Contig_ID | Contig_def | CRISPR array number | Contig Signature genes | Self targeting spacer number | Target MGE spacer number | Prophage number | Anti-CRISPR protein number |
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NZ_CP018804 | Histophilus somni strain USDA-ARS-USMARC-63368 chromosome, complete genome | 0 crisprs | cas14j,cas3,DEDDh,DinG | 0 | 0 | 5 | 0 |
CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_ID | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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CRISPR_ID | Spacer_Info | Spacer_region | Spacer_length | Hit_phage_ID | Hit_phage_def | Protospacer_location | Mismatch | Identity |
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Region | Region Position | Protein_number | Hit_taxonomy | Key_proteins | Att_site | Prophage annotation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DBSCAN-SWA_1 |
365445 : 419477
Sequences of DBSCAN-SWA_1
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1 >NZ_CP018804|365445:419477|DBSCAN-SWA 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57 | Mannheimia_phage(35.48%) | terminase,protease,capsid,integrase,transposase | attL 369594:369611|attR 399428:399445 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_2 |
464089 : 521047
Sequences of DBSCAN-SWA_2
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2 >NZ_CP018804|464089:521047|DBSCAN-SWA 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57 | Escherichia_phage(16.67%) | protease,integrase,transposase | attL 489532:489548|attR 508078:508094 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_3 |
742099 : 771038
Sequences of DBSCAN-SWA_3
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3 >NZ_CP018804|742099:771038|DBSCAN-SWA 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31 | Burkholderia_phage(18.18%) | integrase,terminase,transposase | attL 760809:760838|attR 771517:771546 |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_4 |
1653329 : 1660600
Sequences of DBSCAN-SWA_4
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018804|1653329:1660600|DBSCAN-SWA 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AGCAATTTTATGGTGTAATTTGCCGATTTTTTCTTTCAGTTTTTGCCGGTTTTTACTGAACTTCACTTTATTTTTGAGCCGTTTTTGCAGTTTTGCCAACTTACCTTTATAGGTTTTGAATGCATTTAACGGCTCAAAAAATTCGCCATTAGACAGGGTCGCAAAGCGTGCAACACCCATATCAATGCCAATCTCTCCGCCTTTATGTGTCGGTCTTTCCTGTTCAAATTCCGTTTGAATACTCACAAAAAAGCGACCGCACTTTTGGCTGACGGTCACATTTTTCACTTCGCCCACAATTTCACGATTATTACGATAGCGAACCCAACCGATTTTCGGCAGATACAAGCGGTCGTTTTGTGGCTGAATTTTGCAGCCTTGCGGAAAACGAAAGCTCTCTTTTACGCCTTTTTTCTTGAATTTTGGGAAACTTGAATGTTTCTGAAAGAAATTTTTGAACGCACTTTCAAGGTCTTTTAACGACTGTTGAAGCACTTGAGAATGGCATTCTTTGAGCCAACCTAACTCTTTTTTCCATTGCGGAAGTAGAGATGTTAATTTTGAATAGCTGAATTTTTGATTATTGTCTTGTTCATATTGCTCGTTCTGCCAAGCTAACGCTCGATTAAACACAAAACGGGAACAACCGCAAAACTGCTTGATTTTACGGATTTGTTCACCATTCGGTCTGATTTCAAATTTAAAGGCTTTACGGAGTAACATTGCACAAATTAGAATACAAAGATTGTTATTATTCTACACTTGGTCTATGAAAAAAGAAACAGAGATTAGACGTGGTCGCCACGTTGTTTTTAACTTACACGTTCATTTAGTTTTCGTGACTAAATATCGCAGAGAAGTTTTTACTAAATTTATTCTTGATGACTTAAAAGCGATTTTTGAATCCGTCTGTTCGGATTTTGAAGCAAAATTAGTAGAATTTGATGGCGAAGACGATCACGTTCATTTACTTGTTGAATATCCACCGAAAGTGGCTATATCAAACCTTGTGAACAGTTTAAAAGGCGTTTCAAGCAGAATGATTAGAAAGAAAAACTATCCGAGTATTCGCAAAAAATTATGGGGAAATCAGCTTTGGTCTCCGTCTTATTTTGCAGGAAGTTGCGGTGGTGCACCCATATCTATTATTCGCCAATACATTGAGCAACAACAAACACCTGAGTAGTTAGGTTTGAAACGGCTATGCCGCTTGTGCCTTATATCCACGCCCTCAAGGACGTGGTTTTACGGCACTGTATGGTAAAAATTCTTTTTCGCAATGTGATACAAAAACTTTATTCTAAGCACAATCTATATTAAACGAAATCACCTCGCTGATATTTTCAGCACCTAAAGCAAGCATAATGAGTCTGTCAACTCCCAATGCCACCCCTGCTGTATTTGGCAACCCCGCTTGTAATGCACCTAAAAAACGATGATCAATCTCATGTTGTGGTAACCCCAATTGTTCTCTTAAGCGATTATCTTGATTAAAGCGATGTTCTTGCTCTTGTGCATCAGTCAATTCATTAAAACCGTTAGCCAATTCAATTCCCTTATAATAAAACTCAAACCGTTCCGCAACACGATGGTCTTCTGAACTAATTTGTGCAAGGGCCGCCTGAGTTGCCGGAAAATGATAAACTACAATGGGTTTGTTTTGACCAATATTAGGTTCGACAAGCGTGCTAAATAAAAATTGTAACAACGTATCGCGATCCTCATTTTCAGCACCGTCCAAATGGCATTCTCTTGCTTTTTCAATCAATTCATTAATCGGTGCAGACAATGGATCTATACCTACATGTTCCTGAAATACAAATTGATAACTCGCCATCTCAGCCGGTTCACAATCAAGAGTTTGTTGTAACAAATCATCAACCTCATTAATTAAACGATGCATATCAAAGTGCGGTCGATACCACTCAAGCATTGTAAATTCTGGATTATGCTTTTTGCCGCTTTCTTCATTGCGAAATACTTTACACAATTGGAAAATTGCACCGCTTCCAGCTGCCAATAAACGTTTCATATGATATTCAGGGCTTGTCGTTAGCCACAAAGTTTTTGACTTTTCCATAAACGGAGATGTAAAGGCTGTGCTGAAAGTCGAAAGATGAACATCTGTTACGCCAAATTCACTCAATACGGGAGTTTCCACTTCCAACAATCCCCGCTCTGTAAAAAAACGACGAATATCCGCAATAATTTTTGCTCTTGCCAATAAATTTTGGATCGAGGCACTAGGTTGCCATTGTTCATTCAAAGACAT
Protein sequences of DBSCAN-SWA_4 >NZ_CP018804|1653329:1660600|1656172_1657759_+|WP_075294158.1|DBSCAN-SWA MTNIKFHHQIETELLIVGAGIAGLACCVEAKAKGLNPILISKSIIGGGASFFPLKATLGIQITGDSDDKILFQQEIERVACGVNNPKIVRAYVEESPQAIELLSKIGFTPWLRQDNRPACFAYYTRPIYLINNWKQSAKRAKQILIQHQIEFYENSVLLHIVTEQNQIKGAIFAQQKSGEIRYIFCYTNNIILATGGISGLYQDNLYPADIIGSTHYVAYQAGAKLTNLEFIQFIPAFVKPKYKVLFGEHTLKYLIKVTDSKGKNLFSHLSPQQFQKMIQQRSSYAPFSVDFQSVEFDLVIMKHLIENPTEKGVYLHYSPELYHDKTEFYQVYLTWLEKEMDIHLLRDQVIIRPFAHSCNGGIEINEYAQTAVQGLFAVGEVSACIEGANRLGGNSVGGSLVFAKRAIQKVVENVPHFSTQNKEHYVLKGIRYLQHLANQEKKSAHSSSEILRQVRSLMNQFANVYRTKKNLQCLITQLQHLEKNCPIDLKKIHSIEIYHAIKTAQLVVHAMINRKQSLGSHQISLKE >NZ_CP018804|1653329:1660600|1653329_1655282_+|WP_075294159.1|DBSCAN-SWA MFRQGLAERLAQGGARFKALSMASKIALMFIMLIALIAIFAPWVSPYDPLQTLRPVQAPNSDYWFGTDRLGRDIFSRLVFGARTSLFIGLGAVGFAIIFGSILGATAATASKFGNEVIMRLMDILMAFPGIALAAVLLATFGNSVPIIILTIAVVYTPQLARVVRANVVSQWEEDYIRAERVIGGSRSYILLKHVVRNTAAPVLVFATVMVADAIVLEASLSFLGAGVQPPYPSWGNVLSEGRNLVLSGFWWATTFAGLMILLTVLSLNILSEGLTDALVNPKLKRNPNNKGDVSKPLATDVQEAMAESLALKRYLLKLNQKESERTDRMQLNSAMKPILQVKNLSIRFPNRYGDIPLVDNISFTVHEGETMGLVGESGCGKSISAFSIMGLLPKTAKITGEILFTDRAGNQHDLLKTDKLNDLRGHEISMIYQDALSALNPSMRIKDQMAQLIQRGGKKSAETLLRWVKLEPEKTLNRYPHELSGGQRQRVLIAMALAREPKLLIADEPTTALDVTVQAEVIKLLNELREKLGFAMVFVSHDLALVAQIAHHITVMYAGQVVEVAPTSSLLMNPMHEYTRGLLGSVLSTECRAERLYQIPGSVPSPFDFAEGDRFASRSLRPNANPNQHLKLVQAEDNPKHLWASHLEN >NZ_CP018804|1653329:1660600|1659628_1660600_-|WP_075294045.1|DBSCAN-SWA MSLNEQWQPSASIQNLLARAKIIADIRRFFTERGLLEVETPVLSEFGVTDVHLSTFSTAFTSPFMEKSKTLWLTTSPEYHMKRLLAAGSGAIFQLCKVFRNEESGKKHNPEFTMLEWYRPHFDMHRLINEVDDLLQQTLDCEPAEMASYQFVFQEHVGIDPLSAPINELIEKARECHLDGAENEDRDTLLQFLFSTLVEPNIGQNKPIVVYHFPATQAALAQISSEDHRVAERFEFYYKGIELANGFNELTDAQEQEHRFNQDNRLREQLGLPQHEIDHRFLGALQAGLPNTAGVALGVDRLIMLALGAENISEVISFNIDCA >NZ_CP018804|1653329:1660600|1657914_1659051_-|WP_075319813.1|transposase|DBSCAN-SWA MLLRKAFKFEIRPNGEQIRKIKQFCGCSRFVFNRALAWQNEQYEQDNNQKFSYSKLTSLLPQWKKELGWLKECHSQVLQQSLKDLESAFKNFFQKHSSFPKFKKKGVKESFRFPQGCKIQPQNDRLYLPKIGWVRYRNNREIVGEVKNVTVSQKCGRFFVSIQTEFEQERPTHKGGEIGIDMGVARFATLSNGEFFEPLNAFKTYKGKLAKLQKRLKNKVKFSKNRQKLKEKIGKLHHKIANCRKDFLHKISTQISKNHAMIYVEDLQVANMSKSAKGTAEEHGKNVKQKSGLNRAILDQSWFEFRRQLGYKTQWLGGFLVAVPARDTSRACPCCNHTAKENRQTQANFECVECGYTENADVVGAMNVLTRGQAIVQA >NZ_CP018804|1653329:1660600|1659097_1659514_+|WP_075319814.1|transposase|DBSCAN-SWA MKKETEIRRGRHVVFNLHVHLVFVTKYRREVFTKFILDDLKAIFESVCSDFEAKLVEFDGEDDHVHLLVEYPPKVAISNLVNSLKGVSSRMIRKKNYPSIRKKLWGNQLWSPSYFAGSCGGAPISIIRQYIEQQQTPE >NZ_CP018804|1653329:1660600|1655285_1656092_+|WP_012341601.1|DBSCAN-SWA MSMKVLKKQPIIELQDIVVQFPSRDGSIFNPKKFTAIDGISLNIQAGETLGLVGQSGCGKSTLANVMIGLQKPSSGTVKFNGLKMKYGSAEARKQFGRQVSVIFQDPATALNPRMRVIDILKDPMNIHNVLHPHEREKRVYELLFRVGLPRSAALVEPTRLSGGQKQRVAIARALALNPKLIVADEPTSALDVSVRAQVLNLLADLKKELNLAMVFISHDLQTVRQVSDRIVVMNGGLIVEQGDAMDVFDNPQQEYTKILLNAAPSLL |
6 | Planktothrix_phage(16.67%) | transposase | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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DBSCAN-SWA_5 |
1870351 : 1933042
Sequences of DBSCAN-SWA_5
Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5 >NZ_CP018804|1870351:1933042|DBSCAN-SWA 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72 | Haemophilus_phage(36.59%) | capsid,tRNA,tail,head,transposase,plate | NA |
Homologous phage analysis in the prophage regionThe bacterium proteins that are colored denote the protein is present at specific phage-related keywords (such as 'capsid', 'head', 'integrase', 'plate', 'tail', 'fiber', 'coat', 'transposase', 'portal', 'terminase', 'protease' or 'lysin' and 'tRNA')
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Acr ID | Acr position | Acr size | Homology with known anti | Neighbor HTH/AcRanker | Neighbor Aca | In prophage | Protospacer in prophage |
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