CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_LS398552	Orientia tsutsugamushi isolate UT76 chromosome I	3 crisprs	DEDDh	3	0	12	1

1. NZ_LS398552

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_LS398552_1

• CRISPR_ID: NZ_LS398552_1
• CRISPR_location: 124490-124578
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398552_1

Consensus_repeat	Method
AAGTTAAATCTAATCTAGAAACTGAGTTAAAA	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398552_1

>1.1|124522|25|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder
ATTGTTAAAGAACGTCTTGTCAAAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398552_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398552_1

>merge|NZ_LS398552|1|124490-124578|CRISPRCasFinder
AAGTTAAATCTAATCTAGAAACTGAGTTAAAAATTGTTAAAGAACGTCTTGTCAAAAAAGTTACATCTAATCTAGAAACTGAGTTAAAA

>NZ_LS398552|1|1|124490-124578|CRISPRCasFinder
AAGTTAAATCTAATCTAGAAACTGAGTTAAAA	ATTGTTAAAGAACGTCTTGTCAAAA
AAGTTACATCTAATCTAGAAACTGAGTTAAAA

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398552.1|WP_045917964.1|119938_121675_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|131259
NZ_LS398552.1|WP_045917961.1|107643_107937_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_162562982.1|130147_131938_+|succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|236375
NZ_LS398552.1|WP_109227148.1|107950_109171_-|phosphoglycerate-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234613
NZ_LS398552.1|WP_109227151.1|112995_117519_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_109227150.1|110542_112996_+|virB4-protein-precursor	unknown	unknown	gnl|CDD|273346
NZ_LS398552.1|WP_045917959.1|104949_106203_+|ATP-dependent-Clp-protease-ATP-binding-subunit-ClpX	unknown	unknown	gnl|CDD|235422
NZ_LS398552.1|WP_045917960.1|106328_107630_-|proline--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|237059
NZ_LS398552.1|WP_109227155.1|142454_143030_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398552.1|WP_109227157.1|143806_144310_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_045917974.1|129199_129550_+|succinate-dehydrogenase,-cytochrome-b556-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|239579
NZ_LS398552.1|WP_109227674.1|138625_140386_-|RNA-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214932
NZ_LS398552.1|WP_109227153.1|135335_137051_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_045913377.1|121658_121991_-|iron-donor-protein-CyaY	unknown	unknown	gnl|CDD|376552
NZ_LS398552.1|WP_109227149.1|109251_110268_-|type-I-glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|273675
NZ_LS398552.1|WP_045917958.1|104174_104744_-|elongation-factor-P	unknown	unknown	gnl|CDD|234788
NZ_LS398552.1|WP_045917975.1|131972_132758_+|succinate-dehydrogenase-iron-sulfur-subunit	unknown	unknown	gnl|CDD|235652
NZ_LS398552.1|WP_045917967.1|129566_129956_+|succinate-dehydrogenase,-hydrophobic-membrane-anchor-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|239575
NZ_LS398552.1|WP_109227156.1|143064_143709_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398552.1|WP_109227154.1|137059_138529_+|replicative-DNA-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|181676

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398552.1|WP_045917964.1|119938_121675_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein	gnl|CDD|131259	TIGR02204, system_ATPase_and_permease_component, ABC transporter, permease/ATP-binding protein. This protein is related to a Proteobacterial ATP transporter that exports lipid A and to eukaryotic P-glycoproteins.	2.55603e-134
NZ_LS398552.1|WP_162562982.1|130147_131938_+|succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit	gnl|CDD|236375	PRK09078, sdhA, succinate dehydrogenase flavoprotein subunit; Reviewed.	0
NZ_LS398552.1|WP_109227148.1|107950_109171_-|phosphoglycerate-kinase	gnl|CDD|234613	PRK00073, pgk, phosphoglycerate kinase; Provisional.	9.10101e-179
NZ_LS398552.1|WP_109227149.1|109251_110268_-|type-I-glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase	gnl|CDD|273675	TIGR01534, Glyceraldehyde-3-phosphate_dehydrogenase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I. This model represents glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), the enzyme responsible for the interconversion of 1,3-diphosphoglycerate and glyceraldehyde-3-phosphate, a central step in glycolysis and gluconeogenesis. Forms exist which utilize NAD (EC 1.2.1.12), NADP (EC 1.2.1.13) or either (1.2.1.59). In some species, NAD- and NADP- utilizing forms exist, generally being responsible for reactions in the anabolic and catabolic directions respectively. Two Pfam models cover the two functional domains of this protein; pfam00044 represents the N-terminal NAD(P)-binding domain and pfam02800 represents the C-terminal catalytic domain. An additional form of gap gene is found in gamma proteobacteria and is responsible for the conversion of erythrose-4-phosphate (E4P) to 4-phospho-erythronate in the biosynthesis of pyridoxine. This pathway of pyridoxine biosynthesis appears to be limited, however, to a relatively small number of bacterial species although it is prevalent among the gamma-proteobacteria. This enzyme is described by TIGR001532. These sequences generally score between trusted and noise to this GAPDH model due to the close evolutionary relationship. There exists the possiblity that some forms of GAPDH may be bifunctional and act on E4P in species which make pyridoxine and via hydroxythreonine and lack a separate E4PDH enzyme (for instance, the GAPDH from Bacillus stearothermophilus has been shown to posess a limited E4PD activity as well as a robust GAPDH activity). There are a great number of sequences in the databases which score between trusted and noise to this model, nearly all of them due to fragmentary sequences. It seems that study of this gene has been carried out in many species utilizing PCR probes which exclude the extreme ends of the consenses used to define this model. The noise level is set relative not to E4PD, but the next closest outliers, the class II GAPDH's (found in archaea, TIGR01546) and aspartate semialdehyde dehydrogenase (ASADH, TIGR01296) both of which have highest-scoring hits around -225 to the prior model. [Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	3.07248e-133
NZ_LS398552.1|WP_045917959.1|104949_106203_+|ATP-dependent-Clp-protease-ATP-binding-subunit-ClpX	gnl|CDD|235422	PRK05342, clpX, ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX.	0
NZ_LS398552.1|WP_045917960.1|106328_107630_-|proline--tRNA-ligase	gnl|CDD|237059	PRK12325, PRK12325, prolyl-tRNA synthetase; Provisional.	0
NZ_LS398552.1|WP_109227155.1|142454_143030_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	7.3198e-34
NZ_LS398552.1|WP_045917974.1|129199_129550_+|succinate-dehydrogenase,-cytochrome-b556-subunit	gnl|CDD|239579	cd03499, SQR_TypeC_SdhC, Succinate:quinone oxidoreductase (SQR) Type C subfamily, Succinate dehydrogenase C (SdhC) subunit; composed of bacterial SdhC and eukaryotic large cytochrome b binding (CybL) proteins. SQR catalyzes the oxidation of succinate to fumarate coupled to the reduction of quinone to quinol. Members of this family reduce high potential quinones such as ubiquinone. SQR is also called succinate dehydrogenase or Complex II, and is part of the citric acid cycle and the aerobic respiratory chain. SQR is composed of a flavoprotein catalytic subunit, an iron-sulfur protein and one or two hydrophobic transmembrane subunits. Proteins in this subfamily are classified as Type C SQRs because they contain two transmembrane subunits and one heme group. The heme and quinone binding sites reside in the transmembrane subunits. The SdhC or CybL protein is one of the two transmembrane subunits of bacterial and eukaryotic SQRs. The two-electron oxidation of succinate in the flavoprotein active site is coupled to the two-electron reduction of quinone in the membrane anchor subunits via electron transport through FAD and three iron-sulfur centers. The reversible reduction of quinone is an essential feature of respiration, allowing transfer of electrons between respiratory complexes.	6.31724e-27
NZ_LS398552.1|WP_109227674.1|138625_140386_-|RNA-binding-protein	gnl|CDD|214932	smart00952, RAP, This domain is found in various eukaryotic species, particularly in apicomplexans. In Plasmodium falciparum, the domain is found in proteins that are important in various parasite-host cell interactions. It is thought to be an RNA-binding domain.	6.08313e-10
NZ_LS398552.1|WP_045913377.1|121658_121991_-|iron-donor-protein-CyaY	gnl|CDD|376552	pfam01491, Frataxin_Cyay, Frataxin-like domain. This family contains proteins that have a domain related to the globular C-terminus of Frataxin the protein that is mutated in Friedreich's ataxia. This domain is found in a family of bacterial proteins. The function of this domain is currently unknown. It has been suggested that this family is involved in iron transport.	1.16136e-20
NZ_LS398552.1|WP_109227150.1|110542_112996_+|virB4-protein-precursor	gnl|CDD|273346	TIGR00929, CAG_pathogenicity_island_protein_23, type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family. Type IV secretion systems are found in Gram-negative pathogens. They export proteins, DNA, or complexes in different systems and are related to plasmid conjugation systems. This model represents related ATPases that include VirB4 in Agrobacterium tumefaciens (DNA export) CagE in Helicobacter pylori (protein export) and plasmid TraB (conjugation).	4.66206e-115
NZ_LS398552.1|WP_045917958.1|104174_104744_-|elongation-factor-P	gnl|CDD|234788	PRK00529, PRK00529, elongation factor P; Validated.	2.39043e-80
NZ_LS398552.1|WP_045917975.1|131972_132758_+|succinate-dehydrogenase-iron-sulfur-subunit	gnl|CDD|235652	PRK05950, sdhB, succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit; Reviewed.	1.79598e-166
NZ_LS398552.1|WP_045917967.1|129566_129956_+|succinate-dehydrogenase,-hydrophobic-membrane-anchor-protein	gnl|CDD|239575	cd03495, SQR_TypeC_SdhD_like, Succinate:quinone oxidoreductase (SQR) Type C subfamily, Succinate dehydrogenase D (SdhD) subunit-like; composed of predominantly uncharacterized bacterial proteins with similarity to the E. coli SdhD subunit. One characterized protein is the respiratory Complex II SdhD subunit of the only eukaryotic member, Reclinomonas americana. SQR catalyzes the oxidation of succinate to fumarate coupled to the reduction of quinone to quinol. It is also called succinate dehydrogenase or Complex II, and is part of the citric acid cycle and the aerobic respiratory chain. SQR is composed of a flavoprotein catalytic subunit, an iron-sulfur protein and one or two hydrophobic transmembrane subunits. E. coli SQR is classified as Type C SQRs because it contains two transmembrane subunits and one heme group. The SdhD and SdhC subunits are membrane anchor subunits containing heme and quinone binding sites. The two-electron oxidation of succinate in the flavoprotein active site is coupled to the two-electron reduction of quinone in the membrane anchor subunits via electron transport through FAD and three iron-sulfur centers. The reversible reduction of quinone is an essential feature of respiration, allowing transfer of electrons between respiratory complexes.	2.71348e-22
NZ_LS398552.1|WP_109227156.1|143064_143709_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	2.57419e-22
NZ_LS398552.1|WP_109227154.1|137059_138529_+|replicative-DNA-helicase	gnl|CDD|181676	PRK09165, PRK09165, replicative DNA helicase; Provisional.	0

