CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP016827	Lactobacillus helveticus strain D76, complete genome	5 crisprs	cas14j,Cas14u_CAS-V,DinG,DEDDh,cas14k,cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b2,cas6,csa3	4	7	14	1

1. NZ_CP016827

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP016827_1

• CRISPR_ID: NZ_CP016827_1
• CRISPR_location: 739692-739903
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 3 spacers

Consensus repeat of NZ_CP016827_1

Consensus_repeat	Method
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRT
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	PILER-CR

spacers of NZ_CP016827_1

>1.1|739720|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
>1.2|739781|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
>1.3|739842|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP016827_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP016827_1

>merge|NZ_CP016827|1|739692-739903|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATACAGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACTAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACCTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATGGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACT

>NZ_CP016827|1|1|739692-739903|CRISPRCasFinder
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATAC	AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACT

>NZ_CP016827|1|1|739692-739902|CRT
TTGGTTGCTCCACATACGTGGAGAATAC	AGCCACGGAGGCGCAAAAAGAAAAAATAGACAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

>NZ_CP016827|1|1|739753-739902|PILER-CR
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TAAATGCCTCCAGTAGTGCATAATTTTAAGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CTTCGTATCTTCTATTCGGGAAAGCTCCTAATG
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|129801
NZ_CP016827.1|WP_147628268.1|732889_735514_+|HAD-IC-family-P-type-ATPase	unknown	unknown	gnl|CDD|319781
NZ_CP016827.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|234771
NZ_CP016827.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381297
NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|227323
NZ_CP016827.1|WP_153245682.1|741321_741459_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866520.1|749737_749998_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866521.1|750114_750900_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_052747907.1|740018_740558_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_023190998.1|730592_730787_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	unknown	unknown	gnl|CDD|129802
NZ_CP016827.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379084
NZ_CP016827.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	unknown	unknown	gnl|CDD|225062
NZ_CP016827.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|226962
NZ_CP016827.1|WP_012212067.1|748357_748864_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340913

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	1.14891e-105
NZ_CP016827.1|WP_147628268.1|732889_735514_+|HAD-IC-family-P-type-ATPase	gnl|CDD|319781	cd02089, P-type_ATPase_Ca_prok, prokaryotic P-type Ca(2+)-ATPase similar to Synechococcus elongatus sp. strain PCC 7942 PacL and Listeria monocytogenes LMCA1. Ca(2+) transport ATPase is a plasma membrane protein which pumps Ca(2+) ion out of the cytoplasm. This prokaryotic subfamily includes the Ca(2+)-ATPase Synechococcus elongatus PacL, Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 (LMCA1) which has a low Ca(2+) affinity and a high pH optimum (pH about 9) and may remove Ca(2+) from the microorganism in environmental conditions when e.g. stressed by high Ca(2+) and alkaline pH, and the Bacillus subtilis putative P-type Ca(2+)-transport ATPase encoded by the yloB gene, which is expressed during sporulation. This subfamily belongs to the P-type ATPases, a large family of integral membrane transporters that are of critical importance in all kingdoms of life. They generate and maintain (electro-) chemical gradients across cellular membranes, by translocating cations, heavy metals and lipids, and are distinguished from other main classes of transport ATPases (F- , V- , and ABC- type) by the formation of a phosphorylated (P-) intermediate state in the catalytic cycle.	0
NZ_CP016827.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase	gnl|CDD|234771	PRK00455, pyrE, orotate phosphoribosyltransferase; Validated.	4.1514e-71
NZ_CP016827.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|226962	COG4603, COG4603, ABC-type uncharacterized transport system, permease component [General function prediction only].	6.87985e-21
NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|227323	COG4990, COG4990, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	9.08732e-29
NZ_CP016827.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.5073e-33
NZ_CP016827.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	gnl|CDD|381297	cd19071, AKR_AKR1-5-like, AKR1/2/3/4/5 family of aldo-keto reductase (AKR) and similar proteins. Aldo-keto reductases (AKRs) are a superfamily of soluble NAD(P)(H) oxidoreductases whose chief purpose is to reduce aldehydes and ketones to primary and secondary alcohols. The family includes AKR1A/B/C/D/E/G/I, AKR2A/B/C/D/E, AKR3A/B/C/D/E/G, AKR4A/B/C, AKR5A/B/C/D/E/F/G/H, and similar proteins.	3.51578e-14
NZ_CP016827.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NZ_CP016827.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.51112e-06
NZ_CP016827.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.97242e-46

Protein sequences

>NZ_CP016827.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
MRDGETIKNDIINQLATVIDPELNVDVVNLGLIYEIDLDKDGICLINVTLTTPTCPLTGYLIDSITQAVKKVLEVKNVDVEFVWYPVWTPDRMSDAAKKYFNIDEKQD
>NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDA
>NZ_CP016827.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase
MTNRYKSVFDIIGPVMVGPSSSHTAGAVAIGRAGNKLFGGVPRKLTVHYYGSFAQTHRGHGTDYAIAAGILGFDTDDLRVPNAPEIAKKRGIDIRFVEEDGPSPIDHPNTAILDMSSGTKKAQISGCSIGGGSIEIRHLVIHDTEITPTGSLPIIIWLDYEKEILNEQNLTSLLQEKAPFSKKRIFHTKDCNIYEYDVENYLKPALVKELKEKFENIICL
>NZ_CP016827.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein
MNKEKDELKRNLEKVAEEQGGQQAVSYQDLFNPRFMQKNTHFTTIDVFVRELGAKSFPDIEQLGQKVVDNFVKKETNFNSWEEMQQRAVSEYMSSLF
>NZ_CP016827.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQSVKDSENWEVYHHLTDSLGSPALILRKTNTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPYQAILSMHSNYLTFEQKMAYLVKPYIKR
>NZ_CP016827.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter
MTHKKSFFSWWIFIVCCFISMIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMTTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALITVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLGLSALGGTIFNPIIAEVIKQFGWRGGFVGEAMLIGLILVPLAISIKPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSVQHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGAAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGLGQGVCLVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAFALSFIVIMITLGKKESANSDLERVE
>NZ_CP016827.1|WP_147628268.1|732889_735514_+|HAD-IC-family-P-type-ATPase
MLKQYYLQTKAKVLEELKTSSGGLSSQQAKDNLAKYGKNALIEGKKKTTLQVFLEQFKDLMVIILIIAAVISAFTGELESTLVIIAVLILNAILGTVQHIKAEKSLESLKSLSSPSAKVWRDGKKIEIDSKDVVPGDIMLLEAGDMVTADGRILDNFSLQVNESSLTGESTNIDKADVEFDHEMPLGDRINMVYSSSLVTYGRANVVVTATGMNTEIGKIASLMNETKERRTPLQISLDKFSSKLATAILIICAIVLGLQIWRGQPIMDALLFAVALAVAAIPEALSSIVTIVQAMGTQKMAKENAIIKNLAAVESLGSVSVICSDKTGTLTQNKMTVQDIYIGGKTLKPNQLNLDNQLHRYLLYDAVLNNDSSLVDGKGIGDPTEYALLEMYRQVPGIDLGDKGLGISEEDLRGLLTRKQEVPFDSDRKLMSTKHLIHTVPTIFVKGAIDVLLDRCVNIRLDDEVRPITEEDKKQILAQNQHFSENGLRVLTFAYKESDEDLTPETENGFTFIGLVSEMDPPREESIEAVARAKKAGIRTVMITGDHKVTAVAIAKKIGIFNDGDMAVTGLELDKMSDEELEQKIEKIAVYARVSPENKIRIVNAWQKKDHIVSMTGDGVNDAPALKKADIGVAMGITGTEVSKDAASMILADDNFATIIKAVANGRTVFENIKNAIMYLLSGNLSAIITVLFASIGGFSVPFVAVQLLFINLVTDSLPALAIGVEPGAPDILDRKPRDPKVGILNKSLVTEVGLQGLIIAVGVITAFMIGRQTSPAVACTMAFSTLTFARLLHGFNCRSQHSIFKIGFKKNWYSLAAFAVGTLLLALILFVPALHGLFAVTPLTGNQLLWIIGLAVIPTVIIQIVKVVNENR
>NZ_CP016827.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease
MLLSGGFAGIGGVVQGLGTYQNYFTQTSSINIGWDGLSVALLGNSTAIGILIAYLLFSILKIGGLGMQTVAGVPYEIVSIVIAAIIFFIAIKYVFDLLFAVKKGTEIGPNNGVDGPNIKLQKEGPVL
>NZ_CP016827.1|WP_023190998.1|730592_730787_+|hypothetical-protein
MKKLSKLTAQAAVVVSPLVAFAGAFLASIIFPNQFSLNKSTWIGLGIFTFCYWIVTLFSYLKHH
>NZ_CP016827.1|WP_003627631.1|728195_728819_+|orotate-phosphoribosyltransferase
MHQDQIISQLIQEKIISISPDKPFTYASGMLSPIYTDLRLMVSYPDLRDMIASDLANLIAKEFPEATIIGGVATAGIPHAALVAEKLHLPMIYVRPKPKDHGKGRQIEGRFSSSDKIVLIDDLITTGGSVLNAVKATEKDGGNVIGVSSIFTYYLPDAKENFAKANVKYAPLLSYPELLKKENESGHITREQYQTLKTWHEDPWAWK
>NZ_CP016827.1|WP_052747907.1|740018_740558_-|hypothetical-protein
MNKIIKKLALVGACSMLMSSVVATVPSQTVDAVSSKTFSKYSKKFNRVIVTDPIWVYKIYPRYPMYKTKYVKAYKLKPGDTPIVRHRGVDWGWTVGKSYRYCILKDSFSWFDGYSKYKWVDQGLLDGSMKDEHFAYKFTWKQYCQLIKAGIYTTVHPKKLWNSKIKKMIERWKPETDNS
>NZ_CP016827.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein
MSHLFRRRSITKSITARTSAKYKRQIKKKILPGYGKKGAGVIKDPKKSMYNAIYNRTTIDTRKIGKSKQAKNDESDNKLGCGCATTLIFFGAIVGQMIGGNIGGTIGVILMLIIAIFGMI
>NZ_CP016827.1|WP_153245682.1|741321_741459_+|hypothetical-protein
MLKKTKWNTAIVAVLLGAGIISTNHVQADAVSNAQSNTQVVQNSN
>NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein
MKGKILFISIISCFLLTGFSTTVKADETDQSQTSQINSQTGSYTQQDNTQINKSDSTQDSGNKQNQTNQNSNNTPVKNNNGWKTVNGNTYYLKNGSATKGFKKINGYWYLFNKNGIMLKDVRKIPHTKHYSYFDQLGRRRMKNTSTKKAYYWINKKGQITGIKNNAKVICQRPQMPTGCEITAVTMMLNFAGKKVSKYQAAKVMPRSSNPNKGFVGSPYKKFPLGFWVAPGGVKPVVQHYLGKSKIMTNCSINAIKQKLLRSHLVVVWVGMFDGISNHAITLTGYHGNTLYYNDPWTGTKRKISVAKFKIHWALDGHRAISY
>NZ_CP016827.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein
MWIILIINTIITISAIIVSFKNRSEVFSLFNAGIIFIIWSIIFLLGAISIYRNFDTSSLMMFIAGILLILGIIMLMFSFINKKVKKIRLQDIAITMMVASVALVGLMQGLNLNFLNLIVPEVSLIIGLICFVVNTINNR
>NZ_CP016827.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein
MKKICPNCGKEVDPEEKYCPFCHFNLVNNDETMVTVNIGLLGLKNNESTKKDEEKIQSEKKESDAKPEKKKQPEKAVSKSNEDKKQKIEKNEIIPSPLPPKKKPTPLPKSKKKKFHFKWSILIEIVVAVIAILVMVGMNYYSCKAQIGRIETGLKNGEVNNVVTNGKVPLTAKNLTPLKEYYKNNPAAYKKLKKSLMGKNNLPIKLIKQGHYFLFFPRYVVQLPTYELNVVNDYHHSTVTVNGMKFVKKQKVFPGAYNIEAKSSYLGQTAKFKKTVNVWKDQTAEVNLNAKTIKVQGMPNGKLYLNNHNIGKLDKKGNLVLEDVPLTKPFSMYVAKKQKGKLVKTKQVRDVPAVIKGSKNVAVLKLDWQQSKNVGKLLEDNFNYPNSKDFVGGSKNKSYVELRTLVSNWRNSPNITKYHANITVNNKSLNDIRYSVEFNFAFNKNGKRYKRVQVMKFRSASARSTSKGLKIKTIGGGRIVSSK
>NZ_CP016827.1|WP_012212067.1|748357_748864_+|hypothetical-protein
MKNYTIDHDIYLMNHKNGDVLKVTVNKEDSVKILQLYRQDGLGNYYLDKNSRLKKQDNLTTKEDIVKASKKIGGHNTHHIDKWHHQVVPIYNAQHQITGFKPKLALEHHTRIQNAKRYLRHLDHHHAIYLSTTSRNTLLKPINHLKDAIYADRNKEMVLAHKIHKLSR
>NZ_CP016827.1|WP_065866520.1|749737_749998_-|hypothetical-protein
MKKLKIFIIISLMMLFWVWPKSVSAKSFSSFQTKMINGNSNYRIYQGMTHRGPVGSVGLARTFKYGNFQASAVKKSGKVEILFRLD
>NZ_CP016827.1|WP_065866521.1|750114_750900_-|hypothetical-protein
MKTKKLFTSIAAAVMLSTSLAGSGAVLSQTAHAANTTQTTTKNSNDKKGTVSVKRRSVTVTINSDKPTLLAVGEDGKSVKPVASTYTKGQTIQVYYSVAFTATAQGSEGQQLPAYYVENKAIDGKESMIFIPAGVVTAATAVPSQADWVKQAESDAKAIQEAYQNRDLKYIVVTPKSKKGAKIYYAYKKTRKSKKVYFKATKKKIKKGKKYKSSMIVKHGKTRYVYIGKKRYVKLSALKMVSAKYAPVKLSDDLKSLIIEN
>NZ_CP016827.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase
MELLDEAVVLNDGSLMPKTGIIVKNDDDVTKATKLGYRLLDCAVDDNLKIKDVNPQLYVEVRISKLAKGKELHDNLKSIRANLIADQPDLCLLNLSDDNERNNQIWQKLEQLKITGWVKTLGIETDEADALEALLKNIKFKPNVLRLKCEDTDLLTIAKNNKLQVEIPVKGDIAALAEIADKYHTFPMELVLCYFNQKGIIPLVEASEMIENPQVNFNIKSADMATISQLFVKD

Crispr_ID: NZ_CP016827_2

• CRISPR_ID: NZ_CP016827_2
• CRISPR_location: 741040-741128
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: I-B,III-A,III-B
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP016827_2

Consensus_repeat	Method
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP016827_2

>2.1|741068|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder
TTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP016827_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP016827_2

>merge|NZ_CP016827|2|741040-741128|CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATACTTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAAGGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

>NZ_CP016827|2|2|741040-741128|CRISPRCasFinder
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC	TTTACTTTAGTTTTATCTGTAACTCCTGTGTAA
GGATCACCTCCACATACGTGGAGAATAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	unknown	unknown	gnl|CDD|129801
NZ_CP016827.1|WP_153245682.1|741321_741459_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866521.1|750114_750900_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	unknown	unknown	gnl|CDD|381297
NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|227323
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rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha	gnl|CDD|129801	TIGR00718, Probable_L-serine_dehydratase_alpha_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, alpha subunit. This enzyme is also called serine deaminase. L-serine dehydratase converts serine into pyruvate in the gluconeogenesis pathway from serine. This model describes the alpha chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, found in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of alpha chains from the homologous region of single chain forms such as found in Escherichia coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	1.14891e-105
NZ_CP016827.1|WP_147628268.1|732889_735514_+|HAD-IC-family-P-type-ATPase	gnl|CDD|319781	cd02089, P-type_ATPase_Ca_prok, prokaryotic P-type Ca(2+)-ATPase similar to Synechococcus elongatus sp. strain PCC 7942 PacL and Listeria monocytogenes LMCA1. Ca(2+) transport ATPase is a plasma membrane protein which pumps Ca(2+) ion out of the cytoplasm. This prokaryotic subfamily includes the Ca(2+)-ATPase Synechococcus elongatus PacL, Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 (LMCA1) which has a low Ca(2+) affinity and a high pH optimum (pH about 9) and may remove Ca(2+) from the microorganism in environmental conditions when e.g. stressed by high Ca(2+) and alkaline pH, and the Bacillus subtilis putative P-type Ca(2+)-transport ATPase encoded by the yloB gene, which is expressed during sporulation. This subfamily belongs to the P-type ATPases, a large family of integral membrane transporters that are of critical importance in all kingdoms of life. They generate and maintain (electro-) chemical gradients across cellular membranes, by translocating cations, heavy metals and lipids, and are distinguished from other main classes of transport ATPases (F- , V- , and ABC- type) by the formation of a phosphorylated (P-) intermediate state in the catalytic cycle.	0
NZ_CP016827.1|WP_025283748.1|752113_753286_-|MFS-transporter	gnl|CDD|341042	cd17489, MFS_YfcJ_like, Escherichia coli YfcJ, YhhS, and similar transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli membrane proteins, YfcJ and YhhS, Bacillus subtilis uncharacterized MFS-type transporter YwoG, and similar proteins. YfcJ and YhhS are putative arabinose efflux transporters. YhhS has been implicated glyphosate resistance. YfcJ-like arabinose efflux transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	7.4339e-62
NZ_CP016827.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein	gnl|CDD|376823	pfam02566, OsmC, OsmC-like protein. Osmotically inducible protein C (OsmC) is a stress -induced protein found in E. Coli. This family also contains a organic hydroperoxide detoxification protein that has a novel pattern of oxidative stress regulation.	8.47142e-18
NZ_CP016827.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease	gnl|CDD|226962	COG4603, COG4603, ABC-type uncharacterized transport system, permease component [General function prediction only].	6.87985e-21
NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|227323	COG4990, COG4990, Uncharacterized protein conserved in bacteria [Function unknown].	9.08732e-29
NZ_CP016827.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor	gnl|CDD|225062	COG2151, PaaD, Predicted metal-sulfur cluster biosynthetic enzyme [General function prediction only].	1.5073e-33
NZ_CP016827.1|WP_065866522.1|750963_751668_-|oxidoreductase	gnl|CDD|381297	cd19071, AKR_AKR1-5-like, AKR1/2/3/4/5 family of aldo-keto reductase (AKR) and similar proteins. Aldo-keto reductases (AKRs) are a superfamily of soluble NAD(P)(H) oxidoreductases whose chief purpose is to reduce aldehydes and ketones to primary and secondary alcohols. The family includes AKR1A/B/C/D/E/G/I, AKR2A/B/C/D/E, AKR3A/B/C/D/E/G, AKR4A/B/C, AKR5A/B/C/D/E/F/G/H, and similar proteins.	3.51578e-14
NZ_CP016827.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase	gnl|CDD|129802	TIGR00719, Probable_L-serine_dehydratase_beta_chain, L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, beta subunit. This enzyme is also called serine deaminase. This model describes the beta chain of an iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase, as in Bacillus subtilis. A fairly deep split in a UPGMA tree separates members of this family of beta chains from the homologous region of single chain forms such as found in E. coli. This family of enzymes is not homologous to the pyridoxal phosphate-dependent threonine deaminases and eukaryotic serine deaminases. [Energy metabolism, Amino acids and amines, Energy metabolism, Glycolysis/gluconeogenesis].	7.68833e-43
NZ_CP016827.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein	gnl|CDD|379084	pfam13240, zinc_ribbon_2, zinc-ribbon domain. This family consists of a single zinc ribbon domain, ie half of a pair as in family DZR. pfam12773.	9.51112e-06
NZ_CP016827.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter	gnl|CDD|340913	cd17355, MFS_YcxA_like, MFS-type transporter YcxA and similar proteins of the Major Facilitator Superfamily of transporters. This group is composed of uncharacterized bacterial MFS-type transporters including Bacillus subtilis YcxA and YbfB. YcxA has been shown to facilitate the export of surfactin in B. subtilis. The YcxA-like group belongs to the Monocarboxylate transporter -like (MCT-like) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of membrane transport proteins. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.97242e-46

Protein sequences

>NZ_CP016827.1|WP_046814366.1|740569_740932_-|hypothetical-protein
MSHLFRRRSITKSITARTSAKYKRQIKKKILPGYGKKGAGVIKDPKKSMYNAIYNRTTIDTRKIGKSKQAKNDESDNKLGCGCATTLIFFGAIVGQMIGGNIGGTIGVILMLIIAIFGMI
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MNKIIKKLALVGACSMLMSSVVATVPSQTVDAVSSKTFSKYSKKFNRVIVTDPIWVYKIYPRYPMYKTKYVKAYKLKPGDTPIVRHRGVDWGWTVGKSYRYCILKDSFSWFDGYSKYKWVDQGLLDGSMKDEHFAYKFTWKQYCQLIKAGIYTTVHPKKLWNSKIKKMIERWKPETDNS
>NZ_CP016827.1|WP_065866517.1|739342_739669_+|metal-sulfur-cluster-assembly-factor
MRDGETIKNDIINQLATVIDPELNVDVVNLGLIYEIDLDKDGICLINVTLTTPTCPLTGYLIDSITQAVKKVLEVKNVDVEFVWYPVWTPDRMSDAAKKYFNIDEKQD
>NZ_CP016827.1|WP_023191365.1|738456_739338_+|L-serine-ammonia-lyase,-iron-sulfur-dependent,-subunit-alpha
MYNHIKEIVADSEKQQKPISELIIEQECKLSGLPRQKVWNRMKHNLATMRAAVERGKSGAGIFSKTGLTGGEAVKIKKYRQTHHTLSGDTIIAAVQNAVATNEVNASMGVICATPTAGSSGTLPGVLFLLEKRMDLSEEQMIRSLFTAGGFGLVIANNAEIAGATGGCQAEVGSASAMGAAAAVEAAGGSAEQSAQAMSIAMSNLLGLVCDPIAGLVEVPCVKRNAIGAGNALISADIALAGCTSVIPADECIDAMKKVGHQMPASLRETGIGGLAGTPTGQAIKAKIFGKDA
>NZ_CP016827.1|WP_012212055.1|737779_738442_+|serine-dehydratase
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>NZ_CP016827.1|WP_023192717.1|737384_737678_-|hypothetical-protein
MNKEKDELKRNLEKVAEEQGGQQAVSYQDLFNPRFMQKNTHFTTIDVFVRELGAKSFPDIEQLGQKVVDNFVKKETNFNSWEEMQQRAVSEYMSSLF
>NZ_CP016827.1|WP_065866516.1|736940_737237_-|hypothetical-protein
MTDKEILQKIEQSVKDSENWEVYHHLTDSLGSPALILRKTNTNADRLGVNIDVFKGYAYLFLDNGTPAEPYQAILSMHSNYLTFEQKMAYLVKPYIKR
>NZ_CP016827.1|WP_065866515.1|735570_736806_-|MFS-transporter
MTHKKSFFSWWIFIVCCFISMIGFGLLVNTIGLFFGPISQEFNVGRANVALMTTFQNAAAAIALLFAGKIMEKVNLRWLLTACFALITVSMLSLTFANSLVHFYLAWTIIGICQPIAITLSIPVLLSKWFNQKLGTVMGISLGLSALGGTIFNPIIAEVIKQFGWRGGFVGEAMLIGLILVPLAISIKPEPTTQYPAYGKAMRSSKKVALTGLSLKQALKMPVFYAVAFAMLALQFVSGSVQHISGHITNIGISPITAATVVSGVMIGAAIGKISIGYFLDKFNAKLVLAVYSLFGVIGWGGQAMLRESNLLILAAVILGLGQGVCLVALPYLIRQIFGEKDYSNILSVINMIGAFAMSASVYLIGLFFDQTGSYNLGWMINVSAFALSFIVIMITLGKKESANSDLERVE
>NZ_CP016827.1|WP_147628268.1|732889_735514_+|HAD-IC-family-P-type-ATPase
MLKQYYLQTKAKVLEELKTSSGGLSSQQAKDNLAKYGKNALIEGKKKTTLQVFLEQFKDLMVIILIIAAVISAFTGELESTLVIIAVLILNAILGTVQHIKAEKSLESLKSLSSPSAKVWRDGKKIEIDSKDVVPGDIMLLEAGDMVTADGRILDNFSLQVNESSLTGESTNIDKADVEFDHEMPLGDRINMVYSSSLVTYGRANVVVTATGMNTEIGKIASLMNETKERRTPLQISLDKFSSKLATAILIICAIVLGLQIWRGQPIMDALLFAVALAVAAIPEALSSIVTIVQAMGTQKMAKENAIIKNLAAVESLGSVSVICSDKTGTLTQNKMTVQDIYIGGKTLKPNQLNLDNQLHRYLLYDAVLNNDSSLVDGKGIGDPTEYALLEMYRQVPGIDLGDKGLGISEEDLRGLLTRKQEVPFDSDRKLMSTKHLIHTVPTIFVKGAIDVLLDRCVNIRLDDEVRPITEEDKKQILAQNQHFSENGLRVLTFAYKESDEDLTPETENGFTFIGLVSEMDPPREESIEAVARAKKAGIRTVMITGDHKVTAVAIAKKIGIFNDGDMAVTGLELDKMSDEELEQKIEKIAVYARVSPENKIRIVNAWQKKDHIVSMTGDGVNDAPALKKADIGVAMGITGTEVSKDAASMILADDNFATIIKAVANGRTVFENIKNAIMYLLSGNLSAIITVLFASIGGFSVPFVAVQLLFINLVTDSLPALAIGVEPGAPDILDRKPRDPKVGILNKSLVTEVGLQGLIIAVGVITAFMIGRQTSPAVACTMAFSTLTFARLLHGFNCRSQHSIFKIGFKKNWYSLAAFAVGTLLLALILFVPALHGLFAVTPLTGNQLLWIIGLAVIPTVIIQIVKVVNENR
>NZ_CP016827.1|WP_079227810.1|731342_731726_+|ABC-transporter-permease
MLLSGGFAGIGGVVQGLGTYQNYFTQTSSINIGWDGLSVALLGNSTAIGILIAYLLFSILKIGGLGMQTVAGVPYEIVSIVIAAIIFFIAIKYVFDLLFAVKKGTEIGPNNGVDGPNIKLQKEGPVL
>NZ_CP016827.1|WP_153245682.1|741321_741459_+|hypothetical-protein
MLKKTKWNTAIVAVLLGAGIISTNHVQADAVSNAQSNTQVVQNSN
>NZ_CP016827.1|WP_079227812.1|742462_743431_+|hypothetical-protein
MKGKILFISIISCFLLTGFSTTVKADETDQSQTSQINSQTGSYTQQDNTQINKSDSTQDSGNKQNQTNQNSNNTPVKNNNGWKTVNGNTYYLKNGSATKGFKKINGYWYLFNKNGIMLKDVRKIPHTKHYSYFDQLGRRRMKNTSTKKAYYWINKKGQITGIKNNAKVICQRPQMPTGCEITAVTMMLNFAGKKVSKYQAAKVMPRSSNPNKGFVGSPYKKFPLGFWVAPGGVKPVVQHYLGKSKIMTNCSINAIKQKLLRSHLVVVWVGMFDGISNHAITLTGYHGNTLYYNDPWTGTKRKISVAKFKIHWALDGHRAISY
>NZ_CP016827.1|WP_060471342.1|744805_745225_+|hypothetical-protein
MWIILIINTIITISAIIVSFKNRSEVFSLFNAGIIFIIWSIIFLLGAISIYRNFDTSSLMMFIAGILLILGIIMLMFSFINKKVKKIRLQDIAITMMVASVALVGLMQGLNLNFLNLIVPEVSLIIGLICFVVNTINNR
>NZ_CP016827.1|WP_065866519.1|746724_748176_-|zinc-ribbon-domain-containing-protein
MKKICPNCGKEVDPEEKYCPFCHFNLVNNDETMVTVNIGLLGLKNNESTKKDEEKIQSEKKESDAKPEKKKQPEKAVSKSNEDKKQKIEKNEIIPSPLPPKKKPTPLPKSKKKKFHFKWSILIEIVVAVIAILVMVGMNYYSCKAQIGRIETGLKNGEVNNVVTNGKVPLTAKNLTPLKEYYKNNPAAYKKLKKSLMGKNNLPIKLIKQGHYFLFFPRYVVQLPTYELNVVNDYHHSTVTVNGMKFVKKQKVFPGAYNIEAKSSYLGQTAKFKKTVNVWKDQTAEVNLNAKTIKVQGMPNGKLYLNNHNIGKLDKKGNLVLEDVPLTKPFSMYVAKKQKGKLVKTKQVRDVPAVIKGSKNVAVLKLDWQQSKNVGKLLEDNFNYPNSKDFVGGSKNKSYVELRTLVSNWRNSPNITKYHANITVNNKSLNDIRYSVEFNFAFNKNGKRYKRVQVMKFRSASARSTSKGLKIKTIGGGRIVSSK
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>NZ_CP016827.1|WP_003629414.1|751687_752095_-|OsmC-family-protein
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Crispr_ID: NZ_CP016827_3

