CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP025197	Hungateiclostridium saccincola strain GGR1 chromosome, complete genome	4 crisprs	csa3,RT,cas1,cas2,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b1,cas6,cas10,csm3gr7,csx10gr5,csx19,csx1,PD-DExK,cmr3gr5,DEDDh,csm2gr11,csm4gr5	0	27	12	0

1. NZ_CP025197

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP025197_1

• CRISPR_ID: NZ_CP025197_1
• CRISPR_location: 1088796-1099162
• CRISPR_type: TypeIII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 155 spacers
• Cas_protein_info: cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b1,cas6,cas10

Consensus repeat of NZ_CP025197_1

Consensus_repeat	Method
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	CRT
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	PILER-CR
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP025197_1

>1.1|1088826|37|NZ_CP025197|CRT
ATATTGTCTATTTGTTTTCTTTCTACCTGACATCTAG
>1.2|1088893|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGCTGTGTTTATCGAGCGGTTACGGCAGACAGCGCCA
>1.3|1088960|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTATATAATATTGAGGTAGTCTTGCAAGTTATTGAA
>1.4|1089026|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTATCCGATTGTTAACCTATTTGTCAATTTGGGT
>1.5|1089091|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGAAGGAGGAAAAACATGATTAATTTAGCTGAACAA
>1.6|1089157|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAATCACCCTATATGGTGAAATATTATCCCGCAGGC
>1.7|1089223|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGGGGGGATATGGCTACTTCCCCCCACTTTTATATAT
>1.8|1089290|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGTAGGTGCTGCAAACGTTGGAGGTTTTTGTGGTT
>1.9|1089355|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACTCTTGGTTTAATTAAGGTTCCGTCATCATAGGTAA
>1.10|1089422|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGGATGAAGTCCAAAATTGGTTTAATTCATTGGCGTC
>1.11|1089489|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATTCGTCCCTGTGTTATAATTCAGAACGATGTAGGAAA
>1.12|1089557|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGATGCCATAAAAATAATCACAGCTTGGGCAACAAA
>1.13|1089623|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATTAATAAACTTACCACGAATACCAATGTTAAAAT
>1.14|1089689|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCCTATTGTCTCCCTCTTATAATACCAGGCAATCTTT
>1.15|1089756|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATGTTGAAAAGCTTGCCCTCCATTGGGCAGGCATTGA
>1.16|1089824|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCATGACAAGTGGCAGTACCAGTTCGGCCAACTCAT
>1.17|1089890|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGGTTTTTAAATGAAAATTAAATTTAGAGTATGGGA
>1.18|1089956|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCAGATAGGAAACACAGTGTTGGAGGTGTAAGTGTGG
>1.19|1090023|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AATATATAAAATAGGCGAAAGTGAGTTGGCAGAGATAA
>1.20|1090091|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGTTAACGGAACAGTTATCACTAAGACAACAAAAAC
>1.21|1090157|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AATTAAGGAATTTAAAAAAAAAATAAGGAGGTATACA
>1.22|1090224|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAAAGGCAGACAAATTAAAAATCAGATTTTAACTC
>1.23|1090290|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGGGTTCTATTGAGGCGAGGAAACTTATTAGGGAAAT
>1.24|1090357|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTGATCCCGTTACATTTTCACCTGTGTTTCTGTCAT
>1.25|1090423|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTAAATCTATCATATTAAAACCTCCATAATTAAAGA
>1.26|1090490|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTATGCAAGGCTAAGAATTACAATTGATACTTTGGT
>1.27|1090556|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CATGGAGCATACTGCAGATGTCTTGAAAAATGCTGA
>1.28|1090622|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACGGTTTACGCATACTCAGCGATATTCAGGGTTACGG
>1.29|1090689|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCCAACACTTTTAAAACCCGGTGCCGAAAAAATTT
>1.30|1090754|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCCGGCGCCATTTTCGTCTTGCGGGCGTCTTCTGGA
>1.31|1090820|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATTATGTTGACCTACGAGGATTTGGCTGATATTTA
>1.32|1090886|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGGATATAGCAATAAATGTTAATGTTGGAATGTTG
>1.33|1090951|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGTTTTTTCTCAGTTAATATTCTGTTAGCTTCACTTA
>1.34|1091018|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGGTTAAGATGCCATTTTTGGCACTCAAATGGTATGTT
>1.35|1091086|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAGAAAACGATTAAATACAAAGGGGTGAGGCGATGAA
>1.36|1091153|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTAAGTGTATAGATTTGACTTTACCAACAGAAGTGGA
>1.37|1091221|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTAGTATAGTGCTATATGCATTATACCTATTGTTTGG
>1.38|1091288|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTTTTGTCTTTGTTGCCAGAACTTCCTGGATTTTCT
>1.39|1091355|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATGGTTGGAAATATCGGTGGGCGTACTGCTGTTGC
>1.40|1091421|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CCATTTGCGTCTCTGACCACAGGCCGTATAAGGGAGGC
>1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACCTCCTTATATTTACTTTTTATTTTTATATGTAA
>1.42|1091554|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTCCTTGAACCCGAAGGCCTTCCTGAACCACAGGA
>1.43|1091620|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GAAAGGGAGAACTCTTTCATAGCCTTACCGAATGGAA
>1.44|1091687|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAATATAATGGTAATTAGTCGGTCTGGTATAATTGCA
>1.45|1091754|39|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCGGATATTTTCGGGAAAGATGCGGTGTTTGTGGAGATT
>1.46|1091823|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATATAAACATTTACTTTATTGCTTTTTGCCCAAGCAG
>1.47|1091890|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAAAAAAATGATAAAAGAATTAAAGCTAAAATATGA
>1.48|1091957|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGCATTCCTCAATCCTCCTTAACTTTTTATTGTTGTT
>1.49|1092024|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATATAAACATTTACTTTATTGCTTTTTGCCCAAGCAG
>1.50|1092091|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAGGGAGAATATGTAAAATTACTTCAAAGCAATCTTA
>1.51|1092158|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGGTAGCTTTGTTGATCATACCCTTAGGCATGAAGTT
>1.52|1092225|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTGCACGTCCCAAGTTTTCGGACGTGTCGCAAAACCAA
>1.53|1092293|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTCTCAATATTATCGAGACTGTAAACAATAGCGGGG
>1.54|1092360|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCGTATCATGTATTTAAGAAAAATGACGGAACTACGCT
>1.55|1092428|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCTGGTTTAATGATTTTCCTTACAGGTACTTATTTTC
>1.56|1092495|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAATAGTGGCGACATCTCAAGTTTTTACTAGGGTAG
>1.57|1092561|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATGGACCTCCAGGAATGGTCATAGTTATGTCGGTTCAA
>1.58|1092629|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATGGTATCAGTAAAAGTCATTTAAACAACTTATATAT
>1.59|1092696|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATTCAGAGGGAAATCGATATAATTAAAAGAGAAATCAA
>1.60|1092764|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGGAGAAGGAATAAAAGCTGTTCGTATGAGCTGGCT
>1.61|1092830|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATGTATGTAACCATCGAGGAGGACGAGTTCGCGGA
>1.62|1092895|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAGCGAAATCTCAATAAAGAAATTCATCCAGGTAC
>1.63|1092961|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGGTCTTATTATGACACTCTAGTCGATGAAGCGAT
>1.64|1093027|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCGAATTTCCCTTTCAACTACTACATCCTGCTTACAG
>1.65|1093094|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACGCAAACAAGGTAGGCGCGGATCTGATGATGCAAA
>1.66|1093160|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGGCCTAGATTAAGAAAGGCCTGCCACATTGCAGGAGT
>1.67|1093228|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAATAGAGGTATCTACAGAGGAAGTGGCTGTAGAGC
>1.68|1093294|39|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGTCGGTGAATTGTACACCTGCATCCACCGCATCATCAC
>1.69|1093363|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTACAACAAGTTTTGATAAAGCAATAGAACTTGCAC
>1.70|1093430|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATACATTAAAAGTAATAGTACACGTAAGCAACATAG
>1.71|1093496|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TATATATATTGCCACAAGGGCAATACATAGCATGA
>1.72|1093561|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTCTATTCCATATATTGACGAATCCGAAAAAACAT
>1.73|1093627|40|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TATACAGGACAAGGAAAAACAGTAGTTGTTGCTCAATCTG
>1.74|1093697|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATATATGGACTTTCGCCTGATGCGGTTTATTGCCGTAT
>1.75|1093765|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGCTTCTTTTTCATTATTGAAAATACCAACTACAAAA
>1.76|1093832|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATGCTATATGAGTTGAGGGAAAAATACAAGGGATTTT
>1.77|1093900|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTGTAATAAAAAGTTACAAAACAATAACATTCTATG
>1.78|1093967|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATATACCAGTTTATTCAGGAAACGGATTCAGAGGA
>1.79|1094033|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAATTCAAGTTTTTTAAAAAAGACTGATTAGAGGCT
>1.80|1094099|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CTATATGTTGTGATTATACTGAGTATAGCAATTTAGAA
>1.81|1094167|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGTTCTAGTGAGAATAAAGGAGCTAGGAGGATTCCAA
>1.82|1094234|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TATATAGTAAATATAATTAATGGAGGGATTGTAAATGC
>1.83|1094302|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGTCAATACCAAGCTCACCGCGGATTGCCAAAATAG
>1.84|1094368|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAAGTGATATAAAATTATAAAATTAATATTGACAACA
>1.85|1094435|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAATAGGAATAGTGGTGCTTTGGAATATTTGCACCA
>1.86|1094501|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGACCGGAAAGGGCGCGCCGGGGGCGGAAGAAAAA
>1.87|1094566|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CATTTTTAGGGCTGCCTAGTCCATCTATAGTAAGAA
>1.88|1094632|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAATAAACGGGAGTGAACGATATGAAACAACGAATTG
>1.89|1094700|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTGGTCTAGTATTCCATTCCTGCTTTATTCCTGTATTG
>1.90|1094768|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CACCTGAAAGGGTGACCACATCCTTTGACCTTTGCT
>1.91|1094834|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACCAGAAGAAGCAAGAGCGGTTTTACCTAACAGCT
>1.92|1094899|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACATCTATAGAAGTTTTAATTGACGACGCCACCGGA
>1.93|1094966|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATGCTATGAAGTTGTTGAGTGTAGGACTATTGCTG
>1.94|1095031|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGTATGATTTGTTTGGGTTGTGAAAAAGGTTGGAATC
>1.95|1095098|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCATGTCTGCCCCTTCTATAGATTTGGAAAGTATGA
>1.96|1095164|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGTCGGTTCCTTTAATTATTACATACCGACCGTCTT
>1.97|1095230|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTAGATATAGTATACGGGAAAAATATTCCCAAAAGAA
>1.98|1095297|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CCATCTGTGTTTATAAAAGAAAAAATTATTTCTATTAT
>1.99|1095365|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAAGATTTAAGGAAAGTGAGGTCGAACACGATGCC
>1.100|1095430|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CTGTGGCTGTATATGTTGATCCTGCTGTAGCTGTATC
>1.101|1095497|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CCCATAGAAACATTGAATCAAATTGGCTCTATCAATA
>1.102|1095564|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAACTTTATCGCACATTTCAACGATCACGAAATAGA
>1.103|1095630|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGACAAGAATCTTTTGACGAGTTAAAGGATTTTTTAAC
>1.104|1095698|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGTCATCGAGGTTGAATCGATCTTTGTATTCTCTGAAA
>1.105|1095766|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCTTCATCACTAACTAAACATCTACCTTTATTCGTTG
>1.106|1095833|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CCTATTTCAATATTTTGTCCTGTTGGAGCAGTTTCAGT
>1.107|1095901|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AATTAAAAAAGGAGGTAGTGAATATGAAGAAATTTT
>1.108|1095967|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTGCGGTTAAGCAAAGGGAGGTGAACGAAACCGAA
>1.109|1096033|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTTACAGAGGATGTCGGAATTGCCAAGCCACCTTGA
>1.110|1096100|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTGGGGCAAAAAAGAGGTTACCGTCAGTGGCACATA
>1.111|1096166|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGGGGATATACTTTCAGGCTTGCAGAAAGGGGGCTT
>1.112|1096232|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGTGTGACAAGTAACATTAAAGAGGATAATAACAA
>1.113|1096298|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAAGAAAGAATTAATAGTGGTTATTGCAACACAATAA
>1.114|1096365|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCACGAAAGGATACGATGGTACTATGTTTTATGTTAA
>1.115|1096432|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTTCAGGAATAGGTGTTCCTTTAAGCACATGATTCA
>1.116|1096499|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GACTAAATTTCCTGCGGGACTTTCAGCACTTCTTCT
>1.117|1096565|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGCAACGATACTACTAGGATGCATTGAAGCGACGTC
>1.118|1096631|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CCTGAGACGGACAGGGTTTTTAATGAGATAACATA
>1.119|1096696|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCAAGAGATGCAACAGGAAGGCGTATCAATAGCAA
>1.120|1096761|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTGGTTACAGCTTGGAACAAAGAGGTTTGGGAACTC
>1.121|1096828|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CATTCCTGTTGATTCTAGTTTTTCAACTATTTTTTC
>1.122|1096894|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CGGGGTTAGGTTCATTTGCGGAGAGCAAGGAAGCGG
>1.123|1096960|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TAGTCGGTATATAAGATTTTATAACAAGCCAAACAGAA
>1.124|1097028|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCAATTGCTGGCTTTATTAAAGCACTATCAGACGCTG
>1.125|1097095|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CATGTCCTTGGTACAGGAAGGAAATGGGAAGGAAGAA
>1.126|1097162|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATTCCTTGCCTATTTTACGATACCAAGCTGGCTTA
>1.127|1097228|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATTCCCTAGAAAAAGAAGTTGACTACTGTCCAGGGTG
>1.128|1097296|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTTACAAGTTATGCGTGGAAGATAACAGAATATTC
>1.129|1097362|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CACCATAGGAAAGGATATAGAAGACATAGAAGACATT
>1.130|1097429|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CTCTAATTGCTGCAATATCCTGTAGCCTATTTAGA
>1.131|1097494|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTTCAGTGCTATTGCGCTTTTAATGCTTTCGCCTG
>1.132|1097560|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCTTCTAAACACCTGACTTAATTCCCAGCTATTTCT
>1.133|1097626|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGTTGCATCTTATCTTTTATGTAATTAGCTAACATTA
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TATAGGATTGAATGTTCTGTAGGATTGCCGTCTTCTC
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CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP025197_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP025197_1

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>NZ_CP025197|1|1|1088796-1099162|CRT
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Neighbor Proteins Overview

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NZ_CP025197.1|WP_101299757.1|1078853_1080050_+|ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|378925
NZ_CP025197.1|WP_159063396.1|1099668_1099884_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
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HMMScan for Signature genes

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NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein	cas10	mkCas0133_cas10_CAS-III	9.7e-88	289.6	3.4
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rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP025197.1|WP_101299777.1|1101566_1103834_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|224124	COG1203, COG1203, CRISPR-associated helicase Cas3 [Defense mechanisms].	1.67229e-67
NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|224499	COG1583, COG1583, CRISPR system related protein, RAMP superfamily [Defense mechanisms].	2.89917e-31
NZ_CP025197.1|WP_101299779.1|1103865_1104588_-|CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273860	TIGR01895, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This family is represented by TM1800 from Thermotoga maritima. It is related to TIGR01868 (CRISPR-associated protein, CT1976 family).	1.4353e-19
NZ_CP025197.1|WP_101299753.1|1076857_1077574_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|224054	COG1131, CcmA, ABC-type multidrug transport system, ATPase component [Defense mechanisms].	1.3867e-83
NZ_CP025197.1|WP_101299774.1|1100907_1101405_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|366863	pfam01930, Cas_Cas4, Domain of unknown function DUF83. This domain has no known function. The domain contains three conserved cysteines at its C-terminus.	9.98324e-69
NZ_CP025197.1|WP_159063347.1|1087134_1087575_+|transposase-family-protein	gnl|CDD|379669	pfam14690, zf-ISL3, zinc-finger of transposase IS204/IS1001/IS1096/IS1165.	8.35587e-07
NZ_CP025197.1|WP_101299761.1|1082077_1083217_+|alanine--glyoxylate-aminotransferase-family-protein	gnl|CDD|223153	COG0075, COG0075, Serine-pyruvate aminotransferase/archaeal aspartate aminotransferase [Amino acid transport and metabolism].	1.74721e-92
NZ_CP025197.1|WP_101299751.1|1076181_1076538_-|nucleoside-triphosphate-pyrophosphohydrolase	gnl|CDD|212139	cd11532, NTP-PPase_COG4997, Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase (EC 3.6.1.8) MazG-like domain found in a group of uncharacterized proteins from archaea and bacteria. The family includes some uncharacterized hypothetical proteins from archaea and bacteria. Although their biological roles remain unclear, the family members show significant sequence similarity to the dimeric 2-deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (dUTP pyrophosphatase or dUTPase) and NTP-PPase MazG proteins. However, unlike typical tandem-domain MazG proteins, the family contains a single MazG-like domain.	2.93684e-17
NZ_CP025197.1|WP_101299749.1|1075260_1076010_+|TrmH-family-RNA-methyltransferase	gnl|CDD|349955	cd18082, SpoU-like_family, SAM-dependent rRNA or tRNA methylase related to SpoU. RNA 2'-O ribose methyltransferase catalyzes the methyltransfer from S-adenosyl-L-methionine (AdoMet) to the 2'-OH group of ribose in tRNA or rRNA. It is part of the SpoU family of MTases, a subfamily of the SPOUT methyltransferase superfamily. The SPOUT methyltransferase superfamily is a large class of S-adenosyl-L-methionine (AdoMet or SAM)-dependent RNA MTases which are structurally characterized by a deep trefoil knot.	3.18976e-44
NZ_CP025197.1|WP_101299764.1|1084067_1086914_+|glycoside-hydrolase-family-9-protein	gnl|CDD|376383	pfam00759, Glyco_hydro_9, Glycosyl hydrolase family 9.	2.86037e-81
NZ_CP025197.1|WP_101299755.1|1077605_1078814_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|378925	pfam12698, ABC2_membrane_3, ABC-2 family transporter protein. This family is related to the ABC-2 membrane transporter family pfam01061.	2.53831e-19
NZ_CP025197.1|WP_101299781.1|1104605_1105487_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	gnl|CDD|274215	TIGR02585, conserved_protein, CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This clade is a member of the DevR family (TIGR01875) and includes the DevR protein of Myxococcus xanthus, a protein whose expression appears to be regulated through a number of means, including both location and autorepression; DevR mutants are incapable of fruiting body development.	1.49299e-94
NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|187810	cd09679, Cas10_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas10. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Multidomain protein with permuted HD nuclease domain, palm domain and Zn-ribbon; MTH326-like has inactivated polymerase catalytic domain; alr1562 and slr7011 - predicted only on the basis of size, presence of HD domain, and location with RAMPs in one operon; signature gene for type III; also known as Crm2 family.	9.41116e-07
NZ_CP025197.1|WP_101299757.1|1078853_1080050_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|378925	pfam12698, ABC2_membrane_3, ABC-2 family transporter protein. This family is related to the ABC-2 membrane transporter family pfam01061.	1.23093e-16
NZ_CP025197.1|WP_101299770.1|1099892_1100885_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|274695	TIGR03641, cas1_HMARI, CRISPR-associated endonuclease Cas1, subtype I-B/HMARI/TNEAP. The CRISPR-associated protein Cas1 is virtually universal to CRISPR systems. CRISPR, an acronym for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, is prokaryotic immunity system for foreign DNA, mostly from phage. CRISPR systems belong to different subtypes, distinguished by both nature of the repeats, the makeup of the cohort of associated Cas proteins, and by molecular phylogeny within the more universal Cas proteins such as this one. This model is of type EXCEPTION and provides more specific information than the EQUIVALOG model TIGR00287. It describes Cas1 subgroup that includes Cas1 proteins of the related HMARI and TNEAP subtypes of CRISPR/Cas system.	4.70774e-162
NZ_CP025197.1|WP_101299766.1|1099427_1099691_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	2.91529e-29

