Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
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NZ_CP018806 | Histophilus somni strain USDA-ARS-USMARC-63370 chromosome, complete genome | 0 crisprs | cas14j,cas3,DEDDh,DinG | 0 | 0 | 5 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
364657 : 418689
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP018806|364657:418689|DBSCAN-SWA 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57 | Mannheimia_phage(35.48%) | integrase,protease,terminase,capsid,transposase | attL 368806:368823|attR 398640:398657 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
463301 : 520260
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP018806|463301:520260|DBSCAN-SWA 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57 | Escherichia_phage(16.67%) | integrase,protease,transposase | attL 488745:488761|attR 507291:507307 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
741313 : 770252
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP018806|741313:770252|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP018806|741313:770252|762646_762868_+|WP_012340798.1|DBSCAN-SWA MTTQSETIQTIEQAQSVQPYQKKLINIEDVKAITGFSTTTIYKLMNKGEFPKAKKCGRSTRWRLADIESYIAS >NZ_CP018806|741313:770252|761702_761960_+|WP_075294469.1|DBSCAN-SWA MNQISQNEDDYISVYELIEWAREVGDGSIINATYLLLKDLDEKTIQTYRKSPLTNRISKTNTNLFDMLKEANKFNSYDCDCDIPF >NZ_CP018806|741313:770252|751354_752191_+|WP_000480968.1|DBSCAN-SWA MFMPPVFPAHWHVSQPVLIADTFSSLVWKVSLPDGTPAIVKGLKPIEDIADELRGADYLVWRNGRGAVRLLGRENNLMLLEYAGERMLSHIVAEHGDYQATEIAAELMAKLYAASEEPLPSALLPIRDRFAALFQRARDDQNAGCQTDYVHAAIIADQMMSNASELRGLHGDLHHENIMFSSRGWLVIDPVGLVGEVGFGAANMFYDPADRDDLCLDPRRIAQMADAFSRALDVDPRRLLDQAYAYGCLSAAWNADGEEEQRDLAIAAAIKQVRQTSY >NZ_CP018806|741313:770252|743141_744635_-|WP_087437258.1|transposase|DBSCAN-SWA 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31 | Burkholderia_phage(18.18%) | terminase,transposase,integrase | attL 760023:760052|attR 770731:770760 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1652434 : 1659705
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018806|1652434:1659705|DBSCAN-SWA 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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018806|1652434:1659705|1654390_1655197_+|WP_012341601.1|DBSCAN-SWA MSMKVLKKQPIIELQDIVVQFPSRDGSIFNPKKFTAIDGISLNIQAGETLGLVGQSGCGKSTLANVMIGLQKPSSGTVKFNGLKMKYGSAEARKQFGRQVSVIFQDPATALNPRMRVIDILKDPMNIHNVLHPHEREKRVYELLFRVGLPRSAALVEPTRLSGGQKQRVAIARALALNPKLIVADEPTSALDVSVRAQVLNLLADLKKELNLAMVFISHDLQTVRQVSDRIVVMNGGLIVEQGDAMDVFDNPQQEYTKILLNAAPSLL >NZ_CP018806|1652434:1659705|1658733_1659705_-|WP_075294045.1|DBSCAN-SWA