CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP043026	Spiroplasma chinense strain CCH chromosome, complete genome	0 crisprs	NA	0	0	1	0

1. NZ_CP043026

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	4560 : 18778	12	Streptococcus_phage(25.0%)	tRNA,protease	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP043026|4560:18778|DBSCAN-SWA
AATGGCTGAAAATAATATTGGTAGAATTTTAGAAGTAGATATTAAAAATGAAGTTGAAAAAGATTTTTTAGAGTACTCAATGAGTGTTATTGTCAGTCGTGCTCTTCCTGAATTAAAAGATGGTTTGAAACCAGTTCATAGAAGAATAATTTATGCTATGAATGATTTAAAAATTACAGCAGATTCACCACATAAAAAATCTGCTCGTATTGTTGGGGAAGTAATTGGTAAGTATCACCCTCATGGTGATTCATCAGTTTATGAAGCAATGGTTAGAATGTCACAAGATTTTTCTTATCGTTATCCTTTAGTTGAAGGACATGGTAACTTTGGATCAATCGATGGTGATGGAGCTGCTGCGATGCGTTATACTGAGGCAAGACTTTCAAAAATTTCAAATATGTTATTGAAAGACATTGATATGGAAACAGTACCATTCACAGATAACTATGATGCTTCAGAAAGAGAACCAAAATATTTAACAGGTTACTTTCCAAATCTTTTAGTTAATGGTGCTACAGGAATTGCTGTTGGTATGGCTACAAATATTCCTCCACACAATTTAACAGAAGTTACAAATGCAATAATTGCATACATTGATAATAATGATATTACTATTGATGAAATTTTAGAATTTATTAAAGGACCAGATTTTCCTACAGGAGCTTTAATGACAAACGGTCAATCTATGATTGATGGTTATAAAACAGGAAAAGGTAATTTAACTATCAGAGCAAAAATTGATATTGAATCTGATAATAAAAAACAAAGAATTGTTATTAGTGAAATTCCTTATCAAACAAATAAAATTAGAATAGTTGAAAAAATTGCAGATCTTTACAAAAATAAAATTATTGTTGGTGTAACAGATATTCGTGATGAATCAAACTATCAAGGTATTAGAATTGTTTTAGATTTAAGTACAAATGCAAATGCACAATTAATTATTAAAAGATTATATAAGTATACTTCTCTTCAAACTAATTTTGCAATTAACATGTTGTCATTAAATAATGGAATACCTGTTGTTCTAAATATAAAAGACATAATTAAATTTTATGTAAAACATCAAATTGACATTATTATGAAACGTTCAATTTTTGAACAAAAAAAATTGAACAAACGTTTACATATTTTAAATGCAATTAGAAAAACTTTAGATCATATTGATGAAGTTATAAAAATTATTAAAGAGTCTGCTAACACAGAAGAAGCTCACAAAATGTTAAATGAAAAATTTGGTTTTGATGAACAACAATCAAAAGCAATTTTAGATATGAGACTTCAAAGACTTGTTGGACTTGAAAGAGAAAAAATTGAATTAGACATAAAAACTATTGAAGCTAGATTAGTTGAATTAGATGAAATTATAAATTCAAAAGAAAAACAAAACGAAGTTTTAGTTTCTCAACTTGAAAATATTAAAACTAAATTTGGTGATGAAAGAAGAACTCAAATAATTAAAGAAGAACAAACTTTAATTGGAGAGGAAGAACTAATTCAAGATACTCAAATGATTTTAACTCTAACTGAAAATGGTTATGTTAGAAGATTAAGTCCAGCAGAATTTAAAACTCAAAAACGTGGTGGAAAAGGAATTATAATTAATTCTTATCCAGATGATAATATTATTATTTCTTGTGTTGGAAAAACAAAAGATGATGTTTTATTTTTCTCTAACGAAGGAAAAGTTTACAAAGTTAAAGGATACAATATTACTCAGTTTACTAGAACGTCGCGTGGTCTACCAATAATTAATTTCATAGGAATAAATTCCTCTGAAGAAATTACATCAATCTTATCTCTAAAAAATAAAGATAAGAAATTTAAATTTTTAAATTTTATAACTCTTAATGGAGTTGTAAAAAAAGTTGCTATTGAAGAATTTGATAGAATTAACAATTATGGAAAAATAGCAATCAACTTAGATAAAGGAGATAAATTAGTTTCAGTTGTTCCAACTGTTGGTAACAATGAATTACTAATTGCTTCTAAAAAAGGAAAAATTATTAAAGTAGATGAAAACGATTTCAGACCAATGTCTAGATCTTCTAGAGGTGTAAAAGGTATGAACATTGATAAAGGTGATCAAGTAGTTTCAGCTGTAAGTAATTACGGAGTTGAAAGTGTTGCTACTATATCAGAATATGGTATAGTAAAAAGAACACTTATAAGTGAATATAACATTTTTGGTAGAGGTGCTAAAGGTGTTCTAGGTATGAAACTAAATGATAAAACTGGAAGTTTCAAAAACATGTTAGGTGTTAGAGAAACAGATGATTTACTTATGATTTCTTCAAAAGGTAAAATCATCAAAATTGGAGCTCAAGATGTTAACTTACAATCTAGAACTTCTACTGGAGTAATTGGATTTAGTTTGGATGAAGGTGAATACATTACAACTGTTTCATTGGAATTCAATAAGGGAGAATAAAACAATGTTAGATATAAATAGAATTGAAAATGATCTTGAACATATAAAAGTTCAATTGAAAAAAAGAAATAAAGATTATTCAGAAGAATTAAATCAAGTTTTAAATTTTAATTCTGATAGAAAAAAAATAATCAAAGAAGTTGAAGAATTAAAAGCTACAAAGAATTCAATTTCAAAAGAAATTGGAATTTTAGCTAAGGATAAAAAATTTGATGAAATTGAAAAATTAAAATCTGAAGTAACAACTATGAATGAAAAAATTGAAGTACTTGATAAAAATTTAAAAGAAGTACAACTAAACATGAATTCATTGTTAGCTGTAATACCAAATGTTCCTAACGATAATATTCCTCTTGGAAATGATGATGAGGATAATGTTGAAGTAAGAAGATGAGTTGAACCAGGAATTAAAAATGATGGTGAAGCTCATTGAGATATAGGACAAAAATTAGGATTAGTAGATTTTGAATTAGGTGCAAAATTATCTGGATCAAGATTCTTAGTTTATAAAAACGAAGGATCAAAAATGATAAGAGCTATTGCAGATGTTTTATTAAATAGACACAAGAAACATGGATACCAAGAAATGTTCCTTCCATTATTAGTAAATGCGGAAAATATGTTTGGAACAGGTCAACTTCCTAAATTTGAAGAAGATGCATATAAAATTGATGATCAATATTTAATTCCAACTTCTGAAGTTCCATTAACAAATGTATTCAGAAATACAATTGTTGATGTTAAAGAATTACCAACTTATTTAACTTCTTTCACACAATGTTTTAGAAGAGAAGCTGGAAGTGCTGGACGAGATACAAAAGGAATGATTAGATTACATCAATTTAATAAAGTTGAAATGGTTAAAGTTTGTGAACCTGAATCTTCATATGAAGAACTTGAAAAAATGGTTTTAGATGCAGAAGATTGTTTAAAAATGTTTAATATACCATATAGAGTTGTAGAACTTTGTTCTGGAGATATTGGTTTCACATCACAAAAAACTTATGATTTAGAGGTTTGATTCCCTAATCAAAATAAATTTAGAGAGATCTCTTCATGTTCTAATTGTGGTGATTATCAAGCTAGAAGAATGGGTGCAAAATATAAAAACACAGATGGTAAAGTTAATTATTTAAATACATTAAATGGTTCAGGACTTGCAATAGATAGATTATTTGCAGCAATGTTAGAAAATCATTATGATGGTGAAAAATTAATATTACCAGAAGTATTAAGACCTTATTTTGATAATAAAGAATATATAAAATAAAAAAAATGTTTCACGTGAAACATTTTTTTTTGACAAAAAACCAGGTTTTTTGTTTCACGTGAAACATTTAAGTTAGAACAAAATATATAAGAATTGTTTCACGTGAAACATTTTAAATGTAAAAAAAAGTATTACTTTCAATATAATATGATAATATATAAATGTCATTGTAAGGGTGACGTTCGAAGCTGGTCAGGACCGGAAGGTAGCAGCCATAAGAATCCAGTGCCTTGTACAATGGCATTTTTTATTTTTAGGTGATTTGAAATGACAGATATATATTACGAGAATTTAATTAAAGAAATAAAAAAATGCAAAAAGAGCAAAGATGTTCCTGTTGCTGCTTTTTTAGTTAAAGATAAAAAGATTGTAGCAAAATCAATCAATACTCGAGAAAAAGATTTAGACATTGCTGGTCACGCAGAAATAAAAGTCATAAATAAAATGTTTAAAAAAATAGGTAATAAAAATTTAGAAGAATTTAATATGGTTGTCAGTTTAAAACCTTGTTTTATGTGTATCGGAGCTATTCAACACGCTAATATAAAAAAAGTTTATTATTACTTAGAAAATTTAAAATGTGATTATCATAAATTTGAAAACAATATAAAGTTTATTAAATTAGAAGATTTAGAAAATAAACTAGAAATGGAACTTAAACATTTCTTTAAAAATCTAAGAAATAAATAGGTAAAATAATACTAGCGAGAGGTGATAACAATGGATAATAAAAAATCTTTATATAGAATTTATAGACCCAAAAACTTAGATCAAGTTGCAGGTCATGAAGGAATAAAAGAAATATTAAAATCAGAAATTGAAAGTAATAATTATCCTCACGCTTTGTTATTTTCTGGTCAAAGAGGAACAGGAAAAACATCTATAGCTAAAATATTTGCAAAGATTGTAAATTGTACAAATTTACAAAAATATAATCCTTGTGATGAATGTGTAAGTTGTAAAGAATTTAATAACAATGCTCACTCAGATATTTTTGAAATGGATGCTGCTTCAAATAATGGAGTAGATGAAATTAGAAACATAAAAGCAAATGTCTCTACATTACCAAGTATTTCAAAATATAAAGTTTATATAATTGATGAGGTTCATATGTTAACCAATTCTGCTTTCAATGCATTATTAAAAACTTTAGAAGAACCACCAACGCATGTGATTTTTATATTAGCAACAACAGAATTTTCAAAAATACCACAAACTATAATTTCAAGATGTCAGTTATTTAATTTTAAAAGAATTAGTAAATCAGCTCTTGAAAATAAAGTTGAAGAGGTTTGT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP043026|4560:18778|10916_11486_+|WP_166507603.1|DBSCAN-SWA
MDELIELLKQFDGIGNKAAKKIFFEIMTSKSKKDKLVETIEKISNSYKICETCYFYRFENLCKFCDDATRNQELICVVSYITDAQRILESNYRGLIHVLNGEINLNKNIHPENLKMEELFARINKDKEIILALNLTFEGEVTANYIGNKIKSSVKKVSRIARGIPLGGVIDYIDNETLENAITNRKNLK
>NZ_CP043026|4560:18778|12880_13609_+|WP_166507606.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MKVVNDVLGYKNLKIYQETDMFSFSLDSILLARFYKPKSKEKIIGDFGTNNAIIPLIVSNYINKDSKIYGIDIQKEAVKIAKENVELNNLQEKIEIINQDINEYVKDKNNFFDVIYSNPPYFKVQQDSNLNKKSDFLIPARHETHLKLEQLIYSAKVALKNGGRFVMVHLIERMDEIIYLLKKNNFAVKNIQVVYSKEKQDAKKILIDAINDGNEGMKFLPPLYVHKDNGDYTEQVLEMFGD
>NZ_CP043026|4560:18778|6997_8263_+|WP_166507600.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MLDINRIENDLEHIKVQLKKRNKDYSEELNQVLNFNSDRKKIIKEVEELKATKNSISKEIGILAKDKKFDEIEKLKSEVTTMNEKIEVLDKNLKEVQLNMNSLLAVIPNVPNDNIPLGNDDEDNVEVRRWVEPGIKNDGEAHWDIGQKLGLVDFELGAKLSGSRFLVYKNEGSKMIRAIADVLLNRHKKHGYQEMFLPLLVNAENMFGTGQLPKFEEDAYKIDDQYLIPTSEVPLTNVFRNTIVDVKELPTYLTSFTQCFRREAGSAGRDTKGMIRLHQFNKVEMVKVCEPESSYEELEKMVLDAEDCLKMFNIPYRVVELCSGDIGFTSQKTYDLEVWFPNQNKFREISSCSNCGDYQARRMGAKYKNTDGKVNYLNTLNGSGLAIDRLFAAMLENHYDGEKLILPEVLRPYFDNKEYIK
>NZ_CP043026|4560:18778|17674_18778_+|WP_166507610.1|DBSCAN-SWA
MEEKDIVLAEEANTEAANVDANKEVKDEKPQKDEKVKKEKPAKEEKVKKEKPAKEEKVKAEKPKKDKKVKEPSEPLVREFKHIELPPVTDEGVKGHRQKLRLQRQFTSKHSKEILGGNIISTTGAKPDVDKYVIELKNVKKNYVTGDILSPVLKGVDLQVERGKFIVILGPSGSGKTTLLNTISGLDKANEGDVFVLGNNLTLLKDSHLTKFRRENVGFIFQQYNLLSNLTAKENAEVGENLSRTKDGAMSIEDIFKTIGMEEQINKYPHQMSGGQQQRVSIARALAKNPEILFGDEPTGALDEEMGRKVLEILVKVKDTYNTTVIVVTHNPNISEIGDTVIHVKNGLIDSVKNNPNPKKPSDIDWS
>NZ_CP043026|4560:18778|8983_10915_+|WP_166507602.1|DBSCAN-SWA
MDNKKSLYRIYRPKNLDQVAGHEGIKEILKSEIESNNYPHALLFSGQRGTGKTSIAKIFAKIVNCTNLQKYNPCDECVSCKEFNNNAHSDIFEMDAASNNGVDEIRNIKANVSTLPSISKYKVYIIDEVHMLTNSAFNALLKTLEEPPTHVIFILATTEFSKIPQTIISRCQLFNFKRISKSALENKVEEVCNSEGSEIDSEALEEIYYMSDGSLRDALNYLEQSLTISTGKVTTDELKKIFYIATKKEKVEVLKNIFDGKANEIINYFENSNDQGIDFQATILGLLNILKEIVSVKMTGNFNYLKILDQDEFNYFESVQIEKIFSLADNISEAYTKTKNSNVSYQYILINILKTIKGFTTTPISVVVKNDLNENNKIENVQPYISNFNQIKKVEEPKVEEPKVEEQNLRTETLQEENNNIQNVVADENKMETVTRSQSTNEKNISDENRINNILDISNEEEKLLKLQMYLMVENMTGSSSEIEFSDNQILNSLLNVDKDLRKTYDEKIQNLVFSNKNNLEELKKYICFYNGKVSAANDQSLILIVEDSGIAQWINYKLQNEIFRNDLFSILEANVAIICIDKKRWKQIKEEYMFRKQSGILNNVYEPIDLGNFYESLNEVESENEYLKRAREILDIEIKVVD
>NZ_CP043026|4560:18778|8530_8953_+|WP_166507601.1|DBSCAN-SWA
MTDIYYENLIKEIKKCKKSKDVPVAAFLVKDKKIVAKSINTREKDLDIAGHAEIKVINKMFKKIGNKNLEEFNMVVSLKPCFMCIGAIQHANIKKVYYYLENLKCDYHKFENNIKFIKLEDLENKLEMELKHFFKNLRNK
>NZ_CP043026|4560:18778|4560_6993_+|WP_166507599.1|DBSCAN-SWA