• CRISPR_ID: NZ_CP016827_3
• CRISPR_location: 869436-870060
• CRISPR_type: Unclear
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 9 spacers
• Cas_protein_info: cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b2,cas6

Consensus repeat of NZ_CP016827_3

Consensus_repeat	Method
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRISPRCasFinder
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	PILER-CR

spacers of NZ_CP016827_3

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>3.2|869532|38|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
CTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAA
>3.3|869600|36|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
TCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTT
>3.4|869666|35|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
CAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTA
>3.5|869731|36|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
AATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGAT
>3.6|869797|35|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
TAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAA
>3.7|869862|35|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
AAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGT
>3.8|869927|37|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
TAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAA
>3.9|869994|36|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT
TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA
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TCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTT
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CAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTA
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AATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGAT
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TAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAA
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AAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGT
>3.15|869928|37|NZ_CP016827|PILER-CR
TAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAA
>3.16|869995|36|NZ_CP016827|PILER-CR
TTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP016827_3

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP016827_3

>merge|NZ_CP016827|3|869436-870060|CRISPRCasFinder,CRT,PILER-CR
AATTATTTTCATCTTAAGTTAGATAAAATCAGCATATTTAGTAAAGTTGGTGTAAAATTCGGCTTTATTTACATTTCCCTTAGATTAAATAAAGACCTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAAATTCACATTTCTCTTAAATTAAATAAAAACTCACTCAAAAAGAGGTACTATAGATCATTCAAGTTTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAATGAAAAGGTGGCGCAAGATATGAGTTTTTACGATCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTAGTAAGCGTAAGGTTTAAAGTTAGTAAGAATTAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGTTTAAAGCTGGCACGTTAATAATTGCTTGTGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTAAAAACGATTTTTTGAGACCTAGCAAGCCGGATCAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTAGGTACTGACATAAGTCTTCTTTCTAAAATACTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACA

>NZ_CP016827|3|3|869436-870060|CRISPRCasFinder
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>NZ_CP016827|3|2|869502-870059|CRT
ATTTACATTTCCCTTAGATTAAATAAAGAC	CTACCAACTACTAAAACTTTTAGATTAAACTTTCAAAA
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CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_CP016827|3|2|869571-870059|PILER-CR
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TTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACC	AATGGGTTCAAGCATTCCGTTACCACCTGAATTAC
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Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	unknown	unknown	gnl|CDD|234774
NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	gnl|CDD|187856
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|273707
NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	gnl|CDD|366863
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	gnl|CDD|187884
NZ_CP016827.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366488
NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226138
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	gnl|CDD|273860
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	gnl|CDD|274215
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	gnl|CDD|187853
NZ_CP016827.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377221
NZ_CP016827.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226131
NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|180850
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|273848
NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|235591
NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	unknown	unknown	gnl|CDD|236353

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	7.6e-73	240.6	6.4
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NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	1.7e-51	169.3	1.8
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	1.2e-21	71.6	0.3
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	2.4e-127	419.3	7.9
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	3e-63	208.5	4.7
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	1.1e-24	82.3	3.4
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	3.2e-32	106.8	0.4

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	gnl|CDD|234774	PRK00464, nrdR, transcriptional repressor NrdR.	6.49925e-87
NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	2.736e-27
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|273707	TIGR01587, CRISPR-associated_endonuclease/helicase_Cas3, CRISPR-associated helicase Cas3. This model represents the highly conserved core region of an alignment of Cas3, a protein found in association with CRISPR repeat elements in a broad range of bacteria and archaea. Cas3 appears to be a helicase, with regions found by pfam00270 (DEAD/DEAH box helicase) and pfam00271 (Helicase conserved C-terminal domain). Some but not all members have an N-terminal HD domain region (pfam01966) that is not included within this model.	1.2037e-58
NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|366863	pfam01930, Cas_Cas4, Domain of unknown function DUF83. This domain has no known function. The domain contains three conserved cysteines at its C-terminus.	4.69956e-59
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	gnl|CDD|187884	cd09754, Cas8a1_I-A, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8a1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Large proteins, some contain Zn-finger domain; signature gene for I-A subtype; also known as CXXC_CXXC family.	1.00497e-18
NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	3.07943e-83
NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	gnl|CDD|366488	pfam01145, Band_7, SPFH domain / Band 7 family. This family has been called SPFH, Band 7 or PHB domain. Recent phylogenetic analysis has shown this domain to be a slipin or Stomatin-like integral membrane domain conserved from protozoa to mammals.	2.55444e-35
NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.51e-156
NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein	gnl|CDD|226138	COG3611, DnaB, Replication initiation/membrane attachment protein [DNA replication, recombination, and repair].	2.84965e-34
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273860	TIGR01895, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This family is represented by TM1800 from Thermotoga maritima. It is related to TIGR01868 (CRISPR-associated protein, CT1976 family).	1.47744e-27
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	gnl|CDD|274215	TIGR02585, conserved_protein, CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This clade is a member of the DevR family (TIGR01875) and includes the DevR protein of Myxococcus xanthus, a protein whose expression appears to be regulated through a number of means, including both location and autorepression; DevR mutants are incapable of fruiting body development.	2.4456e-58
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187853	cd09722, Cas1_I-B, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer integration; Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.31726e-152
NZ_CP016827.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	gnl|CDD|377221	pfam04087, DUF389, Domain of unknown function (DUF389). Family of hypothetical bacterial proteins with an undetermined function.	3.70686e-51
NZ_CP016827.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	gnl|CDD|226131	COG3603, COG3603, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	4.27857e-33
NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	gnl|CDD|180850	PRK07116, PRK07116, flavodoxin; Provisional.	3.6142e-19
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|273848	TIGR01877, CRISPR-associated_endoribonuclease_Cas6_1, CRISPR-associated endoribonuclease Cas6. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This broadly distributed, highly divergent Cas family is now characterized as an endoribonuclease that generates guide RNAs for host defense against phage and other invaders. The family contains a C-terminal motif GXGXXXXXGXG, where the each X between two Gly is hydrophobic and the spacer XXXXX contains (usually) one Arg or Lys. The seed alignment for the current version of this model has gappy columns removed. Members of this protein family are found associated with several different CRISPR/cas system subtypes, and consequently we designate this family Cas6.	1.48576e-17
NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	gnl|CDD|235591	PRK05755, PRK05755, DNA polymerase I; Provisional.	0
NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	gnl|CDD|236353	PRK08939, PRK08939, primosomal protein DnaI; Reviewed.	8.40514e-153

Protein sequences

>NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I
MADEKLLLIDGNSVAFRAFYALYRQLESFKSPDGLHTNAIYAFKNMLDVLLKDVDPTHVLVAFDAGKVTFRTKMYGEYKGGRAKTPEELLEQMPYIQEMLHDLGIKTYELKNYEADDIIGTFAAKGEKAGFTTTIVTGDRDLTQLASDKTTVEVTKSGVSQLEAYTPEHMKEVNGVTPTEFIDMKALMGDNSDNYPGVEGIGPKTASNLIQEYGSVENLYDHIDEMKKSKRKERLIRDKDKAFLAKKLATIDRDSPVTIDIDDVKREPVDYEKLRQFYEKMNFRKFLAELNASGAGQDGAEVEKVEYTVLNDDNVKDVKATEKDTVEFYLEMLGANYHLADFVGFSLKINDKIYVSRDVDLLEEDNIKHILEDEKIKKNVFDLKRSMVGAHRLGIHTHGLDYDMLLASYLVNNENNSNDLGEIAHLYGDYSVKTDLEVYGKGKSEHIPDDDDELFNHLASKVNAIESLKKTLLEKLKDHEQDALFDTIEIPTARVLARMEMNGMRVETSTLIQLQNEFAVKLKKLEDKIYGQAGEKFNLNSPKQLGHILFEKLGLPVIKKTKTGYSTSVEVLDQLKTQSPIVSKILDYRQIAKIQSTYVKGLLDVIQPDGRVHTRYLQTLTATGRLSSVDPNLQNIPTRTEEGKQIRKAFVPSEPDGYIFSCDYSQVELRVLAHVSGDQNMQEAFKTGYDIHSHTAMKIFHLESPDEVTPLMRRHAKAVNFGIVYGISDYGLSKNLGISRKRAQEFIDNYFEQYPQIKDYMNKAVQEARDKGYAETIMHRRRYLPDIHAKKYTVRAFAERTAINSPIQGSAADIIKIAMINMQKKLDELHLKTKMVVQVHDELIFDVPKDELETIKKIVPEVMQSAVKLDVPLIADSGWGHNWYDAK
>NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase
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>NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase
MSYVLALTGGIATGKSTADDFFRKKNIPIIDCDQIARELMEPGNASWQAIKDHFGMEYLNSDQTINRKKLGQLVFSNKQALSELNQVTHPLIFDKTVAKIKEYRDFALVILDAPVYFEAGLDNKHVANGVLVITLPEQLQIERLKKRNNLTDQEAINRINSQMPLVEKEKMADFVVANTGTIKELENKLKQVLIKIREEE
>NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR
MECPNCHQNASRVIDSRPSDENRAIRRRRECENCGFRFTTFERIETAPLLVIKNDGTREPFNRKKILHGVMAAGQKRPISSDQFEQLVDHVENKVRKQGISEISSKKIGQYVMDELADLDDVAYIRFASIYREFKDMSSFMKTMEDMMAKKGKGN
>NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein
MFETADPKHLYYVANRIRLFPEDEKVLIKLYQPLVGAVAVALYQTLIQNYDPYGIISDSKGIYSLQEQLDCSLKQLFNSLHKLEAVGLVQTFLSDNVFNNVLVFKLLQVPAADKFFATPLLASLLKEKVGVPTFHDLSHAFAQEAKLKEKPIKNAKDVSANFFDVFRLPGDEAITPSSDVVQAAQENKVHEVETAKVNDHDSIDWDFIKQEYSRYQIPASEIDLNKEQIRGLIQTYGLSEKEFVDESLPCLHGSYSLNMRDISNTLAENYKRTNTRENVQTQLNEGRKKALATIKDMDDNDKKLLKAANESSPAEFLYKLKTQKGGITSANEKQIINNLHTQYGLPEDLINILTYTCLTYDTVVSSNLAYKIANDWLQHGVATAVQALQYVKKRRNSFGKKRPVRTYQKRVEKGTDWSKKKADRDAGISTEQLKNLFKDLNNK
>NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI
MEPIDKVIKKIVKERNLGDAQSLISQALHDPDVQAFLTANANKIDQKMVQNSMSNLYEYYSQKHTANKVMAGYAPQLFLNGKVIDIRYVPTKAKLAQDRKQAAERRLQLIDVPTRLHDVSLSEIDVNDDRKQVLTLIYDFLRKYKQDPHVQGLYLSGDYGVGKTYILAGLANYVVTNMNKNVVFLHVPTFIAGLASHFDDNSLQSEIRRLSECDLLILDDIGAESLSQWSRDDVLGVILQARMDNVLPTFFSSNLDMEALESHFEETRNATDPVKARRLMQRVRFLAKEVVVSGPDRRNSLH
>NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase
MSFSITLPDGSKKDFEESLTIADLAQNIATSLGKAAVAGKVNGELKPLDYKLDSDSEVAIITNKDEEGLDVLRATAAFVFEAVAKCEYPELRLGEHVADEGGFYVDTDKDDQIKVGELPKLEKAMQKVIKNGEKIEHVQIAKSELEDLYKNDKFKSELLAKVEGDTVDAYKLGDFVDFGFDALLPNTGKIKQFKLLSVAGAYWLGKSSNPMLQRIFGTAFFKEADLKADLKRRQEIKERDHRTIGRDLDLFFVDPKVGAGLPYWMPKGATIRRAVERYIIDREVADGYQHVYTPVLMNLDAYKTSGHWAHYRDDMFPPMDMGDGEMLELRPMNCPSHIQIFKHHIRSYRDLPLRVAELGMMHRYEKSGALSGLQRVREMTLNDGHTFVALDQVQTEFAKILKLIMEVYKDFDITDYYFRLSYRDPKNTDKYFANDEMWEKSQKMLKGAMDDLGLDYVEAEGEAAFYGPKLDIQTKTALGNDETMSTIQLDFMLPDRFGLTYVGKDGEEHRPVMIHRGIVGTMERFIAYLTEIYKGAFPTWLAPVQAEIIPVNNEAHGEYAEKVRAELAKRGFRVEVDDRNEKMGYKIRESQTQKVPYTLVLGDEEMKSGKVNLRRYGTDEEISKSLDDFINEIDADVKSYSREN
>NZ_CP016827.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein
MKKKLLLFLGAILLILGFAKLSSVNADAATIKATDWGAKKVFTTPKKTRGVWYYKEGKKVKKFKITAHTIDGVKLYKELNGKTSDRWVNKLIKADKKSVYKLADKVGESAWACHTIKYHKIIGFNADGWLAGSGDGFYYVPVKKNVKGKKVNALRVGEGAGNYLSYYAYKSRKLVK
>NZ_CP016827.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein
MYYCNLRKNDFYFFAKTDEELSLVCETKNAPSKTINREDGWRAFKIEGQLDFSLIGILAKIAQLLANNGISIFAVSTFNTDYILVKDNNFDSAIKILSENNYEIK
>NZ_CP016827.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein
MSRKNYLSPQFLTKISEDGTLNIESLIILTCAIFIASIGLNVNSTATIIGAMLISPLMGPLLAIGTGLALYNTNILRKGAISLLAEIVISLVASTIYFHFSPLTYASQEIIARTSPTIWDVMIAFFGGSAGIIGARKKDANNIVPGVAIATALMPPLCTVGYSIAAGNLKYFLGSGYLFLINCVFITLTAFLGVKIMKWLSHSAGQPGLSFFRKPTLKETGIVLVVIILIIPSILSAGHMVNKTLVDQNVQNLVAHELGDVDLIKENVDLQEKTINLTVSGKKINTKKIQAAKANLAEYNLKGYSLNIVQVAQVNPNAENQLDRQVNNILNQRQREQEQANEERQQEQEKHNQEIEKLSPAISSVTAVSDNKNKQITLIELKKNISAKKKKALVKQIKEKYPNINLVEFVQESEKE
>NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2
MYVILVYDIVMDKQGAKVSRHVFKICKKYLTHVQNSVFEGELTKSQLESLKNELDRWIRQNVDSVIIFKNRNKDWLDKEFMGQDLTDLTSDIF
>NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1
MEDYYLFSSGELERKDNTVRLTRSDGKYKDLKIEVTRDIYLFGEVSTNTKCLNYLAQMKIPVHFFNYYGFYTGSFYPKEQNVSGTLLIQQVQAYTDPKRRLYYAKKFVLGAAKNLLRNLKYYQRRGRNLDDSIKEITSLIRQIDQVHDVEELMGVEGTIHRRYYASWQSVFIPDVDFSKRVRRPPDNMVNTLISFLNGLMYTTCLSEIYVTQLNPAISYLHSPMDRRFSLCLDISEIFKPMIVDRLIFSLINKNMISEEDFNKESNYCYLSEKSKRIIVSEYDKYMKQKVRYKTLHRDVSYRHLIRLECYKLVRSLVEGETYEPYVMGW
>NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4
MRVTGNMVNYFFVCKRKLWLFQHQIGFEQTSERVQLGSLLDRTSYQGHGTHHLMIDNLINIDMVENWQLIHEVKRSDAIEPAAIWQLKYYIYYLRKKGVNISKGLLDYPRLKKCVKVDYTDEDEKQMEKYISEIEQICEQVTPPKPQFKPICKSCAFYEYCFS
>NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3
MNEYLAKSLDQSEGNHCETIVEHTNNLLKQYSLLKQAYPDIFQNFWLSQDRFNDMTKQVDIRSKDDWRLLEIACSYHDLGKMNLRFQKKVKAGQSFCKGEIPHALLSITMLPIDELQKHYTKDQIIALIFAIKWHHERNFSEIYEKHYEDEIEALKKEFASFDYSKSSFPIPPQEPAKVDSKYLTGNLSHRLSPNYEPKIYDEFVILKGLLNRIDYAASGHYEIESKSRVCLSQNILQEWHKKNPVADWNELQKYTYDHRNESIVVVGQTGLGKTESALRWLDNSKSFFVLPLKSAINSIYDRISGIVFQNKSHENLALLHSDMMAKALSEKFDDEDNFEEFVNEERSWSKQLSVATLDQIFNFVYHYKNYEPKLATLAYAKVVIDEIQMYSPDLLGYLIYGLGEIQKFGGKFEIMTATLPPFLIDLLESNGLEFKQAPHPFLDPKVNHRHKVKVLHKQINSDDIINLDRHQKTLVVCNTVKSATELYSELKQKGVSDVHLIHSRFIRKDRNEREKEILEFGQKENHSSGIWIGTQVVEASLDIDFDMLITELSELCGLFQRMGRCYRKRNYEGKEPNVYVFDGGDKLTSGIHESKQEYDDKRYHSVVDYHLFEISKRALAQVDGYLTESDKLKLIDENYTTDKLLDENCQLIDKVNDCIDYLNDLTFLDNLKTKEEVVNTFRNINTIDIIPEQVFLENKDKLEAAAKALNNYIRREDFLDQTEYKKQHQILVKEKIKAREVINNYLVGIPLYIISKVSKQDRWIKDKALNEVGYNILPADFNYDSMTGLSYNDSKNKNAEIDDDDNIF
>NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5
MKVIRVKLHQETANYRVPASHGFRESYPLPPISTVIGMVHYLCDFHEYHPMKVSVQGSYVSTTSDFFTRYEFKNGLKFDPGRHQLNAEGYGISRGIGHVQLLYDVNLILHIKPDDENELEDIYNALKYPREFPNLGRREDLVNFEEVKIVDVEKKDEDLTVNRGAYIPVEMSENIGLENEGIGYKGTHYYLNKDYKLVTIKKGQTQRRWNKVEVIYASGFTVYKSYVDEDNNVVFLV
>NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR
MTQDKMGLTATIVFQASSANYGESLGNVASLKKLTRGDGQQYSYISRQAIRYDIVQQLGEKETNLEAEGSGDKKVIQFAKDASIKDFPEIDFFGYMKTEKGNNSSIRSAKVRLSNAISQEPYEGDTDFLTNMSLAQRIRKATGDNKIRNSIAQSEIQQSYYVYTLTVDLDQIGVDDNDGTNLNANEKNRRVAKLLDTIQYLYRDIRGRREDLKPLFAIGGVYDIKNPIFENAVKVRNSNIDIESIQSILDDPRVKENTSVGFVDGAFNNSQEIKDKLDAVTVAKFMTDLKKKVADYYEGN
>NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1
MGETSTVTIDFRINSWLENAGIVGLTRILKANPRYRGSYKEKENTLEVDPKVFDNFSDLYFNFFIKNYGQATRYWRIVSEENFLKSLKENGFKDFDNKKLKELTDWFDNVLKYSVNSASYKKVIKFINSDYDIKAEVKDCNKKIRTLNKKNFLTESPEEAKEILQELINQLLKAIEYFSTDQARKYFPAKTLSYTVINKAWNGVSFLNPQAKNLDFYDDYQNYFVAPVQKYLQEDHSKDKYICSTCGRPIKRLEYSYGFLNDMGYDLNRKTSNAWNFKNDLYICPVCQFLYSLVPAGFTYNMASQGIFINENSSIRNLQGKNDATFNSMMRDIRSNTQTSPYRAFSAAFRDAEASGQNAVLANIQLITYNNDHYNFQIIPIVASKVLIKAVEKKYTVKQTGEVKSYLANLYNAGISNFRGAGYYSILDNVLNCLFNNTNLFSIIQELELLKVGNTAGCYYNTFQIMTVIRMNGWFLNELHKYRRSENPMKVEEDKLTKARGCGMHVRMGYDNENKAKTLAYKMLEAIRANSTDRFMELLLNAYLYLDKTVPKIFIETQSNTEVFKEYAFAFIAGLIGSSNAEQDK
>NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRFGIPIHLLPKNSEEKEIKINIDYDAYILSLIKTGLSTENPALFKELFGKPTQKNYSTSVFFPNATFTKDNIVLDKNGEMKLYFSTANTNLAINFYNSFVYLDHLDAEKLPFGHSYLADVKKLYTIELPKITKDRVIFKTMSTIVIRNDEGRFISCPNDSTEEGLAEFNDALRRNTFNKLRDNESLASTVKGLKFKPIKMRKTVRKSFGLNIECTKGIFELEGNPTLLNFIQESGLGEKTGTFSGMISLA
>NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin
MFGRTYSDLGPVVGQINGEDIRANQLERRGYDWENGYGTPSDGQDTNRDGQPVRKLTKDAKSIIIFWSCSGSTKLLASKIARETGADILEITLRNPYPANYRKTLNRANCERIQNDPPELEMLSQYDTIYLGYQTWAMTLSQPMRAFLLEYGGEFSNKKIAPFLSEGGYGSGDSTELIREFIARDGGKNNTYTSALVVDGNRVDESDVEVKRWLKTI
>NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein
MMARIIIGIIVVLVIVYVCCGFKIVPQNNEGLVETLGKYSKTVKAGFIFVWPLFQRIRKVPLALQPLEISKYSIITKDNAEISTSLTLNYLVTDSYRYFYNNTDSVESMVQLIRGHLRDIIGRMDLNAALGSTKEINDQLFTATGDLTDIYGIKVVRVNVDELLPSAEIQHAMDKQLTADREKTAAIAKAEGEARTIGMTTKAKNDALVATAKANAEAVKTQADADAYRVQKMQEALSKAGEGYFRNQSLDSFNQLAQGPNNLIVVGKDEMTDLGKVPTLRKVWDASDDKKDK

Crispr_ID: NZ_CP016827_4

• CRISPR_ID: NZ_CP016827_4
• CRISPR_location: 870872-872284
• CRISPR_type: Unclear
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 21 spacers
• Cas_protein_info: cas2,cas1,cas4,cas3,cas5,cas7,cas8b2,cas6