Protein sequences

>NZ_LS398552.1|WP_045913377.1|121658_121991_-|iron-donor-protein-CyaY
MLERNFIVLASQAISQIADSIISQDLDGIIDVNFIDEMILYITISTKQFVITGHTFARQIWLVSPISGPHHFSYIDNKWLNRDKQDIWPLLQTEINQLTGFNIHLNASNE
>NZ_LS398552.1|WP_045917964.1|119938_121675_-|ATP-binding-cassette-domain-containing-protein
MHLMSNYKILHLFLKYLQPYRFKIFIVLISLIMVSGSLLYVGSAIKLLIDHNCSCVNIIMAQISITIVIFSIFSFLRSFTINSISENLILDIRSDLFKHLLKLRISTFAKLKVTDINNRLLSNINNIGELINNLFSFILRNSIMFLGSLMLMFAQSNKFTYLVIIMFITIALPMIKIGHYIRTLAHITQFELLKIHSKIDESFNNIKLIYAFNQQSHQVDTLNTIQREYFVEFKRKIKLRSMFFALTMALVISAVTFIIWLGSNDIAVGVMSSGDLTSFLYYAIVAVASLGGIIESFAKFPGYFMAAEKVFSLFEIDSVESNLSTNDLHNGVIKFNNVSFSYPSRPNIAILSNCSLSIAPGQFVGIVGKSGAGKSTILQLLIKFYDPTTGTIQINNVDISSVHLPQLRKNFSYIPQETYIFSDTIKNNILFSNQHASSEDIAYAIQVALIDEFLTKMPDGLNSFIGEKGNMLSGGQKQRLAIARGLITKAPVMLLDEATNAIDSKTEKIILNNLRSISPQKTIIVVTHRISAIEQADNIIVLDNGKVNAQGNHAELMKHCQLYKELIRRRTNSSNCKA
>NZ_LS398552.1|WP_109227151.1|112995_117519_+|hypothetical-protein
MKPQHIFLVIIVAVINFITVANATASICTWFRGSRTETWNGDNEDLQGIIKRRKHLSFWQKREKQFTSTENCPPYYKYGGRRGCLLKFEEPATIFDSKFWTTVVDNSQTPDWYYAPGYLRYCGEETMATSYFNPKIRVRHQSCNAIACWHNDSNLSHGDCAVFATSLGIPLLRICARIAIPDTTSFDQNEKSICASDSITNDPLCQYNAKDDPGYTRCYHLNLQGGQEPDKIYDSVDDNCKARIIAPKLCLYVDPSLTSLSALLDPFDYNPVSQPLHSGSQIFPVGKILIELVNAGTSLADALVALVGIVVDKTGLSFLKDIVRFIGNVIQLVGSTFVDILKGAFDLNIVVNPEVLGCVELPLGPLPPPFYNELQKTASGKVEIIPICSKEELNLENKENINVASSQCAVSNIHNNIISNAVRISNSNQLPLCQNGEEGEKSYKANQCVKIQNIELLGPSVIRKKYNDVLKLCKYGNSDEPCVNYNGCEDSDNQLAGCQGRGFRVLYATNIKGKVVDDISQLEPSEKFNYCLPDCVGSRCPIPASPGADSCCEGAQLCQQVYGVDVGNFDDIKLVFQQDKVNEGKNGVVKESIKFNGKDLIALITRTTRPICQELLQSSDSNIKCDDAQIIHEQTSDDICVYNINNTKKPLIGCVKRAAPPLPTAFKCRNSKNNHFKPDIGIKLEVKESETNYSLEGCIEAKHSHHQNRTNDVEDDENNNQFNINLAGYDYNAYVTDHKGSVSPDIGTKWGKYDLEAPKEAQDVQSHNAKYRYLKGIEFINNEYVVGGKLICVNQNSNAIPKCPLDEKMCVLAKVKENPECIKAQKNNNTQQNFGPETCKEVSQSIEDRVYPRDFALCNDESADYPNCFKLGTNEHYQLTKTGFGNTMSLSGSSIKTEEDIMQTIGNCSSETVKSKECVSYSPRKYIYRFNTVQEVLKCKVDHSRCTVNVRSCTNDELMDRANTQLTNDAVKSETALIGLFKTTNNLICSGVIDKVCKDVKYKCQPKFTISDNGTVIAIETCIDPASASANKKKAAPITDFVCSTTKLESCDKLSESKFYTFTNSHENLIRHYNSANLLGELVETKKYVNKLDTKAVLIDPKFCGNRIKQCPENKHCTIFDEGKKFILGDEQEYVIKRCQTQLCYAKTSEDKKVNKDDVLVKSPYEGDGKTRFRSKNALELGLCQVIPDMPKCKQEESYNAIWPETSSGEEAIGQCKKGPNPRIKYVPINKDSLKRRCLFDPAIDASSNVHFTSGDTAKPVFELPKKKKTVGCKEYKVKCSEISENGVIWPAVEVDATSQPKCVNSAYKLSNQNATRKCELDHNNSPVFTKPTANVTCSHPDKCDRLVDTKNGVIWSEAKVREISHPTCVNKNHKLSHPTARRKCVLDNKGGIHHRLELKAMIDTEDSITRGHRIRYISASDVTCYDPNKCSEVLENGIIWSEAEVGKESRPRCENPDYKVSHSVVTRMCLNDNGVPKLASTVSYSLSPIGPVSASVSSIKCLPRLR
>NZ_LS398552.1|WP_109227150.1|110542_112996_+|virB4-protein-precursor
MGFIHKFLHSRKIDAKQFDSNAQNFIPITCHYNDETLLTKNGELIQILQIKGINSEYTNKDLLGIRAAIRNAIKNHINNSNFAVWIHVVRRCDNIDDSTPYSQALPNFIHNIWSKKNYWQDKFVSTLYISIVHHGCNLNIRNLDSFLNSLSFKTLDSFYDKFIASALKNLSMAINNIITELQRYNPCKLSIKIDNNKVYSDLLNFYKKIIQLNTGLIEVKDVDCAVQLATHKYSFGGDKIEVIHKQEKKFASILGIKEYQDIKDELVSKCLHAPVEFIATEIFYFADQVKAINSYSQQSKIISASRDSELALFKGIEPIVNSDNTLPQFCHQQISIMIMADSIDLLESRVAYMSQRLVKQGIIHVREDINLAQTFWSQLPGNFNYIRRVSYNIIDNVAALAALHHYPVGMQHSRWGRSVTIFRTECGTPYFMNFHDESAKGHTCIIGGAQSGRATIANFLLSEASKYSPTILYLTNRNNAQVFIKGIEGTWHDGDLPFNPLSYLESSDDLLELFKIITGNYFNNLTDSEIECITELAIAVMDMPPESRSLIKIIKDFNFKAYSAGASVKKRIKLFISDDKCSKIFNQSSTLELQDNNVTAINLADYTDYQFNQSYIPQVGEKPEIYHNKLQTLHCLRSGIIFSLIKKFSLLASPEPKILVVDNMPDLIVEQVFMNLIKQITEQLSENNGIILSVVQVNQNDQFYYSDFWKKWLKFNNTKIILPTNIRNLPIAEICNLSTREAKKFNTISPNSRLFMVKQDNNYVIVELNLEGFPAIRKLLSAEEDDLNLFHKIMQKIGDDAPSAWLSDVYDQFQNSE
>NZ_LS398552.1|WP_109227149.1|109251_110268_-|type-I-glyceraldehyde-3-phosphate-dehydrogenase
MRIAVNGLGRIGRLVVRAITLLQDSRLELVAANSLAESDIIAHLLNYDSTHGKLTNRFQYNNNYLFNSTSKISLFRQSKPETIPWKKENIDIVIECSGKFNSKNAAIAHLTAGAKKVIISAPCENADATIIVGVNDHLLNSNHNIISVGSCTTNAVAPIVKILNDKFGIQCGHITTVHAYTSDQNILDNSHKDFRRARSCFASIIPTKTGVSTSLKEVIPELANCLDGSSVRVPTSNVSLIDFTFYSHKTLTVQSINNEIKESAKLANMKDILDIAPAPLVSVDFNHSKFSAIFDPYETKVVGKNLGRIVAWYDNEWGFVHRIIDIVKIVELCCRDEK
>NZ_LS398552.1|WP_109227148.1|107950_109171_-|phosphoglycerate-kinase
MIQLRQLSDVIVKDKVVLLRLDLNIPQEGGKITDNTRIVRTIPTIKYLILHGAKVVIISHLGNPKSRIESTLSLRSVVTELEALLNIKVQFCPESIGAIPKNAIINMKAGEVLLLENLRFNSGEELNDATFVNELSSLGDIYVNDAFSCSHRKHASICGLPTKLPSAAGFLLLSELKHLTSIFSNANKPFTVIIGGAKMSTKLDLLNSLITKADYLIVAGAMANIFLAMKRFNIGASLYKPELVNVASLILKKATSTNCKIILPFDAVIQNFNSNNITIIELNSSLVMQSNAKIMDIGPKTIAQIINIIKISKTIVWNGPVGAFEQPHFDHGSTYLSKAIAEKTRTGSLCSVAGGGDTISAIKKSGVIDDFSYISTGGGAFLEWLQGKTLPGVEALMQKLDTAKYI
>NZ_LS398552.1|WP_045917961.1|107643_107937_-|hypothetical-protein
MIVIVYNLDDAIKELNSIHVPVIITNPPGSIKYLGALTIDYLFKILKNKFNNISKVIINVEDDIPALFTLLKLNYSRSEIIYTGSSESAKKLLQLYN
>NZ_LS398552.1|WP_045917960.1|106328_107630_-|proline--tRNA-ligase
MRLSQYFLPLLKEDPAGAEIISHKLMLRAGMIKQACAGIYNWLPLGVKVLQNIQNIVRKNMNAAQCTELLMPCIQPASLWKESSRYNAYGKEMLKIKDRHDNDLLFGPTNEELITDIFRSCIQSYKDLPKNFYHIQWKFRDEIRPRFGVMRSREFIMKDAYSFDIDQTSAIQSYNLMYLTYLKIFKDLGLKVIPVQADNGAIGGKLSHEFHIITATGDSKIYYDSTKFNPFDYNQDLSLNKLEQLYIVTEDKHKTDQNQISNDKISTISGIEVGHIFYFGTKYSELMKACIQMQNGKLTAVEMGSYGIGISRLIGAIIEANHDQYGIIWPQNVAPFKVSVINLLPNNDKCKQISNQLYQILTQQKTDALLDDTSSSAGHKLAAHDLIGIPYQIIIGKNFIETATIEFKYRHNQQLQKLSIDALINQLTEISKH
>NZ_LS398552.1|WP_045917959.1|104949_106203_+|ATP-dependent-Clp-protease-ATP-binding-subunit-ClpX
MAKKIDNKALSCSFCCKNQNEVKKLIAGFSGFICDECIELCIHLIEEERKSNLAISNYSKLPPKKIYEAINAHVVGQKQAAKILAVAVYIQCIRFEHRELADLVAKSNVLLIGPTGCGKTLIAQTLAKIINVPFAMADATSLTEAGYVGEDVENIILRLLQAADFNVERAQKGIIYIDEIDKIARKSENPSITRDVSGEGVQQALLKIMEGTIALVPPQGGRKHPQQEFIQIDTTNMLFICGGAFTGIEKIIEARTSQSTIGFEATVKSKHDQDYNQILNNLEADDLTKFGLIPEFLGRLPVIATLSDLNQQSLVDILTKPKNALVKQYQKLFELDGAELIFEEEALIAIAQKALAKKTGARGLRAILECVLLDTMFELSNLKNMQVIITADIVKNNLKPIIKPKLQKKSVKKKVTA
>NZ_LS398552.1|WP_045917958.1|104174_104744_-|elongation-factor-P
MKILANTIREGNILEYQNNLWIVSKKPDHTKPGKGGAYIQLEMKNLKTGTKIYERFSSSDYLEKATLEQRNYQYLYQENNHLVLMDLENFEQILVQKSIIASNKLPFLLENTVVTVETYKDEPIRLVLPHTVVVEILETSPNIKGATVTASYKPAILSNGAKIMVPPYLTAGEKIVVKLEDISFVERAK
>NZ_LS398552.1|WP_045917974.1|129199_129550_+|succinate-dehydrogenase,-cytochrome-b556-subunit
MSPHITIYRMQMSMILSILHRLSGMAVFGGASIITWWLILCVYSDFDRVIVDIFYNLWFQALIYLTIFTTCFHLCTGIRHLIWDTGYGFSVKYINISGWIAVALSIIVFYVCINNF
>NZ_LS398552.1|WP_045917967.1|129566_129956_+|succinate-dehydrogenase,-hydrophobic-membrane-anchor-protein
MKAQNLQTSLNIIKSRSTDKYCVQHWWYQRLSAILMLPLLVWLVFFGKAIVQKSPVELVELVKYPYNVLMIILLLITMFFHAAIGLKVIIEDYVNNLSVRYLLIVLVQCFTFVTVVAGIISIILLCINY
>NZ_LS398552.1|WP_162562982.1|130147_131938_+|succinate-dehydrogenase-flavoprotein-subunit
MVNAYKIINHEFDVVVVGAGGAGLRAIVGMAESGLRAACITKLFPTRSHTVAAQGGISAALGNIQPDKWQWHAYDTIKGSDWLGDQDAIAYMCKEAPAAIIELEHYGVPFSRTTDGKIYQRPFGGMTTEFGDGAAAVRTCAAADRTGHAMLHTLYQQALKHKAKFFIEYIALDLIMDNGACKGIVAWNLDDGTIHCFRSHIVVLATGGYGRAYFSATSAHSCTGDGNAMCARAGIALQDMEFVQFHPTGIYGAGCLITEGARGEGGYLVNSEGERFMERYAPSAKDLASRDVVARAMTMEINAGRGVGIYKDHIFLHLNHLDSKTIQQRLPGISETAMIFAGVDVTKQPIPVIPTVHYNMGGIPTNYHGQVVTKTENGDMEIVPGLMAIGEAACVSVHGANRLGSNSLLDLIIFGRAAANKAKEIIAISTKHQPLGNNIVDAIIERFDQTRFLNGNMPIAELRLTMQRAMQNYAGVFRSYDKLTEGMKIIKQNFNSRTDIKLTDHSLIWNTDLVEAIELQNLLYQAAITMFCAANRQESRGAHAREDYPNRDDDNWLKHTLATIDEEGNVDIDYRNVVLDPKDDEMIAIVPKKRVY
>NZ_LS398552.1|WP_045917975.1|131972_132758_+|succinate-dehydrogenase-iron-sulfur-subunit
MVEFRLPQNSKVKVGKHHTAKDSVKKVKRVSVYRYNPDTGDNPRIDIFEIDMENCGPMVLDALIKIKNEIDPTLTFRRSCREGICGSCSMNINGTNGLACIKAINDIKGDVIIYPLPHMSVIKDLVSDMTHFYAQYQSIEPWLKAETIDITSGERLQTPEDRDKLDGLYECILCACCSTACPSYWWNADKYLGPAVLLQAYRWIIDSRDEHASERLDQLEDSFKLYRCHTIMNCTKTCPKGLNPAKAISEIKKKMFERHGV
>NZ_LS398552.1|WP_109227153.1|135335_137051_+|hypothetical-protein
MRPVVFDILTNGCNFVKNNSNNNDTIFYNFIGSIIPPEWRKLTGDNGKALSKTSKQLLSFIVYRLHIYYNKDIDELQESYKLYEDKLNVGQRRVRQCLVELRDAGFIEVENRTIIKDNFKLRNVPCIKLLKNFQRFTEKETKGEKIIDLTQKIFRSNLKEISGEPEKSFRYIYRYNNNKKNNNRSRSTEDKLIENDQNKNEDQQQNLKFKYTESDDFIEIELVGNEKEDQQQQQNLNFYELSDVSNDKQSNKDYEQKSELATPAITKDSEVEKNECYPKRKRLADYYPLTPEDAVILQRMSSRSFNIYFINQLLLKLSNKYPNRHFANKIAVLNYMAKALANELLTTDQANSGNFRFNDVGRFKEQYLANIESGTDRSMKAQLKRKIAGVFEADTAYQILTSCDFGAAVKNKYYIKLLKNITLSDHIKFKILQEVRAVYSNDIEQLQVIPFDESKQVTNKTTEYQKTTILQQQISDENYLSELSKQLDSNSTWYKVRESLIKSYGQAIDKSWFSILKVVNEDSVNKKIFIKAKTKFEDDYIRNNCMQGLEYAFKAQGFSFELVKFSNFNKI
>NZ_LS398552.1|WP_109227154.1|137059_138529_+|replicative-DNA-helicase
MEKDLAKIAPSNIQAEQMILGAILINNRALYNINEFLLPEHFYEPLHGKIYKSINLIISKGISATVISLKNMLGNELAFEEIGGVDYLAKLTTLALSIVNVNEYGKIVYDLALRRYLIEIGEKIVTNAYSSTLADLAISQIETAESQLYDLGARGTLSKGFTKLQTSIEESWTSISSAIKNKNSINGISSGLLDLDSKLGGFKNSDLIILAGRPSMGKTALGVNLAINACKYFLSSSTQQNSKVSNIKPSVGFFSLEMSSQQISTRILSIESEINSSALFNGKIGEQDVDKLKTVQDEIQKWNFFIDDAPAISISAIRSRARRLKRTHNLAILFIDYLQLIKIDSRVSQYNRVQEISEITQSLKALAKELNISIIALSQLSRAVEQRSDKKPILSDLRESGSIEQDADIVMLIYRDEYYLSRSEPNPGTPEYTEWVTKQNKCYNTAEIIVAKHRNGPVGTVKLHYNSRYSKFGNIRPLSKLVKVVQNYC
>NZ_LS398552.1|WP_109227674.1|138625_140386_-|RNA-binding-protein
MDEFNTQDLANSIYALGRLEIQLPYPFINAWINKAINLIDEFNPQGLANSIYALGRLEIQLPYPFINAWINKAINLIDEFNPQGLANSIYALGRLEIQLPYPFINAWINKAINLMDEFNTQNLANSIYALGLLEIHPQDEFINAWIHQATKTIKNFNPQNLANSIYALGLLEIQLPDSFIDAWINKAINLMDEFNTQDLANSIYALGLLEIQLPDSFINAWTNKAINLMDEFNTQELANSIYALGLLEIQLPNPFINAWTNKAINLMDEFNTQELANSIYALGLLEIQLPYPFINAWIHQAINLMDEFNTQELANSIYALGRLEIQLPDSFINAWIHQATKTIKNFNPQNLANSIYGILILNVLCDSKIKVPQLFIDAVNKNIELLDENNENISQILKAHYYFSKQGVGILTSQNRQLFEKKFNKLIPYHTSNLQLNVLKVVKKVLAPHTVKSEHYIKQITSSVDIFIKDQNTVIQIDGPCHFDNNNVPNILTRFNTQLLKSYGYIVHRIPYWIWDKLRINTDKEKYICELICDDQPVSESEMSEEIFYDAQENIPDQSTSEVLPHFESQIPDDVFYDAYEYSRLQ
>NZ_LS398552.1|WP_109227155.1|142454_143030_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNVRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSSETDTIITAILHDTLEDTKLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAKYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
>NZ_LS398552.1|WP_109227156.1|143064_143709_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVKQLINKDITLVNSKYKDGTTALSVALKYKNLPIAEILLSNGANVNAQDNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPTYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECRCIEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNEIIDVIHLLIDYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADVFNFLMEQSVPWY
>NZ_LS398552.1|WP_109227157.1|143806_144310_+|hypothetical-protein
MNVLKSLLQPCYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKVSVDTSQFYIKFSTGIVTNYDTLEAGIGYRLNRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFIQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDAYLDIECCTIANYKPLPIHIRVGWRVHI

Crispr_ID: NZ_LS398552_2

• CRISPR_ID: NZ_LS398552_2
• CRISPR_location: 216324-216461
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398552_2

Consensus_repeat	Method
TAAAGCTGAAGGTAAAGC	CRT

spacers of NZ_LS398552_2

>2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT
TGAAGGTAAAGCCGAAGG
>2.2|216378|30|NZ_LS398552|CRT
CGAAGGCATAAAGCTCGGTGAGATTAAAGG
>2.3|216426|18|NZ_LS398552|CRT
CGAAGGCATAAAGCTAGG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398552_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398552_2

>merge|NZ_LS398552|2|216324-216461|CRT
TAAAGCTGAAGGTAAAGCTGAAGGTAAAGCCGAAGGTAAAGCTGAAGGTAAAGCCGAAGGCATAAAGCTCGGTGAGATTAAAGGCAAAGCTGAAGGTAAAGCCGAAGGCATAAAGCTAGGTGAAGCTAAAGGTAAAGC