MAENNIGRILEVDIKNEVEKDFLEYSMSVIVSRALPELKDGLKPVHRRIIYAMNDLKITADSPHKKSARIVGEVIGKYHPHGDSSVYEAMVRMSQDFSYRYPLVEGHGNFGSIDGDGAAAMRYTEARLSKISNMLLKDIDMETVPFTDNYDASEREPKYLTGYFPNLLVNGATGIAVGMATNIPPHNLTEVTNAIIAYIDNNDITIDEILEFIKGPDFPTGALMTNGQSMIDGYKTGKGNLTIRAKIDIESDNKKQRIVISEIPYQTNKIRIVEKIADLYKNKIIVGVTDIRDESNYQGIRIVLDLSTNANAQLIIKRLYKYTSLQTNFAINMLSLNNGIPVVLNIKDIIKFYVKHQIDIIMKRSIFEQKKLNKRLHILNAIRKTLDHIDEVIKIIKESANTEEAHKMLNEKFGFDEQQSKAILDMRLQRLVGLEREKIELDIKTIEARLVELDEIINSKEKQNEVLVSQLENIKTKFGDERRTQIIKEEQTLIGEEELIQDTQMILTLTENGYVRRLSPAEFKTQKRGGKGIIINSYPDDNIIISCVGKTKDDVLFFSNEGKVYKVKGYNITQFTRTSRGLPIINFIGINSSEEITSILSLKNKDKKFKFLNFITLNGVVKKVAIEEFDRINNYGKIAINLDKGDKLVSVVPTVGNNELLIASKKGKIIKVDENDFRPMSRSSRGVKGMNIDKGDQVVSAVSNYGVESVATISEYGIVKRTLISEYNIFGRGAKGVLGMKLNDKTGSFKNMLGVRETDDLLMISSKGKIIKIGAQDVNLQSRTSTGVIGFSLDEGEYITTVSLEFNKGE
>NZ_CP043026|4560:18778|13609_14761_+|WP_166507607.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MKIDTSKKYIVGLSGGPDSIYMLNELSKIIDNQNIIACHVNYNYRSDSNIDQQICEKFCKAKGIKLLIKNIEQSYDKLKENFESWAREQRYDMFYKVGKENGIDTILIAHNLNDDIETFLMQKQKNIKPKYYGINKNSSYKDLKIIRPIIEVKKSEILNSLKEQNITYAVDTTNSDTKYTRNKIRSELKEDDFFDLQGEKEKLNSDLETLNNLIKELGPTRIEIKLLKENSEFGERLIFQKIEECGLGHLFYKRKKSTLKEIYKQLVSNKSKIIIQIEDLEICKNNKYAYIYNKAVFKFFDMKIEEFDKDKYPFILNLNDFDKIDHSKDLRISNNFETLQNQLTYKGYPLIEVFNRNKIPEIERKFVIIIYNYYNKNVINNII
>NZ_CP043026|4560:18778|11503_12142_+|WP_166507604.1|DBSCAN-SWA
MLFITLEGIDGSGKTTISKMLKDSLVQKGYDVLLTREPGGEPLAESIRKMILDTESDPTPWTETLLYVAARKQHLDKIIIPALKEGTIVICDRFMDSTSAYQGYGRNIGMTDVDELQNIVLGLTQPDLTIFFDITPKEAQIRLMNRKRNADRLEKEDQKFHEAVYEGYQMLISENTDRIKVVDSRKAINEVLQQVDFLVENAINERMTAKNG
>NZ_CP043026|4560:18778|12113_12881_+|WP_166507605.1|DBSCAN-SWA
MKEWQQKMVRQEIFKNIQELIFSNKLYHSLIVSCTNQEELDFTCKEITRMIVCENSSIENDNCRWCKKVNSMNALNIFFIGDGFSNIKKEEISNLIINFSSSNIEDSDKKIYIIRNAENLSDRAANSLLKFLEEPPKNVFAILQTKDKNQILQTIKSRCKLLNLTHKVDEEIEDKEFFELMKSKNKNFILLYSDKFKKLDKADQVKILEYTFKNFIQLEMPNLSELFLDTIIEIKNSNYTNLTIENLFIKIFEVL
>NZ_CP043026|4560:18778|16763_17624_+|WP_166507609.1|DBSCAN-SWA
MDMEIRAISDDYNVKMAVVDISESLDEIIKLQKTNPLASVALGRTIVANALLSLSVKDGSKMTTNINGMGLGGTIIAEFQNNAVRGYIENPNFDIADIIEDEGSPLSQVVGKNGFLQVSRDNGGSEPYTSRVELISGEVNMDYMYYLQQSDQVHSLITTTVEINDDGSIKKACGIIMQLLPDFKEEAIDDIEEKIGSLDHLKKTLVDSTNYESLLKEICPDAKVLGVNQLKFECTCNLKKVMDSIKMLGAEEITKAINEGEEVEVICDFCKKQYLIKPEELKTLLN
