCTTKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAVKVLTRKGAITSIVIHSEGEDFNEMLKNKGAIAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTDIAQKIGLRR
>NZ_LS398548.1|WP_109510688.1|1780402_1781644_+|MobA/MobL-family-protein
MAIQFARIEFLRRSEGGDSCRKAAYNARTIVENEKTGIKYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVNQDFKNIQTLMNEVERTETRENSKLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHQIVDEMEWVQKGIGVQIDIHKPQTGDKNWHVHILLTMRRFREDGTGLGDIAVDLNPKIITVNGKKVVIKDPEMIHERVKEIINAYFAKLGLPYRVDEISEVPGKHIGNIKYIEIRNLINEVLNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDLTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINNQVYYNDIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGIGKSYVLAKTYELATNRRQKVIGLAPTHKAVSELKSKGYT
>NZ_LS398548.1|WP_109510687.1|1779649_1780105_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKKAKLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKAKLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFTSEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYSIELVV
>NZ_LS398548.1|WP_109510686.1|1778643_1779582_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNRKIIEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKNRVEELSDITEKWCYFFKHAKETTLDGYHKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGKAEGKAEGKAEGKAEGIKLGESKAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_064612811.1|1775059_1775863_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSNLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGEQFYNSLPFDEKDQIRLRDFVQELTNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFFITHIGVTYSINEQQSLVNELLITNYN
>NZ_LS398548.1|WP_064612812.1|1772598_1774767_+|hypothetical-protein
MISDEIRQEAFEYVKAGNKTALLKLTALHPELVHIRYQANDDTLLIRAFKYLREDIIEDLLILGADISAKDKHDMPATMWIYATERTDLTTEEYDNTALRMSKKYLSLENAKSYSDEYTNFLLNGVKDKFSVHCNNDGYDHTTILTKIIQRNLVQSAEWFIKNFQLNNQNEIAESLIAGTIRMSSGNLTSTEVRNVEFLLEKHLNLIDENSKCANNLAEMLFQEKFYTEYTRYERSFPKFKKLQSGQSIGHYGSSVYHDIHVLVAKILIKFGIDLQKYESYVENLASIHDSLIPLFCENMNPKDYNSYFKNLPNNVKELLKPELPPKYLQPFSSYTTIDSYDVFINRKMHRKLDNVVILESTKKKILQLTKVSSILSAIKHAKDYEDFHISYENLPITIDVVLNRIDYLRKKDNAQEFEKQEVEALSNFISDKITLSVTTDEEAIDVCNSFIEYFMNKCNSITRFEEFLNENMLEDKANKALKSILYQTTEDSFKTNVSSLATKIVELTDGVVLPLDIDFLSLNNTNSKIVNIDYEKQSLIKNNLKLFSCPNTYRIPNDDKLEELSSDKHLGNNITEYYKNHPEAFEPMSMLLDIAYDEDKLSKQEEGLSNAYANMKSKAEEMPLLVDIIIRCKDEKDKEESLKKLTQVISELTHENLVIQDSVNLCMKLKKCLNITPLELLLKEYQDKYALLFEEYDNVINFCNEKCIIGNVEMEPGSVDL
>NZ_LS398548.1|WP_045912752.1|1769182_1769545_+|30S-ribosome-binding-factor-RbfA
MKKIYQAKSYKTLRTANMIRLALIDVLHSNKLHTDLFECKITVTKVVAQASQGMYHCYILPFSNSKLSQDKLMHAINDSLPIIRRMITQKINLKYSPELRIFYDYGFDNAANVDKILKSL
>NZ_LS398548.1|WP_081420681.1|1793083_1793380_+|hypothetical-protein
MVPTVLAASGCIALYGIYHLRSSKNKTSSLPVNSVDVGTNANTSVKNLNAEKIPTDFLDNDEQAHLYEDPKTCKYEEAAYDDTALPISGQDAIKAEAV
>NZ_LS398548.1|WP_109510691.1|1794116_1795832_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase
MLNANVTIETKDNFKKIYWHSIDWKEIIQKVNNLRRRIYRASANGNMKLVRNLQRLMLKSRANRLLAIRRVTQINKGRKSPGIDKIVVKTDKERSLLMEKLADNNLSSVKPIKRVYIPKSNGESRPLGLPTIVDRCRQAVVKSALEPYWEAKFEGCSYGFRPGRSAHDAIQRISGIIRHGTNRNWILDADIKGAFDNIDHNFLLKIIGNFPARNWIQAWLKSGVMQDYQIIKTTAGTPQGGLISPLLLNITLHGMSDILNIIYNKYDHLYSKSEYALVRYADDFVVCAKSESSCIRAKSIINDWLSIRGLELSKEKTRILHINEGFDFLGFNIRQYKTNSTRRGVALLVKPSKDSIKSFKKRMSIEWKKSFSWNIDRIIDNLNSKIFGWCSYFNKVVSKKIFSNLDCWMWIRQARFACRKHPKKSWEWLKKKYWGRIKGRNDNWVFMNKDLYLWKLQWTTIKRHILVKGKSSPDNSKLREYWHKRQADSPKYLFKSRQILWRRQKGKCLVCFDLIDNGESVHVHHITPIRCGGTDHINNLCLLHENCHRQVHSNRGQLIAAVCKLLEPYAE
>NZ_LS398548.1|WP_081420679.1|1796530_1797838_+|MobA/MobL-family-protein
MAIQFARIEFLRRSEGGDSCRKAAYNARTIVKNKQTGIRYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVNQDFKNIQTLMNEVERTETRENSKLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHKPQIGDKNWHVHILVTTRRFKENGEELGDKAVDLEAKFITVKGQWRIIKDSKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSEVPGKHIGPRRIRNFINEVLNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDPTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINNQVYYNDIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALSHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLIKAHKLATNRGQKVIGLAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKNFYARQLNSSR
>NZ_LS398548.1|WP_064613235.1|1797809_1799333_+|AAA-family-ATPase
MQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSKNWSREAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYDWSLSKFKLHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKKSYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDTGKEVSFDPSEIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRYIENLKLYCNKEATKSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDLEKERTKTTVFSKIENWFKSIINDINDRSHVNKEYYHFTAKPEEEAKVEKVQLKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVIHSEGEDFNEMLKNKGAIAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQIIKADIAPKIVIRR
>NZ_LS398548.1|WP_109510692.1|1802645_1803593_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MTKQLKHDSLAKTIMSDPVAAQEFLEYYLPMNFKSLIDLSQIKVEQESYIEESLKKKYSDIVYKVATKKHGNAFIYILIEAQSTVDYWTALRLWRYTLLLCERHKKEKTKLPLVYNLVIYNGKEVYNAPRNLWDLFTDSMIAKQLMTSDYQLVDLQSMSNDEIVRKKHIGMLEYMLKHIHQRDMLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYIYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKGNIMRTIAAKYIDEGRAEGIKLGETKGRAEGRAEAAQGLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY
>NZ_LS398548.1|WP_064612763.1|1808678_1809395_-|conjugal-transfer-protein-TraF
MNAIHLSVIIALFGYLSMELATANSLPTGFLWYNDKHGHELTESSSKLICRAHDHRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINAHEPSNSLHRKLYQEKSEQKNDLKLKNIAKNWGLILQVKEDCLLCKAFMPIVQGFANKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPKHIVPVLYLVASDGKKIYSVARGIISENKIIDNILAIDRYYHKLETR
>NZ_LS398548.1|WP_064612762.1|1809521_1809968_-|DUF4065-domain-containing-protein
MTIQQKGELLSCFDVASYFLVLVDREAGDVITQLKLQKLVYFAQGVHLALFDKPLFKEDIEALENGHVVRHLRSIFGGFEANAIPAPGEIDFSIYTNQQKELIYKIYSSYGEHTASYLRDLTHLHSIWQQAIIRPSRAITKKRDENIF
>NZ_LS398548.1|WP_109510694.1|1811460_1813749_-|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MRNSDDTDDTDDSDIESSINSGSSSNSGKSSDSDDSDDSIFDLIRYCRNIHDIENLVSRIHIDPESSTRITESGRTTIHAAIAWIDQQYLPVVLYLLIRAGVPVNVMSRHSSNTAAHMLSDSGDVHFDSARTLLTSGTDVDINIQNNKGDTPLHIALFSAAPKIALLWINSGANVNILNNSSLLPTHYVQSPDVMRVLIDHGANIKGKLIKGKLDTPLCHAITGNYVDVVVELLRHVTLLDYTDDEADYHVKLAQSYEGRDTKIPELLRVAGLERSLAPLFQLSNKWPLHDAIQSRSIDSFIELLAARGTYNINPNQLNGHKCSPMRLVLETKGIKDIKDINQEYTDQAFMLRALIVAGADVNETSYEDGSLLRTAICKRNPKIANILIAAGASVTNENSSNEDSCEEDNTDLELMMASGDYDMSVFDRTISISNPQARLMEAVESGNIRNIEYLVTCHHADVNVYDESDIPVIFTAAKSGVFEVVKHLVLSCHANPVVKTNDGQTALHYAVLHPMFEKYGVRGKLKTIDFLARYIDVNSVDCGGYTPLHRAIQWCFNEAVDLLIKLGADVNKPVTGKTEITDQMITDAVLTNDRTSIAKLTAISDHQHTQYTPLHIAAAFKNCNVMHVLVENGAIHSAVNRIGETAMHISAGVSDIDSMITLIELEASYIIQDKLNGSTPIHIIAMLGSLNRLLQKLDSNNDILQNVPTNNAGKIPEEYMTMWPEQLLPDDESTEASLSSDDDDVGCDFSGTMEHEQHYNS
>NZ_LS398548.1|WP_064612696.1|1816794_1817178_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC
MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKVGAQLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEKYKVDVVPVIVIDDEKRGLTKKLTGHIPLATALEIMNENTP
>NZ_LS398548.1|WP_174197589.1|1817200_1818178_-|TraU-family-protein
MKELVILFAIVMSITANNCYAAAGCVGRFVNPITDVCWKCLFPITIAGFKVVSSSMPDTNASGRLICLCPKPGIPVPIPGIPVGFWEPVRLVDVTKSPMCMVSLGGLSFGTATQKGMKDEAEGSAFYHIHWYVYPVIYWLEILLDFICLEMAAVDIAYLTEFDPLWSDDAKSAILNPETLLFQNVAAYQACIADCMSCSAGLLASDYAFWCAGCQGMLYPFTGTAAAHNGGVGTSVLMVSKFMAKMHRQLMLWGYYGYKGLCGKYPMPIIKKSQYRLQMTYPIPETKSCKSIGQTEATWQAGREFPVNGEDFGYLIWRKRDCCLL

Crispr_ID: NZ_LS398548_6

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_6
• CRISPR_location: 2328139-2328254
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers
• Cas_protein_info: RT

Consensus repeat of NZ_LS398548_6

Consensus_repeat	Method
TGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398548_6

>6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder
TAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_6

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_6

>merge|NZ_LS398548|6|2328139-2328254|CRISPRCasFinder
TGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCATAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAAGGCA

>NZ_LS398548|6|3|2328139-2328254|CRISPRCasFinder
TGAAGGTATAGAGATTGGTGAAACTAAAGGCA	TAGCTAAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGCTGAAGGCAGAGC
TGAAGGTATAGAGATTGGTGAGACTAAAGGCA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_064612901.1|2330187_2331327_-|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NZ_LS398548.1|WP_109510571.1|2318798_2320514_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	gnl|CDD|275209
NZ_LS398548.1|WP_064612624.1|2335965_2337660_-|conjugal-transfer-protein-TraN	unknown	unknown	gnl|CDD|369160
NZ_LS398548.1|WP_064612911.1|2313472_2314282_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398548.1|WP_174197603.1|2338062_2339040_-|TraU-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377717
NZ_LS398548.1|WP_064612913.1|2312228_2312873_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_174197638.1|2326228_2327323_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NZ_LS398548.1|WP_064612906.1|2318133_2318589_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NZ_LS398548.1|WP_064612907.1|2317055_2318066_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372314
NZ_LS398548.1|WP_064612759.1|2339297_2339957_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW	unknown	unknown	gnl|CDD|274276
NZ_LS398548.1|WP_174190469.1|2339040_2339214_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_109510729.1|2321214_2324016_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398548.1|WP_045912829.1|2337656_2338040_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	unknown	unknown	gnl|CDD|370610
NZ_LS398548.1|WP_064612900.1|2331339_2333973_-|conjugal-transfer-protein-TraG	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NZ_LS398548.1|WP_064612912.1|2312920_2313469_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_064612619.1|2333972_2335274_-|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NZ_LS398548.1|WP_064612902.1|2328427_2330182_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398548.1|WP_064612908.1|2316365_2316950_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_064612899.1|2335270_2335969_-|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|372692
NZ_LS398548.1|WP_064612587.1|2311618_2312194_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_LS398548.1|WP_109510571.1|2318798_2320514_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	RT	pfam00078_RT_CAS-I:CAS-III	5.2e-52	171.2	0.0

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398548.1|WP_064612901.1|2330187_2331327_-|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	1.69885e-23
NZ_LS398548.1|WP_109510571.1|2318798_2320514_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase	gnl|CDD|275209	TIGR04416, hypothetical_protein, group II intron reverse transcriptase/maturase. Members of this protein family are multifunctional proteins encoded in most examples of bacterial group II introns. These group II introns are mobile selfish genetic elements, often with multiple highly identical copies per genome. Member proteins have an N-terminal reverse transcriptase (RNA-directed DNA polymerase) domain (pfam00078) followed by an RNA-binding maturase domain (pfam08388). Some members of this family may have an additional C-terminal DNA endonuclease domain that this model does not cover. A region of the group II intron ribozyme structure should be detectable nearby on the genome by Rfam model RF00029. [Mobile and extrachromosomal element functions, Other].	1.48645e-118
NZ_LS398548.1|WP_064612624.1|2335965_2337660_-|conjugal-transfer-protein-TraN	gnl|CDD|369160	pfam06986, TraN, Type-1V conjugative transfer system mating pair stabilisation. TraN is a large cysteine-rich outer membrane protein involved in the mating-pair stabilisation (adhesin) component of the F-type conjugative plasmid transfer system. TraN is believed to interact with the core type IV secretion system apparatus through the TraV protein.	6.14799e-107
NZ_LS398548.1|WP_064612911.1|2313472_2314282_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	4.72949e-52
NZ_LS398548.1|WP_174197603.1|2338062_2339040_-|TraU-family-protein	gnl|CDD|377717	pfam06834, TraU, TraU protein. This family consists of several bacterial TraU proteins. TraU appears to be more essential to conjugal DNA transfer than to assembly of pilus filaments.	2.3983e-122
NZ_LS398548.1|WP_064612913.1|2312228_2312873_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	8.6586e-23
NZ_LS398548.1|WP_174197638.1|2326228_2327323_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	4.7397e-13
NZ_LS398548.1|WP_064612906.1|2318133_2318589_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	1.08997e-16
NZ_LS398548.1|WP_064612907.1|2317055_2318066_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|372314	pfam12784, PDDEXK_2, PD-(D/E)XK nuclease family transposase. Members of this family belong to the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. These proteins are transposase proteins.	2.69588e-47
NZ_LS398548.1|WP_064612759.1|2339297_2339957_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW	gnl|CDD|274276	TIGR02743, hypothetical_protein, type-F conjugative transfer system protein TraW. This protein is an essential component of the F-type conjugative transfer sytem for plasmid DNA transfer and has been shown to be localized to the periplasm.	2.36221e-56
NZ_LS398548.1|WP_109510729.1|2321214_2324016_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	1.3202e-112
NZ_LS398548.1|WP_045912829.1|2337656_2338040_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC	gnl|CDD|370610	pfam09673, TrbC_Ftype, Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein. This entry represents TrbC, a protein that is an essential component of the F-type conjugative pilus assembly system for the transfer of plasmid DNA. The N-terminal portion of these proteins is heterogeneous.	6.95411e-20
NZ_LS398548.1|WP_064612900.1|2331339_2333973_-|conjugal-transfer-protein-TraG	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	1.87437e-43
NZ_LS398548.1|WP_064612899.1|2335270_2335969_-|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|372692	pfam13728, TraF, F plasmid transfer operon protein. TraF protein undergoes proteolytic processing associated with export. The 19 amino acids at the amino terminus of the polypeptides appear to constitute a typical membrane leader peptide - not included in this family, while the remainder of the molecule is predicted to be primarily hydrophilic in character. F plasmid TraF and TraH are required for F pilus assembly and F plasmid transfer, and they are both localized to the outer membrane in the presence of the complete F transfer region, especially TraV, the putative anchor.	1.41367e-51
NZ_LS398548.1|WP_064612619.1|2333972_2335274_-|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	5.89609e-68
NZ_LS398548.1|WP_064612902.1|2328427_2330182_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	0
NZ_LS398548.1|WP_064612908.1|2316365_2316950_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	1.73846e-36
NZ_LS398548.1|WP_064612587.1|2311618_2312194_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	4.19638e-35