Protein sequences

>NZ_CP025197.1|WP_159063347.1|1087134_1087575_+|transposase-family-protein
MDEFIKQLDPNLDYISHEIKDGKCYITVTSNRKEVTCPFCGWPSSRIHSTYNRTFQDLPVQGNKVFIIIRNRKFFCDNSDCNHTTFAERFDFISYKAKKTRRLEDEIVRLSINCSSITASKILKENVVDIGKSTVCNLLKKRNTGN
>NZ_CP025197.1|WP_101299764.1|1084067_1086914_+|glycoside-hydrolase-family-9-protein
MVKKFRRQAKVQIFLLVFCLLASIMASPLAVYSIPIDPEYNFAAGLQMVLYFYNANMCGPVTGDRLPWRGHCHMEDAEVPLIPMTEDYWGTNMSQEFIDKYRDILDPDGDGTIDLSGGYHDAGDHVKFGLPGSFSGSTVGWGFYEFRDAFEATGTAEHAKEVLRWFNDYYLKVTYRDENGDVIAYCYQVGEGNIDHNFWNPPELQHSKVLLDFSRPAYFATAETPASDQAAGAAASLAINYLNFKDEDPEYAEECLDTAIALYDFAVKYRGLGYDGGFYTSSYDYDEMAWAAVWLHIATGDWDYIEDIVKTDDEGFYTGYFQRIIAHPGDRWQNIWVHCWDTVWGGVFAKLAPITNTERDWYIFRWNLEYWSGIPHEDPSDTTFLAQSPSGYSVVNAYGSARYNTAAQLCALVYSKETGDMRFAEWSKGQMEYIMGNNPLNRSYIVGYGENHAKHPHHRAAHGSRTFSMLDPEEHRFTLWGALVGGPDLDDYHVDETTDYVYNEVAVDFNAAIVGAMAGLYTYYGEGHYPLENFPPEPDPVVEFYSEAKVEQENKERTQVTLKLNNYSAYPPRFETEFKMRYYFNISELIAAGQSIDDVTIEVYYDENKAGYDGPAEYKGPFKYDDGGTYYVEIDWTGRIIYGKREVQFAIIAAQDSNYNSNWDPTNDYSRDGLNFDDFVITEKVPLYIGDELVFGEEPEPAVVDPTPTSDPDDPGTTPSDSYSLEVEYKSGLTISETNDIRAAINIKNTGKTPVNLSDLVVRYWYTRDGDQEQRFSSPYAHVGSSNVKGVIKTIDEPVELADTYLEISFTEDAGVLGAGSQTGEIQFSIEKVDYEKYDQSNDYSYLEAKEFTENPNITVYVKSKLVYGNEPVEVPGGDIIYGDLNEDGMIDSVDAALLSRYILEISDGFPAPLESADLNGDGVVDSIDAVILGRYVLEIITSFPVNK
>NZ_CP025197.1|WP_157942989.1|1083636_1083795_-|hypothetical-protein
MSYDERAGAVAAASSGGLFAGPLAIFFIIILIIILLPLFGCGGYGVGGFANE
>NZ_CP025197.1|WP_101299761.1|1082077_1083217_+|alanine--glyoxylate-aminotransferase-family-protein
MKSTEFKDLILFITGPTYIRPEIRKAGTYCEFGHRDKVAKVKIESILTNLRKLAGVSEDYEVCLISGSGTFAMEASIRSLAKDDENILNVSVGAFGDLYNKIAVANKRNVDLLKFKPGKAIDLDVLEEKLKSKKYDVVTFTHNETSTGVTNDMVEVCKLIQKYGAMTLVDGVSIFGGVKVPFEEAKPSIYVTSTQKCLGLPAGFGIIFVHKDALEKAKTVENRGYVTDLVSIAASAQKSQTVTTPNCTLINQMEEQLKYIVEEEGIENRFKRHEEMQKMVADWLENSLSDDFKFFSQEGYRSAVVSAIEIPKYVDRMAIKESMRERGYLFDPGYGGLNKKLEESGENLNIRIGHMGDITPEMLTKYLEELEIEIKKFKP
>NZ_CP025197.1|WP_101299759.1|1080076_1081816_-|hypothetical-protein
MSNKSGSKKVVLFGGIIVFIVAAALTVLAFTSNAFKSPKQVYLSTEGRYAKKIIENLKEEGAFLGNIKKLSEHSHETEREYSLSIDLDTSKINIPIGGSIDLTSITELLDNSKLVINEKSNPEKNQKITGIDVLINNTKLIDFIAAFENDIFALSIPVVFDKYIVADLSKPEDAIKDSDLKNLYNKLSPAANVITPKGILKSLSFDEKNSDRVKKNYKKVLNESINKEQVSLEKNVPFKVGEFDLKCSKLTIKFEKSDLQRLVANIMDATAESDAVYELTKENIKNIYEFLKNTEYSDELGDIQDIEADFTKEKFKKGINEIKAKLEKAFDNFELPDGINMSIYINKKEIVGRTIDTKFKTPASDNTLNLSVDFKGVSEYKNKNIKNLEIEFGFSGDSSSVSNVIFEYTLDGNIDRGTESGKKHFSIAAGTGGISTKIFKLDADYNVISNAKSNSKESSHDYKISIGVPMMFSVNADGSLTVNTWEKPKEKQFGKDVDFSINLDIPENMLLDKTSLGVGFSSKTKNTLDVEFDFPSFNPENSIDITNASEEEISQLKKEIEESVIKFLQNNEELIKLFQ
>NZ_CP025197.1|WP_101299757.1|1078853_1080050_+|ABC-transporter-permease
MRRFFLCVSTYMKLIFKNVYFTVIAIIFPVLIGGIYGYTAYKGDASVIRTAFVDNDNTNLSLELYERIKKKEGLEVFETSLEEGKIMLEAGKVEAVFVLKEGFEESLYNLDTDSLVEIYILPSSFSGAFLSEIISSEIMVINSKLLSNALITEKFEELNFYKERLAERINEYYIKLTEEEPLMQVEYEIVNASHTFEESKKLIDSQKYMVYGGLLMFIMFFLMFGSSWIIEEKESGVLKRFKTMEKGFIISFWARFFCLVISGVFQAAVFVVINAFFGTIVFNEPRIFLALLIFIVTASSMAVFFASVFKTATRLNAFTPVFVLLTSFAGSCFVDISLLSDTFEKVSLLTPQGITLKALNEIFIDRNSLEWFRYSGILIPLSMLLLSVSYPRLKALSK
>NZ_CP025197.1|WP_101299755.1|1077605_1078814_+|ABC-transporter-permease
MKVFINILINDIKLVLSDWKMLVIIFAMPVLLILYFSYAVYPVLKEDTVVQPVSVAVVDKDNTIESRILISQLEEIELIGKIHRVSEEESLSLIDENKIAAAIIIPEGFVSSVVSGDNKSISILGNVEKEQQAMIIKTLITGAANIVSSGQAVLYSYYKFVNETGVARDELNREFDTLTQDIIMKSLDRNSVVSEIKTYPGDNLTATEYYTASLLALFLLFSAVPVSRFLLTERIWGIRSRLATTNAGGVRILTSKLIVSLLISIFQMSLIIFITSKIFKNYWGAGFFIISAVFISGVFAVSCWSLFVLVVSRDQRQFEIIRSMGILLMALIGGSIYPIAKMPDKIRVLSTFTINRWIQEGFMKVFSGERYPDVSYEIMCLVMIGAVFAVSSAVIYKIKKAG
>NZ_CP025197.1|WP_101299753.1|1076857_1077574_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MPEDTFVKVKNLKKSYGNVEALKGISFEIKRGEILGIVGPNGAGKSTFFSILATISKANSGDIIVDGKSITKDKQYIKKNIGYVPQEIALYYSLSGWDNLNFWAGIYGLSGKEKRVAVENAISDMNLQDVIKRRVDTYSGGMKRRLNIAIGLLHNPMLIIMDEPLVGVDIISKRKIMDKILKLKLEGRAIVFSSHSTDEVEKLCDRIVLLEEGRVKTCGKLDDILKEYNKDSLEDIFI
>NZ_CP025197.1|WP_101299751.1|1076181_1076538_-|nucleoside-triphosphate-pyrophosphohydrolase
MRSPNYSSLSNTLIRDKMPKYIEKSGKKAIIEKVRETDMIFYLNMKLREETTGYEDERSVEKIADIVEVLYAILDYKGVSLSKFEKVRAKRANQLGKYKERLLLKEIVEEDLSDASSQ
>NZ_CP025197.1|WP_101299749.1|1075260_1076010_+|TrmH-family-RNA-methyltransferase
MTEKIKKYNKNSNYSYALGAFPTFELIKSKPDALFKVIVSTSFVDNDNYLKILEYCKNLNVEVQVNDKLINRLSPKDNCYVIGLFKKYTSSLDENKSHVVLVNPGNMGNLGTIIRTILGFEIDNLAIISPGVDIYDPKVVRASMGAVFNVNFQYFDSFEDYLNFFKHHEVFTFMLDGKYSLQDFNGYGKPLYSLVFGNESSGLGDEFQNYGKSIRINHSEKIDSLNLPVSIGIALYQFSKDKFCGCKEK
>NZ_CP025197.1|WP_101299766.1|1099427_1099691_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MFVIMVYDAGERRNAKLLKIGRKYLHWVQNSVFEGEITEANYFKLKAEVKQRIHDTEDSVVFYTFRSTRYTNREILGKKIDPGNLIL
>NZ_CP025197.1|WP_159063396.1|1099668_1099884_-|hypothetical-protein
MHDITDIMVNGMLDDMMDDVMNGMTDSVTDNTTDCMTNDVRNDVMDDMDDGMINNRCIYMEGGKCVCNYGI
>NZ_CP025197.1|WP_101299770.1|1099892_1100885_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MKKSAYIFNNGELKRKDSTVLFESDGVKNYLPIEDITDIYVFGEVTVSKKFLEIASQKEILLHFFNYYEYFVGTYYPREHYNSGYMILKQAEYYLDTSKRFFLAKMFVYGASRNILSVLKYYHKRGKDLEKEISTIESLTDRIDSASEISELMAIEGNIRDIYYDGFDKIINDELFEFKRRTKRPPLNRLNSLISFGNSLLYTCVLSEIYKTHLDPRIGYLHTTNNRRFTLNLDVAEIFKPIIVDRTIFTLTGRKMLSEKHFEKKAGGVILNDAGKKVFVSQFNEKLKTTLMHKSLGREVSYRRLIRMELYKLQKHFMGEENFSPYIASW
>NZ_CP025197.1|WP_101299774.1|1100907_1101405_-|CRISPR-associated-protein-Cas4
MEGGISGTLIWYYYICKREVWLISRALEPDQEDENIVIGKFIHENSYSREKKELDFGNIKVDITDNKDGSIIVQEIKKSSKFIESARMQLLFYLYEIRKTSADTKGILLIPEEKKREEVILDEESEEKLEKAIEDIKKIVSMEKPPKAEKIKYCRNCAYSEMCWA
>NZ_CP025197.1|WP_101299777.1|1101566_1103834_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MYLAKPVKNEEGLYEYHVKGCIDIFNFEIKNKYSAFEKVLSKCNVSIDEFIENMRNAIAFHDFGKLNNYFQDYMNRKADEKKLTGVKHFRHEVLSCLFLIEAFLKKENKNVFFPYDVLSVLGHHKILTKDLKSFEREILWDDKWPDIPKEAMDLAVETAKSFGAEVFSEYKIQNKQIANKVLKAIIEKSSREFEKDRKNLRVLYSLSKGLLHNCDWISSSTKNEYEKAYTLNTTPSVIENNLKNKLKSENKKYVKRRFHKLCAESKGSNIVIAPTGSGKTEAALMWALNLKPGKVIFLMPTMVTSNSLYERLSTNYFPSEICGLTHSGAETYFFDKLRKNDEEETYDKFAMLHQKAFLPPVMVSTVDQLLTTGFNTGFWTQKEYALLGSSVIFDEIHAYDSYTIGLITSTVKKILDFGGKVLLMSATMPEFLKKHFLNLLGLKNAVVAEEFMDRVSNEWIYIDKDLPEIRENILEEISNGKKTALIVNDIETAKKEYKFFSGKGIETLCLHSEFTLEDRNKKEKILTQKDGHPYQLIISTQVIEVSLDISFDVMFSECAPIDSLVQRAGRCNRHGLIEYGRFYVFNPSEISLKWVYKRQQDIMEKTKDVLKNNTGKLSENDIASLVEEVYKDFDLYNEDYNSGAKIFDEILQKHEFFDLNILEEDEKLLTRKSDIIKIPIIPANQYKEKVEEHFIKKQYKLIPLYEVPVSINKFKKYIQRKIIDNKFKLPLFSVDYNSDYGIDYEKEEETSFFSL
>NZ_CP025197.1|WP_101299779.1|1103865_1104588_-|CRISPR-associated-protein-Cas5
MNGLMVKLYAKTASFRDPGAQLYHDTVPLPPPSTIVGIAGAALGLSFEDALSFFKENKIKVGCTGKSNGKGRDLWNYIKIKSKDFTHAIILRNFLYDVAVNIFYACEENEVILKLYNAFSNPVYALTLGNSDELAKVCCLNIFENIKIEQRNVLKNTWAPGDLSKKLKIDWDTVKKSKVNITLEPLVVKNLPCDFETDKKGVRKATKYKDITFIGENHLLQTETETFLFADQCVPMLEIS
>NZ_CP025197.1|WP_101299781.1|1104605_1105487_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR
MKDAKAITITYLTKASYSSLNGADKEADNIVSIKKIQKNDGKEYPYCSSQAIRRALREQLSSMGWELSETTVAKQKKGAASTLCEPSKYIDDDLFGFMNADSKETVKRTSPVRVSPLISLEEYKGGMDFGTNYMSVKSGGNPNIFETEIHSGFYAGTILIELDRIGVKSAGDLYELDLSLSERKKRAKALIDAIQNLWTVGRQSRFLSDISPKFVASAVLKVKNPIFLECVSVDNGNVNLDLINNTIKDFSKYILDYAVGERKGFFARDNNGLLPLGECFDKINSWIEEYYTD
>NZ_CP025197.1|WP_101299783.1|1105490_1107155_-|hypothetical-protein
MKYSFNLRRHWWFDAGIAGLYTISKSGDERLRKFNVNVTATSLGLDFEGADQDTIRSFLETCYEILAERHWNISTVKQKENPELVVYDKENDTISLMPKRKPAPIVSMFVGARSWRGDGIPYKELKEPLKSRVDEFLEKNKTKLWGSDNKLLYSQPVCHQILKILPETKKSGKEETCSVCGNKSKFLSEVGQPSFLLFASSNATKSFNSQGKNPAKICWECDFISKFAVESASYKQTGDSTFIIQVTSPDTEKLIEMQKEFGSLSSMRTVDDKYYYSNIGLDADSLIRYCKKPHELLWSFMVEKYNLLARESTKEEQTDEPLEDDFLKDFLESISASTVQIYLLYTVDSGDTFLTKNLILYDDLGYFFRLIHHMKQNHVDIKKVFNSLYEENNLFREKILKNVLKKHSILRLMEQISFKKVLAEEPVSMNNILNFTTEYQKIIRGDNMNKEQIETAVNLGKQIVIQAVERAKAENESEKQALKKIKGDLYQLRKSRTRTDFLGQLNNLQFKYGISVSNHILDGLLEEADFEDFRSYCILGALNVYNTKNRNKEE
>NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRCIITLDFDTSLVLPLNYNKILQGFIYRNIADRDLAEFVHDRGFSYGKRNFKMFTYSRLLGQYTIDKRSKKIIYKPPVQLVVSSCYEDFFIDLSVTLLKKKVEIAGTECCVSKMNILVEEPKGIQKIKMLSPVTAYSTLNNGKTVYYSPDDYNFKRIIKENIIKKYIAFFKEEPPGMDFEIECSNNKFKKVVTNYDGFIIEGWMGSFFLKGNTNMIKLAYDTGIGGKNSQGFGCFELI
>NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein
MGFLNILEVSRKQYYIFKSNKLKENIGASEIIAFVTEELPQEICKKHNGSIVSSGGGNVIFYFENEDDNKNFTKEYSKYLLNEFPMLEFFITSIEFDPCKSQIIGKIRELYTKLEKKKAKRDQYSYIVDFGITEKCSSTKLPAIKKDKNSKEFYSGESWSKVKMYKDNEDKFKKYAIDIKDLGISKNEKSYIAITYIDGNRMGKRIKKLRDKYQEKYTENNVKEVNDEYIKAFNDFSEEVKTAFEKAYDKMVEVVKSKSEYLIKSGLNIKEGVVPIRKIILAGDDVCYITDARIALECAYIFINELEKHYAGGEKITAGVGIAMVKEKYPFFKTYELAEELCKNAKSGIPDEANESRIDWHIVQGEYNNNLTEIREVIYKTHDNKNLSLRPLVISENSNYINQYILFKKDIENIQNKVPRSKVKGMLKEMKKGEKHLDTYIEINQLYKALGEHRIGAKTGFVDGKCVLFDAIEVMDYFISLS

Crispr_ID: NZ_CP025197_2

• CRISPR_ID: NZ_CP025197_2
• CRISPR_location: 1118805-1131787
• CRISPR_type: TypeIII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 194 spacers
• Cas_protein_info: csx1,csm3gr7,csx19,csx10gr5,cas10,cas6,cas8b1

Consensus repeat of NZ_CP025197_2

Consensus_repeat	Method
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	CRISPRCasFinder
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	CRT
GTTTCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAAC	PILER-CR

spacers of NZ_CP025197_2

>2.1|1118835|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT
ACTGGAAACCAAACAGAAAAAATTAGCTGAAAAAGC
>2.2|1118901|39|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTTTGAACCTATAAGTAAAGATGAATTATTTTCTGGTAT
>2.3|1118970|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TCTTTTTTGGTTCGAAATATTCTCGAACCTCTTTCAG
>2.4|1119037|34|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TCATGTCAGCGTTTGTTAGTATGAAGTATTCAAG
>2.5|1119101|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTAGTCTTATTGCTATTTTATGTTTTAAATCCATTT
>2.6|1119167|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AAAATATACTATCCAAAAGTTCAAATGAAGCCTCAGG
>2.7|1119234|38|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TATTTTATCGATATGTAGCATATAAGTTGGACTTTGTT
>2.8|1119302|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CCATAAAAGTAACATTTAATGATTATGTGTGCGACA
>2.9|1119368|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TCTTCTGTGGTCGGATTAAAATCGATGACAATTTTCA
>2.10|1119435|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTAGGTATATATATTTTTTTAAGGTCATTAAATCTAA
>2.11|1119502|65|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TCAATTCCTCATAGGTACTGTAAAAACATGTGACGTACTAGAAATACAAATATGTCCTGACACAG
>2.12|1119597|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AGGTTCATACTTATCCTCTTTCCATGAGTAACTTTC
>2.13|1119663|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CAGAAGGAGCTACCTCCTTACCTGAAGGATTTAGGTT
>2.14|1119730|39|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
GACTATAACAAACCATCATCTGTACTTGTCGATGAAGTC
>2.15|1119799|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
GGAGCGTTTCGGCGTAATGATTACCGACAAAGGCAA
>2.16|1119865|38|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CCCGTTTACAGGTTTATACAACGGCAACAATTTCGAGA
>2.17|1119933|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
ACAAGGTTTACATCGTGTGGTGTACAATTAATCACAT
>2.18|1120000|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TAGGTTTTAGGAATACTGTAGAGAGTGCAATTTTAG
>2.19|1120066|40|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CTTTAATATACCATAAATAAACAAATATACAATATATTGC
>2.20|1120136|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AATAAAACTGGTATTTTATCTAATATAATAGGAGGTA
>2.21|1120203|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AAGTTATAGGAGGTTAAAAAATGAAGAAATATCAAG
>2.22|1120269|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CCTGTTGAATGGGTCTGGGCGGAAGATCCTAAATA
>2.23|1120334|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CAATTCAAAGAATTTGAGAAAAATGCTTGACAAAATA
>2.24|1120401|38|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
GTTTATGATGACGCCCGAGTTTTGGGCAACGCAGTGAT
>2.25|1120469|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTACTTATGATCAAATGTTAGTTTTAAATAAAAACTT
>2.26|1120536|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
GTTAAATTAGGCAACAATGTAAAGTTTTGGCCTAGGT
>2.27|1120603|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AATTCGGATATTTTTATGCAAAAAATTAAGTCACAAT
>2.28|1120670|38|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CAGAATGCCTCGCACGGTTTCATGAAAAAACGTGCGGA
>2.29|1120738|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TACAATTTTAACTGTTACATTCCCTTTGTAGGATTT
>2.30|1120804|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TGAAAATTCAAACGAACTACAATTTTAAGCATGAGGA
>2.31|1120871|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
GTACTTTCACCTCAACGACGTTTAGAAGTTTATTTAA
>2.32|1120938|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AAACCGAATGAAATGGGAAGTGGGTAGAGACATTTA
>2.33|1121004|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TCGGAACCCCCATAAGTCCGGCATTTTCAATTATGC
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GTTCAGACACTTAGAAGATTGGCTCAAATTCAAATA
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CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP025197_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP025197_2

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Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP025197.1|WP_101299799.1|1115832_1117155_+|TIGR02221-family-CRISPR-associated-protein	csx1	cd09732_csx1_CAS-III	gnl|CDD|187863
NZ_CP025197.1|WP_101299797.1|1113765_1115814_+|TIGR03986-family-CRISPR-associated-RAMP-protein	csm3gr7	cls000253_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|274902
NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|224499
NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein	cas10	mkCas0133_cas10_CAS-III	gnl|CDD|187810
NZ_CP025197.1|WP_101299808.1|1133938_1134940_+|stage-V-sporulation-protein-AD	unknown	unknown	gnl|CDD|183504
NZ_CP025197.1|WP_101304076.1|1132324_1133185_+|DUF421-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225205
NZ_CP025197.1|WP_101299821.1|1138557_1139715_-|D-alanyl-D-alanine-carboxypeptidase	unknown	unknown	gnl|CDD|224600
NZ_CP025197.1|WP_101299810.1|1134971_1135325_+|stage-V-sporulation-protein-AE	unknown	unknown	gnl|CDD|131886
NZ_CP025197.1|WP_101299819.1|1137104_1138400_+|glutamate-5-semialdehyde-dehydrogenase	unknown	unknown	gnl|CDD|234685
NZ_CP025197.1|WP_101299783.1|1105490_1107155_-|hypothetical-protein	cas8b1	mkCas0195_cas8b1_CAS-I-B	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101299791.1|1110479_1112069_+|CRISPR-associated-protein	csx10gr5	cls000715_csx10gr5_CAS-III-D	gnl|CDD|131722
NZ_CP025197.1|WP_101299817.1|1136690_1137011_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101299793.1|1112068_1113391_+|hypothetical-protein	csm3gr7	cd09726_csm3gr7_CAS-III-D	gnl|CDD|187857
NZ_CP025197.1|WP_101299801.1|1117144_1118587_+|TIGR02710-family-CRISPR-associated-protein	csx1	cd09747_csx1_CAS-III	gnl|CDD|187878
NZ_CP025197.1|WP_101299815.1|1135869_1136505_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378211
NZ_CP025197.1|WP_101299806.1|1133458_1133938_+|stage-V-sporulation-protein-AC	unknown	unknown	gnl|CDD|131885
NZ_CP025197.1|WP_101299795.1|1113396_1113762_+|hypothetical-protein	csx19	mkCas0124_csx19_CAS-III-D	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101299804.1|1132106_1132313_+|DUF1657-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377932
NZ_CP025197.1|WP_101299812.1|1135380_1135590_+|DUF1657-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377932
NZ_CP025197.1|WP_101299789.1|1109812_1110487_+|hypothetical-protein	csm3gr7	mkCas0198_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|377130

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP025197.1|WP_101299799.1|1115832_1117155_+|TIGR02221-family-CRISPR-associated-protein	csx1	cd09732_csx1_CAS-III	3.7e-81	267.7	5.8
NZ_CP025197.1|WP_101299797.1|1113765_1115814_+|TIGR03986-family-CRISPR-associated-RAMP-protein	csm3gr7	cls000253_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	1.6e-129	428.5	30.9
NZ_CP025197.1|WP_101299793.1|1112068_1113391_+|hypothetical-protein	csm3gr7	cd09726_csm3gr7_CAS-III-D	2.9e-33	110.5	10.6
NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	1.6e-41	137.5	5.1
NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein	cas10	mkCas0133_cas10_CAS-III	9.7e-88	289.6	3.4
NZ_CP025197.1|WP_101299801.1|1117144_1118587_+|TIGR02710-family-CRISPR-associated-protein	csx1	cd09747_csx1_CAS-III	4.1e-118	389.2	1.4
NZ_CP025197.1|WP_101299791.1|1110479_1112069_+|CRISPR-associated-protein	csx10gr5	cls000715_csx10gr5_CAS-III-D	9.3e-18	59.2	0.1
NZ_CP025197.1|WP_101299783.1|1105490_1107155_-|hypothetical-protein	cas8b1	mkCas0195_cas8b1_CAS-I-B	1.1e-29	98.1	11.4
NZ_CP025197.1|WP_101299789.1|1109812_1110487_+|hypothetical-protein	csm3gr7	mkCas0198_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	3.4e-49	161.9	0.0
NZ_CP025197.1|WP_101299795.1|1113396_1113762_+|hypothetical-protein	csx19	mkCas0124_csx19_CAS-III-D	2.5e-38	125.7	6.4

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP025197.1|WP_101299799.1|1115832_1117155_+|TIGR02221-family-CRISPR-associated-protein	gnl|CDD|187863	cd09732, Csx1_III-U, CRISPR/Cas system-associated protein Csx1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Protein of this family often fused to HTH domain; Some proteins could have an additional fusion with RecB-family nuclease domain; Core domain appears to have a Rossmann-like fold; loosely associated with CRISPR/Cas systems; also known as TM1812 family.	4.27147e-63
NZ_CP025197.1|WP_101299797.1|1113765_1115814_+|TIGR03986-family-CRISPR-associated-RAMP-protein	gnl|CDD|274902	TIGR03986, CRISPR-associated_protein, CRISPR-associated protein. Members of this protein family, part of the larger RAMP family, are found exclusively in species with CRISPR systems, in local contexts containing other RAMP (Repeat-Associated Mystery Proteins).	8.24542e-115
NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|224499	COG1583, COG1583, CRISPR system related protein, RAMP superfamily [Defense mechanisms].	2.89917e-31
NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|187810	cd09679, Cas10_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas10. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Multidomain protein with permuted HD nuclease domain, palm domain and Zn-ribbon; MTH326-like has inactivated polymerase catalytic domain; alr1562 and slr7011 - predicted only on the basis of size, presence of HD domain, and location with RAMPs in one operon; signature gene for type III; also known as Crm2 family.	9.41116e-07
NZ_CP025197.1|WP_101299808.1|1133938_1134940_+|stage-V-sporulation-protein-AD	gnl|CDD|183504	PRK12404, PRK12404, stage V sporulation protein AD; Provisional.	0
NZ_CP025197.1|WP_101304076.1|1132324_1133185_+|DUF421-domain-containing-protein	gnl|CDD|225205	COG2323, COG2323, Predicted membrane protein [Function unknown].	8.17128e-48
NZ_CP025197.1|WP_101299821.1|1138557_1139715_-|D-alanyl-D-alanine-carboxypeptidase	gnl|CDD|224600	COG1686, DacC, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase [Cell envelope biogenesis, outer membrane].	9.32704e-134
NZ_CP025197.1|WP_101299812.1|1135380_1135590_+|DUF1657-domain-containing-protein	gnl|CDD|377932	pfam07870, DUF1657, Protein of unknown function (DUF1657). This domain appears to be restricted to the Bacillales.	5.19876e-07
NZ_CP025197.1|WP_101299819.1|1137104_1138400_+|glutamate-5-semialdehyde-dehydrogenase	gnl|CDD|234685	PRK00197, proA, gamma-glutamyl phosphate reductase; Provisional.	0
NZ_CP025197.1|WP_101299791.1|1110479_1112069_+|CRISPR-associated-protein	gnl|CDD|131722	TIGR02674, cas_cyan_RAMP_2, CRISPR-associated RAMP protein, Csx10 family. CRISPR is a widespread repeat family in prokaryotes. At least 45 different protein families occur in prokaryotes only when these repeats are present. This family, a minor CRISPR-associated protein family, seems largely restricted to the Cyanobacteria. It belongs to the RAMP superfamily (pfam03787).	9.97561e-11
NZ_CP025197.1|WP_101299793.1|1112068_1113391_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|187857	cd09726, RAMP_I_III, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; RAMP superfamily proteins.	3.07356e-13
NZ_CP025197.1|WP_101299801.1|1117144_1118587_+|TIGR02710-family-CRISPR-associated-protein	gnl|CDD|187878	cd09747, Csx1_III-U, CRISPR/Cas system-associated protein Csx1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Protein of this family often fused to HTH domain; Some proteins could have an additional fusion with RecB-family nuclease domain; Core domain appears to have a Rossmann-like fold; loosely associated with CRISPR/Cas systems; also known as Cas02710 family.	1.89876e-122
NZ_CP025197.1|WP_101299815.1|1135869_1136505_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|378211	pfam09580, Spore_YhcN_YlaJ, Sporulation lipoprotein YhcN/YlaJ (Spore_YhcN_YlaJ). This entry contains YhcN and YlaJ, which are predicted lipoproteins that have been detected as spore proteins but not vegetative proteins in Bacillus subtilis. Both appear to be expressed under control of the RNA polymerase sigma-G factor. The YlaJ-like members of this family have a low-complexity, strongly acidic, 40-residue C-terminal domain.	3.46137e-17
NZ_CP025197.1|WP_101299806.1|1133458_1133938_+|stage-V-sporulation-protein-AC	gnl|CDD|131885	TIGR02838, stage_V_sporulation_protein_AC, stage V sporulation protein AC. This model describes stage V sporulation protein AC, a paralog of stage V sporulation protein AE. Both are proteins found to present in a species if and only if that species is one of the Firmicutes capable of endospore formation, as of the time of the publication of the genome of Carboxydothermus hydrogenoformans. Mutants in spoVAC have a stage V sproulation defect. [Cellular processes, Sporulation and germination].	3.56357e-68
NZ_CP025197.1|WP_101299810.1|1134971_1135325_+|stage-V-sporulation-protein-AE	gnl|CDD|131886	TIGR02839, stage_V_sporulation_protein_AE, stage V sporulation protein AE. This model describes stage V sporulation protein AE, a paralog of stage V sporulation protein AC. Both are proteins found to present in a species if and only if that species is one of the Firmicutes capable of endospore formation, as of the time of the publication of the genome of Carboxydothermus hydrogenoformans. Mutants in spoVAE have a stage V sproulation defect. [Cellular processes, Sporulation and germination].	2.98604e-47
NZ_CP025197.1|WP_101299804.1|1132106_1132313_+|DUF1657-domain-containing-protein	gnl|CDD|377932	pfam07870, DUF1657, Protein of unknown function (DUF1657). This domain appears to be restricted to the Bacillales.	9.53832e-12
NZ_CP025197.1|WP_101299789.1|1109812_1110487_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|377130	pfam03787, RAMPs, RAMP superfamily. The molecular function of these proteins is not yet known. However, they have been identified and called the RAMP (Repair Associated Mysterious Proteins) superfamily. The members of this family have no known function they are around 300 amino acids in length and have several conserved motifs.	9.55289e-11