MSLNEQWQPSASIQNLLARAKIIADIRRFFTERGLLEVETPVLSEFGVTDVHLSTFSTAFTSPFMEKSKTLWLTTSPEYHMKRLLAAGSGAIFQLCKVFRNEESGKKHNPEFTMLEWYRPHFDMHRLINEVDDLLQQTLDCEPAEMASYQFVFQEHVGIDPLSAPINELIEKARECHLDGAENEDRDTLLQFLFSTLVEPNIGQNKPIVVYHFPATQAALAQISSEDHRVAERFEFYYKGIELANGFNELTDAQEQEHRFNQDNRLREQLGLPQHEIDHRFLGALQAGLPNTAGVALGVDRLIMLALGAENISEVISFNIDCA >NZ_CP018806|1652434:1659705|1658202_1658619_+|WP_075319814.1|transposase|DBSCAN-SWA MKKETEIRRGRHVVFNLHVHLVFVTKYRREVFTKFILDDLKAIFESVCSDFEAKLVEFDGEDDHVHLLVEYPPKVAISNLVNSLKGVSSRMIRKKNYPSIRKKLWGNQLWSPSYFAGSCGGAPISIIRQYIEQQQTPE >NZ_CP018806|1652434:1659705|1652434_1654387_+|WP_075294159.1|DBSCAN-SWA MFRQGLAERLAQGGARFKALSMASKIALMFIMLIALIAIFAPWVSPYDPLQTLRPVQAPNSDYWFGTDRLGRDIFSRLVFGARTSLFIGLGAVGFAIIFGSILGATAATASKFGNEVIMRLMDILMAFPGIALAAVLLATFGNSVPIIILTIAVVYTPQLARVVRANVVSQWEEDYIRAERVIGGSRSYILLKHVVRNTAAPVLVFATVMVADAIVLEASLSFLGAGVQPPYPSWGNVLSEGRNLVLSGFWWATTFAGLMILLTVLSLNILSEGLTDALVNPKLKRNPNNKGDVSKPLATDVQEAMAESLALKRYLLKLNQKESERTDRMQLNSAMKPILQVKNLSIRFPNRYGDIPLVDNISFTVHEGETMGLVGESGCGKSISAFSIMGLLPKTAKITGEILFTDRAGNQHDLLKTDKLNDLRGHEISMIYQDALSALNPSMRIKDQMAQLIQRGGKKSAETLLRWVKLEPEKTLNRYPHELSGGQRQRVLIAMALAREPKLLIADEPTTALDVTVQAEVIKLLNELREKLGFAMVFVSHDLALVAQIAHHITVMYAGQVVEVAPTSSLLMNPMHEYTRGLLGSVLSTECRAERLYQIPGSVPSPFDFAEGDRFASRSLRPNANPNQHLKLVQAEDNPKHLWASHLEN >NZ_CP018806|1652434:1659705|1657019_1658156_-|WP_075319813.1|transposase|DBSCAN-SWA MLLRKAFKFEIRPNGEQIRKIKQFCGCSRFVFNRALAWQNEQYEQDNNQKFSYSKLTSLLPQWKKELGWLKECHSQVLQQSLKDLESAFKNFFQKHSSFPKFKKKGVKESFRFPQGCKIQPQNDRLYLPKIGWVRYRNNREIVGEVKNVTVSQKCGRFFVSIQTEFEQERPTHKGGEIGIDMGVARFATLSNGEFFEPLNAFKTYKGKLAKLQKRLKNKVKFSKNRQKLKEKIGKLHHKIANCRKDFLHKISTQISKNHAMIYVEDLQVANMSKSAKGTAEEHGKNVKQKSGLNRAILDQSWFEFRRQLGYKTQWLGGFLVAVPARDTSRACPCCNHTAKENRQTQANFECVECGYTENADVVGAMNVLTRGQAIVQA >NZ_CP018806|1652434:1659705|1655277_1656864_+|WP_075294158.1|DBSCAN-SWA MTNIKFHHQIETELLIVGAGIAGLACCVEAKAKGLNPILISKSIIGGGASFFPLKATLGIQITGDSDDKILFQQEIERVACGVNNPKIVRAYVEESPQAIELLSKIGFTPWLRQDNRPACFAYYTRPIYLINNWKQSAKRAKQILIQHQIEFYENSVLLHIVTEQNQIKGAIFAQQKSGEIRYIFCYTNNIILATGGISGLYQDNLYPADIIGSTHYVAYQAGAKLTNLEFIQFIPAFVKPKYKVLFGEHTLKYLIKVTDSKGKNLFSHLSPQQFQKMIQQRSSYAPFSVDFQSVEFDLVIMKHLIENPTEKGVYLHYSPELYHDKTEFYQVYLTWLEKEMDIHLLRDQVIIRPFAHSCNGGIEINEYAQTAVQGLFAVGEVSACIEGANRLGGNSVGGSLVFAKRAIQKVVENVPHFSTQNKEHYVLKGIRYLQHLANQEKKSAHSSSEILRQVRSLMNQFANVYRTKKNLQCLITQLQHLEKNCPIDLKKIHSIEIYHAIKTAQLVVHAMINRKQSLGSHQISLKE |
6 | Planktothrix_phage(16.67%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
1857528 : 1905959
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP018806|1857528:1905959|DBSCAN-SWA 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54 | Haemophilus_phage(39.47%) | tail,head,holin,transposase,plate | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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