Consensus repeat of NZ_CP016827_4

Consensus_repeat	Method
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	PILER-CR
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP016827_4

>4.1|870902|36|NZ_CP016827|CRT
TCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGA
>4.2|870968|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
>4.3|871034|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
>4.4|871099|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
>4.5|871164|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
>4.6|871230|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
>4.7|871296|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
>4.8|871363|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
>4.9|871428|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
>4.10|871494|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
>4.11|871560|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
>4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
>4.13|871693|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
>4.14|871759|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
>4.15|871824|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
>4.16|871889|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
>4.17|871956|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
>4.18|872023|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
>4.19|872088|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
>4.20|872155|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
>4.21|872220|35|NZ_CP016827|CRT,CRISPRCasFinder
CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP016827_4

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP016827_4

>merge|NZ_CP016827|4|870872-872284|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder
AGCACCACGCGTATTAAGTTAAATAAAAACTCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATGCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTGCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTGCTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAACTACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATACCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACAAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACTCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTCCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGTCTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACGAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAACCTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGACTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_CP016827|4|3|870872-872284|CRT
AGCACCACGCGTATTAAGTTAAATAAAAAC	TCAAATCTAATTATTGATGATATTGAAAATAGAAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
CTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAAC	TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_CP016827|4|3|870938-872219|PILER-CR
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AACGGCATAAACCATTGAGTCGACATTGTCATCGTG
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGCTCCATTAATGCTGACTTAATCCCCCATGCAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTATCGGCTTACTGGCTGGCGTAGATTTGATTCTGTG
CTTTACATTTCTCTTCAGTTAAATAAAAAC	TACTTTCACCCATTGTTTTAGCAACGGCAGAAATAC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	AAGTGCCCCTGCGCGCTTATATGCACTCATGCTAGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TTTGCTCACAGCCAGGGCTATGCGATTGATTTTTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCCGTCGAAGTATTTCATAGCATCGTCTTTCCAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TCTCACCGTCAACCACAGCAGAAGTCGGGCCATTGTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GATCAGTAAACTTAATTCCGTCTAATCGATAGTAGAA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

>NZ_CP016827|4|4|870938-872284|CRISPRCasFinder
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGCACAAATTAAATCTGCAAAGGCTCATGGTCTTA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ATTAGTAGTGGCAGCTTTCCAGTTGTCATTCATTC
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GGTGAGAGTGCTGCTAACATCCAATCACTAAATGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TGATGCCATAAAAATTGACTATTTGTGCGGTAGCGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	TACTTCTCAATCAGCTTTTCAGCATCTTTTTTATCT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GCGATCACTGGACTAAGCACAAAACCACTTCAGTTGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	ACTTCCGAAGTACCATTGCCACCAGCCACTGCATG
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CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CAGAAGTTGTTGTTGAAGACTTTTCATTTTTAGGT
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	GAAGAAAGTTAAAGAAATATCGAAAAATGGTAAATCA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC	CTTTTAGTAGTAACCACAGAAGTTAAATAATTAGA
CTTTACATTTCTCTTAAGTTAAATAAAAAC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	unknown	unknown	gnl|CDD|234774
NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	unknown	unknown	gnl|CDD|234752
NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	gnl|CDD|187856
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	gnl|CDD|273707
NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	gnl|CDD|366863
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	gnl|CDD|187884
NZ_CP016827.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|234620
NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|366488
NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	unknown	unknown	gnl|CDD|234899
NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226138
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	gnl|CDD|273860
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	gnl|CDD|274215
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	gnl|CDD|187853
NZ_CP016827.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377221
NZ_CP016827.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226131
NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	unknown	unknown	gnl|CDD|180850
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	gnl|CDD|273848
NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	unknown	unknown	gnl|CDD|235591
NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	unknown	unknown	gnl|CDD|236353

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	cas3	COG1203_cas3_CAS-I	7.6e-73	240.6	6.4
NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	cas2	cd09725_cas2_CAS-I:CAS-II:CAS-III:CAS-V	1.4e-26	87.2	0.9
NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	cas4	pfam01930_cas4_CAS-I	1.7e-51	169.3	1.8
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	cas8b2	cd09754_cas8b2_CAS-I-B	1.2e-21	71.6	0.3
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	cas1	cd09722_cas1_CAS-I-B	2.4e-127	419.3	7.9
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	cas7	cd09687_cas7_CAS-I-B	3e-63	208.5	4.7
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	cas6	COG1583_cas6_CAS-I:CAS-III:CAS-IV	1.1e-24	82.3	3.4
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	cas5	cd09658_cas5_CAS-I-B	3.2e-32	106.8	0.4

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR	gnl|CDD|234774	PRK00464, nrdR, transcriptional repressor NrdR.	6.49925e-87
NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase	gnl|CDD|234752	PRK00413, thrS, threonyl-tRNA synthetase; Reviewed.	0
NZ_CP016827.1|WP_023192833.1|872468_872750_-|CRISPR-associated-endonuclease-Cas2	gnl|CDD|187856	cd09725, Cas2_I_II_III, CRISPR/Cas system-associated protein Cas2. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas2 is present in majority of CRISPR/Cas systems along with Cas1; RNAse specific to U-rich regions; Possesses an RRM/ferredoxin fold.	2.736e-27
NZ_CP016827.1|WP_065866565.1|874261_876691_-|CRISPR-associated-helicase/endonuclease-Cas3	gnl|CDD|273707	TIGR01587, CRISPR-associated_endonuclease/helicase_Cas3, CRISPR-associated helicase Cas3. This model represents the highly conserved core region of an alignment of Cas3, a protein found in association with CRISPR repeat elements in a broad range of bacteria and archaea. Cas3 appears to be a helicase, with regions found by pfam00270 (DEAD/DEAH box helicase) and pfam00271 (Helicase conserved C-terminal domain). Some but not all members have an N-terminal HD domain region (pfam01966) that is not included within this model.	1.2037e-58
NZ_CP016827.1|WP_065866564.1|873754_874246_-|CRISPR-associated-protein-Cas4	gnl|CDD|366863	pfam01930, Cas_Cas4, Domain of unknown function DUF83. This domain has no known function. The domain contains three conserved cysteines at its C-terminus.	4.69956e-59
NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1	gnl|CDD|187884	cd09754, Cas8a1_I-A, CRISPR/Cas system-associated protein Cas8a1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Large proteins, some contain Zn-finger domain; signature gene for I-A subtype; also known as CXXC_CXXC family.	1.00497e-18
NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase	gnl|CDD|234620	PRK00081, coaE, dephospho-CoA kinase; Reviewed.	3.07943e-83
NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein	gnl|CDD|366488	pfam01145, Band_7, SPFH domain / Band 7 family. This family has been called SPFH, Band 7 or PHB domain. Recent phylogenetic analysis has shown this domain to be a slipin or Stomatin-like integral membrane domain conserved from protozoa to mammals.	2.55444e-35
NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase	gnl|CDD|234899	PRK01103, PRK01103, bifunctional DNA-formamidopyrimidine glycosylase/DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase.	2.51e-156
NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein	gnl|CDD|226138	COG3611, DnaB, Replication initiation/membrane attachment protein [DNA replication, recombination, and repair].	2.84965e-34
NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5	gnl|CDD|273860	TIGR01895, conserved_hypothetical_protein, CRISPR-associated protein Cas5, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This family is represented by TM1800 from Thermotoga maritima. It is related to TIGR01868 (CRISPR-associated protein, CT1976 family).	1.47744e-27
NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR	gnl|CDD|274215	TIGR02585, conserved_protein, CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-B/TNEAP. CRISPR is a term for Clustered Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR associated) proteins. This clade is a member of the DevR family (TIGR01875) and includes the DevR protein of Myxococcus xanthus, a protein whose expression appears to be regulated through a number of means, including both location and autorepression; DevR mutants are incapable of fruiting body development.	2.4456e-58
NZ_CP016827.1|WP_065866563.1|872755_873745_-|type-I-B-CRISPR-associated-endonuclease-Cas1	gnl|CDD|187853	cd09722, Cas1_I-B, CRISPR/Cas system-associated protein Cas1. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and associated Cas proteins comprise a system for heritable host defense by prokaryotic cells against phage and other foreign DNA; Cas1 is the most universal CRISPR system protein thought to be involved in spacer integration; Cas1 is metal-dependent deoxyribonuclease, also binds RNA; Shown to possess a unique fold consisting of a N-terminal beta-strand domain and a C-terminal alpha-helical domain.	1.31726e-152
NZ_CP016827.1|WP_012212123.1|856218_857469_-|DUF389-domain-containing-protein	gnl|CDD|377221	pfam04087, DUF389, Domain of unknown function (DUF389). Family of hypothetical bacterial proteins with an undetermined function.	3.70686e-51
NZ_CP016827.1|WP_147628274.1|857475_857793_-|ACT-domain-containing-protein	gnl|CDD|226131	COG3603, COG3603, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	4.27857e-33
NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin	gnl|CDD|180850	PRK07116, PRK07116, flavodoxin; Provisional.	3.6142e-19
NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6	gnl|CDD|273848	TIGR01877, CRISPR-associated_endoribonuclease_Cas6_1, CRISPR-associated endoribonuclease Cas6. CRISPR is a term for Clustered, Regularly Interspaced Short Palidromic Repeats. A number of protein families appear only in association with these repeats and are designated Cas (CRISPR-Associated) proteins. This broadly distributed, highly divergent Cas family is now characterized as an endoribonuclease that generates guide RNAs for host defense against phage and other invaders. The family contains a C-terminal motif GXGXXXXXGXG, where the each X between two Gly is hydrophobic and the spacer XXXXX contains (usually) one Arg or Lys. The seed alignment for the current version of this model has gappy columns removed. Members of this protein family are found associated with several different CRISPR/cas system subtypes, and consequently we designate this family Cas6.	1.48576e-17
NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I	gnl|CDD|235591	PRK05755, PRK05755, DNA polymerase I; Provisional.	0
NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI	gnl|CDD|236353	PRK08939, PRK08939, primosomal protein DnaI; Reviewed.	8.40514e-153

Protein sequences

>NZ_CP016827.1|WP_065866562.1|866617_869281_-|DNA-polymerase-I
MADEKLLLIDGNSVAFRAFYALYRQLESFKSPDGLHTNAIYAFKNMLDVLLKDVDPTHVLVAFDAGKVTFRTKMYGEYKGGRAKTPEELLEQMPYIQEMLHDLGIKTYELKNYEADDIIGTFAAKGEKAGFTTTIVTGDRDLTQLASDKTTVEVTKSGVSQLEAYTPEHMKEVNGVTPTEFIDMKALMGDNSDNYPGVEGIGPKTASNLIQEYGSVENLYDHIDEMKKSKRKERLIRDKDKAFLAKKLATIDRDSPVTIDIDDVKREPVDYEKLRQFYEKMNFRKFLAELNASGAGQDGAEVEKVEYTVLNDDNVKDVKATEKDTVEFYLEMLGANYHLADFVGFSLKINDKIYVSRDVDLLEEDNIKHILEDEKIKKNVFDLKRSMVGAHRLGIHTHGLDYDMLLASYLVNNENNSNDLGEIAHLYGDYSVKTDLEVYGKGKSEHIPDDDDELFNHLASKVNAIESLKKTLLEKLKDHEQDALFDTIEIPTARVLARMEMNGMRVETSTLIQLQNEFAVKLKKLEDKIYGQAGEKFNLNSPKQLGHILFEKLGLPVIKKTKTGYSTSVEVLDQLKTQSPIVSKILDYRQIAKIQSTYVKGLLDVIQPDGRVHTRYLQTLTATGRLSSVDPNLQNIPTRTEEGKQIRKAFVPSEPDGYIFSCDYSQVELRVLAHVSGDQNMQEAFKTGYDIHSHTAMKIFHLESPDEVTPLMRRHAKAVNFGIVYGISDYGLSKNLGISRKRAQEFIDNYFEQYPQIKDYMNKAVQEARDKGYAETIMHRRRYLPDIHAKKYTVRAFAERTAINSPIQGSAADIIKIAMINMQKKLDELHLKTKMVVQVHDELIFDVPKDELETIKKIVPEVMQSAVKLDVPLIADSGWGHNWYDAK
>NZ_CP016827.1|WP_003627142.1|865778_866609_-|DNA-formamidopyrimidine-glycosylase
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>NZ_CP016827.1|WP_065866561.1|865179_865782_-|dephospho-CoA-kinase
MSYVLALTGGIATGKSTADDFFRKKNIPIIDCDQIARELMEPGNASWQAIKDHFGMEYLNSDQTINRKKLGQLVFSNKQALSELNQVTHPLIFDKTVAKIKEYRDFALVILDAPVYFEAGLDNKHVANGVLVITLPEQLQIERLKKRNNLTDQEAINRINSQMPLVEKEKMADFVVANTGTIKELENKLKQVLIKIREEE
>NZ_CP016827.1|WP_003627138.1|864709_865177_-|transcriptional-repressor-NrdR
MECPNCHQNASRVIDSRPSDENRAIRRRRECENCGFRFTTFERIETAPLLVIKNDGTREPFNRKKILHGVMAAGQKRPISSDQFEQLVDHVENKVRKQGISEISSKKIGQYVMDELADLDDVAYIRFASIYREFKDMSSFMKTMEDMMAKKGKGN
>NZ_CP016827.1|WP_065866560.1|863375_864707_-|chromosome-replication-initiation-protein
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>NZ_CP016827.1|WP_012212130.1|862434_863343_-|primosomal-protein-DnaI
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>NZ_CP016827.1|WP_065866559.1|860209_862144_-|threonine--tRNA-ligase
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>NZ_CP016827.1|WP_065866558.1|858846_859377_-|hypothetical-protein
MKKKLLLFLGAILLILGFAKLSSVNADAATIKATDWGAKKVFTTPKKTRGVWYYKEGKKVKKFKITAHTIDGVKLYKELNGKTSDRWVNKLIKADKKSVYKLADKVGESAWACHTIKYHKIIGFNADGWLAGSGDGFYYVPVKKNVKGKKVNALRVGEGAGNYLSYYAYKSRKLVK
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MEDYYLFSSGELERKDNTVRLTRSDGKYKDLKIEVTRDIYLFGEVSTNTKCLNYLAQMKIPVHFFNYYGFYTGSFYPKEQNVSGTLLIQQVQAYTDPKRRLYYAKKFVLGAAKNLLRNLKYYQRRGRNLDDSIKEITSLIRQIDQVHDVEELMGVEGTIHRRYYASWQSVFIPDVDFSKRVRRPPDNMVNTLISFLNGLMYTTCLSEIYVTQLNPAISYLHSPMDRRFSLCLDISEIFKPMIVDRLIFSLINKNMISEEDFNKESNYCYLSEKSKRIIVSEYDKYMKQKVRYKTLHRDVSYRHLIRLECYKLVRSLVEGETYEPYVMGW
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MNEYLAKSLDQSEGNHCETIVEHTNNLLKQYSLLKQAYPDIFQNFWLSQDRFNDMTKQVDIRSKDDWRLLEIACSYHDLGKMNLRFQKKVKAGQSFCKGEIPHALLSITMLPIDELQKHYTKDQIIALIFAIKWHHERNFSEIYEKHYEDEIEALKKEFASFDYSKSSFPIPPQEPAKVDSKYLTGNLSHRLSPNYEPKIYDEFVILKGLLNRIDYAASGHYEIESKSRVCLSQNILQEWHKKNPVADWNELQKYTYDHRNESIVVVGQTGLGKTESALRWLDNSKSFFVLPLKSAINSIYDRISGIVFQNKSHENLALLHSDMMAKALSEKFDDEDNFEEFVNEERSWSKQLSVATLDQIFNFVYHYKNYEPKLATLAYAKVVIDEIQMYSPDLLGYLIYGLGEIQKFGGKFEIMTATLPPFLIDLLESNGLEFKQAPHPFLDPKVNHRHKVKVLHKQINSDDIINLDRHQKTLVVCNTVKSATELYSELKQKGVSDVHLIHSRFIRKDRNEREKEILEFGQKENHSSGIWIGTQVVEASLDIDFDMLITELSELCGLFQRMGRCYRKRNYEGKEPNVYVFDGGDKLTSGIHESKQEYDDKRYHSVVDYHLFEISKRALAQVDGYLTESDKLKLIDENYTTDKLLDENCQLIDKVNDCIDYLNDLTFLDNLKTKEEVVNTFRNINTIDIIPEQVFLENKDKLEAAAKALNNYIRREDFLDQTEYKKQHQILVKEKIKAREVINNYLVGIPLYIISKVSKQDRWIKDKALNEVGYNILPADFNYDSMTGLSYNDSKNKNAEIDDDDNIF
>NZ_CP016827.1|WP_065866566.1|876833_877547_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas5
MKVIRVKLHQETANYRVPASHGFRESYPLPPISTVIGMVHYLCDFHEYHPMKVSVQGSYVSTTSDFFTRYEFKNGLKFDPGRHQLNAEGYGISRGIGHVQLLYDVNLILHIKPDDENELEDIYNALKYPREFPNLGRREDLVNFEEVKIVDVEKKDEDLTVNRGAYIPVEMSENIGLENEGIGYKGTHYYLNKDYKLVTIKKGQTQRRWNKVEVIYASGFTVYKSYVDEDNNVVFLV
>NZ_CP016827.1|WP_023192831.1|877533_878436_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas7/Cst2/DevR
MTQDKMGLTATIVFQASSANYGESLGNVASLKKLTRGDGQQYSYISRQAIRYDIVQQLGEKETNLEAEGSGDKKVIQFAKDASIKDFPEIDFFGYMKTEKGNNSSIRSAKVRLSNAISQEPYEGDTDFLTNMSLAQRIRKATGDNKIRNSIAQSEIQQSYYVYTLTVDLDQIGVDDNDGTNLNANEKNRRVAKLLDTIQYLYRDIRGRREDLKPLFAIGGVYDIKNPIFENAVKVRNSNIDIESIQSILDDPRVKENTSVGFVDGAFNNSQEIKDKLDAVTVAKFMTDLKKKVADYYEGN
>NZ_CP016827.1|WP_065866567.1|878454_880212_-|type-I-B-CRISPR-associated-protein-Cas8b1/Cst1
MGETSTVTIDFRINSWLENAGIVGLTRILKANPRYRGSYKEKENTLEVDPKVFDNFSDLYFNFFIKNYGQATRYWRIVSEENFLKSLKENGFKDFDNKKLKELTDWFDNVLKYSVNSASYKKVIKFINSDYDIKAEVKDCNKKIRTLNKKNFLTESPEEAKEILQELINQLLKAIEYFSTDQARKYFPAKTLSYTVINKAWNGVSFLNPQAKNLDFYDDYQNYFVAPVQKYLQEDHSKDKYICSTCGRPIKRLEYSYGFLNDMGYDLNRKTSNAWNFKNDLYICPVCQFLYSLVPAGFTYNMASQGIFINENSSIRNLQGKNDATFNSMMRDIRSNTQTSPYRAFSAAFRDAEASGQNAVLANIQLITYNNDHYNFQIIPIVASKVLIKAVEKKYTVKQTGEVKSYLANLYNAGISNFRGAGYYSILDNVLNCLFNNTNLFSIIQELELLKVGNTAGCYYNTFQIMTVIRMNGWFLNELHKYRRSENPMKVEEDKLTKARGCGMHVRMGYDNENKAKTLAYKMLEAIRANSTDRFMELLLNAYLYLDKTVPKIFIETQSNTEVFKEYAFAFIAGLIGSSNAEQDK
>NZ_CP016827.1|WP_003627162.1|880229_880985_-|CRISPR-associated-endoribonuclease-Cas6
MRFGIPIHLLPKNSEEKEIKINIDYDAYILSLIKTGLSTENPALFKELFGKPTQKNYSTSVFFPNATFTKDNIVLDKNGEMKLYFSTANTNLAINFYNSFVYLDHLDAEKLPFGHSYLADVKKLYTIELPKITKDRVIFKTMSTIVIRNDEGRFISCPNDSTEEGLAEFNDALRRNTFNKLRDNESLASTVKGLKFKPIKMRKTVRKSFGLNIECTKGIFELEGNPTLLNFIQESGLGEKTGTFSGMISLA
>NZ_CP016827.1|WP_003629695.1|883474_884128_-|flavodoxin
MFGRTYSDLGPVVGQINGEDIRANQLERRGYDWENGYGTPSDGQDTNRDGQPVRKLTKDAKSIIIFWSCSGSTKLLASKIARETGADILEITLRNPYPANYRKTLNRANCERIQNDPPELEMLSQYDTIYLGYQTWAMTLSQPMRAFLLEYGGEFSNKKIAPFLSEGGYGSGDSTELIREFIARDGGKNNTYTSALVVDGNRVDESDVEVKRWLKTI
>NZ_CP016827.1|WP_003629702.1|884272_885154_-|SPFH-domain-containing-protein
MMARIIIGIIVVLVIVYVCCGFKIVPQNNEGLVETLGKYSKTVKAGFIFVWPLFQRIRKVPLALQPLEISKYSIITKDNAEISTSLTLNYLVTDSYRYFYNNTDSVESMVQLIRGHLRDIIGRMDLNAALGSTKEINDQLFTATGDLTDIYGIKVVRVNVDELLPSAEIQHAMDKQLTADREKTAAIAKAEGEARTIGMTTKAKNDALVATAKANAEAVKTQADADAYRVQKMQEALSKAGEGYFRNQSLDSFNQLAQGPNNLIVVGKDEMTDLGKVPTLRKVWDASDDKKDK

Crispr_ID: NZ_CP016827_5

• CRISPR_ID: NZ_CP016827_5
• CRISPR_location: 1892529-1892711
• CRISPR_type: TypeV
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 2 spacers
• Cas_protein_info: cas14k

Consensus repeat of NZ_CP016827_5

Consensus_repeat	Method
CACGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	PILER-CR

spacers of NZ_CP016827_5

>5.1|1892553|60|NZ_CP016827|PILER-CR
CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
>5.2|1892637|55|NZ_CP016827|PILER-CR
GGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAG

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP016827_5

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP016827_5

>merge|NZ_CP016827|5|1892529-1892711|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACATCCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCGTGGGTTCAAATCCCACATGGACCGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATGCGTGGGTTCGAATCCCACAT

>NZ_CP016827|5|4|1892529-1892711|PILER-CR
CGCGCGTGGGTTCAAATCCCACAT	CCTCCTCTGATTGGTCCATTGGAGCAGTGGTTTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGAT
CGTGGGTTCAAATCCCACATGGAC	CGTTTATGGCGGAATTGGTGAAGGGGTTAACACACTGGTTTGTGGATCCAGCATG
CGTGGGTTCGAATCCCACAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP016827.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|239738
NZ_CP016827.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|341045
NZ_CP016827.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|181219
NZ_CP016827.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	cas14k	-	gnl|CDD|223747
NZ_CP016827.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225995
NZ_CP016827.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NZ_CP016827.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|cell-surface-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367400
NZ_CP016827.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease	unknown	unknown	gnl|CDD|236744
NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP016827.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	unknown	unknown	gnl|CDD|225174
NZ_CP016827.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|366181
NZ_CP016827.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|235821
NZ_CP016827.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC	unknown	unknown	gnl|CDD|188097
NZ_CP016827.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224197
NZ_CP016827.1|WP_060471716.1|1896621_1896858_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_012211531.1|1911435_1912641_-|multidrug-efflux-MFS-transporter	unknown	unknown	gnl|CDD|340949
NZ_CP016827.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	unknown	unknown	gnl|CDD|235365
NZ_CP016827.1|WP_023190958.1|1887808_1888198_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|307151
NZ_CP016827.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|143607

HMMScan for Signature genes

Protein	Cas_name	Cas_description	E-value	Identity	Coverage
NZ_CP016827.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	cas14k	-	1.2e-26	87.9	8.5