>NZ_LS398552|2|1|216324-216461|CRT
TAAAGCTGAAGGTAAAGC	TGAAGGTAAAGCCGAAGG
TAAAGCTGAAGGTAAAGC	CGAAGGCATAAAGCTCGGTGAGATTAAAGG
CAAAGCTGAAGGTAAAGC	CGAAGGCATAAAGCTAGG
TGAAGCTAAAGGTAAAGC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398552.1|WP_109227186.1|214251_214746_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214643
NZ_LS398552.1|WP_045914898.1|208321_208897_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398552.1|WP_109227194.1|231729_233421_-|conjugal-transfer-protein-TraN	unknown	unknown	gnl|CDD|369160
NZ_LS398552.1|WP_109227191.1|227085_229737_-|conjugal-transfer-protein-TraG	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NZ_LS398552.1|WP_045919393.1|225917_227063_-|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NZ_LS398552.1|WP_045917470.1|210130_210940_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398552.1|WP_045918981.1|211649_212351_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367112
NZ_LS398552.1|WP_109227189.1|216649_217105_-|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NZ_LS398552.1|WP_109227680.1|222042_223137_+|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274285
NZ_LS398552.1|WP_080946297.1|212804_213281_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|236848
NZ_LS398552.1|WP_174198126.1|223737_224148_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|273806
NZ_LS398552.1|WP_109227193.1|231034_231733_-|conjugal-transfer-protein-TraF	unknown	unknown	gnl|CDD|372692
NZ_LS398552.1|WP_045919394.1|224157_225912_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398552.1|WP_109227679.1|213768_214233_+|sensor-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|236848
NZ_LS398552.1|WP_109227187.1|214787_215375_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398552.1|WP_109227192.1|229736_231038_-|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NZ_LS398552.1|WP_045915372.1|208931_209576_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|293786
NZ_LS398552.1|WP_109227185.1|209623_210127_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_045915136.1|211306_211585_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_109227190.1|217400_220202_+|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398552.1|WP_109227186.1|214251_214746_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|214643	smart00387, HATPase_c, Histidine kinase-like ATPases. Histidine kinase-, DNA gyrase B-, phytochrome-like ATPases.	3.31454e-08
NZ_LS398552.1|WP_045914898.1|208321_208897_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	6.34007e-34
NZ_LS398552.1|WP_109227194.1|231729_233421_-|conjugal-transfer-protein-TraN	gnl|CDD|369160	pfam06986, TraN, Type-1V conjugative transfer system mating pair stabilisation. TraN is a large cysteine-rich outer membrane protein involved in the mating-pair stabilisation (adhesin) component of the F-type conjugative plasmid transfer system. TraN is believed to interact with the core type IV secretion system apparatus through the TraV protein.	1.27036e-107
NZ_LS398552.1|WP_045919393.1|225917_227063_-|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	2.17285e-22
NZ_LS398552.1|WP_045917470.1|210130_210940_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	1.44035e-51
NZ_LS398552.1|WP_045918981.1|211649_212351_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|367112	pfam02518, HATPase_c, Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase. This family represents the structurally related ATPase domains of histidine kinase, DNA gyrase B and HSP90.	1.01574e-06
NZ_LS398552.1|WP_109227189.1|216649_217105_-|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	5.79551e-18
NZ_LS398552.1|WP_109227680.1|222042_223137_+|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|274285	TIGR02760, conjugative_transfer_relaxase_protein_TraI, conjugative transfer relaxase protein TraI. This protein is a component of the relaxosome complex. In the process of conjugative plasmid transfer the realaxosome binds to the plasmid at the oriT (origin of transfer) site. The relaxase protein TraI mediates the single-strand nicking and ATP-dependent unwinding (relaxation, helicase activity) of the plasmid molecule. These two activities reside in separate domains of the protein.	5.57104e-14
NZ_LS398552.1|WP_080946297.1|212804_213281_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|236848	PRK11107, PRK11107, hybrid sensory histidine kinase BarA; Provisional.	2.1273e-05
NZ_LS398552.1|WP_174198126.1|223737_224148_+|transposase	gnl|CDD|273806	TIGR01784, Uncharacterized_protein_pSLT051, conserved hypothetical protein (putative transposase or invertase). Several lines of evidence suggest that members of this family (loaded as a fragment mode model to find part-length matches) are associated with transposition, inversion, or recombination. Members are found in small numbers of genomes, but in large copy numbers in many of those species, including over 30 full length and fragmentary members in Treponema denticola. The strongest similarities are usually within rather than between species. PSI-BLAST shows similarity to proteins designated as possible transposases, DNA invertases (resolvases), and recombinases. In the oral pathogenic spirochete Treponema denticola, full-length members are often found near transporters or other membrane proteins. This family includes members of the putative transposase family pfam04754.	8.4441e-07
NZ_LS398552.1|WP_109227193.1|231034_231733_-|conjugal-transfer-protein-TraF	gnl|CDD|372692	pfam13728, TraF, F plasmid transfer operon protein. TraF protein undergoes proteolytic processing associated with export. The 19 amino acids at the amino terminus of the polypeptides appear to constitute a typical membrane leader peptide - not included in this family, while the remainder of the molecule is predicted to be primarily hydrophilic in character. F plasmid TraF and TraH are required for F pilus assembly and F plasmid transfer, and they are both localized to the outer membrane in the presence of the complete F transfer region, especially TraV, the putative anchor.	4.17971e-50
NZ_LS398552.1|WP_045919394.1|224157_225912_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	0
NZ_LS398552.1|WP_109227190.1|217400_220202_+|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	4.89174e-110
NZ_LS398552.1|WP_109227187.1|214787_215375_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	3.97426e-32
NZ_LS398552.1|WP_109227192.1|229736_231038_-|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	7.51709e-66
NZ_LS398552.1|WP_045915372.1|208931_209576_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein	gnl|CDD|293786	sd00045, ANK, ankyrin repeats. Ankyrin repeats are one of the most abundant repeat motifs, and generally function as scaffolds for protein-protein interactions in processes including cell cycle, transcriptional regulation, signal transduction, vesicular trafficking, and inflammatory response. Although predominantly found in eukaryotic proteins, they are also found in some bacterial and viral proteins. Less is known of their physiological roles in prokaryotes. Some bacterial ANK proteins play key roles in microbial pathogenesis by mimicking or manipulating host function(s). The pathogen Providencia alcalifaciens N-formyltransferase ankyrin repeats function in small molecule binding and allosteric control. Ankyrin-repeat proteins have been associated with a number of human diseases.	3.66294e-22
NZ_LS398552.1|WP_109227191.1|227085_229737_-|conjugal-transfer-protein-TraG	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	5.60374e-42
NZ_LS398552.1|WP_109227679.1|213768_214233_+|sensor-histidine-kinase	gnl|CDD|236848	PRK11107, PRK11107, hybrid sensory histidine kinase BarA; Provisional.	5.83897e-09

Protein sequences

>NZ_LS398552.1|WP_109227187.1|214787_215375_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MLAFLNCEHINNLLDKLDLINHSFDKHIALDKVKKAIFYAKKYHSNQKRDTGEPYYMHPLEVALMVADYSFKTDTIITAILHDTIEDTTLTKEKIAIEFNDNIAEQVLALTRNRGGKKTSSMKMIQTLVNQDKVELLLIKLLDRLDNIKTIFIKPAKRRQEIILETQQEFIPLAEYLKLPEIAIELNKYCERYAT
>NZ_LS398552.1|WP_109227186.1|214251_214746_+|ATP-binding-protein
MSHTIKSGDFGIQAKVNNTIRVLKQFTENKGINLRCNFKNDIKDLIIVNSIQIQAVLTLLIGNATNSKCSEISVEVDLLPSTNQKTNYRILQLIVFDNGIGISAEKVKKINNELRNLHIKSYAVLESELQLVKRFIHDITGKIKLESQQDKYTAFTCSIPIEVR
>NZ_LS398552.1|WP_109227679.1|213768_214233_+|sensor-histidine-kinase
MKDTISSLKEIAEDREISLSYNVQDNINDIVIGDSCLLQTILSQLISGAIRVNKSCQVDVIVRLFTSPYRKPNEKDKILRFIVRDNGKGISQEKLQEINAKFTDLHPALEYPEILDSSLGFTNYIVNKLSGKLEIKSEANKCTAITCDIPVQLN
>NZ_LS398552.1|WP_080946297.1|212804_213281_+|ATP-binding-protein
MLNGTIAAIRVIDEDEKIELREKGNDIYDIITGDSFRIRAVLTQLVGSAIMHSTNSKVRVSIDFLPPKNEQSNSKDRILKFVVHSVGAGISKNKLQEMNSELKNPHLIKHQALDSGLEFIKHLTYEMKGSIKIDSKEGHYTKFLVSIPIQISNLNSQH
>NZ_LS398552.1|WP_045918981.1|211649_212351_+|ATP-binding-protein
MENNNIYLIQYIRHIVNNCNKTKRNIVELVGYKQDAIAKITDTLGSLDELIDHLNDKICVFRKNIESKNVELENFSLQTFVTDAVAGLKAIVEDDRIDLKSNFQANIKDSIIGDSLRIRAVLSQLVGSAIIYGTKGTTINICVHLLPSQDGKTDSKDKILQFLVQNICPSIQKEKLQKMNSELSNSNLTKHQELGQGLVFIKQLTHQMKGNLKIDQGSNYISSSFEVPIQLYT
>NZ_LS398552.1|WP_045915136.1|211306_211585_+|hypothetical-protein
MSIGNEGQQKNKSIFNKNIQSKLLLRHLAAGDKELLKLTHQIKTLNLNIIDVFKQLKSESEDVRTLQSEIIENKKSTLREAICHIPISLANS
>NZ_LS398552.1|WP_045917470.1|210130_210940_-|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
MSVAVANKSKPFLHWIGSKRRIVNKLIEHLPQGPHYNYYEPFLGGGALFFQVRHLFKQCFLSDINLDLITSYNAVKNNPNEVNRLLSLYHKHHSKDYYYKVKNKYSNNPNEITAKFIYLNKYSFRGIYRVYKNGQSAQTFSGECYIKLHIASRINQCSNLLHGVSIYATDFSFIEPQQNDFVYFDPPYHKSGERFYTRLPFDEKDQIRLRDFVQELTNKGVKIMISNNNTAFIRDLYKDFNINTVTVVYSINEQRNPVNELIITNYKTC
>NZ_LS398552.1|WP_109227185.1|209623_210127_+|hypothetical-protein
MNVLKSILQPCYAVILAFVVLSSPSICTANNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGIATNYDTLEAGIGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLVSAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDIECSTTANYRPLPIHIRFGLRVHI
>NZ_LS398552.1|WP_045915372.1|208931_209576_+|ankyrin-repeat-domain-containing-protein
MILKSKTKYTLHSAIQDGDIKKVKQLINKDITLVNSKYKDGNTALSVALKYNNLPIAEILLSNGANVNAKNNDGHTALHLVVDTIQVYYEFFEKYPVYCNDHIALLLKYNADVNIENNQGNTPLSDAVECKCVEPLAIMLKHNSTGINKKYDEGETLLHIAVRNEIIDVIHLLINYGADIDAKDDNGMTTIDYAAKSGNADVFNFLTEQWVPWY
>NZ_LS398552.1|WP_045914898.1|208321_208897_+|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTLEDTKLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAKYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
>NZ_LS398552.1|WP_109227189.1|216649_217105_-|conjugal-transfer-protein-TraD
MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKAKLDHLPTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQNHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDEDTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNSLLNVQYSIELVV
>NZ_LS398552.1|WP_109227190.1|217400_220202_+|AAA-family-ATPase
MAIKFARIEFLRRSEGGDSCRKAAYNARTIVKNKQTGIRYNFSRKKDNVYHTVLIPDYVNQDFKNIQTLMNEVERTETRENSKLLKDIVIALPDEKELNLEHRIELTHRIVDAMEWVQNGLGVQIDIHMPQIGDKNWHVHILVTTRRFKENGEELGDKAVDLEAKFITVKGQWRIIKDHKMIHEIAKEETNAYFAELGLPYRVDETSEVPGKHIGPRRIRNLINEVVNENELRKEAHLKIINDADVITDSITHYKSIFTKQDVEKAVKDIPDLTAREQLVQQVLSSNRILELYHDDGESSKYFTTIEVRNEETRIIRIANKINDQVYYNNIYNLKSDIEGLANVSEEQKQALRHILLSTSGVRVLRGRAGTGKSYVLIKAHKLATNRGQKVIGLAPTHKAVSELRSKGYTEVYTVKGFLYNRKKIFMQDSLIVVDEAGMVGTKAYAELFRVVRNNNCQLILAGDEKQLASIERGGMFEMLSNIFGSHVLVNIRRQSKNWSRKAAMEFAESNILSGITLLRQNNCVRFDNTLQDSMSKLIYNWSLSKFKPHEKLVITVRNKDVDILNSSIRSLLKANGTLKGKEYRRSIAGREESYMVGDRIVFQTNDKDLQIQNSEFATLTSVSKNKFIAKTDAGKKVSFDPSKIQFKHGYASTVYKVQGASIKDVYVLHNGVSNISSSYVAMTRYIENLKLYCNKEATKSINSLINQLSRPNEKSASITLKTAHDLEKERTKPTVFSKVENWFKSIINDINDRSHVNEEYYYFTAKPEEEAKVEKVQLKDISTPLFMHIKEQRQYDYDVTILSAEGKTISSFQEAGIDSRMVYSSNVNNLKYYQPFQGEKILIAANNDKQNKEYVSTINEAAKVLTSKGAITSIVVPSKGEDFNEMLKNKGATAVKELMIPEIMKLINTQNVKTESEQVVKTDIAQKIGLRR
>NZ_LS398552.1|WP_109227680.1|222042_223137_+|toprim-domain-containing-protein
MAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGISNLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITINTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIEKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVEAIVANKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGEITGAKILTLNSKTCNKADVAEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIQQAGVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKEAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNMQPGLCPKH
>NZ_LS398552.1|WP_174198126.1|223737_224148_+|transposase
MLKLWEEFLIKFKHVLILDKEKGYVYLRSFLWYTDTKLLESQQPELEQVLAKYLSEEEKGNIMRTIAEKYIDEGRAEGIKLGETKGRAEGIEIGKVKAKQWLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY
>NZ_LS398552.1|WP_045919394.1|224157_225912_-|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein
MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAEDFLHEFYTGQHGFKIQQLWEFLINSALLEGLIVFAIGVIISIVFFTAQGKKTIIKAKIRGADFVECKCLSKMLKSAKKASKICFGGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDHKCDKLLNPFEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKILVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVWGYKLLKKLKLVEY
>NZ_LS398552.1|WP_045919393.1|225917_227063_-|tetratricopeptide-repeat-protein
MKNIYKLAIIIILQVMLLNTAIAIEENKLIQQNSIKDENVLAREYFNIGSSFLKLKKYQEAIENFDIAIKYDPSYASAYNSKGIALDDLEKLIEAIENYDLAIKHKPNFAEAYNNKAVSYRKLGKNEEAITLCDLAIKYKPNYVTAYNNKGASLARLGQYEDAMENYDIAIKYEPNNPEAYYNKGIALMNLGHIREAIENYDIAIRYRPNYSEAYHNKGLSLMFLEKFEKAIEHFDLAIKYDPKDLKAYGNKGYVLSLLKKYHEAVESCNLAIKIDPNCSDAYYNKGIIFAKLGKHKEAIENFDLAIKYKPNFAENYLEKGISLVSLGQYSRAKDNFLLATKYNPNIIVGYETALKRLIELEKFTVAKEFEQKLQILKKYS
>NZ_LS398552.1|WP_109227191.1|227085_229737_-|conjugal-transfer-protein-TraG
MDYVIYTFGGGDLLWHVFNGIGRVFASNSEYFTPVGHLALTIGGIWAATRAIFRGNIGIFAMEWFFPSIFIFTLLFAPKSTVWLKDEVSMSAPVKVDNIPIGIAMFASLSSQTSYFVSKMLENHLLPAYEGLSSRKTGIMFGAKAVAKIRDVQIHDPVTLTNTKEFLRQCFMKPYIIGNILGKKAAAQQTNDIIGFIEQNIPNNFGIYYREPSNLGISFKTCRQATPLIKAAIHKELNEGLLTNFAAAIGVQSDQSHMLSQRLKVMTGDTLKYLQREQQDIHEWMKQAMLLNANRESYDDWREKFSLSRIYPNLVSMHAIRGLFQQSFSYLVAGEIAAHMMPILQSVFFAVVVSMIFIVFPMALLPGGYNILKTWILLIIWVSSWPVFFTIIHCLGMISLSSKSGAFGSDYGLNMLSQGSFAEMILYSYATFQMLASSIPMLSWSVINACAHATANLASQFSPIQVASSLGSNIVDNNLSMDNYSIGNRTISQQNLAPSLDMTDSIINYGSHKIIIGNNGEQFVIQTVHSLETNFRSSALLQTGYQNQFVHSQSMLNSLTQKEANLISTGNSMAIDIGRRLTHDEALSIGLTESESQALQEVGSSSIATTEHTGSSYSKSSGTSTSAGGGAFGARGVVEGNKKDEQNKGISANQQQSYNEALSKIKSAVEERRLSSTNSEVQSLSENLNANLSEQQSIGQEIAKTKQEMEQLSYSMNYVSQNSITIDRNINELVLNAIIDQNPEISSKEQAARWAKDHSAEAEKIAFEVAKINNEVPKDLNDHINDANFSTKKDLQSNFYKNVERLEANASNIHNNSNVTHVQNMEQTLSDNEKVKTLNQIPDSIKNKTQEIQKKFSDTTDSTFSMAGKKALENLGITIKDKR
>NZ_LS398552.1|WP_109227192.1|229736_231038_-|conjugal-transfer-protein-TraH
MSIRIRVYVIAALFSLQAPVSLAWNIENVFQGMSVNVTRSGSYQDQAAGYYAAGGLSARTSQTSFQPFAITPPSLNMSCSGIDAYLGSFSVISGEELVQLMKNIGSQAKVYAFSLGLKTFAPQIENALKDLRNLAMEMNQFAKGDCELTKALFATALPKNWAMREAVCRDIQSQSGFDYFAAGKKCRNDLAQKQALRQAQDKDSELMLDDYNIFTKAAAKVGIPSNMHDSIMSMTGTIVVTNNNVHFYDSLAQDEKSWISHLKGGESASIYSCDNVSCLHPSLRRNITILPEKSYAGKAKQQLTNLKIKFDKNSEFIDSEIAFLSSIGDIFPIYDYITLEAISGVTILDSSSELIASYTLVQHLKEVITEIRRAVTSLGAKQVSNEHLERYLKELNRVQLFANEKWTSLQTDANRIDKRARLIEQHLIAKEKS
>NZ_LS398552.1|WP_109227193.1|231034_231733_-|conjugal-transfer-protein-TraF
MSRLLMFMILISHLSTVDALPTGFLWYNDKHGHELTESTSKLMSSAHDHRIEELKEQFNRAQRIALDNPTLENVITAQRLQKQIMEKAHKFATMWQLATLLDYQLINANEPSNSLHRKLYQEKSEQTNDSKLKNIAKNWGLILQVKEDCLLCKAFMPIVHGFANKYAFQLLAVSKNNELLNKLNPKHIVPVLYLVASDGKKIYSVARSIISEDKIIDNILAIDRYYHKLETR
>NZ_LS398552.1|WP_109227194.1|231729_233421_-|conjugal-transfer-protein-TraN
MRLLSILTLIVLNISCCLASMQSSYNEAKHYNVNLGNSSNTQELFHQGSNVNYPNNDEDLTYHGRNQLGTESGAMLFQAENSKNNALTQHNINDQNYMIANSMRIESDPLSALDSSNFVTQTSTTNTEIIQSCTEGSKFNIELIRELNVECRLENVWLPWQNRQMEFATEKIKENHSNWLKSRSDVYDESGSQIYCLVDDPEAIERQMKRAIANRLGASTQHIGRNFLLEVNEKICILHYDYRDKTQELRKVAEYWKVLNPELEQLTESNECYEVNRINYDGGDRVFFDKFKVNRPYWKQKIVFSCTSDPKDGCKHLKIQNCELKNSTCQKSVANICLLWQHDYSCSTEKQTMLHSSLRNNSIFCLGGNCNTPTIIPNRDIAKVAHLAMLNQMSKDIKTNPVSVFSGKHRKCKKDVFSFLNCCSSMTGWGRDIGLSQCKSKEQELALYRKKGYCYYIGTYCSSRIPILGICLARKSTYCCFQSKLARIFQEEARKQLKIDFGTPECPNCRGLTVKELQKVDFTKINMDELFGDILTKAQNSMNKDIISGIKDKVHRMQQSQSK