Protein sequences

>NZ_CP025197.1|WP_101299801.1|1117144_1118587_+|TIGR02710-family-CRISPR-associated-protein
MFCEEQLAQKTKVWKGMERSTDEQRKLAEDYYKFEIMPIVIDCFLQKYQKEEPCESMVLTLGTSYEPLVLSILALKPKKVLILYTEQSFHLLDDVIEFTKLKPTQYKATEVDSESPLQLYQEIKKAYERWGRPEDIYVDFTGGTKSMAAGCAMAGSAIGAKLIYVPGKYLTHLRKPEPGTEKLFYVDDPYTVFGDIEREQAFCLFNEMDYISAYRIFDELEKKVPNSKEDDAFKYLSKAYSGWDSLDISEAKINLSKCYDIILKKGKLEKNLVLLQHEQKIKDQIEFLEVLEKLHCREKGDKEFIFNNIGYLIANLYQNAVRREAKERYEMATLLLYRILETIEQKRLWNYGIDTENADFSKLGYSDEELREKINAIRIKIKGFNEIEHLDKKVSLMAGYILLAAIGDDIIKNKKTAQLNRLKHKVDLRNKSIFAHGYEFIDKKKFEEFKDLVVEYMNLFFELENINKEKMLSVCEFIRL
>NZ_CP025197.1|WP_101299799.1|1115832_1117155_+|TIGR02221-family-CRISPR-associated-protein
MGVKLFTFLGTNDYKETEYFFGDESSTKSYKSRFTQEAIVKTLEIPELEVIVFTTEEAYQKNWIPKDEGLKSKLENANVKCKNIMIPQGKTNEEIWQIFNLVYENIEENDEIYVDITHSLRSIPVVFMSVLNHAKITKGCHIKRILYGAYEVKEEDNRSPIFDLILFDKITDWSFGVDQLISTGESEKFCSAAEETLKPLKSQTQGKDELVSLTEKCAKKIKEFYTDLKLAQGKPIQKNGVELKNLLDEIKELNKDERLEIKPFYDILEKIENQVDFFEENNLVENILGCAKLCVKFGMYQQAYTFLLENIINYICLEAGLDWNKLKDRENVAKVIGLKNLAVRKEKNYEKGQESGDKETSDKETELQNLKDKLGFITEDIAKYYDKLGQYRNTLNHAGFRENPLSKKKVLDEINSFISEFEKLFLEKEILEEGEKEHVL
>NZ_CP025197.1|WP_101299797.1|1113765_1115814_+|TIGR03986-family-CRISPR-associated-RAMP-protein
MAKNNTKPAFKSKAPYNFIGLENFVLDRCGDEKELSMHGKYHENLKTGYLTYEIETVSLLHISDGDGKLFKNPEGKYVIPGNTIRGMTRYNASIFSFSSVINEAHGKEDIKNRRFYFRTFASKDTEMSKWYKIKTGLKQYKRSGYRFSILEKVHAGYMRKRGNEYIITPAVKLENTRTREGNQPGKMHSYTPIHEYELRSKNISGIKYLYKSGLKREDYKKKEKLKENRESNFAPYYCDINYSINNGKAQVDINGKHKGTIANSDYIEGKVHHYLIFEEDRESAEIVITKEQAELYEEDLNYTNKLHGKKHSYYALPKNGEVKPVFYIKDDEGVVFGFTPYLRLSAKGSIHDGIPKAHMEYEGVDFVDAMFGWKDFKTKLSFQDAVCESDNPRLTENYEIVLGEPKPSWYRGYLKQRKENSLESYNTEGFEIRGRKFYWMKKDIEGKNIGNREDSESKISTVIKCYDEKTKFKGKVVFENLSDEELGLLIYSLKQGDTEGYFNIGKGKPYGFGKCKIKITGLKIEDINAKYSSFNPDFEKSEEIEKYIDSFKKYIVENYKKKVNSVNEIKSYREFELSKKTIENDKAKYMKVGDFAKKAELPDIEDVINEDGDVVSNKMGSGKMGSDKERNHNGAGRKNDYKKHKNKTSGSGDRGYGKYNEGRNRNLNTNAFDILKNLKLDD
>NZ_CP025197.1|WP_101299795.1|1113396_1113762_+|hypothetical-protein
MKVNSVGIEKISTLIEEFNEFIIYYFDRLNAGKGKAGIDLDSVNEAFFFDGSRCLHIYREDEIKGLLYEEDGSEEILEEEQIVKFRGIKKIIVKKYIEYDEDNQAYISMILPSKLVFQEVE
>NZ_CP025197.1|WP_101299793.1|1112068_1113391_+|hypothetical-protein
MIYKSKLTETVKYEVAATNISPVSVKDGEDNIKIDELTGKAYIPGTSIAGAFRDFYEKNIDRNSDENNNVLFGGKKTGMSSVVFYDAYFTDATQKEVISSRPGLKIDRERLTGKIFSGSKGSKFKRQFLNEGINFIFTFELNNYEASPEFDKMQKDFEELLKAFLHGEIPLGNNKMIGFGRFKGEKVLKKVVNFESMEGILSYLLKEDGKTTDITEKIMGEEYISPKVQFKVKAKTLTPLLIKDEVVRLSDKPDGINIKNAKGNEIIPGSSIKGALRTRAEKISKTFPQINEEIISNIFGIESKKDEGRISRFNCFDVELKHVKRGVYNKIKVDHFSGGVEQGALVKEETVMGDLELICTLDKSELGDYTKEVGLILLVLRDLCIGNLNVGSGYAVGRGFVKAETLEIIDNEKLLYYFDSPDKEVEQKFNRYISELMKQG
>NZ_CP025197.1|WP_101299791.1|1110479_1112069_+|CRISPR-associated-protein
MYKYLQFDIEALDNLKLGKFERDANNEYTYSYIPGSVVKGAVVWDIASKKGEVPTEILNGDTIFYNAYPLINDMPAIPMMQGYVGDKQEIRGNKETITIKHSFSADIGENVIPYRNYEFVAVDKDDPSKVYGYNTPKTENLHINKRDSKDNDTKIFRYEAIKKGEFFRGYIRVNEKYADDVMGILKNEIMYFGGSRGSGYGKCRISNIKYISQVCQYESDFDIKKDLYIYFLSDAILYYNGKVNTYIPVNILKEKLGIKGKCEYIDSYSGLNMSATYNSLYNTNTVCYTAVSKGTVLKYQVEEEINPEKIKELVNSGVGIRKEDGNGQIAVLGKIQDTLTVLKKDKDEDKGKSNVKLENEDKKLINNILKNIFIKRSDLEVKRLVLSLIKEKDTPKGSLQSQIGKLLNIFENGVYKSEEEFIEHLKNYLGHIQDRRGKEIWQRLNKYSVYCSTSEYKIERISIQKMLLDFLENNKNPIFEALENIQREGIRVGGFKFPNENEGKKVLYDLKMKFFIVFFEYCIRTKEVK
>NZ_CP025197.1|WP_101299789.1|1109812_1110487_+|hypothetical-protein
MEEYKIKVELLTDTVFGSGYSVPGFIDADVLYDEYGFPYINGKTFKGKLGEMAGVFVNMVKASDKGKEIGEILEEKKDKLFGVGGEYRHDKVKFSDCEISKEVRDYFKNNMGESNIKPGEILDALTHIEEQTSIDRKTGVAKDKSLRNYRVINSGLILYSYIHCPENLDEYEKILLASACSLLRHLGAYETKGKGLVEVSMYKDDKNVTFDYINLLREKVNLNV
>NZ_CP025197.1|WP_101299787.1|1108351_1109800_+|hypothetical-protein
MGFLNILEVSRKQYYIFKSNKLKENIGASEIIAFVTEELPQEICKKHNGSIVSSGGGNVIFYFENEDDNKNFTKEYSKYLLNEFPMLEFFITSIEFDPCKSQIIGKIRELYTKLEKKKAKRDQYSYIVDFGITEKCSSTKLPAIKKDKNSKEFYSGESWSKVKMYKDNEDKFKKYAIDIKDLGISKNEKSYIAITYIDGNRMGKRIKKLRDKYQEKYTENNVKEVNDEYIKAFNDFSEEVKTAFEKAYDKMVEVVKSKSEYLIKSGLNIKEGVVPIRKIILAGDDVCYITDARIALECAYIFINELEKHYAGGEKITAGVGIAMVKEKYPFFKTYELAEELCKNAKSGIPDEANESRIDWHIVQGEYNNNLTEIREVIYKTHDNKNLSLRPLVISENSNYINQYILFKKDIENIQNKVPRSKVKGMLKEMKKGEKHLDTYIEINQLYKALGEHRIGAKTGFVDGKCVLFDAIEVMDYFISLS
>NZ_CP025197.1|WP_101299785.1|1107170_1107890_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRCIITLDFDTSLVLPLNYNKILQGFIYRNIADRDLAEFVHDRGFSYGKRNFKMFTYSRLLGQYTIDKRSKKIIYKPPVQLVVSSCYEDFFIDLSVTLLKKKVEIAGTECCVSKMNILVEEPKGIQKIKMLSPVTAYSTLNNGKTVYYSPDDYNFKRIIKENIIKKYIAFFKEEPPGMDFEIECSNNKFKKVVTNYDGFIIEGWMGSFFLKGNTNMIKLAYDTGIGGKNSQGFGCFELI
>NZ_CP025197.1|WP_101299783.1|1105490_1107155_-|hypothetical-protein
MKYSFNLRRHWWFDAGIAGLYTISKSGDERLRKFNVNVTATSLGLDFEGADQDTIRSFLETCYEILAERHWNISTVKQKENPELVVYDKENDTISLMPKRKPAPIVSMFVGARSWRGDGIPYKELKEPLKSRVDEFLEKNKTKLWGSDNKLLYSQPVCHQILKILPETKKSGKEETCSVCGNKSKFLSEVGQPSFLLFASSNATKSFNSQGKNPAKICWECDFISKFAVESASYKQTGDSTFIIQVTSPDTEKLIEMQKEFGSLSSMRTVDDKYYYSNIGLDADSLIRYCKKPHELLWSFMVEKYNLLARESTKEEQTDEPLEDDFLKDFLESISASTVQIYLLYTVDSGDTFLTKNLILYDDLGYFFRLIHHMKQNHVDIKKVFNSLYEENNLFREKILKNVLKKHSILRLMEQISFKKVLAEEPVSMNNILNFTTEYQKIIRGDNMNKEQIETAVNLGKQIVIQAVERAKAENESEKQALKKIKGDLYQLRKSRTRTDFLGQLNNLQFKYGISVSNHILDGLLEEADFEDFRSYCILGALNVYNTKNRNKEE
>NZ_CP025197.1|WP_101299804.1|1132106_1132313_+|DUF1657-domain-containing-protein
MTVASQVKQTLANLKGIQGTLGIYSVKSQDEETKTVFNEAINTINGIVEDLEKRIQTLEFEEPQYEGN
>NZ_CP025197.1|WP_101304076.1|1132324_1133185_+|DUF421-domain-containing-protein
MQECIEILLRSFSLLVLVLFSARVIGKKNMANVTPFTFMSYIAIAVISALISTKVIKNIAFGFIALGVWVLLPVAIDYLSIKSKLIHDIVIGKGTVLIKNGKIMEENLLRARITGEELLRDLRSKNVFNLADVEFALMESNGEINVFMKSDKKPLTAHDIGKKVAPRSESQTVILDGTPLNEPLTSLGLNQGWLKTQLDKMGVSIDNVFIGQVDSSGDLYVDLFDDSINIPQPKVKEMLYANLEKCHADFMKYALETKNEEAKNMYQKNEQKLKELKEKLEPYLLR
>NZ_CP025197.1|WP_101299806.1|1133458_1133938_+|stage-V-sporulation-protein-AC
MSDKKKKKLTPTQQEYQQLAKSKEPKRPIVLNTVKAFFTGGLICTLGQAIKTVFVNYFGFTEETASNPTSAVLIFISALITSLGFYDHIAQWAGAGTAVPVTGFANTITSAALEHRTEGYVLGVGGNMFKIAGPVIVFGVFSAFVVAIIKLIIQGLGGM
>NZ_CP025197.1|WP_101299808.1|1133938_1134940_+|stage-V-sporulation-protein-AD
MLQGRQTWVFESKPVIAGSAAVGGPFESKCALADDFDMFSEDLWLGQDSFEKAERKLLEHACEIAIKKAGVKKEDVEFFFSGDLINQIISSSFTARTLGIPYLGIFGACSSSVEGLALASILVDGNFANNALAATSSHNAACEKQYRYPTEYGAQKPPTAQWTVTGAGAALVAREGEGPRVVCATIGRVVDMGLSDPFNMGAAMAPAAVDTISAHMRDLNIDLSDYDIIATGDLGRVGHEIAKELLKKHGISLPEEKFTDCGKIIYKDEQPVFSGGSGCGCAAVTTYGHFINRMKKGELKKILVVATGALLSPMSYQQKEFIPCIAHAVSLEM
>NZ_CP025197.1|WP_101299810.1|1134971_1135325_+|stage-V-sporulation-protein-AE
MQSYIWAFLIGGLICAIGQILMDGFKLTPAHTMCTFVVLGAILGGLGLYEPLIKFAGAGASVPISSFGYSLVRGALLEAEKTGIVGVLTGIFEITSAGISSAIIFGFISSLIFRPKG
>NZ_CP025197.1|WP_101299812.1|1135380_1135590_+|DUF1657-domain-containing-protein
MTVETQMQQAIAGIQSAAATIMKTFALETQDEQAKQTFQQIADNLENALEQLKGRQQYIQQQESQYRQQ
>NZ_CP025197.1|WP_101299815.1|1135869_1136505_-|hypothetical-protein
MKNKFKVILLVFLTVCVLTFTFTGCARPDTDEQNQTETLPERDMPAVPGDDMGRTPTPRTGNRNGNILNNDLDDDLNINETPGVNNGRNTNGLDRETPVQQTNFDKERADKITTQLEKVEGVDEVSVVVNGNTAVVVYTPTDPDKASNETDNMVVEKVKDIDNGITKVEVSRSAAAMTKIRKLIDDIGKNKPMEELNDMFEDLMRIINPQS
>NZ_CP025197.1|WP_101299817.1|1136690_1137011_+|hypothetical-protein
MKCRDLKVVNLNITEDHYEYKALFRLCTDDKCLDIDLAEISSDGKLLEEIKNTFNLEETTEEIKEIIMEKVMEASKLESRNVQGEDCCKSDVDKKTSRDIDSLNRS
>NZ_CP025197.1|WP_101299819.1|1137104_1138400_+|glutamate-5-semialdehyde-dehydrogenase
MLLKEQAFNVKKASVKLAAASTELKNQALAQIAKALMDRKDEIIKANAEDLKRSEEENLAAPLLKRLKFDEAKIKDVVDGINSLIKLEDPVGKTVFCTELDQGLDLYKVTCPIGVIGVIFESRPDALVQISTLCLKSGNGVMLKGGSEARNTNRILADIIAEATDKAGIPTGWICLLETREDVNEMLKMDEYIDLIIPRGSNEFVRYIMDNSRIPVMGHADGICHCYIDEHARIDMAVKIVVDSKTQYVAVCNATETLLVHKDVAPKVLPEIKKALDEKEVALVGCPKTQEIIPVSPAAEEDWKTEYLDYKLSIKVVDDIHEAIDHINTYGSGHTDSIITDDKDNAALFMNLVDSGNVFWNCSTRFSDGFRYGFGAEVGISTSKIHSRGPVGLDGLLIYKYKVIGNGHIVDDYAKRVKTFKHIKKDADFPL
>NZ_CP025197.1|WP_101299821.1|1138557_1139715_-|D-alanyl-D-alanine-carboxypeptidase
MNNFKIFKKLSGIIILLVIVFNFHANAFAQFETAAGSAILMEASTGEILYEKNSDVPLPPASITKVMTLLIAFEAIEQGLVDWNDDVSISEKAWRMEGSKMFLQVGDKVKLGDIITGISVVSANDGCVALAEHLYGSENAFVNVMNQRAKELGMTNSTFKNSSGLPSEGHVMSAKDIAILSRFIIENYPEILELESQREFTYNNIRQFNRNPLLGVFEGADGLKTGWTEEAGYCLVGTAKQDDIRMISVVLNTKSEQERFETSQELLTYGFRNFKKADFVEAGEIIETLNVKNGTKETVSLVANDSISLVIPVSREKDIEIITSFDDETVKAPVKKGEVLGKVEVVLDDKVLASSDLSASEDVSRLGFFKILIRNIINFFKFFSK

Crispr_ID: NZ_CP025197_3

• CRISPR_ID: NZ_CP025197_3
• CRISPR_location: 3052365-3052462
• CRISPR_type: TypeIII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers
• Cas_protein_info: cas6,csm4gr5,csm3gr7,csm2gr11,cas10,csx1

Consensus repeat of NZ_CP025197_3

Consensus_repeat	Method
GTTGAACTCCCCCACGCACCACGGGAATTG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP025197_3

>3.1|3052395|38|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
AAATGGTACAGTAAGTATCTATCCATGTATTTAAGAAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP025197_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP025197_3

>merge|NZ_CP025197|3|3052365-3052462|CRISPRCasFinder
GTTGAACTCCCCCACGCACCACGGGAATTGAAATGGTACAGTAAGTATCTATCCATGTATTTAAGAAGGTTGAACTCCCCCACGCACCACGGGAATTG

>NZ_CP025197|3|3|3052365-3052462|CRISPRCasFinder
GTTGAACTCCCCCACGCACCACGGGAATTG	AAATGGTACAGTAAGTATCTATCCATGTATTTAAGAAG
GTTGAACTCCCCCACGCACCACGGGAATTG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	cas10	cd09680_cas10_CAS-III	gnl|CDD|187811
NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|181681
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	cas6	pfam10040_cas6_CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|227838
NZ_CP025197.1|WP_101299100.1|3058785_3059007_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377437
NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG	unknown	unknown	gnl|CDD|235506
NZ_CP025197.1|WP_159063461.1|3043127_3043706_-|LPXTG-cell-wall-anchor-domain-containing-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	csm4gr5	mkCas0089_csm4gr5_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|273866
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	csm3gr7	cd09684_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|187815
NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP025197.1|WP_101303226.1|3060130_3060664_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214864
NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|133378
NZ_CP025197.1|WP_101303200.1|3040637_3041426_+|UPF0236-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|284250
NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB	unknown	unknown	gnl|CDD|238312
NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|223656
NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein	csx1	mkCas0109_csx1_CAS-III	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	csm2gr11	cd09647_csm2gr11_CAS-III-A	gnl|CDD|367635
NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|226231
NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|173926

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	cas10	cd09680_cas10_CAS-III	4.3e-125	413.4	0.0
NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein	csx1	mkCas0109_csx1_CAS-III	4.4e-73	241.4	6.7
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	cas6	pfam10040_cas6_CAS-III:CAS-IV	9.4e-21	69.3	0.1
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	csm4gr5	mkCas0089_csm4gr5_CAS-III-A:CAS-III-D	3.9e-68	224.8	0.0
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	csm3gr7	cd09684_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	2.9e-63	208.2	0.2
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	csm2gr11	cd09647_csm2gr11_CAS-III-A	1.4e-11	39.9	0.3

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	gnl|CDD|187811	cd09680, Cas10_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas10. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Multidomain protein with permuted HD nuclease domain, palm domain and Zn-ribbon; signature gene for type III; also known as Csm1 family.	6.52113e-126
NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|181681	PRK09183, PRK09183, transposase/IS protein; Provisional.	6.46709e-58
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	gnl|CDD|227838	COG5551, COG5551, CRISPR system related protein, RAMP superfamily [Defense mechanisms].	2.07798e-07
NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase	gnl|CDD|377437	pfam04986, Y2_Tnp, Putative transposase. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases IS1294 and IS801. This is a rolling-circle transposase.	5.44529e-42
NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG	gnl|CDD|235506	PRK05565, fabG, 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase; Provisional.	1.31165e-100
NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|214864	smart00860, SMI1_KNR4, SMI1 / KNR4 family. Proteins in this family are involved in the regulation of 1,3-beta-glucan synthase activity and cell-wall formation.	0.000162507
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|273866	TIGR01903, Hypothetical_protein., CRISPR type III-A/MTUBE-associated RAMP protein Csm4. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. Members of this cas gene family are found in the mtube subtype of CRISPR/cas locus and designated Csm4, for CRISPR/cas Subtype Mtube, protein 4.	6.32039e-19
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	gnl|CDD|187815	cd09684, Csm3_III-A, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein Csm3. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; RAMP superfamily protein.	1.59924e-73
NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	1.43753e-161
NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|133378	cd00592, HTH_MerR-like, Helix-Turn-Helix DNA binding domain of MerR-like transcription regulators. Helix-turn-helix (HTH) MerR-like transcription regulator, N-terminal domain. The MerR family transcription regulators have been shown to mediate responses to stress including exposure to heavy metals, drugs, or oxygen radicals in eubacterial and some archaeal species. They regulate transcription of multidrug/metal ion transporter genes and oxidative stress regulons by reconfiguring the spacer between the -35 and -10 promoter elements. A typical MerR regulator is comprised of two distinct domains that harbor the regulatory (effector-binding) site and the active (DNA-binding) site. Their N-terminal domains are homologous and contain a DNA-binding winged HTH motif, while the C-terminal domains are often dissimilar and bind specific coactivator molecules such as metal ions, drugs, and organic substrates.	5.53592e-13
NZ_CP025197.1|WP_101303200.1|3040637_3041426_+|UPF0236-family-protein	gnl|CDD|284250	pfam06782, UPF0236, Uncharacterized protein family (UPF0236).	2.56978e-47
NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB	gnl|CDD|238312	cd00557, Translocase_SecB, Preprotein translocase subunit SecB. SecB is a cytoplasmic component of the multisubunit membrane-bound enzyme termed Sec protein translocase, which is the main constituent of the General Secretory (type II) Pathway involved in translocation of nascent polypeptides across the cytoplasmic membrane. SecB has been shown to function as export-specific molecular chaperone that selectively binds preproteins, maintains them in a translocation competent state and delivers them to SecA, the membrane-bound ATPase, that drives the translocation reaction. In solution, SecB exists as homotetramer, which is organized as a dimer of dimers.	1.09463e-09
NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|223656	COG0583, LysR, Transcriptional regulator [Transcription].	5.27431e-38
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	gnl|CDD|367635	pfam03750, Csm2_III-A, Csm2 Type III-A. Clusters of short DNA repeats with non-homologous spacers, which are found at regular intervals in the genomes of phylogenetically distinct prokaryotic species, comprise a family with recognisable features. This family is known as CRISPR (short for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-associated) proteins. This entry represents Csm2 Type III-A, a family of Cas proteins also known as TM1810/Csm2.	2.75371e-07
NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|226231	COG3708, COG3708, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	3.97038e-33
NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|173926	cd04301, NAT_SF, N-Acyltransferase superfamily: Various enzymes that characteristically catalyze the transfer of an acyl group to a substrate. NAT (N-Acyltransferase) is a large superfamily of enzymes that mostly catalyze the transfer of an acyl group to a substrate and are implicated in a variety of functions, ranging from bacterial antibiotic resistance to circadian rhythms in mammals. Members include GCN5-related N-Acetyltransferases (GNAT) such as Aminoglycoside N-acetyltransferases, Histone N-acetyltransferase (HAT) enzymes, and Serotonin N-acetyltransferase, which catalyze the transfer of an acetyl group to a substrate. The kinetic mechanism of most GNATs involves the ordered formation of a ternary complex: the reaction begins with Acetyl Coenzyme A (AcCoA) binding, followed by binding of substrate, then direct transfer of the acetyl group from AcCoA to the substrate, followed by product and subsequent CoA release. Other family members include Arginine/ornithine N-succinyltransferase, Myristoyl-CoA: protein N-myristoyltransferase, and Acyl-homoserinelactone synthase which have a similar catalytic mechanism but differ in types of acyl groups transferred. Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and FemXAB nonribosomal peptidyltransferases which catalyze similar peptidyltransferase reactions are also included.	0.000171046