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP016827.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase	gnl|CDD|239738	cd03769, SR_IS607_transposase_like, Serine Recombinase (SR) family, IS607-like transposase subfamily, catalytic domain; members contain a DNA binding domain with homology to MerR/SoxR located N-terminal to the catalytic domain. Serine recombinases catalyze site-specific recombination of DNA molecules by a concerted, four-strand cleavage and rejoining mechanism which involves a transient phosphoserine linkage between DNA and the enzyme. They are functionally versatile and include resolvases, invertases, integrases, and transposases. This subfamily is composed of proteins that catalyze the transposition of insertion sequence (IS) elements such as IS607 from Helicobacter and IS1535 from Mycobacterium, and similar proteins from other bacteria and several archaeal species. IS elements are DNA segments that move to new sites in prokaryotic and eukaryotic genomes causing insertion mutations and gene rearrangements.	5.78857e-48
NZ_CP016827.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter	gnl|CDD|341045	cd17502, MFS_Azr1_MDR_like, Saccharomyces cerevisiae Azole resistance protein 1 (Azr1p), and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of multidrug resistance (MDR) transporters including various Saccharomyces cerevisiae proteins such as azole resistance protein 1 (Azr1p), vacuolar basic amino acid transporter 1 (Vba1p), vacuolar basic amino acid transporter 5 (Vba5p), and Sge1p (also known as Nor1p, 10-N-nonyl acridine orange resistance protein, and crystal violet resistance protein). MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. This subfamily belongs to the Methylenomycin A resistance protein (also called MMR peptide) and similar multidrug resistance (MDR) transporters (MMR-like MDR transporter) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	3.29446e-46
NZ_CP016827.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase	gnl|CDD|181219	PRK08068, PRK08068, transaminase; Reviewed.	0
NZ_CP016827.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB	gnl|CDD|223747	COG0675, COG0675, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	8.57868e-19
NZ_CP016827.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase	gnl|CDD|225995	COG3464, COG3464, Transposase and inactivated derivatives [DNA replication, recombination, and repair].	6.79993e-46
NZ_CP016827.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	5.97496e-08
NZ_CP016827.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|cell-surface-protein	gnl|CDD|367400	pfam03217, SLAP, SLAP domain. This short domain is found in a variety of bacterial cell surface proteins. The domain is about 60 residues in length (although previously defined as 2 copies of this domain). It usually occurs in tandem pairs. It may be distantly related to the SH3 domain.	1.48901e-07
NZ_CP016827.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease	gnl|CDD|236744	PRK10720, PRK10720, uracil transporter; Provisional.	1.34763e-144
NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_CP016827.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD	gnl|CDD|225174	COG2265, TrmA, SAM-dependent methyltransferases related to tRNA (uracil-5-)-methyltransferase [Translation, ribosomal structure and biogenesis].	1.42181e-157
NZ_CP016827.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase	gnl|CDD|366181	pfam00583, Acetyltransf_1, Acetyltransferase (GNAT) family. This family contains proteins with N-acetyltransferase functions such as Elp3-related proteins.	4.60647e-13
NZ_CP016827.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein	gnl|CDD|235821	PRK06522, PRK06522, 2-dehydropantoate 2-reductase; Reviewed.	5.96589e-66
NZ_CP016827.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC	gnl|CDD|188097	TIGR00931, Uncharacterized_Na+/H+_antiporter_HI_1107, Na+/H+ antiporter NhaC. A single member of the NhaC family, a protein from Bacillus firmus, has been functionally characterized.It is involved in pH homeostasis and sodium extrusion. Members of the NhaC family are found in both Gram-negative bacteria and Gram-positive bacteria. Intriguingly, archaeal homolog ArcD (just outside boundaries of family) has been identified as an arginine/ornithine antiporter. [Transport and binding proteins, Cations and iron carrying compounds].	3.65739e-108
NZ_CP016827.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein	gnl|CDD|224197	COG1278, CspC, Cold shock proteins [Transcription].	3.71751e-34
NZ_CP016827.1|WP_012211531.1|1911435_1912641_-|multidrug-efflux-MFS-transporter	gnl|CDD|340949	cd17391, MFS_MdtG_MDR_like, Multidrug resistance protein MdtG and similar multidrug resistance (MDR) transporters of the Major Facilitator Superfamily. This subfamily is composed of Escherichia coli multidrug resistance protein MdtG, Streptococcus pneumoniae multidrug resistance efflux pump PmrA, and similar multidrug resistance (MDR) transporters from bacteria. MDR transporters are drug/H+ antiporters (DHA) that mediate the efflux of a variety of drugs and toxic compounds, and confer resistance to these compounds. MdtG confers resistance to fosfomycin and deoxycholate. PmrA serves as an efflux pump for various substrates and is associated with fluoroquinolone resistance. MdtG-like MDR transporters belong to the bacterial MdtG-like and eukaryotic solute carrier 18 (SLC18) family of the Major Facilitator Superfamily (MFS) of transporters. MFS proteins are thought to function through a single substrate binding site, alternating-access mechanism involving a rocker-switch type of movement.	1.05065e-155
NZ_CP016827.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR	gnl|CDD|235365	PRK05205, PRK05205, bifunctional pyr operon transcriptional regulator/uracil phosphoribosyltransferase PyrR.	2.39737e-98
NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase	gnl|CDD|307151	pfam00872, Transposase_mut, Transposase, Mutator family.	7.377e-112
NZ_CP016827.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase	gnl|CDD|143607	cd07583, nitrilase_5, Uncharacterized subgroup of the nitrilase superfamily (putative class 13 nitrilases). The nitrilase superfamily is comprised of nitrile- or amide-hydrolyzing enzymes and amide-condensing enzymes, which depend on a Glu-Lys-Cys catalytic triad. This superfamily has been classified in the literature based on global and structure based sequence analysis into thirteen different enzyme classes (referred to as 1-13). Class 13 represents proteins that at the time were difficult to place in a distinct similarity group; this subgroup represents either a new class or one that was included previously in class 13. Members of this superfamily generally form homomeric complexes, the basic building block of which is a homodimer.	3.25914e-143

Protein sequences

>NZ_CP016827.1|WP_065866835.1|1890804_1892130_+|IS200/IS605-family-element-transposase-accessory-protein-TnpB
MRKKIVPRNKAKYEHLASEYLVAGNSKLDQCSHASHDLYNRALYDLRQGFFKRNYVKGYCDLDQRFKKRYSARESMLYHSLFYVQSAQQTLKEVNTIWSAWLKALKAYQANPGKFTGRPRMPKYLAKGQRHVFFVTNQNAKVKDDYLIIPKLGFKLKITPQVKAIQRVAFKPVYGGYKAIVQYKTNRDIDYLPDNGRYMGIDPGVDNAFACVANIQKAPLLVNGRAIKSVNQYYNKERSRLKALQARYHQLESIVDTQQGKKPVYRETKAMRRITAWRNRKIRQFAHKASKRIVDYALSCGANTIVIGNNKSWKRSSDMGRKNNQNFIGIPHKVMIDMIQYKANLAGISVIRTNESYTSQTSALDHEKPCWENGSQSRKRQGKTPINRRIHRGLFQSNNGRLVNADINGALQIIRKVFPKFSSDEGIEDAVLHPVKWSPLI
>NZ_CP016827.1|WP_003627960.1|1890166_1890775_+|IS607-family-transposase
MKAGKVMDLLQISRSTLKRYREKGILEAKKLPTGQYDFDDDSVFLLKNKHSKRLTVLYGRVSTYKQKADLANQMQELSDFAQSKGFQANDSFQDIASGISFKNRKQFFKMLDLILAGKVKRVIITRKDRLSRVGFELFEYLFQNYGTEIDVISDEMNPKTDEQELFEEIISLLHCFSMREYSHRRAERKLFEATLNQKEKTK
>NZ_CP016827.1|WP_065866858.1|1889563_1890064_+|GNAT-family-N-acetyltransferase
MIIKPLISEDEAKETSRLFQKCWQNTYKDILPDVFLDNIPENAWGKRLNESGRHNLIFIDDDNKIRAAVSYGRPRDTRMLGCGELMALYVEPDFQGFNIGKTLLNAAENELKKMGYGKIYLWCIDGDENARQFFEHFGWVNNATEKFVEIAGKEYKYLLYSHKLLV
>NZ_CP016827.1|WP_023190958.1|1887808_1888198_+|hypothetical-protein
MLTVNYRSVIENDLVNYTQGIESYFRNERLTLRDKINKFIEELPESYRELLSEHVGNTDDWIGKLVSTRVFLTHGDRENMAVSNPYKLVQMTKIFGFMVRIFILQKLGITIDKPKILNKFKNVLTTHYY
>NZ_CP016827.1|WP_012211526.1|1887345_1887546_-|cold-shock-protein
MQTGTVKWFNADKGFGFITGSDNKDVFVHFSAIKTDGFKSLEEGQKVSYDVEQGSRGPQATNVVPQ
>NZ_CP016827.1|WP_065866930.1|1884495_1885281_-|carbon-nitrogen-family-hydrolase
MKIKVALAQFNIQFADPDKNQQRVAELTSIAAKAGADVIVFPEMWNIGYALNQLDRLADDGGRTTTKLFYRLARQYQISIVGGSVAVKEGGQFYNRTLIVDPLGQVVGKYDKVHLFRLMNEHRYLTAGNQENYFRLAGVPSASFICYDLRFPEWIRTVARHGSAVLYFPAEWPAVRIPQWTTMLKARAIENQAFVVAVNRVGDDPDNHYNGHSLAIDPLGNVIADAGENDGITYAELDLTQLATVRGAIPVFVDRRPDLYK
>NZ_CP016827.1|WP_065866857.1|1883296_1884475_-|pyridoxal-phosphate-dependent-aminotransferase
MEFQQSKLLGRLPKQFFASLVAKVNHKIESGVDVINLGQGNPDKPTPEYIVKATQKWVADPATHKYSPFQGLPEFKQAAADFYAEKYGAHFDPEKEVAILGGSKIGLVELPWALMNPGDTYLLPDPGYPDYFSGAALGGVKFETVPLLAKNNFLPDLKAIPEAVAQRAKFFYLNYPNNPTGAVATKKFYEELVSWAKKYHVGIISDFAYGALGFDGQAPRSFMQTPGAKDVGIEFYTFSKTFNMAGWRIAFAVGNQDIIGALNLIQDHLFVSLFPALQRAAIDALQGSQRDAEIAKIVGRYEERRNAFVDAAEKIGWHAFVPKGTFYAWMPVPAGYTSESFADLLLDKAGVAVAPGNGFGKHGEGYVRIGLLIEQARLKEAVARIAKLHLFD
>NZ_CP016827.1|WP_065866856.1|1882315_1883278_-|ketopantoate-reductase-family-protein
MTLKYTVLGAGAMGLRFGVLLQELAGAKVDFVDNWAPEVKTIQQQGGVYVSRDHEDRHLVPIKIYSPEDYQGDPDVFIVFAKQMTLADLLKRSAHFFHPDHQYVFSGMNGMGHIEKINQYFPKEHVVAGTCLIGTVLNKAGDVDFIGKSGAGSINMAAQAEKADDRVKQIVADFTAANINPHLNNNFLGTLLTKVVFNSVINTICTLFEIQMGQFIDYDGSEKLGKQLINEAYDVAERAGIQLLSTREEEWQTIKYVSSVTNPLHYPSMYQDMSKDRPTEVDYINGYIYQLGKKYNYEASTHDFLRNLVHLAENTRKFRK
>NZ_CP016827.1|WP_003626890.1|1879476_1880829_+|23S-rRNA-(uracil(1939)-C(5))-methyltransferase-RlmD
MEKNQIIDLEITDLSYEAMGVAHYNGMTVFVTNALPGEVVSAKILKVKKNFAFAKIEKIKKESPDRVNVKLNQGVQSGLASLAHIKYDKQLDFKRNQVVNLLKKAHLENIEVGETLASPEEVGYRNKAQVPVREVNGQLEIGFFRRHSHDLMPLTHFFTTDPEIDRVLVAVRDILRKYKVPAYDEINNNGEVRYLEVRRSKSTGEMMVILVCLHKDFMQLPNVAAEVSQIPGVSGLILNHNPKKTNVILGPKDYLVFGNDQITDQIGDLKFRISPQSFFQINSLQTPRLYNLAIKQADLKPDDVVIDAYSGIGTIGLSVAKHVKAVRGIEVVRDAIKDAKDNAKLNDITNAKYYLGKAEEIMPRWAKSGLKTDVVFVDPPRKGLTPEFINAAVKTGPKKIVYISCNPATLVRDLQLFQEKSYEFNRIDPVDMFPQTPHVESVTVLERTEK
>NZ_CP016827.1|WP_046813923.1|1877735_1879112_-|Na+/H+-antiporter-NhaC
MKKEKVSFTESIIILIALLAILGISVIKFGLSPEVPVLFTVLLLTFWARFRGFTWKDVQDGIKEGIGVAIIPIFIFILIGALIGLWIKAGIIPSIMVLGFHLISGSFFVPSVFIACAIVGVAIGSGFTTISTVGIALFGIGASMNANLALVAGAIISGAVFGDKMSPLSDSTNLSSAVAESELFAHIKNMMWSTIPSFIVSLILFWILGNSGHMDPTKIERTSHVLQTNFSISWWAVVPIVFMLLCAWRKVPAIPTLFINIAATVIMIFVQNPHESVQSLNNLIMNGFVAKTSDASVNALLTRGGISSMMATVALIISTLSLGGMLMKFNVVQSAMEPLVKHLRKPGRLITVTILSGICINLFVGEQYLSVILPGRAFKPAFDKIKLSPLALSRVLEDGGSVINYLIPWGVAGSFAATTLGVPVLQFLPFVFFSLLSPVFSIISGFTGIGLKWAKDKK
>NZ_CP016827.1|WP_060471716.1|1896621_1896858_-|hypothetical-protein
MENIEPMDILREPTPEEETLATILRWVKDSHDNKENKTTTIVFKKNTPQKILKSFQRNTDLFVAITDYTINKQYEIEN
>NZ_CP016827.1|WP_079227754.1|1897023_1897560_+|GNAT-family-N-acetyltransferase
MILDSKPARWGTKAYRDAKDLYMKAFPAWERFSMFSLLAMSLHRNVKFHAIYNEDQFCGITYYAENDKTVYLTYLAINEELRGQGYGSKILTMLEDRFPDKQIVIDIEPVTSKAKNYKQRVSRLKFYERNGFHRTDQKLKDPDGKFEALTTGKKLDKESFMDTLRQMSFGFYQAKVEK
>NZ_CP016827.1|WP_012211430.1|1897748_1899026_+|ISL3-family-transposase
MSSLNHCIKFELDVKDENIVFKDYFYKSIKLQKHKIYEAELIQPACPFCGSLDLLHNGHLITNIHYPTANASLPVIIRLAKQRVKCRDCERWSMAQSELVNKYCSISNASKLKVLSALTEDRSMTSIARENNVSINTVQRVLGNCSHRFIDSCEYLPAHLAFDEFKGVDRQLHFICLDGDSHQVVQILRTRYKKNLLKYFGRFSPQARANVRTVTMDLNFYYQDIVRACFPNAQIVIDRFHMIQMLTRSFNSLRVKVMKTFDKRSRQYQLLKSPWKLYLKKFDELEKVHPRYNWHYKDCLTQAQVVTEGINANTALENSYNLMQDFIQAIETGNTQKLKSLINCKDQIGTLMHKTLLTFKYNLTAVLNGAELPYSNGCLEGFNRKIKQIERTAFGYSSFTNLLTRIRLEENLYKEKEPNSLLMVA
>NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1901064_1902243_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP016827.1|WP_065866861.1|1902885_1903962_+|cell-surface-protein
MKKRVISLTAITLLAVSPIIATAIPVLAVDVTSQITTNTIASSESPVLTYNGKTFDHDQDITDIMANTKFSQVIPADNIKFTQNLKSAFSAVASSKDSTKVNVSVYTGGINWNIAGKYPVEVSATNKAGKMTKLTFTVIVGNQGKDAQYAVAQPQIKGNVTLYTIRDNKVVHDSYGAFVLHGGTTVATFGTVEINGISYTRLNGPDSDLFIETKSVDGTYPESATNEDGQAKTVTKTLMHTAIAYNSDGHSTGKKYYAYRQLTLSAVKKNIKGSMYYNVQGTGDYIKVGNIDGTMRTLTRNSYIYATSKRRADRTLLRKGDTITTYGGSYKFKNGKRYYRIEGATSTNKRYVKVVNFE
>NZ_CP016827.1|WP_012211358.1|1904200_1905379_+|IS256-family-transposase
MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
>NZ_CP016827.1|WP_065866862.1|1907785_1909114_-|uracil-permease
MSKKENFRNPDAILDVYEKPEFGQGVLLSLQHTFAMFGSTVLVPILIGINPSIALLSSGIGTLVHMILTHFKIPAYLGSSFAFIATMQALMKADGYPAVAQGAIASGLVYVMVALIIAKVGSGWVNKVLPPIVVGPIIIVIGLSLATTAANDAMMNNQKYDLTYFGVAIFTLVMTLVFQMCFKGFTSLVSIMLGIICGYVLACFLGIVDFSGVEKAAWFSIPSLDVMGISYHFKWYPAAILAMAPIAFVTMTEHMGHIMVLNSLTKRNFFKNPGLHRTMMGDGISTIIAGFIGGPPTTSYGENIGVLAMTKVHSVWVLAGAAVCAIIFSFVGKLAALIESIPMPVIGGISFLLFGTIASNGLKILVDDNVDFGEKRNMLIASVILVIGIGGAYLQLGNFQLTSVALSTIIGMILNWVLPKKAASEKALEEKNKQKQDGKIYQ
>NZ_CP016827.1|WP_020829065.1|1909126_1909657_-|bifunctional-pyr-operon-transcriptional-regulator/uracil-phosphoribosyltransferase-PyrR
MAKEIIDAIGMKRALMRMTYEIVERNKGTENLVLVGIKTRGLYLAQRIAANLKKLEDVEISVGAIDVLQYRDDLPESKKEKMIHNQQLDFDITDKNVVLVDDVLFTGRTIRAALDALMDQGRPAKINLAVLVDRGHRELPIRPDFIGKNIPTAMNEEVKVSMTEVDDKDSIELINK
>NZ_CP016827.1|WP_065866863.1|1909942_1911412_+|MFS-transporter
MNKKQLFMVTLALLLANIMSGLDATIINTAIPAIVSDLHGIQYMGWIVACFLLGMSVSVPIWGKLGERMGNKFAFELSLALFILGSLLEGIALDIYFFLIARILMGVGAGGMGSLPYVIVGYIYPNIKRRTVILGYIAASFSAASIAGPLVGGWIVDTLSWHWVFYINVPLGLIAIILSFVYYKGIRKPNKNTQFDKLGAFTLIAGLTSFLIGIQLLGMVSLPVVLGFIILSILLLVVFIRAERKAKSPVVPLSVFTNKALVGDFLIFALAWGSSIAVNTYLPMWAQTILGASALVGGMTLIPNSIVDIVGSQTASYFLRHVNNYRLLIANLTIMAITAVGLILAPISTPYQILALIAAFSGFGVGSIFVILQIKVQVDASEKDMAPATSLSFLIRILALTIMAAIYGVIMNLALGRGIAGHPGITMTMMNKLIDAESAKSLPVQLLPTMRKIFYGGIREIMIVSLVLLVAAYVVNYLYNRHEEKIMAE
>NZ_CP016827.1|WP_012211531.1|1911435_1912641_-|multidrug-efflux-MFS-transporter
MKEKPIWKKNLFVLSIAVFIAGIAFSEVMPFLPLYIDTLGKFSHQQLNFWSGFIYSGTYLVSALISPCWGKLADKKGRKPMTLRASLGMAIVIGCMGLVTNVYQLFILRMLQGVFAGFVSNSNALIATETPKEKSGQALGTMASSFTAGNLLGPFIGGALASIFSYRVTFFITGGLLLISFFLSLFFVHETDFKPVTEKKLDKASGIIKELRSPQLIFGLLLTTLIIQAANNSINPIVSLYVKQLMANHGNVVFISGVIAALPGIATFLAASRFGALGDRIGTHKIIVGGFIGATILFFLTAFVQNTVELGILRFLVGFTDACLFPQVQTLLTKNTPAKITGRIFSWNQSAMYVGNIFGPLLGSTISGLTSYSMVFIVTAIIVVFNLILFKFNVINNLRQK

Self-targeting detection

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_ID	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP016827_3	3.5|869731|36|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT	869731-869766	36	NZ_CP016827.1	363485-363520	0	1.0
NZ_CP016827_3	3.12|869732|36|NZ_CP016827|PILER-CR	869732-869767	36	NZ_CP016827.1	363485-363520	0	1.0
NZ_CP016827_4	4.20|872155|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872155-872189	35	NZ_CP016827.1	1041141-1041175	0	1.0
NZ_CP016827_4	4.21|872220|35|NZ_CP016827|CRT,CRISPRCasFinder	872220-872254	35	NZ_CP016827.1	1041141-1041175	0	1.0

1. spacer 3.5|869731|36|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder,CRT matches to position: 363485-363520, mismatch: 0, identity: 1.0

aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	CRISPR spacer
aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	Protospacer
************************************

2. spacer 3.12|869732|36|NZ_CP016827|PILER-CR matches to position: 363485-363520, mismatch: 0, identity: 1.0

aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	CRISPR spacer
aatgaaaaggtggcgcaagatatgagtttttacgat	Protospacer
************************************

3. spacer 4.20|872155|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to position: 1041141-1041175, mismatch: 0, identity: 1.0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

4. spacer 4.21|872220|35|NZ_CP016827|CRT,CRISPRCasFinder matches to position: 1041141-1041175, mismatch: 0, identity: 1.0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

MGE targeting detection<

CRISPR_ID	Spacer_Info	Spacer_region	Spacer_length	Hit_phage_ID	Hit_phage_def	Protospacer_location	Mismatch	Identity
NZ_CP016827_4	4.7|871296|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871296-871332	37	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	9068-9104	0	1.0
NZ_CP016827_4	4.4|871099|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871099-871133	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	6158-6192	1	0.971
NZ_CP016827_4	4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	10650-10685	1	0.972
NZ_CP016827_4	4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	NC_024206	Lactobacillus phage phi jlb1, complete genome	25770-25805	2	0.944
NZ_CP016827_4	4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871627-871662	36	DQ320509	Lactobacillus phage KC5a, complete genome	25750-25785	2	0.944
NZ_CP016827_4	4.18|872023|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872023-872057	35	NC_019782	Lactobacillus phage AQ113, complete genome	33793-33827	4	0.886
NZ_CP016827_2	2.1|741068|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder	741068-741100	33	MN694486	Marine virus AFVG_250M318, complete genome	22099-22131	7	0.788
NZ_CP016827_4	4.1|870902|36|NZ_CP016827|CRT	870902-870937	36	NZ_AP019369	Silvanigrellales bacterium RF1110005 plasmid 79K, complete sequence	37934-37969	9	0.75
NZ_CP016827_4	4.11|871560|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	871560-871596	37	NC_022882	Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence	34904-34940	11	0.703

1. spacer 4.7|871296|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 0, identity: 1.0

gcgatcactggactaagcacaaaaccacttcagttga	CRISPR spacer
gcgatcactggactaagcacaaaaccacttcagttga	Protospacer
*************************************

2. spacer 4.4|871099|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.971

ggtgagagtgctgctaacatccaatcactaaatga	CRISPR spacer
agtgagagtgctgctaacatccaatcactaaatga	Protospacer
.**********************************

3. spacer 4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 1, identity: 0.972

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tactttcacccattgttttagcaactgcagaaatac	Protospacer
************************* **********

4. spacer 4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_024206 (Lactobacillus phage phi jlb1, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.944

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tacttacacccattgtcttagcaacggcagaaatac	Protospacer
***** **********.*******************

5. spacer 4.12|871627|36|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to DQ320509 (Lactobacillus phage KC5a, complete genome) position: , mismatch: 2, identity: 0.944

tactttcacccattgttttagcaacggcagaaatac	CRISPR spacer
tacttacacccattgtcttagcaacggcagaaatac	Protospacer
***** **********.*******************

6. spacer 4.18|872023|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_019782 (Lactobacillus phage AQ113, complete genome) position: , mismatch: 4, identity: 0.886

cagaagttgttgttgaagacttttcatttttaggt	CRISPR spacer
ctgaagttgttgttgaaaacttttcatttttatct	Protospacer
* ***************.**************  *

7. spacer 2.1|741068|33|NZ_CP016827|CRISPRCasFinder matches to MN694486 (Marine virus AFVG_250M318, complete genome) position: , mismatch: 7, identity: 0.788

tttactttagttttatctgtaactcctgtgtaa	CRISPR spacer
tttacttttgttttatctttaactgttttttta	Protospacer
******** ********* ***** .* * * *

8. spacer 4.1|870902|36|NZ_CP016827|CRT matches to NZ_AP019369 (Silvanigrellales bacterium RF1110005 plasmid 79K, complete sequence) position: , mismatch: 9, identity: 0.75

tcaaatctaattattgatgatattgaaaatagaaga	CRISPR spacer
tttcctataaatattaatgatattgaaaatagaatt	Protospacer
*.   * *** ****.******************  

9. spacer 4.11|871560|37|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NC_022882 (Bacillus thuringiensis YBT-1518 plasmid pBMB0233, complete sequence) position: , mismatch: 11, identity: 0.703

ttatcggcttactggctggcgtagatttgattctgtg	CRISPR spacer
ctcccattttactagcttgcgtagatttgattctaat	Protospacer
.* .*. .*****.*** ****************.  