Crispr_ID: NZ_LS398552_3

• CRISPR_ID: NZ_LS398552_3
• CRISPR_location: 603535-603646
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_LS398552_3

Consensus_repeat	Method
CCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_LS398552_3

>3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder
TAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_LS398552_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_LS398552_3

>merge|NZ_LS398552|3|603535-603646|CRISPRCasFinder
CCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTT

>NZ_LS398552|3|2|603535-603646|CRISPRCasFinder
CCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTT	TAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTACCTTCAGCTTTA
CCTTTAGCCTCACCGAGCTTTATGCCTT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_LS398552.1|WP_045918394.1|616035_616218_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|319756
NZ_LS398552.1|WP_109227305.1|592073_593828_+|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|313610
NZ_LS398552.1|WP_080946874.1|608744_609272_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_109227312.1|612655_614104_-|replicative-DNA-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|181676
NZ_LS398552.1|WP_109227303.1|588280_590920_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|369594
NZ_LS398552.1|WP_109227310.1|604539_605115_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394
NZ_LS398552.1|WP_045918900.1|607172_607889_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_047220226.1|600821_601277_+|conjugal-transfer-protein-TraD	unknown	unknown	gnl|CDD|368890
NZ_LS398552.1|WP_109227302.1|586979_588281_+|conjugal-transfer-protein-TraH	unknown	unknown	gnl|CDD|368759
NZ_LS398552.1|WP_109227690.1|594800_595895_-|toprim-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|372578
NZ_LS398552.1|WP_109227304.1|590928_592068_+|tetratricopeptide-repeat-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|274350
NZ_LS398552.1|WP_109227308.1|602622_603123_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_109227307.1|597727_600526_-|AAA-family-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|274289
NZ_LS398552.1|WP_109227306.1|593837_594749_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|368098
NZ_LS398552.1|WP_109227311.1|605215_606073_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NZ_LS398552.1|WP_045918902.1|610566_611118_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_045918899.1|606094_606823_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|223715
NZ_LS398552.1|WP_045918901.1|609750_610563_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|273146
NZ_LS398552.1|WP_047220525.1|601365_601941_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_LS398552.1|WP_045918480.1|611844_612420_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|223394

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_LS398552.1|WP_045918394.1|616035_616218_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|319756	cd16430, TraB, TraB is a homolog of VirB10 which forms part of core complex in Type IV secretion system (T4SS). This family contains TraB (VirB10 homolog) and a component of the type IV secretion system (T4SS), and similar proteins. T4S system is employed by pathogenic bacteria to export virulence DNAs and/or proteins directly from the bacterial cytoplasm into the host cell. It forms a large multiprotein complex consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB10, interacts with VirB7 and VirB9, forming the membrane-spanning 'core complex' (CC), around which all other components assemble. The CC is inserted in both the outer and inner membranes, playing a fundamental role as a scaffold for the rest of the T4SS components and actively participating in T4S substrate transfer through the bacterial envelope via conformational changes regulating channel opening and closing. TraB is localized similarly to related proteins in other systems, but unlike in other systems, Neisseria gonorrhoeae TraB does not require the presence of other T4SS components for proper localization. It has been shown to be expressed with TraK (VirB9 homolog) at low levels in wild-type cells, suggesting that gonococcal T4SS may be present in single copy per cell and the small amounts of these proteins are sufficient for DNA secretion.	1.53792e-05
NZ_LS398552.1|WP_109227305.1|592073_593828_+|type-IV-secretion-system-DNA-binding-domain-containing-protein	gnl|CDD|313610	pfam10412, TrwB_AAD_bind, Type IV secretion-system coupling protein DNA-binding domain. The plasmid conjugative coupling protein TrwB forms hexamers from six structurally very similar protomers. This hexamer contains a central channel running from the cytosolic pole (made up by the AADs) to the membrane pole ending at the transmembrane pore shaped by 12 transmembrane helices, rendering an overall mushroom-like structure. The TrwB_AAD (all-alpha domain) domain appears to be the DNA-binding domain of the structure. TrwB, a basic integral inner-membrane nucleoside-triphosphate-binding protein, is the structural prototype for the type IV secretion system coupling proteins, a family of proteins essential for macromolecular transport between cells and export.	0
NZ_LS398552.1|WP_109227312.1|612655_614104_-|replicative-DNA-helicase	gnl|CDD|181676	PRK09165, PRK09165, replicative DNA helicase; Provisional.	0
NZ_LS398552.1|WP_109227303.1|588280_590920_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein	gnl|CDD|369594	pfam07916, TraG_N, TraG-like protein, N-terminal region. The bacterial sequences found in this family are similar to the N-terminal region of the TraG protein. This is a membrane-spanning protein, with three predicted transmembrane segments and two periplasmic regions. TraG protein is known to be essential for DNA transfer in the process of conjugation, with the N-terminal portion being required for F pilus assembly. The protein is thought to interact with the periplasmic domain of TraN to stabilize mating-cell interactions.	3.66641e-42
NZ_LS398552.1|WP_109227310.1|604539_605115_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	3.78913e-37
NZ_LS398552.1|WP_047220226.1|600821_601277_+|conjugal-transfer-protein-TraD	gnl|CDD|368890	pfam06412, TraD, Conjugal transfer protein TraD. This family contains bacterial TraD conjugal transfer proteins. Mutations in the TraD gene result in loss of transfer.	2.76111e-17
NZ_LS398552.1|WP_109227302.1|586979_588281_+|conjugal-transfer-protein-TraH	gnl|CDD|368759	pfam06122, TraH, Conjugative relaxosome accessory transposon protein. The TraH protein is thought to be a relaxosome accessory component, also necessary for transfer but not for H-pilus synthesis within the conjugative transposon.	2.50352e-66
NZ_LS398552.1|WP_109227690.1|594800_595895_-|toprim-domain-containing-protein	gnl|CDD|372578	pfam13362, Toprim_3, Toprim domain. The toprim domain is found in a wide variety of enzymes involved in nucleic acid manipulation.	1.88851e-10
NZ_LS398552.1|WP_109227304.1|590928_592068_+|tetratricopeptide-repeat-protein	gnl|CDD|274350	TIGR02917, TPR_domain_protein, putative PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein. This protein family occurs in strictly within a subset of Gram-negative bacterial species with the proposed PEP-CTERM/exosortase system, analogous to the LPXTG/sortase system common in Gram-positive bacteria. This protein occurs in a species if and only if a transmembrane histidine kinase (TIGR02916) and a DNA-binding response regulator (TIGR02915) also occur. The present of tetratricopeptide repeats (TPR) suggests protein-protein interaction, possibly for the regulation of PEP-CTERM protein expression, since many PEP-CTERM proteins in these genomes are preceded by a proposed DNA binding site for the response regulator.	6.28736e-22
NZ_LS398552.1|WP_109227307.1|597727_600526_-|AAA-family-ATPase	gnl|CDD|274289	TIGR02768, conjugal_transfer_protein_TraA, Ti-type conjugative transfer relaxase TraA. This protein contains domains distinctive of a single strand exonuclease (N-terminus, MobA/MobL, pfam03389) as well as a helicase domain (central region, homologous to the corresponding region of the F-type relaxase TraI, TIGR02760). This protein likely fills the same role as TraI(F), nicking (at the oriT site) and unwinding the coiled plasmid prior to conjugative transfer.	9.73887e-110
NZ_LS398552.1|WP_109227306.1|593837_594749_-|Rpn-family-recombination-promoting-nuclease/putative-transposase	gnl|CDD|368098	pfam04754, Transposase_31, Putative transposase, YhgA-like. This family of putative transposases includes the YhgA sequence from Escherichia coli and several prokaryotic homologs.	3.32708e-62
NZ_LS398552.1|WP_109227311.1|605215_606073_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	2.42871e-12
NZ_LS398552.1|WP_045918899.1|606094_606823_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase	gnl|CDD|223715	COG0642, BaeS, Signal transduction histidine kinase [Signal transduction mechanisms].	1.34777e-08
NZ_LS398552.1|WP_045918901.1|609750_610563_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	gnl|CDD|273146	TIGR00571, DNA_adenine_methylase, DNA adenine methylase (dam). All proteins in this family for which functions are known are DNA-adenine methyltransferases. This family is based on the phylogenomic analysis of JA Eisen (1999, Ph.D. Thesis, Stanford University). The DNA adenine methylase (dam) of E. coli and related species is instrumental in distinguishing the newly synthesized strand during DNA replication for methylation-directed mismatch repair. This family includes several phage methylases and a number of different restriction enzyme chromosomal site-specific modification systems. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	9.89412e-51
NZ_LS398552.1|WP_045918480.1|611844_612420_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|223394	COG0317, SpoT, Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases [Signal transduction mechanisms / Transcription].	1.09855e-31

Protein sequences

>NZ_LS398552.1|WP_109227308.1|602622_603123_-|hypothetical-protein
MIMYRNNLYQCSANNHTSTEIVQLATNFIFKKESNNSLLLIGWDNSQYNDIIKKAKSDCNREKEAISYIFSGIKRYTVVEHYEYSKKTYNTLYAVEELNHNHLIPIVVKYDNESILNSSKKLLTDKELAIVYNDLIDRPSELDTFTNDNRIAYYEDNIHIYNARLG
>NZ_LS398552.1|WP_047220525.1|601365_601941_+|hypothetical-protein
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>NZ_LS398552.1|WP_109227690.1|594800_595895_-|toprim-domain-containing-protein
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>NZ_LS398552.1|WP_109227304.1|590928_592068_+|tetratricopeptide-repeat-protein
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>NZ_LS398552.1|WP_109227303.1|588280_590920_+|conjugal-transfer-protein-TraG-N-terminal-domain-containing-protein
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>NZ_LS398552.1|WP_045918899.1|606094_606823_-|HAMP-domain-containing-histidine-kinase
MPIQDEGQNKINKLTEKLSTEGINSTTIKQIDAELQKLYFQLEESGQVSIKLIDWIQYFRRIVNDYNKKKINIIASLNGIIFLFRQYIASTNIRIETFNIEPLINNTVIRMRKNFENENINLNVQNDIKPILIGDSFRIKAVISQLIGSAVINSSKNSKIIVNVNQNSEILQFTVQNIGLSTSKEKLERINAELENTNLVMYQELGEGLAFIKHLTHQMKGNLRVKERNNYVTFSFDVPTIV
>NZ_LS398552.1|WP_045918900.1|607172_607889_-|hypothetical-protein
MHIQVLRAAKHLCYRMFNLRKQNKATQIFSVSQEKWFAFFNDLHSHTEQKNLIQLLITHLIKIKSNLTIDQQKKCLTGYLTDLNYNLTRKEQKYILKLTNENDFIWNKKGQNFLDFCMYKIIRMHSIALEIPIKKCSSNMLINKGIKPFQEFITPEHFKNIIYLEQKLLYRTLKYYHCINSEQRKAIIKQLLLAQGQLEIKEDLNSIEKKDFDLVNTALDFYILDIMGRFKDVLEPDV
>NZ_LS398552.1|WP_080946874.1|608744_609272_-|hypothetical-protein
MIMYRRYFEQLSDLGKKSIDFLFKTEKTNKSLIVVGETDDQNFNITQAARFYESKGNGQVNSHHLSSIHSVEYVNYDHPRSYNTLYLVDDLGDHKEQLTSEMAAHQNKSIGMSKKTELERAKVLIIVSNDLDENSKNELQEFAEDQKLNNYYEQTHILNLDQFEEFLSGDLGVER
>NZ_LS398552.1|WP_045918901.1|609750_610563_+|Dam-family-site-specific-DNA-(adenine-N6)-methyltransferase
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>NZ_LS398552.1|WP_045918902.1|610566_611118_-|hypothetical-protein
MNVLKSLLQPCYAVVMLISVVLFSPSICTANNNVNFNAFKDSIDTSQFYIKFSTGISTNYDTLEAGVGYRLDRHRMDVRLGFMCHHNCRDNFVQGNYYYNIIEGNKASIFVTGGLESAFNSDSGTGIDLGVGTTINLSRDTYLDGVGTTINLSRDTYLDIECSTIANYRPLPIHIRFGLRVHI
>NZ_LS398552.1|WP_045918480.1|611844_612420_-|bifunctional-(p)ppGpp-synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate)-3'-pyrophosphohydrolase
MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLKVAHMVSDHSFETDTIITAILHDTLEDTKLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAKYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
>NZ_LS398552.1|WP_109227312.1|612655_614104_-|replicative-DNA-helicase
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>NZ_LS398552.1|WP_045918394.1|616035_616218_-|hypothetical-protein
MSPVVLIASGRVIDVVFKKGFDLREHKKKPHNSTYTPSTSNEKVNSHNQFNQSQKLEEHL

Self-targeting detection

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NZ_LS398552_2	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	NZ_LS398552.1	1872276-1872293	1	0.944
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NZ_LS398552_2	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	NZ_LS398552.1	1872348-1872365	1	0.944
NZ_LS398552_2	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	NZ_LS398552.1	1872360-1872377	1	0.944
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NZ_LS398552_2	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	NZ_LS398552.1	1986502-1986519	1	0.944
NZ_LS398552_2	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	NZ_LS398552.1	1986514-1986531	1	0.944
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19. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 270770-270787, mismatch: 1, identity: 0.944

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20. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 270782-270799, mismatch: 1, identity: 0.944

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22. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 270842-270859, mismatch: 1, identity: 0.944

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23. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 270890-270907, mismatch: 1, identity: 0.944

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24. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 270938-270955, mismatch: 1, identity: 0.944

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25. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 286847-286864, mismatch: 1, identity: 0.944

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26. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 286895-286912, mismatch: 1, identity: 0.944

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27. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 573816-573833, mismatch: 1, identity: 0.944

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28. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 573828-573845, mismatch: 1, identity: 0.944

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29. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 573840-573857, mismatch: 1, identity: 0.944

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30. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 639033-639050, mismatch: 1, identity: 0.944

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31. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 639045-639062, mismatch: 1, identity: 0.944

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32. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1240975-1240992, mismatch: 1, identity: 0.944

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33. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1240987-1241004, mismatch: 1, identity: 0.944

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34. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1240999-1241016, mismatch: 1, identity: 0.944

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35. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1241011-1241028, mismatch: 1, identity: 0.944

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36. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1372733-1372750, mismatch: 1, identity: 0.944

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37. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1720585-1720602, mismatch: 1, identity: 0.944

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38. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1831780-1831797, mismatch: 1, identity: 0.944

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39. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1831792-1831809, mismatch: 1, identity: 0.944

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40. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872264-1872281, mismatch: 1, identity: 0.944

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41. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872276-1872293, mismatch: 1, identity: 0.944

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42. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872288-1872305, mismatch: 1, identity: 0.944

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43. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872300-1872317, mismatch: 1, identity: 0.944

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44. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872348-1872365, mismatch: 1, identity: 0.944

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45. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1872360-1872377, mismatch: 1, identity: 0.944

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************.*****

48. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 1986514-1986531, mismatch: 1, identity: 0.944

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49. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to position: 171857-171912, mismatch: 1, identity: 0.982

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****.***************************************************

50. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to position: 270726-270781, mismatch: 1, identity: 0.982

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51. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to position: 1872244-1872299, mismatch: 1, identity: 0.982

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****.***************************************************

52. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to position: 1986496-1986551, mismatch: 1, identity: 0.982

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****.***************************************************

53. spacer 2.3|216426|18|NZ_LS398552|CRT matches to position: 639009-639026, mismatch: 2, identity: 0.889

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******.******** **

54. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to position: 573772-573827, mismatch: 2, identity: 0.964

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	83510 : 157850	53	Bacillus_virus(20.0%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	171068 : 243490	59	Streptococcus_phage(23.53%)	integrase,transposase	attL 226204:226225|attR 251154:251175
DBSCAN-SWA_3	261005 : 311584	38	Pseudomonas_phage(20.0%)	integrase,transposase	attL 291705:291764|attR 312179:312832
DBSCAN-SWA_4	374379 : 450943	60	Tupanvirus(27.27%)	tRNA,holin,integrase,transposase	attL 372774:372794|attR 412517:412537
DBSCAN-SWA_5	565948 : 639808	45	Wolbachia_phage(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	764507 : 817897	34	Bacillus_phage(28.57%)	tRNA,integrase,transposase	attL 793286:793345|attR 809277:810269
DBSCAN-SWA_7	1065131 : 1163893	60	Bacillus_phage(22.22%)	integrase,transposase	attL 1128972:1128988|attR 1153265:1153281
DBSCAN-SWA_8	1212006 : 1281777	40	Tetraselmis_virus(20.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	1295505 : 1390046	57	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage(10.0%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_10	1395300 : 1467523	56	Marinomonas_phage(10.0%)	capsid,integrase,tail,head,transposase,tRNA,protease	attL 1380655:1380674|attR 1470030:1470049
DBSCAN-SWA_11	1793451 : 1873123	56	Wolbachia_phage(15.38%)	integrase,tRNA,transposase	attL 1831774:1831809|attR 1872288:1872323
DBSCAN-SWA_12	1928750 : 2010346	52	Salmonella_phage(18.18%)	integrase,tRNA,transposase	attL 1937240:1937271|attR 1954258:1954289