Protein sequences

>NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6
MLALFEIELEVLNDGGIPQTHGHMVHGLFFNILKQTNPELCKVLHSMNCTLPFTLSTLYKCGAHPGIMTSAVEKGKRVCFRTGLFNDELISAVSLAMNKAMITRPISIADISMSIKAIKLLDTEDIADLEQRAAKSADRLRTFRIDFQTLTCFRSEGRSLLFPEPRLVISSLYRSWEAAGGYNVSSETLRKIVENVFPARYDMHTGMLDMGKYLLSGFTGYCIYEADKCLGHKEKSVLLSLLGMVRYAGLGYKTTMGMGQAKCTIIEEKD
>NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein
MFGSICWAVLYLEGEDRLKLLLQNCKENKPAFIFSNGFPRGFLPRPAGGNYTTGFSETSSKSEIMDYMKTAKKIKKISYIPLDDIQKIILGEKIPLYSCEQPEEASIHWTTHNTIDRKTGTSLEGGLFRELYRWDGDLDVYVMAEEEWQPLLVRCLELISFWGYGGGASRGRGAFEIEEICEAGFKTPEDPNAYMTLSRCIPTPEMPVPCQYRLDVKYGRFGQDRGRVGYPLKKPVLMLEPGAIFWGKPPECGWCGTMAGELSDEYSDALQCGLSIILPCKIEPPEWGA
>NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3
MQLSKVYKITGEIVCISNLHIGGSKDSIGIGTMDNPVIKHPITSDPYIPGSSLKGRMRCNMERRLGRYGTSREGKAEPCNCGKCIVCKVFGTLRNSGIGPTRLIVRDSPMTEESKEKGRRFMDEEGKSIYGVKHETAIDRKTGAALGGSLRPIEFVPADTVFKLEMNLQIYDEDNENEMLNFVKRALKSLEETYIGGMGSRGYGQIRLRNLKLNDEPFGLESVSF
>NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2
MRDNFNHGKVSYGGQHGKGSSFKDLSGLKNLLGDMNKQYVENYYNELKKGYFTPNGVLKKDFIILYPDIIADNLSSGRMTYTQIRNFYDYVLIAANTYRYAKDAGDDSDETKEKLLLKIKRLDGMITYALARDNPSVTEEFRRFILANVEVCNTIEDVVNGFLPHFEAIVGYFKYRNPKSK
>NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1
MNKISYRTVCFASLLHGIGEFFTRDLTISADKSFYIYELLNDENCRKLSKFLDADLLKDILFHYSVPGYNMQNSVSKKCIRIIDIAGRLSNKDANEDIKSNAEHEYLNCIFSRLDIGNGLPRASAYRHVPLEPDAIFPFDPNSGDTRKSDDETILQREFCTYWNKALAEAKTVEMLYQMLLRILERYTWCIPLDGQSEIADISLYDHLRLTSAIAACLCKKHSEDPQFDERLMEDDSHDSFILAEGDFSGIQKYIFGGISEKQGGMAKKLRARSFVIASLVNLAARALIDRCDVPASCILMNSGGNFFILLPNTESVKTKLTDFQNEIDKKLFDTFQGGVALHIAYTCMCGNDFGSFGDKIRETKEQLAIRKRQPYASLLHNDGRWTEAQPFSTDAYEKKLGICKGCGNEFAEFETEDGPIGRRCKQETEIGRHLVKTKVITLIRSDMGLLSLGDWSVLPYGAEGEIYALKSDDSDYLLAPLWRQANHVPANSKRILTFEEISDKSEGVNWLGYLKADVDRLGMLFTVGFRKETGENFGNIARIASLSRMMEIFFSEWLDRFVERKFPECYIVFSGGDDLFIIGPWNQIISLAIQIRRSFSDFTGGNPNTTLSCGISFSPVRLPVAYAARSAERALDRAKEEHSFLHPTGRDQVCMFDHVMKWKYVHKVMKAADNVVGWVRDGKLTTGDVRRMRKYAEMFEQYTASGGQDTKGLRYAGHLSYDIGRKMSENRKRLDIQVKKFMESLRDISQEGLIHHLGVVCDFALLMNRKKGE
>NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein
MVELEHARSILSELGLATASELLDAKIEDAMHKELSTLAFVARDENVIFPGPPGVGKTHLAVGLAMQALRSGMTVYYTSLAHLIADLKKAAQQDRLSRRWQVYTRPDILIIDEVGYMQLERTSAELLFRVICSRYENGSIILTSNKYFGDWGELMNDTVIATAILDRLLHHSHIINIRGESYRLKDRLKGGVRVVPPADISVKGNSKNA
>NZ_CP025197.1|WP_159063461.1|3043127_3043706_-|LPXTG-cell-wall-anchor-domain-containing-protein
MRKIYMNWYLVTGVVLVIFGLYILLKKRKKNKEYDVVFWVTENEKLHVDSNIEYEQQYIHAAVAFIIKIAWVFSSSNAFVADQIYRRLYYMSESTIQMISLSEVPKNQKFKISLIGTSFTTKLPLIGDLYIMEGVFCFLAFVYDIINPENKEKLLLILKKLVPYVENVDSSIRGLLNLNSIMLGILNDIFSK
>NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator
MLRKTKISEENESILREGLIEPKRGENGYRDYSQMDIIRLKKIVILRKIGLSVNDILDIFDGAKTMAEVLGENIVNLQKQINELNGAKNLTCKMLEDKVEIASFDADLYWNIIVEEEKKGNTFIDIAKDIFHIEKKIVTSYFSWTSVDGEIYDSFLKIILNVVVVAVIAGCILCMSRGNWNIKNFLGGIIGIITILLVEAILSVSFYFLGKKYVWIRENRKKALVITCLIICVVLLIISNIPV
>NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein
MKATFEVLEKLLSAYCIESFGNSEEEIAEKEAESGIKFPKSLRDYYKKFGKCNYITKSCNNQYEPLLR
>NZ_CP025197.1|WP_101303200.1|3040637_3041426_+|UPF0236-family-protein
MIVREIYEKIIPEIEKKVAEGLSNGSGFSELAAIVHEWVNKLGVRILEQIAEDADKAFKDSAERKRHWQIVRKDTRGILTAMGQVNITRNYYRHKKTGEYSHLVDEVLKLPAYDRTDEGLKADLILKASGMSYSKAGRSNSYAEVSRQTVMRCIREAGTLVHVPECSKKKSVPVLYVEADEDHVAHQDGQNRQAKLVYVHEGAKRNGKRCELQNVHYFASTSTDTESLWTEVLEYIDQTYELDQIERIYIAGDGAGWIKENT
>NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein
MKNLFIFNIGNSDVQEKLSRIPDSMQKRGVKEHPAARTKGRELWETEYNQFRDDASIKKASDKLELSIISKILKFKEFSSSDSKVILFVTDQEPEHPQDTIYYGKIVEKLLVFNCNIPASSIEIKKINQNPSNIDSMMSYYSNALRKIAVENKSVDVVFASLTGGTPAQNTALLLCGLDIFTDKFRTVYSPENASKVQELTITKNLIKSEVKKQIALLVRQGDYHAALEILYQNSQLFETSSQDTEKRTLPESYQVLQHTFIYAHSRQVFDFKKALKSIDLCLKYSIADKDYFNELKDQVQKLRGNDLLCIAELKENAKYLYNAGHYVDFLGRVFRFFEAVCDYVLLKSDYSCKEFISDKNGQVTVNIRYTDKGKGIIDFIKNNFENTDSVINEKNEIDNKILNNVLRLYLITYIDNSTAKIRLSDYLSVLTVLSSLRNRTIMSHGFKGVSSEEIEKQIKRSYEKIKKDLQSCSNNTDLLKKRYEVFEKALMKDVSGVKEPDICRFLDIVWDKFIEYIDIKEKPDFMPELFYRDLPAKLDEILKSL
>NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase
MITEEEKKDKNIFKQIIEENWEDFKKKYPSYNKPYYEEVIKKTLLCGSEQGGYTEYRCMECGQGMRRIPFTCKSCFCLSCSKVYTDEVVSQVSKMLRSGMKYRHVVLTIPEQLREVFYKYRHNGKILSELMRTGYRCVEEVVGTAVKRKVKIGMIMVLQTHGRSGHYNPHLHILLTSGGINEERKEWKELGYLPFEIIHTKWQYHLLNMIREQVPTKEMNKMVDNLYKLYTKGFVANVSKGEAPEKAKGLAKYLAKYMASPPISVRRIIRYDGETVTYWYNDHETKARKEESLDVLTFIGRMVQHILPKGFQRIRYYGLQATKTYEKWSQVIKEGLKNFCKAVQGVYEVIESRNYRQRYKESSGKDPLKCPFCGSEMKVWKIWHPIYGVIYDEEKNIRQGKYEKYSKPRDRGGCTLRGCTRILQISMFSLSL
>NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator
MDSLTRMNNAMAYIEEHLTDDIDYSEVSKIACCSEYHFKRMFSFLSGIGLSEYIRRRKLTLAALDLKGTNLRIIDVAVKYGYDSADAFSRAFHSLHGILPSEARSENTQLKAYPRMTFQLSIKGGCEMNYRIVEKGHFKIVGFKKRVPIIFNGVNPEIAKMTELLTPEVIKQLKAISNVEPTGIISASANFPEGRMEEKGELDHYIGVATTSNETADFDVLEIDGSTWAIFESIGPFPETLQNVWGRIYSEWFPSSGYEAAPGPEILWNESPDTGNPKYRSEIWIPVKKKDY
>NZ_CP025197.1|WP_101299100.1|3058785_3059007_+|hypothetical-protein
MKQDFIIYGNAIALQVFPSTTSDPSKEYYDEYNAVSKRLRETSNYLAEKIKERGFNAYSHVQMLKICSQISIY
>NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein
MFVSPEQQGYGCGTALLNTVESYIKEKGLAGFT
>NZ_CP025197.1|WP_101303226.1|3060130_3060664_+|hypothetical-protein
MNELQELASLIKQRNQIDSLISVIINRPAIIGHTGEYIASRIFGIRLAESASHKGIDGYFTDGSLQGRSVNIKWYTKKTGLLDINPDCLPDYFLVMTGGKGSAVSSKGKTLPWCIKHVYLFDAAELVNELAARGVGIGIATSVKKDMWEQAEIYPVQRNRLFEVNEEMARQLRLFDF
>NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB
MRESNFQLIGKPQVTSIRFDVNKDYIFDKEVTLEINSNIRVLRNSREQKKEAIVILSIGIFSSKELPDVPFKLDIEIQGCFAWDGVLDNDTAQLESMLRQNAPAALFSYLRPIVTLITVEANMPPLVLPLMNFIEKE
>NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase
MATNNRMALLEQLSKYVVEKDKDFLKEALTLLINALMDAEVTSIIGAEKYERNNNRNNYRNGYRLREWDTRVGTLQLSIPKLRHGSYFPSLLEPRKMSEKALLNVVQEAYVHGVSTRKVDELVEALGMKGIDKSEVSRISKQLDEFVEEFKNRRLEGEYPYLWLDATFPKVREGGRVCSMALVIAVGVNQQGEREILGFDVGMSEDGAFWEEFLRRLVARGLKGVRLVISDAHEGLKAAIKKILTGSAWQRCRVHFMRNVLSQVPKHYQGMVSSIIRTIFAQNDQESAREQLRHVVDELKNRFPKAMKILEEAEEEILAYMAFPREHWAQIHSTNPLERLNREIRRRTDVVCIFPNREAVTRLVGAMLMEQNDEWKVGRRYFSLESMSKITSINEFTLTPVALLHK
>NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG
MNKTVLITGASRGIGREIAKLFAANDYNVAINYFKSEEEAEKLYLHLRDEGYSVIKVQGDVSNRIQVDSMMNIIYNRFGDIDVLVNNAGVAQQKLFTDISEDDWDWMFNVNIKGMFNCCQAVLPKMINNKRGKIINISSIWGLTGSSCEVHYSASKAVVIEFTKALAKEVGPSNIQVNCVAPGIIKTDMITHLNTSIIEKLKSDTPLGILGTPRDIAEVVLFLASSKADFITGQIISPNGGFVI
>NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator
MTLQQLKYIIKIVECGSITEAAKQLFITQPSLSAAVKDLEKELGIEIFYRTVKGISLSDDGAEFLSYARQIIEQTELMEQRYMGKKPSKKLCSISTQHYAFAVNAFVELLLELDIDEYEFTLRETRTYEIIEDVKNLRSELGIIYLSNFNEKVLNKILKENHLVFNLLFEADPHVFISSKHPLAKNETVTLEDLNNYPFLAFEQGTYNSFYFSEELLSTIPRKKTIYVSDRATLFNLLIGLNGYTICSGVLSRDLNGNNIISVPLITDERMRIGWIANEKTHLSPLAIEYISKLKKWICEYGYSIESI

Crispr_ID: NZ_CP025197_4

• CRISPR_ID: NZ_CP025197_4
• CRISPR_location: 3054530-3054905
• CRISPR_type: TypeIII
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 5 spacers
• Cas_protein_info: csx1,cas6,csm4gr5,csm3gr7,csm2gr11,cas10

Consensus repeat of NZ_CP025197_4

Consensus_repeat	Method
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATC	PILER-CR
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP025197_4

>4.1|3054565|34|NZ_CP025197|PILER-CR
TGCTTGGACTACTGGGATGGCAGGAATTGGACAA
>4.2|3054634|33|NZ_CP025197|PILER-CR
GCATACCTCCATTAGCCCGCTGCAATACCCGAG
>4.3|3054702|33|NZ_CP025197|PILER-CR
TTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
>4.4|3054770|33|NZ_CP025197|PILER-CR
TTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
>4.5|3054564|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
CTGCTTGGACTACTGGGATGGCAGGAATTGGACAA
>4.6|3054633|34|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
TGCATACCTCCATTAGCCCGCTGCAATACCCGAG
>4.7|3054701|34|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
CTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
>4.8|3054769|34|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
CTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
>4.9|3054837|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder
CACCTTCCTGCAAAGCAGCTGCAAGCCCTTACCGA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP025197_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP025197_4

>merge|NZ_CP025197|4|3054530-3054905|PILER-CR,CRISPRCasFinder
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATCTGCTTGGACTACTGGGATGGCAGGAATTGGACAAGTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATTGCATACCTCCATTAGCCCGCTGCAATACCCGAGGTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATCTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATGGTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATCTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATGGTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATCACCTTCCTGCAAAGCAGCTGCAAGCCCTTACCGAGTTGAACTTCCCCACGCATGAACATCGTTTGAGT

>NZ_CP025197|4|3|3054530-3054837|PILER-CR
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATC	TGCTTGGACTACTGGGATGGCAGGAATTGGACAA
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATT	GCATACCTCCATTAGCCCGCTGCAATACCCGAG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATC	TTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATC	TTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAATC

>NZ_CP025197|4|4|3054530-3054905|CRISPRCasFinder
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	CTGCTTGGACTACTGGGATGGCAGGAATTGGACAA
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	TGCATACCTCCATTAGCCCGCTGCAATACCCGAG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	CTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	CTTCTGCCAATGGGGAATTACTATTTCCCTTATG
GTTGAACTTCCCCACGCAGTACGGGAATTGAAAT	CACCTTCCTGCAAAGCAGCTGCAAGCCCTTACCGA
GTTGAACTTCCCCACGCATGAACATCGTTTGAGT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	cas10	cd09680_cas10_CAS-III	gnl|CDD|187811
NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|214864
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	cas6	pfam10040_cas6_CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|227838
NZ_CP025197.1|WP_101299100.1|3058785_3059007_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377437
NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG	unknown	unknown	gnl|CDD|235506
NZ_CP025197.1|WP_159063461.1|3043127_3043706_-|LPXTG-cell-wall-anchor-domain-containing-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	csm4gr5	mkCas0089_csm4gr5_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|273866
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	csm3gr7	cd09684_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	gnl|CDD|187815
NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP025197.1|WP_101303226.1|3060130_3060664_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|181681
NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|133378
NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|223656
NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB	unknown	unknown	gnl|CDD|238312
NZ_CP025197.1|WP_101303237.1|3070067_3070931_-|methylenetetrahydrofolate-reductase-[NAD(P)H]	unknown	unknown	gnl|CDD|273212
NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein	csx1	mkCas0109_csx1_CAS-III	unknown
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	csm2gr11	cd09647_csm2gr11_CAS-III-A	gnl|CDD|367635
NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|226231
NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|173926

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	cas10	cd09680_cas10_CAS-III	4.3e-125	413.4	0.0
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	csm4gr5	mkCas0089_csm4gr5_CAS-III-A:CAS-III-D	3.9e-68	224.8	0.0
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	cas6	pfam10040_cas6_CAS-III:CAS-IV	9.4e-21	69.3	0.1
NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein	csx1	mkCas0109_csx1_CAS-III	4.4e-73	241.4	6.7
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	csm3gr7	cd09684_csm3gr7_CAS-III-A:CAS-III-D	2.9e-63	208.2	0.2
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	csm2gr11	cd09647_csm2gr11_CAS-III-A	1.4e-11	39.9	0.3

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1	gnl|CDD|187811	cd09680, Cas10_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas10. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Multidomain protein with permuted HD nuclease domain, palm domain and Zn-ribbon; signature gene for type III; also known as Csm1 family.	6.52113e-126
NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein	gnl|CDD|181681	PRK09183, PRK09183, transposase/IS protein; Provisional.	6.46709e-58
NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6	gnl|CDD|227838	COG5551, COG5551, CRISPR system related protein, RAMP superfamily [Defense mechanisms].	2.07798e-07
NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase	gnl|CDD|377437	pfam04986, Y2_Tnp, Putative transposase. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases IS1294 and IS801. This is a rolling-circle transposase.	5.44529e-42
NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG	gnl|CDD|235506	PRK05565, fabG, 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase; Provisional.	1.31165e-100
NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|214864	smart00860, SMI1_KNR4, SMI1 / KNR4 family. Proteins in this family are involved in the regulation of 1,3-beta-glucan synthase activity and cell-wall formation.	0.000162507
NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|273866	TIGR01903, Hypothetical_protein., CRISPR type III-A/MTUBE-associated RAMP protein Csm4. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. Members of this cas gene family are found in the mtube subtype of CRISPR/cas locus and designated Csm4, for CRISPR/cas Subtype Mtube, protein 4.	6.32039e-19
NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3	gnl|CDD|187815	cd09684, Csm3_III-A, CRISPR/Cas system-associated RAMP superfamily protein Csm3. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; RAMP superfamily protein.	1.59924e-73
NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	1.43753e-161
NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|133378	cd00592, HTH_MerR-like, Helix-Turn-Helix DNA binding domain of MerR-like transcription regulators. Helix-turn-helix (HTH) MerR-like transcription regulator, N-terminal domain. The MerR family transcription regulators have been shown to mediate responses to stress including exposure to heavy metals, drugs, or oxygen radicals in eubacterial and some archaeal species. They regulate transcription of multidrug/metal ion transporter genes and oxidative stress regulons by reconfiguring the spacer between the -35 and -10 promoter elements. A typical MerR regulator is comprised of two distinct domains that harbor the regulatory (effector-binding) site and the active (DNA-binding) site. Their N-terminal domains are homologous and contain a DNA-binding winged HTH motif, while the C-terminal domains are often dissimilar and bind specific coactivator molecules such as metal ions, drugs, and organic substrates.	5.53592e-13
NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|223656	COG0583, LysR, Transcriptional regulator [Transcription].	5.27431e-38
NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB	gnl|CDD|238312	cd00557, Translocase_SecB, Preprotein translocase subunit SecB. SecB is a cytoplasmic component of the multisubunit membrane-bound enzyme termed Sec protein translocase, which is the main constituent of the General Secretory (type II) Pathway involved in translocation of nascent polypeptides across the cytoplasmic membrane. SecB has been shown to function as export-specific molecular chaperone that selectively binds preproteins, maintains them in a translocation competent state and delivers them to SecA, the membrane-bound ATPase, that drives the translocation reaction. In solution, SecB exists as homotetramer, which is organized as a dimer of dimers.	1.09463e-09
NZ_CP025197.1|WP_101303237.1|3070067_3070931_-|methylenetetrahydrofolate-reductase-[NAD(P)H]	gnl|CDD|273212	TIGR00676, 510-methylenetetrahydrofolate_reductase., 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase, prokaryotic form. The enzyme activities methylenetetrahydrofolate reductase (EC 1.5.1.20) and 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase (FADH) (EC 1.7.99.5) differ in that 1.5.1.20 (assigned in many eukaryotes) is defined to use NADP+ as an acceptor, while 1.7.99.5 (assigned in many bacteria) is flexible with respect to the acceptor; both convert 5-methyltetrahydrofolate to 5,10-methylenetetrahydrofolate. From a larger set of proteins assigned as 1.5.1.20 and 1.7.99.5, this model describes the subset of proteins found in bacteria, and currently designated 1.7.99.5. This protein is an FAD-containing flavoprotein. [Amino acid biosynthesis, Aspartate family].	3.42855e-128
NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2	gnl|CDD|367635	pfam03750, Csm2_III-A, Csm2 Type III-A. Clusters of short DNA repeats with non-homologous spacers, which are found at regular intervals in the genomes of phylogenetically distinct prokaryotic species, comprise a family with recognisable features. This family is known as CRISPR (short for Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-associated) proteins. This entry represents Csm2 Type III-A, a family of Cas proteins also known as TM1810/Csm2.	2.75371e-07
NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|226231	COG3708, COG3708, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	3.97038e-33
NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|173926	cd04301, NAT_SF, N-Acyltransferase superfamily: Various enzymes that characteristically catalyze the transfer of an acyl group to a substrate. NAT (N-Acyltransferase) is a large superfamily of enzymes that mostly catalyze the transfer of an acyl group to a substrate and are implicated in a variety of functions, ranging from bacterial antibiotic resistance to circadian rhythms in mammals. Members include GCN5-related N-Acetyltransferases (GNAT) such as Aminoglycoside N-acetyltransferases, Histone N-acetyltransferase (HAT) enzymes, and Serotonin N-acetyltransferase, which catalyze the transfer of an acetyl group to a substrate. The kinetic mechanism of most GNATs involves the ordered formation of a ternary complex: the reaction begins with Acetyl Coenzyme A (AcCoA) binding, followed by binding of substrate, then direct transfer of the acetyl group from AcCoA to the substrate, followed by product and subsequent CoA release. Other family members include Arginine/ornithine N-succinyltransferase, Myristoyl-CoA: protein N-myristoyltransferase, and Acyl-homoserinelactone synthase which have a similar catalytic mechanism but differ in types of acyl groups transferred. Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and FemXAB nonribosomal peptidyltransferases which catalyze similar peptidyltransferase reactions are also included.	0.000171046