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	149531 : 221117	55	Bacillus_virus(23.53%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_2	235042 : 245716	11	Clostridium_phage(14.29%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	327056 : 487021	116	Streptococcus_phage(15.38%)	protease,tRNA,transposase,integrase	attL 324243:324261|attR 464278:464313
DBSCAN-SWA_4	574529 : 644600	53	Lactobacillus_virus(10.53%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_5	834812 : 905742	58	Bacillus_phage(38.46%)	tRNA,transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_6	909124 : 955365	47	Aureococcus_anophage(22.22%)	tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_7	995888 : 1056485	48	uncultured_virus(14.29%)	tRNA,transposase,holin	NA
DBSCAN-SWA_8	1142857 : 1180043	27	Lactobacillus_virus(25.0%)	protease,tRNA,transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_9	1435204 : 1511365	58	Moraxella_phage(20.0%)	protease,tRNA,transposase,holin	NA
DBSCAN-SWA_10	1515418 : 1594391	54	Streptococcus_phage(12.5%)	transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_11	1618487 : 1676585	53	Bacillus_phage(20.0%)	transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_12	1689604 : 1743244	45	Bacillus_phage(20.0%)	transposase,bacteriocin	NA
DBSCAN-SWA_13	1752025 : 1905379	109	Bacillus_virus(14.71%)	protease,tRNA,transposase	NA
DBSCAN-SWA_14	1925250 : 1990171	52	Bacillus_phage(23.08%)	transposase,bacteriocin	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP016827|149531:221117|DBSCAN-SWA
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MNSQISENQINQAGHLTIGGVDTVELAKKYGTPLVVYDVEQIRHQIRAFKKVFEEENVKYVVSYASKAFACIAMYQVAAAEGAYTDVVSDGELYTALKANFPVKKISFHGNNKSKSELEMAVKNHIGKIIIDNFHEIKLLDQVLRKHDAKIDVMLRITPGISAHTHEYDQTGQVDSKFGFDLESGQADLALEQVLANSRMNMIGIHAHIGSQIFELNGFEMAAKKLMEVAENWRSQYGYTAQVINVGGGFGIKYTAEDNPLRPEEFVRAIVKTIKKEAKNAAFPLPEIDIEPGRSIVGPAGYNLYTTGSRKIVPGHCPYVTVDGGMGDNIRPALYDAKYETVLATDPRADLTEHVRIAGKYCESGDILADDQALPATKSGSLLAMLDTGAYGYSMASNYNRNARPAVVFAENGKAQLVIKRESLEDLVHLDQPYNNED
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MSINQEIENTHLTKRVALIIYLKSVSDQYKLRHYGDIVYFSKKMKYCILYVNRKEAKDVKNQIGQLDFVNYVEISPEEKVNLDSQHIEGQLVKMAKEAEKKLQLEQEKNEDQMQ
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MVDNSKTRVVVGMSGGVDSSVSALLLKQQGYDVVGVFMKNWDDTDDSGVCTATEDYEDVKKVADKIGIPYYSINFEKEYWHRVFEYFLNEYKKGRTPNPDVMCNSQIKFKSFLDFAMDLDADYIAMGHYAKTVKDADGLTHMMRPKDGNKDQTYFLSQLNQDQIKKVIFPLANLTKPQVREIALANGLATAKKKDSTGICFIGERNFRKFLSEFLPAKSGKMVTPDGKVVGEHAGLMYYTIGQRQGLGLGSTKESTDPWFVVGKDLKKNELIVEQGYDSKLLYASRLKASDMSFFTGKPDHDVEFHCSAKFRYRQCDVGVTVKYHADDNTADVYFDEPARAVTPGQALVLYQGEECLGGGNIDAAYQEDKQLQLV
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MLELANDLGFSQKVQNVRASGIRIFDNKVSTIPGIIKLTLGEPDMNTPEHVKEAAIKSIQNNDSHYAPQKGKLELRKAISNYLNKTIGVKYDPETEVVVTVGATEAINAALFAITNPGDKVAIPTPVFSLYWPAATLADASYVLINTTEDNFKLTPQKLTETIKENPTIKAVILNYPTNPTGVEYTEDEIKALAKVIAENHLYVITDEIYSTLIYGVEHHSIASLIPDRAIYISGLSKSHAMTGYRLGYIAGPAKIMEQIGKVHGLMVTTTTDSSQAAAIEALENGLNDAAEYRKVYQKRRDFVLEKLSEMGMQAVKPEGAFYIFAKIPAQYGEDDMQFALDLAFKAKVGVTPGSAFGPGGEGYVRLSYASSDDNLREAMKRMNDFLQ
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MDLKETEISSQQIFQGRILDLSVRTIKLPNGETATREIVKHRPASCVIAINDQQEMLLVKQWREAIKQVTLEIPAGIVDPTDASPLDAMKRELNEEGGYRAEYWEKVSEFYSTPGFCDEKMHLFYCDTLIKLTDKRSLDADEFLTSDWYSLDKLKNLLAEGKIIDAKTVYAISVWENMLLRNAQAESNK
>NZ_CP016827|149531:221117|199899_200757_-|WP_065866346.1|transposase|DBSCAN-SWA
MNYLKLKRFSHHLQVSFSRLNMICRSWSKLYAPDSLKHRRNTDQTKISDSSILAMLIWQAELGIESQRRFCKFFAGLSHSRFNRRARQLLPLIYLIRHTLNQEVDLSGEILIIDSFPVPVCQPVRNYRVKIFHDIADIGYKATKKVYYYGFKVHAIVSDDGYLLDYAVTKASVHDAKETVELMNNAHPTNHYLLGDEGYLGKDLAAKLKHMGYVLWTPYRKNMQGAKKHNNHQLMAVRRTIESDFALLSYYNAENNHARSLAGFQERLEVAVLAYNMAYCLERFN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_023062061.1|149531_152315_+|tRNA	isoleucine--tRNA ligase	A0A2K9L260	Tupanvirus	8.9e-89	27.9
WP_003627651.1|152314_152518_+	cold shock domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211705.1|152537_153107_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_012211706.1|153435_154131_+	5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase	NA	NA	NA	NA
WP_023190853.1|154132_155290_+	cysteine desulfurase	H7BUW1	unidentified_phage	1.8e-27	35.6
WP_065866337.1|155337_155679_+	DUF1831 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211708.1|155686_156814_+|tRNA	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA	NA	NA	NA	NA
WP_012211710.1|156907_157567_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211711.1|157566_158211_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211712.1|158210_160562_+	ATP-dependent RecD-like DNA helicase	A0A0K2FLP8	Brevibacillus_phage	2.1e-59	27.0
WP_041810698.1|161604_163284_-	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_003627933.1|163290_163512_-	DNA-dependent RNA polymerase auxiliary subunit epsilon family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003628072.1|163862_164417_-	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	3.6e-10	39.7
WP_003628073.1|164669_166514_+	translational GTPase TypA	A0A2K5B2A5	Erysipelothrix_phage	3.6e-22	41.5
WP_023190858.1|166609_167791_+	cell division protein FtsW	NA	NA	NA	NA
WP_012211716.1|167787_168132_+	YlbG family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211717.1|168128_168677_+	16S rRNA (guanine(966)-N(2))-methyltransferase RsmD	NA	NA	NA	NA
WP_003627939.1|168679_169174_+	pantetheine-phosphate adenylyltransferase	A0A1B1IVQ3	uncultured_Mediterranean_phage	9.7e-23	36.2
WP_012211718.1|169157_170192_+	PDZ domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211719.1|170269_170965_+	competence protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190860.1|170933_173222_+	DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2	Q332C0	Clostridium_botulinum_C_phage	8.2e-24	31.0
WP_003627943.1|173218_174205_+	DNA polymerase III subunit delta	NA	NA	NA	NA
WP_014919008.1|174265_174523_-	30S ribosomal protein S20	NA	NA	NA	NA
WP_003628079.1|174721_174991_+	30S ribosomal protein S15	NA	NA	NA	NA
WP_023190861.1|175147_176920_+	ribonuclease J	NA	NA	NA	NA
WP_012211722.1|176922_177756_+	tetratricopeptide repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211723.1|177945_179136_+	elongation factor Tu	A0A076FFS6	Aureococcus_anophage	2.3e-30	27.3
WP_012211724.1|179286_180645_+	trigger factor	NA	NA	NA	NA
WP_065866338.1|180775_182050_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX	G3M9Z9	Bacillus_virus	8.7e-132	55.4
WP_012211726.1|182039_182630_+	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866339.1|182594_184331_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.7e-88	36.9
WP_065866340.1|186112_187117_-	diaminopimelate epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_065866341.1|187109_188483_-	aspartate kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866342.1|188954_190271_+	diaminopimelate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_003626729.1|190290_191001_+	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866343.1|191003_192158_+	N-acetyldiaminopimelate deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_065866344.1|192159_193095_+	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_065866345.1|193087_193867_+	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase	NA	NA	NA	NA
WP_003626723.1|193887_195054_+	aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme	NA	NA	NA	NA
WP_012211734.1|195065_196124_+	aspartate-semialdehyde dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_147628221.1|196227_197328_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_079227764.1|197384_197960_+	NUDIX hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211736.1|198004_199615_-	DUF2974 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866346.1|199899_200757_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_014564905.1|203398_204421_-	adenosine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_065866347.1|204580_205933_+	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	1.2e-51	34.9
WP_014564907.1|205952_207734_+	adenine deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_065866348.1|208120_209905_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.8e-88	36.9
WP_012211741.1|212571_213126_-	cysteine hydrolase	G3MA16	Bacillus_virus	2.1e-34	42.4
WP_065866349.1|213122_214577_-	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	1.1e-95	41.2
WP_065866350.1|214699_216403_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.6e-88	36.9
WP_012211745.1|216727_217432_+	NUDIX hydrolase	G3MA14	Bacillus_virus	2.2e-07	25.5
WP_012211746.1|218427_219150_-	GntR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|219839_221117_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP016827|235042:245716|DBSCAN-SWA
ATTAGAAACCCGTAAGTGTTGAACCTACGGGCTTTTTGCATGCTAAGTTTGATAGATGAGAAGGGATTGTTAAAGTTTTTTTGACAAGTTTGTTTTCTTCTTTTTCACGTTCGAGTTGAAGGTCAACTTGAACAGGTACTAAAAAGTTTGGCTCTTTTAGTTTAAATTTTTCAGGATCATCTGTTGGAGTAGGTACCTCTTCATGAAAATCTTCTTCAGTTAATAAATATCCAGTCAGTGAATCATGTGCACTTTGGATAGCTTCTTCTAAGGTATCTCCATATGTAGCAGCATATGGTTCTAGATCAGGAAAAGACACTTCATATTGATTGTCTGAGTTTTTATGAAACTTTTCAAAATATAAAACCATAATATAACTCCTTTACAAAAATTATTTCCAACCAGCTTGTTTAAAAATACTGTTGACTGTACCTTTAGGTAAATCCTTATTAGGATGTGGAATTGTTACTGTCCCTTTTTTGGTAGGTCAAGCCGTGTTCTCGTAGATTATCTAAGAATTGATCATAAGTTTTAAATTTAATTTTTTCTCCATAACGAAAAACACCTCATGGAAAACTTACCATGAGGTGTTTTAACGACCCGCGTACCCTGCAGGCATTTCAACTAATACCTTAATGATAAGTTGTTTTGCTCTAAAAGTCAATCTTTACCTTTCGCACGTTTGTTCTTTCTGTTAAGTATAGCAAACATTTGTTTAAGTTGAAAAGGGGAATAAGCAAGAAACTAAATGAAAGTGGTTAGAGCAAACACGAGATTTGTGTTTTTCTCTTGACAATCGCCAAGAGTAAAATTAAATTTATCTAAGAATATTTTAATAGGATAGAACTGATTTTTTGGAGTTGTTATATGAGTAAAAAGAATAACGCACCTCAATTAAGTCGTACCATGTCCGCTGGTCAGATGGAGATGATTTCTCTTGGTGGAGCAATTGGTGTCGGCTTATTTATGGGGTCAACATCAACTATTAAATGGACCGGTCCGTCTGTATTGTTAGCCTACATGTTTGTCGGGTTAATCTTGTACATTGTCATGAGAGCTCTAGGGGAAATGCTCTATGTCAATCCAGGTACTGGTTCTTTTGCTGATTATGCAACGGAATACGTGCATCCCTTAGCTGGATATCTTGCCGAATGGGCGAATGTCTTTGAATATATTGTGGTAGGGATGTCTGAGGTGGTTGCCGCAACTGAATATTTAAAATATTGGTGGCCGAACATCAGCGTTCTGTGGTCAGGGATAATCATTATCGCTTTTCTTTTGCTAGCAAACCTCGCGAGTGCTAAAGCATATGCGTCTTTGGAATTTTGGTTTGCCATGATCAAAGTTATTACCATTATTTTAATGATCATTTTAGGCTTTATCGTTATCTTCTTTGGCGTGGGTAACGGTGGTAAACCTACTGGCTTTAGCAATTTATGGGCACACGGCGGTTTCTTTACCGGCGGTTTTAAAGGCTTCTTTTTCTCAATGTCAATTATTGTAGGTTCTTATGAAGGAATCGAGCTTCTAGGAATTTCGGCTGGGGAAGTAGCCAACCCACAAGAAGCAATTGTCAAAAGCGTTAAATCTGTTTTATTTAGAATCTTGATTTTCTATGTAGGTGCGATCTTTGTAATTGTCACTATTTATCCATGGAATCAATTGAGTAGTCTTGGTTCTCCATTTGTAACTACTTTTGCTAAAGTAGGAATTACCGCAGCTGCTTCAATCATTAACTTTGTTGTATTAACAGCTGCGCTTTCTGGAGCTAACTCAGGTATTTATTCTTCAAGTCGAATGCTGTTTAAGTTGTCGCATGACAAAGAAGCTCCTGGAATCTTTAAGCATATTTCTAAGCGAATTGTTCCAGATCGTGCAATTATGGGAATTTCTGGTGGTATTTTCATCGGTTTTGTATTAAACGTAATTGCTTCGCGATTTAACCATTCAGCTTCTGACTTGTTCGTCGTAGTCTTCAGTTCATCAGTTTTGCCAGGGATGATTCCATGGTTCGTAATTTTGCTGGCCGAACTTAGATTTAGAAGATATAATAAGGATATGATGGCAAAGCATCCATTTAAATTGCCACTATATCCATTTTCAAATTATTTTGCCTTTTTAATGCTCTTAGTCATTGTTGTCTTTATGTTCATTAACCCCGATACTAGAATTTCAGTTATCGTTGGTGCCTTGGTATTGATTGTGGCAACAATTGTATACTTGGTAAGACATAAGGGTCAATTTAAGAAAAATTAAGCAATAGATCCCAAATTAAGTTTTGGGATCTATTCTTTTGCCTAATTCATGCAAACTACTAAATATAGTAACCTTGAATTATCAAAACTACTACATATATGGTATGATAATAAAAAATGATTTCTTGAAAGGTGAAGAAAAATGGCGATTCTTGAACAACCATATTTAGATCTATTGCAAAAAATTATGTCAGAAGGGCATGGTAAAGATGATCGGACCGGGACGGGAACCAGAAGTTACTTCGGTGCTCAGATGCGTTTTGATCTTTCGCAAGGTTTTCCATTGTTAACTACTAAGAAGGTGCCATTCGGCTTAATTAAAAGCGAATTGCTTTGGTTTTTGAGGGGAGATACCAATATCCGTTTTTTGCTTGAACATAATAACCATATCTGGGATGAATGGGCTTTTAAGAACTGGGTAAATAGCAGCGAATATCAAGGCCCTGATATGACGGATTTTGGCTTGCGCAGTCAAAGCGACCCAGAATTTAACAAGATTTATCAGGCAGAGATGAAAAAGTTTGATCAGCGGATTTTGGATGACGAAGATTTTGCTAAAAAATATGGCAATCTAGGTGATGTCTATGGTGCGCAATGGCGACATTGGGAAAAGCGCGAAGGCGGATTTATTGATCAGATTGCTGACGTGATTAAGCAAATTAAGGAAACGCCAGATTCTCGGCGCATGATTGTTACGGCATGGAATCCTGAAGATGTGCCAACTAGTGCACTTCCACCTTGTCATGTCATGTTTCAATTTTATGTGGTAGATGGCAAAATCAGCGTGCAGCTTTATCAAAGATCTGGCGATATGTTCTTGGGCGTGCCGTTTAACATTGCATCTTATTCGCTTTTGCTTAATTTGATTGCCCGAGAAACTGGTTTGCAAGTTGGTGAGTTTATCCATACTTTGGGGGATGCTCATATTTATCGCAACCACCTTAAGCAAGTTGAAGAATTGCTTAGCCGTAAGCCATATGATTCACCACAATTATGGCTTAATCCTGAAAAGAAAAATATTGCAGATTTTGAGATGAAGGATATTAAGGTAGTCGATTATCAGCATCATGGTACGATTAAAGCACCTGTTGCAGTTTAGGAATGAGATGGAAAATGATTGAATTTGTTTGGGCAGAAGATCAAAAACATCAGATAGGTTTAGATGGACATTTGCCGTGGCGATTGCCTGCAGATATGGCTCATTTTAAGGAGAAAACGATTGGTCATCCAATTATCATGGGAAGAAAAACTTTCATGAGTTTGCCAAGGTTATTGCCTCAGAGAAAGCATATCGTTTTAACCCATGATCAAGATTTGAAAAAGAAGTACCAAGATAATGATCAAGTAACAATTATTAATTCGATAGCAGAACTAGGTGATTATATTCAAAATCATCAGGGTGAAAAGCTTTGTACGGTTGGTGGGGTGTCAATTTTTAAGGCATTGCTTGATCAAGTGGATGTTTTAGAAAAAACGGAGATCGACGCTACTTTTGAAGCGGATACGGTGATGCCGGAGATAGATTATGATCAGTTTAAATTGGTGAAGAAAGAACATCATGAAGCTGATGAAAAGAATAAATATCCGTACACTTTTTTTACTTATCAGAGAAAAATTAAATCCATTAAATAAAGAGGCGCGTTACTACGATGGTTAGTAACGTGTTTTTACATCTAAAAGTTTAGAACTAATGCTTTACTATGAATTCATAGTGAAATCCTATATAATTTGGTTATATTAAGGAGAATGCTATGACTACTTCAATTAAGAACTATACCAACACTTTCAATATTAGAGGCAAAGAAATCGAAATAACTGCGCCTGCACGATTTGATGATGCTACTCAAAAAGCTGTTCCAGATATGAAACTTGATAATGCAGCTGTGAAGATGGCTCAACAAAAATATCGTGAAATGTTCGATTTTATTAAACCTGAAGAAATTAAAGCATTATGACAAAAGTGGAATTTGACACAAAAGCAATTTGCAAAGGTGATAGGGTGGAGCCCATCTACTGTAGCTTTATATGAAGTAGGTGAAATTCCTACTAAAAGTAATAATTGGTTACTAAAAGTGATGATCAAAGATTCAAACGTAATGAAAGAATTCATTGCTGAAAGCAAGGCCGATAGTGATTTAGAAGAACTGTAAAGAAAAAATTAAATCCATTAAAAAAGGCTCTTTGTCAAATCCTGTTGATAATGAGTAAATGAAGAGAATCAAGCAACCATTAAAAGGCTGTTTGGTTCTTTTTCTTTGTACAGATTTTCTTCCAAACGAATTCTGGTTAAGAGATTGGTAAAACTAGAATAGCCAAAGGCAGTTCGTTCAATTTGTTTAATTTTGCGGTTGAAGCCTTCAAGACAACCATTAGAATAAGGCAATTCTGCTCCATTGAGCACTGCTGTTAGATTGTATTTAAAAGTTAGCAGCGTCTTATGCATTAGAGTTCCAATTTGATCTTTGCAGTTGATTAATGACTTAAGCTTTTGAGTATTACCCGTTTCAATGGCTTGAATAAAGTCCTGCATTAGGTTATATGAATTCTCTAAAGCAGTATTGGCATTGATGCCTTCTGTGACTACTTGGGCTTGAGTTAAGCAGTCTTTATAATGCCAGTTGTAGCGAGGATGAACTTTTTCAAGCTCATCAAACTTCTTCAAGTATAATTTCCAGGGAGATTTGAGCAGCTGATACTGTCTGGATCTTTTATCAAAGGTCTTCATGACTTTAACTCTGAGCGAGTTAAAAGAACGAGTAAGCATTTGAATCATGTGAAAGCGATCGATGACAATCTGAGCATTAGGGAAACAGGCTCTGACAATGTCCTGATAGTAAAAGTTGAGATCCATCGTAACGGTTCTAACGTTGGCTCTGGCTTGAGGCGAAAAACGTCCAAAATACTTAAGCAGATTCTTCTTATAACGCGTTCTAAGAATCTGCACGACTTGATGACTATCGCCGTCTAAGCAGATAAAGTGCAGCTGACGATCAACGCCTTTGAATTCATCAAAAGCCAAATGAGCTGGCAAATATTCGCAGCTGTCAATAAATCGGTGTGAACAGTTGCCCAGCACTCTTTGAACGGTATTGATCGAAACATTGTTTTCTCTGGCAATGCTGGTCATAGATCGATCTTCAGTTAAAGCTGATAATACTTTGAGCTTAGAAGCGTTAGAAATAGAACAGTATTTGTTTACTAGTTCAGATTGAGCCATGGACCAGCGCTCACAATCACGACATTTAACTCGCTGCTTAGCCAATCTGATAATGACAGGCAAACTGGCATTAGCTGTCGGATAGTGAATATTGGTAATCAAGTGGCCATTGTGCAAGAGATCCAGGGAGCCGCAAAAAGGACAAGCAGGTTGAATCAGTTCAGCTTCATAGATTTTATGCTTTTGCAGTTTGATCGATTTATAAAAATAATCTTTAAAAACAATATTTTCGTCTTTAACATCAAGCTCGAATTTAATACAATGATTAAGAGAGGACATAGAAATCACCTTTATTTATAAGAATTTGTGTGGAAACGATTTTTATTAAAGAGGACTATGTCCTCCTTTTTTATGCAATAAAAAAACTGTTAACAGCTTATCATATTGATAAGTCATCAACAGGAAAAATTATAGAGCCTTAAAAAAGAGCTCGCAAGTTGCGGGCCCTTTTGTTTCTTCGGTATAATGGTATATAAAAAATATTTACTTAGGAAAAGAAAATGAACGAAGAAAAGACAAATTTAGAAACAGGATTAACTACAGCTGAAGTTGAACAAAAAATTGCAGCTGGTGAAGTCAACAAAGCAGTTGACGATCAATTTAAAACAAATAAACAAATTATTCGTGAAAATGTTTTTACCTACTTTAACTTGATTTTCTTAGTTCTATCTATTTTGCTGGTAGTGGTTGGAGCTTATAAGGACTTGACCTTTTTGCCAGTAATTATCCTGAACACCGTTATCGGGATTGTTCAGGAAATCCGGGCCAAGAAAATTTTAAGTAAGTTAAATGTGATGAATGCCACGGATATTGGAGCTTTGCGGAACGGAAAAGAGGAGCAGGTTCCAATTGAAAAACTGGTTAAGGGCGATATCGTCTTATTAAAAACCGGTGATCAGATTCCTGCAGATGGTCAGGTCATTAAAGGAAATATCCGCGTTAATGAATCACTCTTGACAGGTGAATCAGATGAAATTACTAAAGAAGTGGGCGACGAATTAATGTCCGGTTCTTTCGTGGTTTCGGGCAACGCCTACATGCAGCTAGAAAAGGTTGGTAAAGAAAGCTATATTTCCAAGTTGACTATTAAAGCTAAGGCAATGGGAAATAGTGAACAATCTGAAATGGTTCGCTCGATCAATAAGTTGATTAAATGGGTTGGGATCATCATTATTCCCCTGGGAATAGCTCTTTTTTCGATGAGCTTTTTCGTTAATAAAATGTCGCTTTACCGCAGTATTGTTTCCATGGAAGCAGCCATTATCGGTATGATTCCGGAAGGCTTGTATCTTTTGACAACGATTGCGTTGGCTCTTTCTGCCGTAAGATTGGCACGCAAACAGGTAATGCTGCACGACATGAAGAGTGTTGAAACCCTAGCCCGCGTTAACGTATTATGCGTTGATAAAACCGGTACGATTACCGAGCCTAAGATGAGTGTAGAAAAGGCAGTACCTTCCAAGAATTATCAGGGTGATTTGGACAAAGTAATTGGTGATTTTGCTCAAAATATGCCAGCTGATAATGCCACAATGAAGGCTGTTCATAGCTTCTTTACTCAAAATACCGGGCAAAAAGCCAGCAGCATTTTGCCATTTACTTCAGTTAATAAATATAGTGGTGTCGTTTTTAATGATCATACTTTGTTAATTGGAGCACCAGAAATGGTATTAAGAGACCAATTTGACGAATGTCAAGCCGAATTTGAGAAGTATGCCAAAACCGGTTATCGTGTCTTAATTGTTGCCGATTATCCAGGAGTTTTAACCGAAGATGATTCTAAGCTAACTAAGCCAGTTGAGGTTTATGGCTACATTCTTTTGACTAATCCGATTAGAAAAGAAGCCAAGGCAACCTTTGAATACTTTGCTAAGCAAGGGGTAGCCATTAAGGTGATCTCCGGTGATAATCCTGTCACCGTTTCGCGAGTAGCTCAACAAGCTGGTATTCAAAATTCAGATGCATATATCGATGCTTCAGAAATTCCAGAAAATGGCTATGAAGAAGCCGTTCAAAAATATAGCGTCTTTGGCAGAGTGAAGCCGGAACAAAAACGTAAATTTGTTAAAGCTTTGCAAAAGCAGGGCAACACCGTAGCTATGACAGGCGATGGTGTTAATGATATTTTAGCTATGAAAAAGGCTGACTGTTCAATTGCGATGGCTTCGGGAAATAGTGCGGCAGTCCAGGCTTCCCAAGTTGTATTGCTGGACTCAAACTTTGCTAGAATGCCGATGGTAGTTAACGAAGGTCGACGCGTTGTTAATAATATTCAACGGTCTGCCAGTTTATTCTTAGTGAAAAATATCTTTTCATTCTTGATGGCTATCTTCTCATTGGTAATGGTAATCAATTATCCTTTGCAGCCGTCACAGATCACATTGATCTCGGCATTTACGATTGGTTTGCCATCATTCTTGCTTGCACTAGAAAGCAACCACAACCGAATCCGCGGACAATTTATTCCAAATATTTTATCCCGTGCGATCCCTGGTGGGCTAACCGACATGCTAGCAGTAAGTATTCTGGTAGTGGCAGGTGGTTATATTGCCCTAGATCATAATGATGTGGGGACTACTGCCACATTATTGTTAGTAGCAGTGGGGATGATGGTGCTTTACCACATTTCGGCACCGCTTAATCGTTTCCGCTTGCTGGTTATGCTGGGTTCGTTTTTAGGATTAATTTTGGCGATTATCTTCTTGCATGATTTATTCTCACTTAAGATGATCTCAGATAAGGCGATCTTTATCTTAGTAGTGCTATTCTGTGCGGCTACTACTATTTTCCGTTGGTTATCTAGAATTTTAGATGGTATTCGTGAAGTACTAGTGATCTTTGATCAAAAGGGCAAGAACATGACCTTCGGCGAATTTAAAGAGGCATATCGTCGCGGCCGAGAAAATAAAATTGAATAAAAATTAAAAAATATGTTGACTAGATTAAAATAGGATGATAGCTTATTTATAACAATTATTAAACAAACATCTTGAAGAACTGAGTAACTAGAGCTTCTATCTATAAAGAGAGCTGACGTGGTGGTGAAAGTCAGCAGATAGAAACTAGTGAATATGGGTTTGGAATGATGACTGATGGTGATATTTAGCTATCAGCGGGTTTGCATCCGTTAACAGTGCAGGCTATTTTTTGATAGTCGCTGAGGCTTAACTGCGTAAGCAGTGAGTGAATTAAAGGTGGTAACGCGAGCATTCGTCCTTTTAGGGATAGATGCTCTTTTTATTTTCATGAAAAATGAGGGGTTGATATAATGAGAAAACGTAGACGCAGAAATACAATTATTTGGTCAATCATTGGAGTATTGATCATTATTGCTGGCTGGTTCAGCTTTGGACCAGGATTGAATTTTAATAATCAAGCACAAAATGAAGTTGTGACAGTTGGTGTTGTTGGTCAAAGTAAGCAGGACGCAGCCATCTGGAAAAGCGTAGCTAAGACTGCTAAAGAAAAATATGGCATTACGATTAAAATTAAGAACTTTACTGACTATAACCAACCAAATAAGGCTTTGAAGTCAGGGGATGTAGATTTAAATGCATTTCAACACTATGCCTTCTTAGATGCTTGGAATAAGTCAAATGGCGGTGGCGTTGTCCCAATTGGTAAGACTTACATTGCGCCAATTCGTTTGTACTCTAAGAAGTATCACAAGCTTGCAGATTTGCCAGACGGTGCAACCATTGCTATTCCAAATGATGCTACTAATGAATCAAGAGCATTGTTTGTTTTGAAAAATGCTGGCTTGATTGATTTAAGAAAGGGCAAGACACTTGTTACTGTTGCCGATATCACTAAGAATCCGCATAACCTTAAATTAAAGGAAATTAGTGCTGAGCAAACCGGTCGAGTAATTAATTCAGTTGATGCATCTGTAGTTAACAATGACTATGCTGGTCCTGCTGGTTTGGGCGATAAGCAAACCATCTATATCGAACCAGTTAACAAGGATTCTAAGCAATGGATCAACATTATCTGTGCCAGAAAAGGCGAAGAAAATAATAAGCTTTACAAGGATGTAGTTAAGGCATTCCAAACTAAGAAAACTAAGCAATTAACTAAGCACTTCTACGGTAATTCTCAAATTACTGCTTGGGATATCAAGATTAAATAGGGAGGAAAAAGTATGAGCATTATTCAATTAGATCATATCGATGTAGATTTTCCGCAGAAGAAAGGTAAAGTAGTCAAGGCTGTTCAAGATGTCACTTTACATGTTGAAAAAGGCGATATCTATGGTGTAGTTGGCTTCTCCGGTGCCGGAAAATCAACTTTAGTTAGAACAATCAACTTATTACAATATCCTTCTGCCGGTGATATTCAAGTAAATGGCGTTGATTTTGTCAAAGATGGCAAGCAGGTCATTTCTAATAAAAAATTGCAATTAGAACGTAGAAAGATCGGCATGATCTTCCAAGGGTTTAATCTTTTGAATGAAACTACGGTGTTAGAAAATGTGGCTTTTGCATTGAAGCATTCTAAGCTTTCTGATGAAGAACTTGAAAAGCGTTCTTTGGAATTACTCGACTTGGTTGACTTGAAGGATAAGGCTAACTTTTATCCGATTGAATTATCAGGTGGTCAACAACAAAGAGTAGCGATCGCTCGCGCTTTGGCCAACCATCCAGATATCTTGATCTCTGATGAAGCAACTAGTGCCCTCGATCCGCAAAATACGCAACAGATTTTGGATTTATTAAAGAGATTGAATAAGGAATTAGGCTTAACCGTTGTGTTGATTACGCACGAGATGGATGCGGTTAAGAAGATTTGTAACAAGGTTGCCGTAATGGAGCATGGTAAGATGATTGAAAATGGCAACTTGCGTGAGATCTTCTTGCACCCTAAGAAGGAATTAACCAAGAGATTCGTTGGTGGTAGTTTGGAGGCTATTCAAACTCTTGATTCTTTGAACTTAGGTAAGCTTAGTGAAAACGAAGAAGTTTACCAATTGGTTTACAGCATTGCCAACGTGACTAAGTCAATTATTATTGAACTTTACCGTCAGATTGGTGTAGAAGTTTCAATGCTTTATGGTAATGTGGAGCTCCTAAATGGCGAGGCAATCGGTACTTTGGCTGTACTTGTTAAAGGTGATAGTGAAAAACAAAAGCAAGCTAGAGAATTCTTGGAGAAACAAAACGTTACATTGACGAGATTGGATGAAAAGGGGGATTTAAATGATTAG

Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP016827|235042:245716|239514_240792_-|WP_012211430.1|transposase|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP016827|235042:245716|238409_238928_+|WP_012211755.1|DBSCAN-SWA
MIEFVWAEDQKHQIGLDGHLPWRLPADMAHFKEKTIGHPIIMGRKTFMSLPRLLPQRKHIVLTHDQDLKKKYQDNDQVTIINSIAELGDYIQNHQGEKLCTVGGVSIFKALLDQVDVLEKTEIDATFEADTVMPEIDYDQFKLVKKEHHEADEKNKYPYTFFTYQRKIKSIK
>NZ_CP016827|235042:245716|235042_235411_-|WP_012211753.1|DBSCAN-SWA
MVLYFEKFHKNSDNQYEVSFPDLEPYAATYGDTLEEAIQSAHDSLTGYLLTEEDFHEEVPTPTDDPEKFKLKEPNFLVPVQVDLQLEREKEENKLVKKTLTIPSHLSNLACKKPVGSTLTGF
>NZ_CP016827|235042:245716|239263_239446_+|WP_023190626.1|DBSCAN-SWA
MTQKQFAKVIGWSPSTVALYEVGEIPTKSNNWLLKVMIKDSNVMKEFIAESKADSDLEEL
>NZ_CP016827|235042:245716|243781_244642_+|WP_065866356.1|DBSCAN-SWA
MRKRRRRNTIIWSIIGVLIIIAGWFSFGPGLNFNNQAQNEVVTVGVVGQSKQDAAIWKSVAKTAKEKYGITIKIKNFTDYNQPNKALKSGDVDLNAFQHYAFLDAWNKSNGGGVVPIGKTYIAPIRLYSKKYHKLADLPDGATIAIPNDATNESRALFVLKNAGLIDLRKGKTLVTVADITKNPHNLKLKEISAEQTGRVINSVDASVVNNDYAGPAGLGDKQTIYIEPVNKDSKQWINIICARKGEENNKLYKDVVKAFQTKKTKQLTKHFYGNSQITAWDIKIK
>NZ_CP016827|235042:245716|235432_235504_-|WP_079227905.1|DBSCAN-SWA
MPHPNKDLPKGTVNSIFKQAGWK
>NZ_CP016827|235042:245716|235908_237297_+|WP_012211754.1|DBSCAN-SWA
MSKKNNAPQLSRTMSAGQMEMISLGGAIGVGLFMGSTSTIKWTGPSVLLAYMFVGLILYIVMRALGEMLYVNPGTGSFADYATEYVHPLAGYLAEWANVFEYIVVGMSEVVAATEYLKYWWPNISVLWSGIIIIAFLLLANLASAKAYASLEFWFAMIKVITIILMIILGFIVIFFGVGNGGKPTGFSNLWAHGGFFTGGFKGFFFSMSIIVGSYEGIELLGISAGEVANPQEAIVKSVKSVLFRILIFYVGAIFVIVTIYPWNQLSSLGSPFVTTFAKVGITAAASIINFVVLTAALSGANSGIYSSSRMLFKLSHDKEAPGIFKHISKRIVPDRAIMGISGGIFIGFVLNVIASRFNHSASDLFVVVFSSSVLPGMIPWFVILLAELRFRRYNKDMMAKHPFKLPLYPFSNYFAFLMLLVIVVFMFINPDTRISVIVGALVLIVATIVYLVRHKGQFKKN
>NZ_CP016827|235042:245716|241013_243431_+|WP_012211756.1|DBSCAN-SWA
MNEEKTNLETGLTTAEVEQKIAAGEVNKAVDDQFKTNKQIIRENVFTYFNLIFLVLSILLVVVGAYKDLTFLPVIILNTVIGIVQEIRAKKILSKLNVMNATDIGALRNGKEEQVPIEKLVKGDIVLLKTGDQIPADGQVIKGNIRVNESLLTGESDEITKEVGDELMSGSFVVSGNAYMQLEKVGKESYISKLTIKAKAMGNSEQSEMVRSINKLIKWVGIIIIPLGIALFSMSFFVNKMSLYRSIVSMEAAIIGMIPEGLYLLTTIALALSAVRLARKQVMLHDMKSVETLARVNVLCVDKTGTITEPKMSVEKAVPSKNYQGDLDKVIGDFAQNMPADNATMKAVHSFFTQNTGQKASSILPFTSVNKYSGVVFNDHTLLIGAPEMVLRDQFDECQAEFEKYAKTGYRVLIVADYPGVLTEDDSKLTKPVEVYGYILLTNPIRKEAKATFEYFAKQGVAIKVISGDNPVTVSRVAQQAGIQNSDAYIDASEIPENGYEEAVQKYSVFGRVKPEQKRKFVKALQKQGNTVAMTGDGVNDILAMKKADCSIAMASGNSAAVQASQVVLLDSNFARMPMVVNEGRRVVNNIQRSASLFLVKNIFSFLMAIFSLVMVINYPLQPSQITLISAFTIGLPSFLLALESNHNRIRGQFIPNILSRAIPGGLTDMLAVSILVVAGGYIALDHNDVGTTATLLLVAVGMMVLYHISAPLNRFRLLVMLGSFLGLILAIIFLHDLFSLKMISDKAIFILVVLFCAATTIFRWLSRILDGIREVLVIFDQKGKNMTFGEFKEAYRRGRENKIE
>NZ_CP016827|235042:245716|244654_245716_+|WP_012211758.1|DBSCAN-SWA
MSIIQLDHIDVDFPQKKGKVVKAVQDVTLHVEKGDIYGVVGFSGAGKSTLVRTINLLQYPSAGDIQVNGVDFVKDGKQVISNKKLQLERRKIGMIFQGFNLLNETTVLENVAFALKHSKLSDEELEKRSLELLDLVDLKDKANFYPIELSGGQQQRVAIARALANHPDILISDEATSALDPQNTQQILDLLKRLNKELGLTVVLITHEMDAVKKICNKVAVMEHGKMIENGNLREIFLHPKKELTKRFVGGSLEAIQTLDSLNLGKLSENEEVYQLVYSIANVTKSIIIELYRQIGVEVSMLYGNVELLNGEAIGTLAVLVKGDSEKQKQAREFLEKQNVTLTRLDEKGDLND
>NZ_CP016827|235042:245716|239047_239251_+|WP_023190625.1|DBSCAN-SWA
MTTSIKNYTNTFNIRGKEIEITAPARFDDATQKAVPDMKLDNAAVKMAQQKYREMFDFIKPEEIKAL
>NZ_CP016827|235042:245716|237438_238395_+|WP_003626673.1|DBSCAN-SWA
MAILEQPYLDLLQKIMSEGHGKDDRTGTGTRSYFGAQMRFDLSQGFPLLTTKKVPFGLIKSELLWFLRGDTNIRFLLEHNNHIWDEWAFKNWVNSSEYQGPDMTDFGLRSQSDPEFNKIYQAEMKKFDQRILDDEDFAKKYGNLGDVYGAQWRHWEKREGGFIDQIADVIKQIKETPDSRRMIVTAWNPEDVPTSALPPCHVMFQFYVVDGKISVQLYQRSGDMFLGVPFNIASYSLLLNLIARETGLQVGEFIHTLGDAHIYRNHLKQVEELLSRKPYDSPQLWLNPEKKNIADFEMKDIKVVDYQHHGTIKAPVAV

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211753.1|235042_235411_-	antitoxin HicB	A0A0A7S1E5	Clostridium_phage	9.2e-10	38.9
WP_079227905.1|235432_235504_-	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_012211754.1|235908_237297_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_003626673.1|237438_238395_+	thymidylate synthase	A0A0N9SH48	Staphylococcus_phage	3.6e-114	60.5
WP_012211755.1|238409_238928_+	dihydrofolate reductase	G3MBI7	Bacillus_virus	2.2e-25	39.5
WP_023190625.1|239047_239251_+	hypothetical protein	Q9AZG0	Lactococcus_phage	5.6e-09	50.0
WP_023190626.1|239263_239446_+	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|239514_240792_-|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211756.1|241013_243431_+	cation-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-17	20.2
WP_065866356.1|243781_244642_+	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211758.1|244654_245716_+	methionine ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.1e-30	35.6

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP016827|327056:487021|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
324243:324261	attL	NA	NA	NA	NA
WP_012211821.1|327056_328256_+|tRNA	CCA tRNA nucleotidyltransferase	H7BUW3	unidentified_phage	8.6e-49	34.1
324243:324261	attL	NA	NA	NA	NA
WP_003628329.1|328294_328987_-	hemolysin III family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626512.1|329103_329934_+	DegV family protein	A0A0N9SI50	Staphylococcus_phage	5.3e-21	45.9
WP_003626511.1|329936_330167_+	YozE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866383.1|330214_331807_+	sodium:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211824.1|331830_332682_+	ribosome biogenesis GTPase YlqF	NA	NA	NA	NA
WP_012211825.1|332671_333424_+	ribonuclease HII	G4YAY0	Emiliania_huxleyi_virus	1.3e-26	38.6
WP_003628334.1|333484_334333_+	DNA-protecting protein DprA	S6BFL3	Thermus_phage	4.9e-30	36.8
WP_012211826.1|334404_336519_+	type I DNA topoisomerase	E3T4K4	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.5e-96	37.2
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351251:351269	attR	NA	NA	NA	NA
WP_023190807.1|354095_355868_+	DNA helicase RecQ	A0A1V0SBK0	Catovirus	2.9e-77	38.6
351251:351269	attR	NA	NA	NA	NA
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WP_065866404.1|387437_388952_+	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A1B0RXA0	Streptococcus_phage	1.1e-24	24.6
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WP_014918827.1|399428_401090_+	alpha,alpha-phosphotrehalase	NA	NA	NA	NA
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WP_003626428.1|403463_404033_+	peptide-methionine (S)-S-oxide reductase MsrA	NA	NA	NA	NA
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WP_065866415.1|408396_409761_+	NAD(FAD)-dependent dehydrogenase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	2.0e-09	22.6
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WP_065866420.1|418758_420414_+	type I restriction-modification system subunit M	A0A2H4PQP4	Staphylococcus_phage	3.1e-113	46.2
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WP_065866423.1|423773_426797_+	type I restriction endonuclease subunit R	A0A220A398	Liberibacter_phage	1.9e-15	22.3
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WP_023191117.1|430144_430636_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_065866427.1|443549_445496_-	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.8e-59	29.3
WP_003619518.1|445693_446059_+	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_079227881.1|456124_457390_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
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WP_065866436.1|476989_478063_+	GTP cyclohydrolase I FolE	A0A0P0HSD2	Acinetobacter_phage	8.0e-38	42.3
WP_065866437.1|478046_479384_+	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_003614994.1|479373_480465_+	dihydropteroate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_003622249.1|480476_481013_+	NUDIX domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003626333.1|482874_483549_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866907.1|483558_484299_+	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	2.0e-32	34.8
WP_003613446.1|484310_485171_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014563535.1|485989_487021_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0C5AC89	Paenibacillus_phage	1.8e-34	39.2

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP016827|574529:644600|DBSCAN-SWA
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MFYKIIRPIARFIVWVLNGHLHIHHKNRLPKGSYILVAPHRTWWEPILFALGASPMEFMSMAKIELFKNPVLRFILDHVHAFPVDRKKPGPSALKIPVKGLRKGELSLIIFPSGTRHSAELKGGALLISKMSQKPMVPVVYQGPLSFKGLLKRKGLEVNFGDPITIDRKTKLTHENEKIIYQQLEDAWKKLDDELDPNFHYVAK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_003627460.1|576585_577503_-|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_012211975.1|577756_578509_-	DNA repair protein RecO	NA	NA	NA	NA
WP_012211976.1|578509_579415_-	GTPase Era	NA	NA	NA	NA
WP_012211977.1|579414_579939_-	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_012211978.1|579941_580901_-	PhoH family protein	W8D063	Erwinia_phage	1.3e-47	46.5
WP_012211979.1|580926_581370_-	GatB/YqeY domain-containing protein	A0A292GL36	Xanthomonas_phage	2.0e-11	32.9
WP_002880182.1|581479_581656_-	30S ribosomal protein S21	NA	NA	NA	NA
WP_023190641.1|581912_582749_+	kinase/pyrophosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_035513591.1|583119_583575_+	M23 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
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WP_065866467.1|585210_586239_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	2.6e-46	34.7
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WP_012211984.1|587190_588357_-	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_014918653.1|588477_589014_-	citrate lyase holo-[acyl-carrier protein] synthase	NA	NA	NA	NA
WP_065866468.1|591472_592663_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	6.0e-127	59.2
WP_012211987.1|593737_594592_-	LysR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866469.1|594720_596994_+	HAD-IC family P-type ATPase	A7IUR5	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	7.1e-44	25.5
WP_079227799.1|597061_597562_-	lactocepin S-layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211992.1|600127_601057_+	cysteine synthase A	A0A1X9I5K7	Streptococcus_phage	2.2e-100	59.5
WP_003628968.1|601200_601728_-	adenine phosphoribosyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211993.1|601832_604106_-	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ	A7KV88	Bacillus_phage	3.7e-77	35.9
WP_003627502.1|604226_604916_-	class A sortase	NA	NA	NA	NA
WP_065866471.1|604918_606757_-	elongation factor 4	E4ZFJ7	Streptococcus_phage	4.0e-21	24.1
WP_012211995.1|607231_608386_-	molecular chaperone DnaJ	A0A167RAM8	Powai_lake_megavirus	1.4e-19	29.0
WP_065866472.1|608467_610294_-	molecular chaperone DnaK	A0A0N9QXN8	Chrysochromulina_ericina_virus	9.2e-143	49.3
WP_023190314.1|610311_610911_-	nucleotide exchange factor GrpE	NA	NA	NA	NA
WP_065866473.1|610926_611976_-	heat-inducible transcriptional repressor HrcA	NA	NA	NA	NA
WP_147628229.1|612145_613093_-	riboflavin biosynthesis protein RibF	A0A1V0SD03	Indivirus	6.0e-05	30.1
WP_065866475.1|613113_614007_-|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_012211999.1|614058_614424_-	ribosome-binding factor A	NA	NA	NA	NA
WP_065866476.1|614443_617056_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	9.7e-21	24.5
WP_065866477.1|617060_617372_-	50S ribosomal protein L7	NA	NA	NA	NA
WP_012212001.1|617374_617671_-	YlxR family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212002.1|617679_618861_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_065866478.1|618880_619357_-	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_065866479.1|619466_623777_-	PolC-type DNA polymerase III	A0A0A7RWA3	Clostridium_phage	1.2e-18	34.1
WP_065866480.1|623782_625480_-|tRNA	proline--tRNA ligase	NA	NA	NA	NA
WP_020829285.1|625522_626779_-|protease	RIP metalloprotease RseP	NA	NA	NA	NA
WP_003629019.1|626789_627605_-	phosphatidate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_014918626.1|627606_628341_-	isoprenyl transferase	R9W0U9	Flavobacterium_phage	5.0e-23	39.7
WP_023190307.1|628343_628901_-	ribosome recycling factor	NA	NA	NA	NA
WP_014563421.1|628900_629626_-	UMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866481.1|629764_630790_-	elongation factor Ts	NA	NA	NA	NA
WP_023190305.1|630823_631597_-	30S ribosomal protein S2	NA	NA	NA	NA
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WP_003627532.1|632855_633470_+	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212008.1|633529_634711_+	class I SAM-dependent methyltransferase	A0A2K9L4K8	Tupanvirus	4.7e-47	36.1
WP_023190303.1|634768_636712_-	M13 family metallopeptidase	E3T4I7	Cafeteria_roenbergensis_virus	3.6e-60	28.2
WP_147628266.1|636806_638483_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A076FI99	Aureococcus_anophage	2.9e-18	23.0
WP_147628231.1|639651_640875_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.9e-112	55.1
WP_065866448.1|642100_643279_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866483.1|643355_644600_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	1.3e-10	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP016827|834812:905742|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_012212109.1|838050_838527_-	transcription elongation factor GreA	NA	NA	NA	NA
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WP_012212111.1|841021_842071_-|tRNA	phenylalanine--tRNA ligase subunit alpha	A0A2K9L3A8	Tupanvirus	5.3e-34	37.3
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WP_012212120.1|851315_852425_-	ribosome biogenesis GTPase YqeH	NA	NA	NA	NA
WP_012212121.1|852417_852942_-	YqeG family HAD IIIA-type phosphatase	NA	NA	NA	NA
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WP_003627120.1|853487_853688_-	50S ribosomal protein L35	NA	NA	NA	NA
WP_079227827.1|853709_854243_-	translation initiation factor IF-3	A0A2L0UZ54	Agrobacterium_phage	5.2e-14	37.8
WP_012212123.1|856218_857469_-	DUF389 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_147628274.1|857475_857793_-	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866558.1|858846_859377_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866559.1|860209_862144_-|tRNA	threonine--tRNA ligase	A0A2K9L297	Tupanvirus	2.8e-97	33.2
WP_012212130.1|862434_863343_-	primosomal protein DnaI	S5MU12	Brevibacillus_phage	9.2e-27	28.1
WP_065866560.1|863375_864707_-	chromosome replication initiation protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627138.1|864709_865177_-	transcriptional repressor NrdR	NA	NA	NA	NA
WP_065866561.1|865179_865782_-	dephospho-CoA kinase	NA	NA	NA	NA
WP_003627142.1|865778_866609_-	DNA-formamidopyrimidine glycosylase	A0A127AWE5	Bacillus_phage	7.1e-18	25.9
WP_065866562.1|866617_869281_-	DNA polymerase I	F8WQ35	Bacillus_phage	2.0e-61	30.4
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WP_065866564.1|873754_874246_-	CRISPR-associated protein Cas4	NA	NA	NA	NA
WP_065866565.1|874261_876691_-	CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3	A0A2R2ZGW0	Clostridioides_phage	4.8e-30	23.5
WP_065866566.1|876833_877547_-	type I-B CRISPR-associated protein Cas5	NA	NA	NA	NA
WP_023192831.1|877533_878436_-	type I-B CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR	NA	NA	NA	NA
WP_065866567.1|878454_880212_-	type I-B CRISPR-associated protein Cas8b1/Cst1	NA	NA	NA	NA
WP_003627162.1|880229_880985_-	CRISPR-associated endoribonuclease Cas6	NA	NA	NA	NA
WP_003629695.1|883474_884128_-	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_003629702.1|884272_885154_-	SPFH domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212140.1|885171_885486_-	type II toxin-antitoxin system RelB/DinJ family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866568.1|885892_886870_-|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_065866569.1|887007_888522_+	M1 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866570.1|888610_889588_+	cell surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212142.1|889642_890956_-	UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212143.1|891110_891563_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003629717.1|891781_891958_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866571.1|892135_892768_+	aggregation promoting protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	7.1e-18	62.2
WP_003629734.1|892802_893447_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866573.1|895365_900336_-	S8 family serine peptidase	A0A1B0T6A2	Bacillus_phage	3.1e-15	32.8
WP_065866574.1|900990_901848_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|902114_903293_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866575.1|903778_905104_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	2.8e-56	35.8
WP_012212126.1|905133_905742_-|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	4.0e-34	43.2

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP016827|909124:955365|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_012211430.1|928026_929304_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
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WP_012212178.1|952535_954221_-|tRNA	arginine--tRNA ligase	A0A2I2L3K1	Orpheovirus	6.0e-72	31.4
WP_023190427.1|954753_955365_-|transposase	Rpn family recombination-promoting nuclease/putative transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP016827|995888:1056485|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_7