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_LS398552|83510:157850|DBSCAN-SWA
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MTLPIINTLEQIIRKATVFLLRDFSELDVIQNTKCDTRSFVIHSCIQIQKRIIEGVSKYSQNDIGKLIFYHEQQIQNLPDGKYLLVNLIDNLINLEKALPFFCIEFSLHEIVHQKRNIQCGIQYFPAIGEIYYMDNNEVWVDKFNHQQSNRFKIRVPSSKTNKSKLLAMEFMLADSWHKAIPMKINDTIIKSEQIRCFGSLRYACTLFLTGKLDVIIYDHLAKNYDSDDLIKLIVTRAGGIINKISSNINVICAPSIRISV
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MAKKIDNKALSCSFCCKNQNEVKKLIAGFSGFICDECIELCIHLIEEERKSNLAISNYSKLPPKKIYEAINAHVVGQKQAAKILAVAVYIQCIRFEHRELADLVAKSNVLLIGPTGCGKTLIAQTLAKIINVPFAMADATSLTEAGYVGEDVENIILRLLQAADFNVERAQKGIIYIDEIDKIARKSENPSITRDVSGEGVQQALLKIMEGTIALVPPQGGRKHPQQEFIQIDTTNMLFICGGAFTGIEKIIEARTSQSTIGFEATVKSKHDQDYNQILNNLEADDLTKFGLIPEFLGRLPVIATLSDLNQQSLVDILTKPKNALVKQYQKLFELDGAELIFEEEALIAIAQKALAKKTGARGLRAILECVLLDTMFELSNLKNMQVIITADIVKNNLKPIIKPKLQKKSVKKKVTA
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MKILANTIREGNILEYQNNLWIVSKKPDHTKPGKGGAYIQLEMKNLKTGTKIYERFSSSDYLEKATLEQRNYQYLYQENNHLVLMDLENFEQILVQKSIIASNKLPFLLENTVVTVETYKDEPIRLVLPHTVVVEILETSPNIKGATVTASYKPAILSNGAKIMVPPYLTAGEKIVVKLEDISFVERAK
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MANDQDLSNPEYLYTEDDINQLLKHYLGLDDRISIIQHVALNESMLLKQTLHQVLSDIFSGMQEKAVIPLHTGNNHWVAMAIKKGVDNDDIVISYNDPIGVPIDDKVTLINCIKELCPGAKINDLQTVQQTNVYDCGPFVVDNLIKMSQGQPILSTEEAKQQAQNIRQSQVNFLSENRMITSAAAALADTLLENNNRITEGVLVDKIFDNKILSVQEKQQLLNNLLDNHIKENKSLTKESLTRMLAGTHFVQQQANVLLNEKFNKSTANLQASNASAEVSSKEELYVPKINEVEESLEAQLKYINEHIASQLMQIVKNSNGEIDCNSSNFQEEVSSLLNSRSKETTSLATIEQNFNEIIQQLRKEKVHEERVSAIELQLKANRAVLEAKLSNNEDVKSLVNQKIKEEILHAIPFFGNAVERANFKKHLAHFVKLPDNSYSLLKKKEKRHPFCNIVGANAVKFFSPQSNAVYLNTSAYNQITSDNLKAFEAAVTTGMNNLMLKEAAVTIDSVSPNKEAVESGKDLSKIDELAELKEVKSNLETELKIVKERLVKKVTSNLETELKFFKGRLVQELMQIVKNENGRIDHTSKNWQESASVLLNSQEKGAVSFAEVERAVSKMTQKLRDQKVSEEEVVNIESKLKFERASLEAKLFDDNEIKELINKRIKEDALRVIPFLGSDSESFMEKISPFVKLPDDSYSLLKANDKHHPFQNILYSNALKFFANSSDIGYLDDDSLKNLTPENLNAFEKAVAADIDKLMSRDVTLNVSDLKSYVANSPNPDLIADYLALEWQVHTPGLKGLYDDLQASPQLQLNELENKHAKQLLSDLANLSKLPSVRGILPELKEEFYNEIVKKPEERSDEYKNFINKCSELPDDMLQPAKCSAQALLEFNKYERDLNSFKQGVSCAIDNYKNSGTAQSKRDFDRAEILYKGPDGVVKEITLQELQESQDLPLSNEQREFLAASWQQGTFRSGSTAIYGGRKFSSKSTGMIFDGGGRCDILIDASNGIKVHSRYFSTFAESQNIDEKRVPCFDSTISVDISNMTGDKFIPGCSSAPQILINMHKFDPAVSILDVPEGLKVTRSYAREEIDNVKKDFASGSLNMICSQYTKKDISAQLSQKTLDTKFARGWRNITETVGLDNALNSIIKEVYSQNSDNKSLKTEPDIQSSANEVIMEDILDIVKRARSGVDSSSLHESQSLTLQKAVDHFCKVEFDPILREKFAGKCLDMFFSEQQGNIYDKNVQKAVEEEVTSILLPLCNDKNKKEKATLKKNTSAMVKKLVSQYNNKKGWYGAWESFKNTVSNVVGYLTGQNRKVEKLISSYPEITRSLKRHLSDSALSECRASSESISENLSTAITSNARRNSTGNISM
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MSIIIKNLCKAFKSKIVLNKINLELKSKRSIAILGRSGSGKSVLIKTIIGLIKPDAGEIIIDGQDITKLSLSEKFKLMPSCGFLFQGSALFDSLSVEDNITFYAQRLYKLSKSEKRQLAIEKLKLVELSEDIINLYPFQLSGGMQKRVSFARTICTNPKIIFLDEPTTGLDPIMVNIINNLIIKIQQTLESTTIIITHDINSAYKIANNAAMLYQGQIIWHGKTQDLKNCNNEFVQQFIHGSTTGPIKYDS
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MRPVVFDILTNGCNFVKNNSNNNDTIFYNFIGSIIPPEWRKLTGDNGKALSKTSKQLLSFIVYRLHIYYNKDIDELQESYKLYEDKLNVGQRRVRQCLVELRDAGFIEVENRTIIKDNFKLRNVPCIKLLKNFQRFTEKETKGEKIIDLTQKIFRSNLKEISGEPEKSFRYIYRYNNNKKNNNRSRSTEDKLIENDQNKNEDQQQNLKFKYTESDDFIEIELVGNEKEDQQQQQNLNFYELSDVSNDKQSNKDYEQKSELATPAITKDSEVEKNECYPKRKRLADYYPLTPEDAVILQRMSSRSFNIYFINQLLLKLSNKYPNRHFANKIAVLNYMAKALANELLTTDQANSGNFRFNDVGRFKEQYLANIESGTDRSMKAQLKRKIAGVFEADTAYQILTSCDFGAAVKNKYYIKLLKNITLSDHIKFKILQEVRAVYSNDIEQLQVIPFDESKQVTNKTTEYQKTTILQQQISDENYLSELSKQLDSNSTWYKVRESLIKSYGQAIDKSWFSILKVVNEDSVNKKIFIKAKTKFEDDYIRNNCMQGLEYAFKAQGFSFELVKFSNFNKI
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MTKVIKSKYKVSRRLGTSVWGHEKDAINNKNYKPGQQGNSSSVSKPSDYSKHLVAKQRLKSHYGRIPEKQFRNTFQIARKKSGNTAENLVGLLERRLDAVVYRLNIAPTIFAARQLVSHKHIKVNGKKINIASYRVKAGDSIELSEQAKQIPIVIGAISKKARRIPEYLAFDDEKFIGNFIRMPSSISEVPYPFDPQINLVVEFYSA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_109227138.1|83510_84410_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918571.1|88390_89014_-	30S ribosomal protein S4	NA	NA	NA	NA
WP_109227140.1|89140_89932_+	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_162562981.1|90048_90837_+	MlaE family lipid ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_109227142.1|90865_91621_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	1.6e-21	34.0
WP_045918573.1|91945_93706_-	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	4.6e-59	30.2
WP_109227143.1|93719_94193_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_045918574.1|94189_95104_-	DUF1189 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913706.1|95134_95530_-	cytochrome c maturation protein CcmE	NA	NA	NA	NA
WP_045919573.1|95840_96986_+	zinc-binding dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_045917953.1|98309_98492_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227144.1|98521_98806_-	conjugative transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917955.1|98799_99675_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045917956.1|99834_100170_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227145.1|101359_101542_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227673.1|102647_103373_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
WP_109227147.1|103392_104178_-	extragenic suppressor protein SuhB	NA	NA	NA	NA
WP_045917958.1|104174_104744_-	elongation factor P	NA	NA	NA	NA
WP_045917959.1|104949_106203_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	9.8e-120	53.3
WP_045917960.1|106328_107630_-|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_045917961.1|107643_107937_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227148.1|107950_109171_-	phosphoglycerate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227149.1|109251_110268_-	type I glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_109227150.1|110542_112996_+	virB4 protein precursor	NA	NA	NA	NA
WP_109227151.1|112995_117519_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917964.1|119938_121675_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	W8CYL7	Bacillus_phage	3.3e-41	25.8
WP_045913377.1|121658_121991_-	iron donor protein CyaY	NA	NA	NA	NA
WP_109227152.1|122886_127008_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917974.1|129199_129550_+	succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit	NA	NA	NA	NA
WP_045917967.1|129566_129956_+	succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562982.1|130147_131938_+	succinate dehydrogenase flavoprotein subunit	NA	NA	NA	NA
WP_045917975.1|131972_132758_+	succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit	NA	NA	NA	NA
WP_109227153.1|135335_137051_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227154.1|137059_138529_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	7.5e-71	36.9
WP_109227674.1|138625_140386_-	RNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227155.1|142454_143030_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	4.6e-08	30.4
WP_109227156.1|143064_143709_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.3e-14	32.2
WP_109227157.1|143806_144310_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913641.1|144313_145123_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	4.1e-18	26.0
WP_109227158.1|145496_145775_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227159.1|145839_146541_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227675.1|146994_147471_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227676.1|147958_148423_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_045914126.1|148441_148936_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227160.1|148977_149565_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	2.6e-06	30.2
WP_109227161.1|149686_150661_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.9e-84	64.1
WP_109227162.1|151260_152334_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562948.1|152430_152574_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227163.1|152657_153113_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045919586.1|154032_155595_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_109227164.1|155895_156999_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198122.1|157050_157470_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_174198144.1|157520_157850_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_LS398552|171068:243490|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_109227171.1|171068_172067_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.8e-84	64.5
WP_045919081.1|172134_172590_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109227172.1|172882_175720_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	2.3e-07	24.7
WP_109227173.1|175748_177089_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2H4X210	Flamingopox_virus	4.5e-06	29.0
WP_109227174.1|177266_178370_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227175.1|178421_179381_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227176.1|179390_180638_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_109227177.1|180643_181144_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045918824.1|181147_182293_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227178.1|182315_184955_-	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227179.1|186252_186951_-	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_109227180.1|188143_189856_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919179.1|189864_191301_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.3e-72	36.9
WP_045919178.1|191536_192112_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	5.7e-06	29.6
WP_109227181.1|192149_192794_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	3.7e-14	30.6
WP_045918715.1|192838_193342_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227182.1|193345_194155_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	4.8e-19	27.1
WP_109227183.1|195717_199152_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	3.9e-09	22.6
WP_064613282.1|199876_201097_+|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	2.3e-25	25.3
WP_041621693.1|201228_201564_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912835.1|201563_202115_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917268.1|202111_202588_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_081420566.1|203005_203341_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227184.1|203379_204708_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919286.1|204916_206632_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919285.1|206640_208089_+	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.6e-71	36.5
WP_045914898.1|208321_208897_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	4.6e-08	29.2
WP_045915372.1|208931_209576_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	3.4e-07	27.1
WP_109227185.1|209623_210127_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917470.1|210130_210940_-	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.4e-18	26.7
WP_045915136.1|211306_211585_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918981.1|211649_212351_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_080946297.1|212804_213281_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227679.1|213768_214233_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227186.1|214251_214746_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227187.1|214787_215375_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	2.6e-06	30.2
WP_109227188.1|215499_216582_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	4.4e-84	64.1
WP_109227189.1|216649_217105_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109227190.1|217400_220202_+	AAA family ATPase	A0A0H3UZA5	Geobacillus_virus	9.2e-09	21.7
WP_109227680.1|222042_223137_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198126.1|223737_224148_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045919394.1|224157_225912_-	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919393.1|225917_227063_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_LS398552|261005:311584|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