Protein sequences

>NZ_CP025197.1|WP_101303220.1|3052548_3054189_-|hypothetical-protein
MKNLFIFNIGNSDVQEKLSRIPDSMQKRGVKEHPAARTKGRELWETEYNQFRDDASIKKASDKLELSIISKILKFKEFSSSDSKVILFVTDQEPEHPQDTIYYGKIVEKLLVFNCNIPASSIEIKKINQNPSNIDSMMSYYSNALRKIAVENKSVDVVFASLTGGTPAQNTALLLCGLDIFTDKFRTVYSPENASKVQELTITKNLIKSEVKKQIALLVRQGDYHAALEILYQNSQLFETSSQDTEKRTLPESYQVLQHTFIYAHSRQVFDFKKALKSIDLCLKYSIADKDYFNELKDQVQKLRGNDLLCIAELKENAKYLYNAGHYVDFLGRVFRFFEAVCDYVLLKSDYSCKEFISDKNGQVTVNIRYTDKGKGIIDFIKNNFENTDSVINEKNEIDNKILNNVLRLYLITYIDNSTAKIRLSDYLSVLTVLSSLRNRTIMSHGFKGVSSEEIEKQIKRSYEKIKKDLQSCSNNTDLLKKRYEVFEKALMKDVSGVKEPDICRFLDIVWDKFIEYIDIKEKPDFMPELFYRDLPAKLDEILKSL
>NZ_CP025197.1|WP_101303218.1|3051272_3052085_+|CRISPR-system-precrRNA-processing-endoribonuclease-RAMP-protein-Cas6
MLALFEIELEVLNDGGIPQTHGHMVHGLFFNILKQTNPELCKVLHSMNCTLPFTLSTLYKCGAHPGIMTSAVEKGKRVCFRTGLFNDELISAVSLAMNKAMITRPISIADISMSIKAIKLLDTEDIADLEQRAAKSADRLRTFRIDFQTLTCFRSEGRSLLFPEPRLVISSLYRSWEAAGGYNVSSETLRKIVENVFPARYDMHTGMLDMGKYLLSGFTGYCIYEADKCLGHKEKSVLLSLLGMVRYAGLGYKTTMGMGQAKCTIIEEKD
>NZ_CP025197.1|WP_159063462.1|3050399_3051269_+|hypothetical-protein
MFGSICWAVLYLEGEDRLKLLLQNCKENKPAFIFSNGFPRGFLPRPAGGNYTTGFSETSSKSEIMDYMKTAKKIKKISYIPLDDIQKIILGEKIPLYSCEQPEEASIHWTTHNTIDRKTGTSLEGGLFRELYRWDGDLDVYVMAEEEWQPLLVRCLELISFWGYGGGASRGRGAFEIEEICEAGFKTPEDPNAYMTLSRCIPTPEMPVPCQYRLDVKYGRFGQDRGRVGYPLKKPVLMLEPGAIFWGKPPECGWCGTMAGELSDEYSDALQCGLSIILPCKIEPPEWGA
>NZ_CP025197.1|WP_101303214.1|3049639_3050317_+|type-III-A-CRISPR-associated-RAMP-protein-Csm3
MQLSKVYKITGEIVCISNLHIGGSKDSIGIGTMDNPVIKHPITSDPYIPGSSLKGRMRCNMERRLGRYGTSREGKAEPCNCGKCIVCKVFGTLRNSGIGPTRLIVRDSPMTEESKEKGRRFMDEEGKSIYGVKHETAIDRKTGAALGGSLRPIEFVPADTVFKLEMNLQIYDEDNENEMLNFVKRALKSLEETYIGGMGSRGYGQIRLRNLKLNDEPFGLESVSF
>NZ_CP025197.1|WP_101303212.1|3049075_3049621_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Csm2
MRDNFNHGKVSYGGQHGKGSSFKDLSGLKNLLGDMNKQYVENYYNELKKGYFTPNGVLKKDFIILYPDIIADNLSSGRMTYTQIRNFYDYVLIAANTYRYAKDAGDDSDETKEKLLLKIKRLDGMITYALARDNPSVTEEFRRFILANVEVCNTIEDVVNGFLPHFEAIVGYFKYRNPKSK
>NZ_CP025197.1|WP_101303210.1|3046746_3049071_+|type-III-A-CRISPR-associated-protein-Cas10/Csm1
MNKISYRTVCFASLLHGIGEFFTRDLTISADKSFYIYELLNDENCRKLSKFLDADLLKDILFHYSVPGYNMQNSVSKKCIRIIDIAGRLSNKDANEDIKSNAEHEYLNCIFSRLDIGNGLPRASAYRHVPLEPDAIFPFDPNSGDTRKSDDETILQREFCTYWNKALAEAKTVEMLYQMLLRILERYTWCIPLDGQSEIADISLYDHLRLTSAIAACLCKKHSEDPQFDERLMEDDSHDSFILAEGDFSGIQKYIFGGISEKQGGMAKKLRARSFVIASLVNLAARALIDRCDVPASCILMNSGGNFFILLPNTESVKTKLTDFQNEIDKKLFDTFQGGVALHIAYTCMCGNDFGSFGDKIRETKEQLAIRKRQPYASLLHNDGRWTEAQPFSTDAYEKKLGICKGCGNEFAEFETEDGPIGRRCKQETEIGRHLVKTKVITLIRSDMGLLSLGDWSVLPYGAEGEIYALKSDDSDYLLAPLWRQANHVPANSKRILTFEEISDKSEGVNWLGYLKADVDRLGMLFTVGFRKETGENFGNIARIASLSRMMEIFFSEWLDRFVERKFPECYIVFSGGDDLFIIGPWNQIISLAIQIRRSFSDFTGGNPNTTLSCGISFSPVRLPVAYAARSAERALDRAKEEHSFLHPTGRDQVCMFDHVMKWKYVHKVMKAADNVVGWVRDGKLTTGDVRRMRKYAEMFEQYTASGGQDTKGLRYAGHLSYDIGRKMSENRKRLDIQVKKFMESLRDISQEGLIHHLGVVCDFALLMNRKKGE
>NZ_CP025197.1|WP_101303208.1|3045123_3045753_+|ATP-binding-protein
MVELEHARSILSELGLATASELLDAKIEDAMHKELSTLAFVARDENVIFPGPPGVGKTHLAVGLAMQALRSGMTVYYTSLAHLIADLKKAAQQDRLSRRWQVYTRPDILIIDEVGYMQLERTSAELLFRVICSRYENGSIILTSNKYFGDWGELMNDTVIATAILDRLLHHSHIINIRGESYRLKDRLKGGVRVVPPADISVKGNSKNA
>NZ_CP025197.1|WP_159063461.1|3043127_3043706_-|LPXTG-cell-wall-anchor-domain-containing-protein
MRKIYMNWYLVTGVVLVIFGLYILLKKRKKNKEYDVVFWVTENEKLHVDSNIEYEQQYIHAAVAFIIKIAWVFSSSNAFVADQIYRRLYYMSESTIQMISLSEVPKNQKFKISLIGTSFTTKLPLIGDLYIMEGVFCFLAFVYDIINPENKEKLLLILKKLVPYVENVDSSIRGLLNLNSIMLGILNDIFSK
>NZ_CP025197.1|WP_101303204.1|3042045_3042777_-|MerR-family-transcriptional-regulator
MLRKTKISEENESILREGLIEPKRGENGYRDYSQMDIIRLKKIVILRKIGLSVNDILDIFDGAKTMAEVLGENIVNLQKQINELNGAKNLTCKMLEDKVEIASFDADLYWNIIVEEEKKGNTFIDIAKDIFHIEKKIVTSYFSWTSVDGEIYDSFLKIILNVVVVAVIAGCILCMSRGNWNIKNFLGGIIGIITILLVEAILSVSFYFLGKKYVWIRENRKKALVITCLIICVVLLIISNIPV
>NZ_CP025197.1|WP_101303202.1|3041626_3041833_-|hypothetical-protein
MKATFEVLEKLLSAYCIESFGNSEEEIAEKEAESGIKFPKSLRDYYKKFGKCNYITKSCNNQYEPLLR
>NZ_CP025197.1|WP_101303222.1|3055081_3056380_+|transposase
MITEEEKKDKNIFKQIIEENWEDFKKKYPSYNKPYYEEVIKKTLLCGSEQGGYTEYRCMECGQGMRRIPFTCKSCFCLSCSKVYTDEVVSQVSKMLRSGMKYRHVVLTIPEQLREVFYKYRHNGKILSELMRTGYRCVEEVVGTAVKRKVKIGMIMVLQTHGRSGHYNPHLHILLTSGGINEERKEWKELGYLPFEIIHTKWQYHLLNMIREQVPTKEMNKMVDNLYKLYTKGFVANVSKGEAPEKAKGLAKYLAKYMASPPISVRRIIRYDGETVTYWYNDHETKARKEESLDVLTFIGRMVQHILPKGFQRIRYYGLQATKTYEKWSQVIKEGLKNFCKAVQGVYEVIESRNYRQRYKESSGKDPLKCPFCGSEMKVWKIWHPIYGVIYDEEKNIRQGKYEKYSKPRDRGGCTLRGCTRILQISMFSLSL
>NZ_CP025197.1|WP_101303224.1|3057425_3058304_+|AraC-family-transcriptional-regulator
MDSLTRMNNAMAYIEEHLTDDIDYSEVSKIACCSEYHFKRMFSFLSGIGLSEYIRRRKLTLAALDLKGTNLRIIDVAVKYGYDSADAFSRAFHSLHGILPSEARSENTQLKAYPRMTFQLSIKGGCEMNYRIVEKGHFKIVGFKKRVPIIFNGVNPEIAKMTELLTPEVIKQLKAISNVEPTGIISASANFPEGRMEEKGELDHYIGVATTSNETADFDVLEIDGSTWAIFESIGPFPETLQNVWGRIYSEWFPSSGYEAAPGPEILWNESPDTGNPKYRSEIWIPVKKKDY
>NZ_CP025197.1|WP_101299100.1|3058785_3059007_+|hypothetical-protein
MKQDFIIYGNAIALQVFPSTTSDPSKEYYDEYNAVSKRLRETSNYLAEKIKERGFNAYSHVQMLKICSQISIY
>NZ_CP025197.1|WP_157942965.1|3059017_3059119_+|hypothetical-protein
MFVSPEQQGYGCGTALLNTVESYIKEKGLAGFT
>NZ_CP025197.1|WP_101303226.1|3060130_3060664_+|hypothetical-protein
MNELQELASLIKQRNQIDSLISVIINRPAIIGHTGEYIASRIFGIRLAESASHKGIDGYFTDGSLQGRSVNIKWYTKKTGLLDINPDCLPDYFLVMTGGKGSAVSSKGKTLPWCIKHVYLFDAAELVNELAARGVGIGIATSVKKDMWEQAEIYPVQRNRLFEVNEEMARQLRLFDF
>NZ_CP025197.1|WP_101303228.1|3060721_3061135_-|protein-export-chaperone-SecB
MRESNFQLIGKPQVTSIRFDVNKDYIFDKEVTLEINSNIRVLRNSREQKKEAIVILSIGIFSSKELPDVPFKLDIEIQGCFAWDGVLDNDTAQLESMLRQNAPAALFSYLRPIVTLITVEANMPPLVLPLMNFIEKE
>NZ_CP025197.1|WP_101303230.1|3066497_3067718_-|IS256-like-element-ISCth5-family-transposase
MATNNRMALLEQLSKYVVEKDKDFLKEALTLLINALMDAEVTSIIGAEKYERNNNRNNYRNGYRLREWDTRVGTLQLSIPKLRHGSYFPSLLEPRKMSEKALLNVVQEAYVHGVSTRKVDELVEALGMKGIDKSEVSRISKQLDEFVEEFKNRRLEGEYPYLWLDATFPKVREGGRVCSMALVIAVGVNQQGEREILGFDVGMSEDGAFWEEFLRRLVARGLKGVRLVISDAHEGLKAAIKKILTGSAWQRCRVHFMRNVLSQVPKHYQGMVSSIIRTIFAQNDQESAREQLRHVVDELKNRFPKAMKILEEAEEEILAYMAFPREHWAQIHSTNPLERLNREIRRRTDVVCIFPNREAVTRLVGAMLMEQNDEWKVGRRYFSLESMSKITSINEFTLTPVALLHK
>NZ_CP025197.1|WP_101303232.1|3068214_3068949_-|3-oxoacyl-ACP-reductase-FabG
MNKTVLITGASRGIGREIAKLFAANDYNVAINYFKSEEEAEKLYLHLRDEGYSVIKVQGDVSNRIQVDSMMNIIYNRFGDIDVLVNNAGVAQQKLFTDISEDDWDWMFNVNIKGMFNCCQAVLPKMINNKRGKIINISSIWGLTGSSCEVHYSASKAVVIEFTKALAKEVGPSNIQVNCVAPGIIKTDMITHLNTSIIEKLKSDTPLGILGTPRDIAEVVLFLASSKADFITGQIISPNGGFVI
>NZ_CP025197.1|WP_101303234.1|3069107_3070034_+|LysR-family-transcriptional-regulator
MTLQQLKYIIKIVECGSITEAAKQLFITQPSLSAAVKDLEKELGIEIFYRTVKGISLSDDGAEFLSYARQIIEQTELMEQRYMGKKPSKKLCSISTQHYAFAVNAFVELLLELDIDEYEFTLRETRTYEIIEDVKNLRSELGIIYLSNFNEKVLNKILKENHLVFNLLFEADPHVFISSKHPLAKNETVTLEDLNNYPFLAFEQGTYNSFYFSEELLSTIPRKKTIYVSDRATLFNLLIGLNGYTICSGVLSRDLNGNNIISVPLITDERMRIGWIANEKTHLSPLAIEYISKLKKWICEYGYSIESI
>NZ_CP025197.1|WP_101303237.1|3070067_3070931_-|methylenetetrahydrofolate-reductase-[NAD(P)H]
MKICELFRMKKVFSFEVFPPRRIDSVSIIYDTIEKLKGLNPDFISVTYSAGGSESNTDTFKIASAIKNNYGIESVAHLPSINHTKGEVLKMLEDLRTAGIENILALRGDVNPSFSPKNDFKFASDLISFIKEHGDFNIIAACYPEGHFESPSIIDDIRNLKRKVDAGANQLITQLFFDNNYFYSFMERAAIAGINIPIEAGIMPVVNKKQIERIVALCRVNLPKKFLAIMNRYENNPEALRDAGIAYAVDQIIDLIAQGVDGIHLYTMNNPYIAHRIYEAINTLLVA

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	KU737345	Bacillus phage Juglone, complete genome	149071-149107	6	0.838
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	MN038178	Bacillus phage Beyonphe, complete genome	149110-149146	6	0.838
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	KF669647	Bacillus phage BigBertha, complete genome	149840-149876	6	0.838
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	NC_028887	Bacillus phage AvesoBmore, complete genome	151114-151150	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.12|1119597|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1119597-1119632	36	NC_021325	Clostridium phage vB_CpeS-CP51, complete genome	2019-2054	6	0.833
NZ_CP025197_2	2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1122005-1122041	37	MK448931	Streptococcus phage Javan414, complete genome	18903-18939	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013797	Piscirickettsia salmonis strain AY6532B plasmid p1PS9, complete sequence	167739-167775	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013787	Piscirickettsia salmonis strain PM58386B plasmid p1PS7, complete sequence	71150-71186	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013820	Piscirickettsia salmonis strain AY3800B plasmid p4PS10, complete sequence	167741-167777	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013792	Piscirickettsia salmonis strain AY6297B plasmid p1PS8, complete sequence	167708-167744	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013815	Piscirickettsia salmonis strain AY3864B plasmid p4PS11, complete sequence	167740-167776	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP011850	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-1, complete sequence	120507-120543	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP039098	Piscirickettsia salmonis strain Psal-117 plasmid unnamed1, complete sequence	150054-150090	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP039047	Piscirickettsia salmonis strain Psal-073 plasmid unnamed1, complete sequence	111461-111497	6	0.838
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013807	Piscirickettsia salmonis strain PM31429B plasmid p1PS12, complete sequence	71147-71183	6	0.838
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NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP013782	Piscirickettsia salmonis strain PM49811B plasmid p1PS6, complete sequence	71143-71179	6	0.838
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NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	MK721187	Enterococcus phage vB_EfaS_Ef6.1, complete genome	36682-36718	8	0.784
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NZ_CP025197_2	2.63|1123007|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1123007-1123043	37	NC_003383	Listeria innocua Clip11262 plasmid pLI100, complete sequence	30305-30341	9	0.757
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NZ_CP025197_2	2.74|1123742|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1123742-1123777	36	MK215646	Bacillus phage vB_BthM-Goe5, complete genome	154476-154511	9	0.75
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NZ_CP025197_2	2.102|1125601|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125601-1125637	37	NC_041878	Pectobacterium phage CBB, complete genome	368297-368333	9	0.757
NZ_CP025197_2	2.123|1126999|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1126999-1127033	35	NZ_CP039145	Acinetobacter sp. 10FS3-1 plasmid p10FS3-1-2, complete sequence	60847-60881	9	0.743
NZ_CP025197_2	2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1128395-1128431	37	NZ_CP032411	Brevibacillus laterosporus strain E7593-50 plasmid pAZOBL1, complete sequence	53607-53643	9	0.757
NZ_CP025197_1	1.54|1092360|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1092360-1092397	38	MN693329	Marine virus AFVG_25M470, complete genome	20930-20967	10	0.737
NZ_CP025197_1	1.84|1094368|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1094368-1094404	37	NC_013940	Deferribacter desulfuricans SSM1 megaplasmid pDF308, complete sequence	172029-172065	10	0.73
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NZ_CP025197_1	1.106|1095833|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1095833-1095870	38	NZ_CP033248	Clostridium butyricum strain CFSA3989 plasmid pCFSA3989, complete sequence	315717-315754	10	0.737
NZ_CP025197_1	1.134|1097693|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1097693-1097729	37	KJ830769	Bacteroides fragilis strain 69566 plasmid pBF69566a, complete sequence	3614-3650	10	0.73
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	LC513943	Enterococcus phage vB_EfaS-DELF1 DNA, complete genome	20848-20884	10	0.73
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	MF547662	Clostridioides phage LIBA6276, complete genome	78675-78711	10	0.73
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	MF547663	Clostridioides phage LIBA2945, complete genome	77398-77434	10	0.73
NZ_CP025197_1	1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098498-1098534	37	CAJDKB010000002	Enterococcus phage vB_EhiS_268 genome assembly, contig: phage268-genome, whole genome shotgun sequence	34602-34638	10	0.73
NZ_CP025197_2	2.64|1123074|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1123074-1123110	37	NZ_CP017664	Cronobacter sp. JZ38 plasmid unnamed2, complete sequence	45674-45710	10	0.73
NZ_CP025197_2	2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125070-1125105	36	NC_029009	Enterococcus phage EFDG1, complete genome	25713-25748	10	0.722
NZ_CP025197_2	2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125070-1125105	36	MN854830	Enterococcus phage PBEF129, complete genome	23685-23720	10	0.722
NZ_CP025197_2	2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125070-1125105	36	KJ801817	Enterococcus phage ECP3, complete genome	110800-110835	10	0.722
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	CP024688	Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-4-144K, complete sequence	79748-79782	11	0.686
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	NZ_CP048057	Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p1, complete sequence	12380-12414	11	0.686
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	NC_042136	Vibrio phage VP4B, partial genome	9250-9284	11	0.686
NZ_CP025197_1	1.47|1091890|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091890-1091926	37	MN693530	Marine virus AFVG_25M373, complete genome	27073-27109	11	0.703
NZ_CP025197_1	1.139|1098029|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098029-1098064	36	NC_007055	Staphylococcus phage 37, complete genome	19404-19439	11	0.694
NZ_CP025197_1	1.139|1098029|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098029-1098064	36	AY954958	Bacteriophage 37, complete genome	19404-19439	11	0.694
NZ_CP025197_1	1.150|1098765|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1098765-1098801	37	NZ_CP045296	Paenibacillus cellulositrophicus strain KACC 16577 plasmid unnamed1, complete sequence	728015-728051	11	0.703
NZ_CP025197_2	2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125070-1125105	36	MK693030	Enterococcus phage vB_EfaM_Ef2.1, complete genome	23787-23822	11	0.694
NZ_CP025197_2	2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1125070-1125105	36	MN027503	Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome	124038-124073	11	0.694
NZ_CP025197_2	2.166|1129855|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR	1129855-1129891	37	KJ018212	Shewanella sp. phage 1/41, complete genome	37705-37741	11	0.703
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	NZ_CP039041	Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence	125902-125936	12	0.657
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	NZ_CP009317	Bacillus cereus 03BB102 plasmid unnamed, complete sequence	62629-62663	12	0.657
NZ_CP025197_1	1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	1091489-1091523	35	NC_012473	Bacillus cereus 03BB102 plasmid p03BB102_179, complete sequence	74260-74294	12	0.657

1. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to KU737345 (Bacillus phage Juglone, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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2. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MN038178 (Bacillus phage Beyonphe, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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****.********.********** **** ***.**  

3. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to KF669647 (Bacillus phage BigBertha, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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****.********.********** **** ***.**  

4. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_028887 (Bacillus phage AvesoBmore, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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5. spacer 2.12|1119597|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_021325 (Clostridium phage vB_CpeS-CP51, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.833

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6. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448931 (Streptococcus phage Javan414, complete genome) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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7. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013797 (Piscirickettsia salmonis strain AY6532B plasmid p1PS9, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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8. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013787 (Piscirickettsia salmonis strain PM58386B plasmid p1PS7, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

9. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013820 (Piscirickettsia salmonis strain AY3800B plasmid p4PS10, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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10. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013792 (Piscirickettsia salmonis strain AY6297B plasmid p1PS8, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

11. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013815 (Piscirickettsia salmonis strain AY3864B plasmid p4PS11, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

12. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP011850 (Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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13. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039098 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-117 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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14. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039047 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-073 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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15. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013807 (Piscirickettsia salmonis strain PM31429B plasmid p1PS12, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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16. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP048063 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p7, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

17. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013782 (Piscirickettsia salmonis strain PM49811B plasmid p1PS6, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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18. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039088 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-111 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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19. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039113 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-135 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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20. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039061 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-099 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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21. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP038905 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-008 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

22. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP038928 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-013 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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23. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039093 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-114 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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24. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039172 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-138 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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25. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP012511 (Piscirickettsia salmonis strain PM32597B1 plasmid pPSB1-3, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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26. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013824 (Piscirickettsia salmonis strain PM25344B plasmid p3PS14, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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27. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013804 (Piscirickettsia salmonis strain PM22180B plasmid p3PS13, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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28. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039869 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-113 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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29. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039071 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-108 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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30. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039103 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-118 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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31. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039177 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-139 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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32. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039108 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-134 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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33. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039051 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-081 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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34. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP013946 (Piscirickettsia salmonis strain PSCGR01 plasmid pPsCRG01-1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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35. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039056 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-098 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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36. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039078 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-109 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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37. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039082 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-110 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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38. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP038919 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-010b plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

39. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP038899 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-006b plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

40. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP048060 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p4, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

41. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP048053 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-11091B plasmid Ps11091B-p1, complete sequence) position: , mismatch: 6, identity: 0.838

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**  ****************** ******.*** * *

42. spacer 1.21|1090157|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MN693441 (Marine virus AFVG_25M481, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

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  ***  ************ **** ******** * *.*

43. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to JX193904 (Enterococcus phage EfaCPT1, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

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*  * . *****************.***.********

44. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448750 (Streptococcus phage Javan393, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.811

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.* ***********.**************.  *** *

45. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_030903 (Bacillus phage SPG24 DNA, contig00001 sequence) position: , mismatch: 7, identity: 0.806

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**  ******.********* *********. ** *

46. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MH675552 (Bacteroides phage crAss001, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.771

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 *.* **.  ********** **********.***

47. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MK721187 (Enterococcus phage vB_EfaS_Ef6.1, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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*  *.. ****************** *********. 

48. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_025146 (Clostridium botulinum plasmid pCB111 DNA, complete sequence, strain: 111) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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*  *.********************  **** * * *

49. spacer 2.5|1119101|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_017212 (Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 plasmid pCT9547, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*****.*************** *****  * .. **

50. spacer 2.5|1119101|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_018884 (Bacillus thuringiensis Bt407 plasmid BTB_5p, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*****.*************** *****  * .. **

51. spacer 2.5|1119101|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_020378 (Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 plasmid pIS56-9, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*****.*************** *****  * .. **

52. spacer 2.21|1120203|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MG945354 (UNVERIFIED: Microviridae sp. isolate 2686-1801, complete genome) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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   **   *.*******************.** *** *.

53. spacer 2.59|1122738|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP015882 (Ensifer adhaerens strain Casida A plasmid pCasidaAB, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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 .* ..**.**********.*************** *

54. spacer 2.64|1123074|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to CP013001 (Bacillus thuringiensis strain XL6 plasmid, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.784

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    * .****   ************** ** ********

55. spacer 2.182|1130924|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP037749 (Campylobacter helveticus strain 2013D-9613 plasmid unnamed1) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*   *********** ****.***********   *

56. spacer 2.182|1130924|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP020479 (Campylobacter helveticus strain ATCC 51209 plasmid pHELV-1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.778

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*   *********** ****.***********   *

57. spacer 2.194|1131723|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP040345 (Bacillus albus strain DLOU-Yingkou plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 8, identity: 0.771

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********.************** ** * .* *  

58. spacer 1.17|1089890|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to KY888882 (Bacillus phage Flapjack, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

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* .**  ***** **************** ***   

59. spacer 1.47|1091890|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MN693888 (Marine virus AFVG_250M648, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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*.*** ****************.***** * * . * 

60. spacer 1.75|1093765|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP032535 (Bacillus megaterium NCT-2 plasmid pNCT2_7, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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*******************. ***** .*   ***  

61. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013684 (Clostridium botulinum strain AM282 plasmid pRSJ10_1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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62. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP013700 (Clostridium botulinum strain AM1195 plasmid pRSJ11_1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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*  *.********************  **** * *  

63. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to CAJCJZ010000002 (Enterococcus phage vB_EfaS_140 genome assembly, contig: phage140-genome, whole genome shotgun sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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*.**.*.    *************.*********.**

64. spacer 2.21|1120203|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MN693654 (Marine virus AFVG_250M1181, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

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*.*.******* ******.***********  .*..

65. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448877 (Streptococcus phage Javan220, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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66. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448748 (Streptococcus phage Javan389, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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67. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448751 (Streptococcus phage Javan399, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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68. spacer 2.48|1122005|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK448926 (Streptococcus phage Javan392, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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.* ***********.* *************   **  

69. spacer 2.63|1123007|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MH830363 (Enterococcus faecalis plasmid p1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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 ***  *. **************** *** *****. 

70. spacer 2.63|1123007|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_003383 (Listeria innocua Clip11262 plasmid pLI100, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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 ***  *. **************** *** *****. 

71. spacer 2.63|1123007|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP046126 (Enterococcus casseliflavus strain EC291 plasmid unnamed3, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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 ***  *. **************** *** *****. 

72. spacer 2.63|1123007|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP008814 (Enterococcus faecalis ATCC 29212 plasmid 2, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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 ***  *. **************** *** *****. 

73. spacer 2.74|1123742|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK215646 (Bacillus phage vB_BthM-Goe5, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

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.****.****** ***************  **  . 

74. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK268686 (Enterococcus phage vB_EfaH_EF1TV, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

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75. spacer 2.102|1125601|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_041878 (Pectobacterium phage CBB, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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76. spacer 2.102|1125601|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_041878 (Pectobacterium phage CBB, complete genome) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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***** ********.***********.* .   ** *

77. spacer 2.123|1126999|35|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP039145 (Acinetobacter sp. 10FS3-1 plasmid p10FS3-1-2, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.743

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78. spacer 2.144|1128395|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP032411 (Brevibacillus laterosporus strain E7593-50 plasmid pAZOBL1, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.757

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79. spacer 1.54|1092360|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MN693329 (Marine virus AFVG_25M470, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.737

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 *..*   ********************* ** ** .*

80. spacer 1.84|1094368|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_013940 (Deferribacter desulfuricans SSM1 megaplasmid pDF308, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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  *.*.********* ************* **. *  

81. spacer 1.106|1095833|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033246 (Clostridium butyricum strain CFSA3987 plasmid pCFSA3987, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.737

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82. spacer 1.106|1095833|38|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP033248 (Clostridium butyricum strain CFSA3989 plasmid pCFSA3989, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.737

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83. spacer 1.134|1097693|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to KJ830769 (Bacteroides fragilis strain 69566 plasmid pBF69566a, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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84. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to LC513943 (Enterococcus phage vB_EfaS-DELF1 DNA, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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85. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MF547662 (Clostridioides phage LIBA6276, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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*  *.*  .. ********.********.********

86. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MF547663 (Clostridioides phage LIBA2945, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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87. spacer 1.146|1098498|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to CAJDKB010000002 (Enterococcus phage vB_EhiS_268 genome assembly, contig: phage268-genome, whole genome shotgun sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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88. spacer 2.64|1123074|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NZ_CP017664 (Cronobacter sp. JZ38 plasmid unnamed2, complete sequence) position: , mismatch: 10, identity: 0.73

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89. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to NC_029009 (Enterococcus phage EFDG1, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

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90. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MN854830 (Enterococcus phage PBEF129, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

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91. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to KJ801817 (Enterococcus phage ECP3, complete genome) position: , mismatch: 10, identity: 0.722

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92. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to CP024688 (Bacillus wiedmannii bv. thuringiensis strain FCC41 plasmid pFCC41-4-144K, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.686

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  .* *******.**************.** .   

93. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP048057 (Piscirickettsia salmonis strain Ps-8942B plasmid Ps8942B-p1, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.686

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94. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_042136 (Vibrio phage VP4B, partial genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.686

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95. spacer 1.47|1091890|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to MN693530 (Marine virus AFVG_25M373, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.703

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96. spacer 1.139|1098029|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_007055 (Staphylococcus phage 37, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.694

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97. spacer 1.139|1098029|36|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to AY954958 (Bacteriophage 37, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.694

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* .. . *******************.* ****  .

98. spacer 1.150|1098765|37|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP045296 (Paenibacillus cellulositrophicus strain KACC 16577 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.703

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    *.  *************** ****** ****  

99. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MK693030 (Enterococcus phage vB_EfaM_Ef2.1, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.694

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100. spacer 2.94|1125070|36|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to MN027503 (Enterococcus phage vB_OCPT_Ben, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.694

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   *******.**.*************** .   *.