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_174197638.1|2326228_2327323_+|toprim-domain-containing-protein
MAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMNGAITCIVKPPENGDFNNLLQTCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVEAIVVNKYLENHTGIYSSKIFNNPNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNETGEITGAKILTLNSKTCNKADIPEKSIGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIRQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPSTKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKGAVACTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPRLCLKH
>NZ_LS398548.1|WP_109510729.1|2321214_2324016_+|AAA-family-ATPase
MAIQFTRIEFLSRSKGGDSCRKAAYNARTIVKNKQTGIRYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVKQEFKNIQTLMNEVERTAKDPNSQLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHKPQIGDKNWHAHILLTMRRFRKDGTGLGDRAVDLNPKIITVNGKKVVIKDHKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSEVPGKHIGPRRIRNLINEVLNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDLTARELLVQKVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINNRVYYNDIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLIKAHELATNRGQKVIGLAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSENWSREAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKPHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKKSYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDTGKEVSFDPSEIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRHIKSLKLYCNNEATGSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDFEKERTKTTVFSKIENWFKSIINDINDRSHVNKEYYHFTAKPEEEAKVEKVQLKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVIHSEGEDFNEMLKNKGAIAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQIVKADIAPKIGLRR
>NZ_LS398548.1|WP_109510571.1|2318798_2320514_-|group-II-intron-reverse-transcriptase/maturase
MLNANVTIETKDNFKKIYWHSIDWKEIIQKVNNLRRRIYRASANGNMKLVRNLQRLMLKSRANRLLAIRRVTQINKGRKSPGIDKIVVKTDKERSLLMEKLADNNLSSVKPIKRVYIPKSNGESRPLGLPTILDRCRQAVVKSALEPYWEAKFEGCSYGFRPGRSAHDAIQRISGIIRHGTNRNWILDADIKGAFDNIDHNFLLKIIGNFPARNWIQAWLKSGVMQDYQIIKTTAGTPQGGLISPLLLNITLHGMSDILNIIYNKYDHLYSKSEYALVRYADDFVVCAKSESSCIRAKSIINDWLSIRGLELSKEKTRILHINEGFDFLGFNIRQYKTNSTRRGVALLVKPSKDSIKSFKKRMSIEWKKSFSWNIDRIIDNLNSKIFGWCSYFNKVVSKKIFSNLDCWMWIRQARFACRKHPKKSWEWLKKKYWGRIKGRNDNWVFMNKDLYLWKLQWTTIKRHILVKGKSSPDNSKLREYWHKRQADSPKYLFKSRQILWRRQKGKCLVCFDLIDNGESVHVHHITPIRCGGTDHINNLCLLHENCHRQVHSNRGQLIAAVCKLLEPYAE
>NZ_LS398548.1|WP_064612906.1|2318133_2318589_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLLAKANLDHLPTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDENTKRHIHLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYSIELVV
>NZ_LS398548.1|WP_064612907.1|2317055_2318066_+|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase
MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNRKIIEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKDKVEELNNITEKWCYFFKHAKETTLDGYNKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGKAEGIKLGEAKGKAKAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548.1|WP_064612908.1|2316365_2316950_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLLNKLFETNVRFDTKIDLDKVEKAIFYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVAYYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIVKVFGRKIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTLYNRNKTELLLIKLFDRFHNIQTVSIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAKYLNLPEIAIELNKYCELYVKTKV
>NZ_LS398548.1|WP_064612911.1|2313472_2314282_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSSLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGERFYTRLPFDEKDQIRLRDFVQELTNKGVKVMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC
>NZ_LS398548.1|WP_064612912.1|2312920_2313469_+|hypothetical-protein
MNVLKSILQPCYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKVSVDTSQFYIKFSTGIATNYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLESAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRFGLRVHI
>NZ_LS398548.1|WP_064612913.1|2312228_2312873_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVKQLINKDSTLVNSKYKNGTTALSVALKYKNLPIAEILLSNGANVNAQDNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECRCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNKIIDIIQLLIDYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADIFNFLTEQWVPWY
>NZ_LS398548.1|WP_064612587.1|2311618_2312194_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSSETDTIITAILHDTIEDTTLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRNQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAEYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
>NZ_LS398548.1|WP_064612902.1|2328427_2330182_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTSKHGFKIQQLWEFLINSALLESLIVFAIGVIISIVFFTAQGKRTIIKAKIRGADFVGYKCLAKMLKSAKKASKIRFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDPKCDKLLNPLEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETSWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVWGYKLLKKLKLVEY
>NZ_LS398548.1|WP_064612901.1|2330187_2331327_-|tetratricopeptide-repeat-protein
MKNVCKNLAIILSLVLLNTVTVAAEQSIQQDLIHDKAILAEEYSNIGSSFLRLKKYQDAIENFDIAIKYDPSYASAYNSKGIALDDSGKPLEAVENFNFAIKYNSGFAEAYNNKAVSYRKLGKNEEAITLCDLAIQYKPDYVTAYNNKGASLNDLGQYEEAIKNFDIAIKYKSDNSEAYYNKGTVLMNLGQFQEAIENYDTAIRYRPNYAEAYHNKGLTLAILGQFQNAIEHFDLAIKYDPNDLKAYNNKGYVLNLLKRYAEAMESCNLAIKIDPNCADSYYIKGMVFEKLGKHQDAIKNYDIAAKYNPNFAKNYLEKGISLVSLGQYSKAKENFNLAIKYNPNIIAEYEAMFKKLTELDNFIGVKEYEQKLQILKKYS
>NZ_LS398548.1|WP_064612900.1|2331339_2333973_-|conjugal-transfer-protein-TraG
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKATVWLKDEVSMSAPVKVDNIPIGIAMFASLSSQTSYFVSKMLENHLLPAYEGLSSRKTGIMFGAKAVAKIRDVQIHDPVTLTNTKEFLRQCFMKPYIIGNILGKKAAAQQTNDIIGFIEQNIPNNFGIYYREPSNLGISFKTCRQATPLIKAAIHKELNEGLLTNFAAAIGVQSDQSHMLSQRLKVMTGDTLKYLQREQQDIHEWMKQAMLLNANRESYDDWREKFSLSRIYPNLVSMHAIRGLFQKSFSYLVAGEMAAHMMPILQSVFFAVVVSMIFIVFPMGLLPGGYNILKTWILLIIWVSSWPVFFTIIHCLGMISLSSKSGAFGSDYGLNMLSQGSFAEMILYSYATFQMLASSIPMLSWGVLKACAHATANLASQFSPIQVASSLGSNIVDNNLSMDNYSIGNRTIFQQNLAPSLDMSASINDGSIKVTTTDDGRQIINENVDSLGNNFRSSALIQTGYQNQFLSSQSRLNSLTQKESNLISTGNSMAIDIGRRLTHDEALSIGLTESEYQALQEIGSSSIATTEYTGSSHSKSSGTSAGASVGWGGVNSGVLGNKKDEQNKGISANQQQSYNEALSKIKSAVEERRLSSTNSEVQSLSENLNANLSEQQSVGQEIAKTKQEMEQLSYSMNYVSQNSITIDRNINELVLNAIIDQNPEISSKEQAARWAKDHSAEAEKIAFEVAKINNEVPKDLSHNINDSNVSTKQDVQNTFEKNVEQLQAIYDESNEMYSQNIKQTSSDNEKIKNLDRISDSIKNKTQEIQDEFDNTSNSAVILTGKQVVEAVKNLKGNK
>NZ_LS398548.1|WP_064612619.1|2333972_2335274_-|conjugal-transfer-protein-TraH
MSIRIRVYVITMLLLLQAPVSLAWNIENVFQGMSVNVTRSGSYQDQAAGYYAAGGLSARTSQTSFQPFAITPPSLNMSCSGIDAYLGSFSVISGEELVQLMKNIGSQAKVYAFSLGLKTFAPQIENALKDLRNLAMEMNQFAKGDCELTKALFATALPRNWAMREAVCRDIQSQSGFDYFAAGKKCRNDLAQKQSLRQAQNKDPELMLDDYNIFTKAAAKVGIPSDMRDSIMSMTGTIVVTNNNVHFYDSLAQDEKSWISHLKGGESASIYSCDNVSCLHPSLQRNITILPEKSYAGKAKQQLKNLKINFENNSEFTDSEIAFLSSIGDIFPIYDYIILESISGVTILDSSSELIASYTLVQHLKEVITEIRRAVTSLGAKQVSNEHLERYLKELNRVQLFANEKWTSLQTDANRIDKRARLIEQHLIAKEKS
>NZ_LS398548.1|WP_064612899.1|2335270_2335969_-|conjugal-transfer-protein-TraF
MSRLLMFMILISHLSTVDASPTGFLWYNDKHDHELNNSSSKLMSWTHDHRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINAHEPSNSLHRKLYQEKSEQKNDLKLKNIAKNWGLILQVKQDCLLCKAFIPIVQSFANKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPKHVVPVLYLVASDGKKIYAVARSIISEDKIIDNILAIDRYYHKLETA
>NZ_LS398548.1|WP_064612624.1|2335965_2337660_-|conjugal-transfer-protein-TraN
MKQLIVLVLIILNINCCLASMQSSYNEASNYNVNLGNSSNTQELFHQGSNVNYPNNDEDLTYHGRNQLSTESGAMLFQAENSKNNALTQHNINDQNYMIANSMRIESDPLSALDSSNFVTQTSTTNTEIIQSCTEGSKFNIELIRELNVECKLENVWLPWQSRQMEFATEEIKENHSNWINSRSDVYDDELDAQVYCLADDPEAIVKQMKWAIANRLGASIHHVGRNLLLEVNEKICILHYDYRDKTQELRKVAEYWKVLNPELEQLTESNECYEVNRINYDGGDRVFFDKFKVNRPYWKQKIVFSCTSDPKDGCKHLKIQNCELKNSTCQKSVANICLLWQHDYSCSTEKQTMLHSSLRNNSIFCLGGNCNTPTIIPNRDIAKVAHIAMLNQMSKDIKTNPVSVFSGKHRKCKKDVFSFLNCCSSMTGWGRDIGLSQCKSKEQELALYRKKGYCYYIGTYCSSRIPILGICLARKSTYCCFQSKLARIFQEEARKQLKIDFGTPECPNCRGLTVKELQKVDFTKINMDELFGDILTKAQNSMNKDIIAGIKDKVHRMQQSQSK
>NZ_LS398548.1|WP_045912829.1|2337656_2338040_-|type-F-conjugative-transfer-system-pilin-assembly-protein-TrbC
MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKSGARLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEKYKVDVVPVIVIDDEKRGLTKKLTGHIPLATALEIMNENTP
>NZ_LS398548.1|WP_174197603.1|2338062_2339040_-|TraU-family-protein
MKELVILFAIVMSITANNCYAAAGCVGRFVNPITDVCWKCLFPITIAGFKVVSSSMPDTNASGRLICLCPKPGIPVPIPGIPVGFWEPVRLVDVTKSPMCMVSLGGLSFGTATQKGMKDEAEGSAFYHIHWYVYPVIYWLEILLDFICLEMAAVDIAYLTEFDPLWSDDAKSAILNPETLLFQNVAAYQACIADCMSCSAGLLASDYAFWCAGCQGMLYPFTGTAAAHNGGVGTSVLMVSKFMAKMHRQLMLWGYYGYKGLCGKYPMPIIKKSQYRLQMTYPIPETKSCKSIGQTEAIWQAGREFPVNGEDFGYLIWRKRDCCLL
>NZ_LS398548.1|WP_174190469.1|2339040_2339214_-|hypothetical-protein
MKSWKLQQLEQDLVKIVNNTLRGEIQEIVNPGGETLYLIPGNRYPKLLRKISSMQAK
>NZ_LS398548.1|WP_064612759.1|2339297_2339957_-|type-F-conjugative-transfer-system-protein-TraW
MKQGVVICIGTFFALFAVAYQVSDIRANLLNADIGIEIKDYGTRGHVFPIIEESLLEVIMAKLNAASKSGLLNQMQLEFQEKVKQKIMRPVPVKNLSKATENKTRIYDSTYVQKDDIKTKNGIIIVKGGTKINPLEMIYWGEPLILIDGDDEDQVAWAKSRPGKIVLVNGNPIELSNLLGRHVFFDQLGFLSMKFKIQAVPAIIEQENTVLKISEVSTL

Crispr_ID: NZ_LS398548_7

• CRISPR_ID: NZ_LS398548_7
• CRISPR_location: 2404586-2404808
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398548_7

Consensus_repeat	Method
TAAAATCAGCATAAGCTTCAGCATAGTTTTGAGCATAACA	PILER-CR
TTCAGCATAGTTTTGAGCATAACA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398548_7

>7.1|2404626|36|NZ_LS398548|PILER-CR
AACATCTTTTCCACTTGCTACAGTTTCAGCAAAAAT
>7.2|2404702|20|NZ_LS398548|PILER-CR
TTTGGGTTTACCACTGATGA
>7.3|2404626|24|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder
AACATCTTTTCCACTTGCTACAGT
>7.4|2404674|48|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder
TTGAGCATAACATTTGGGTTTACCACTGATGATACAATCTGCATAAGC
>7.5|2404746|39|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder
GTCTCCTTTATGATGATTTTTAATAGACGAACTAAAACC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398548_7

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398548_7

>merge|NZ_LS398548|7|2404586-2404808|PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAAATCAGTATTAGCTTCAGCATAGTTTCGAGCATAATTAACATCTTTTCCACTTGCTACAGTTTCAGCAAAAATTTCAGCATAGTTTTGAGCATAACATTTGGGTTTACCACTGATGATACAATCTGCATAAGCTTCAGCGTAGTTTTGAGCATAACAGTCTCCTTTATGATGATTTTTAATAGACGAACTAAAACCTTCAACATAGATTTTAGCAAAGTT

>NZ_LS398548|7|3|2404586-2404745|PILER-CR
TAAAATCAGTATTAGCTTCAGCATAGTTTCGAGCATAATT	AACATCTTTTCCACTTGCTACAGTTTCAGCAAAAAT
TTCAGCATAGTTTTGAGCATAACATTTGGGTTTACCACTG	ATGATACAATCTGCATAAGC
TTCAGCGTAGTTTTGAGCATAACA

>NZ_LS398548|7|4|2404602-2404808|CRISPRCasFinder
TTCAGCATAGTTTCGAGCATAATT	AACATCTTTTCCACTTGCTACAGT
TTCAGCAAAAATTTCAGCATAGTT	TTGAGCATAACATTTGGGTTTACCACTGATGATACAATCTGCATAAGC
TTCAGCGTAGTTTTGAGCATAACA	GTCTCCTTTATGATGATTTTTAATAGACGAACTAAAACC
TTCAACATAGATTTTAGCAAAGTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398548.1|WP_045912221.1|2407819_2408008_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_045912215.1|2400240_2400672_+|RNA-polymerase-binding-protein-DksA	unknown	unknown	gnl|CDD|274124
NZ_LS398548.1|WP_045912212.1|2392891_2397817_-|NAD-glutamate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|377452
NZ_LS398548.1|WP_064612929.1|2419514_2420042_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_109510665.1|2416048_2416858_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398548.1|WP_162563020.1|2409303_2409462_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_012462271.1|2400761_2401289_+|inorganic-diphosphatase	unknown	unknown	gnl|CDD|179262
NZ_LS398548.1|WP_045912217.1|2402168_2403110_+|RluA-family-pseudouridine-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|223638
NZ_LS398548.1|WP_045912213.1|2397898_2399242_+|tRNA-uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34)-synthesis-GTPase-MnmE	unknown	unknown	gnl|CDD|235392
NZ_LS398548.1|WP_064613122.1|2415538_2416045_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_045912220.1|2405671_2407051_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398548.1|WP_080946507.1|2388747_2388930_-|conjugal-transfer-protein-TraB	unknown	unknown	gnl|CDD|319756
NZ_LS398548.1|WP_064612747.1|2414240_2414813_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398548.1|WP_064613120.1|2414847_2415492_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398548.1|WP_109510698.1|2418933_2419509_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
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NZ_LS398548.1|WP_045912214.1|2399267_2400206_+|tyrosine-recombinase-XerC	unknown	unknown	gnl|CDD|234698
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rpsblast for functional proteins

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NZ_LS398548.1|WP_012462271.1|2400761_2401289_+|inorganic-diphosphatase	gnl|CDD|179262	PRK01250, PRK01250, inorganic diphosphatase.	4.33428e-97
NZ_LS398548.1|WP_045912215.1|2400240_2400672_+|RNA-polymerase-binding-protein-DksA	gnl|CDD|274124	TIGR02420, RNA_polymerase-binding_transcription_factor_DksA, RNA polymerase-binding protein DksA. The model that is the basis for this family describes a small, pleiotropic protein, DksA (DnaK suppressor A), originally named as a multicopy suppressor of temperature sensitivity of dnaKJ mutants. DksA mutants are defective in quorum sensing, virulence, etc. DksA is now understood to bind RNA polymerase directly and modulate its response to small molecules to control the level of transcription of rRNA. Nearly all members of this family are in the Proteobacteria. Whether the closest homologs outside the Proteobacteria function equivalently is unknown. The low value set for the noise cutoff allows identification of possible DksA proteins from outside the proteobacteria. TIGR02419 describes a closely related family of short sequences usually found in prophage regions of proteobacterial genomes or in known phage. [Transcription, Transcription factors, Regulatory functions, Small molecule interactions].	2.20463e-41
NZ_LS398548.1|WP_045912212.1|2392891_2397817_-|NAD-glutamate-dehydrogenase	gnl|CDD|377452	pfam05088, Bac_GDH, Bacterial NAD-glutamate dehydrogenase. This family consists of several bacterial proteins which are closely related to NAD-glutamate dehydrogenase found in Streptomyces clavuligerus. Glutamate dehydrogenases (GDHs) are a broadly distributed group of enzymes that catalyze the reversible oxidative deamination of glutamate to ketoglutarate and ammonia.	0
NZ_LS398548.1|WP_109510665.1|2416048_2416858_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	5.89737e-52
NZ_LS398548.1|WP_045912214.1|2399267_2400206_+|tyrosine-recombinase-XerC	gnl|CDD|234698	PRK00236, xerC, site-specific tyrosine recombinase XerC; Reviewed.	6.64211e-125
NZ_LS398548.1|WP_045912217.1|2402168_2403110_+|RluA-family-pseudouridine-synthase	gnl|CDD|223638	COG0564, RluA, Pseudouridylate synthases, 23S RNA-specific [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	2.20271e-61
NZ_LS398548.1|WP_045912213.1|2397898_2399242_+|tRNA-uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34)-synthesis-GTPase-MnmE	gnl|CDD|235392	PRK05291, trmE, tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE.	0
NZ_LS398548.1|WP_080946507.1|2388747_2388930_-|conjugal-transfer-protein-TraB	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	1.90842e-05
NZ_LS398548.1|WP_064613120.1|2414847_2415492_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	7.83199e-22
NZ_LS398548.1|WP_109510698.1|2418933_2419509_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	4.15134e-37
NZ_LS398548.1|WP_045912221.1|2407819_2408008_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	1.58746e-09
NZ_LS398548.1|WP_050731371.1|2403905_2404199_+|transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	5.45526e-28
NZ_LS398548.1|WP_045912216.1|2401312_2402185_+|DNA-polymerase-III-subunit-delta'	gnl|CDD|235833	PRK06581, PRK06581, DNA polymerase III subunit delta'; Validated.	4.44429e-112
NZ_LS398548.1|WP_064612747.1|2414240_2414813_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	3.16531e-31

Protein sequences

>NZ_LS398548.1|WP_050731371.1|2403905_2404199_+|transposase
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>NZ_LS398548.1|WP_045912217.1|2402168_2403110_+|RluA-family-pseudouridine-synthase
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70. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2430945-2430962, mismatch: 0, identity: 1.0

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71. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2430957-2430974, mismatch: 0, identity: 1.0

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72. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2430969-2430986, mismatch: 0, identity: 1.0

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73. spacer 5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 188921-188975, mismatch: 0, identity: 1.0

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74. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 2368398-2368449, mismatch: 0, identity: 1.0

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77. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 972381-972410, mismatch: 1, identity: 0.967

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78. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1412014-1412043, mismatch: 1, identity: 0.967

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79. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1583964-1583993, mismatch: 1, identity: 0.967

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81. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 78969-78998, mismatch: 1, identity: 0.967

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************************** ***

82. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 729186-729215, mismatch: 1, identity: 0.967

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83. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 972381-972410, mismatch: 1, identity: 0.967

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84. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1412014-1412043, mismatch: 1, identity: 0.967

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86. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2430921-2430950, mismatch: 1, identity: 0.967

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************************** ***

87. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 78981-78998, mismatch: 1, identity: 0.944

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89. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 349429-349446, mismatch: 1, identity: 0.944

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90. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 497916-497933, mismatch: 1, identity: 0.944

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91. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 729186-729203, mismatch: 1, identity: 0.944

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92. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1135557-1135574, mismatch: 1, identity: 0.944

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94. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1583976-1583993, mismatch: 1, identity: 0.944

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95. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1624220-1624237, mismatch: 1, identity: 0.944

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96. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1895429-1895446, mismatch: 1, identity: 0.944

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97. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2033631-2033648, mismatch: 1, identity: 0.944

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98. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2368470-2368487, mismatch: 1, identity: 0.944

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99. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2430921-2430938, mismatch: 1, identity: 0.944

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100. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1135581-1135598, mismatch: 1, identity: 0.944

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101. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1412038-1412055, mismatch: 1, identity: 0.944

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102. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1465015-1465032, mismatch: 1, identity: 0.944

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103. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1465063-1465080, mismatch: 1, identity: 0.944

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104. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1624304-1624321, mismatch: 1, identity: 0.944

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105. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1946993-1947010, mismatch: 1, identity: 0.944

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106. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1947005-1947022, mismatch: 1, identity: 0.944

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107. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1947017-1947034, mismatch: 1, identity: 0.944

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108. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1947029-1947046, mismatch: 1, identity: 0.944

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109. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2328253-2328270, mismatch: 1, identity: 0.944

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111. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 155666-155695, mismatch: 2, identity: 0.933

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112. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 280492-280521, mismatch: 2, identity: 0.933