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>NZ_LS398552|261005:311584|298154_298340_+|WP_109227221.1|DBSCAN-SWA
MKINVDLNEGKAKTIDLKNGKTFSFLKFDFSLVKTKQCKIKIQKTPRIRARTSLLKRLKKY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_109227210.1|261005_262025_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227682.1|262076_263171_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227211.1|265009_267811_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	2.3e-07	24.6
WP_045917117.1|268107_268563_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045915951.1|268884_269958_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227212.1|270594_271701_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	4.5e-84	64.5
WP_108884021.1|271825_272413_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	3.4e-06	30.2
WP_045914126.1|272454_272949_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_108884033.1|272967_273432_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227683.1|273910_274396_-	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045918981.1|274849_275551_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918661.1|275615_275894_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913641.1|276260_277070_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	4.1e-18	26.0
WP_109227213.1|277073_277622_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227214.1|277669_278314_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	2.6e-07	27.7
WP_045914898.1|278348_278924_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	4.6e-08	29.2
WP_045919163.1|279157_280600_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	2.1e-73	37.5
WP_045919162.1|280608_282174_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227215.1|282693_283561_-|transposase	IS630 family transposase	A0A2H4UV16	Bodo_saltans_virus	3.2e-21	33.8
WP_109227216.1|284194_285304_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045919346.1|285404_285980_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.8e-07	30.2
WP_109227217.1|286100_287063_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.3e-84	64.1
WP_045919345.1|287130_287586_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_174198123.1|287862_288807_+	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919117.1|288951_290739_+	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	7.1e-07	25.1
291705:291764	attL	NA	NA	NA	NA
WP_045918955.1|291899_292235_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
372774:372794	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_109227241.1|380229_382794_+|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A2K9L2Y7	Tupanvirus	2.5e-247	50.7
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WP_052694750.1|395617_396157_+	ribonuclease P protein component	NA	NA	NA	NA
WP_109227246.1|396386_398879_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917262.1|399031_399907_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_109227248.1|401836_404554_-	DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) subunit A	A0A172JHV7	Bacillus_phage	4.3e-104	32.7
WP_045918752.1|404652_405402_-	YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_174198128.1|405528_406134_-	septum formation inhibitor Maf	NA	NA	NA	NA
WP_012461876.1|406167_406392_-	translation initiation factor IF-1	NA	NA	NA	NA
WP_045912239.1|411057_411345_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155729561.1|411458_411599_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045914999.1|411900_412347_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	K4K6E9	Caulobacter_phage	2.2e-13	42.4
WP_045918381.1|413376_414285_+|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
412517:412537	attR	NA	NA	NA	NA
WP_045918382.1|414308_414578_+	30S ribosomal protein S15	NA	NA	NA	NA
WP_045918383.1|414825_417036_+	polyribonucleotide nucleotidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045918384.1|417177_418455_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918386.1|418939_420169_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918387.1|420260_420980_-	DUF5394 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918389.1|421230_422460_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918388.1|422639_423905_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045918068.1|423999_424509_+	DNA polymerase III subunit chi	NA	NA	NA	NA
WP_012461860.1|424537_424744_-	30S ribosomal protein S21	NA	NA	NA	NA
WP_045918069.1|424914_425520_+	COQ9 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918070.1|425556_428760_+|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2I2L3Y0	Orpheovirus	9.0e-178	34.5
WP_045918071.1|428896_429481_+	DUF1013 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918072.1|429835_431098_+	FAD-dependent monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_045918073.1|431154_432315_+	ADP-forming succinate--CoA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_045919133.1|432329_433208_+	succinate--CoA ligase subunit alpha	A0A2K9L1S3	Tupanvirus	3.3e-21	31.5
WP_109227249.1|433276_434953_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit D	NA	NA	NA	NA
WP_045918074.1|435129_437964_-	PD-(D/E)XK nuclease family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917098.1|437992_438247_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918075.1|438243_438729_-	Na+/H+ antiporter subunit E	NA	NA	NA	NA
WP_109227250.1|438778_439552_-|holin	phosphatidylcholine/phosphatidylserine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_109227251.1|439603_440296_-	phosphatidylserine decarboxylase	A0A1V0SDU9	Indivirus	7.3e-16	33.7
WP_045918076.1|440372_440918_-	demethoxyubiquinone hydroxylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918077.1|440871_441429_-	disulfide bond formation protein B	NA	NA	NA	NA
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WP_045913414.1|443887_444181_-	preprotein translocase subunit SecG	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_LS398552|565948:639808|DBSCAN-SWA
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>NZ_LS398552|565948:639808|565948_566956_-|WP_109227294.1|transposase|DBSCAN-SWA
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MANLMQQKITLQQKKARLIMDEVNLKIKERKMRTRRLIEMGGLVAKAKLDHLSTNTLFGAIVSLKETLTQHPNVQDHWTTIGKDIFDKEQQNKAAVILKFASEPDENTKRHIRLHGLKWNSFRQEWCGHVKDIEALKNGLLNVQYKLELVS
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MAQNLRNLASNNCKIANNNSSNNVTVFYRFIGNFVPAEWKDLIGDNAKALSKTSKQLLSLMVYRLHIYYNKDIDELQESYYFFENELNLRYRRVRQCLVKLRNAGFIKVENRTIIKGNLKVRNVLCVKLLKNFQRFTEKEKKEEKIVLLQQKNFHINLQEFAGEPAKNCSYIYRYNNNKKNNNRSRSTEDKLIENDQNKNEDQQQNLKFKYTESDDFIEIELVGNEKEDQQQQQNLNFYELSDFSNKKPLNKDYEQNSELSTPAITKDLEVEKNECCHKRKRLADYYPLTPEDAVILQRMSSRSFNIYFINQLLLKLSNKYPNRHFANKTAVLNYMAKALANELLTTDQANSENFRFNDVGRFKEQYLANIESGTDRSMKAQLKRKIAGVFEADMAYQILTSCDFVAAVKNKYYIKLLKNITLSDHIKFKILQEVRAVHGNDIEQLQVIPFDESKQVTNSTTEYQKTTVLQQQISDEDYLSELSKELGSNSILFKVRKYILQHYEYEQVIDKIWFSKLEIVNEDNINKKIFIKALTSFANSYIKSNFKHILERAFEAQGFSFELVQCK
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MAEGAETALSLQQSGIKGNIIASAGIANLRNYSPFPGEKIIIAADNDSKNPITNNTVIKAAKTLEMKGAITCIVKPPENGDFNNLLQSCGDQSIRDIIEPEITKLTKAVETTKLTQTENNSIEKQNDITNVKELYNKSSSLYYFKQEEEAKVEAIVANKFLENHTGIYSAKIFNNSNLRANMVFDEETQKSWPALTIFVKNEAGKITGAKILTLNSKTCNKADVAEKSVGTISGSFAEIAQQNSKYSPVTIITKDIETALTIQQARVEGKILCAIEAENLQNYNPGPKEKIILAVKNDVNTEKAEKVLEDKGAVVCTVKNDFNNVLKTQGLYAVRNIISPEIRKLNEKIESIQTNIQPGLCPKH
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MRLLKSGIRVAILTIFSRISGFLRELFIASLFGVSELSDSVFFALKFPNLIRIALGEKAFFYNFVPFFSAKLIDSKKSAEQFASSIFTILVILLIVLVIFIQLVMPYIMLVFVPGFYTVENKLKVTVLLCRITIFYVILASIVVFIGEMLNSAGKFAVLAFSPILLNILIIAGTYLSSNFASSKVAICCSLIIAGIIQVLFVYINLKKAGIRLFFRIDRSDKNIKSFGSNLVYSMLSSGASQISNLISQIISSFFSGGISILSYADRIYQLPLAIIGISLNTVLLPELSKLYKQGLVDKAIILQKKTINISCFLALPAAVVIGMLSYPIAELVYQHGAFTQENTQKTSLVIAISAFGLPTYILAKVITPAFYANCDTKTPMKIAICSSLLNITLSIFFARFFDYISIVLSNAISLLANIIFVLIAANKFSYYKFTKATAVFILKLLVSCVIMAITIYYLNNVVLYNKTTLLFKIFSLLICIAIGGLVYLVSCFALRVHHILYKG
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MIDFYSESLINELFRTNVRFNTKIDLDKVERAILYAKQYHGQQKRDTGELYYTHPLKVAYMVLDYSFETDTIITAILHDTLEDTKLTKERIRYEFGANIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRSQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAKYLKLPEIGERLSEYCKLHAS
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MIDFYSESLINKLFRTNIRFNTKIDLDKVERAIKYAKKYHGQQKRDTGELYYTHPLEVAYMVSDYSFETDTIITAILHDTLEDTKLTKERIRYEFGKKIAEQVSDLTRVRDNKKISAMEMIQILRNQNKTELLLIKLFDRFHNITTIFIKPPHKRQEIIFETQQEFIALAKYLKLPEIGERLSEYCKLHAS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_109227294.1|565948_566956_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227686.1|567007_568102_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227295.1|569949_572751_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	7.8e-08	24.2
WP_109227296.1|573045_573501_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109227297.1|573568_574603_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.9e-84	64.1
WP_045918871.1|574724_575300_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	2.3e-07	30.2
WP_109227298.1|577359_578076_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227299.1|578625_579438_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	1.1e-28	33.0
WP_109227300.1|579441_579990_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918868.1|580091_580736_-	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	8.2e-14	32.2
WP_045918867.1|580770_581346_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A292GI44	Xanthomonas_phage	6.7e-07	28.6
WP_109227301.1|581724_583431_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919146.1|584751_586062_+	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227302.1|586979_588281_+	conjugal transfer protein TraH	NA	NA	NA	NA
WP_109227303.1|588280_590920_+	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227304.1|590928_592068_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227305.1|592073_593828_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227306.1|593837_594749_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227690.1|594800_595895_-	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227307.1|597727_600526_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	7.8e-08	24.2
WP_047220226.1|600821_601277_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_047220525.1|601365_601941_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227308.1|602622_603123_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227309.1|603407_604418_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	6.3e-85	64.5
WP_109227310.1|604539_605115_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	1.0e-07	30.2
WP_109227311.1|605215_606073_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045918899.1|606094_606823_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045918900.1|607172_607889_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080946874.1|608744_609272_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918901.1|609750_610563_+	Dam family site-specific DNA-(adenine-N6)-methyltransferase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	4.1e-26	30.6
WP_045918902.1|610566_611118_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918480.1|611844_612420_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	1.1e-06	30.4
WP_109227312.1|612655_614104_-	replicative DNA helicase	A0A1P8VVQ6	Streptococcus_phage	1.1e-71	36.6
WP_045918394.1|616035_616218_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918393.1|616247_616565_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918392.1|618647_618929_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227313.1|621498_623037_-	HlyD family type I secretion periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_012461666.1|623074_624829_-	type I secretion system permease/ATPase	W8CYL7	Bacillus_phage	1.5e-25	38.4
WP_045918391.1|626142_627657_+	murein biosynthesis integral membrane protein MurJ	NA	NA	NA	NA
WP_045918390.1|627693_628074_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227314.1|629248_630442_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227315.1|632123_632699_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9LAT2	Tupanvirus	1.5e-06	30.4
WP_109227316.1|633077_634784_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045917262.1|637759_638635_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918918.1|638869_639808_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	5.8e-85	61.2

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_LS398552|764507:817897|DBSCAN-SWA
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MNIRILRFIIGFIALVNVNNIYAVEYELEADELLKLEISDSGPTRINLKDEKINDILMYPQNTVEVVVHESGYLFIAP

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_109227343.1|768053_769946_+	molecular chaperone HtpG	A0A1B1ISV4	uncultured_Mediterranean_phage	5.5e-90	31.1
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WP_011945154.1|786578_787688_-|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
793286:793345	attL	NA	NA	NA	NA
WP_045917262.1|793295_794171_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227347.1|794278_794476_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_174198147.1|796753_798148_+	class II fumarate hydratase	NA	NA	NA	NA
WP_109227349.1|798313_799792_-	MFS transporter	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	8.5e-38	29.5
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WP_109227350.1|807096_807483_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	NA	NA	NA	NA
WP_045915426.1|807535_807871_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_045917262.1|809286_810162_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_162562955.1|811672_812548_-	PRANC domain-containing protein	A0A1V0QGP6	Shearwaterpox_virus	1.5e-10	30.4
809277:810269	attR	NA	NA	NA	NA
WP_162562956.1|812633_812777_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227694.1|813989_815741_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_045918454.1|815992_816481_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918453.1|816591_817152_+	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	4.6e-21	39.4
WP_109227354.1|817363_817897_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_LS398552|1065131:1163893|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_109227415.1|1090052_1090670_+	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_064591360.1|1090669_1091647_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	A0A127AWE7	Bacillus_phage	6.2e-05	25.3
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WP_109227417.1|1093448_1094750_-	MFS transporter	Q6JIH2	Burkholderia_virus	6.5e-34	27.7
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WP_109227419.1|1096526_1097804_-	2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_109227420.1|1097803_1100695_-	2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component	NA	NA	NA	NA
WP_109227421.1|1100735_1101377_-	superoxide dismutase	Q56AR7	Bacillus_thuringiensis_phage	7.2e-26	30.7
WP_157866413.1|1101476_1101647_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461270.1|1102590_1103859_+	DUF21 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227422.1|1103848_1105735_+	heme lyase CcmF/NrfE family subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_045919407.1|1114634_1115279_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A2K9L931	Tupanvirus	6.3e-14	32.2
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WP_045918900.1|1117197_1117914_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918899.1|1118263_1118992_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045918859.1|1119013_1119871_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227423.1|1119971_1120547_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2I2L310	Orpheovirus	6.0e-08	31.0
WP_109227424.1|1120552_1121080_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052696007.1|1121232_1121859_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_109227425.1|1122416_1123772_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918681.1|1124298_1126515_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918768.1|1126934_1127378_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
1128972:1128988	attL	NA	NA	NA	NA
WP_174198151.1|1130864_1131959_+	toprim domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918840.1|1131943_1132996_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045919174.1|1133005_1134751_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_109227428.1|1139287_1139848_-	DUF4065 domain-containing protein	I6R0L8	Salmonella_phage	3.4e-24	40.4
WP_045919186.1|1139958_1140855_-	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919185.1|1142791_1143175_-	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_174198134.1|1143197_1144175_-	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918858.1|1144175_1144382_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919419.1|1146473_1146803_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012460860.1|1213105_1213435_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918363.1|1214690_1215905_-	aspartate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227452.1|1216186_1216684_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919092.1|1216664_1218407_-	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_045919091.1|1218579_1219152_+	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase	NA	NA	NA	NA
WP_045919090.1|1219148_1219763_+	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227453.1|1221901_1222724_+|transposase	IS5 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227454.1|1222831_1225435_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227455.1|1225475_1227962_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919317.1|1230209_1230479_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227712.1|1233502_1234750_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_109227458.1|1234759_1235719_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227459.1|1237174_1239976_-	AAA family ATPase	A0A2P0VMS9	Tetraselmis_virus	1.3e-07	25.3
WP_109227460.1|1240799_1241774_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.4e-84	64.1
WP_109227713.1|1242158_1242611_-	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227461.1|1244641_1245286_-	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	6.7e-16	34.4
WP_109227462.1|1247271_1247898_-	lipoyl(octanoyl) transferase LipB	NA	NA	NA	NA
WP_109227463.1|1247980_1249399_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine--D-glutamate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_045919111.1|1249405_1250533_+	cell division protein FtsW	NA	NA	NA	NA
WP_045919112.1|1250536_1251616_+	undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_162562885.1|1253260_1253449_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227465.1|1255364_1255661_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162562967.1|1255657_1255810_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227466.1|1256573_1256804_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045914565.1|1257897_1258332_-	CopD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227467.1|1258340_1259375_-	ferrochelatase	NA	NA	NA	NA
WP_109227468.1|1259367_1260396_-	uroporphyrinogen decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_045914581.1|1262060_1263392_+	transcription termination factor Rho	NA	NA	NA	NA
WP_045914562.1|1264135_1264324_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918168.1|1265364_1266648_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918167.1|1267287_1269156_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_045918172.1|1269295_1269949_-	dTMP kinase	A0A1L2BX49	Bacteriophage	2.4e-21	32.7
WP_045918166.1|1269941_1271015_-	cell division protein ZapE	NA	NA	NA	NA
WP_045918165.1|1271061_1271769_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227469.1|1271777_1273142_-	ribosome biogenesis GTPase Der	NA	NA	NA	NA
WP_109227714.1|1273207_1275877_-	DNA polymerase I	A0A1B1IST8	uncultured_Mediterranean_phage	6.0e-42	30.7
WP_109227470.1|1276313_1277765_-	sodium:solute symporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918164.1|1278585_1279416_+	thioredoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918163.1|1280901_1281777_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_LS398552|1295505:1390046|DBSCAN-SWA
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MTDKHNEEGKDKKLKLPSKMIIGKHVDSKKFKTSYFTSHNNSVTVEIKGGRKFSSSSSLPHKINTQISTIDEFNEKISLLKKAASFAKSEEYRSNVTNFTPTVEVTEQQTEAETSTNINSEQTIKNNSHQSSSNTIETTQEQKQNDDLSLNITPVEAITQLEPNQKILQDQQNSSSISLNSIIPKPQNKSSIENNVEFETEASTKSSAIWTKKNNSAKPKKSDIYQMLDNDSKSKTRSFAAIKRARDKEKRKLQNNDLTKKIYREVIIPDTITVNELALRMSEKLSDVMQSLLKLGIKANINQSIDVDTAELIAISLGHSVKRIQDSDVENILHSDKDTQESLLPRAPVITVMGHVDHGKTCLLDALRSTDVISTEAGGITQHIGAYKVNLPNNKSITFIDTPGHEAFSEIRTRGAKVTDIVVLVIAANDGIKPQTIEAINHAKAAKVPILVAINKIDAPDANPDKVKNALLAHNIVPEDLGGETLVVPISALKKINLDKLEEAILLLADMLELKANPNALASGTVIESQVDHKSGVIATILVQRGTLKIGDILIAGNGFGKVKRMINDKNQQINYAYPSDPVKILGLSQIPNAGDAVAVVQNEKQARSIVDYRIRKAKEEQDLKVHNISLEELLKQASANQCKELSLILKTDVHGSLEAIVASINKIVNDEVKIKILHAAVGVINESDIILANASNATILGFNVKIDSAASIKAERNKTNIKYYSIIYDLIDYVKSAVSGMLSPIIHEEYTGSAEIRAVFNITKVGKIAGCYVTKGYIQRNSKVKLLRNNEVIFSGPLQTLKRFKEHTKEVKEGFECGIELANYYDINVGDIIEAFIVTEEKAKL
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MKSWKLQQLEQDLVKIVNNTLRGEIQEIVNPGGETLYLIPGNRYPKLLRKISSMQAK
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MIGEDGRSGIKGIVVDKSSNIASIAALNGVFSNIAKFLQAKAIKPDMLPTLNLVAGGQQQEFQIGDALQSGAYSGASNAFDKLADFAIKRADSMSPVILVASGRIIDVVFKKGFDLREHKKKPHNSTYSPSTGNEKVNLHNKFDQSQKLEEHL