101. spacer 2.166|1129855|37|NZ_CP025197|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR matches to KJ018212 (Shewanella sp. phage 1/41, complete genome) position: , mismatch: 11, identity: 0.703

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102. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP039041 (Piscirickettsia salmonis strain Psal-072 plasmid unnamed1, complete sequence) position: , mismatch: 12, identity: 0.657

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103. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP009317 (Bacillus cereus 03BB102 plasmid unnamed, complete sequence) position: , mismatch: 12, identity: 0.657

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104. spacer 1.41|1091489|35|NZ_CP025197|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_012473 (Bacillus cereus 03BB102 plasmid p03BB102_179, complete sequence) position: , mismatch: 12, identity: 0.657

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	139278 : 208503	59	Staphylococcus_phage(50.0%)	integrase,transposase	attL 146106:146165|attR 208556:208660
DBSCAN-SWA_2	263278 : 323324	51	Liberibacter_phage(11.76%)	protease,transposase,tRNA,terminase	NA
DBSCAN-SWA_3	334666 : 427227	60	Bacillus_phage(42.86%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_4	573140 : 643705	57	uncultured_Mediterranean_phage(14.29%)	transposase,tRNA,integrase,protease	attL 616272:616331|attR 644154:646227
DBSCAN-SWA_5	657578 : 705921	52	Bacillus_phage(28.57%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_6	804268 : 871390	57	Bacillus_phage(25.0%)	capsid,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	886486 : 1023421	108	Moumouvirus(12.5%)	integrase,transposase	attL 923756:923774|attR 1022494:1023618
DBSCAN-SWA_8	1224077 : 1297128	59	Bacillus_phage(66.67%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_9	1480186 : 1533162	52	Liberibacter_phage(33.33%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_10	2859229 : 2938018	55	Staphylococcus_phage(13.33%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_11	2953132 : 2996309	50	Erysipelothrix_phage(72.0%)	capsid,transposase,portal,head,tail,protease,terminase,integrase	attL 2945481:2945498|attR 3000935:3000952
DBSCAN-SWA_12	3021600 : 3031241	10	Erysipelothrix_phage(77.78%)	holin	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP025197|139278:208503|DBSCAN-SWA
GATGACATCTTCTATGTATAATAGTATACAACATTTTAATGAATTTGGGGTAAAAAGAATTGAAAAAAAGATAAAAAATTTTATTGAAGAAGGAAAAGACTTAGCTGATCTTGTTCTTGGTCTAAAAGAAGATTTATTTAAACTTGGACGCGATATACTTAAAGAAGTGCTTGAAGATATGGATGAATATTTCCGTAACTGTGAAATAAGGAAACAGTATTGGGAAATTATAAGAAAAGATAAAACAGCTATTTTAACGACATTTGGAACACTAAGTTATAACAGGACATATTTTAAGCATAAGGAAAATGGTAATAGACAACACCTAGTCGACAGGATTGTAGGTGTAGAACCACATGACAGAGTAAGTGCCGATGTTGTAATTAATGCAATAGATGAAGCAGCTGACAGCAGCTACAGAAAGGCAGGAGAAAAGGCGACATATATTGATGAAATCAGCAAACAAGCAGTGATGAATAAAATACATAATATTGAAATAGTTGAGCCTGAAATAAAAGTAGATAAAAAGAGAGAAGTAAAAATATTGTATGTTGAGGCCGATGAGGACCATGTAGCATTACAACAAAAAAGTATATTGAGACAGAATGAGAAGGGCAAGAGAAATACAATTATGCCAAAACTTGTATATGTGCATGAGGGAATTGACTTTGAAAAAAGTAATAAGAAGAGAAAAGTATTAAAGAATGTTCGATATTTTGGGGGAGTGTATAAGAATTCAGAAGATTTGTGGCTTGAAGTATCGGAATACATATATAAACAATATGACGTTGATTTTTTAGAGACGGTGTATATATCAGGAGATGGGGCGTCATGGATAAGGCAAGGAGTTAACTGTCTTTCAAAAAGTAAATTTGTACTTGATAGATACCATCTTCAAAAATACGTAAGAGTTGCGACCACACATTTAAATGATGAAGCAATAAGCCAAGATTTACAGGAGGCTTTGAATTTATCTGATAAAAAAATGCTAACAAAGGTTTTTAAAAAGATAATTGAAAAGACAGGCGATAATGAAAATAAAATAAAGGCTATAAAAAATGCAAAGCGATATATTTTAAATAATTGGGATGGTATAGAAATAAGGTCAAACAGAGGAATAGTGGGTTGTAGTGCTGAAGGTCATGTGAGTCATGTATTTTCATCCCGTTTAAGTTCAAGACCTAAAGGCTGGTCGAGAAAAGGTGTAGAAAAGATGTCAAAGCTGATAATATACAAGAAGAATGGCGGTAAGGTATATGACATAGTTATGGCACAAAAACAAAAAAAGTTAGCAGCTAGTAGGCAAGAAATTCAGGAAAAATTAATTAAGGAATTAAAGAAGTCATCAAACAGGTATGAGAGTGTATGGAATAGTAATTTAACTGTTATTCATAAGGGGTGTAAAACTGGTTTATATAAAGAATTAAGGCGTATTATAGGTATATGCGGATAGGGATGAGGTAATAATAAAGCAAAAATTACGGGAAAGTTTACAAGTAAGCCTATCCAATAGGAATTATACATATCTAAAAAAAGACAAAGAAAAAGAAAAAACATAAAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAAAGCAAAACTTTAGTACCATGACCCGCGAAGCCCTACTACTTGTCAAGGCCGGGCTTTGCCCGCTTGTTTTAGCCTTGACAAAATGGAAAATGGTACAATAGAAATACTTTTTTCTTTTAAAAGTAGCGTTAAAATGTGAAGGAACATAGATAACAAAACGTACTAATTTGTCACAAGTATTGAGTAAAATGAATTCTTTATAGAAAGAAAGAGTTATATGGTATAATAGACAATAAGTTAGAGGAATTATAAAAGAAAATAAGGCTCAAAATGATGTAAAACACTTTCGTTACTAAGAGACCGTTATTTGAAATAGTTGCACAAATAAAAAATGGGATGCCATCTACTTTTCTTTTTCCTACAATAAATTGACGCTATCTTTGGATTGTGACATCTTTACATCACCCTCCGCAATATATTATAATATATTATAAAAAATAATCCTACTGTAAAGTGAAAATATTTTTTCAAATTGCGGTAGGGTTAAAAATTTTTTTCACCTATTTTAATGTGATAAAATAAGGGTAGATTTACCTAAATTAAAATGAAAATCTACAGTCTGAAACTTATGAGGACAGAAGTTTCAGAGAAAAGTTTGTATTAAAAAACAGAAAGTATGACAAAACCAAAAAGTATTATCTTATCATGGAAGATGAAGAGGAAACAGTAGAAAAGATATATGATAAAATACCGTTTATTATCGATATAGCAATATCCAATGATGACTTTGGGTTTTAACAAATGGTTGAAAGGAGGCCAATATTATGAAGAAGTATATTAAGAGGTTATTGGGAATAGATGAAATTCTGAAGAATATTGAAGAAATCAAGTCAGAAATTAAAAACCAACCAGAAGAGGAACAGGAACTAAAAAATTCATTACAGTTTGTAAATCCAATTGATAATAAACCATTTTTACATGTAGAGTCATTAATTGATAGTCCAAACAAGTACGAAACAAAAAGTTTAAGACCAATTGGTAGTTCTGAGAAGATTATGAGTCTCATGCAATATCTTCCTATAGTACAAACTGCAAAACAATCAGAGATGCTAAAGGGTGCTTATAAAGTAGTTTTTCCTGAAGGGGCAGTAGGAGAGTTAATGAGATATAAGAATGGAATGCTAGGTACTCCTTTAGTTAATAATGGCAAAATCGGAAATACTCATGCTGGTTTGGTTGAATTGCAGAATTTGTCGTTAACACCTGTAATGGTATTTACAGTAATATCCGCAATTACGGGTCAGTATTTTATGGCTAGAATAGATAAGTCTTTAGAAAGTATATCAAAGGATGTAAGAGAAATAATATCGATGTTTTTAGATGATAAAAAAGCGAAAAACAAGGCGATATTTGGTTTCTATACCTATATCAGAAATAATCTCAATATTATAATAAATAATTCTGATTTGAGAATTGCTACATTGACTAATTTGCAGTCTTATTTAGTAGAACTAAAACAAAATCTACTATTTTATGAAAGTACAATAAAAAGAAAGAATGCAGAATTAGACAGTATTATCAGCAATAATAGAACTACAGGTAAAAGAGTTAATGAGGTGCAAAAAGTTGAGATTGAGGTATCAGAATTGCTTGTTCAACAGCATATATGTTTTGAATTATTGTTAATAGGCAAAATGTATGAGATGCAGTTAGCCCAGATTTATGATGATGAATACTGCAATAACTTAATAGAAGATTTAAACATTCACTTTATAGATTCAGTTACGTTTAATAGAGATATCATTAATAAATATTCAGGGGTATTAGAACAAATTGAACGTAAAGCAATTATTAATAAAGATAAAGTATGGAATGAGAAAGGAAAATTTGATACTAACTTTGTAAAAAGGATGGAAGACTTTGAGAAGAGTGTAATAAATACAATTGATTCAGTAAGAAATCTAATATCCTTTAATAAGGGGGAGCAAGTATTTATCGTAAAAGATGAAGGATTGTATTACTTAGGAGAAGAAGTGTCTTAGAACCTTTTAAAGATATTGTTATACTTTATTAGGAATATAAAGTATAGTTAAGGGGTTGAAAGAGTGGATGAATTAAGCAGGAAACTGAATCAATATTTTGCCGGCAGGGTTGTAAGAAAGGACTTAACAAAAAAGATAAAAGAAGGTGCAAACGTGCCCGTATATGTTCTTGAATATCTTTTGGGCATGTATTGCGCCACAGATGATGAAGAAGGTATAGCCGAAGGTGTTGAAACAGTAAAAAGAATTCTGGCTGAAAATTTTGTGCGTCCTGATGAAGCCGAGAAGGTAAAATCCAAGATTAGGGAAATAGGAAAGTATACCGTTATTGATAAGGTTAGTGTAAAACTTAATGAAAAGAAGGATGTCTACGAGGCTGAATGTAAATTTTCAAATTAAATTAGATAATATTTTCAAATTATTTTAGGTCAATTTTACCACAAATTAGTGAATATTTTCAAATTAAAATAGGAACGCGATAATCAAATTTTCAAATTCCAGTAGGATTCAAAATAAAATTTGGAAAAATAAGTATTGCATAACACTTTCAAATTTGTATAATAAAAATGAGCAGATTAACTGCTCTTAAAATTTTAATCAAAATATTGATAATAGAAAACTTTTAAGTATAAATTCAATAAGTTTACAACATTTATTACTTAAACGGTTTATAACCGTTGTACTAAGGCTGCCGGTTAAAGATAAAAGTATTTTAGATATCAAAGTCTTTTTGTCCTTGGTATACGATTTCTTCATCTACATGCTTTTGCTTTATTGAACAAGCATACATAAGGCTTGAGGTTGCAAGACTGTTAACAAGGCGGGGTACGCCTTTTGATGCAGAATAAATAGCTTCAATTGCAGCCTGGGTAAATATATTTTCATGTAAACCGGCAGACTTTAGCCTTGTAAAAATATAGTCTGAAAGTTCCTCAGGCTTTAACCCCTGCATTACGTATTTTACGGCTATACGCTGCTTTAAAGGTGCATTTACCGCTAACTGTAATTTGTTCCTGATTTGCGATTGCCCCGACAATATTAATATAAAAGGATTTTCAGAGTCCATTTTAAAGTTAAATAAAAGCCTTAATTCTTCAAGTATGCTGTTTGACAGCATCTGTACCTCGTCAAGGATAATAACCCGGAGTAATTTTTTGATTATAGTACAAAGACATTATTGCTTGTTGTATCTGATGAAACATTGTAACCTTCTTATGTGAAGGCACTTCTCCTAAAGATATTAAAAGACCTCGGTAAAAATCCATAACGGTAACTGTTGAGAGAGAAAAATAGCAGGGTTTGTAAAGTCCCGGATTTAACCCGGCTGAAAATTTTCTTAAGGCGGTGGATTTTCCCATTCCCGGTTCACCGACTAAAAGAAACATTCCCCGGATGTTTTGAATATATTTAAATCTTGAATTTAATTCCTTAATATCT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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

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208556:208660	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP025197|263278:323324|DBSCAN-SWA
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MPSHNIYEDELEQAALEWFEELGYETAFAPDISPGGDYPERSDYSDVILEERLKDALKRINPDLPQEALDDALHQILVPLNPALIDNNHLFQKMVTDGVNATFRANDGRIVSKQVRIFDFEEVKNNDFLAVNQFTVIENRVEKRPDVVVFVNGLPLVVIELKNLANEDVEISDAYNQIQNYISTIPSLFTYNAFAVISDGVNARAGTITADEDRFMMWRTIDGDEIAPLSRPQLEVLIKGMFEKERLLDIIKNFILFQTDGKDTYKILAGYHQYHAVNKAVESTIRAAITEGDRKIGVVWHTQGSGKSLSMVFYVGKLVLSKELNNPTIVVITDRNDLDDQLFSTFAKSKDLLRQEPVQAQDRADLRRLLTRESGGIIFTTIHKFAPEEKGDSVPVLTDRENVIVIADEAHRSQYGFRAEIVKGDTEADVKYGYAKYMRDALPNASFIGFTGTPISLADKDTRAVFGDYIDIYDMTRAVEDGTTVRIFYESRIVKLELPDELKPVIDDEYEEITEYQEYTQKEKLKTKWSRLEAIVGAEQRVKAIAKDIVEHFEKRLAAQETEVGKGMIVVMSRRIAIDLYKAIVELRPEWHSDDIDKGVIKVVMTGSSSDPKEWQPFIGTKATRERIAKRMKDNKDELKLVIVRDMWLTGFDVPSMHTMYIDKPMQGHNLMQAIARVNRVFKEKQGGLIVDYIGIAENLKNALNDYTESDREKTGVDTEVAAAVLVEKYELIKELLHGHDYQKFFTGSASERMSAIVETIDYIIGLREERKNDYLKLVSELSRAYSLCATTDIAEKLNLEVGFHKAVKSGIIKLIPENSKKKTAAEIEAQLNQLVSKSISSNEVIDVLDAVGLNKPNIAILSDEFLEEVRNMKQRNLAVELLNRLLKGKIKTFSKRNLVQSRKFSELLENAIRKYQNRTIETTQVILELIQLAKEINEAHKRGENTGLTEDELAFYDALAENESAKEVMGDDILKQIARDLTEAIRKNLSIDWSIRASVQAKMKMIIKRLLKRYGYPPDKTPKAVEIVMEQAKLMCQNESSGVRYQYQLEKEDLPKVAEDSFDI
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MRVTNRMLINNMINNIGANLRRMEKYQNRLATGKKINVPSDDPVVAARALKLRTDVSRLEQYDRNVKDAMSWMEITESALANITDILHRARVLAVQGANGTQTPDDTQKIAEEVKQLKHQLIQVANSTYSGRYIFSGFKTDQKLLDEDGNFVIDVNNDVEKIVYEVDIGDDIHINLTGGNVFNSGADAAAGSTPTMLELFNNFITALEAGDHSTVGGFIDDIDGHMDNIARVRADVGARYNRLELTENRLSKNIYNFTKLMSENEDIDQAENIMLLKSEENVYRASLAGGARIIQPTLMDFLR
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MARKLFTSESVTEGHPDKICDQISDAVLDAIYAEDPMARVACETAVTTGLVLVSGEITTSCYVDIPKIVRQTIKEIGYDRAKFGFDGDTCAVLTAIDEQSPDIAMGVDKALEAKTGEISEEEIEAIGAGDQGMMFGYACDETPELMPMPISLAHKLTKKLADVRKEGILKYLRPDGKSQVTVEYEEDKPVRVDTVVISTQHSEDVDLETIKKDIIEHVIKPVIPSDLIDDNTKFFINPTGRFVVGGPQGDAGLTGRKIIVDTYGGFARHGGGAFSGKDPTKVDRSATYAARYVAKNIVAAGLAKRCEVQLAYAIGVARPVSVRVDTFGTSTIDEEKIEKLIEKHFDLRPAGIIKTLDLRRPIYKQTAAYGHFGRTDLDLPWERTDKADVLREEAAKM
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MPVNKMLIEAYLKKLKMPQAAKTYESLAREAADNNLDYEEYLLCVLEQEVHQRENNRIQRGIRQANFPVIKTLESFDFLAIPSLNKPKVLKLMQGEYIRRRENVLLVGNSGVGKTHIAIALGYEACRQGMKVKFYTAAGLINELLAAQQEYRLNKLEKQWMTPHLVILDELGYVPFSKVGAELLFQFCSSRYERGSLIITTNLEFPKWTEVLGDEQMTAALLDRLTHNAHILNINGESYRFKQALSRQADVG
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MSKKKSRLKLAQEQAESAIKKTNDKISELGTHTSQLYNELNILQKLFDDIRNVPSEKRFEYEKLKKIRLNWKQQAEKIESDYKNAVAKNAGKGAAGVGAGIAVAALGPTAAMGIATTFGIASTGTAISTLSGAAATNAALAWLGGGALAAGGGGMAAGKAFLALAGPVGWAIGGVALVSSGLLLWKGKSDQNRLEEIFTLISKRDVKSYELAIVEINERISRIKDESQKLNCASERTRTFGLDYSLMTEAQQYELGSYVNLMNSSTQLLVNPIIGLQPKYDISDLKEYIAFSKKKFDDKQKSLIVSLSNLLYKINLDEKDKILLWKSFKRNKKFLSSIEMSKQDFEFSIIGTVTDALEHKYRLEKG
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MEKTPKVFISYSWSSPEHEEKVLNLATRLMSHGVEVIIDKWDLKEGQDKYAFMEQAVTSNDIDRVLIISDKMYAEKANSRRGGVGDETIIISPEIYGSVNQDKFIPVVFEYDECRNPCLPAYIKSRIYINLSSEEDFENEYEKLLRNIHNKPMFKKPGVGRIPEWILDETTDYSLLKDIIKQLKGTQYDKKGKFMILIKRFIDSFCEVMNELRITEAKGDMSEEIVKKINEMKPLRDIYLDFLETLLYADADISNIIPQYFESIYNNVYTEENKSSYTEFEYDHFKFIIWEMFICTISVLLHYERYENIKGIVSNTYFLKSSLFSDEKPADFTKFRPYLRSLEEIIKPKSDNPRLFSLTAEMLMEREKLPVLSKKKLVEADVLLCQLGEIYTDNKWFPMTYVYNEDSGAMWRKLVSRKYCEKAMIMYGASSVEGLKKIAEKNDYKREVSYNNAFDSAPSIVSTISINEIATLP
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MYKLVVTELAHQDLDSIISYIAIQLANPAAASDFLYEVDKCYGYLKSNPVMYSKCNDSRLEKEGYRKAIIKNYILVYKIDETNKTVIVLRFFYGARDYAKLL
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MIKWLKNLLFPPKCIFCNDILDIKSEEFICSDCPSKIPFLNEEISLKPGDFYDGILCLFKYKGIVKNAITRYKFHGKMSYYRVFARLLAEKIKETEILQNTDMILSVPLHRNKEQKRGYNQAYLIAKELGKLLETEEQSHVLKRIRNTESQSLLPKYKRESNVKGAFLVVHPSKIKGKSILLVDDVMTTGSTLNECSRVLKEAGAEKVFVAVLATGRNV
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MNQTEGADQFVLRMSVADDGFSFSSYIETALISAETEIQNLKETIMSVESLKPNCDKLDYALAASSGVLCGIIDIFLVGKPGESPAGDVTDKWFANRTTDFAKLCGWEGKGSDSLSSAISFLEKKFKIPYDQRGAGDAGSIVFDLSPSNHHFKSLGHNPTLLGLFFSILDQFTNQSHFVSGGELISLQNADGKFELRGSNVPEKLFCGFVNWFGHLISDMSGSSSSKGRGMGIPSPFWAWTNDIIAIKRKLNIPVLQFENTINELALSIYKEGYDIRFQATQVIPVFINEIIVRLVYAIRRLVKYFVTTDKEERSASAMWKACEPFSNPTVKRMLTIAHGTFCMMNLGDATIRAFLTGGGTFNVTEFFLRLNIVGVGRFTISLYGEAKRVVVIRKAESEAQFARREITIVENYLNGLSLLSELYDDKYLVDFIDDFKNSDMYVQAFQKSVRLAELRKVPDNNILRTKSDIDLYFGGNRQ
>NZ_CP025197|263278:323324|289120_289816_+|WP_101298682.1|DBSCAN-SWA
MNIIIATIKSWNIKNANRFKKNNKDKYNAFIITNKNDLTLEVVKKLNPKIIFFPHWSWIIPDDIFKNYTCVVFHMTDLPYGRGGSPLQNLIERGHKSTKISAIRVDGGIDTGDIFLKKHLDLYGTAEEIFIRASNIIFNEMIPEILEKKPLPQKQEGEVVEFKRRKPEQSEIHADFSLGKIYDYIRMLDAEGYPKAFIKFGNYRLEFSRSSLKNDRIIADVEIIVDGEENE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_101304023.1|263278_264682_+|tRNA	tRNA lysidine(34) synthetase TilS	NA	NA	NA	NA
WP_101298662.1|264889_265429_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A218MMB5	uncultured_virus	2.8e-15	33.3
WP_101298663.1|265549_267361_+|protease	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH	M4QMW8	Micromonas_pusilla_virus	2.3e-114	49.8
WP_101298664.1|267697_268891_+	methionine adenosyltransferase	A0A2H4PQS6	Staphylococcus_phage	1.6e-156	69.6
WP_101298665.1|268962_269337_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298666.1|269588_270914_+	AAA family ATPase	V9QJ85	Oenococcus_phage	4.0e-63	34.8
WP_101304025.1|271606_273814_+	ATP-dependent RecD-like DNA helicase	A0A0K2FLP8	Brevibacillus_phage	4.7e-77	31.3
WP_101298667.1|273814_274474_+	ComF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101304029.1|274555_274972_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101298668.1|275341_275629_+	flagellar biosynthesis anti-sigma factor FlgM	NA	NA	NA	NA
WP_101298669.1|275768_276269_+	flagellar protein FlgN	NA	NA	NA	NA
WP_101298670.1|276325_277795_+	flagellar hook-associated protein FlgK	NA	NA	NA	NA
WP_101298671.1|277801_279370_+	flagellar hook-associated protein FlgK	NA	NA	NA	NA
WP_101298672.1|279392_280304_+	flagellar hook-associated protein FlgL	NA	NA	NA	NA
WP_101298673.1|280337_280919_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298674.1|280932_281433_+	flagellar assembly protein FliW	NA	NA	NA	NA
WP_101298675.1|281383_281605_+	carbon storage regulator CsrA	H2BD56	Pseudomonas_phage	2.7e-09	58.8
WP_101298676.1|281808_283020_+	flagellin	NA	NA	NA	NA
WP_101298677.1|283079_283379_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063339.1|283551_285237_+	DUF115 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298679.1|285371_286385_+	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)	A0A2P1ELS8	Moumouvirus	1.7e-37	33.1
WP_101298680.1|287308_287950_+|tRNA	methionyl-tRNA formyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_101298681.1|288058_289108_+	pseudaminic acid synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101298682.1|289120_289816_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298683.1|290500_291571_+	UDP-2,4-diacetamido-2,4, 6-trideoxy-beta-L-altropyranose hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_101298684.1|291589_292741_+	UDP-4-amino-4, 6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminase	A0A2K9L470	Tupanvirus	7.7e-55	35.5
WP_159063340.1|292809_293541_+	SDR family oxidoreductase	Q06VL0	Trichoplusia_ni_ascovirus	1.8e-09	27.0
WP_101298686.1|293551_294241_+	glycosyltransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298687.1|294255_295149_+	aldo/keto reductase	NA	NA	NA	NA
WP_101298688.1|295413_296307_+	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063341.1|296930_297107_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298689.1|297375_297588_+	hypothetical protein	Q7Y4M2	Streptococcus_phage	1.6e-11	59.1
WP_101298690.1|297903_299202_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101298691.1|299644_300085_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298692.1|300212_301652_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298693.1|301648_302749_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298694.1|303166_303925_-	ATP-binding protein	U5N3V8	Enterobacteria_phage	9.6e-46	41.5
WP_101298695.1|303924_305409_-|transposase	IS21 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101298696.1|305742_307326_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_159063342.1|307342_308764_+	TIR domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298698.1|308777_310280_+	SAM-dependent DNA methyltransferase	A0A220A2U5	Liberibacter_phage	1.0e-46	31.4
WP_101298699.1|310269_311298_+	virulence RhuM family protein	Q9JMN3	Wolbachia_phage	8.1e-80	50.8
WP_101298700.1|311294_312434_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_101298701.1|312464_315662_+	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	7.1e-74	27.1
WP_101298702.1|315724_316816_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298703.1|316979_318452_+|transposase	IS21 family transposase	A0A2L1IVA1	Escherichia_phage	6.9e-16	26.2
WP_101298704.1|318444_319131_+	ATP-binding protein	A0A2L1IVB6	Escherichia_phage	1.9e-08	22.5
WP_101298705.1|319501_321145_+|terminase	terminase large subunit	A0A2K5B285	Erysipelothrix_phage	1.6e-247	76.9
WP_101298706.1|321218_321479_+	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_101298707.1|321471_321780_+	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_101298708.1|321932_323324_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP025197|334666:427227|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP025197|573140:643705|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_101298927.1|573140_575459_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	1.9e-121	40.6
WP_101298929.1|575855_576908_+	FAD:protein FMN transferase	NA	NA	NA	NA
WP_101298931.1|577157_578630_+	methyl-accepting chemotaxis protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298933.1|578641_579586_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298935.1|579575_580541_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101304037.1|580532_581753_-	beta-N-acetylhexosaminidase	A0A1B1IVS3	uncultured_Mediterranean_phage	3.4e-08	28.3
WP_101298937.1|582157_582496_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298939.1|582535_584656_+	HAMP domain-containing protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	1.9e-06	58.9
WP_101304039.1|585712_586591_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298941.1|587022_587262_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298943.1|587276_589919_+|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A1V0SK04	Klosneuvirus	6.7e-187	44.4
WP_101298945.1|590071_591256_+|tRNA	glutamyl-tRNA reductase	NA	NA	NA	NA
WP_101298947.1|591396_591882_+	NAD(P)-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_101298949.1|591878_592748_+	hydroxymethylbilane synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101298951.1|592749_594303_+	uroporphyrinogen-III C-methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_101298953.1|594244_595246_+	porphobilinogen synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101298955.1|595246_596539_+	glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase	NA	NA	NA	NA
WP_101298957.1|596805_598737_+	NAD(+) synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101298959.1|598766_599054_+	DUF1266 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298961.1|599264_600104_+	ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	6.3e-30	36.5
WP_159063355.1|600048_600711_+	ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_101298966.1|600659_601469_+	molybdopterin-synthase adenylyltransferase MoeB	A0A1V0SAV8	Catovirus	1.3e-11	27.3
WP_101304041.1|601519_601933_+	M67 family metallopeptidase	D6PFD3	uncultured_phage	1.8e-06	34.4
WP_101298968.1|601932_602799_+	4Fe-4S dicluster domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298971.1|602795_603161_+	sulfurtransferase TusA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298973.1|603160_604390_+	O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase/cysteine synthase	NA	NA	NA	NA
WP_101298976.1|604407_606096_+	adenylyl-sulfate reductase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_101298978.1|606079_606394_+	ferredoxin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298981.1|606421_607222_+	sulfate adenylyltransferase subunit 2	NA	NA	NA	NA
WP_101298983.1|607412_608777_+	50S ribosome-binding GTPase	A0A076FFS6	Aureococcus_anophage	2.0e-49	31.3
WP_169926550.1|609226_610822_-	peptide chain release factor 3	A0A2K9L6L3	Tupanvirus	4.1e-14	26.7
WP_101298986.1|611113_612787_+	nucleoside kinase	NA	NA	NA	NA
WP_101298988.1|612964_613318_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_169926551.1|613329_613749_+	anti-sigma regulatory factor	NA	NA	NA	NA
WP_101298992.1|613779_615060_+	4Fe-4S dicluster domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298994.1|615101_615431_+	AraC family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101298996.1|615427_616135_+	PHP domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
616272:616331	attL	NA	NA	NA	NA
WP_101298998.1|616779_618231_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101304043.1|618538_619237_+	GTP pyrophosphokinase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299000.1|619462_620296_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	7.4e-15	29.2
WP_101299002.1|620324_621032_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299005.1|621495_621930_+	50S ribosomal protein L13	NA	NA	NA	NA
WP_101299007.1|621957_622350_+	30S ribosomal protein S9	NA	NA	NA	NA
WP_101299009.1|622996_623833_+	TnsA endonuclease N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299011.1|623877_624165_-	TIGR04540 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027621357.1|624222_624981_-	ATP-binding protein	K4HZD4	Acidithiobacillus_phage	9.0e-44	38.9
WP_157834867.1|624970_626509_-|transposase	IS21 family transposase	K4I413	Acidithiobacillus_phage	6.0e-95	38.3
WP_101299013.1|626858_627455_+	DUF1819 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299015.1|627455_628037_+	DUF1788 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299018.1|628052_631607_+	BREX system P-loop protein BrxC	NA	NA	NA	NA
WP_101299021.1|631624_635287_+	BREX-1 system adenine-specific DNA-methyltransferase PglX	A0A2R2ZGH5	Clostridioides_phage	1.3e-07	22.7
WP_101299024.1|635300_637856_+	BREX-1 system phosphatase PglZ type A	NA	NA	NA	NA
WP_101299027.1|637880_639923_+|protease	protease Lon-related BREX system protein BrxL	NA	NA	NA	NA
WP_101299029.1|640129_640465_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299031.1|640641_640998_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299034.1|641267_642098_+|integrase	tyrosine-type recombinase/integrase	A0A1B1IQT7	uncultured_Mediterranean_phage	5.5e-10	29.3
WP_101298998.1|642253_643705_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
644154:646227	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP025197|657578:705921|DBSCAN-SWA
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MKYYEDFLKLEVFNLEDAQKVVGSTENAKVILNSYVKKGLIKHVRRNLYCAVNLENREATADRYLVASKINNNAYLTYHSAFEVHGLSHQVSFLVYVASEQKISDFEFEGVLYKYVGIGIQEGITHYRLNNKIRLTDLERTVVDSLDRLDYCGGVYELDEIIKICRVLDEAKLAKYLEMYDKQILYKKAGYFLERYQQSLGITDGFLSQIEKRTGNTKSYLDEEAKNGNGILIKRWSLIVPKPLEGKGDVFV
>NZ_CP025197|657578:705921|691310_691478_+|WP_157942966.1|DBSCAN-SWA
MEQICSAFQPNKKTLNIDEISPEDIQEIDNAVIWQNRYKDTTFIGLSEERMFMII
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MEFITERLILRPWKETDAESLFKYAKDPDVGPIAGWPPHKSIDESRDVIKNVFCGPECYAVCLKTDNIAIGCIELKLNGSTDMTKRDDECELGYWIGKEFWGQGLIPEAARELIRHGFEDLNMNVIWCGYYEGNTRSKRVQEKVGFVYHHTCKEVPIPLMGETRIGHTNYMTKERWQLYCSTLSRVKK
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MLNINEIDTVYLASGVTDLRKSIDGLMVIIKMELKLDPYEKALFVFCNRQMNKLKVLHFDNGFWLYYYRLEENKFKWPMTKDEALKVDVDELKWLLKGYEVTTTSKFKSVKGRKYF
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MKKEYMQVFSIEGETMLEVLFSDSEKGLIKAAKKYNIKNMPGEVVGYIEKKTTKAESEKHFEEKAVGGNHQDIVNIGFLLDIGDISGEIDGNERQNVFRKVWGRFGFDNKEQEQFFQDQRKDMEKLLSAAKDGIPIRIWKSSAPYSACGFYYVCHLLRNIDCNISVVSLPEYYPISENETVEYSHWGEVDAGKFYQFLPFEKQLTNIEKRIISDRWHGLMEENAPLRAIINRCKKYNKVVNFCDTAH
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MVEQRLDYENIKHLDDGNNVAVPSITINGTGDINKTTEVYNALANPLIKEFESIIIGYPIEIETSSKFETAEIKFCLNPEFISKEDINNLRIFYYNKEINAIEILDTEINADELEIYSNVTHFSIYGVIDITKYAEEMQVHNEESKLERGVADIVFVIDTTGSMSGTINNVRTNINSFVDMLALKDVDVRLGIVEYKDIYEDGLDSTKVWKWHETVSDFRETMSNLKASGGGDSPETTVDALEAARRMDFRSYASKFIIVFTDATTKPGSRYEGIATFSDVTHKLIDDRICVSVVSRKTHMDHYEDLYMATTGIWADLYSNFYNVLSQLSDRIATGTMGDGVWIRLSNGTAVKLNKYPDKNDLITDTDGDGIPDSQELIEEVEIIIQMPTGPSYKFNAWTFGSNPAKADTDDDGILIQKMKIH
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MTSSMYNSIQHFNEFGAKRIEKKIKNFIEEGKDLADLILGLKEDLFKLGRDILKEVLEDMDEYLRNCEIRKQYWEIIRKDKTSILTTFGTLSYNRTYFKHKENGNRQHLVDRIVGVEPHDRVSADVVINAIEEAADSSYRKAGEKATYIDEISKQAVMNKIHNIEIVEPEIKVDKKRKVKILYVEADEDHVALQQKSILRQNEKGKRNTIMPKLVYVHEGIDFEKSNKKRKVLKNVRYFGGVYNNSENLWLEVSEYIYKQYDVDFLETVYILGDGASWIRQGVNWLSKSKFVLDRYHLQKYVRVATTHLNDEAISQDLQDALNLSDKKKLTKVFKKIIEKTGDNESKIKAIKNAKRYILNNWDGIEIRSNRGIVGCSAEGHVSHVFSSRLSSRPKGWSRKGVEKMSKLIIYKKNGGKVYDIVMAQKQKKLAASRQEIQEKLIKELKKSSNRYESVWNSNLTVIHKGCKTGLYKELRRIIGICG
>NZ_CP025197|657578:705921|684273_684495_+|WP_101299100.1|DBSCAN-SWA
MKQDFIIYGNAIALQVFPSTTSDPSKEYYDEYNAVSKRLRETSNYLAEKIKERGFNAYSHVQMLKICSQISIY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_159063347.1|657578_658019_-|transposase	transposase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299050.1|658287_658578_+	winged helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_108593931.1|658669_658867_+	RNA 2'-phosphotransferase	A0A2R2ZGT8	Clostridioides_phage	1.7e-10	47.8
WP_157942961.1|659041_659416_+	BlaI/MecI/CopY family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101299054.1|659419_661195_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299056.1|661204_662014_+	RHS repeat-associated core domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299058.1|662541_663378_+	sugar phosphate isomerase/epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_159063357.1|663581_663737_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299060.1|663898_664663_+	prolipoprotein diacylglyceryl transferase	NA	NA	NA	NA
WP_101299062.1|665053_666505_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101299064.1|666745_668476_+|transposase	IS1634 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_159063358.1|669992_670151_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299066.1|670338_671364_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101299069.1|671694_672042_+	type II toxin-antitoxin system YoeB family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_101299071.1|672010_673132_+	HigA family addiction module antidote protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299073.1|673524_673728_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299076.1|673770_674133_+	BlaI/MecI/CopY family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_159063359.1|674135_674291_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299080.1|674268_674838_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299083.1|674931_675630_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	4.9e-28	32.6
WP_101299085.1|675701_676712_+	HAMP domain-containing histidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_101299087.1|676776_677655_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	1.2e-23	32.1
WP_101299089.1|677654_678902_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299091.1|678870_679485_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_108593956.1|679614_680103_+	radical SAM protein	NA	NA	NA	NA
WP_108593932.1|680185_680470_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299094.1|680860_681619_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063360.1|682228_682768_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101299098.1|682931_683792_+	AraC family transcriptional regulator	D0R0F8	Streptococcus_phage	7.6e-31	30.3
WP_101299100.1|684273_684495_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157942965.1|684505_684607_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299104.1|684756_685323_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_101299106.1|685615_686308_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	6.1e-31	33.5
WP_101299108.1|686391_687315_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	2.1e-39	43.5
WP_101299110.1|687307_688078_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_101299113.1|688101_689004_+	HAMP domain-containing histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	3.1e-06	23.9
WP_101299115.1|689210_689534_+	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299117.1|689846_690590_+	DUF1835 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_157942966.1|691310_691478_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299119.1|691696_692722_-|transposase	IS1634 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101299121.1|693619_694201_-|transposase	IS66 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101299123.1|694258_694489_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063361.1|694584_694935_-	IS66 family insertion sequence element accessory protein TnpB	NA	NA	NA	NA
WP_101299127.1|694928_695264_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063362.1|695538_695718_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299132.1|696024_698130_+	S-layer homology domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299135.1|698144_699416_+	VWA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299137.1|699478_702448_+	chitobiase/beta-hexosaminidase C-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299139.1|702550_703378_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299142.1|703543_704743_+	amidohydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_101304045.1|704729_705203_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
WP_101299144.1|705204_705921_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP025197|804268:871390|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_6