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119. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1946945-1946974, mismatch: 2, identity: 0.933

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122. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 155666-155695, mismatch: 2, identity: 0.933

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***************.********** ***

123. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 280492-280521, mismatch: 2, identity: 0.933

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***************.*.************

124. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 349321-349350, mismatch: 2, identity: 0.933

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125. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 349369-349398, mismatch: 2, identity: 0.933

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126. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 729222-729251, mismatch: 2, identity: 0.933

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***************.*.************

127. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1624280-1624309, mismatch: 2, identity: 0.933

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***************.********** ***

128. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1785192-1785221, mismatch: 2, identity: 0.933

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***************.********** ***

129. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1785228-1785257, mismatch: 2, identity: 0.933

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***************.*.************

130. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1946945-1946974, mismatch: 2, identity: 0.933

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***************.*.************

131. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2328229-2328258, mismatch: 2, identity: 0.933

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***************.********** ***

132. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 912909-912926, mismatch: 2, identity: 0.889

tatagagattggtgagac	CRISPR spacer
tataaagcttggtgagac	Protospacer
****.** **********

133. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1349861-1349878, mismatch: 2, identity: 0.889

tatagagattggtgagac	CRISPR spacer
tataaagcttggtgagac	Protospacer
****.** **********

134. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1465039-1465056, mismatch: 2, identity: 0.889

tatagagattggtgagac	CRISPR spacer
tataaagcttggtgagac	Protospacer
****.** **********

135. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1803428-1803445, mismatch: 2, identity: 0.889

tatagagattggtgagac	CRISPR spacer
tataaagcttggtgagac	Protospacer
****.** **********

136. spacer 3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2209152-2209169, mismatch: 2, identity: 0.889

tatagagattggtgagac	CRISPR spacer
tataaagcttggtgagac	Protospacer
****.** **********

137. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 78921-78938, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

138. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 180107-180124, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

139. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 280516-280533, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

140. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 349357-349374, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

141. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 349405-349422, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

142. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 497940-497957, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

143. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 729246-729263, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

144. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 798837-798854, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

145. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 972357-972374, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

146. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1135593-1135610, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

147. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1411990-1412007, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

148. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1624244-1624261, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

149. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1785252-1785269, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

150. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1895393-1895410, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

151. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 1946981-1946998, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

152. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2033607-2033624, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

153. spacer 3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT matches to position: 2368434-2368451, mismatch: 2, identity: 0.889

cagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
catagctaaaggcagagc	Protospacer
** ****.**********

154. spacer 5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 903203-903257, mismatch: 2, identity: 0.964

atctggtttatacttaatagctaaatcaaaattctctattgcatcttgatattgt	CRISPR spacer
atctggtttatacttaatagccaaatcaaaattctctattgcctcttgatattgt	Protospacer
*********************.******************** ************

155. spacer 5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 1339509-1339563, mismatch: 2, identity: 0.964

atctggtttatacttaatagctaaatcaaaattctctattgcatcttgatattgt	CRISPR spacer
atctggtttatacttaatagccaaatcaaaattctctattgcctcttgatattgt	Protospacer
*********************.******************** ************

156. spacer 5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 1455369-1455423, mismatch: 2, identity: 0.964

atctggtttatacttaatagctaaatcaaaattctctattgcatcttgatattgt	CRISPR spacer
atctggtttatacttaatagccaaatcaaaattctctattgcctcttgatattgt	Protospacer
*********************.******************** ************

157. spacer 5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 1594924-1594978, mismatch: 2, identity: 0.964

atctggtttatacttaatagctaaatcaaaattctctattgcatcttgatattgt	CRISPR spacer
atctggtttatacttaatagccaaatcaaaattctctattgcctcttgatattgt	Protospacer
*********************.******************** ************

158. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 180083-180134, mismatch: 2, identity: 0.962

tagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
tagctaaaggcatagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	Protospacer
************ ****.**********************************

159. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 972333-972384, mismatch: 2, identity: 0.962

tagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
tagctaaaggcatagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	Protospacer
************ ****.**********************************

160. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 1895369-1895420, mismatch: 2, identity: 0.962

tagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
tagctaaaggcatagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	Protospacer
************ ****.**********************************

161. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 1946983-1947034, mismatch: 2, identity: 0.962

tagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
tagctaaaggcagagctgaaggcatagctgaaggcagagctgaaggcatagc	Protospacer
************************ *********************** ***

162. spacer 6.1|2328171|52|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to position: 2368410-2368461, mismatch: 2, identity: 0.962

tagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	CRISPR spacer
tagctaaaggcatagctaaaggcagagctgaaggcagagctgaaggcagagc	Protospacer
************ ****.**********************************

163. spacer 4.2|1662361|62|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 117448-117509, mismatch: 4, identity: 0.935

gaaaaatcttggaaagctactagaagcaattgacaattatgatcaagctatgcgatacaa	CRISPR spacer
gaaaaatcttggaaagctactagaagcaattgacaattatgatcaagctattcgatacag	Protospacer
*************************************************** *******.

164. spacer 5.2|1790847|72|NZ_LS398548|PILER-CR matches to position: 188819-188890, mismatch: 12, identity: 0.833

ttgtaagcatttggtaaatctggtttatacttaatagcttgatcataattttcaattgct	CRISPR spacer
ttgtaagcatttggtaaatctggtttatacttaatagcttgatcataattttcaattgct	Protospacer
************************************************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28706-28742	4	0.892
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29758-29794	4	0.892
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	MF448557	Lactococcus phage 37201, complete genome	28731-28767	5	0.865
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28694-28730	5	0.865
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29746-29782	5	0.865
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049401	Lactococcus phage 38503, complete genome	26121-26157	5	0.865
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	MF448556	Lactococcus phage 30804, complete genome	27171-27207	5	0.865
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_013155	Lactococcus phage CB13, complete genome	29768-29804	6	0.838
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	MF448557	Lactococcus phage 37201, complete genome	28743-28779	7	0.811
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	28718-28754	7	0.811
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049402	Lactococcus phage 38507, complete genome	29770-29806	7	0.811
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	NC_049401	Lactococcus phage 38503, complete genome	26133-26169	7	0.811
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	MF448556	Lactococcus phage 30804, complete genome	27183-27219	7	0.811
NZ_LS398548_1	1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	280447-280483	37	MN693255	Marine virus AFVG_25M362, complete genome	24937-24973	8	0.784
NZ_LS398548_3	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	KY065482	Streptococcus phage IPP42, complete genome	11951-11980	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	KY065489	Streptococcus phage IPP51, complete genome	12389-12418	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	KY065481	Streptococcus phage IPP41, complete genome	11772-11801	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	KY065449	Streptococcus phage IPP5, complete genome	13149-13178	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	NC_030946	Streptococcus phage phiARI0923, complete genome	21082-21111	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	KY065482	Streptococcus phage IPP42, complete genome	11951-11980	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	KY065489	Streptococcus phage IPP51, complete genome	12389-12418	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	KY065481	Streptococcus phage IPP41, complete genome	11772-11801	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	KY065449	Streptococcus phage IPP5, complete genome	13149-13178	8	0.733
NZ_LS398548_3	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	NC_030946	Streptococcus phage phiARI0923, complete genome	21082-21111	8	0.733
NZ_LS398548_2	2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	318187-318218	32	NC_015426	Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p2BKT015925, complete sequence	65821-65852	9	0.719
NZ_LS398548_2	2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	318187-318218	32	NZ_CP020413	Leptospira interrogans serovar Copenhageni strain FDAARGOS_203 plasmid unnamed1, complete sequence	126164-126195	11	0.656
NZ_LS398548_2	2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder	318187-318218	32	MN453779	Aeromonas phage PS2, complete genome	177877-177908	16	0.5

1. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.892

aactaaaggcatagctaaaggcatagctaaaggcata	CRISPR spacer
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*.********* *********** *********** *

2. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.892

aactaaaggcatagctaaaggcatagctaaaggcata	CRISPR spacer
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*.********* *********** *********** *

3. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MF448557 (Lactococcus phage 37201, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.865

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*.********* *********** *********** .

4. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.865

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*.********* *********** *********** .

5. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.865

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*.********* *********** *********** .

6. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049401 (Lactococcus phage 38503, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.865

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*.********* *********** *********** .

7. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MF448556 (Lactococcus phage 30804, complete genome) position: , mismatch: 5, identity: 0.865

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*.********* *********** *********** .

8. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_013155 (Lactococcus phage CB13, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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*.********* *********** *********.* .

9. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MF448557 (Lactococcus phage 37201, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

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..* * ***** *********** *********** *

10. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

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..* * ***** *********** *********** *

11. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049402 (Lactococcus phage 38507, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

aactaaaggcatagctaaaggcatagctaaaggcata	CRISPR spacer
ggcaataggcaaagctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
..* * ***** *********** *********** *

12. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_049401 (Lactococcus phage 38503, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

aactaaaggcatagctaaaggcatagctaaaggcata	CRISPR spacer
ggcaataggcaaagctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
..* * ***** *********** *********** *

13. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MF448556 (Lactococcus phage 30804, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

aactaaaggcatagctaaaggcatagctaaaggcata	CRISPR spacer
ggcaataggcaaagctaaaggcaaagctaaaggcaaa	Protospacer
..* * ***** *********** *********** *

14. spacer 1.1|280447|37|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MN693255 (Marine virus AFVG_25M362, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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tactaaaggtatagctaaaggtatagctaaagttggt	Protospacer
 ********.***********.********** ..  

15. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065482 (Streptococcus phage IPP42, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***********.*********  ..  ** 

16. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065489 (Streptococcus phage IPP51, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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***********.*********  ..  ** 

17. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065481 (Streptococcus phage IPP41, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***********.*********  ..  ** 

18. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065449 (Streptococcus phage IPP5, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
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***********.*********  ..  ** 

19. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to NC_030946 (Streptococcus phage phiARI0923, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

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tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

20. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065482 (Streptococcus phage IPP42, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

21. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065489 (Streptococcus phage IPP51, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

22. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065481 (Streptococcus phage IPP41, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

23. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to KY065449 (Streptococcus phage IPP5, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

24. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to NC_030946 (Streptococcus phage phiARI0923, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.733

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattgatgaaactaattatcaaga	Protospacer
***********.*********  ..  ** 

25. spacer 2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NC_015426 (Clostridium botulinum BKT015925 plasmid p2BKT015925, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.719

aataaaggaatttctttataccaattagggca	CRISPR spacer
tctgttggaatttctttatataaattagggac	Protospacer
  *.  **************. ********  

26. spacer 2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to NZ_CP020413 (Leptospira interrogans serovar Copenhageni strain FDAARGOS_203 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.656

aataaaggaatttctttataccaattagggca	CRISPR spacer
ggaaaaggaatttctttttacgaatttcctat	Protospacer
.. ************** *** ****      

27. spacer 2.1|318187|32|NZ_LS398548|CRISPRCasFinder matches to MN453779 (Aeromonas phage PS2, complete genome) position: , mismatch: 16, identity: 0.5

------------aataaaggaatttctttataccaattagggca	CRISPR spacer
aaataaagttggtgtaaaggaattcctttatc------------	Protospacer
             .**********.******             

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	25718 : 110291	50	Wolbachia_phage(11.76%)	integrase,transposase	attL 22763:22802|attR 117178:117217
DBSCAN-SWA_2	121595 : 190668	46	Wolbachia_phage(20.0%)	integrase,transposase	attL 135301:135360|attR 171264:172516
DBSCAN-SWA_3	301851 : 378468	54	Orpheovirus(25.0%)	integrase,transposase,tRNA	attL 317301:317360|attR 399586:399695
DBSCAN-SWA_4	465591 : 532356	46	Tupanvirus(20.0%)	integrase,transposase,tRNA	attL 459834:459851|attR 537981:537998
DBSCAN-SWA_5	671115 : 700919	29	Tupanvirus(22.22%)	integrase,transposase,tRNA	attL 689131:689157|attR 701047:701073
DBSCAN-SWA_6	847156 : 929864	46	Bacillus_phage(20.0%)	integrase,transposase,tRNA	attL 927912:927928|attR 934064:934080
DBSCAN-SWA_7	953002 : 1022075	54	Streptococcus_phage(18.18%)	integrase,transposase	attL 947416:947439|attR 1000788:1000811
DBSCAN-SWA_8	1270729 : 1339138	48	Bacteriophage(18.18%)	integrase,transposase,tRNA	attL 1270585:1270624|attR 1322886:1322925
DBSCAN-SWA_9	1418343 : 1492553	58	Streptococcus_phage(16.67%)	integrase,transposase,protease,tRNA	attL 1401307:1401325|attR 1506023:1506041
DBSCAN-SWA_10	1507739 : 1671410	111	Streptococcus_phage(21.21%)	integrase,transposase,portal	attL 1593585:1593625|attR 1683624:1683664
DBSCAN-SWA_11	1703616 : 1790220	57	Streptococcus_phage(15.79%)	integrase,transposase,tRNA	attL 1702580:1702621|attR 1760738:1760779
DBSCAN-SWA_12	1802645 : 1873237	48	Salmonella_phage(10.0%)	integrase,transposase,tRNA	attL 1837629:1837650|attR 1884749:1884770
DBSCAN-SWA_13	2158208 : 2262599	52	Pseudomonas_phage(14.29%)	integrase,transposase,protease,tRNA	attL 2150972:2150989|attR 2204808:2204825
DBSCAN-SWA_14	2277948 : 2348000	53	Streptococcus_phage(21.43%)	integrase,protease,transposase,tRNA	attL 2323396:2323431|attR 2356820:2356855