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_045918714.1|1295505_1296384_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	E9P639	Wolbachia_endosymbiont_wVitB_of_Nasonia_vitripennis_phage	2.5e-85	58.1
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WP_109227476.1|1304191_1305439_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
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WP_045917262.1|1309187_1310063_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_045918060.1|1316579_1317395_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_162562969.1|1319302_1319479_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918054.1|1322400_1322592_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_041621159.1|1322765_1323278_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227478.1|1324191_1324362_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918052.1|1324970_1327805_-	ankyrin repeat domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_052692533.1|1328537_1328777_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918050.1|1330718_1332107_-	2-polyprenylphenol 6-hydroxylase	A0A0R6PKQ6	Moraxella_phage	2.2e-32	25.9
WP_045918049.1|1332103_1332877_-	bifunctional demethylmenaquinone methyltransferase/2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methylase UbiE	NA	NA	NA	NA
WP_045912755.1|1333405_1333888_+	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_109227479.1|1333903_1335406_+	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_045918048.1|1335655_1338196_+	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	6.1e-28	27.3
WP_011944947.1|1338226_1338589_+	30S ribosome-binding factor RbfA	NA	NA	NA	NA
WP_109227480.1|1340069_1340309_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918047.1|1342846_1343182_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227482.1|1343528_1343711_+	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
WP_045917530.1|1343710_1344031_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227483.1|1344011_1346504_+	TraC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227484.1|1346500_1347160_+	conjugal transfer protein	NA	NA	NA	NA
WP_174190469.1|1347243_1347417_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198137.1|1347417_1348395_+	TraU family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045913917.1|1348417_1348801_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_109227485.1|1350485_1351190_+	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_109227486.1|1352489_1355141_+	conjugal transfer protein TraG	NA	NA	NA	NA
WP_109227487.1|1355156_1356302_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227488.1|1356307_1358062_+	type IV secretion system DNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919280.1|1358071_1359055_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918640.1|1363783_1364239_+	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_045915056.1|1364322_1364520_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918639.1|1364558_1364840_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_045915347.1|1365356_1366508_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045915350.1|1366812_1367187_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227489.1|1368019_1371457_+	response regulator	Q8QKV7	Ectocarpus_siliculosus_virus	7.8e-10	22.3
WP_162562970.1|1371762_1371900_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080503971.1|1371915_1371990_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919584.1|1372581_1373556_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	3.9e-84	64.1
WP_045919583.1|1373676_1374252_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A2K9L285	Tupanvirus	5.7e-06	28.9
WP_045918715.1|1376827_1377331_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227490.1|1377375_1377933_-	ankyrin repeat domain-containing protein	K7Y837	Megavirus	1.2e-13	32.9
WP_012460882.1|1378011_1379019_-|tRNA	tryptophan--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_109227491.1|1379586_1379826_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227492.1|1381533_1384761_-	hybrid sensor histidine kinase/response regulator	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.4e-21	27.2
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WP_045918175.1|1389173_1390046_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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MTIKIGNIELSAPVILAPMSGVTDLPFRKLVKQFGAGLVVSEMVASRAMIQETRRSMMKSAIIENDITGSCVQLAGCEPDVIADAAKMNQDMGAQIIDINFGCPAKKVVGGYAGSALMRDESLAAKILAETVKSVSIPVTLKMRTGWDESCRNAHIIAKIAEDCGIQMITVHGRTRCQFYSGKSDWVFIRKVKESIKIPVVANGDITSVDDAIDCLQISGADGVMVGRGAYGKPWLLSQISHYLAFQDYLPSPSSIEQKQIILNHYESMLSYYGTEAGMKMARKHLGWYSKGLPNATEFRSKVTTITSVEHVKEIINQFFQM
>NZ_LS398552|1395300:1467523|1445424_1446615_+|WP_045918690.1|DBSCAN-SWA
MALKKRSKHSKKFKLNLGPQHPATHGVLRLILEMDGEIVERADPHIGLLHRGTEKLIEYKTYLQAIPYFDRLDYVSPMCQEHAFALAIEHLLKCEVPLRAQYIRVMFSELTRILNHTLNIATQALDVGATTPLLWMFEEREKIMEFYERVSGSRLHANYFRPGGVAQDLPEGLIENIADFCEQFPCKIADLETLLTDNRIWKQRTVDIGIVSKQQAMDWGFSGVMLRGSGVAWDLRKSQPYDQYANLDFDVAIGNNGDCYDRYLIRIEEMYQSIKIIKQCIQKMPAGEIKTQDPSISPPKRSEIKKSMEALINHFKLYSEGYNVPAGEVYAAVEAPKGEFGVYLYSDGTNRPYRCRIKAPGFAHLQGLDFMARGHSLSDIITIIATLDIVFGEIDR
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MVTRISSVTWSGINVLDVDIQVKISTGIPCFTIVGLADKTVTEARERVKAALSSIGLALPAKKILVNLAPADLVKEGSHFDLAIACAILTSMNILHCNEMAEYLILGELSLDGALLPVAGVLPAAIGAVERDKGIICPAANGKEAAWSGNKKIVTPIDLLSLVNHFKGTQVIRQPEVDISSVKANYPDLKDIVGQAIPKRALEIAAAGRHHMLMSGPPGTGKSMLAERLPGILPEMAPIEILECSMIASVANLIKEGNLIQHRPFRSPHHTCSIAAMVGGGVGKRVKPGEISLAHNGILFLDELPEFSTNTIEALRQPLESAEVHISRVNFSVKYPARFQLIGAMNPCKCGYLSDAAKACNKAPRCGIDYQMRISGPMRDRFDIYVEVAEVTYNVDDKCSISESSTEVLKRVNNAHTIQLTRYDGYGISTNSQLFGQLLTDFASPTNEGQKLLNDAAIKFKLSMRGYNKVLKIARTIADLENIKMVNKFHIAEALSYRQLNLN
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MNTALSSAIKRGDAKAVLDILNENPGLVNFQQDVDFKTPLHTSVEHKQKEITKLLLERNANVTLQDNNGNTPLHFAARNHDFKMTEILLSHGNAIVDMQNNKGQTSLHLASTRPHTYQGASALLSKESLSIAQTLLTHGANVNLEDEDSNTALHYATNHFHHKEITEILLNHGANVNAQNNVGDTALHRAAKSGLLPTVLCLLKSGANVHLKCENGNSVLHCAAQGSGPNESIVKAVLHHGADVNARNNNDSTPLHHAAEKIHDPLPAIRILLKHGADIDAHDNRNCTPLNNAISSSLIINMQTGIPEFLTSHITKLEYSSDKKTSSAGSLTNQQLIQQSSTLSEYKLACEKELKELSNIKVGGGQKSMLSAFLANTTDDNESSRYVDDPKVQEIYERCEEKFHIYSCELKKHIDEGRTRKQLLYGAVESMDDICEEQPREHSTESNVSWNVIPPEVKFNILKHLSNEDLSKIQQNKTSEAKKKDPQPSGHRCI
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MNSATKPEFSFSNETLVIAKKIINNYPAGKEASAVLAILDLAQNQNNNWLSNSCIEYVANLLKMPYIKVYEIASFYTMFNLQPIGKYYIQICCTTPCWLRGSDDIMNFCKKLLKIETGKTSQDKLFTVSETECLGACRNAPVVQINHDYYENLTNDKIKEIINNLHAKDLQKKSELKPDNKTDL
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MCNNSTIDQDEIEKFNTIANEWWNPNGKFKQLHLMNPARISFIKQKVLLHYNLTDSITRPFHRLKIADIGCGGGLTSIPMAKLGATVTGIDASSKNIAVAKMYANNIGVQVNYIHSSIEEYVKISNEKYDVVLCLEVIEHVSNIQSFILYLSKILKLGGMLIISTINKTLKSYVFAIGLAEYLLRYLPIGTHDFNKFLKPSTINNILLSHNMTLKEIQGLSYNPILQQWRLTNDISVNYIMYITAI
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MKPINGTTLIVKILALEKIIYNNNTVDMLVLPGLEGVLAVLPQHLPMLVVLKFGIVEVHYNDRSIDRFTISGGIAKVDSQVVDIISMFVMNCMHIDILKIKARIEEINAVTSLKRNTLLQEEHKFLMANLELLS
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MAKGIDPREVKRQQQIEENEKRLKARQDITFKQLCDKCEEYSKIYNTSSKGSTARTHNYGKPLFLKKINEVKRNDIEPIFNDISKEEKYATANLFLITLRTMFNKAIKWELMDRNPTLRIDKHKMQAR
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MLHLLTSLEYLPIVIFFAIALALSFFIIILPKIFASKKYNKSKLESYECGFDTFSEARSKFDIRFYLISMLFIIFDLEIAFLIPWAVNLKETKMFGFYSMMFFLLILVIGFIYEWKKGALEWE
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MCPNLVVNDYIYVNTIPKIQEFINKCSNISTLNVNIDKMSKIAMLINLIELTVILSNFVLMDYGTGALF
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MLNIEDKIFTNLSGSMAVDLASAKKRGDWHATKDLILNSREWIIEEIKKSGLRGRGGAGFPTGLKWSFMPKNSEKPSYLVVNADESEPGTCKDRDIIRYEPHKLIEGCLLAAYAIGAQTCYIYIRGEYYNEALILQNAIQEAYDARLIGLNSCGTDFNFNLYLHRGAGAYICGEETALLESLEGKKGMPRLKPPFPANIGLYGCPTTINNVESIAVVPTILRRGAKWFASIGKPNNTGTKIFSISGHVNNPCNIEEAMGVPLKYLIEKYAGGVRGGWDNLKAIIPGGSSVPLIPKNICDTVEMDFDSLKSVGSGLGTGGIIVMDNNTDIIYAIARLSKFYMHESCGQCTQCREGTGWMWRIMMRLVKGNASVSDIDMLLDVTKQIEGNTICALGDAAAWPIQGLIKHFRHEIEDRIKNFNIQ