>NZ_CP043026|4560:18778|14801_16685_+|WP_166507608.1|protease|DBSCAN-SWA
MKNKKTLWLWVLFVAVIIVIAIVILQFTSGTTAQWNQEELLGGNYAIYGNLSAQQVTSDTWVISGQYIVGDKLLNFKANVTAAGFLEVQKQFGSQIYILVQTTSMWLTLATTFLPMILLVAFYVWMFSSMQKGGMGGGMFGQTKQRPRETKSDVKFKDVAGINEEKQELVELVDYLKNPNKYAQMGARVPKGVLMEGPPGTGKTLLAKAVAGEAGVAFFSMAGSEFEEMFVGLGASRVRDLFSDAKKAAPCIIFIDEIDAVGRKRNSSMGTGTTEQTLNQLLVEMDGFGTNSGVIVMAATNRVDVLDPALLRPGRFDRTIQISLPDIREREAILQLHARNKSVSPEIDWKRIAERTPGFSGAQLENVLNEAAILVVREKRKMITLVDIDEAIDRVVGGPAKKSRAMTLQDKQIVSYHEAGHALIGLKLKSASKVQKVTIIPRGNAGGYTIMTPKDESNFSSKEDLFASIAGYLGGRAAEEIIFGKDNITTGAHDDLDKATNIARRMVTQFGMSKLGLTKYLTMAEESYGQTKGVYSDEVAYKIDNEINDILDECYVVAVKTINANKELLELIAESLRVLETITAEQIDYINTNMKLPNEVLVEKSRKENEEKKKEAGEILEFEPDSE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_166507599.1|4560_6993_+	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	4.0e-93	32.7
WP_166507600.1|6997_8263_+|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	3.4e-80	45.7
WP_166507601.1|8530_8953_+	nucleoside deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_166507602.1|8983_10915_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1U9WR94	Streptococcus_virus	5.5e-37	35.1
WP_166507603.1|10916_11486_+	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
WP_166507604.1|11503_12142_+	dTMP kinase	M1PSC7	Streptococcus_phage	4.2e-34	37.9
WP_166507605.1|12113_12881_+	hypothetical protein	M1NSC1	Streptococcus_phage	1.2e-08	27.0
WP_166507606.1|12880_13609_+|tRNA	tRNA1(Val) (adenine(37)-N6)-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_166507607.1|13609_14761_+|tRNA	tRNA lysidine(34) synthetase TilS	R4TVK3	Phaeocystis_globosa_virus	1.3e-14	28.9
WP_166507608.1|14801_16685_+|protease	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH	M4QMW8	Micromonas_pusilla_virus	1.1e-106	47.0
WP_166507609.1|16763_17624_+	Hsp33 family molecular chaperone HslO	NA	NA	NA	NA
WP_166507610.1|17674_18778_+	ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	7.2e-34	35.3