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MDNRPIGLLDSGIGGFTVVKKVIEKLPHESTVFIGDSANMPYGDKSREQIIELTRRSVKFLLQKKVKLIIFACNTATAVAMPTLQNEVEQQIIGVIQSGSLAAARTTKNKKVAVAATPVTINSHAYQKEIKFRDPDIKVMEVAAPELAPLIESQKDYDTNLAAVKRSIAPLKDQDFDTFVLGCTHYPLIQNEFVEALGDKIQIVDPADQVAQYTFNVMRRDGLFSSFDQAGKHEYYTTGDPDKFSEMGRRFLGQADLTSHQVDTRNL
>NZ_CP016827|995888:1056485|1033300_1034752_-|WP_065866606.1|DBSCAN-SWA
MRNIPVVMIIFGGSGDLAHRKLYPALFNLYQQGLIHDNFAVIGTARRPWSHEYLREKVSDAVHETHDEVDENSLKHFASHFYYQSHDVTNVEHYETLKKLAQELDDRYCAHGNRLFYMAMAPRFFGTIATHINDQCLTGSGFNRIVLEKPFGHDLASAEKLNKEITASFNEEDIFRIDHYLGKEMVQNIMPMRFTNPLIKNIWSADYIKNIQVTLAERLGVEARGGYYDTSGALRDMVQNHIFQIITLLAMPEPKDLTSAGVHKAKQALLESMIIPSPEEVKKDFVRGQYLGSDTTLAYKQEPNVDENSTTETFVAGKVKFKEGPVAGVPIYFRTGKEFKEKKNRIDIVLKHINNPYGQAYSNKITIEIDPTSKIYITINGKKIDQPGIRRENLTYEFSKSEMAKVPDGYERLLHDVFVNDLTNFTHWSELKRYWEFIDSVEADWQKENETGDAKIAQYLPYGMGPKEANDIFETPTEHWIYE
>NZ_CP016827|995888:1056485|1053117_1055031_+|WP_003625961.1|DBSCAN-SWA
MIIAQGHDLEQQFGANTLFKNVTFSIDSNARIGLVGPNGVGKTTLLKIMTGEQEPTHGEFTVNKGIDVGYIAQENALNEDKTIWDEMESVFAPLIKEAKSLTHMQEQIAEHPEDQELLKQYDQKQFAFEQKGGYTYQSDIKSILNGFKFPEDTWQKKIGSLSGGEKTRLAFVKLLLRKPALLLLDEPTNYLDLDTLDWLEGFLKNYSGAILVVSHDQYFLDHLATQIFELQFGKLTPFKGNYSAYVMQCEQRDKDQEAAYEKQQAEIKKDEEFIQKNLVRATTTKRAQSRRKKLEKIERIKPPKHKSKVRIHFNSERPSGKEVLILNDLTIGYPDKTMVSDISFQINKGDRVAIIGPNGIGKSTLLKTIMKQLQPKGGSIKYGASLDIGYYDQELQRLDPSKTVLDTVWDRHKTMPERDVRSILASFLFTAKDIDKTVGQLSGGQKARLTLTVLSLEHDNFLLMDEPTNHLDIEAKEVLEKALKDFDGTLLFVSHDRYFINQLANKIVSVRDGHAKIYNGNYSYYLDEKAKQEAAVSSSSEVQPAKQVSQQKLSYQEQKQRDSQKRKLQRAIDQAEQKIEELEEQEQNIQNEMSNPDIASNFDKLGPLQEQLSDVQKQLDDANNAWEKAIEEMDNFE
>NZ_CP016827|995888:1056485|1025834_1028474_-|WP_065866603.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MKKLTSSEFRQMFLDFFKDHGHMIMPSASLIPQDDPTLLWINSGVATMKKYFDGSVVPKNHRITSSQKSIRTNDIENVGKTARHQTFFEMLGNFSVGDYFRDEAIPWAWEFLTSPKWLGLPKEKLYCTVYPKDVDSQRVWEKAGMPADHIVKLEDNFWDIGEGPCGPDTEIFYDRGQENNDVAEDDPENFPGGENARYLEIWNIVFSQYNHLPNGKYVDQPHKNIDTGMGLERVLSILQDAPTNFETDLFLPIIHATEEMTDGKKYGENKEDTTAFKIIADHVRAVSFAIADGALPSNSGRGYVLRRLIRRADLHGQRLGIKGAFLYKLVPVVGKIMQSHYPEVMDQRGFIENVIQNEEKRFQATLDTGLTLLDDLIDKAKKSDDKTISGKDAFKMFDTYGFPYELTFESAQDAGLKVDKKGFDAEMQAQKERARKARGDLQSMGRQDVTLMNIKDKSVFERDTYEEPHAKLLDIVVDDKLVDKADGEHATLVFDKTPFYAERGGQVADHGNIYDQDGELVAKVTDVQHAPNNQNLHFVDLILPMEKGKEYVLKIDKERREGLRHSHSATHLLHAALRQVLGEHTHQAGSLVDPDYLRFDFTAMEPMTPREIKSVEELVNQKIWEAIDVKTTITTPEEGEKMGALALFDGKYGDKVRVVQMGDFSSEFCGGTHCSNTNQIGIFKIISESAVGAGMRRIEAVTSKKAYEYLANRSSLLDDIQADVKATKPDNIIDKIDSLESDLHDSQKQVEALTKQINQAKAGQIFDDVKQAGDLTVIATVADVNGMNDLRELADNWKSGNKSDVLVLAAENDGKANMIISLGQKALDKGLKAGDLIKKAAPIFGGGGDGRPNMAQAGGKRPEGLNDAIKAVIEEISKN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_079227881.1|995888_997154_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_147628234.1|1004407_1005337_+	SidA/IucD/PvdA family monooxygenase	A0A2K9L162	Tupanvirus	8.2e-15	25.5
WP_065866594.1|1005345_1005996_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211469.1|1006010_1006619_-	TIGR01906 family membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_003632178.1|1006615_1007395_-	TIGR01457 family HAD-type hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211468.1|1007394_1008018_-	YutD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866595.1|1008001_1009393_-	bifunctional metallophosphatase/5'-nucleotidase	S4W5J5	Pandoravirus	1.0e-05	22.4
WP_003627737.1|1009407_1009728_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211466.1|1009821_1011192_+	glycerophosphodiester phosphodiesterase	A0A173GBD0	Staphylococcus_phage	1.6e-11	26.5
WP_012211465.1|1011272_1012274_-	LacI family DNA-binding transcriptional regulator	C6ZCU4	Enterobacteria_phage	1.1e-20	26.3
WP_023191004.1|1012420_1013527_+	aminopeptidase P family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211463.1|1013592_1013964_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211462.1|1013981_1014407_-	DUF948 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211461.1|1014540_1015392_+	mechanosensitive ion channel family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866596.1|1015559_1016804_+|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	3.1e-09	22.3
WP_065866597.1|1018550_1019171_-	XTP/dITP diphosphatase	A0A2P1DNP2	Cassava_brown_streak_virus	5.1e-13	34.0
WP_065866598.1|1019170_1019974_-	glutamate racemase	NA	NA	NA	NA
WP_065866599.1|1020050_1020464_+	YslB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866600.1|1020598_1021456_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866601.1|1021526_1021898_+	large-conductance mechanosensitive channel protein MscL	NA	NA	NA	NA
WP_003627748.1|1021942_1022254_-	thioredoxin	A0A1J0GW78	Streptomyces_phage	1.3e-17	43.8
WP_065866602.1|1022354_1024712_-	endonuclease MutS2	Q94M10	Lactobacillus_phage	9.7e-20	48.7
WP_003627751.1|1024775_1025087_-	DUF1292 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_014563089.1|1025088_1025517_-	Holliday junction resolvase RuvX	NA	NA	NA	NA
WP_003627753.1|1025516_1025774_-	IreB family regulatory phosphoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_065866603.1|1025834_1028474_-|tRNA	alanine--tRNA ligase	A0A1V0SK38	Klosneuvirus	6.1e-63	33.0
WP_065866604.1|1028743_1029229_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211447.1|1029816_1031178_-	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	4.4e-49	32.2
WP_065866605.1|1031170_1032127_-	bifunctional oligoribonuclease/PAP phosphatase NrnA	NA	NA	NA	NA
WP_003631554.1|1032186_1033308_-	DNA polymerase IV	A0A1P8CWP4	Bacillus_phage	2.4e-16	24.5
WP_065866606.1|1033300_1034752_-	glucose-6-phosphate dehydrogenase	M4SIY3	Cyanophage	3.3e-63	32.4
WP_003627763.1|1034887_1035322_-	preprotein translocase subunit YajC	NA	NA	NA	NA
WP_003627765.1|1035383_1036400_-	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	7.4e-09	32.5
WP_003627766.1|1036448_1037039_-	Holliday junction branch migration protein RuvA	NA	NA	NA	NA
WP_025283302.1|1037039_1038950_-	DNA mismatch repair endonuclease MutL	A0A1B2LRQ5	Wolbachia_phage	4.4e-55	29.7
WP_147628276.1|1038949_1041526_-	DNA mismatch repair protein MutS	F2QAF7	Pyramimonas_orientalis_virus	1.6e-39	25.2
WP_012211438.1|1041706_1043329_-	chaperonin GroEL	A0A240F766	uncultured_virus	4.4e-157	54.0
WP_003627770.1|1043382_1043667_-	co-chaperone GroES	A0A221S304	uncultured_virus	1.2e-12	40.7
WP_065866608.1|1043882_1044413_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023061469.1|1044710_1044803_+|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_079227838.1|1044946_1045240_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_101812609.1|1047195_1047726_-	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_065866609.1|1049256_1050990_+|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.7e-88	36.9
WP_012211434.1|1050954_1051701_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866610.1|1051697_1052156_-	LytTR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_003625963.1|1052295_1052943_-	redox-sensing transcriptional repressor Rex	NA	NA	NA	NA
WP_003625961.1|1053117_1055031_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L0W2	Tupanvirus	3.5e-60	30.7
WP_065866611.1|1055207_1056485_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	4.0e-12	21.7

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP016827|1142857:1180043|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_8

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065866631.1|1149727_1150618_-	Hsp33 family molecular chaperone HslO	NA	NA	NA	NA
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WP_003625754.1|1154228_1154591_-	S1 RNA-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_003625749.1|1155033_1155276_-	RNA-binding S4 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866633.1|1155287_1158785_-	transcription-repair coupling factor	NA	NA	NA	NA
WP_012211364.1|1158786_1159344_-|tRNA	aminoacyl-tRNA hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211363.1|1159478_1160450_+	L-lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_003631233.1|1160637_1161345_+	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190465.1|1162128_1163259_-	alanine racemase	A0A0P0YM39	Yellowstone_lake_mimivirus	7.2e-29	27.7
WP_003625735.1|1163261_1163618_-	holo-ACP synthase	NA	NA	NA	NA
WP_012211361.1|1163700_1165212_-	DEAD/DEAH box helicase	Q5GF26	Diachasmimorpha_longicaudata_entomopoxvirus	3.8e-70	39.1
WP_003625729.1|1165224_1166592_-	UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_003625728.1|1166717_1166963_-	type B 50S ribosomal protein L31	NA	NA	NA	NA
WP_065866634.1|1167147_1167978_+	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_079227848.1|1168164_1169394_-|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	9.9e-125	58.2
WP_014562970.1|1169694_1170771_-	surface layer protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866636.1|1170860_1171610_-|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1171973_1173152_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_003625618.1|1176795_1178031_-	serine hydroxymethyltransferase	A0A240F3L3	Aeromonas_phage	1.2e-101	53.2
WP_079227850.1|1178813_1180043_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.9e-116	55.4

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP016827|1435204:1511365|DBSCAN-SWA
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MFDIILKRKEGTNVLKGIKLRLYPNRTQQNQLEQMFGNDRFVWNQMLAMMNERYQNNKDLPFLGKFKLNYLLKPLKKEYPFLKNSDSSSLQVVNEFLTQSWKNFFQDKTGQIGKPRFHSRKYLKKSYTGKSIIKTAGKRYLKIPKLGYVKTSKTGVLQNTKIKRYTVLLESTGKYYLSLQVEISEPEKYSLTGKRVGIDVGVADLAILSNGLKYPSFDSSYFEKKAQVWQKKYARRRHLAKLLVLQDRNKKVLCPRSLESFANWQKAQKSKAKCQAKAANQRRDYLHKLTTHLVKQYDVIAIEDLKTKNLQKNHHLAKSIANASWRIFRQMLEYKCEWYGKKLIAVDPKNTSRICSKCGYNSGAKPLEIREWTCSKCQTKHDRDINAAINILHKATPTGQGLAMVTS
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MKKFGKFVLQLIIAVLILVGVGTGGYFGYQWLQKQEMLRERPKVVKAKDGTNTNAAWHNFKNYQKALRENYPFINKVSTYVPPRTWDGKDFIIPGLISTKAYNLKTKKYDVATAMTPQGIAVASKYILITAYDGDHVHASVIYVLDKKTGKYIKTIQVPGRPHLGGIAYDPVAKNIWVTGSLGKSSALAAFSLKEMKEYKPGSRIPIKYDHQIAITAVEKASAVTYYDSQLFVGFFNMYGRGKVAAYRIARNGKNKGSITNNEVKSVTGTLQWSDPTGETSMDKRIQGIAIYQNKIFLSQSYGSGNSKLYVFPTSALDALDEKNAELELEMPPYLEQITAYKGQLLCLFESASQQYARPNIVVMDRVLSININALFGN
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MSNKRRLWQIFGPVICAFILLLVVFLIPWERTFSKQTIYEAAVSQNTTVFKGSTMKQEAFNDGYVPFYGSSELSRFDPLHPSVITEKYHRNYRPFLLGGPGSQSLAQFLGMQGTAKQLKNKKAVVIISPQWFTKKGQDPNAFALYYSPLQACNFLLSAKNNKTDRYAAKRLLEMPDVKGEIKNSLQQIAEGKKLTTFQKFYLNNRRRMLSNEDNFFSAFQLRDRVNKIQKKAKVLPSAYSVKALNKVAAEQAAMHTNSNNLGIDNTFYRTRLPKKVLKRLKGSQRHFDYVHSVEYGDFQLMLEQFAKQHTDVLFIIPPINGKWMKYTGLSEKMYQESVAKIEHQLVNQGFENVVDLSKRGNEKYFMEDTIHLGWKGWVAVDQAVKPFMELPNRRYNYYMSNYYYSKKWQNKDDVKSVDLTNKNSLKAK
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MIQVIVLSGPIGAGKSSLTSILAEHLGTQAFYEGVDSNPVLPLYYKDMKRYTFLLNTYLLNHRLAQINQAIQDKNSVSDRSIYEDALFFKMNADSKVADPTEFKIYDDLLENMMEDTPGNPSKKPDLLIYIHVSLDTMLDRIKKRGRSFEQISTDPSLKDYYARLLRYYEPWYEQYDASPKMAINGDKLDFVSSMDAQREVLKEIDEKLHEIGNL
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MNFIKNYFQLDKYKTSIKVEFIAGLTTFISMSYILFVNPSVLGASGMNTGAVFTATALAAALGTAIMGIVANYPIGEAPALGINAFFSYTVCIGMHVKWQTALASVFVASILFILITLFKLREKIIDSIPADLKFAISSGIGLFIAFLGLQNGKLIVANKSTLVGLGSLHDPLVWITIFGLLVTVILMILNVPGAIFIGMVLTAVFGICTGQIALPHKIISTAPSLAPTFGQAVLHVKNINTVQMWIVVLTFLIVTFFDTAGTLIGLAQQAGFMKNNKMPRVGKALAADSSAMAVGSILGTSPVGAFVESSAGIAVGGRTGLTAVFVAIFFLISMIFSPLLGVFTVQVTAPALIIVGVLMAQNTAHIHWNKLEIAVPAFLIILGMPLTYSISDGLSWGMITYPICMIAAKRGKEVTPMMWLLFVIFLIFLWVLNF
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MNAINQFFHLKENNTSFKTELLAGLTTFVSMSYILFVNPNVLGASGMDKGALFTVTALSAAFTCVVMGLVANYPIASAPTLGLNAFFTYTVCLGMKVKWQTALAAVLVASILFIILTVFKVREMIIDAIPADIKYAISAGIGLFIAFIGLQGGHLIQNSDSTLVTIGSLNNPTVWITIFGLIITIFLMIARVPGAIFIGMILAAIFGVAIGQIPMPKGIVSSIPSIAPTFAQAIFHIGEINTVQMWVVVFTFLLVTFFDTTGTLIGLVQQAGLMKNNKMPRAGEALVADSSGMLVGSVLGTSPVGAFVESSAGIAVGGKTGLTAVWVGIFFLISTIFSPILSVFTTQVTASALIIVGVLMAENLAHVHWTDLEIAIPCFLIALGMPLTYSISDGLGWGIVVYPISMIAAKKFKKITPMMWILFVVFVIYFFVLNFK
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MKDEGNKTNIKLLLQALVVGIFTGIVVGLFRFGIEKTSGFWLHLFQLAHSNPLWFIVIIIGFIAVAVIAGYFVKQYPHVGGSGIPEVKLQLQGKLSLQWFPILWRKLIGGILVIGTGLFLGPEGPSLQLGSTIGQGVGQGFKQNKFNSRILLATGAASGLSAAFGAPLSGALFVLEEVFHNFSPLVWMNALAGAIASNLVVSNIFGIRPALGILYNYSFPIVLYWHLIILGILLGVLGHLYKVGLFSLKKVYAKITFLPRWLHGLIPLAILIPIAYFWPLITGPGNRLILAMPHIITKSGWGLVGMLAFFYVMRIVFSIVAYDSGLPSGIFLPILTMGTLIGATYGLFMVQLGLLPQRLVVNLVIFSMAGYFAAIIRAPFTAIILITEMVGSLLHLMPLAVVAFIALLVDELLGGKPIYGLLAAAMDKHSDRKVNYTGQADQMVLPVYESSRLVDKKVSEIKWPEDTRVSTIRRDGDEIIPNGQTFIRGGDMLILEFDSSQRGAVYSKMKQLQGVELDG
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MNELDQTIKERIHYHNHKTVLKKHTPIEYRNMLIKTIYPQFLVHIIISKM
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MIKTYDSNEYDVIVVGAGHAGCEAALASAHMGQKTLLVTIGLDMVAFMPCNPSVGGPAKGTVVREIDALGGQMGKNIDATYIQMRMLNTGKGPAVRALRAQADKWQYHEHMKDTIENTPNLTLRQAIVDQLVVEDGVCKGVITNTGAKYHAKSVVLTTGTAARGKIIIGELTYSSGPNNTTPSIKLSENLEKLGFKLRRFKTGTPPRVNGNTIDYSKTEEEPGDKTPRHFSYESKDVDYLKNQISCWMTYTNNGTHEIIRENLNRAPMFSGIIKGVGPRYCPSIEDKVVRFADKDRHQIFLEPEGRTTKEVYVGDFSTSMPEEIQLKMVHSVAGLEHAEMMRPGYAIEYDVVEPWQLKHTLETKNIKHLFTAGQMNGTSGYEEAAGQGLIAGINAALSAQDKPGFTLGRNDAYIGVLIDDLVTKGTNEPYRLLTSRAEYRLILRHDNADLRLTEYGHELGLISDERYEKFEEKKQAIRDAKERLHEITVHLSDDVQEFLKSIGQEPMKAGVKADVFLRRPNVKIADIERLTGEKIPGDRYVKEQVEIGIKYAGYIKKEETRIARLKRQEAKKIPADIDYEMIEGLATEARQKFEKIRPETLAQAERISGVNPADLAILSVYIQNGRYSKVKKYEAEDLKPFSYFAEKYGLEADAETGASQY
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MDKKTKIDSRGKRVGMFVLKTIIYFGILMALIYLYEYSGLTSVHFIYNEF

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_003630694.1|1436598_1438584_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_003624927.1|1438723_1440127_+	NADP-dependent phosphogluconate dehydrogenase	A0A0P0C6S9	Ostreococcus_lucimarinus_virus	7.5e-36	27.6
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WP_023190340.1|1441880_1442984_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003624933.1|1443048_1443201_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212404.1|1444704_1446627_-	copper-translocating P-type ATPase	A0A218MNH6	uncultured_virus	4.0e-96	37.6
WP_003624940.1|1446626_1446914_-	cupredoxin domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866722.1|1446913_1447291_-	copper-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866723.1|1447303_1447750_-	CopY/TcrY family copper transport repressor	NA	NA	NA	NA
WP_003630691.1|1447850_1448105_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_147628244.1|1448205_1449510_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	8.5e-50	32.1
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WP_012212400.1|1453863_1455174_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	1.7e-42	30.7
WP_003624955.1|1455351_1456086_+	MerR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866727.1|1458833_1460141_-	NCS2 family permease	A0A0R6PHV4	Moraxella_phage	6.3e-37	29.0
WP_012212398.1|1460377_1461178_+	Cof-type HAD-IIB family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012212397.1|1461225_1461912_-	deoxynucleoside kinase	Q5ULP7	Lactobacillus_virus	5.4e-56	50.6
WP_003624967.1|1461936_1462584_-	deoxynucleoside kinase	Q5ULP7	Lactobacillus_virus	1.1e-47	47.9
WP_103659039.1|1462754_1463174_+	MurR/RpiR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_004561128.1|1465088_1465808_-	glucosamine-6-phosphate deaminase	NA	NA	NA	NA
WP_004561127.1|1465925_1466753_+	aldo/keto reductase	A0A2H4PQR8	Staphylococcus_phage	9.6e-23	28.8
WP_065866728.1|1466860_1467466_+	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_065866729.1|1469833_1470937_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003624988.1|1471025_1471682_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_101871943.1|1472524_1472620_-|holin	putative holin-like toxin	NA	NA	NA	NA
WP_023190505.1|1472773_1473055_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212392.1|1473051_1473909_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866730.1|1474000_1474630_+	DUF4097 family beta strand repeat protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866731.1|1474634_1476203_+	ABC transporter ATP-binding protein	A0A2R8FG22	Brazilian_cedratvirus	3.2e-11	31.1
WP_004561119.1|1476240_1476510_-	Txe/YoeB family addiction module toxin	NA	NA	NA	NA
WP_041810776.1|1476496_1476805_-	type II toxin-antitoxin system Phd/YefM family antitoxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866732.1|1476933_1478103_-	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_065866733.1|1478256_1480113_-	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-68	30.6
WP_147628247.1|1480533_1481757_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	1.0e-121	58.3
WP_023190739.1|1482583_1483720_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630632.1|1483739_1484036_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630630.1|1484213_1484366_+	teichoic acid D-Ala incorporation-associated protein DltX	NA	NA	NA	NA
WP_065866735.1|1484381_1485896_+	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit DltA	A0A2K9KZV5	Tupanvirus	4.4e-34	28.4
WP_023190737.1|1485895_1487134_+	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB	A0A125RNP0	Pseudomonas_phage	2.0e-24	27.4
WP_003625019.1|1487192_1487432_+	D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit DltC	NA	NA	NA	NA
WP_003630624.1|1487424_1488711_+	D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltD	NA	NA	NA	NA
WP_003625023.1|1488710_1489655_+	serine hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003630622.1|1489866_1490067_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_023190734.1|1490115_1490823_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA
WP_023190733.1|1490837_1491227_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035513724.1|1491231_1491639_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227701.1|1494417_1496034_+	polysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212381.1|1496072_1496309_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866737.1|1499652_1500978_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_065866738.1|1500946_1501876_+	alpha/beta hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_065866739.1|1502160_1504284_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	3.8e-116	40.4
WP_003625047.1|1504390_1505032_+	signal peptidase I	NA	NA	NA	NA
WP_012212375.1|1505125_1505890_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630598.1|1505980_1507342_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866740.1|1507377_1508751_+	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
WP_012212372.1|1509800_1511192_+	APC family permease	NA	NA	NA	NA
WP_079227714.1|1511212_1511365_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

>NZ_CP016827|1515418:1594391|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_10

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MKAGKVMDLLQISRSTLKRYREKGILEAKKLPTGQYDFDDDSVFLLKNKHSKRLTVLYGRVSTYKQKADLANQMQELSDFAQSKGFQANDSFQDIASGISFKNRKQFFKMLDLILAGKVKRVIITHKDRLSRVGFELFEYLFQNYGTEIDVISDEMNPKTDEQELFEEIISLLHCFSMREYSHRRAERKLFEATLNQKEKTK
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>NZ_CP016827|1515418:1594391|1538126_1538900_+|WP_065866744.1|DBSCAN-SWA
MKHDRILALDGPRNFRDIGGYKNDKGQHVKWNKIYRSDSLSSLSDEDEQKIADRRITVDIDLRSKYEQNAAPDRRWPNVRYVDAHIYSENRKENKGDNKLYRFIHHIPDMGDNYLGEIYQQVLLNTHSQHMFAKIFAELIELPEEDALVYHCSAGKDRTGMTSALILTALGVDDDTIAQDYLLTNELYNFALAKQYPDDNQIAKMVSKMNLTKGEGPAIRGITETIRAGWGDFDGFFKKELHFSQSDLDRFRKMYLE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_012211358.1|1515418_1516597_-|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_079227878.1|1516693_1517308_+	McbB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919596.1|1517308_1518115_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919595.1|1518116_1519112_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190668.1|1519116_1520193_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866741.1|1520656_1521670_-	aspartate--ammonia ligase	A0A1C9C5F0	Heterosigma_akashiwo_virus	8.0e-64	41.4
WP_023190667.1|1522116_1523172_+	DUF871 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190666.1|1523610_1524603_-	GMP reductase	Q4ZCY7	Staphylococcus_virus	1.7e-130	67.3
WP_012212368.1|1524813_1526103_+	adenylosuccinate synthase	L7Y4J5	Megavirus	5.8e-67	36.3
WP_012212367.1|1526106_1527405_+	adenylosuccinate lyase	A0A1B3B081	Gordonia_phage	1.7e-18	33.5
WP_012212366.1|1527473_1527836_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190665.1|1527933_1528413_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1528685_1529864_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023190663.1|1530431_1530932_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630570.1|1530949_1531594_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_025284001.1|1532642_1533125_+	C40 family peptidase	A0A1V0DZX6	Clostridioides_phage	5.4e-18	42.5
WP_079227881.1|1533339_1534605_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_065866742.1|1534665_1535352_-	cobalamin biosynthesis protein CobQ	NA	NA	NA	NA
WP_065866743.1|1535633_1536446_-	bifunctional hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase	NA	NA	NA	NA
WP_065866744.1|1538126_1538900_+	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_065866922.1|1540630_1541356_+	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212342.1|1542957_1543755_+	Mrr restriction system protein	NA	NA	NA	NA
WP_003617037.1|1544008_1544644_+	carbonic anhydrase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_035513562.1|1546071_1547121_-|transposase	IS30 family transposase	H7BUM7	unidentified_phage	2.8e-51	34.6
WP_052540350.1|1548959_1549310_-	helix-turn-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191694.1|1549595_1550837_+	OFA family MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_111194059.1|1550954_1551074_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_023191696.1|1551477_1551576_+|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
WP_065866746.1|1553056_1553467_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_025283989.1|1554688_1555699_+	hypothetical protein	A0A2K9L0L0	Tupanvirus	2.4e-07	23.4
WP_065866747.1|1555704_1557063_+	allantoin permease	NA	NA	NA	NA
WP_046814534.1|1557063_1557954_+	ribokinase	NA	NA	NA	NA
WP_154021782.1|1558606_1558921_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866748.1|1560227_1561388_+	MFS transporter	A0A2H4UVM2	Bodo_saltans_virus	5.7e-05	22.1
WP_065866749.1|1561411_1562251_+	carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_072672334.1|1563924_1564014_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212335.1|1564423_1565773_+	pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	7.0e-124	50.3
WP_065866751.1|1565914_1567192_-|transposase	ISL3 family transposase	Q6V7R1	Burkholderia_virus	2.9e-10	23.4
WP_023191339.1|1567655_1567991_-	EutP/PduV family microcompartment system protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630445.1|1569098_1569809_-	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_023191341.1|1569816_1571481_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2H4PQG7	Staphylococcus_phage	2.4e-20	31.0
WP_035515559.1|1571468_1572365_-	energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT	NA	NA	NA	NA
WP_025283980.1|1573198_1574593_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866752.1|1575056_1577495_+	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191344.1|1577582_1578629_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003630431.1|1579057_1579807_+	DUF4430 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_023191345.1|1580063_1580387_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212329.1|1580444_1581671_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A1S5SBP9	Streptococcus_phage	1.8e-38	29.3
WP_012212328.1|1582014_1582533_+	N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866753.1|1582997_1585265_+	cadmium-translocating P-type ATPase	E4ZFI9	Streptococcus_phage	1.2e-59	30.1
WP_025283976.1|1587595_1588483_-	EamA family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_079227719.1|1590135_1590549_-	resolvase	A0A0A8WIK3	Clostridium_phage	7.6e-21	42.5
WP_012212126.1|1591013_1591622_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	4.0e-34	43.2
WP_012211358.1|1593212_1594391_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP016827|1618487:1676585|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_11