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
1380655:1380674	attL	NA	NA	NA	NA
WP_045918178.1|1395300_1395855_+|head,protease	HK97 family phage prohead protease	I6S2W2	Marinomonas_phage	3.8e-23	43.8
WP_109227493.1|1395866_1396982_+|capsid	phage major capsid protein	B0VK33	Azospirillum_phage	1.2e-52	39.6
WP_045918179.1|1397015_1397561_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918180.1|1397562_1397904_+|head,tail	head-tail adaptor protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918181.1|1397903_1398329_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918182.1|1398321_1398924_+	DUF2460 domain-containing protein	A0A1W6DWM9	Sphingobium_phage	1.8e-18	33.5
WP_045918183.1|1398936_1399740_+	DUF2163 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045914457.1|1399837_1400266_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461483.1|1400473_1400857_+	glutaredoxin family protein	A0A223FNA2	NY_014_poxvirus	1.2e-09	41.2
WP_109227494.1|1401295_1402906_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919454.1|1405433_1406987_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227495.1|1410040_1410250_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227496.1|1410582_1412094_-	YifB family Mg chelatase-like AAA ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_109227497.1|1413257_1414742_+	ankyrin repeat domain-containing protein	A0A1V0S7Q4	Shearwaterpox_virus	8.3e-09	30.4
WP_109227717.1|1414839_1414983_-	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_109227498.1|1415547_1417200_+	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	1.7e-47	35.1
WP_109227499.1|1417183_1418035_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_162562984.1|1418378_1419239_+	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
WP_045913718.1|1419235_1420162_+	translation elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_045918230.1|1420248_1422690_-|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_045918231.1|1422686_1423721_-|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2H4UW22	Bodo_saltans_virus	2.4e-31	40.7
WP_174198138.1|1424626_1424752_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918233.1|1428631_1429570_-	ACP S-malonyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045918234.1|1429611_1431609_+	lytic transglycosylase domain-containing protein	A0A0S2SXL7	Bacillus_phage	2.6e-05	33.9
WP_045918235.1|1432118_1432886_-	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_052692508.1|1432921_1434061_+	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_064591327.1|1434406_1435843_+	F0F1 ATP synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_045918236.1|1435839_1436244_+	F0F1 ATP synthase subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
WP_045918238.1|1436484_1437369_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918239.1|1437618_1438308_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012461495.1|1440026_1440872_-	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918692.1|1443477_1443708_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011944976.1|1443912_1444284_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_011944977.1|1444296_1444812_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_045918691.1|1444822_1445413_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_045918690.1|1445424_1446615_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit D	NA	NA	NA	NA
WP_045918689.1|1446611_1447166_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoE	NA	NA	NA	NA
WP_045918688.1|1447183_1448452_+	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoF	NA	NA	NA	NA
WP_045918687.1|1448748_1449462_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080943558.1|1449760_1450042_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227501.1|1450594_1452094_+	NTP/NDP exchange transporter	NA	NA	NA	NA
WP_109227502.1|1452342_1452699_+	TrbC/VirB2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227503.1|1452769_1453123_+	TrbC/VirB2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227504.1|1453298_1453778_+	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC	NA	NA	NA	NA
WP_109227505.1|1453833_1454802_+|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
WP_045919267.1|1454830_1455169_-	DUF167 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227506.1|1455307_1456048_+	bifunctional 2-polyprenyl-6-hydroxyphenol methylase/3-demethylubiquinol 3-O-methyltransferase UbiG	NA	NA	NA	NA
WP_109227507.1|1456034_1456901_-	peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_045918584.1|1456902_1457754_-|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_045914431.1|1457895_1458378_+	50S ribosomal protein L13	NA	NA	NA	NA
WP_045918583.1|1458381_1458873_+	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
WP_045918582.1|1459222_1459969_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919589.1|1463760_1464015_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_174198124.1|1464725_1465112_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198152.1|1465133_1465670_+|integrase	site-specific integrase	A0A1S5NNJ1	Burkholderia_phage	2.9e-12	29.0
WP_174198125.1|1467097_1467523_-|integrase	site-specific integrase	A0A0R6PGY7	Moraxella_phage	6.6e-12	34.6
1470030:1470049	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_LS398552|1793451:1873123|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_109227600.1|1802210_1802738_+	cytochrome c oxidase assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_045912408.1|1803013_1803220_-	50S ribosomal protein L32	NA	NA	NA	NA
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WP_045919341.1|1807659_1808532_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_109227602.1|1810025_1811798_-	aminopeptidase P family protein	A0A0P0I8D7	Acinetobacter_phage	1.3e-96	36.3
WP_109227603.1|1811794_1813894_-	NAD-dependent DNA ligase LigA	A0A1W6DX16	Sphingobium_phage	6.5e-100	36.1
WP_174198140.1|1813957_1814419_-	nucleoside deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_109227604.1|1814480_1815398_-	cation diffusion facilitator family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_045918315.1|1815676_1816489_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011945017.1|1817634_1818183_-	NifU family protein	Q58MC7	Prochlorococcus_phage	2.7e-05	37.8
WP_045914701.1|1818241_1818595_-	Grx4 family monothiol glutaredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_011945015.1|1818670_1819309_+	endonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_109227605.1|1819305_1819938_+	dienelactone hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227606.1|1820257_1823731_+	acyl-[ACP]--phospholipid O-acyltransferase	Q75ZG1	Hepacivirus	4.6e-18	23.2
WP_109227607.1|1825095_1825836_-	ribonuclease III	A0A0P0YM82	Yellowstone_lake_phycodnavirus	1.7e-23	34.1
WP_045918558.1|1825890_1826631_-	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_045917955.1|1827176_1828052_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227608.1|1828035_1828344_-	DNA adenine methylase	A0A1S5PRR3	Streptococcus_phage	2.5e-08	37.2
WP_045918559.1|1830336_1830912_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	B3FJI5	Pseudomonas_phage	8.2e-05	26.3
WP_045919009.1|1831033_1831948_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	8.8e-86	60.9
1831774:1831809	attL	NA	NA	NA	NA
WP_109227724.1|1832015_1832279_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
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WP_045913917.1|1853199_1853583_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
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WP_109227614.1|1857270_1859928_+	conjugal transfer protein TraG N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_045918678.1|1872124_1873123_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.4e-84	64.5
1872288:1872323	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_LS398552|1928750:2010346|DBSCAN-SWA
TTTAACTATCAGCATAAACTTCTCCAAATAGACTTGATGCTGAAGCAGTCAAGATCTTTACATTAACTATTTTACCATATAGATTATTATCTTTCTCATTCATAATACAAACAGATTGCATATAAGGTGTCTTACCGATTATTTGACCGTCATACTTACCATCACGGTCAAATAATACTGGCACTACCTTACCAATTAATTTTTGATTGCATTCTAGCTGCTGCTGCATTAGCTGAGCCTGCAATATACTTAACCTATGCTGTTTTACTTCTTCGGAAATTTGCTGTTTAACGGCTGCAGGAGTACCTGGTCTTTGACTATATTTAAAGGAATAGCATTGTCCAAACTTAGCTTCTTTAGCTAAACTCAAAGTTGCTTCAAAATCCTCATCATCTTCTCCTGGAAAGCCTACAATAATATCACTAGAAATTACTATATCAGGCCTTAATTCTCTTAGTTGTTGAATAATTTCCAAATATCGTTCTCTACTATGTCTTCTATTCATTAACTTTAATATTTTATTAGAACCAGATTGAACAGGCAAATGTAAAAAAGGCATTAATTTTTCTTCTGTTGCATGTAAAGATAATAACTGATCAGTCATATCATTTGGATGAGAAGTAATATATCTAATTCTTTTTATTTTATCTATTTTAGCAACATATTTAATTAGGTCAGCTAAACTACACTCTTTACCATTCTCATCTTTCCCATGATACGCACTTACATTTTGTCCTACTAATACAACTTCTTTAGCACCTTGTTGAGCGATATTAAGAACTTCACGATAGACTTGTTCAAGAGGTCTTGAAAACTCAGCTCCTCTAGTATAAGGTACAACACAAAATGTACAAAATTTATCACATCCTTCTTGAACAGATACTAAGCCACTCACAGTAGGTGATTTTAAAACTTCAGGAAGTTTATTAAATTTAGCTGCTTCAACAAAATCTAAATCTATTAAATGATTTTCTGTACCACTATCTAATTTTTCAAGCATAGTTGGTAAATTATAATATGACTGAGGGCCAACGATGATGTTAACTGCTGGCTCTCGAATAAAAATTTCTTCTCCTTCAGCCTGCCCAACGCATCCTGCTACTATTATTTTAGCTTTACTTTTACCAGCTTTAAGCCGACTCTGCTGCAATTTTTTAATTCTGCCTAATTCAGAGTACATCTTTTCTGATGCTTTTTCCCTTATATGGCAAGTATTTAATATTATTACACTAGCATCTGCCATATTTGCAACAATATTATAGCCTTGAGTTTCTAGTAGATCTACCATACGATTCGAGTCATAAACATTCATCTGACAGCCATATGTTTTTATATACAACATTTTATTCATAATCACTTAACTACTAATTACTCTAGTTTATCTGTATTATTTAATTAAAAAAACTATGTTGATGTAAAATACTATACCAAATTTAAAATATACTTGCCTTATATTAAAACACAAGATATTTTCCTTGAAATTATTTTGAAGGTAATATTATTATTTTATCTTAAAAAGAGCTATTATATTATAATTGTAATTGGTTGTATATAAGCTTAGTTTTTTAATATAGCACAGAGTTTATAATCAATAAAAAATTTGAAATTATAAAATCTATTGTGTTTAATAGCAAACATATAAATTAGAGGATACTCAGCATGGAAATTATTAGTAAAAATCATACTAATTCTTTAGATAAGGCAATATTGCGACAACCAGCTAGTAAAATTGACCAATTATTATCTTGCTTACATTGTGGTTTGTTGAATAACAAGAGTGTGGTATCAGTTATTCACTTAACTGGTATTATTGGTAAGGTTGGTAGTTTTAAGTCTGGGCTTACTTTACATACATTAAATTCTGTAATAGAAAAAGCTTTTTCATTTAAGAAATTAACCGCTGTATGCTTGGTAGTAAATTCTCCTGGTGGTTCTCCTGTACAATCAGAATTAATAGCAAGCAGAATTCTTCAGCTATCAAATCAAAAAAATGTGCCTGTATATAGCTTTGTTGAGGATGTCGCAGCATCAGGAGGATATTGGTTAGCTTGTGCTGGCAAAAAGATTTACGCTTCTAAAAGTTCGATCATTGGCAGCATAGGTGTTATTTATATGGGATTTGGTCTGCATGAAGCAATAGGCAAGCTTGGCATTAAGCGAAGAGTTTATACTTCTGGAAATAATAAATCTATATTAGATCCATTTATGCCAGAAAAAGATAGTGATATAAAAATCATTCAAAACTTGCAGAAAAAGATACATAATCATTTTATCAGTTATATTAAATCAAGGCGAGGAGATAAAATTACTCAAGAAGATAAAGTTATTTATAATGGTGAATTTTGGTCTGGAGAGCAGGCTTTAGAATATGGATTAATAGATGGCATAAACGATATGTATAGCTTTCTAAATACCAAATATGGTGATTCTATTAAAATAGAGTATGTATCTACTAAGCAAAGTTGGATCAAACGCAAGTTAGGTTTGATAATAGATATTGGAGCTGATAGTCTTGTTCAAAAAACATTAAAAGCTATTGAACATAATGCATCTACTAATAAGTACAACTTACATTAATAAGTAGTTAGAAATAATTGAGAAGAATAAAAAAAAAGTTCTTTTTATTCTTCTAGTTAGAACCGCATTGTGCTAAATTTAAGAATGATCTCAAGACATAACCATCTATATGTAGGTTGTGATAATAACTATGCCAACGCCAGATTAGGATAAGATGGAAGAAGTGAGGTATACAAAGAGATAATGCTGGGTTGTAAAGAAGAGTTTAAATAAAAATATAACAATCCACCAAGTAGTTCAAAATTATAAATGCCAGAGATCAAATTAAATCTAATACCTAATCTTTTACGTCTATTTTTCGATATTTATCAGCAATAATTTTGAACCGTTTTAGCATACCAATAACGTTTTCATTGACAACTCTTTCTCCTGCTAACCTACGATTATTCTTTTTATCATTTTTAGTTAAAGGATTTTTCTTGCTTTTTTTCTTTTTCAATTCAGAATTATTGTGAATTTTTTGTATACCTTGATATCCTGTATCAGTAATCGCTTTAACCTTGGGATGGATAAGAATTTTGGATTCCTTAAATAATCTAAAATCATGCTTTTTACCGTTAGAACAATCTGTACATATTACTTGGTGTGTTTGGTGGTCTTTCTATAGGACTCTCAGTAGCATCAATCAAGACTACTTCATAATTCATATCACTCTTCATTAAAGCTTTACGGCCTGGAAGAGCAAAGTTTGGGTGTTTAACTAGCGTATTTTCTACCCATTTAACAGCCTTATATGCTGAACTTTCACTAATCCCATAGTTCTGACCTATATAACGTCAGTTTAGGATAAGAAAAAGTATGAAATGTATAATACAAAAGGTCTACAAGAGATATTATGTAATATCTTTAAATATAGTTTCAATTAATAACAGTTTATTTATTGCTCACATGTCTGTAAATGCAATTTTAGGATAAGAAACAATTAGAAATATGTAATATACAAGTGTTATAATGGTGAATGTTCAGGTTATTAAGTATAGTATTATGAAAGAATATTTGTAGAAATATGAGCAATAAATAAACGGTTATTAATTGAAACTACAGATAATATATAATTATACATTATCTCTTGTATACCTTTTACTCACTACCTTTCATATTTTCTCTTATCCTAAATTAGCGTATATAGAAATAAGTACGGTATTCTCTAAGGTATTTTAAGTCCATCAGCAACTGTTCATCCAAATTGAGCTTATTTTTACACCCGACTTTTGATTTTTTAAGACCATCAGCTTGCCTCAAAATATCTACCATCTTTGAGAATGTTACCTTCCTTACTCCTGTTAATCGACGAAATTTTTCATCCTCTAACTCTTTAATCTAATCAAATTTCATTATTACTTCAAATTAGATATTTATAATACCATTCTACATCATTGTTTACTTTCGAAAGAAGTCTATTGCTTTGGCTTTGTTCAACTAATTGCATTGTAATAATACAGCTACATGATCATATTTGCATGGTACAAAATACCATCGACTGCGTCTTAACACCGAGCAAAACGCAGATGCAGATTGCTTAGCTTTTTTTGTTTTATTAAACATAATAACATTGAAGTGAACATTAACAACTCTATCACCGTTCTGTAAAGCAGCTACTACACCTGCTAGATCTTCTTCTGCTTGCTGTATATCAGGAAAAATTTTTTCCATTCCTACATTAATATTTCTTTCTAGTGCTTCTCTTTTAGTTATAGCTACAGTCCTTTCCATTGCTTGATTTGGTAAAATTTGCAGACCAAAATGAATCAGGAAATTTGATTTTATATATTTATCACGATGTATTTCATTGTCTAAAAAAATACATGGCAGATAATTTGCACTCTGCCAGCCTCTTTCTTGCTTCTAGGATGATAATAAGACATTTTTTTGATTTTTTTGGCTGAAGTGTTAACAACAGCTACGCTTTGAATTGCTTTAGCTCACCTGTAGCATAGAATACAGCGTCTTTTTGATTTGATTTTTGATGTTTCAACTTTCTCAAGATTATTAGTATCAAAAACTCCTTGAGCAGCCATATTCTTTATTTCATATAGAGATTTGCATTTTTGCTCTTTAGAAATTTTACAGTCAAAATTGCTTTCGAAAAAGAAGCTGGTTAAGCTCATACAGCATAATAACAATAATAAAAACTTCATTTTTTCCTGAAGTAGCATTAACAAGCATTACATATCTTAGAGTTTTTGAAAAAAAATTAACATTAAATATTGAGTGATTTTGTGTTTTCCTATTACTGTTAAATAAACATTGTTTTCTTCTTTTCGATGAGCAATAAATAAACTCCCAGACTCATGAACCTACAACTTCAGCTGCATTTTGAGGGTACATAAAAATATCATTAATTTTTTCATCTTTAAGATTAATTCTTGTTGGCCACTATCAGAAATCTCAAGCTTTAGCAAATTATCAGCTTCTAACCCATA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>NZ_LS398552|1928750:2010346|1949372_1949843_-|WP_045918154.1|DBSCAN-SWA
MSHTIKSGDFGIQAKVNSTIRALNPFTENKGINLSCNFKNDIKDLIIVNSTQIQAVLTLLICNATNSKCSEISVEVDLLPSTNKKTNYRILQLIVRNNGIGISAEKVKKINNELRNLHIKSYAVLGSELLLVKPFIHEMTGKIKLESQQNKYIART
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1952714_1953392_-|WP_174198156.1|integrase|DBSCAN-SWA
MLATLRTMFNKAIKWGLIENNPTLGIEKHKMQARERCLSYDEMGRFLQVLCGETTPLIRDFALLALYTAARKSNVLEMEWDNIDFERKILHIPKTKNGKAHNIPLTDEAIEILQARKSISTSKWVLPSATSESGHLAHPNNAWKIICEKASIKNFRIHDLRRTFASCMGDAGASQRTISTALNHRNPDSTIPYTIACMELVREYMSKATQIISECASSYNIYNTI
>NZ_LS398552|1928750:2010346|2009845_2010346_-|WP_109227648.1|transposase|DBSCAN-SWA
MDSEYLLIDWQAMPDSEIKRKATAALVHFMKYIHNQPDVIELWAKFFDTLQEIAQKDKAHGFLYIKALLHYTISKVSKNEQPRLKQLLDENLSIEDRKRIIGTIAAQYIDEGRAEGIKLGETKGRAEAAQWLARNLLKAGFSVEFISENTGLSKEEVINLKNNIEY
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1960421_1960691_-|WP_012462169.1|DBSCAN-SWA
MATKKAGGSSKNGRDSAGRRLGLKKSDGQLVNAGNIIVKQRGTKFYPGKNVGLGKDHTIFSLVSGKVKFFRKKKNRVFISVVVDDSTAA
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MPVTVFKFTQSALNKIKVPTKEENIIQFRNTKERNLLLIISYTGFRRFYLVINIGGIYYKIKIGTSPDLTVKEARKKVMKLKKDIAKGINPMDERRKINKERREKREKRLKLKNELTLGHVHEKYTEFSS
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1936872_1936953_+|WP_108839859.1|DBSCAN-SWA
MDSTKLSVCDNSRIYKHKIFQNIGHE
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MNFQNQGNFTRGSQLFAHKLRMFGQGSTNVFIIGLGLSIFWIICRLYQKVFLSSLYYFAIERYVQLKLAIGEHFYDIDQIGIKFYSLRFKKWMHLNAQDFLHEFYTSQHGFKIQQLWEFLINSALLEGLIVFTIGVIISIIFFTAQGKNTIIKAKIRGADFVRSKNLAKMLKSAKKASKICFAGLPLVKNSERLHILITGTTGTGKTNMLNELLPQIRLHKDRAIIVDTTGAFTDRFFDHKCDKLLNPFEKNSEQWLPWNDCFEAADFHDIASSFSNYTPKLDDFFAKNAELVLSEALKLYKDDKDIIKLIHTIIYSDNRQFAKAFRNTAVSGIISESALETSAGIQSTLGKNITSLQYLKPGGSFSIKEWFSNSNETGWLFITANPNQRATLCPLISAWISIAIKALMCRNPNHDNKNMWFILDELPALQKVSSLPVALAESRKYGGCFVAGLQNIHQLEAIYGAAECASMLDLFNSKFIFRVSDQVTAYKSALTLGEQEIIETQENLSYGSNTMRDGVNMNNVERKKLLVMPSEIMNLPDLTCYVKLAGNFPITKLTMQLQNLNTAFVCEYKLLKKLKLVEY
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1982093_1982795_+|WP_109227169.1|DBSCAN-SWA
MENNNIYLIQYIRHIVNNCNKTKRNIVELVGYKQDAIAKITDTLGSLDELINHLNDKICVFRKNIESKNVELENFSLQAFVKDTIARLKAIVEDDRIDLKSNFQANIKDSIIGDSLRIRAVLSQLAESAIIYGTKGTTINICVHLLPSQDGKTDSKDKILQFLVQNIGPSIQKEKLQKMNSELSNSNLTKHQELGQGLVFIKQLTHQMKGNLKIDQGSNYISSSFEVPIQLYT
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1960731_1961058_-|WP_045918144.1|DBSCAN-SWA
MFAVIKTGSKQYRVAKDSIIKIEKINGEPGSTIEFKEILMIGEYSKPSFIGTPIVKGASVTAQILNQLRNQKVIVFKKKRRKNYRNKRGHKQEVTQVKIIDIAKASNC
>NZ_LS398552|1928750:2010346|1983022_1983490_+|WP_109227678.1|DBSCAN-SWA
MLNGTIAAIRLIAADENIELRKKIGNDIYDIITGDRFRIRAVLSQLAESTIIHSTNSKVRVSIDFLPPKNEQSNSKNRILKFVVHSVGDGISKNKLQEMNSELKNPHLIKHQALDSGLEFTYEMKGSIRIDSKEWHYIKFLVSIPIQISNLNSQH

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_045918337.1|1928750_1930100_-|tRNA	tRNA (N6-isopentenyl adenosine(37)-C2)-methylthiotransferase MiaB	NA	NA	NA	NA
WP_109227631.1|1930408_1931326_+	S49 family peptidase	E5AFY0	Erwinia_phage	2.1e-15	30.5
WP_012462191.1|1933248_1933464_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918846.1|1935276_1936518_+|tRNA	tyrosine--tRNA ligase	K4F5T3	Cronobacter_phage	2.5e-67	35.5
WP_108839859.1|1936872_1936953_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
1937240:1937271	attL	NA	NA	NA	NA
WP_109227632.1|1937465_1941113_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227633.1|1941608_1943873_-	autotransporter domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918328.1|1944163_1944349_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462182.1|1946038_1946587_+	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_109227635.1|1948053_1948218_-	(p)ppGpp synthetase	NA	NA	NA	NA
WP_109227636.1|1948181_1948586_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	3.0e-06	38.8
WP_045918154.1|1949372_1949843_-	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227728.1|1950499_1950727_-	conjugal transfer protein TraB	NA	NA	NA	NA
WP_045918151.1|1951237_1951705_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227637.1|1952253_1952517_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198156.1|1952714_1953392_-|integrase	site-specific integrase	A0A077KGX2	Edwardsiella_phage	3.9e-14	27.8
WP_109227638.1|1957022_1957370_-	MobA/MobL family protein	NA	NA	NA	NA
1954258:1954289	attR	NA	NA	NA	NA
WP_108883845.1|1958294_1958369_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_045918146.1|1958368_1958572_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227639.1|1958648_1958963_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012462169.1|1960421_1960691_-	50S ribosomal protein L27	NA	NA	NA	NA
WP_045918144.1|1960731_1961058_-	50S ribosomal protein L21	NA	NA	NA	NA
WP_045918143.1|1961196_1961865_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_045914296.1|1961970_1962720_+	MBL fold metallo-hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_109227640.1|1962938_1964309_+	exodeoxyribonuclease VII large subunit	A0A1V0SD82	Indivirus	1.4e-42	34.3
WP_045918142.1|1964367_1965843_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227641.1|1965932_1969040_-	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918140.1|1970096_1971776_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	E7DN81	Pneumococcus_phage	9.3e-41	38.4
WP_045918139.1|1971787_1972348_+	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918785.1|1972616_1973330_+	metal ABC transporter ATP-binding protein	W6JKT0	Anomala_cuprea_entomopoxvirus	4.0e-17	30.0
WP_045918780.1|1973310_1974099_+	metal ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_109227642.1|1974859_1975156_+	reverse transcriptase N-terminal domain-containing protein	A0A0U4J920	Pseudomonas_phage	2.6e-07	52.8
WP_012462157.1|1975738_1976131_+	DUF4102 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_045918784.1|1981750_1982029_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227169.1|1982093_1982795_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_109227678.1|1983022_1983490_+	sensor histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_045915481.1|1984462_1984957_+	ATP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227170.1|1984998_1985586_+	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	J9Q7H7	Salmonella_phage	7.3e-09	36.4
WP_109227171.1|1985707_1986706_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	A0A1B2LRR6	Wolbachia_phage	1.8e-84	64.5
WP_045919081.1|1986773_1987229_-	conjugal transfer protein TraD	NA	NA	NA	NA
WP_109227643.1|1987521_1989489_+	AAA family ATPase	A0A0H3UZA5	Geobacillus_virus	3.5e-07	24.4
WP_012461970.1|1989710_1991495_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_109227644.1|1993253_1994201_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_109227730.1|1994210_1995458_-	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_045919031.1|1997165_1997627_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919032.1|1998146_1999484_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_045919030.1|1999483_1999813_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174198157.1|2002094_2002415_+	type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC	NA	NA	NA	NA
WP_109227646.1|2002411_2004106_+	conjugal transfer protein TraN	NA	NA	NA	NA
WP_109227647.1|2004102_2004801_+	conjugal transfer protein TraF	NA	NA	NA	NA
WP_045919321.1|2008081_2009836_+	Flp pilus assembly complex ATPase component TadA	NA	NA	NA	NA
WP_109227648.1|2009845_2010346_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_LS398552.1|WP_045914562.1|1264135_1264324_+|hypothetical-protein	1264135_1264324_+	62 aa aa	NA	NA	NA	1212006-1281777	yes

Protein sequences of NZ_LS398552.1|WP_045914562.1|1264135_1264324_+|hypothetical-protein

>NZ_LS398552.1|WP_045914562.1|1264135_1264324_+|hypothetical-protein
MKLKKDIANGINTMEERRKITRTSVDNVKAATNKVVTNMLTSDNANIELDKIMPEILASLGC

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_LS398552_2	Orphan	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	1240992-1240975	1
NZ_LS398552_2	Orphan	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	1241004-1240987	1
NZ_LS398552_2	Orphan	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	1241016-1240999	1
NZ_LS398552_2	Orphan	2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT	216342-216359	18	1241028-1241011	1
NZ_LS398552_3	Orphan	3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder	603563-603618	56	1240955-1241010	0

1. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to NZ_LS398552 position: 1240992-1240975, mismatch: 1

tgaaggtaaagccgaagg	CRISPR spacer
tgaaggtaaagctgaagg	Protospacer
************.*****

2. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to NZ_LS398552 position: 1241004-1240987, mismatch: 1

tgaaggtaaagccgaagg	CRISPR spacer
tgaaggtaaagctgaagg	Protospacer
************.*****

3. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to NZ_LS398552 position: 1241016-1240999, mismatch: 1

tgaaggtaaagccgaagg	CRISPR spacer
tgaaggtaaagctgaagg	Protospacer
************.*****

4. spacer 2.1|216342|18|NZ_LS398552|CRT matches to NZ_LS398552 position: 1241028-1241011, mismatch: 1

tgaaggtaaagccgaagg	CRISPR spacer
tgaaggtaaagctgaagg	Protospacer
************.*****

5. spacer 3.1|603563|56|NZ_LS398552|CRISPRCasFinder matches to NZ_LS398552 position: 1240955-1241010, mismatch: 0

tagcctcaccgagctttatgccttcagctttaccttcagctttaccttcagcttta	CRISPR spacer
tagcctcaccgagctttatgccttcagctttaccttcagctttaccttcagcttta	Protospacer
********************************************************