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_LS398548|25718:110291|DBSCAN-SWA
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MITYSTCYCKTPVSDFSQILLNKLILINQHTQGYINLYEVTKAIKYAKKYHGKQKRDTGEPYYIYPLEVACTVAEYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIAKVFCVKIAEQVFDLTRIRNNKKISSREMIKILRQQNKKDLLLIKLCDRLHNIQTVFIKSDEKRQKIIIETEQEFIPLARHLKLSKIADKLSGYCLLNTYLE
>NZ_LS398548|25718:110291|107820_108603_+|WP_109510531.1|DBSCAN-SWA
MPIEDEGQNKINKLTEKLSTEGINSTTIKQIDTEMQKLYFQLEESEQVSIKLIDWIQYFRLIVNNYDRKKVNIIASLNGMIFLFRQYIASTNVRHENLCLKKFSIQKLVKNAVRRLEDIAKEKDIKINYNFQYKMKDIVIGNSDHLQAILSQLIGSVIRFNHSCQVIITVHLFTIKNYIKSDNILQFRIHDTGSGISKEKLGNIKAKLADFELVRDYPLMLESGLWFVNYLINQLNGEMEIESEKDKFTTITCNIPVQLF
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MKLPFSIASFYYFTNIEDLDTLLPRLLLLCKKKYIKGTIIIAKEGINGSIAGTNDNINIVLNQIKDIFGDTIDLNVKINYCSYNPFDKLKVKLKNEIIALGVGSINAQALMGEYIQANEWDSFILRRDCIVIDTRNNYETNIGAFKNAVIPNTDTFKQFPDWIQRNKDKLKGKKIAMYCTGGIRCVKSTAYLKNIGFDKVYHLKGGILKYLMDTGNLQNLWQGNCFVFDNRIAVDNKLRPVNASIHK
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MKLDQIKELKDEKFRRLTGVRKRTFSKMVDILRKADGLKKSKGGRKNKLNLEEQLLMVLEYLREYRTYFHIGQNYGISESSAYKAVKWVEDTLVKHPNFTLPYRKALMKSDMNYEVVLIDATESPIERPKKKQKFYYSGKKKRHTLKTQIVVDKKMRQVICTDFSNGKKHDFRLFKKSKILIHPKVKVITDTGYQGIQKIHNNSELPKKKSKKNPLTKNDKKNNHRLAGARVVNENVIGMLKRFKIIADKYRNRRKRFSLRFNLISGIYNFELP
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MNVLKLLLQPGYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNASKGGIDTSQQFYIKFSTGIATSYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFIQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRVGWRVHI
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MKSITLKLTNKLIRKIKIPTKRTSTIQDKVEPELKLRISHTGRKTWSFEKKFRKEGIKIKIGVFPDLSIKEARKIARELKRLMTNGIDSREVKC
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MKKCIITVYYLIDNFCKIYQDWERKRLIPSSNQRNRDGKLSLAELLTITIYFYLSPCKDFKNYYLYYLRYKYKEYFCLPSYSTIIQLLPRMLLPLAVLMHYLKGEETGIYYIDSTKLAICHNKRISSNRVFNRFSKIGKSSYGWFLGFKLHLIINNKGEIMSVKITKGNKSDLSVASVISKGLSGKLFGDKAYISKELFHQLFSNGLRLFTNLRKDMKTYLLDIDDKLLLNKRSLIESVFNVLKKHMHLEHTRHRSHINFFVHIIASLASYSISKLNPYLISSSFSSNPLS
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MIDFYSESLLNKLFETNVRFNTEIDLDKVEKAIFYAQKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIVKVFGRKIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTFYRQNKTELLLIKLFDRFHNIQTVSIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIELNKYCELYTTK
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MSFLIRRNKVNNHSNTLRQDLNNVLSDFLNNFSSFQSSLFDEDRALLPRIDVFETDTEYHLEVELPGIKQEDVVLKIDNNILTVEGHKDDQLEEKEKFYYMRERYYGSFKRSISLPSNIDENNIDAKFSDGMLCIKISKREQDKARKIEIKG
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MNRLNRLDELNQLANNNELTEINLQEFTEEINSSCDKSFHALHRSIIHGNLNIIKLLINKGVSPNIQVGGIHALHWAVITDELEIAEILIDAGADVNQQDCHKTTPLHLAIRNPDIVKLLIGKGANLNIQDNEKKTAYDLAAENNCIDAANIIREELTQSVIKTYEDRLILANELPSVALNLKESKLFGLNTYALEEILKYLNFNDLQSLIEACTVKLYTESNYNTDMPAMGGEFSIDDNNA
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MANLMQQKITLQQKKAKLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKANLDHLPTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFTSEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYKLELVS
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MEMEQHIRQIIRSENNITVENLMSIVMESRYNSYYRIQQPLGKAGDFITAPEISQMFGEMIGIWCIDLWHKLNRPQKIDLIELGPGKGTLLCDILNATRHIKKFSTAISLTLVEINCSLKKIQQDNLLSFNVPIKWVKSVNHIVSSYPTIILANEFFDALPIKQYIKKINQQSGQINWLERVVKIDNNNKLYFDTIDADINENKFLKLHNNAPNGGVLEISPVQHQTIQAVSNLLKKNGGGGLIIDYGYDISPEQRKNYQYNSSLQAVKHHQYHPLLENLGRADLSAHVDFWSLKNIAVAEGIVSFGSISQNVLLHKLGIKTRLNMLKQINSDENLASKLDLQYNRLTSVQAMGELFKAIAITSAPSIIPLGFYNSNYNSFK
>NZ_LS398548|25718:110291|44232_45984_-|WP_064613166.1|DBSCAN-SWA
MLKALFNSIFKPLVELLRTASFNINYLFFSNQPNLTLRIRILFVILSFLVAFLVVAFRIIKLSTYNSQYSHCSRNMHFKHRKEIVDRNNNILAVNLFAPSIIARTKKISSPEGLVKQLQYVFTDINGDKLLNTLKNNKNFVVVKRHLTPTQHKQVYDLGIPGLDFEEDYKRVYTYGNLLSHVLGYVSTDMRGLAGIENYYHNYLSNNDSQLKEEELNKPLVLSIDIRIQDIVSKELDKTIKDFNAIGGVGIIADPNNGEILALVSKPDFDPHYPAKAVERQLFNKASLGVYELGSVMHALTIAIGLDTQTITLNNTYDLTDFKIDNFRIKDYKNFVGYYTVPEIFMYSSNIGIVQIGLDIGQFNLKKYFKLLALDKTLKIELPEKANSLYHANTSWNNITTATISYGYGISISPLHFVQAMIPIVNGGNLYPITLIKRTPNDNLIAQKIFSSKTSKELNSLLRLAVKHGTSKNSDVVGYLVGGKVGTAKKIKDRKYDKNSIRSSFIGIYPSIAPKFIIYLMLDEPKSNNSTYELTNAAEHGITSAAAKIISKIGTLYGIQPYHTEMTSVQNLKNNNNSQHGIK
>NZ_LS398548|25718:110291|59655_59940_+|WP_045912570.1|DBSCAN-SWA
MDLIFDNITPIGGVLLVKPSKESIKSFKKRMLIEWKKCFSWNNVNVHHITPIRCGGTDHINNLCLLHENCHRQVHSNSVQLIAAVCKLLKPYAK
>NZ_LS398548|25718:110291|100198_100834_+|WP_045912999.1|DBSCAN-SWA
MFTHLIESIILLGIMLLLIRKLIAVLGSVDEAECQKHKSFKSYFGEHYNLKDVTNTNVAESSSTRLSCNQDLNYFKQNNLVVDEATDYIITELIKLKSKVPSFNINRFYNTAINVIKMIIEAVQNADYKTIFSLLDKRFVDQFHQISSKYVNIHVNSINFKLSNLNSLGNNVFIKIRIEIDGNKLKEEWTFSKNITIPGPQWYLSNIEEVS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
22763:22802	attL	NA	NA	NA	NA
WP_064612783.1|25718_26633_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	9.7e-85	61.5
WP_064612782.1|27495_27828_-	hypothetical protein	A0A218KST2	Xenohaliotis_phage	1.0e-23	50.0
WP_064612781.1|28177_29749_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612780.1|29757_31194_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	8.7e-72	37.2
WP_109510521.1|31433_32063_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	1.8e-13	32.4
WP_064613174.1|32109_32616_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045914802.1|32997_33201_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613168.1|33564_34440_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912726.1|34966_35764_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912727.1|37480_39259_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	9.5e-28	24.7
WP_045912728.1|39308_40061_-	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045912729.1|40289_41381_-	phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912730.1|41370_42780_-	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_045912731.1|42776_44246_-	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_064613166.1|44232_45984_-	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_052691721.1|46183_46492_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080946481.1|46484_47423_-	16S rRNA (cytosine(1402)-N(4))-methyltransferase RsmH	NA	NA	NA	NA
WP_045912799.1|47491_48625_-	molecular chaperone DnaJ	A0A1V0SBY2	Catovirus	1.4e-24	25.7
WP_045912800.1|48710_50639_-	molecular chaperone DnaK	A0A2P1EIW2	Megavirus	5.9e-140	46.5
WP_045912801.1|51020_51308_-	BolA family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_045912802.1|51515_52313_+	enoyl-ACP reductase	NA	NA	NA	NA
WP_081420665.1|53656_54481_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912956.1|54960_55830_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613160.1|57834_58812_+	reverse transcriptase N-terminal domain-containing protein	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	7.5e-51	39.4
WP_045912569.1|58943_59402_+	Hsp20/alpha crystallin family protein	A0A1B2LRT2	Wolbachia_phage	1.4e-20	39.4
WP_045912570.1|59655_59940_+	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_045912571.1|60658_61387_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613158.1|61856_62471_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	2.1e-06	32.3
WP_109510522.1|63837_64661_-|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_052691726.1|65474_65759_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_174197557.1|66004_66292_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	B6SD77	Bacteriophage	8.2e-06	34.4
WP_064612973.1|66787_67123_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510523.1|67671_67878_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912919.1|69141_70131_-	ankyrin repeat domain-containing protein	Q70GS9	Fowlpox_virus	3.2e-09	29.7
WP_109510525.1|70894_71278_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_109510526.1|71274_72969_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_109510527.1|76984_78739_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613356.1|78748_79768_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064612603.1|87507_87963_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045912882.1|88261_89290_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510528.1|90325_93763_+	response regulator	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.8e-15	23.0
WP_045912840.1|96933_98082_+	SAM-dependent methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912999.1|100198_100834_+	Tim44 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_174197605.1|100952_101696_+	rhodanese domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510529.1|104284_105721_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.6e-70	37.4
WP_109510530.1|105960_106590_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.8e-13	31.9
WP_109510733.1|106636_107140_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510531.1|107820_108603_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064612941.1|108703_109282_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.8e-07	31.0
WP_064612940.1|109400_110291_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	E9P639	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage	3.5e-87	62.2
117178:117217	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_LS398548|121595:190668|DBSCAN-SWA
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MAIQFTRIEFLSRSTGGDSCRKAAYNARTIVENEKTGIKYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVNQDFKNIQTLMNEVERTETRENSKLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHKPQTGDKNWHAHILVTTRRFKENGEELGDKAVDLEAEFITVKGQWRIIKDSKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSEVPGKHIGPRRIRNLINEVVNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVQDILYSAKAERELLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINNQVYYNDIYNLKSDIEGLTNVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLIKAHKLATNRGQKVIGLAPTHKAVSELKSKGYTDVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNNFGSHVLIDIRRQSENWSREAAMKFAESNILSGITLLRQNKCVKFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKLHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLQGTEYRRSIAGRKESYMAGDRIVFQKSDKDLQIQNSEFATLTSVNKNEFVAKTDAGKEVSFDPSKIQFKHGYASTIYKAQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRHIESLQLYCNKKATVSINSLINQLSRPNDKSASITLKTAHDLEKERTKTTVFSKVFSKVENWFKSIINDINDRSHVNEEYYHFTAKPDQEAKVEKVQLKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKAISSFQKAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNYKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVVPSEGEDFNEMLKNKGATAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTNIAPKIGVRR
>NZ_LS398548|121595:190668|189633_190668_-|WP_109510554.1|transposase|DBSCAN-SWA
MDVSRFLDPKNDIAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNKKITEVKFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGTQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKKRVEELNNITEKWCYFFKHAKETTLDGYSKIIGEDLIIKKAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGKAEGIKLGEIKGKAEGKAEGKAEGKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGKAEGKAEAKKDFAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
>NZ_LS398548|121595:190668|178191_179949_+|WP_064613408.1|DBSCAN-SWA
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTSQHGFKIQQLLEFLINSALLEGLIVFAIGVIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVGYKCLAKMLKRAKKASKIRFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGTFIDRFFDSKCDKLLNPFEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSSNSNETGWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECDSMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVIPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY
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MDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKAKLDHLSTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFTSSEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYSIELVV
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MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKAKLDHLSANTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFTSEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYKLELVS
>NZ_LS398548|121595:190668|143135_143684_+|WP_109510536.1|DBSCAN-SWA
MNVLKSLLQPCYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGIATNYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDGVGTTINLSRDTYLDIECSTMANYRPLPIHIRFGLRVHI
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MTKQLKHDSLAKTIMSDPVAAQEFLEYYLPMNFKSLIDLSQIKVEQESYIEESLKKKYSDIVYRVATKKHGNAFIYILIEAQSTVDYWTALRLWRYTLLLCERHKKEKTKLPLVYNLVIYNGKEVYNAPRNLWDLFTDSMIAKQLMTSDYQLVDLQSMSNDEIVRKKHIGMLEYMLKHIHQRDMLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYIYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKSNIMRTIAAKYIDEGIEIGETKGIAKGIEIGETKGRAEGRAEGRAEGIEIGEVKAKQELARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_064612726.1|121595_122570_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.4e-84	64.5
WP_045913037.1|125668_127537_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912774.1|128818_129367_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510532.1|129469_130114_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	3.1e-13	31.3
WP_109510533.1|130125_130701_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	4.6e-08	29.2
WP_109510534.1|132381_134094_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
135301:135360	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|135511_136480_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_064612577.1|136784_137681_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612575.1|137790_138351_+	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	2.9e-23	39.0
WP_081420562.1|138562_139096_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109510535.1|140018_140841_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_162562996.1|141258_141420_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612564.1|141833_142406_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	8.7e-07	30.4
WP_064612562.1|142443_143088_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	9.7e-15	32.2
WP_109510536.1|143135_143684_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612944.1|144945_145662_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510538.1|147720_148296_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-07	30.2
WP_109510539.1|148417_149368_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	2.9e-84	64.1
WP_174197607.1|149435_149837_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510541.1|150186_152613_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	7.0e-05	21.6
WP_064613225.1|154859_155867_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080946509.1|157297_157606_+	reverse transcriptase N-terminal domain-containing protein	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.2e-17	49.1
WP_081420677.1|158094_159294_+|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	1.3e-25	25.9
WP_012460929.1|159414_159750_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613219.1|160299_160776_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510542.1|160920_161250_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510543.1|162067_162619_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510544.1|162618_162948_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510545.1|165418_166078_+	type-F conjugative transfer system protein TraW	NA	NA	NA	NA
WP_174190469.1|166168_166342_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174197559.1|166342_167320_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612696.1|167342_167726_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_109510546.1|167722_169417_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_109510547.1|169575_170106_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|170143_171112_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_162562997.1|171261_172152_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510549.1|172346_173063_+	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
171264:172516	attR	NA	NA	NA	NA
WP_109510550.1|174361_176944_+	conjugal transfer protein TraG	NA	NA	NA	NA
WP_045912977.1|177040_178186_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613408.1|178191_179949_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613406.1|179958_180927_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109510551.1|183848_186668_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	1.7e-07	24.4
WP_045915087.1|186965_187421_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510552.1|187745_189155_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510553.1|189302_189566_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510554.1|189633_190668_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	2.4e-84	64.5