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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP025197|886486:1023421|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

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MKKANTYLLKSYSKGRLAVEVPYSFENVEKIKQISGRRWEKSDKIWSIPNKKELIENLCKLFKSCNVVYNIVKYNSLNDVMMEELKHELILRNYSFQTQKAYLNHIKRFFDYYNNRKIEDINKNDVRMYLIKEIEEGKAISYVNQAFSALKFLFTETKGSNKFNFDIPRPKKEKSLPSVLSVIEVFKIIEAIKNIKHKAIIMVIYSAGLRVSEVAKLKVENIDSERNLIFIKGAKGKKDRYTLLSNVALEMLRDYFKIYKPEKWLFEGGKEGRHITERSIQKVFEKAVFKAGINKKVSVHTLRHSFATHLLENGTDLRYIQELLGHESSKTTEIYTHVSEKDFGKIQSPLDRIMSDKEKR

Homologous phage analysis in the prophage region

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923756:923774	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_101299632.1|984470_985640_+	UDP-4-amino-4, 6-dideoxy-N-acetyl-beta-L-altrosamine transaminase	A0A2K9L470	Tupanvirus	1.3e-52	35.3
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1022494:1023618	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP025197|1224077:1297128|DBSCAN-SWA
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MKIKNMMKNLLKDQSGEFGIKQIAATVAVIVIIGLIIGVVRGNIGTWVVEVWDMFIEMIKDTIS

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_101299992.1|1227717_1228386_+	TrkA family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299994.1|1228413_1229781_-	Trk family potassium uptake protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299996.1|1230001_1231108_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299999.1|1231118_1232357_+	CpaF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300001.1|1232394_1233195_+	type II secretion system F family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300004.1|1233213_1234080_+	type II secretion system F family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300006.1|1234101_1234302_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300008.1|1234410_1235109_+	pilus assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300010.1|1235110_1236367_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300013.1|1236458_1237247_-	serine/threonine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_101300015.1|1237288_1238929_-	FHA domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101299685.1|1239536_1240988_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101300017.1|1241562_1242090_+	prepilin peptidase	NA	NA	NA	NA
WP_101300019.1|1243865_1245701_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	6.5e-56	28.8
WP_101300022.1|1246003_1248259_+	M4 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_101300024.1|1248710_1250066_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300026.1|1250066_1250945_+	flagellar biosynthesis protein FlgA	NA	NA	NA	NA
WP_101300029.1|1250928_1251756_+	ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_101304090.1|1251800_1253243_+	CpaF family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300031.1|1253220_1254204_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300033.1|1254200_1255082_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300035.1|1255124_1255319_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300037.1|1255331_1255811_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300039.1|1255826_1256348_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_133161642.1|1256375_1256609_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300044.1|1256621_1257425_+	DUF5050 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300046.1|1257449_1261310_+	type VII secretion protein EssC	A0A0E3D9S9	Bacillus_phage	4.2e-20	32.0
WP_101300050.1|1261547_1261838_+	WXG100 family type VII secretion target	NA	NA	NA	NA
WP_101299048.1|1262454_1263255_-	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_101298620.1|1264878_1265055_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_159063398.1|1265687_1266506_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300055.1|1266562_1267228_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300057.1|1267203_1269198_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300059.1|1269227_1269815_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300061.1|1270579_1271611_-|transposase	IS6 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101300063.1|1271733_1272582_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300065.1|1272607_1275238_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300067.1|1276271_1277120_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300069.1|1277147_1279781_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300071.1|1279810_1280398_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300073.1|1280989_1281838_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300075.1|1281863_1282517_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300078.1|1282583_1284500_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300080.1|1284529_1285117_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

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>NZ_CP025197|1480186:1533162|1503968_1504271_+|WP_101300432.1|DBSCAN-SWA
MERRYYSMNKVLIECDTLIDKYKLNKEGIIKQLETIKIEKDQNFIIAYDKDFRFTLVGEMNINNNSIILTNVIKAIDFRKIDNSDLFEFIKRQGVNRIKE
>NZ_CP025197|1480186:1533162|1488935_1489790_+|WP_101300408.1|DBSCAN-SWA
MLDNNYYVYKKEVDWSVLQQGVSIPVTIQVVFQNTINKFLPRGKSKDIYLVLEGLTYKARLVNQKFDERKYPNRKDILQIRYHPQSEIAERLRSIFAASYRYILEQRNSLPENQRKFIKVPEEIKEYLAIYTTEYPDTYLLECITQEDTRIIKETMVHEDEQEYEASINYNTVDPNATIAAVNQIVKIRKLNRAIGESLKLLYNYRCQICGENISARYGVNVVESHHINPFVESLNNNSENQVIICPNHHRIIHRARPVFDRRKLIFVYHNGVEERIILNRHLQ
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MPEGRINKEHDLGYKHLLTHKKTFIQLLRSFVKEDWVKEIDESQVMLINKSYVLQDFKEKESDIVYRLKIKDRNVIFYCLLELQSSVDYQMPLRLLFYMIEIWRDILKNTEHHEAERKGFKLPCIVPIVLYNGVNNWTVCRSFREMLDGSEIFSNHVLDFNYILFDVNRYEEEELLGLANLISGVFLLDQKIDSEQLKDRLVKMIEILGDLSEEEFGLFKGWLKWILKPRISEELRFKIDDILEKSRPTEVENMVYNLANTIDEMTQKAMEKGIEEGIQKGIQKGIEEGIQKGIEEGLQKGIKEGIQKGIKEGVLKVAKSALEKGADIDFVACITELDIEIVKKLKEEIERTK
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MDVPHKGYSESGTLDSRDNFKYREYVKEGQSMYKITETTEITIKVNKDNINFYTHAHMPDGEYYIRVWMADINLASNNFTSINNAYNSLGTLKGIVPLDEIIITVKGSMHDDTN
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MQVSSPEEGEIRYYDGIAFNLGTDVDEFGRMIIGKSQVFLLKMADQLDFMKESWVKG
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MQKRILSVYYSYTGDKEVPQIRLQGKWLKELGFETGKKIVVLAENGVLEIRLTSAENNVSLVKKDNNKVSKKSC
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MFKGEDKIDYNINSAKLLEIKELKGFNNEPGVLEYQVKVDFDFKKLITADDGVWPRFIILKKESEKSGWRIDGVGTGP
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MDGFKLVCGGKVYVSDECSVGSGTFKNGGAVGFRFDYPIVLTFYAPGNDLSANFEEIPSGAVKDSEVLVSVEVN
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MKSMETACQMNNCFSKCFKEKLLNTELGFLIKQEGVKEGIKEAILILLLKKADTLPDDIYNSIMNQENQSTLMEWVRLVSETQNMEQIRKVINGK
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MPESDVRIQFKINENGQKPLEKYLNNNILDSESFAIHLVKKYETERTFDLPYNALSRKIRFPLAEGEDITAHLTKPRGEWKKGSLATGSLNIEQKDSQILKGIKLFKSYSPKTIGVSENSDTIVLNPDVTATVERPVFGDDPLKKKWLNLPDPRKPKVLDGEFTYGGEVRRTYVYKRDTGLYDEDEIEIEGVAKAPFNPGSDRIFINAYIYNGKKDLKPPSFENKIENNGNMYLQKSLLWQSEPYPFDVIRWMCHIKATVNQVL
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MTSSMYNSIQHFNEFGVKRIEKKIKNFIEEGKDLADLVLGLKEDLFKLGRDILKEVLEDMDEYFRNCEIRKQYWEIIRKDKTAILTTFGTLSYNRTYFKHKENGNRQHLVDRIVGVEPHDRVSADVVINAIDEAADSSYRKAGEKATYIDEISKQAVMNKIHNIEIVEPEIKVDKKREVKILYVEADEDHVALQQKSILRQNEKGKRNTIMPKLVYVHEGIDFEKSNKKRKVLKNVRYFGGVYKNSEDLWLEVSEYIYKQYDVDFLETVYISGDGASWIRQGVNCLSKSKFVLDRYHLQKYVRVATTHLNDEAISQDLQEALNLSDKKMLTKVFKKIIEKTGDNENKIKAIKNAKRYILNNWDGIEIRSNRGIVGCSAEGHVSHVFSSRLSSRPKGWSRKGVEKMSKLIIYKKNGGKVYDIVMAQKQKKLASSRQEIQEKLIKELKKSSNRYESVWNSNLTVIHKGCKTGLYKELRRIIGICG
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MSLYYNQKITPVIILDEVQMLSNSILEELRLLFNFKMDSENPFILILSGQSQIRNKLQLAVNAPLKQRIAVKYVMQGLKPEELSDYIFTRLKSAGLHENIFTQAAIEAIYSASKGVPRLVNSLATSSLMYACSIKQKHVDEEFENLIIAFLF
>NZ_CP025197|1480186:1533162|1522143_1522980_+|WP_101300480.1|DBSCAN-SWA
MRNKGFFAVIFIVCIVSVVFLINDYVKAQEINIEILIDGVDDVPKVGRIGEPIKFEEYIEMWHSSGGYWKYKDLIIYDKSLKYDLEDERGFEDALIDATKGEFAFEYELDSELYEKLINTENLKVVCSTTLKDPVTGEYKAINDIFYEKPSIELKNGKIYFKGKPKLNFYKKERITFEDIIDDVLEVQIPFVDPDYGMNLYAIWSRKSGGNKSVGLGGAWGYFNKDDIFATPNVPTIDEIKHLADIPDIENYSHILDIPNIDKILERPIQELGAIAPS