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MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGKIEIQVPRDRNGLFHQHTLPDYKQHADVLENMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHKRKLSDKFFCVYLDAAYVPLRRETFEREAVYIVIGIKPNGRKEVIDYCIAPNENIEVWTELLQSMKSRGLEQAELFLSDGVVGMKTALAKTYPQAHFQRCLVHVMRNICAKVRVEDREAIMNEFKQIHQQANKAAAVDVLHAFYAKWDKSYNHVIRNLKDIEPDLLVFYNYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNDRYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
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MDQAIDNKKQTTGSRIKILMRLLKLVNSTSPWMLIISMITIVLAAASNVIGSLFIERLINDYIIPLTKEKVPNYGPLATAIAVMFGIYTIGFLSNYLFNMLMGVLAQKVQFRVRNEMFTHMESLPISYFDQNEFGDIMSRYTNDIDTLMQMISQSIPQFTNSALSLIFVVVAMFSLSWQLTAFSFIIFAMSFGIVRFLTLRSSHYFQVQQKKLGQINGYNEEMLNGLKVIKVFSHEPESKAGFDKYNEELLQASGKANTYATILFPIMGNMGNLLYVLIAFVGGATTINAWAPLSLGAIGSFLQLSKQFSMPIAQISQQLNSIVIALAGAERIFNLEDQASEVDNGDVTISRGAEVGSMWNWNVPEKDGSVKKVPVRGHIIFDHVNFSYVPEHPILHDISINAKPGMKVALVGGTGAGKTTISNMLNRFYDIDSGKITYDGIPIKQIKKDDLRRSLSIVLQETHLFTGTIMDNIRFGNPEASDDDVYQAAKLSHADEFIHDLDHGYDTVIDGDGGDLSQGQMQLLSIARAMIADEPVMILDEATSSIDTKTEKMIQAGMDNLLAGRTSFVIAHRLSTIVNSDLILVLDHGHIIESGNHEELLKQKGYYYELYTGKKEIQ
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MSISLNTCILILKEHHLLKSSAVQDTVATKMEYVSYDSRDIQTNTLFFCKGAGFRPTYLSMAKDNGAICYVAEQPYPEGKGMHALIVRDVSKAMALLSAAFFRFPQDDLYVVAFTGTKGKTTSAYFLKGMLDQANGGKTALISSVNDVIGPKPEDSFKSSLTTPESLDLFRDMRTAVDNGMTHLVMEVSSQAYKKNRVFGLTYDLGFFLNISPDHIGPNEHPNFADYLHCKLQLLVNSRKCIINAETAHFNEVYAAATTTTNPDSIYLFAREDFENPDLKVPIDFRFASQELDMKETRFKLFCASDKARKLPINGDYTLKMLGDFNESNGTAAIIGAGLAGLNHDQCAKGIRDVTIPGRMQTERTKNHGMVVVDYAHNKASMMALMNFMQSEFNNPKIIVVVGAPGDKGVSRRPGFSESLSAYADKAFLTTDDPGFEDPKSIAEEIDSGIDHSKCDVTIELDRKKAIHDAIAMAGPDDVVLICGKGADAFQKIRGVNTPYPSDIVVAQEVINELEGQKEHFRK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_065866763.1|1623649_1624207_+	serine acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_079227888.1|1624514_1624868_+	SDR family oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_023190550.1|1625131_1626139_+	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta	A0A160DHK0	Gordonia_phage	2.7e-96	53.7
WP_020828951.1|1626122_1626545_+	class Ib ribonucleoside-diphosphate reductase assembly flavoprotein NrdI	J9PTY0	Bacillus_phage	1.1e-11	38.3
WP_052541598.1|1626537_1628706_+	class 1b ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha	A0A0D3MSW9	Lactococcus_phage	1.1e-171	47.5
WP_065866764.1|1628707_1630411_-|transposase	IS1182 family transposase	A0ZS58	Staphylococcus_virus	4.6e-88	36.9
WP_065866765.1|1630577_1631750_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866766.1|1631868_1632831_-|bacteriocin	bacteriocin	NA	NA	NA	NA
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WP_023061231.1|1633491_1633845_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	A0A1B0Y3N1	Lactobacillus_phage	2.9e-13	39.8
WP_023192344.1|1633828_1634263_+	phage repressor	F8J1D9	Lactobacillus_phage	5.6e-14	33.3
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WP_025284014.1|1637237_1638098_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_023190700.1|1639729_1640977_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_020828954.1|1641127_1642108_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627391.1|1642171_1642531_-	hypothetical protein	A0A0E3XCL7	Enterococcus_phage	1.5e-20	67.1
WP_065866769.1|1642756_1645291_+	M1 family metallopeptidase	A0A0P0IY26	Acinetobacter_phage	5.8e-71	26.3
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WP_023191578.1|1647769_1648531_+	peroxide stress protein YaaA	NA	NA	NA	NA
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WP_003630233.1|1653960_1654203_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866771.1|1654380_1654989_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	2.0e-33	43.2
WP_012212288.1|1655018_1656344_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	2.1e-56	36.3
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WP_023190786.1|1657334_1657874_+	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_003627370.1|1657887_1658436_+	NAD(P)H-dependent oxidoreductase	A0A2P0ZL82	Lactobacillus_phage	1.1e-27	38.8
WP_012212286.1|1658528_1659320_+	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_003627368.1|1659328_1660258_+	FAD:protein FMN transferase	NA	NA	NA	NA
WP_012212285.1|1660299_1660836_-	CvpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012212284.1|1660997_1661720_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
WP_012212283.1|1661734_1662574_+	nucleoid occlusion protein	S5VSZ7	Leptospira_phage	2.7e-17	44.0
WP_003627364.1|1662589_1663369_+	ParA family protein	Q8JL10	Natrialba_phage	4.3e-25	31.5
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WP_003627362.1|1664223_1664487_+	DUF951 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_003627361.1|1664536_1665637_+	redox-regulated ATPase YchF	NA	NA	NA	NA
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WP_023190789.1|1666541_1668266_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	7.6e-38	26.9
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WP_012212277.1|1670313_1671000_+	response regulator transcription factor	W8CYM9	Bacillus_phage	9.6e-37	37.6
WP_012212276.1|1671003_1672152_+	HAMP domain-containing histidine kinase	A0A1V0SGX0	Hokovirus	2.0e-18	31.7
WP_003627351.1|1672202_1673774_+	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase	NA	NA	NA	NA
WP_012212275.1|1673782_1674532_+	aspartate/glutamate racemase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_025283944.1|1676261_1676585_+|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP016827|1689604:1743244|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_065866811.1|1742698_1743244_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_13

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

>NZ_CP016827|1752025:1905379|DBSCAN-SWA
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MNDFTKNMAQALFNQDKINDLLRKELQQAVNDLLEAELTAFLGYDPYARTGWNTGNSRNGAYFRKVDTQFGEIEIQVPRDRNGMFHQHTLPDYKQHSDVLESMIIKLYSKGVTTREIADLIEKMYGSHYSPAQVSNISKQMIPKVEAYHQRKLSDKFFCVYLDATYIPLRRITFDREAVYIAIGIKPNGHKEVIDYRIAPSENVENWTEMLQDMKSRGLEQVELFLSDGVVGMKTALEQTYPKAHFQRCLVHVMRNICAKVRVDDRETIMNEFKQIHQQPNKEAAIKVLHAFYDKWNRAYNHVIRNLKEIEPDLLVFYDYPKQIRASIYSTNMIESFNNVIKRKAKPKAEFPTEQSLDTFIGIQAMSYNERYFNRIHKGFGQVQDTLESYFD
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MADAKEIEQTAMIDREMDQVFDWAKGNSMPIRDAIWDHEMEANNHDTMKTEAACEWMLKADDDKIKDYCEKNLKK

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_023192120.1|1759359_1760274_+	type I pantothenate kinase	A0A1B1ISL9	uncultured_Mediterranean_phage	9.5e-32	33.6
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WP_003627831.1|1763237_1763741_-	nucleoside deoxyribosyltransferase	C1KFI2	Lactobacillus_virus	5.4e-13	31.2
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WP_065866819.1|1765914_1767519_+	ABC transporter ATP-binding protein	W8CYL7	Bacillus_phage	3.8e-15	23.0
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WP_065866821.1|1770762_1771584_+	Sir2 family NAD-dependent protein deacetylase	NA	NA	NA	NA
WP_052541527.1|1771592_1772546_+	DNA polymerase III subunit epsilon	A0A0K2SUJ2	Clostridium_phage	1.5e-11	33.1
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WP_003629948.1|1773532_1774960_+	C69 family dipeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866822.1|1775213_1776299_+	ABC transporter ATP-binding protein	G3M9Y6	Bacillus_virus	3.2e-26	33.2
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WP_003629944.1|1777168_1777993_+	carbohydrate ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
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WP_012212201.1|1780763_1781681_+	magnesium transporter CorA family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_012211497.1|1840251_1840947_+	hypothetical protein	A0A249XZV3	Enterococcus_phage	3.2e-11	50.0
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WP_065866848.1|1853485_1854586_+	glycosyltransferase family 4 protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866849.1|1854673_1856152_+	nicotinate phosphoribosyltransferase	G3MA18	Bacillus_virus	7.7e-116	47.0
WP_012211508.1|1856148_1856979_+	ammonia-dependent NAD(+) synthetase	G3MA24	Bacillus_virus	5.7e-68	51.4
WP_065866850.1|1857177_1858419_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A0P0IJS6	Lactobacillus_phage	1.5e-117	57.3
WP_065866851.1|1861354_1862509_+	CDP-glycerol--glycerophosphate glycerophosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866852.1|1862513_1863944_+	polysaccharide biosynthesis protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813920.1|1863946_1864645_+	glycosyl transferase	L7RBS6	Acanthamoeba_polyphaga_moumouvirus	2.1e-07	27.6
WP_003626912.1|1864632_1865103_+	SprT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633047.1|1865340_1865988_+	glycoside hydrolase family 73 protein	S5M633	Brevibacillus_phage	1.0e-27	47.7
WP_065866853.1|1866073_1868320_+	DNA helicase PcrA	A7KV33	Bacillus_phage	5.3e-132	41.3
WP_065866854.1|1868360_1870367_+	NAD-dependent DNA ligase LigA	A0A0K2QQN8	Ralstonia_phage	3.2e-104	35.9
WP_020829042.1|1870379_1871528_+	CamS family sex pheromone protein	NA	NA	NA	NA
WP_003633051.1|1871541_1871850_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC	NA	NA	NA	NA
WP_003626902.1|1871849_1873289_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA	NA	NA	NA	NA
WP_012211519.1|1873293_1874724_+|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB	NA	NA	NA	NA
WP_065866855.1|1874748_1875669_+	diacylglycerol kinase family lipid kinase	A0A1V0SBJ0	Catovirus	9.3e-19	25.8
WP_003626897.1|1875735_1876428_+	DUF1211 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813922.1|1876471_1877176_-	Bax inhibitor-1/YccA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626893.1|1877357_1877699_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_046813923.1|1877735_1879112_-	Na+/H+ antiporter NhaC	NA	NA	NA	NA
WP_003626890.1|1879476_1880829_+	23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD	F5CA72	Streptococcus_phi-m46.1-like_phage	1.9e-116	48.2
WP_065866856.1|1882315_1883278_-	ketopantoate reductase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866857.1|1883296_1884475_-	pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_065866930.1|1884495_1885281_-	carbon-nitrogen family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_012211526.1|1887345_1887546_-	cold-shock protein	Q9AZD3	Lactococcus_phage	1.4e-20	71.4
WP_023190958.1|1887808_1888198_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866858.1|1889563_1890064_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_003627960.1|1890166_1890775_+|transposase	IS607 family transposase	A0A1V0SJI5	Klosneuvirus	1.5e-33	43.2
WP_065866835.1|1890804_1892130_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	G3MB42	Bacillus_virus	4.3e-57	36.5
WP_060471716.1|1896621_1896858_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_079227754.1|1897023_1897560_+	GNAT family N-acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_012211430.1|1897748_1899026_+|transposase	ISL3 family transposase	A0A2D1GQC1	Lysinibacillus_phage	5.3e-12	21.7
WP_012211358.1|1901064_1902243_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866861.1|1902885_1903962_+	cell surface protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211358.1|1904200_1905379_+|transposase	IS256 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP016827|1925250:1990171|DBSCAN-SWA
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MNKKPLIISTDPGIDDIAAMTISFFAKELDVRMIVPTWGNVQLEYTLQNTLNLEKFLHTKVPVVVGANQPLVAPMISAASVHGKIGIAGFDFEEADRSLVKPGLAATVMAEEIKNSPEKVTLLGIGPLTDYALLFKQYPEVKENIDQIVIMGGNIGRGNHSPLAEYNIAGDPEAAQVVFHSGLPIKVAPLEIGNKAHLTQDQMSKVKECGEVGNMLYSLFSHIHEPDGDPRIKIYDPTAVGILLHPEMFTLKKANVEIELRGQFTYGASVINFMDQEHANAEIATDVDLDQFSKWFIDSIKNSDQGRE
>NZ_CP016827|1925250:1990171|1936976_1937780_+|WP_065866869.1|DBSCAN-SWA
MDKNPLVYKYSIGKRKPYDYDYGNRQGNQNAGCPFCDVAHLTNIYEKDGDKIWLKNKYPTLQDTDQTILIESSDHQGDISTYTREDNQELMKFGLKCFQKMNNSGRYESVLWYKNFGPKSDGSLTHPHMQIVGLYHKDGYRDIGLDNFKGFEVGRSGSVEMNLSAYPVQGYQEVNILTQDNTNLETWADLIQKGAQYMRSVLSHGVDSYNLFFYPINDGKGTCCKIIPRFYASPYFVGYKISQVDDSDTLKWEAERLKGFVNGGILH
>NZ_CP016827|1925250:1990171|1979240_1980506_+|WP_079227881.1|transposase|DBSCAN-SWA
MERYGVKVLDKPYENYATEFKEKAIKRVLFAHESARRVSLELGLSNGGQIHNWIRKYKEDGYNVINHKKGRPTHEEQRQADRGASKADKRPKTEELKTYCRERVCKKIERLSLPKNQKPTAQEIATTVTQLRQELHVTVKFVLDTINANPDLPHLSRSNYYYTLTKDDKNLKNEKVMKRIKEIFEEHRHRYGYRRITAQLHREGMRVNHKRVKRLMVKMHLYAITIRRRFKYSSYKGTIGKIKSNLIKRHFAAIIPDRHWYSDITEFHLNGEKLYLSPVMDGCSQEIVAYTLSRHPVLKQVMDMLDLAYKKHPALNGLIFHTDQGWQYQHAAFQAWLKNHGVSQSMSRKGNSLDDGLMEGFFGILKREMFYGFEKTFKTMDELEQAIKEYIHYYNHDRIKTVLKNHTPIEYRNMVLNKAVQ
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METKQILETIQMISEEKLDIRTITMGISLFDCIDSDGVKARQKIYDKLTTSAKDLVKVADRIESEYGIPIVNKRISVTPISMIAAACHDDNYVAYAQTMEKAAETLGVDLIGGFSALVQKGYQSGDRKLIASMPEALSETQRVCGSVNVGSTRAGINMDAVKQMGQVVKDLSEIDPVSCMSLVIFSNAVEDNPFMAGAFHGVGEADKVINVGISGPGVVKRALEQVKGESIDTVSETIKKTAFKVTRMGQFVGNVAAKALNVPFGIVDLSLAPTPSQGDSVAEILEEIGLESVGAPGTTAALALLNDAVKKGGVMACEHVGGLSGAFIPVSEDSGMIKAVEHGNLNLEKLEAMTAVCSVGLDMVAVPGDTPAETISGMIADEAAIGVINNKTTAVRVIPAKGKQVGEQIDFGGIFGYAPVMPVNTNSPAKFVQRGGRIPAPIHSFKN
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MASATSLTVVAPTISSSVSASTINSDTKSANSGNTQMFVIPKRSVVPENTEIQQTLSEDIAQSGTLTNENGVKTFEISNDALLRAINKAYGNEFSAELAKRHHAGVTKVKKLW
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MITIKSIRELKGMQASGHLLATMFEGLRDVIKPGISTWEIEEFCQDFVKSRGGRLSEQGFEGYKYGTCISVNDEIAHQTPRKDRILKEGDIVKVDVTCNLNGYESDSCTTYPVGEISEADKKLIEVTKKAMYLGIDQAVLGNRIGDIGAAIQHWVEDENHYGDVRELIGHGIQPSIHEDPEVPHWGKAGHGIRLREGMTITCEPMVEAGGDWHIDQRTVDDPNDDWVYYVTTDGSNAAQFEHTFAITKDGPKILTLQKPYDGLEKYIPHFDEMDD
>NZ_CP016827|1925250:1990171|1985582_1985867_-|WP_065866879.1|DBSCAN-SWA
MRLTDLLQLINDLNINTAFYLKIDDKIVPWGKLTLVDGRCLLYPGKNTMTKAKLIRLVGHMHNRGIPLLIAVDQEKHHIFGLQIKEESNQIILM

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_065866866.1|1925250_1926480_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	A0A286QMQ9	Streptococcus_phage	1.4e-49	36.6
WP_012211542.1|1927234_1927975_+	amino acid ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	7.2e-38	41.4
WP_012211543.1|1927985_1928804_+	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211544.1|1928803_1929445_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_012211545.1|1929459_1930113_+	amino acid ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_065866867.1|1932118_1933420_-	extracellular solute-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626829.1|1933569_1934913_-	PFL family protein	NA	NA	NA	NA
WP_014919426.1|1934925_1935195_-	ACT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866868.1|1935349_1936756_-|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_065866869.1|1936976_1937780_+	DUF4931 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211551.1|1937893_1938820_+	ribokinase	A0A2H4N7X4	Lake_Baikal_phage	6.3e-07	37.5
WP_012211552.1|1938819_1939512_+	ribose-5-phosphate isomerase RpiA	NA	NA	NA	NA
WP_012211553.1|1939572_1941588_+	potassium transporter Kup	M1HZV6	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.3e-65	35.4
WP_012211554.1|1941705_1942632_+	nucleoside hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_023190338.1|1943430_1943625_+	transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_147628261.1|1943680_1944904_+|transposase	IS200/IS605 family element transposase accessory protein TnpB	Q5ULQ4	Lactobacillus_virus	2.4e-115	56.0
WP_012211556.1|1945023_1945317_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211557.1|1945406_1946225_-	HAD family hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_003626810.1|1947277_1948072_+	Fe-S cluster assembly ATPase SufC	A0A1M7XV31	Cedratvirus	7.3e-12	27.6
WP_012211559.1|1948083_1949361_+	Fe-S cluster assembly protein SufD	NA	NA	NA	NA
WP_012211560.1|1949335_1950574_+	SufS family cysteine desulfurase	Q2XUY6	environmental_halophage	4.7e-98	41.8
WP_012211561.1|1950560_1951022_+	SUF system NifU family Fe-S cluster assembly protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211562.1|1951014_1952418_+	Fe-S cluster assembly protein SufB	NA	NA	NA	NA
WP_012211563.1|1952417_1952741_+	metal-sulfur cluster assembly factor	NA	NA	NA	NA
WP_012211564.1|1952827_1953193_-|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866871.1|1953198_1953963_-	DeoR/GlpR transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_065866872.1|1954259_1956659_+	phosphoketolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211567.1|1956732_1957581_+	patatin family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866873.1|1962273_1962759_+	PTS glucose transporter subunit IIA	NA	NA	NA	NA
WP_079227881.1|1962851_1964117_-|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_012211571.1|1964297_1965659_-	HlyC/CorC family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_012211570.1|1966501_1966774_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190478.1|1968406_1968976_+	hypoxanthine phosphoribosyltransferase	A0A2K9L634	Tupanvirus	4.9e-10	27.6
WP_012211573.1|1970309_1971014_+	lysozyme	NA	NA	NA	NA
WP_065866874.1|1971013_1972246_+	DEAD/DEAH box helicase	A0A1B1IS59	uncultured_Mediterranean_phage	2.1e-34	28.5
WP_023190482.1|1972242_1973571_+	PTS sugar transporter subunit IIC	NA	NA	NA	NA
WP_014919182.1|1973738_1973927_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_012211575.1|1974034_1975177_+	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)	A0A0N9R0B2	Chrysochromulina_ericina_virus	4.2e-29	30.6
WP_012211576.1|1975200_1975740_-	GtrA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626773.1|1975732_1976179_-	flavodoxin	NA	NA	NA	NA
WP_065866875.1|1976322_1977150_+	type I methionyl aminopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_065866876.1|1977158_1978082_+	YihY/virulence factor BrkB family protein	NA	NA	NA	NA
WP_003626768.1|1978143_1979043_+	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase GalU	A0A127AW70	Bacillus_phage	6.4e-73	48.1
WP_079227881.1|1979240_1980506_+|transposase	IS3 family transposase	A0A1B1P773	Bacillus_phage	5.2e-52	43.0
WP_065866877.1|1982009_1983170_+	thiolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866878.1|1983169_1984381_+	hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, degradative	NA	NA	NA	NA
WP_023190743.1|1984380_1985544_+	hydroxymethylglutaryl-CoA synthase	NA	NA	NA	NA
WP_065866879.1|1985582_1985867_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_023190745.1|1985948_1986173_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866880.1|1987267_1987609_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_035513324.1|1987640_1987865_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_065866883.1|1988764_1990171_+|transposase	ISLre2 family transposase	NA	NA	NA	NA

Anti-CRISPR protein detection

Acr ID	Acr position	Acr size	Homology with known anti	Neighbor HTH/AcRanker	Neighbor Aca	In prophage	Protospacer in prophage
NZ_CP016827.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein	1013592_1013964_-	123 aa aa	NA	HTH_LACI	NA	995888-1056485	yes

Protein sequences of NZ_CP016827.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein

>NZ_CP016827.1|WP_012211463.1|1013592_1013964_-|hypothetical-protein
MKKFASFVLGAVAGCAAGFIAGSLLVSDEQVDDVKNKIKDNDKLQDLKKKYDNGTEIVKNQLASFPKNVEDDSELKDFDDIVIDDSNKDNDVADGDNAEKSVDDLNNAENDDTASTPDNSSEE

HTH_LACI HTH domain information

• Identity: 0.6
• Hit_domain_coverage: 1.0

Self-targetings in the prophage

CRISPR ID	CRISPR type	Spacer info	Spacer location	Spacer length	Protospacer location	Mismatch
NZ_CP016827_4	Unclear	4.20|872155|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder	872155-872189	35	1041141-1041175	0
NZ_CP016827_4	Unclear	4.21|872220|35|NZ_CP016827|CRT,CRISPRCasFinder	872220-872254	35	1041141-1041175	0

1. spacer 4.20|872155|35|NZ_CP016827|CRT,PILER-CR,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP016827 position: 1041141-1041175, mismatch: 0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************

2. spacer 4.21|872220|35|NZ_CP016827|CRT,CRISPRCasFinder matches to NZ_CP016827 position: 1041141-1041175, mismatch: 0

cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	CRISPR spacer
cttttagtagtaaccacagaagttaaataattaga	Protospacer
***********************************