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_LS398548|301851:378468|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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MINFYSESLLNKLFETNVRFNTEIDLDKVEKAIFYAQKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIGQEFGHNIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTFYRQNKTELLLIKLFDRFHNIQTVSIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAEYLKLQEIAIELNKYCKLYAS
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MNGVLISRTLRYWFSDSKHIAIDKTYFLTCKRTPNYLLLLSGVNKKKNWLKMLVFTSKTCKLRIKLIKTTSK
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MIHVPVNANNSELAIRSLKKKMQRELVFRSMKMSRFYEPPSVKRVRKKQESERRHRKERAMRRRMMEE
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MFIYQKSRLNMLKPTFGIQWNNVVVGLLIIITACVFSFEAALADTLEGQLNKIDGLFSGKLKTIGISSATILSSIWAVARGNVKLAGVMVAIGVILGFYLVNCQWYEN
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MYFKINSRFRIVFLLILSISCGVFLILRAFSQNIIFFYTPTVILSQSKEGVVVRVGGKVKHGSINKISPNENKFIITDNTSELQVYFKGILPPLFKEGQEVVAKGYMNQKLFIADDLLAKHDERYMPPESE
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MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVQQLINKDSTLVNSKYNDGTTALSVALKYKNLPIAKILLNNGANVNAKNNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAAKCKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNDIVDVIQLLIDYGADIDAKDDNGMTPIDYAAKSGNADIFNFLTEQSVPWY
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MSLYQLGQYQEAIENFDIAIKHKPDLAEAYMNKGDTLKQLGQREKAIKNFELAIKYNPGLIAPYIRDILKKLEMQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_045912245.1|305091_305697_-	COQ9 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461860.1|305867_306074_+	30S ribosomal protein S21	NA	NA	NA	NA
WP_052691639.1|306102_306612_-	DNA polymerase III subunit chi	NA	NA	NA	NA
WP_045912244.1|306785_308066_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045912243.1|308266_308989_+	DUF5394 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912242.1|309080_310328_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912241.1|310459_312670_-	polyribonucleotide nucleotidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012461867.1|313003_313273_-	30S ribosomal protein S15	NA	NA	NA	NA
WP_045912240.1|313296_314205_-|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_012461870.1|315085_315526_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	K4K6E9	Caulobacter_phage	1.3e-13	39.4
WP_162562998.1|315826_315967_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912239.1|316218_316506_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080946435.1|316710_316971_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_045912237.1|316974_317295_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510563.1|317296_318107_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
317301:317360	attL	NA	NA	NA	NA
WP_109510564.1|318195_318423_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613025.1|319082_319985_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.3e-86	62.7
WP_064613023.1|320103_320682_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	4.3e-06	29.8
WP_045912872.1|323747_325010_+	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045912871.1|325025_326429_+	sodium:pantothenate symporter	NA	NA	NA	NA
WP_109510565.1|328420_328747_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420649.1|328813_329032_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420648.1|329117_329432_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562999.1|329550_329721_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011944522.1|330625_330925_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613012.1|332248_333142_+|integrase	integrase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621693.1|333624_333960_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912620.1|336624_337770_-	zinc-binding dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_045912621.1|338069_338465_+	cytochrome c maturation protein CcmE	NA	NA	NA	NA
WP_045912622.1|338495_339410_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461923.1|339406_339880_+	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_045912623.1|339893_341654_+	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	2.1e-59	29.9
WP_012461925.1|341980_342736_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	1.6e-21	34.0
WP_162563022.1|342764_343553_-	MlaE family lipid ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_045912625.1|343668_344460_-	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912626.1|344585_345209_+	30S ribosomal protein S4	NA	NA	NA	NA
WP_052691708.1|345916_346114_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691709.1|346150_346780_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613007.1|347627_349163_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_064613005.1|349172_350216_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045913029.1|356312_356768_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_080946510.1|356826_357195_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913031.1|357702_358278_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-07	30.2
WP_064613139.1|361167_361719_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613135.1|361765_362410_-	ankyrin repeat domain-containing protein	M1HFL9	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	7.5e-07	33.9
WP_045912776.1|364062_365880_+	ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A0K1LMZ5	Caulobacter_phage	6.0e-187	54.3
WP_045912777.1|365902_366904_+	ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta	M1I8A4	Pelagibacter_phage	1.7e-98	53.5
WP_081420661.1|367394_367970_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912992.1|368321_368570_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691750.1|370256_371153_-	PRANC domain-containing protein	A0A0M3ZRL8	Turkeypox_virus	2.6e-05	30.6
WP_081420662.1|373303_373780_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109510569.1|374871_375834_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.0e-84	64.1
WP_080946468.1|378294_378468_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
399586:399695	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_LS398548|465591:532356|DBSCAN-SWA
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>NZ_LS398548|465591:532356|517460_517796_-|WP_041621693.1|DBSCAN-SWA
MRNLMLQLRLKVIMQNQKLCWALSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRHAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVSENFLLKSFLVAKGLLPAPLGYSRLLGKKVGK
>NZ_LS398548|465591:532356|511522_514015_-|WP_109510579.1|DBSCAN-SWA
MNASIHKDFDRERFSKHFVYESYDDETQLFFNRGSIGFVLLAWPLVGASVSAQNEIAEFLKSDENLPAESSLQVLMLGSNNIENFLSNWQSYRKGEIFIELANKRTEFLRDQAQKVGSIKDVVLLISVTIPNLNANIDDMIRRRDALKDTFRSIGLSTENVNAQQLLKFLRVIFGWPEEEHSNINQYEILSEQILSGDFSLFENDDCINVNDDQIFISLEARKRPAEWKLSAMDLFLGNEMRRDEYIKSNFLIHFGLQILPNQAMERTAAITKREALERNINAGMSKFFPDIQQEAADLAGVVAALQSGDRVVNIHFNVIMFDKTKKAKQSASAFCSMLRRSGWYFVPCKYDHVAVLLAALPMQLVEQGPKGVLGQNKTSGVGVALSSLGRGIKTVSVESKVLLPIIGEWKGDLSSPGMLLAGRRGQIMYWSPFGGALLPALNKHGVAPNENFNLCIAGVPGSGKSVFMQELMLSVLGVGGKVFVLDYGRSFKRTCLILGGRYIEFDMKNPVSINPFSEVPEDDSAKSIEARSDFLSNFPSILATMAAPQYGTSDLQQPMLQRALISVWQKKGAKAEITDIADWLSNREESYAKELGNMLFPFTKDGQHGRFFSGKAQLSLNSDIVVIETDHLRSVPELLAVIVQIMIVHINQTMVKGDRSRPFLIMIDEAWKLLAGKRSGEFIEEAGRIARKYNGSIALATQQLTDYFRQEGSASEKAFENSSHKIILKQNSESFKAMRANPKLAGFVDEDWKLNLLQSVHSNPPYYSEIAIYSPNVSGVVGRLMIDPFTLLLTSTNARDYQAIEDHMAKGMNVSEAINYVIRERKIIP
>NZ_LS398548|465591:532356|532078_532153_-|WP_108883845.1|transposase|DBSCAN-SWA
MESVGYKVIFLPPYSPDLNPIEKF
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MKNIYKLAITIILPLMLLNTAIAAEENKLIPQNSSNDENVFAKEYFNIGSSFLKLKKYHEAIENFNIAIKYDPSYATAYNSKGIALADLGKALEAVENYDLAIKHKPHFAEAYNNKAVSYRKLGKNEEAITLCNLAIKYKPNYVTAYNNKGASLNNLGQYEEAMKNFDIAIRYNSSYPEAYYNKGTVLMNLGQFQEAIKNYDIAIRYRPNYSEAYHNKGLTLAILGQFQNAIEHFDLAIKYDPNDLKAYNNKGYVLNLLKRHAEAMESCNLAIKIDPNCADSYYIKGMVFEKLGKHQEAIKNYDIAIKYDPNFAKNYLEKGISLVNLGQYSSAKENFLLAIKYNPNIIAEHETMLKRLTELKNFTGVKEYEQKLQILKKYS
>NZ_LS398548|465591:532356|491358_494160_+|WP_109510738.1|DBSCAN-SWA
MAIQFTRVEFLSRSTGGDSCRKAAYNARTIVKNKQTGIRYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVKQEFKNIQTLMNEVERTAKDPNSQLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHKPQIGDKNWHAHILLTMRRFRKDGTGLGDRAVDLNPKIITVNGKKVVIKDSKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSKVPGKHIGPRRIRNFINEVLNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDPTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINDQVYYNNIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLAKAHKLATNRGQKVIGIAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSENWSREAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKPHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKKSYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDTGKEVSFDPSEIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRHIKSLKLYCNNEATGSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDFEKERTKTTVFSKIENWFKSIINDINDRSHVNKEYYHFTAKPEEEAKVEKVQLKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVIHSEGEDFNEMLKNKGATAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTDIAQKIGLRR
>NZ_LS398548|465591:532356|510602_510776_-|WP_174190469.1|DBSCAN-SWA
MKSWKLQQLEQDLVKIVNNTLRGEIQEIVNPGGETLYLIPGNRYPKLLRKISSMQAK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
459834:459851	attL	NA	NA	NA	NA
WP_045912521.1|465591_468156_-|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A2K9L2Y7	Tupanvirus	1.2e-246	50.7
WP_045912522.1|468187_469063_+	4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912523.1|469332_470094_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912524.1|470445_471444_+	LD-carboxypeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_080946451.1|472039_472321_-|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_045912526.1|473242_474442_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613080.1|475057_476623_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613078.1|476631_478080_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	3.9e-72	36.8
WP_064613076.1|478314_478890_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	2.3e-07	30.4
WP_064613074.1|478924_479569_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	2.8e-14	33.5
WP_064613072.1|479616_480120_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913641.1|480123_480933_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	4.1e-18	26.0
WP_045915527.1|481306_481585_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613070.1|481649_482351_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_081420599.1|482579_483059_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109455797.1|484026_484521_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109510576.1|484562_485150_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	4.0e-07	33.3
WP_064613239.1|485271_486282_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	6.3e-85	64.5
WP_045915951.1|486882_487956_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613237.1|488277_488733_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510738.1|491358_494160_+	AAA family ATPase	A0A0H3UZA5	Geobacillus_virus	1.3e-07	22.0
WP_064612991.1|497145_498261_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064612989.1|498270_500025_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612987.1|500030_501176_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510577.1|501198_503838_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612719.1|506039_507368_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510546.1|507527_509222_-	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_064612696.1|509218_509602_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_174197559.1|509624_510602_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_174190469.1|510602_510776_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510578.1|510866_511526_-	type-F conjugative transfer system protein TraW	NA	NA	NA	NA
WP_109510579.1|511522_514015_-	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612735.1|513995_514325_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510580.1|514324_515644_-	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420583.1|515682_516018_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613303.1|516424_516913_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912835.1|516909_517461_-	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621693.1|517460_517796_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613282.1|517927_519148_-|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	2.3e-25	25.3
WP_045912806.1|519599_520352_-	cytochrome c oxidase subunit II	NA	NA	NA	NA
WP_045912805.1|520506_520983_-	RDD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691722.1|522144_524361_+	type IV secretion system protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912932.1|525982_528856_-	excinuclease ABC subunit UvrA	A0A1B1IVR3	uncultured_Mediterranean_phage	2.2e-308	54.6
WP_080946469.1|530805_531153_-	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_108883845.1|532078_532153_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918146.1|532152_532356_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
537981:537998	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_LS398548|671115:700919|DBSCAN-SWA
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MNDIFIIAGPTASGKSELAMLLAQKFNGVIINADSMQIYKEIPIITASPSISEKQQIDHYLYNYVSIFHSDINELNSFDNISQSKVNANYNNINLQQSITKQLTNRRYSVAKYVQEACKIIKSVIHALKLPIVVGGSGMYIKALVYGIHHIPEITWEIRTQVQDLYKKLTKQEFYQKLIDLDPISKNYIHSSDAQRMIRAYEVVLQTNKSIFSYHNSKLVSPLEGYNVKKIILLPDRQLLYQNCDQRFAKLATNGELVDEITKIKPYYDYISISAKKALGINEIISYLNQELTIEEAITIAQQKIRQYAKRQLTWFRNQTINGYTLHYQSMSELYKTQVNDVFFN
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MPDSEIKRKATAALVHFMKYIHNQPDIIELCAKFFDTLQEIAQKDKENGFLYIKALLHYTISKVSKDEQPRLKKLLDENLSIEDRKRIMGTIAAQYIDEGRAEGRAEAARGLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY
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MNVLKLLLQPGYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNASKGGIDTSQQFYIKFSTGIATSYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFIQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDIECSTMANYRPLPIHIRFGLRVHL
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MEKNTGKLYKYINKVEDFWTKRNQLIKGAEDYKVACRWLQSILDDLDKGIVRACEKKHGEWHTNEWVKKAILLYFKLHDSVLTSTQVACYYDKIPLKFYSSGSEEDNFKELGIRVVPGAIIRKGAYIGHSTVIMPSFINIGAYIGSSTMIDSWATVGSCAYVGNKCHISGGVGLGGVLEPIQNASVIVEDNCFIGARSQIAEGVIVESGAVIGTGVQISASTKIVDRETGEVTYGRIPANSVVVPGSLPHAHSNNLQLQCAVIIKKVDNNTRAKTSINDLLRC
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MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVKQLINKDSTLVNSKYKNGTTALSVALKYKNLPIAEILLSNGANVNAQDNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAAKCKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNKIIDIIQLLIDYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADIFNFLTEQWVPWY
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MIDFYSESLINKLFETNIRFNTKIDLDRVEKAILYAKKYHCQQKRDTELYYTHPLKVAHMVSDHSFETDTIITAILHDTLEDTRLTKERISYEFGSNIAEQVSDLTRVRNNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAEYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
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MNPNLNIEQDNASEIIAGVDEAGRGPLAGPVVAAAVVVNQLIMIDDIKDSKVLSKSKRESCYDKITNNYYYSIGIASVQEIDKYNILEATKLACIRAVKNLAIIPTKVLVDGNMNFTDNRFISIVRGDQICYSIASASIVAKVTRDRMMQILHKEYPVYGWNKNCGYGTKLHIEAIKTYGQTIHHRVSFKFKGNINHSAILGNMV
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MLQLQLKVIIQNQKLCLALSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRHAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVLMP
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MQISCPQCNTVFALPNNKNLSFKNIRKIKCSKCQHIWIGKLQDLISVPMTTASFCATDYSYQLGNNISSLLNREQYTVSISRYSVILPFILASLISLLLFLTVKYNSAAQDIILGEKKHISLHRVTSTYIPETNHRVIQYILFNNSSIAVHLPVIKICTYDQNKKLINYHLFSNEEIILPAKTYALVKTKFQNDNIQLSSFSISLGNNSLFMIN
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MVYQKVFLSSLYYFVIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTGQHGFKIQQLWEFLINSALLESLIVFAIGVIISIVFFTSQGKNTIIKAKIRGAEIPI
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MHIQVLSAAKHLFYRMFNLRKQNKATQIFSVSQEKWFAFFNDLHSHTEQKNLIQLLITHLIKIKSNLTIDQQKKCLTGYLTDLNYNLTRKEQKYILKLTNENDFIWNKKGQNFLDFCMYKIIRMHSIALEIPIKKCSSNMLINKGIKPFQEFITPEHFKNIIYLEQKLLYRTLKYYHCINSKQRNVIIKQLLLAQGQLEIKEDLNSIEKKDFDLVNTALDFYICDIMGRFKDVLEPDV
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MIRDFALLALYTGARKSNVLEMEWDNIDFERKIWHIPKTKNGKAQNIPLTDDAMEILQATKLISTSKWVLPSATSESGHLESHMKHGIGFVKRLA
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MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNREITEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKDRVEELNNITEKWCYFFKHAKETTLDGYHKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGKAEGIKLGEIKGKAEGKAEGKAEAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
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MSVILLNFTQSALNKIKAPTKEEKIIQFRDTKERNLLLIISYTGFRRFYLAINIGGRYYKIKIGTSPDLTVKEARKKIMKLKKDIANGINPMDERREINKERREKRNKRLGLQTELTFGQVH
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MRRLMAVLKEKENSQLTESQKRAERSGKIFTFISLFTAARKSNVLGMRWDEISLSEKIWHIPKTKSKSGKTLYVGLADALITILKYLKQETNSEWVLPSPRDNSKHWSSEAIQCAWDKIRTKARIPNVTIHDLRRTFATWSINNGEKLQTIAEILGHSRISTTAKIYTKISIDKVKAATNKVVNNILTSDNANTELDKIIPEILASLGRKEERQIINSLSEK
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MQNQKLCWALSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRHAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVSENFLLKSFLVAKGLLPAPLGYSRLLGKKVGK
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MSVVHVLYLVASDGKKIYAVARGIISEDKIIDNILAIDRYYHKLETR
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MCKKAGIKNFRIHDLRRTFASCLSDIGAGQYIIRAALNHINFESTSDYSIVSTELLREYMSKVTQMISGHMQSYKYL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_045912787.1|671115_672153_-|tRNA	tRNA dimethylallyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912788.1|672222_672840_+	ribonuclease HII	E3T5H8	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.1e-23	42.5
WP_012462077.1|673405_673651_+	DUF2312 domain-containing protein	B0VK10	Azospirillum_phage	5.0e-12	46.7
WP_162563000.1|674144_674306_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613196.1|674994_675282_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A077KGX2	Edwardsiella_phage	1.1e-05	38.6
WP_174197613.1|675260_675494_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613194.1|675631_675868_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162563001.1|675995_676142_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613192.1|676238_677339_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613205.1|677644_678190_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	9.8e-08	29.7
WP_045912573.1|680348_680993_-	zinc-ribbon domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912574.1|681093_681945_+	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_109510584.1|682035_682476_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_081420670.1|682485_683733_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_109510585.1|683734_684094_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510586.1|685118_685262_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_064613057.1|685262_686138_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045913073.1|686857_687259_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613191.1|687352_688534_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
689131:689157	attL	NA	NA	NA	NA
WP_081420667.1|689363_690206_+|integrase	integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein	A0A2D1GNR7	Pseudomonas_phage	1.7e-11	25.3
WP_045915450.1|691796_692093_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420617.1|692184_692853_-|integrase	site-specific integrase	B6SD77	Bacteriophage	2.2e-09	32.1
WP_064613124.1|693156_693525_-	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612658.1|694408_695125_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510741.1|696004_696511_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510587.1|696557_697202_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	2.2e-14	33.0
WP_109510588.1|697236_697809_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	4.8e-05	28.6
WP_109510589.1|699176_699752_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612898.1|699980_700919_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	4.5e-85	64.5
701047:701073	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_LS398548|847156:929864|DBSCAN-SWA
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MVPTVLAVSGGIALYGIYHLRSSKNKTSSLPVNSVDVGTNANTSVKNLNAEKISTDFLDNDAQAHLYEDLKTYKCEEAAYDDTALPISGGQDAIRAEAV
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MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKSTVWLKDEVSMSAPVKVDNIPIGIAMFASLSSQTSYFVSKMLENHLLPAYEGLSSRKTGIMFGAKAVAKIRDVQIHDPVTLTNTKEFLRQCFMKPYIIGNILGKKAAAQQTNDIIGFIEQNIPNNFGIYYREPSNLAISFKSCRQATPLIKAAIHKELNEGLLTKFAAAIGVQSDQSSMLSQRLKVMTGDTLKYLQREQQDIHEWMKQAMLLNANRESYDDWREKFSLSRIYPNLVSMHAIRGLFQKSFSYLVAGEMAAHMMPILQSVFFALVVSMIFIVFPMGLLPGGYNILKTWILLIIWVSSWPVFFTIIHCLGMISLSSKSGAFGSDYGLNMLSQGSFAEMILYSYATFQMLASSIPMLSWSVIKACAHATANLASQFSPIQVASSLGSNIVDNNLSMDNYSIGNRTISQQNLAPSLDMTDSIINYGSYKIIIGNNGEQFVIQTVHSLETNFRSSALLQTGYQNQFMSSQSRLNSLTQKEANLISTGNSITMEIGKRLTHDEIRAIGLTESEYQALQKVSSDSESFSQHTGSSHSKSTSTSTSAGGGVWGVNSRVLGGDANESNKGQSSNQQQSYNEALSKIQSAVKEGRFSTTNSDVWSLSENLNANLSEQQSIGQEIAKTKQEMEQLSYSMNYVSQNSITIDRNINELVLNAIIDQNPEISSKEQAARWAKDHSAEAEKIAFDVAQINNEVPKDLNDHINDANFSTKKDLQSNFYENVERLEANASNIHNNSNVTHVQNMEQTLSDNEKVKTLNQIPDNIKNETQKIQKKFSDTTDSTFLRAGKQALKNLGITKKDKS
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MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVKQLINKDITLVNSKYKDGTTALSVALKYKNLPIAKILLNNEANVNAQDNDGHTALHLVVETIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNKIIDIIQLLIDYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADVFNFLMEQSVPWY
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MEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLIKAHELATNRGQKVIGLAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSENWSKEAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKPHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGTEYERSIDGRKKSYMAGDRIVFQKSYKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDAGKEVSFDPSKIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRHIENLQLYCNKKATASINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDFEKERTKTTVFSKVFSKVENWFKSIINDINDRSHVNEEYYHFTVKPEQEAKVEKVQQENSIKQCTTKDISTPLFMQIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNYKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVVPSEGEDFNEMLKNKGATAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTNIAPKIGVRR
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MTKQLKHDSLAKTIMSDPVAAQEFLEYYLPMNFKSLIDLSQIKVEQESYIEESLKKKYSDIVYKVATKKHGNAFIYILIEAQSTVDYWTALRLWRYTLLLCERHKKEKTKLPLVYNLVIYNGKEVYNAPRNLWDLFTDSMIAKQLMTSDYQLVDLQSMSNDEIVRKKHIGMLEYMLKHIHQRDMLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYIYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKGNIMRTIAAKYIDEGRAEGVKLGETKGRAEGRAEGIKLGETKGRAEGRAEAAQGLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_011944543.1|850064_850271_-	50S ribosomal protein L35	NA	NA	NA	NA
WP_045912120.1|850714_852607_+	molecular chaperone HtpG	A0A1B1ISV4	uncultured_Mediterranean_phage	6.0e-89	30.8
WP_045912121.1|852769_853936_+	succinyl-diaminopimelate desuccinylase	NA	NA	NA	NA
WP_045912122.1|854087_855578_+	trigger factor	NA	NA	NA	NA
WP_162563002.1|855688_855952_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912123.1|856080_857751_-	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	1.5e-43	28.8
WP_045912124.1|857859_858609_-	winged helix-turn-helix domain-containing protein	W8CYM9	Bacillus_phage	1.2e-11	27.5
WP_045912125.1|858902_859259_+	30S ribosomal protein S6	NA	NA	NA	NA
WP_041621791.1|859340_859613_+	30S ribosomal protein S18	NA	NA	NA	NA
WP_045912126.1|859655_860183_+	50S ribosomal protein L9	NA	NA	NA	NA
WP_045912127.1|860338_861814_+	NTP/NDP exchange transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045912129.1|865015_866359_+	DUF2748 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011945154.1|866592_867702_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_064612747.1|874476_875049_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	3.3e-06	30.1
WP_064613120.1|875083_875728_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	2.2e-14	33.5
WP_064613414.1|875774_876326_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912891.1|878089_879592_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510603.1|882195_882771_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.8e-07	31.0
WP_109510604.1|882892_883903_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.1e-84	64.1
WP_109510743.1|883970_884234_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_081420563.1|885183_885483_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510571.1|886207_887923_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
WP_174197555.1|888603_889188_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420564.1|891128_892841_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510530.1|894537_895167_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.8e-13	31.9
WP_045912891.1|897006_898509_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510603.1|901112_901688_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.8e-07	31.0
WP_109510606.1|901809_902832_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.4e-84	64.5
WP_064613090.1|903022_904225_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562879.1|904321_904465_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613088.1|904548_905004_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510607.1|905214_906930_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
WP_109510744.1|907996_909826_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	8.6e-08	25.5
WP_064613309.1|912078_913074_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064613307.1|913083_914838_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613305.1|914841_915987_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613304.1|916002_918654_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510549.1|919952_920669_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_109510608.1|920863_922183_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510609.1|922342_924034_-	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_109510610.1|924030_924414_-	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913066.1|925612_926602_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A1V0QGP6	Shearwaterpox_virus	9.4e-09	27.8
927912:927928	attL	NA	NA	NA	NA
WP_162562990.1|928149_928287_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420607.1|929087_929864_-|integrase	site-specific integrase	A0A0U4JNS1	Bacillus_phage	1.6e-16	28.5
934064:934080	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_LS398548|953002:1022075|DBSCAN-SWA
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MLNGTIAAIRLIAEDENIELSEKIGNDIYDIITGDRFRIRAVLTQLVGSAIMHSTNSKVRVSIDFLPPKNEQSNSKDRILQFVVHSIGAGISKNKLQEMNSELKNPHLIKHQALDSGLEFIKHLTYEMKGSIKIDSKEGHYTKFLVSIPIQISNLNSQH
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MFIYQKTRLNMLNPTFGIQWNNVVVGLLIIIITACVFSFEPALADTLEGQLNKIDGLFSGKLKTIGISSATILSSIWAVARGNIKLAGVMVAIGVILGFYLDWIAGGMKIN
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MAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIAKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQKEEAKVETIVVNKYLENHKGIYSSKIFNNPNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNDKDEITGAKILALNSKTCNKADVAEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIQQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPGLCPKH
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MKFLLLLLCCMSLTSFFYRSTFDCKIPKGLKCKSLYEIKNMVAQGAFDIDNLETSKIKSKRRCILCYRQAKAVQGVDVVNKSPKKPKKYLINLFKSKQSQGERKHT
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MFQTLTQKLSNIFDKIKGSTALSEQQVLTIAREVRIALLEADVSLVVIKDFINNVVEKAKGQEVLRSVTPGQMVIKIISDEMIKVLSSSETEQALHIEFEPPVNIMMIGLQGSGKTTTTAKLAMKLAKKNKKVMVVSLDIYRPAAREQLETLVRNHETILSLPIVSNEDVFQIIARSTKEAKLLGCDVVIYDTAGRLHIDETMLQELSNIKEIITPKEILLVVDSLIGQESVNVANQFNQTLNISGVVLTKIDGDSRGGAALSIKYVTGKPIKFLGTGEKTNDLEEFHPERIASRILGKGDIISLVEKAAEVISKEDAAKSVEKLKKGSFNLEDYYQQLQNINKMGGISSILNLMPGINKLLPKIDQNPFDQNNVKLQQAIILSMTRYEKLNPDIINGKRKKRIAAGSGTSVQEVNKLLKQFQNITSLLKSGMKGNNILKDKFNNLKNFF
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MRIGIEMAIQFTRVEFLSRSKGGDSCRKAAYNARTIVKNENTGIKYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVKQEFKNIQTLMNEVERTAKNRNSQLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHQIVDEMEWVQKSLGVQIDIHKSQTEENWHVHILLTMRRFREDGTGLGDIAVDLNPKIITFNGKKVVIKDSKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDKTSEVPGKHIGPRRIRNLINEVVNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDLTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINDQVYYNNIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALIL
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MNIRILRFIIGFIALVNVNNIYAVEYELEADNLLKLEISDSGPTRINLKDEKINDIFMYPQNAAEVVVHESGFLFIVPREEGNKVYLTVIGEYKTIQDLMLTFTPKTPSPIMLVNAATKIEEKDNSKQNNNNLFSNDLNTKELTAKPSKKQSRNTKKKIKLA
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MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSRLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGERFYTRLPFDEKDQIRLRDFVKELTNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC