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_014256049.1|1480186_1481416_+|transposase	IS256 family transposase	A0A220NQR7	Corynebacterium_phage	2.8e-95	48.2
WP_101298998.1|1481768_1483220_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101300397.1|1484086_1484596_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300399.1|1484644_1484938_+	sodium ion-translocating decarboxylase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_101300401.1|1485058_1485346_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300403.1|1485445_1487509_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065820886.1|1487879_1488173_+	stage V sporulation protein S	NA	NA	NA	NA
WP_065820885.1|1488200_1488425_+	type I addiction module toxin, SymE family	NA	NA	NA	NA
WP_101300405.1|1488561_1488798_+	DUF4829 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300408.1|1488935_1489790_+	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_159063410.1|1489943_1493168_+	ATP-dependent DNA helicase RecQ	L7RCS0	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	3.5e-36	32.8
WP_101300412.1|1493307_1495326_+	SAM-dependent DNA methyltransferase	A0A220A2U4	Liberibacter_phage	4.2e-32	26.8
WP_101300415.1|1495322_1496867_+	restriction endonuclease subunit S	NA	NA	NA	NA
WP_101300417.1|1496903_1497812_+	DUF91 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300420.1|1497828_1500819_+	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	4.5e-22	23.8
WP_101300422.1|1500869_1501067_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_101300424.1|1501226_1502021_+	ImmA/IrrE family metallo-endopeptidase	A0A2H4J8U8	uncultured_Caudovirales_phage	6.6e-29	34.5
WP_101300427.1|1502023_1502566_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300430.1|1503100_1503829_+	DUF1444 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300432.1|1503968_1504271_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101304113.1|1504315_1504612_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300434.1|1504847_1505042_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063411.1|1505060_1505549_+	type II toxin-antitoxin system PemK/MazF family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_101300438.1|1505893_1506634_+	HNH endonuclease	NA	NA	NA	NA
WP_101300439.1|1506726_1507230_+	GAF domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063412.1|1507422_1507710_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300443.1|1507728_1507911_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300445.1|1508051_1508666_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300447.1|1508649_1509108_+	AAA family ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_101304115.1|1509404_1509749_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300450.1|1510878_1512924_+	serine hydrolase	G1DU00	Mycobacterium_phage	3.2e-27	29.0
WP_101300453.1|1513042_1513321_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300456.1|1513277_1513634_-	IS66 family insertion sequence hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300458.1|1513808_1514270_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300460.1|1514360_1514717_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300463.1|1515148_1516135_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300468.1|1516154_1519091_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300472.1|1519348_1520398_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101300477.1|1521137_1522124_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300480.1|1522143_1522980_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300485.1|1523004_1523769_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_159063413.1|1523959_1524181_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300487.1|1524138_1524483_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300489.1|1524740_1525802_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA
WP_159063414.1|1526045_1526219_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300491.1|1526506_1527493_+	copper amine oxidase N-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300493.1|1527514_1528342_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300496.1|1528362_1528587_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300498.1|1528644_1529439_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101300501.1|1529396_1529741_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298998.1|1530042_1531494_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101300503.1|1532076_1533162_+|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP025197|2859229:2938018|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_101302986.1|2878832_2880890_+	glycoside hydrolase family 11 protein	NA	NA	NA	NA
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WP_101302989.1|2883105_2883426_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101302990.1|2883560_2884250_+	lytic transglycosylase domain-containing protein	A0A0H3V0Q1	Geobacillus_virus	5.7e-37	65.5
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WP_101302992.1|2886002_2886803_-	undecaprenyl-diphosphate phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_101302993.1|2886943_2888623_-|protease	ATP-dependent protease LonB	A0A0R6PGP8	Moraxella_phage	8.2e-21	27.7
WP_101302994.1|2888913_2889225_-	zf-HC2 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101302995.1|2889922_2891212_-|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	4.2e-150	63.9
WP_101302996.1|2891225_2891810_-	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP	A0A223W000	Agrobacterium_phage	3.1e-52	55.2
WP_101302997.1|2891880_2893167_-	trigger factor	NA	NA	NA	NA
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WP_101303003.1|2899391_2900594_-	elongation factor Tu	V5L5J1	Insectomime_virus	4.5e-21	28.6
WP_101303004.1|2900716_2902795_-	elongation factor G	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	2.0e-61	25.9
WP_101303005.1|2902976_2903447_-	30S ribosomal protein S7	NA	NA	NA	NA
WP_101303006.1|2903621_2904044_-	30S ribosomal protein S12	NA	NA	NA	NA
WP_101304290.1|2904122_2904335_-	ribosomal L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303007.1|2904494_2907995_-	DNA-directed RNA polymerase subunit beta'	A0A2I7QNZ7	Vibrio_phage	1.3e-68	26.5
WP_101303008.1|2908012_2911834_-	DNA-directed RNA polymerase subunit beta	A0A1B1ISA9	uncultured_Mediterranean_phage	1.5e-46	23.4
WP_101303010.1|2912460_2912847_-	50S ribosomal protein L7/L12	NA	NA	NA	NA
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WP_101303018.1|2914578_2915004_-	50S ribosomal protein L11	NA	NA	NA	NA
WP_101303020.1|2915047_2915581_-	transcription termination/antitermination protein NusG	G3MAW2	Bacillus_virus	4.9e-12	33.8
WP_101303022.1|2915691_2915913_-	preprotein translocase subunit SecE	NA	NA	NA	NA
WP_101303024.1|2915977_2916127_-	50S ribosomal protein L33	NA	NA	NA	NA
WP_101303026.1|2916356_2918024_-	biosynthetic-type acetolactate synthase large subunit	A0A0P0CDR3	Ostreococcus_lucimarinus_virus	3.5e-64	31.0
WP_101303028.1|2918126_2919785_-	dihydroxy-acid dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_101303031.1|2919921_2920632_-	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303033.1|2920738_2921911_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101298998.1|2922538_2923990_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_101303035.1|2924116_2925199_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303037.1|2925297_2926674_-	DUF4340 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303039.1|2926670_2928104_-	GldG family protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303041.1|2928110_2928818_-	ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_101303043.1|2928819_2929935_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	3.5e-28	36.9
WP_101303045.1|2930573_2932451_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303047.1|2932476_2933373_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP025197|2953132:2996309|DBSCAN-SWA
TATGTTAAGTGAAGAGGTAAGAAATGCCATTGCGTTAAAAAGATTTTCACTGATAAGTCCGATCCTAAATGGACAAGTGAATAATCGTAAGGACTATTATGCTCAAATTTCATCAAAACCCGTAGAAATGCCACACTATGGCATAAGAAAATATTCACCTAAAACAATAGAGTCCTGGTACTGTGATTACATGCGTGGAGGATTGGATGCATTAAAACCCGGATACCGGAAAGACAGGGGTAATTGTAGAAAAATAGATACAGAACTTGCTGAAAAAATCCTTGAGACGAAAAGAAAATATCCTAAAGCGCCTACTACAATCATCTATGATAAACTAATAAAAAAAGGCATATTAAAAGAAGGGCAAATATCACTTACCACACTATACAGGTTTTTAAAATTTTCAAATCATGAAAGCATTTATGAAACTGAAGAGAAAAAAGAAATTAAAAGATTTGCACATCAATATATAAATGAGTTGTGGTATGGGGATTTAATGTATGGACCTTACATACAGGAAGGCAGGAAGAAAAGAGCCACATACTTATTAGCATATATAGATGATGCATCAAGACTTGTACCTCACGGAGAATTTTACTATACACAAAATTTAGAATCGTTAAGGCATTCATTTAAAGAAGCGGTGTTAAAAAGAGGCATACCTTCCTTGCTCTATACGGACAATGGGAAGATTTACCGTTCACAGCAGTTTGAATTTATGTGCGCGGACGTAGGATGCGCTCTTATACATTCGAAACCCTTTGTTGCACATAGCCGGGGAAAAATAGAAAGGTTCTTTTTAACAGTTAGAAAAAGATTTTTATCCCAACTTAATATGAATAAAATTAAGAGTTTAGAAGACCTGAATTTTGAGTTTTGGAAATGGCTTGATGAGGATTACCATAAGAAGCCTCATTCATCACTTAAAGGGGTAACACCGTTAGACTTTTTTATGTCACAGGCTTCAAGAATAAAACAATGTACTGACCCTGCACAGTTAGAAGAAAAGCTTCTTTTACGTGTAAAACGCAAAATTAACCATGACGGCACATTTTCCATAAACAATATACTGTATGAAACTGACATTAAGTTTGCAGGTTTAAGAGTTGAAGTCAGATATGACCCTCAACGGCTTGACATACCTTTTTGGCCGGTATTCATATACTATGAAGGCAAGAAAATCGGTGAAGCCTTGCAGGTTAATTTTCATGACAATGCCCATATGAAACGAAGGGGCAGACCTAAAAATTCTGAGTTAATAGTGGATTTACAAAATAACGAAGTATCTGTAACACATGCTGACATGCCTAAATCAAAACAAACAATTTCATTTAAAACAATTATGGAAGGAGAGAAATAATTATGTTCAGACAGTTTTTTGGACTAAAATACAATCCTTTTGGAAAAGAAATTGATATTTCTGATGTTTATGAAAGTGAAGATATTAAGGAATTAAATTCAAGATTTAAATATATTCAAAACATCCGGGGAATGTTTCTTTTAGTCGGTGAACCGGGAATGGGAAAATCCACCGCCTTAAGAAAATTTTCAGCCGGGTTAAATCCGGGACTTTACAAACCCTGCTATTTTTCTCTCTCAACAGTTACCGTTATGGATTTTTACCGGGGTCTTTTAATATCTTTAGGAGAAGTGCCTTCACATAAGAAGGTTACAATGTTTCATCAGATACAACAAGCAATAATGTCTTTGTACTATAATCAAAAAATTACTCCGGTTATTATCCTTGACGAGGTACAGATGCTGTCAAACAGCATACTTGAAGAATTAAGGCTTTTATTTAACTTTAAAATGGACTCTGAAAATCCTTTTATATTAATATTGTCGGGGCAATCGCAAATCAGGAACAAATTACAGTTAGCGGTAAATGCACCTTTAAAGCAGCGTATAGCCGTAAAATACGTAATGCAGGGGTTAAAGCCTGAGGAACTTTCAGACTATATTTTTACAAGGCTAAAGTCTGCCGGTTTACATGAAAATATATTTACCCAGGCTGCAATTGAAGCTATTTATTCTGCATCAAAAGGCGTACCCCGCCTTGTTAACAGTCTTGCAACCTCAAGCCTTATGTATGCTTGTTCAATAAAGCAAAAGCATGTAGATGAAGAAATCGTATACCAAGGACAAAAAGATTTTGATATCTAAAATACTTTTATCTTTAACCGGCAGCCTTAGTACAACGGTTATAAACCGTTTAAGTAATAAATGTTGTGAACTTATTGAATTTATACTTAAAAGTTTTCTATTATCAATATTTTGATTAAAATTTTAAGAGCAGTTAATCTGCTCATTTTTATTATACAAATTTGAAAGTGTTATGCAATACTTATTTTTCCAAATTTTATTTTGAATCCTACTGGAATTTGAAAATTTGATTATCGCGTTCCTATTTTAATTTGAAAATATTCACTAATTTGTGGTAAAATTGACCTAAAATAATTTGAAAATATTATCTAATTTAATTTGAAAATTTACATCTGTTTCTCTAACTTCAAACACTTTAGTTAAAACCTTACCGTCATCTGTTGTAATTTTAAGAGTATTGGAATCAATTATTTCATATTCCCATGTATATATATCATCTGAAATGTTATGTATGTGTTTGCCATCAACTGTAAATTCTACAGTATGGTTGATACTTGAACATTCCCAAATACCAACTAATATTTCAGCTATTTCTTGTTTTTTGGATTGTTCTTTCTCTGATTCTTCGATTTCGATAAGTTCCTTTTCTTTTTGTATTTGGGCTATCATTTCGTCAACTAATTTCTTATCTTTGTAGTAAGAATAATTAAGATTACCGGTTTTACTTTTGTATTCCAGGATATAATCGTTATTTGATTCAATTATCTCAAACTCATATTCATCGGGCTGACCCCCTAAAATTGGAGAATATCCACTTGATTCTTTCTCAGTAATAGTGAAGCTATAATTTTCTACCTAATGGTAAATAATACCATCCAATAGTTTTAAGACGATTGCCTATCCAACCTCCTCCAATTTTAGCTGCCTTCCTTATGCTGTCAAGGGCAAGGGCTAAAGCCTGCTTCGCACCCTTGACACCAATTGCGGAAGCCTGCTTATTTGTAGCTGAGGTTGGCTAGTAGGATTACAGTATTAGGCGATAAGAGGTTGGACTGAGTTAGCTAATTGCCCTTTTGTAAAGGCTTTGTAAAACTCATTAGGAGCCATATACTTTATACTGCTATGTCTACGCCTATTGTTGTAGTAATCAATGTATTCACTAATAGCCCCATATACTTCCATAAAGCTGTCAAATTCATGGCGGCTGTAGCATTCATCTTCTAGAATAGAGTGGAATGACTCTATATAGGCATTCATATTAGGTGTTTTTACAGGAATTCTTTCATGCTTTATATTCCATCTATCACAAGTTTCTTTAAACAGTTTAGCAATAAATTGGGGCCCATTGTCTGTTCTTATCACCGGCATTTTCATACCGGGAGTTAAGTTACGTTTTTTAAGGGCATTTATAAGTACCCTGCAGGCATCCTTTGCCGTGGCGCTTAATCCTACATGGTAACCTACTATCGATCTATCAAATACATCTATGGCTGATAGTTGGAAGAAAAATTGACTGGTTCCGGCAATGTAGCCATACTTTAAATCCATTTGCCAAAGCTGATTAGGGCCAGTTATTTTCTCTCGTTTAGCGAGCTTCTTAGGACGTTTGGGATATATTTTTCGCTGGGGACGTAAAATATCAAGTTCTTTGCAAAGCCGGTAGACTTTTTTGTGATTGATTACTAGTTTATAATCCTTTTTTAAGCAATACTTAAGTTTTTTATATCCATAGGGAAAACCATCACCGGCTATAAGCTCACAAAGGTATTCTTTGATAAGTTCATCCGGTATCTTTTCTCCCTTTTTGTTCAGTGAATAGCCTGGTATTTTACGTCCCGTCTGCTTTTTTGTTGATGTTTGTTCCCCTTTGCTTTCTTTAGTGATGTTGTAGTAATAGGTGGATGCAGCTAGACCGACAGAGTTGAGAACAGTAGTTGCGTTGTATCCCTTTTCTATCCACCTCTTAGCAATGGCAACTCTGCCGGTTACCGAGGGTTTTTACAATTCATCAAGTCCTTTAGAATTGCCAATTGTAGTTCTTTCTCGGCAAGAAGACGTTTTAATCTGTCATTTTCTGTACTTACTTCTTTAAGCTGTTTTTCCATGGCTTTGTACCGTTCTTCTTTTGCTTTGGGCAGAGGTTTTACGGAACCTCTTTGGCGTTGTTTTTTCAGCCAGGTATGGATAGTAGTTGTTGCTATCTCATGCCTCCGGGCTACTAGAGCTACGTTGCCTGTCTCCTGACATTCTTTTATAATTTGTTCTTTAAATTCATCACTGTACTGATTTTTTGTCACTCTCATTACCCCCTACTTCAATACTAACATATTCGTGCATTTTCTCCAAAGGTTCTAGGGGGCTAAATAGATACAACATAAGCCTAAGTCTCCCTTGATAAAGTGAAACATAAAAAATTGGCTGACCGGGTCCTTGGCGGGTATTGAATATGGGTATATATGTCTGGCCGACCGAATAGGTGGTAGGATTAATCCAACCGCCTACAACAATCTTTTCGCCCAGATTGCTAAAGAAACTCCCATCATTTTCTGCTATAAGATGGGTCTTTTCAGAAGTCGGATTAACAATATTTTGCCTGAAGTATCTTCCGAATCTTCCAGCAATAAGGTTTGCCGATGTCCCTGACCAGCCGGAGATGGTAAAATGTCTGCCATGTCCCGATGAGTCTATAAGCTGAAGATTTTCGTCTGGTGTTTTTTCATTAAATCGCCATAAAGCAGACGTCCTTGATGTTACAGGAAACTCACCGGTAAAATCCTCTTGGTTTGTCAGGATTGATTTTATCGCCATGTTATCACCTCCATCTGCTTTTTGCCTGTATTTTTAACTCAGTAAAGGTCGCGTTTTCTGCGGCAATCTCAATATGATTAACACCTTTC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

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MQTQKYSVNQYLIETVLAWVKSGEIAIPEIQRPFVWDASKVRDLMDSLYQGYPIGYIITWKNPNIRLKDGTISEGKKILIDGQQRVTALTAAILGEYVINNKYKKVRIKISFHPIEQRFEVFNTAIEKDNKWIPDISQIFSQDINIIKFINQYCRNNPDVDPELIYERIESLRKIMHKQIGLIELSSDLDIETVTEIFIRINSKGVVLSQADFAMSKIAANESYGGSTLRKCIDYFCHLTVSPEFYYHITDYDKDFAETEYFKKMSWLKNEHDDIYDPYYTDLLRVAFTYKFSRGKLADLVSLLSGRNFETRTYEEDIARESFEKLSKGIIDFINENNFKKFIMIIKSAGFITSHMIRSKNALNFAYILYLTLRSNGYNPAEIESYVRKWFVLSILTGRYSGSPESMFDYDIRNIASRGFNEYLKSIESAELSEAFWNVALIQELDTSSSASPIFNVFLAAQVKNNEKGFLSKDITVSELIFNLGDIHHIFPKDYLRKNGMKRSQYNQIANYVYMQSEINIKIGNKAPKEYFADLIQQCSGGGLKYGGINSLEELKENLGMNCIPESIFTMTFENYEEFLEQRRLLMAKKIRDYYYTL
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MSVFSRLFKARDKPKNSLFGNAYSFFFGGTSSGKAVNERTAMQTTAVYACVRILAEAIAGLPLHVYRYKEDGGKEKALTHPLYYLLHDEPNPEMTSFVFRETLMSHLLLWGNAYAQIIRDGSGRVLALYPLLPNKMTVDRAPNGELFYTYRRDSDESRVNPKAGLIYLRSDEVLHIPGLGFDGLIGYSPIAMAKNAIGMAIACEEYGASFFANGANPGGVLEHPGVLKDPAKVRESWNAVYQGSANAHRIAVLEEGMKFQPIGIPPEQAQFLETRKFQINEIARIFRVPPHMVGDLEKSSFSNIEQQSLEFVKYTLDPWVVRWEQALQKALLLPSEKRAYFVKFNVDGLLRGDYASRMNGYAVARQNGWMSANDIRELEDMNRIPAELGGDLYLVNGNMTRLADAGAFAGKNNAETEGSKVEQITKTKTGLPLLELDTKR
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MIAQIQKEKELIEIEESEKEQSKKQEIAEILVGIWECSSINHTVEFTVDGKHIHNISDDIYTWEYEIIDSNTLKITTDDGKVLTKVFEVRETDVNFQIKLDNIFKLF
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MAKDGTNRGGARIGAGQKKKPLADKILEGNPGRRKLMVMEFTDAAELEGESMPPPRDYLAAKQKNGKTTLAVEIYEKTWQWLKERRCVHLIPAQLIEQYAQSVARWIQCEECITEFGFLAKHPTTGNAIPSPYVAMSQSFMKQANNLWYQIYQVVRENCATEYKGATPHDDVMEKLLTARRGG
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MYDNCFGSNGRNGCNILTVHKCLQDKCSFYKSPQELEEDRKKAYLLLAALPPDMQRYISDKYYNGRMPWVNNKYAIQCSR

Homologous phage analysis in the prophage region

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2945481:2945498	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_101303071.1|2956266_2957531_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_101303075.1|2961422_2961827_+	putative toxin-antitoxin system toxin component, PIN family	NA	NA	NA	NA
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3000935:3000952	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP025197|3021600:3031241|DBSCAN-SWA
CCTATAGATTCACTTCTATTTCTAACCCAGACTTAAACTCAACCACTAACCTATCATCATATACAATCACTTTTTCAATCAGTTTTCTGACCAGTTTATCATCAAACTCCGTAATATCACCGGTTTGCATATTAAGAAAGTCCGTCATCTCAGCAATCCGATCCCTTTTATCTTGACGGAGAGCGTTTCTCGAAAGTGTTTCTTGCCTTAAGTCCCGCAAACGGTAAATCTCGTTAACAATATTATCGTATGCTTCCTTTGAATTTGCCTTTTGGATCAAATCGGTTTGGAGTTCTTCCAGCCTTTTATCAATATCTGCCGTACTCTCATCCAAATCCTCGCTTAATACGGTTTCAATATTCTTCTTCAGTATGGCCAGAAAAGAGTTTTTTCCGCTGACTGCTACATTGATGGCTTCTAAAATTTTCTCTTTAAGCGTATCTTCAAGTATAGTGGAAGCGGTACAAAACAAACCGGTATTTTCTAATCGGCTAACACATCTCCATACAATTGATTTCTTTCCTCGGTTATTCCAATGAACCCTGCGGAATATTTCATGACACTTGCCGCAAAAGACCATCTGTGATAAAGGATGATTATTGCTGTAATTTCTCTTCTTTCCGTTCTTACTTATATGCACACATCTTCTTTTGACAAGCTGTTCCTGAACCTGCATAAAGATTTCACGCGGGATTATAGGCTCATGGCTGTTTTCTACATAGTATTGTGGAACAATACCATTATTGGGTACCCTTTTCTTTGATAAAAAATCTACCGTATAGGTTTTCTGCAGCAGCGCATCACCGATATATTTTTCATTTCTCAAAATCTTATTGATGGTACTGGTATGCCATCTGGGATTGCCTGCACCCGTCAGAATTCCGTCAGCTTCCAAACCTCTTGCTATCTGCAACATACTGGAACCTTCAAGGTATTCTCGGTAGATACGCTTAACAATTTCAGCTTCTTCAGGTACGATAACTAAGTTGCCATCCTTATCCTTTGTATAGCCAAGAAACCGGTTGTGATTGATATGGATTTTTCCTTGCTGATATCGGTACTGAATACCCAGTTTTACATTCTGGCTTAACGATTGGCTTTCTTGCTGTGCCAAAGATGCCATAATGGTCAACAGGATTTCTCCTTTGGAATCCAATGTGTTTATATTTTCCTTTTCAAAGTAAACCGGAATATTTTTTTCTTTAAGCTGCCTTATGTACTTCAGGCAGTCCAGCGTATTTCTTGCAAACCGGCTGATAGATTTCGTAATTATCATATCGATTTTACCCTGCATGCATTCTTCTATCATCCGGTTAAATTCTTCACGCTTTTTTGTGTTGGTTCCGGTAATACCTTCATCTGCAAATATGCCTGCTAACTCCCATTCGGGATTGCTTTTGATGTAGTTTGTGTAGTGCTCAATTTGCGCTTCATAACTGGTTGCCTGCTCCTCGCTGTCCGTAGAAACACGACAGTAAGCTGCTACCCGAAGCTTAGGCAATTCCTCGGCCTTTGCACTATTCCCGATTCGCTTACGGGCAGGAATTACCGTAACATTCCTGGTTGTCATCTAAAATCACCTCGCTCTTAATAAGACTATAAGCATACTCTGCCTGCTGAAACGGATCATCGTATAGATTATCCGGCATTGAAGCATGAAACTTAAAATTTAAGATTTTCTTTTCATTTCCTTTATGTTCATAAATCCTGCCAAGCGCCTCAGCTCGCCTGTGTCTTTCCAGTTGTACTTTTTCGAATGTGTCCTTGCTGATAATTGGCGGATAAAATTTGTCCTCAACATACCGTTTATCTGAAAGCATTCTTGCAACAGATGTGTGGTAGCGCTTAATACCTGCTTTTTGTGCCGCTTCGCTTAAAGAAAGCCCTGAAAGATAAACCTTAAATAGCTTCTTAATTTTAACTGCTTCCTCTTCATTAACGACAGCCCTGCCGTTTTGAATGGTATATCCAAAAGGTATATGGCTCATCATTTCACCAACCTTTCCCTTAAGTTCAACCCGCATTTCATTTTGAAACCTATTTCTTCTTGTGAAAACACAATGATTTCGCGGGTAAAATCCTCAAATATTTCACTATCAAATGCATCAATCTGCTTTTCAGCTTTCGTTGCAAATTTAAGAAGCTTCTCAACCTCAACAAGGATAGTCTGACTCCCATCGATTGCGCGTTTTATGGCTTCTTTTTGTTCTTTTAATAAAACCGCTTCTTTGAGCAGCTCATTTTTCTGTGTATTAAAAAGAGCGGGTTCCAGGTATCCCCTAGCCATAAGTCCCATAATCACCTGAACTCGCTCTGTATTTTCTTTGATTTTTGTTTCCAATTCTTGAATCTTCGCTAGATTATCTGAGTAATTTGTTTTCTTTAAGCTTTGCAACAATGGCCTTAGAATGAACTTATGACCGAAAATAAGCTTATTAATCATAACAACGAAGGCCTGATGGATCTCGTCCTCTCTGACAAACTTCATTGTACAAGCCGAAGCGTCCTTTATGTGCTTTGTGCAGCACCAGGCAATATATTTACGGTCACCGCTGCCATGAATTCGACGCTTAAAATTGCTGCCACATTCTGCGCATTTGATTTTCCCAGAGAAAGGGTAGCGTTTTTGATACTTGCTGCTTCCCTTAATTACACCTTTTTCTTTTCCTCTTTGCTTTAATATCTCTTGGGCGGCTTCAAATTCCTCATGGGATATAATGGCTTCATGATGATCTTTTATCATGTATTGATCTTTTTCCCCACGATTATAATGCCGCTTAAAATTCTCATCTGTATAGGTTTTTTGCAGAAGGACATCCCCAGTATATTTTTCATTGCTTAAAATGCTGCGGATAGTTGTCGCTGTCCAGTATGAACCTCTCTTTGTTGGGATTTTATCCGAATTTAGCCCATCTGCAATTTTCTGTGTACCTTTACCTGCCAAAGCTTCAGAAAAAATCCGCTTTACGATTTCAGCCTGTTCTTTATTGATAAATAGCTTTCCATCCACATAATCGTAACCATAGGGAGGGTACGAAATTTTGTATGTTCCGTTTTGGAACCTACGCCTGATAGACCACTTACTATTTTCTGCAATGGATAATGACTCGTTTTCTGCAAGGCTGCTCAAAATTGTCAGCACCAATTCGCCTTCCATGCGCTGCGTGTTTATATTCTCTTTCTCGAAATAGATGAAAACACCGAGATCGCTAAGTTTTCGCACCATTTCAATGCAGTCGGTTGTGTTTCTGGCAAATCTGCTGACTGACTTGGTTATAATAAAGTCAATTTTCTTGTTTTCGCAATCTGCAAGCAGTCTCAAAAGTCCAGTTCGGTTTTCCTTTTTTGTGCCTGATATGCCTTCATCATAGTAGATCCCTGCAAACTCCCAATCAGGATTTGCTCTTATATAGGATTCATAATGGTCTTTTTGTGCTTCCAGGCTTGCCATTTGTTCATCACTGTCTGTTGAAACCCTGCAATAAGCCGCTACCCTCACCTTTGGCTTGAAAGCTTGGAGAGCATTATTTCCATCAATCCTTGTTACCTTTCTCACTGTTTTCACCTCCTTTGGGTATGTGACATGTTACCTCTGTGTGCCGCTAATAGCAAGCCAATTAGGCCATAAGCTGTGCATACATCGGCGAGAAAGTTTTGCGGTTCAACTTGTCGATTTTGTTGAATTCTTCTTCTGAAATCAGTCCCGCCTTAAGCATCCTCTGCAGAATTTTGTACGCCCGCCAGTAATCAACCTCTCTTTGAATTTCCTCCTGTGTTATCTTTGTATAGTTCGTTTCCTGCGGGTTATATGGCAAATGATTAGCCGCCTCTATCATTCAAGCACCTCCTATAAAGACTTAGGACAGCCGCGATTGGCTGTCCTTTATCGTTATTCCGGCAATTTGAGAACTTGTCCGGGGTAAATAGTATCTGAAGTCAGGCCATTGAGTTTCTTAATCTCCGGAAATCTTGTTCCTCTACCGAGTTCTTTTTCCGCTATTCTCCATAAAGTGTCGCCTTTTTGCACTGTATAGGTTCTATTGCCCTTGTTATCAGGAAGGCTGTTTACAATTACAAGGTTTTCTTTTGCTACCCAAGTGTTTATGCCTGCGATTTCTTGACCGCCGGATTTCTTAACCTTTTTGCCAAGCAATACACATTCTTTGCCGCCTTTTATGACCGGCTTGCCTTTGTATAAAGTCTGTGTGACCCTGTGGTAATAGTCATTTTTGACCCACGTTGGAACTTCCACACTGCCGGGATAGTAGTTCTTTACACTGTCCTTAAACTCCACCATATCGCCAATTCCAATATCAGTATTGGTATCTGTACTGTTCTCCAGCGCTTTTTTTACTGCTTTACGGAAAGTGTCCATATTCTCCCCATGCTTGGGGAACCAGTGCATCACATCAGCATGGTTGCTGGCAATACCGAGCTTATATCCCTCGGAGTGGCAGATGATGTCATTTTCATTAAGGCTGTACTTCTTGCAGAGCATAACGCAGAGTTCAACCGCATTCTGCCACGCTTTACGGAAATAATCTTCCTGCTTTGCTGCATCATAACCCACCATTACCGACCCAGATTTATACGAAAACCCAGCAGGCTCACAAATTTCAAAGCCAATATGGGTATTGTTGGCTGCTCCTCCTGCATGCCACCCGCGATGATCCCAAGGCAAGTATTGCCAAACCTCTTTATCGTCTACAAAAGCGTGTACACATACCTGCCTGTTTATTTCACCGGCCTTGTAAGACTTGTTCCAACGGGAAAACCACTCAACCGCCATTACACCCGGCACAGCCGTCGAATGTACCATGATTCCTTTAGGCGTGATTTTGCGGCCTGCTGTATAGCAATCGTTTCGCGTCATGTATTTAGTAAAAAGCTTCATTTCTTTTCATCCTCCTCATTTGAGCGACCATGCAGTTGTTCCAATGCGTTTTTCAGCTTTTCAGGAATGGGCAGTCCTATATGTGCTGCATTCTCAAGAATTGAAA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Protein sequences of DBSCAN-SWA_12

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_101303186.1|3023586_3025155_-	recombinase family protein	A0A2K5B2B2	Erysipelothrix_phage	1.3e-148	51.7
WP_012208274.1|3025216_3025435_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101303188.1|3025488_3026493_-	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	H7BV89	unidentified_phage	1.6e-11	69.4
WP_094045273.1|3026489_3026909_-|holin	phage holin family protein	A0A2K5B2A2	Erysipelothrix_phage	4.2e-51	70.6
WP_101303190.1|3026996_3029465_-	glycosyl hydrolase	A0A2K5B2A1	Erysipelothrix_phage	0.0e+00	68.5
WP_101303192.1|3029461_3030037_-	hypothetical protein	A0A2K5B2A0	Erysipelothrix_phage	4.7e-53	53.4
WP_058258360.1|3030244_3031033_+	23S ribosomal RNA methyltransferase Erm	E4ZFQ0	Streptococcus_phage	1.4e-34	36.4
WP_076982650.1|3031046_3031241_-	hypothetical protein	A0A2K5B299	Erysipelothrix_phage	2.8e-18	66.2