Homologous phage analysis in the prophage region

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947416:947439	attL	NA	NA	NA	NA
WP_174197574.1|953002_954322_+|integrase	site-specific integrase	Q9T1R0	Acyrthosiphon_pisum_secondary_endosymbiont_phage	5.3e-15	26.0
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WP_109510612.1|976164_978966_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	7.8e-08	24.6
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WP_064613251.1|981192_982239_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.9e-84	64.5
WP_109510613.1|982360_982948_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	9.8e-06	29.4
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WP_064612793.1|985165_985867_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045915136.1|985931_986210_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612960.1|986577_987387_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	1.8e-18	26.0
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WP_064612589.1|987941_988586_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	2.8e-14	33.0
WP_064612587.1|988620_989196_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	2.3e-07	31.9
WP_064612585.1|989429_990878_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	6.7e-72	36.8
WP_064612583.1|990886_992602_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912738.1|993266_996008_-	cell surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912737.1|996142_996808_-	guanylate kinase	A0A223FN12	Murmansk_poxvirus	8.5e-14	31.2
WP_045912736.1|997016_997784_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162563005.1|998154_998316_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912735.1|998504_998861_-	divalent-cation tolerance protein CutA	NA	NA	NA	NA
WP_045912734.1|998918_1000271_-	signal recognition particle protein	D6PHS7	uncultured_phage	3.9e-05	26.8
WP_011944757.1|1001359_1001641_-	ETC complex I subunit	NA	NA	NA	NA
1000788:1000811	attR	NA	NA	NA	NA
WP_011944758.1|1001694_1001934_+	exodeoxyribonuclease VII small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_045912733.1|1002581_1002845_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612581.1|1003034_1003790_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912843.1|1004801_1005149_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912845.1|1008131_1010603_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612656.1|1011236_1012022_+	exodeoxyribonuclease III	E3T4M6	Cafeteria_roenbergensis_virus	5.7e-17	29.5
WP_064612655.1|1012063_1012519_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_081420568.1|1012796_1013876_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612651.1|1014608_1015079_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691742.1|1019117_1019624_-	lipoprotein signal peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_045912959.1|1019918_1020713_+	outer membrane protein assembly factor BamD	NA	NA	NA	NA
WP_162563006.1|1021913_1022075_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_LS398548|1270729:1339138|DBSCAN-SWA
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MALNKLLLIRTIEENKLLQSRLVGKFTVCNCPLINYEVIKLDYSKISQGQNIVITSKFAAKIIAENMNSNVNCFVVGQVSSQILQQNKFIRVVGVYNTVEKLLLNISEVKNIIYYCGNYITHDPPNHWTKKIVYLVKYAQDLTDEAKINLSLSQISHSLIYSYNAGLNLIKLLKKNKLLWTLQNVRIICISSKVGSLFTRIAKKVSFPTTPTSKNMIKILLNHNHTI
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MKKTSKHVSNNNSVNSEAAGSSVEITVHLNELKKKSPEALQCYAESLAIENASSLTKNELISAILKMVVERNGTVIEEGVIEILNGGFGFLRSPEVNYLSGAGDIYVSLSQIKRCELRTGDTVEGQIRAPKSGERYFALLKVLKVNGEDIKKSIQRLHFDDLVALYPEEKISFEVDLDYKNLSTRVMELVSPMGKGQRALIVAPPRTGKTILLQNIAHSIATNHPEIYLIVLLIGERPEEVTDMIRSVKGEVVSSTFDEPAVRHTQLAEIVIEKAKRLVEHKRDVVILLDSITRLARAYNTVVPSSGKVLTGGVDSNALQKPKSFFGAARNIENGGSLTIIATALVDTGSRMDEVIFEEFKGTGNSEIVLDRKISDKRIYPAIDINKSGTRKEELLVGKSELSKMWMLRRIIHQMGAVDAMEFLLDKLKNTKSNSEFFDLMNS
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MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKSGARLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEKYKVDVVPVIVIDDEKRGLTKKLTGHIPLATALEIMNENTP
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MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSSLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGERFYTRLPFDEKDQIRLRDFVKELTNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC
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MSIRILRFIIWFIALVNVNNIYAVEYELEADELLKLEISDSGPTRINLKDEKINDIFMYLQNAATESR
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MTNNLSKNDSLISKLSLEYHKKDNLPGKIAMITTKPLATQHDLALAYSPGVSAPCLKIVDNINTIYDYTSRGNTVAVISNGTAVLGLGNLGAAAAKPVMEGKAALFKKFADIDAIDLEIDTEDPYEIIKLIQYLKYNWGGINLEDIKAPECFIIENKLQELIDIPVFHDDQHGTAVAVTAGVINAADLTGRQNLRNLKVIINGAGAAGIACAELLKSIGIENIILCDSQGVIYKGRTKGMNVWKEAHAIDTKYRTLKEAIIGADLFLGLSVKGALTQEMLATMADKPIIFALANPDPEIMPAEVKFVRPNAIVATGRSDFSNQINNVIVFPYIFRGALDVMATTINNSMKIAAAKEIAALATHPVPDLVTKAHLGRKMEYGFDYILPSPFDPRLLYAIPPLVASTAMKTGVARKNIDLQKYKNHLLDKAAFAE
>NZ_LS398548|1270729:1339138|1321449_1322272_+|WP_109510633.1|transposase|DBSCAN-SWA
MKLDQIKELKDEKFRRLTGVRKRTFSKMVDILRKADGLKKSKGGRKNKLNLEEQLLMVLEYLREYRTYFHIGQNYGISESSAYKAVKWVEDTLVKHANFALPGRKAIMKSDMNYEVVLIDATETPIERPKKKQKFYYSGKKKRHTLKTQIVVDKKTRQVICTDFSNGKKHDFRLFKKSKILIHPKVKVITDTGYQGIQKIHNNSELPKKKSKKNPLTKNDKKNNHRLAGARVVNENVIGMLKRFKIIADKYRNRRKRFSLRFNLISGIYNFELL
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MPIYKKTTFFVLLFTLLSSTTIYANANYTVVNNCIIQNRKFPVTISTDGIDNALSAVNILGLINDKYGLSNSIIGRIIAGYPSFYIVLLNHEVVGHGRRAYEFGGTVDGYTLRLFSAATHYDLSPNSHPQQRNAITLAGVQVNTCLASRIINQLLQTKQPLSPVTAWSYIFSAGNQLWYVLHDVIFEQAHELGTGDIRSHILGMEKIYGKTSIQDKIRSLCFLDLMNPMVFASFYTIASGQNIQVPMIPLGQINGLGQIGFMPSVNLILTPYNVLEKRITVHINTEYTPIKIAFGFGQELKSNDPVYHTLDDSVCDSSNSWYFIKKDSTPSKVHDTYYFELSVARFFSISKVDLGGSLIIWRQPELITPVPRHAEIKNGIMGLLNLTFNIDDRFSIFAEAGYKTKGFILDRPVDEGPLINFAIQCLV
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MKYLHKNFYILAAICLMAIYHVFSKSDNLVERSISSTNDINQHDNSQQIGNNNVQLATTSEDQDNNINEDNNISTNNSKETINSVLKINKYDIVLGNKDSSIKIFEYFSYACYHCARYHEKIFPTIKHKFIDTNKIAYITREFITAKQDLDGAMLSRCGGTLMWNKFHTTLLEQQDKWVFNKNYMNWLKDIGKIGGITADQFLNCFKDEILAQQLMLNTVNISKFEIFDGTPCIIAVINDEHIIRIENVITEISDIVEKAANSKDKKNDITEAQEK
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MNVLKSILQPCYAVILAFVVLPSPSICTASNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGIATNHDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFIQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSVFNGDSGTGIDLGVGTTINLARDTYLDIECSTIANYTPLPIYIRFGLRVHI
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MDIKSYFASKKELNPSQIELVSILQSISDHFNSRKIIRYFRQLQYNGTYIYGKVGSGKTMLMQALNQSLEKLGEVGYFHYQFLMHSLHKVVRQNTSNYTDNSNNLMKTLACEYSSKYRIILIDEFEITDIAEALLIGSFIKWLFIKKVYIVLTSNIAPELLYNNGLKRELFLPYIDTIKQNMQIFYLKSDHDYRKAKVQSKEQRILIGIDANKQLQLIIDKLIRNKELLNHDVKVLGRNLNVNNNYGNILIITFDELCYQERSYNDYIAMCQHFDVIIVRNVTIIESANNDVIIRFINFIDNAYSMKVLIYMSVNTSLDQIYIGHNYQQPFQRTLSRLYEMNSNEYLFHSKYQEAYE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1270585:1270624	attL	NA	NA	NA	NA
WP_109510629.1|1270729_1271552_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912853.1|1271659_1274245_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912852.1|1274285_1276784_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912476.1|1278813_1279167_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912477.1|1279322_1280153_-	thioredoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912486.1|1280969_1282415_+	sodium:solute symporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912487.1|1282849_1285519_+	DNA polymerase I	A0A1B1IST8	uncultured_Mediterranean_phage	1.2e-42	30.7
WP_045912478.1|1285584_1286949_+	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_045912479.1|1286957_1287641_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912480.1|1287711_1288785_+	cell division protein ZapE	NA	NA	NA	NA
WP_045912481.1|1288777_1289431_+	dTMP kinase	A0A1L2BX49	Bacteriophage	6.4e-22	32.7
WP_045912482.1|1289570_1291439_-|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_045912483.1|1292078_1293362_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912488.1|1295333_1296665_-	transcription termination factor Rho	NA	NA	NA	NA
WP_045912484.1|1298327_1299356_+	uroporphyrinogen decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_045912485.1|1299348_1300383_+	ferrochelatase	NA	NA	NA	NA
WP_012461171.1|1300391_1300826_+	CopD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612837.1|1302575_1302944_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420617.1|1303247_1303916_+|integrase	site-specific integrase	B6SD77	Bacteriophage	2.2e-09	32.1
WP_045915450.1|1304007_1304304_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510631.1|1304853_1305060_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912963.1|1306323_1307310_-	ankyrin repeat domain-containing protein	Q70HB9	Fowlpox_virus	4.8e-13	28.3
WP_045912829.1|1307846_1308230_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_064612752.1|1308226_1309918_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_064612751.1|1309914_1310613_+	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_109510632.1|1311599_1311926_+	conjugal transfer protein TraG	NA	NA	NA	NA
WP_081420588.1|1312096_1313065_+|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	2.9e-23	29.8
WP_011945086.1|1315006_1315876_-	RMD1 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_174197578.1|1316472_1316628_-	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
WP_052691723.1|1316655_1316913_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912823.1|1318192_1319272_-	COX15/CtaA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510633.1|1321449_1322272_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912908.1|1323838_1325140_-	malic enzyme	NA	NA	NA	NA
1322886:1322925	attR	NA	NA	NA	NA
WP_045912904.1|1325159_1326086_-	AEC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045912905.1|1326395_1326995_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912906.1|1327058_1327442_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612748.1|1329600_1331037_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.3e-72	37.7
WP_064612747.1|1331271_1331844_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	3.3e-06	30.1
WP_064612746.1|1331878_1332523_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	1.8e-13	33.0
WP_064612745.1|1332570_1333074_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913603.1|1333077_1333887_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	5.3e-18	26.0
WP_045915527.1|1334253_1334532_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613070.1|1334596_1335298_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_081420599.1|1335526_1336006_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420598.1|1336492_1336960_+	histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064612797.1|1336978_1337473_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612772.1|1337514_1338102_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	7.5e-06	29.4
WP_109510634.1|1338223_1339138_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.3e-85	61.2

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_LS398548|1418343:1492553|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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1401307:1401325	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_045912190.1|1424037_1426035_-	lytic transglycosylase domain-containing protein	I1VXB7	Halocynthia_phage	3.4e-05	39.4
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WP_045912192.1|1427836_1428871_+|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2H4UW22	Bodo_saltans_virus	2.4e-31	40.7
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WP_045912194.1|1431391_1432321_-	translation elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_045912209.1|1432317_1433178_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_045912195.1|1433520_1434372_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_045912196.1|1434355_1436008_-	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	9.4e-46	34.6
WP_109510748.1|1436571_1436715_+	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_045912197.1|1436812_1438300_-	ankyrin repeat domain-containing protein	Q6VZX1	Canarypox_virus	5.6e-05	29.8
WP_045912198.1|1439465_1440977_+	YifB family Mg chelatase-like AAA ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_080946433.1|1441309_1441573_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912199.1|1441814_1443479_+	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510647.1|1443572_1444988_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	5.6e-71	37.7
WP_109510648.1|1445326_1446892_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_108839488.1|1446900_1448337_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.4e-74	37.4
WP_064613103.1|1448572_1449148_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	1.0e-07	31.9
WP_064613100.1|1449185_1449830_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	3.7e-14	32.4
WP_064613098.1|1449877_1450384_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917470.1|1450387_1451197_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.4e-18	26.7
WP_064613096.1|1451570_1452299_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064613094.1|1452320_1453178_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045915533.1|1453278_1453857_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	3.0e-07	30.2
WP_064613092.1|1453975_1454998_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	9.8e-86	65.3
WP_064613090.1|1455188_1456391_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562879.1|1456487_1456631_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510607.1|1457381_1459097_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
WP_109510744.1|1460163_1461993_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	8.6e-08	25.5
WP_174197624.1|1463098_1464193_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613257.1|1464244_1465240_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064613259.1|1465249_1467004_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612987.1|1467009_1468155_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510649.1|1468177_1470814_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510650.1|1472112_1472829_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_045913454.1|1472840_1473137_-	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	1.6e-12	59.3
WP_109510651.1|1473247_1474657_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510652.1|1474910_1476602_-	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_064612696.1|1476598_1476982_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_174197582.1|1477004_1477982_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_109510653.1|1478239_1478899_-	type-F conjugative transfer system protein TraW	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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ATTAATACTCTATGTTATTTTTTAAATTAATCACTTCTTCTTTTGACAATCCGGTATTTTCAAAAATAAATTCAACTAAAAAGCCAGCTTTTAATAAGTTCATTGCAAGCTCTTGTGCAGCTTCAGCTCTGCCTTCAGCTCTGCCTTCGTCAATATATTGTGCAGCAATTGTTCCCATAATCCTTTTTCTATCCTCAATTGATAAATTTTCGTCCAGTAATTTTTTTAACCTAGGTTGCTCATCTTTACTAACCTTACTTATAGTATAATGCAATAACGCTTTTATGTAAAGAAAGCCATTTTCTTTATCTTTTTGTGCTATTTCTTGTAGTGTATCAAAAAATTTTGCCCATAGCTCTATTATATCCGGTTGATTATGAATATACTTCATAAAATGAACTAGTGCAGCAGTTGCTTTTCTTTTTATTTCACTATCTGGCATTGCTTGCCAATCGATTAATAAGTATTCAGAACCCATCAACTCTTTAGCTAATTTAGGATCATCAAACAGTTCCCATAAGGTTCTTGGAGCATTAAATCGTTCAGATCCGTGATATACTACTATTGGTACAACAATTGGTAATTTACAACGTTCTTTTGTACGCTTTTTTAGTCCTTTTTTATGCCTTTTTAATATTGATAATGTGTATTGCCATAATTTGAACGCGATACAATAATCAGATCTTAATTCTGCCTCGATAAGTACATATATAAATGCATCATTATTATTTTTTGTTTTAACTGAAAATAGCACGTCACACATACTACTGCGTAAATTAGCTTCAACAAACGATTCTTGTTCAACTTTTATAGTACTTAAATCTAGTATGTTTTTAACTTCATTTGGTAAAAAATCATTTGTAAAATCCAGAGCTGCTTTTGGATCATTCATTAAATCTTTAAATAGTCCATCGTGTTTTAAATTTTCAGAAATAATCCTGGTTGTATATTAGTTTGTATTGATTCAATTTTTTCATTAAGTTTTCTTATTTCAGGGCTGATAATATTTCTAACAGCATATAATCCTTGAGTTTTTAATACATTATTGAAGTCATTTTTGACTGTGCAGACTACTGCTTCCTTATCCTCCAGAACTTTTTCTGCTTTTTCAGTATTTACGTCATTTTTAACTGCTAGAATGATCTTTTCTTTTGGGCCAGGATTATAGTTTTGCAAATTTTCGGCTTCAATTGCACATAAGATTTTTCCTTCAACTCCAGCTTGTTGAATGGTTAACGCTGTTTCAATATCCTTTGTAATGATTGTTACAGGTGAGTATTTTGAATTCTGTTGAGCAATTTCAGCAAATGAGCCACTAATTGTACCAACAGATTTTTCAGCTACATCAGCTTTATTACATGTTTTTGAATTCAGAACTAATATCTTAGCTCCAGTAATTTCGCCTGTTTCATTTTTAACAAAAATAGTGAGTGCAGGCCAGGATTTTTGAGTCTCTTCATCAAAAACCATATTTGCCCTTAAATTAGAATTGTTAAAGATTTTTGCACTATAAATTCCTGTATGGTTTTCTAAAAATTTGTTTGCTACTATTGCTTCCAGTTTAGCTTCCTCTTCTTGTTTAAAGTAGTATAGAGATGAAGATTTATTATACAATTCTTTAACATTCGTAATATCATTTTGTTTTGCTATACTATTATTTTCTGTTTGAGTAAGTTTGGTTGTTTCAACTGCCTTAGTCAGTTTAGTAATTTCAGGTTCTATAATGTCTCTAATTGACTGCTCTCCACAACTTTGCAACAGATTATTAAAGTCACCATTTTCTGGTGGTTTGACTATACAAGTTATCGCTCCCTTCATTTCTAACATTTTTGCGGATTTAATTACAGTATCATTAGTTATAGAATTTTTGCTATCATTATCTGCTGCAATGATGATTTTTTCACCAGGAAATGGTGAATAATTTCTCAAATTCGCAATTCCTGCACTAGCAATGATATTACCTTTAATGCCTGATTGCTGCAAGCTCAATGCTGTTTCAGCGCCTTCTGCTATAATTGTTATATTAGGGTCATTCGCATTTCGCTTTGCGATTGTTATGAACGATCCGCTGATTTTACCAAAAGATCTTCTGTTAATTGAAATATTCGCCTTATCTCCTGCCAAATTTAGATATACGGCCTGTACTCCGGTAATTTCTCCTTTTGCATTTCTTGCAAATGCTGTCAATGCTGGATAATTTTTTCTCGTTTGAGTATCAAATAGTATACTTGCTTTTAAGTCTGAACTTGCAGTGCTTTTGTCAAAAGTAATACCACGATTTTCAAGATACTTTTTTACTATTTCAACTTCTGCGCATTGATAGAGTCTGTCTTAGCTGTGCTAAGCTGCTCTATTAGGTTAGCAACATTTTTTGTAGCTTGCACATTGTAGTACAGCCGTACTTGCTCTGCATTCCCTATCATGCTTATGTTAGAACTTTCTATGCCTACACCATCATTATGAAGAACATATATATCTTTTTTGACAGCTGTTTGTGGGTTACAAACTGTTGTAGCATATCCATGTTTAAAGCTTATTTTATTCAAATCAAAGCTTACCTCGTTTCCTGTATCTGTCTTAGCTACAAACTTATTTTCATCAATTGATACTAGAGTTGCAAATTCACTGTTTTGTATTTGTAAATCCTTATCGTTTGTTTGAAATACAATTCGGTCTCCAGCCATGTAGTTAGCATATTTTTTTGATTCGGCTCCTGAAATTAAAATGCTGTATTCTGGACCTTTCAGAGCACCATTTTCCTTCATGTAGTTTCTGATGTTTTGATTAATATTTTCAGCTTCTTTATGGTCAGCAATTATCAAACGATCCTGCAGCTCAAATTTACTATTCTTCCAATCATTGATTAATTGGTTTATTGATTCTTTCAGAGTGTTATCAGCTCTCAAGCTATTATTATCACTAAGTAGCACTATACCATCAGCAATATCACCATTTATCAACTTTATAGCTACGTTGTGGTTCAAGCTGTTAGCCTTAGGATTTTCTATATCTGTTTTTGAATTATGAATGTTATTGAAATTATTTGAATCATTGATTTTGTCAGTCATATAAAACCTCACCTTCGCATCACTAAATTGTTTTGCGGTATAAATATTTGCTATTTTTACCGTTTGAATTATAATTTTATTGCTAGGTGATTATTGGAATAGTTTTCCTGTTAAATGTAGAGCTTGCAAAAGTTCAAACGCTTTCAGTATTCTCTTAGCGGGGCATAATGCGAATTACAAACATCACTGTGAGCTGTTTATGTATAGCTCATTTTGTAATTTGCTCTGTGAATGAATAGCTTACATTCAATTTCAAATCTTCAGCACTACCGTCTAATTCTAATTTTTGGAGCTATATCAGCTTTTACAATTTGTTCAGGCTCTGTTTTTACGTTCTGAGTATTAATTAACTTCATGATTTCAGGTATCATAAGCTCCTTAACAGCTGTGGCTCCTTTATTTTTTAGCATTTCGTTAAAATCTTCACCTTCTGAAGGAACTACGATGCTAGTGATTGCTCCTTTGCTTTTTAATGCTTTTGCAGCCTCGTTTATAGTACTTGCATACTCTTTATTCTGTTTATAATTATTTGCAGCTATAAGAATCTTTTCTCCTTGAAATGGTTGATAGTACTTCAAATTATTTACATTTGAGCTATATACCATTCTGCTATCAATGCCAGCCTTCTGAAAACTTGATATCGTTTTTCCTTCTGCTGACAGAATGGTTACATCATAATCATATTGTCTTTGTTCTTTGATTTGCATAAACAATGGAGTAGAAATATCTTTGGTGGTGCATTGCTTTATGCTATTCTCTTGCTGGACTTTTTCTACTTTAGCTTCTTGCTCTGGTTTAGCGGTAAAATGATAATATTCTTTATTCACATGAGATCTATCATTGATATCATTGATTATAGACTTAAACCAGTTTTCAACTTTACTAAAAACTTTACTAAAAACAGTTGTCTTTGTCCGTTCTTTCTCCAAATCATGAGCAGTTTTCAGAGTTATGCTAGCTGATTTCTCATTTGGTCTGCTGAGCTGATTTATTAAGCTGTTAATGGTTTTAGTTGCTTCCTTATTGCAATATAACTTTAAGTTCTCTATATGCCTTGTCATAGCTACGTATGAGCTGCTTATATTACTTACTCCATTATGCAAAACGTATACATCTTTTATAGAAGCTCCCTGGACCTTATAAACAGTACTTGCATAGCCATGTTTAAATTGTATTTCACTAGGATCAAAACTCACTTCTTTTCCTGTGTCTGTCTTAGCTATAAATTTATTTTTACTAACCGAAGTTAAAGTTGCAAATTCACTATTTTGTATTTGTAAATCCTTATAGCTTTTTTGAAATACTATTCTATCTCCTGCCATATATGACTTTTTCCTTCCATCAATAGAACGCTCATATTCTGTGCCTTTTAGCGTACCATTTGCTTTTAACAAAGACCTAATACTTGAATTAAGAATGTCGACATCTTTATTACGTACTGTAATTACCAATTTTTCATGTAGCTTAAATTTGCTTAGACTCCAGTTGTATATTAACTTACTCATTGAGTCCTGCAACGTATTATCAAACCTAACGCAGTTATTTGCCTCAGTAAGGTTATACCGCTTAAAATATTACTCTCAGCAAACTCCATTGCTGCTTCTCTGCTCCAGTTTTTACTTTGTCTTCGAATATTTACTAAAACATGTGAACCAAAAATATTACTCAGAATCTCAAACATTCCACCTCTTTCTATTGAAGCTAACTGCTTTTCATCTCCAGCAAGTATCAGTTGACAATTATTGTTTCTAACTACTCTAAACAGCTCTGCATAAGCTTTAGTACCTACCATTCCAGCTTCATCTACTACTATTAAGCTGTCTTGCATAAAAATTTTTTTTCGATTATATAAAAATCCTTTTACTGTATAGACCTATGTATAACCTTTGCTCTTCAGCTCTGATACTGCCTTATGAGTGGGAGCAAGGCCAA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

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MIDFYSESLLNKLFETNVRFNTEIDLDKVEKAIFYAQKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIGQEFGHNIAEQVSDLTRIKDNKKISSREMIQTFYRQNKTELLLIKLFDRFHNIQTVSIKPYEKRQEIILETQQEFIPLAKYLNLPKIGELLSEYCKLNAS
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MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTELYYTHPLKVAHMVSDHSFETDTIITAILHDTLEDTKVTKERIRYEFGANIAEHVSDLTRVRNNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAEYLKLPEIGERLSEYCKLHAS

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_081420698.1|1508656_1509751_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691741.1|1514657_1516595_-	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912945.1|1517282_1517738_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045912944.1|1517831_1518368_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912943.1|1518394_1518970_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-07	30.2
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WP_109510733.1|1522638_1523142_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510530.1|1523188_1523818_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.8e-13	31.9
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WP_064613391.1|1582027_1583782_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_064613088.1|1593176_1593632_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
1593585:1593625	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_064613090.1|1593955_1595158_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510663.1|1595350_1596325_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.6e-85	64.9
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WP_109510665.1|1599096_1599906_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	3.1e-18	26.7
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WP_064613120.1|1600462_1601107_-	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	2.2e-14	33.5
WP_064613118.1|1601141_1601714_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	8.7e-07	30.8
WP_064613116.1|1601947_1603390_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.7e-73	37.5
WP_109510666.1|1603398_1604448_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420657.1|1604603_1606316_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613112.1|1606324_1607761_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.3e-72	37.4
WP_064613111.1|1607994_1608570_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	6.7e-07	29.6
WP_064613109.1|1608607_1609252_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	8.2e-14	32.2
WP_064613107.1|1609299_1609848_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917205.1|1609851_1610661_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	7.4e-20	27.1
WP_109510667.1|1611034_1611763_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064613094.1|1611784_1612642_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064612908.1|1612742_1613327_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	6.8e-07	31.0
WP_109510668.1|1613432_1614515_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	8.8e-85	64.9
WP_109510571.1|1615247_1616963_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
WP_174197629.1|1618727_1620464_+	AAA family ATPase	A0A0H3UZA5	Geobacillus_virus	3.1e-07	23.4
WP_109510669.1|1623449_1624517_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109510670.1|1624526_1626281_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_064612674.1|1633788_1634172_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
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WP_109510596.1|1645697_1647413_+	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
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WP_109510594.1|1648147_1649158_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.1e-84	64.1
WP_109510593.1|1649279_1649855_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-07	30.2
WP_109510672.1|1651937_1652747_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	9.1e-18	26.4
WP_045912774.1|1652750_1653299_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510673.1|1653401_1654046_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	2.4e-13	31.3
WP_064612985.1|1654083_1654659_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	3.0e-07	28.6
WP_052691726.1|1659260_1659545_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_064612967.1|1668001_1668466_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420644.1|1668522_1669164_-|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	4.1e-13	30.6
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Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

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MSYNAQIIVIVNQKGGVGKTTTATNLATAFAATGKKTLLVDLDPQGNVGIGFGINKLSTDKSIYQVFVNHNINIPEQAYNIVQSLITPTIVPDLDIIISNMDLSATEIELVSQEAKESRLKSALSNIQSQYDYIIVDCLPSLGLLTLNALMAATQVIIPMQCEFLALVGLSQLLKIIDRFKKNFNPNLKIQGILLTMHDRRNKLTLQVEEDVRKHLADLVFKTVIPRNVRISEAPSFGKPVILYDHKCLGSIAYMHLAKEILDNN
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MRPVVFDFLTNSCNIIKKNSNNNDTIFYNFIGNIIPPEWRKLTGDNGKALSKTSKQLLSFIVFRLHIYYNKDIDELQESYQLYEDKLNVCQRRVRQCLVELRDAGFIEIENRTIIKDNLKLRNVPCIKILKNFQHYSEKGKEENIALPEKTFRPNLKEISGQPETFFRDIYRYIKISKSSMINTFYKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1702580:1702621	attL	NA	NA	NA	NA
WP_109510681.1|1703616_1703790_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_052691671.1|1704159_1705428_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A068EG22	Pigeonpox_virus	1.3e-15	32.7
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WP_012460998.1|1706909_1707974_-	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_052691669.1|1708074_1708353_-	2-oxo acid dehydrogenase subunit E2	NA	NA	NA	NA
WP_162563011.1|1708327_1708642_-	2-oxo acid dehydrogenase subunit E2	NA	NA	NA	NA
WP_045912396.1|1708761_1710753_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912395.1|1711192_1715455_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_045912394.1|1716225_1718253_+	Rne/Rng family ribonuclease	NA	NA	NA	NA
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WP_064612779.1|1720086_1721805_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510683.1|1721813_1723250_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	3.2e-74	37.8
WP_064613076.1|1723484_1724060_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	2.3e-07	30.4
WP_064612746.1|1724094_1724739_+	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	1.8e-13	33.0
WP_064613122.1|1724785_1725292_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913603.1|1725295_1726105_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	5.3e-18	26.0
WP_045915136.1|1726471_1726750_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109455820.1|1726814_1727516_+	histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109510751.1|1727744_1728224_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109456066.1|1728711_1729173_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510556.1|1729191_1729686_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510684.1|1729727_1730333_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.6e-06	29.4
WP_064612722.1|1731657_1733349_-	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_064612721.1|1733345_1733729_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_064612720.1|1734492_1735482_+	ankyrin repeat domain-containing protein	Q70GS9	Fowlpox_virus	1.1e-09	29.7
WP_162562990.1|1737029_1737167_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420607.1|1737967_1738744_-|integrase	site-specific integrase	A0A0U4JNS1	Bacillus_phage	1.6e-16	28.5
WP_045912527.1|1738878_1739106_-	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420558.1|1739475_1740042_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912893.1|1742486_1743056_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912894.1|1743308_1744301_-	NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_045912895.1|1744363_1745635_-|tRNA	tRNA (N(6)-L-threonylcarbamoyladenosine(37)-C(2))- methylthiotransferase MtaB	NA	NA	NA	NA
WP_045912706.1|1747126_1748053_-	protein translocase subunit SecF	A0A1B1IVP7	uncultured_Mediterranean_phage	5.0e-36	37.5
WP_045912707.1|1748113_1750807_-	DNA mismatch repair protein MutS	A0A1V0SDQ0	Indivirus	3.6e-26	23.0
WP_045912708.1|1750859_1752392_-	ADP/ATP carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912709.1|1752757_1753615_+	16S rRNA (cytidine(1402)-2'-O)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045912710.1|1753616_1754906_-|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	2.0e-99	48.2
WP_011944753.1|1754883_1755651_-	twin-arginine translocase subunit TatC	A0A1B1IVR7	uncultured_Mediterranean_phage	8.0e-32	38.7
WP_045912713.1|1755826_1756393_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
WP_045912711.1|1756399_1757197_+	ParA family protein	A0A240F4U1	Ochrobactrum_phage	9.9e-17	33.0
WP_045912712.1|1757208_1758090_+	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	S5VTK0	Leptospira_phage	4.7e-12	29.1
WP_081420604.1|1758384_1758864_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045912757.1|1761663_1763052_-	2-polyprenylphenol 6-hydroxylase	A0A0R6PKQ6	Moraxella_phage	6.5e-32	25.9
1760738:1760779	attR	NA	NA	NA	NA
WP_045912756.1|1763048_1763822_-	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_045912755.1|1764358_1764841_+	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_045912754.1|1764859_1766362_+	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_045912753.1|1766611_1769152_+	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	4.7e-28	27.8
WP_045912752.1|1769182_1769545_+	30S ribosome-binding factor RbfA	NA	NA	NA	NA
WP_064612812.1|1772598_1774767_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612811.1|1775059_1775863_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	1.4e-18	27.9
WP_109510686.1|1778643_1779582_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	2.2e-84	59.0
WP_109510687.1|1779649_1780105_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510688.1|1780402_1781644_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510689.1|1781689_1783252_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_064612548.1|1784421_1785429_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109510690.1|1785438_1787193_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613245.1|1789293_1790220_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	2.6e-85	59.4

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_LS398548|1802645:1873237|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_064612763.1|1808678_1809395_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_064612762.1|1809521_1809968_-	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	1.7e-21	42.4
WP_109510694.1|1811460_1813749_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612696.1|1816794_1817178_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_174197589.1|1817200_1818178_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_174190469.1|1818178_1818352_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612759.1|1818435_1819095_-	type-F conjugative transfer system protein TraW	NA	NA	NA	NA
WP_064612758.1|1821126_1821456_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_109510672.1|1829001_1829811_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	9.1e-18	26.4
WP_109510698.1|1831885_1832461_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	2.3e-07	31.0
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WP_064613247.1|1837031_1837487_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
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WP_109510571.1|1837840_1839556_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
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1884749:1884770	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_LS398548|2158208:2262599|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_13

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MPIEDEGQNKINKLTEKLSTEGINSTTIKQIDTEMQKLYFQLEESEQVSIKLIDWIQYFRLIVNNYDRKKVNIIASLNGMIFLFRQYIASTNVRHENLCLKKFSIQKLVKNAVRRLEDIAKEKDIKINYNFQYKMKDIVIGNSDHLQAILSQLIGSVIRFNHSCQVIITVHLFTIKNYIKSDNILQFRIHDTGSGISKEKLGNIKAKLADFELVRDYPLMLESGLWFVNYLINQLNGEMEIESEKDKFTTITCNIPVQLF
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
2150972:2150989	attL	NA	NA	NA	NA
WP_162563017.1|2158208_2159225_-|integrase	site-specific integrase	Q9T1P3	Pseudomonas_phage	4.8e-16	25.7
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WP_045912770.1|2163607_2164627_-	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
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WP_052691718.1|2167785_2168517_-	intradiol ring-cleavage dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_045913079.1|2170002_2171466_-	exopolyphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_109510717.1|2173574_2175287_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510718.1|2175295_2176732_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.5e-71	37.4
WP_109510530.1|2176971_2177601_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.8e-13	31.9
WP_109510733.1|2177647_2178151_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510531.1|2178831_2179614_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064612558.1|2179714_2180296_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	1.4e-07	26.6
WP_081420563.1|2181301_2181601_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420561.1|2182410_2185215_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	2.0e-08	24.2
WP_045912795.1|2186443_2187004_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912796.1|2186981_2193641_+	hypothetical protein	Q9JMP0	Wolbachia_phage	1.2e-38	34.1
WP_064612554.1|2193989_2194865_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080946480.1|2198078_2198411_-	hypothetical protein	A0A2H4N7Q8	Lake_Baikal_phage	4.3e-06	34.0
WP_045912794.1|2199583_2199892_-	nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_162563018.1|2199866_2200103_-	aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_162562995.1|2200042_2200192_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420581.1|2200434_2200995_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012460827.1|2201010_2201979_-|transposase	IS110-like element ISOt5 family transposase	A0A1S7J231	Thermus_phage	5.9e-24	30.2
WP_109510721.1|2202110_2203016_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064613309.1|2209003_2209999_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
2204808:2204825	attR	NA	NA	NA	NA
WP_081420569.1|2210050_2211145_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912952.1|2212381_2213182_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510722.1|2216568_2218284_+	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	6.3e-85	36.3
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WP_045912934.1|2220435_2222256_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_LS398548|2277948:2348000|DBSCAN-SWA
CATGACAGAAATTCCTATCTGCATAATATTTCCATCACAAAATATTGAAAAGTTATTGCTTATGCTTGCCAGTTCTATAAAGTCTGCTCGCATTATAGGGGGGGCAATACGTAATATTATATTGGGTCATCCAGTTAATGATATTGACATTGCAACACCATTGCTTCCAGATCAAGTAATGGATTTACTCAAATTAAACAATATAAAGTGTTATGCCACTGGAATTAAGTTTGGTACAGTAACAGCTGTAATAAAGCAAGAAAAATTTGAAATTACAACTTTAAGACAAGATATGCAGTGCTATGGCAGGTATGCCAAGGTAGAATTTTCAAATGATTACTTTGAAGATGCAAAAAGGCGTGATTTTACTATTAATGCTCTTAGTTATTCATTTGAGCAGAGTTTATTATACGATTATTTTAATGGTTTGCAGGATTTAAAAGATAGAAGAGTGATATTTATTGGTGATTCTGATACTCGTATTCAAGAGGATGTTTTAAGAATTTTAAGGTTTTTTAGATTTTCATCATATTATGCCAGATCTATCGATCAAGAAGGATATCAATCGTGTGCTAAGTATGCTAAAAGCTTATCTATTCTGTCTAAGGAAAGGGTTGTTCAGGAGCTAAGTAAGATTATTATTTCTCCTAATGCATATGAAACTTTAGTAAAAATGGCTGAAATTAATATTACATATTATATAGGTCTTAGGTTAAAGTTAAATTTGTCAGTTTTTAAAAATGTAACAACAATTGCAAAAAAAAAATCCATTTTACTAAATGTTATAGTGCTTTATTCGGTATTGCTAAGCAGTAATGATGTACAGGATTTAAAAGAGATTCTTTCAAATTTACGGTTTAGTAAAGCAATGATTAGAAAGATAGTTAGGTTATGCCTTTTTTTATCTGAATGTCAAAGTAAAAATGCTATTTTTTTAATAAGAAAATATTGGTTAACCAGGGCAGATAATATTGATGATTATATTAATTTAGCTTTATTGTTAGGTTGTATTTCTGATGAAGAAGCAAATATGCTTAAGCAGCAAGTTTATGAATTAACACCTAAATTACCAGTTAGTGGTTCTGATCTTAAAGAACTTGGTTTTAAAAAGCAAGCTATTCAAGAAGTATTATTATATCTTAATCATGCTTGGATAAACAGTGATTTTACTCTTAATAAGCAAGAATTAATCGATTTATTAAAGTTATGATTTTTTTCAAACTTAAGTTATTTAGGTTAAGTGTAATAGCTTTTTTAATATTTAATTACTGTAGTATTAATATTATTTTTGCTCAAAAAAAGCTTCGAATTGTTACTTCTAATATTCCAATTGCAGCAATTGTAAAAGCTATAGTTAAAGATCTAGCAAAAGTAGAAAGTTTAGAATTTGGGCAAACAGGTTGTTCTCATGGTTATCAGTTAAGACCAGGTGATATTTATAAAGTTCAATCTGCAGATTTAATAATATATATAGACGATAGATTTGAGCATTATATGACTAAACTATCGTCGTTTTTTCAGTCGCAAGTAATCAGATTATCTGAAATTGAAGGGATAAGCTTAATTCATAACAGAGCAAGTACTAATTGGCATATTTGGTATGATATTAATAATGTTAAATTAATATCATTAGAGCTTTATAAGCTATTTGAAAAACAATTCGATTCTTATGCAAGGCAAATGCTGTTTGAAAATTATCAAAAACTTATTGTACAGTTAAATATAATTCAGGAGAAACAGATTGATCTGTTTAAAATTTTATCTACAGATATTATAGTGTTGGATAGTGCTATTGAGTATTTTTTTAACTGTAATAAAGCAAAAGTTGTAAAAGTACCTACTAATTGCCATGGAGCAGTTACTTTAAGTGCTATGCAACAAATTAAATCTTTATCTAAGGAAAGATCTTTATGTCTGATATTAGGACAGAGACATGAAATAACACATCTGAGTGTATTATTTAATAATAAAATTAAAGTTGTGAGATTAGAGAGTGAAATGTGTCCTACTAAGGAAGGTATTGATGATAAACTGATTTTATCTAAGTTATATGATATCATTGCTAAGTTACATGATTGTTTACCACATGGAAATGGAAGTTGAATGCTATAAAATGATGAAGGATTTACTTTAGGTATGAATATTACGTGATATATACTTGACTTTCAGTATTCAATGATAATAATATTACTTGAATGGAGGTTCTTTACGGCGAATATAGCTCAGTTGGTTAGAGCATCAGATTGTGGATCTGAGGGTCGCCGGTTCGAGGCCGGTTATTCGCCCCATGTTTTTATACTTAATTGCTGATAAAATAATAGCTGTAGGTGTTATTATTAACGCAATTTTTAATAAGTAGTTATTTTTTTAAAATAAATGTTATGAATTTAATATAATATAGTTAGTTTTTTGATATACTTAACACTAGTTATTGAATGTATTTATAATAAATATCTTAGTGTTAGAATGAGTAAATTTAGTGTGTAGCTGAGTACATTGTTGTAGAAAAATCATGTTAATGGTGAAATGCTTTAATTTATCATTAATAATGCAAACTATTTGTATAATTAGTTAGATGTTTAGTTATATTGGTACAATGTAACTTTTATTATTATTTTATTATTATTTAAGGAGATTTATGAGCACAAATAATCAAGAAAGAGAAGCGCTAAACAAAGCTGAATTTGTAAATTTTATACATAAAAATAATACAAATATGACTAAGGCTGATATAGAGCGAGCATTAAACTTAATATTGCGTGGCGTTGAAAAGGCTATTGAAAATGGTCATGATATAAATATTGTAGGCTTTGGAAGCTTTTGTGTAAGATTTAGAGCAGCAAGAGATGGACACAATCCTAAAACTGGGGCTAAAATTATTATTCCTGAAAGTTATCAGGTGGTTTTTAAGCCAGGTAAAACCTTAAAAGATGCATGCAATAATTAAATGCATTGCTGCTTGTTATTTGATGTTATAGCTTGTAAGTTATTGTATATAATTGCAGGTTATAGCAGGAATTGAAATGATAGTTAGGTAATAGTTTGCCTAGCTATTATTAAGATATACTTAACTGTTTTGAGCATTTATGTATTCTTCGTATTCTTTTTATAAGAACTAAATAAACAAATATGAATAAAATTCTAGCTTTTTTTTTGACTATAATAGTTGTATGTAATAGCTCTGGTGCTTTGGCTGCTACTAAGATAGTTGCTATTGTCGATGGCACTCCAATTACATCACACCAGTTAGATAAATTTAGGAAAGTAATTACATTTTTACATAGAAGCCAATCTCTTACTTCCATAAGTGAGAGTGAGTTAACAACTATAGCATTGGAAGCATTAATTGATAGAGTAATATTTCTAAATGAAGCGAAGAGGTATGGTATTGAGGCTTCTCAAGATGAGATTAATCAATTTATAGCTATGGAAGAAAAGGCAATTAATTTACCTGATCAGTATTTTAAATATGCTATAAAAGAATCTGAAGTTAGCTATGATACTTTTTTGATGTTTTATGAAGTGAGAGTAGTAATATCAAAAATTAATAGAATGCTAGCTAAGTCTACTAATCGTAATATAATTGATTTATTACTTTTGTCTACTAAGCCTACAGAGGTTAAATTCTTAGTAGCTAGTAATACTAATACTTCGAATAACTATCAAAAGATGTTGGTATTGCGATCAAAGATTAGTTGTAATGTTGATGCAAAAGAATATGCGAATTTAGCGGAAGTGAAATGCATAACTAAAGATTTAAATGATGTAAATACTCATGATCGAGTAATTTTAGAAAGTATGAAGGAAAATAGTAGTAGTAGAATTATTGAATCAGATAATAACATTCTTAAATTTTTTCATTTATGTAGCAGAGAAGTAAAAAATGTAACTGAGCAAGAACATAATGATTTAGTAAATAAAGTTTTTTCAAATCAGGTAAATATGGAATTAAATAAGTTCCGTAATAAGTTATTAGGACGAGCTTATATAAAGGTTTTTATTTAGTTTTGCTAAATTTATATTTTTTATATTAAGTTAATTACTTCGCTACAAACTGCTAAATATTCAAGGCTTTTTAGATTTTCTGTTAAACTTTGATATCTGATTGAATTTTAGTTTCTGTTGGTTAAATTATGATTGAATTGCCTACAGTATCACAGCATATGAAGCTTCATAAAATTACTGCCAATAAATCTTTGGGGCAGCATTTTCTTCTTGATTCTAATATATGTAATAAGATTGTTAGCGTTGCTCCTAACTCAATTACTGGAAAAGTTGTATTAGAAGTAGGACCTGGCCCTGGCGGGCTAACTAGAGCAATTTTAGCACATAACCCTAAGAAGCTAATTGTTATTGAAAAAGATGCTAGTTTTATTGAATTGCTGCATGAAATACCTACTATGCCTTCATCTAAACTTGAGGTTATTTGTGGTGATGCTTTGAATTTTGACTTATCTAATATTGAGTCAAATCGCATAATTATTATTTCAAATTTACCATATAACATTGGGACTCAACTGATTGTGCAGTGGTTACATCAAATATCATTTGTTGAATATATGATAATTATGCTTCAGGATGAAGTAGTAGAGCGTATAATATCTAATCATTGCAGCAAAACATATGGTCGAATTACAGTACTTGCACAAATTGTTTCTGATGTGCGAAAGTGTTTTAAGGTTTCTTCTAGGGCTTTTAATCCTCCACCAAAAGTAGATTCAAGTGTTATGCTAGTATCACCTAAAAAACATCAGTTAGATAGGAATACTATAGAGAATGTGCAAAAAATTACTAAATTAGCTTTTAGTACTAGGAGAAAAAAACTAAAAAATTGCTTAAGTCATTTGTTAAAGTCTATAAATATTACTGATGAGATACTTAATGCGCAATTGCATCAAAGGCCTGAGCAGTTAACTCCTGAGCAATATGTTCAGTTAAGTAGGATATTATTATAAGAGAGTATTATTAGTGTAAAGGCACTAAATATAACAACAACAGAA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>NZ_LS398548|2277948:2348000|2294716_2296048_+|WP_064612788.1|DBSCAN-SWA
MEKDLAKIAPNNIQAEQMILGAILINNRALYNINEFLLPEHFYEPLHGKIYKSINLIISKGISATVISLKNMLGNELTFDEIGGVDYLAKLTTLALSIVNVNEYGKIVYDLALRCYLIEIGEKIVTNAYSSTLADLAITQIETAESQLYDLGSRGTLSKGFTKLQTSIEESWTSISSAIKNKNSINGISSGLLDLDSKLGGFKNSDLIILAGRPSMGKTALGVNLAINACKYFLTKKNTKDNVVPSVGFFSLEISSQQISTRILSIESEINSSALFNGKIGEQDVDKLKTVQDEIQKWNFFIDDAPAISISAIRSRARRLKRTHNLAILFIDYLQLIKIDSRGSQYNRVQEISEITQSLKALAKELNISIIALSQLSRAVEQRSDKKPILSDLRESGSIEQDADIVMLIYRDEYYLSRSEPNPDSKDYKLCASKSEEHMLSNA
>NZ_LS398548|2277948:2348000|2339953_2342443_-|WP_064612833.1|DBSCAN-SWA
MNASIHKDFDRERFSKHFVYESYDDETQLFFNRGSIGFVLLAWPLVGASVSAQNEIAEFLKSDENLPAESSLQVLMIGSNNIENFLSNWQSYRKGEIFIELANKRTEFLRDQAQKVGSIKDVVLLISVTIPNLNANIDDMIRRRDALKDTFRSIGLSTENVNAQQLLKFLRVIFGWPEEEHSNINQYEILSEQILSGDFSLFENDDCVNVNDDQIFISLEARKRPAEWKLSAMDLFLGNEMRRDEYIKSNFLIHFGLQILPNQAMERTAAITKREALERNINAGMGKFFPDIQQEAADLAGVVAALQSGDRVVNIHFNVIMFDKTKKAKQSASAFCSMLRRSGWYFVPCKYDHVAVLLAALPMQLVEQGPKGILGQKTSGVGVALSSLGRGIKTVSVESKVLLPIIGEWKGDLSSPGMLLAGRRGQIMYWSPFGGALLPALNKHGVAPNENFNLCIAGVPGSGKSVFMQELMLSVLGVGGKVFVLDYGRSFKRTCLILGGRYIEFDMKNPVSINPFSEVPEDDSAKSIEARSDFLSNFPSILATMAAPQYGTSDLQQPMLQRALISVWQKNGAKAEITDIADWLSNREESYAKELGNMLFPFTKDGQHGRFFSGKAQLSLNSDIVVIETDHLRSVPELLAVIVQIMIVHINQTMVKGDRSRPFLIMIDEAWKLLAGKRSGEFIEEAGRIARKYNGSIALATQQLTDYFRQEGSASEKAFENSSHKIILKQNSESFKAMRANPKLAGFVDEDWKLNLLQSVHSNPPYYSEIAIYSPNVSGVIGRLMIDPFTLLLTSTNARDYQAIEDHMAKGMNVSEAINYVIRERKIIP
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MSHTIKSGDFGIQAKVNSSIRALKPFTENKGINLRCNFKNDIKDLIIVNSFQIQAVLILLIGNATNSQCREISVEVDLLPSANQKTNYRILQLIVFDNRIGISAEKVKKINNELRNLHIKSYAVLKSELQLVKRFIHDITGKIKLESKQDQYTAFTCSIPIEVR
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MVIRVMMLMVLLFVNNANAFFLDKQKTFIFVSFSMSDEALKSYFAESQKSGARLVMRGLINNSFTQTKNKTMELDISFDIDPSLFEKYKVDVVPVIVIDDEKRGLTKKLTGHIPLATALEIMNENTP
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MSLAELLTIVIYFYLSQCKDFKNYYLYYLSHKYKGYFCLPSYSRIIPLWPRMLLPLAILMHYLKGEETGIYYIDSSKLAICHNKRISSNRVFNRFSKIGKSSYDWFLGFKLHLVINHKGEIMSVKITKGNKSDLSVASVISKDLSGKLFADKAYISKDLFHQLLTNGLRLFTNLHKDMKTYLLDIDDKLLLNKHSLIESVFNVLKKHMLLEHTRHRSPINFFVHIIASLASYSISYLISSSFSSNPLS
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MSIRIRVYVITMLLLLQAPVSLAWNIENVFQGMSVNVTRSGSYQDQAAGYYAAGGLSARTSQTSFQPFAITPPSLNMSCSGIDAYLGSFSVISGEELVQLMKNIGSQAKVYAFSLGLKTFAPQIENALKDLRNLAMEMNQFAKGDCELTKALFATALPRNWAMREAVCRDIQSQSGFDYFAAGKKCRNDLAQKQSLRQAQNKDPELMLDDYNIFTKAAAKVGIPSDMRDSIMSMTGTIVVTNNNVHFYDSLAQDEKSWISHLKGGESASIYSCDNVSCLHPSLQRNITILPEKSYAGKAKQQLKNLKINFENNSEFTDSEIAFLSSIGDIFPIYDYIILESISGVTILDSSSELIASYTLVQHLKEVITEIRRAVTSLGAKQVSNEHLERYLKELNRVQLFANEKWTSLQTDANRIDKRARLIEQHLIAKEKS
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MFLVTTILSFVITTGSLVFVHELGHYLCARVCGVYVQEFSIGFGREIFAFVDKNLTRWKICIFPFGGFVRMEHHLQDSTSDRRSYNNQPIINRMLIVLAGPAANFIFAIVALTFLNSFYGKYIVSSVVDHVISESAAEKAGIMKSDIITEVAGVKVHDFLDLVQVVFNYPEVPIELVLERENKLMKINVVPHAKLYKLNDSEIRLGDLGVRGKLIRIKSSFIDSILESVNYTFGVSKLILIALWQKLTGKDAIAEIVGVVGIAHESSKAMCRSIDSFLLFLVNLSISLGVMNLLPILPLDGGRFLYLIYEMIVGKGSINLMVYNIAMKIGVAIIIFLIVISISNDIKNLLLKF
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MHLSRFLDPKNDVAFKKIFGSEKNKDILIHFLNDILLFEGNRKIIEVEFLGTILDADIASKKESIVDVLCKDKNGAQYIIEMQVDPTQGFEKRAQYYAAKAYGRQPNRGKEGKYSDLKEVIFIAIADYKLFPNKEDYISRHVILDKKTYEHDLKDFSFTFIELPKFKKDKVEELNNITEKWCYFFKHAKETTLDGYNKIIGEDLIIKRAYEALDQFNWSEDELITYEQELKRIWDNKAVEDYKLERAKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGIKLGEAKGKAEGKAEGKAEGIKLGEAKGKAKAKKDLAIKLLKSELSVETIAEYTDLSIQEVLNLKNSVK
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MNHLFKQNAIQELVKYNKCLLSVTILLAAANIIAIMAVITKEEKWLLIPAMEPDRKMMVSSKNYHETYLKEWAIYVTKLLFTTSPNEVERQIADMKVASSNTESLNKFFHDHLQFVKGSNVSSVFFPKKIEVIKDGVLISGTLRYWFSDSKDIAVDKTYLLTYKQTPNYLLLLTGVKENGIKK
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MEKDLAKIAPSNIQAEQMILGAILINNRALYNINEFLLPEHFYEPLHGKIYKSINLIISKGISATVISLKNMLGNELAFEEIGGVDYLAKLTTLALSIVNVNEYGKIVYDLALRRYLIEIGEKIVTNAYSSTLADLAITQIETAESQLYDLGSRGTLSKGFTKLQTSIEESWTSISSAIKNKNSINGISSGLLDLDSKLGGFKNSDLIILAGRPSMGKTALGVNLAINACKYFLSSSTQQNSKVSNITPSVGFFSLEMSSQQISTRILSIESEINSSALFNGKIGEQDVDKLKTVQDEIQKWNFFIDDAPAISISAIRSRARRLKRTHNLAILFIDYLQLIKIDSRGSQYNRVQEISEITQSLKALAKELNIPVIALSQLSRAVEQRTDKKPILSDLRESGSIEQDADIVMLIYRDEYYLSRSEPDPGTREHIEWKARQNKCYNTAEIIVAKHRNGPVGTVKLHYNSRYSKFGNIVKNYQQA
>NZ_LS398548|2277948:2348000|2345984_2346320_-|WP_064612830.1|DBSCAN-SWA
MRFLMLQLRLKVIMQNQKLCWALSRPLKYMGLSIDEWGVVLAGVAPGIVLLNSRHAKLGLAFMVGGIALCYCFKKFKKVSENFLLKSFLVAKGLLPAPLGYLRLLGKKVGK
>NZ_LS398548|2277948:2348000|2344948_2345437_-|WP_064612632.1|DBSCAN-SWA
MNIRILRFIIGFIALVNVNNIYAVEYELEADNLLKLEISDSGPTRINLKDEKINDIFMYPQNAAEVVVHESGFLFIVPREEGNKVYLTVIGEYKTIQDLMLTFTPKTPSPIMLVNAATKIEEKDNSKQNNNNLFSNDLNTKELTAKPSKKQSRNTKKKIKLA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_045912413.1|2277948_2279157_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	K4JS34	Caulobacter_phage	6.1e-34	31.2
WP_045912414.1|2279153_2280050_+	zinc ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012460749.1|2280585_2280894_+	HU family DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912415.1|2281076_2281952_+	SurA N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912416.1|2282080_2282902_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_052691674.1|2282962_2284312_+	DNA recombination protein RmuC	NA	NA	NA	NA
WP_045912417.1|2284421_2285483_+|protease	site-2 protease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912418.1|2285495_2287814_+	outer membrane protein assembly factor BamA	NA	NA	NA	NA
WP_045912419.1|2287836_2288163_+	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	2.0e-16	46.6
WP_011944475.1|2289233_2289359_+	50S ribosomal protein L36	NA	NA	NA	NA
WP_064612846.1|2290736_2291483_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064612787.1|2292992_2294708_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612788.1|2294716_2296048_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	5.6e-65	37.3
WP_109510742.1|2298599_2299079_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045913049.1|2299566_2300031_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_064612918.1|2300049_2300544_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612917.1|2300585_2301173_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	1.4e-07	34.1
WP_109510726.1|2301294_2302245_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	5.9e-85	64.5
WP_052691753.1|2302813_2303440_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912996.1|2303463_2305647_-	AHH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_125330222.1|2306971_2307931_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510727.1|2308216_2309929_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109510728.1|2309937_2311386_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.8e-72	37.1
WP_064612587.1|2311618_2312194_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	2.3e-07	31.9
WP_064612913.1|2312228_2312873_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	1.7e-14	33.0
WP_064612912.1|2312920_2313469_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612911.1|2313472_2314282_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	3.1e-18	26.4
WP_064612908.1|2316365_2316950_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	6.8e-07	31.0
WP_064612907.1|2317055_2318066_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	6.3e-85	64.9
WP_064612906.1|2318133_2318589_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109510571.1|2318798_2320514_-	group II intron reverse transcriptase/maturase	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.8e-85	36.3
WP_109510729.1|2321214_2324016_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	1.7e-07	25.1
2323396:2323431	attL	NA	NA	NA	NA
WP_174197638.1|2326228_2327323_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612903.1|2327374_2328418_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_064612902.1|2328427_2330182_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612901.1|2330187_2331327_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612900.1|2331339_2333973_-	conjugal transfer protein TraG	NA	NA	NA	NA
WP_064612619.1|2333972_2335274_-	conjugal transfer protein TraH	NA	NA	NA	NA
WP_064612899.1|2335270_2335969_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_064612624.1|2335965_2337660_-	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_045912829.1|2337656_2338040_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_174197603.1|2338062_2339040_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_174190469.1|2339040_2339214_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612759.1|2339297_2339957_-	type-F conjugative transfer system protein TraW	NA	NA	NA	NA
WP_064612833.1|2339953_2342443_-	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918856.1|2342423_2342753_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420616.1|2342752_2344078_-	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420583.1|2344116_2344452_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612632.1|2344948_2345437_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612831.1|2345433_2345985_-	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612830.1|2345984_2346320_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_064612829.1|2346387_2346858_-	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_064612828.1|2346860_2348000_-|integrase	site-specific integrase	A0A0U4JNS1	Bacillus_phage	2.0e-18	27.0
2356820:2356855	attR	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_LS398548.1|WP_162562992.1|1544574_1544733_+|hypothetical-protein	1544574_1544733_+	52 aa aa	NA	NA	NA	1507739-1671410	yes

Protein sequences of NZ_LS398548.1|WP_162562992.1|1544574_1544733_+|hypothetical-protein

>NZ_LS398548.1|WP_162562992.1|1544574_1544733_+|hypothetical-protein
MNIFLIKKIFIKAKTEFEDDYIRNNCMQGLEYAFKAQGFSFELVKFSNFNKI

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_LS398548_3	Orphan	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	1624220-1624249	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	1624220-1624249	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	1583993-1583964	1
NZ_LS398548_3	Orphan	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	1583993-1583964	1
NZ_LS398548_3	Orphan	3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT	497964-497993	30	1624280-1624309	2
NZ_LS398548_3	Orphan	3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT	498012-498041	30	1624280-1624309	2
NZ_LS398548_3	Orphan	3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT	498060-498077	18	1624280-1624297	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT	498060-498077	18	1583993-1583976	1
NZ_LS398548_3	Orphan	3.3|498060|18|NZ_LS398548|CRT	498060-498077	18	1624220-1624237	1
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1507881-1507864	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1583933-1583916	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1583945-1583928	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1583957-1583940	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1583969-1583952	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624256-1624273	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624316-1624333	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624328-1624345	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624340-1624357	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624352-1624369	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624364-1624381	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624376-1624393	0
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624304-1624321	1
NZ_LS398548_3	Orphan	3.4|498096|18|NZ_LS398548|CRT	498096-498113	18	1624244-1624261	2
NZ_LS398548_5	Orphan	5.1|1790745|55|NZ_LS398548|PILER-CR	1790745-1790799	55	1594978-1594924	2

1. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to NZ_LS398548 position: 1624220-1624249, mismatch: 0

tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	CRISPR spacer
tatagagattggtgaaactaaaggcatagc	Protospacer
******************************

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3. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to NZ_LS398548 position: 1583993-1583964, mismatch: 1

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4. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to NZ_LS398548 position: 1583993-1583964, mismatch: 1

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5. spacer 3.1|497964|30|NZ_LS398548|CRT matches to NZ_LS398548 position: 1624280-1624309, mismatch: 2

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6. spacer 3.2|498012|30|NZ_LS398548|CRT matches to NZ_LS398548 position: 1624280-1624309, mismatch: 2

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