CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NZ_CP011849	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 chromosome, complete genome	2 crisprs	DEDDh,cas3,DinG,csa3	0	0	31	0
NZ_CP011850	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-1, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	2	0
NZ_CP013669	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-4, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	0	0
NZ_CP011851	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-2, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0
NZ_CP011852	Piscirickettsia salmonis LF-89 = ATCC VR-1361 plasmid pPSLF89-3, complete sequence	0 crisprs	NA	0	0	1	0

1. NZ_CP011849

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NZ_CP011849_1

• CRISPR_ID: NZ_CP011849_1
• CRISPR_location: 1098385-1098480
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP011849_1

Consensus_repeat	Method
CAGAGTGTCCTGAAGCCCCTTGAG	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP011849_1

>1.1|1098409|48|NZ_CP011849|CRISPRCasFinder
ATTGGGATTGAAAACCACCTACAGTACCAAAAATTTCTTCTTCTTGTC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP011849_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP011849_1

>merge|NZ_CP011849|1|1098385-1098480|CRISPRCasFinder
CAGAGTGTCCTGAAGCCCCTTGAGATTGGGATTGAAAACCACCTACAGTACCAAAAATTTCTTCTTCTTGTCCAGAGTGCCCTGAAGCCCCTTGAG

>NZ_CP011849|1|1|1098385-1098480|CRISPRCasFinder
CAGAGTGTCCTGAAGCCCCTTGAG	ATTGGGATTGAAAACCACCTACAGTACCAAAAATTTCTTCTTCTTGTC
CAGAGTGCCCTGAAGCCCCTTGAG

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP011849.2|WP_017377997.1|1112959_1113409_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_017378005.1|1104018_1104738_-|sulfate-transporter-CysZ	unknown	unknown	gnl|CDD|179898
NZ_CP011849.2|WP_017378006.1|1103150_1103780_-|response-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|381113
NZ_CP011849.2|WP_017378009.1|1095979_1097725_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223021
NZ_CP011849.2|WP_048875964.1|1091799_1092579_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP011849.2|WP_017376710.1|1090136_1090307_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_174872552.1|1113528_1113834_-|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377437
NZ_CP011849.2|WP_017376708.1|1090833_1091235_-|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP011849.2|WP_155046604.1|1092646_1092787_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_017375625.1|1090311_1090539_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_144420648.1|1094104_1095577_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|223021
NZ_CP011849.2|WP_048875961.1|1101627_1103031_-|IS4-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|376573
NZ_CP011849.2|WP_017378003.1|1108457_1109288_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|367907
NZ_CP011849.2|WP_017378007.1|1099538_1101482_-|CHASE-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|226654
NZ_CP011849.2|WP_017377998.1|1112394_1112925_+|7-cyano-7-deazaguanine-synthase	unknown	unknown	gnl|CDD|284031
NZ_CP011849.2|WP_048875963.1|1088545_1089826_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_144420647.1|1092987_1093185_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_053093668.1|1093322_1093922_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|379252
NZ_CP011849.2|WP_027243145.1|1111328_1112384_+|protease-SohB	unknown	unknown	gnl|CDD|236978
NZ_CP011849.2|WP_017378004.1|1104851_1108391_+|chromosome-segregation-protein-SMC	unknown	unknown	gnl|CDD|274008

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP011849.2|WP_017378005.1|1104018_1104738_-|sulfate-transporter-CysZ	gnl|CDD|179898	PRK04949, PRK04949, putative sulfate transport protein CysZ; Validated.	2.22151e-69
NZ_CP011849.2|WP_017378009.1|1095979_1097725_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	0.000214736
NZ_CP011849.2|WP_048875964.1|1091799_1092579_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00345182
NZ_CP011849.2|WP_174872552.1|1113528_1113834_-|transposase	gnl|CDD|377437	pfam04986, Y2_Tnp, Putative transposase. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases IS1294 and IS801. This is a rolling-circle transposase.	1.48113e-05
NZ_CP011849.2|WP_017376708.1|1090833_1091235_-|transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	0.00109659
NZ_CP011849.2|WP_017378006.1|1103150_1103780_-|response-regulator	gnl|CDD|381113	cd17569, REC_HupR-like, phosphoacceptor receiver (REC) domain of hydrogen uptake protein regulator (HupR) and similar domains. This family is composed of mostly uncharacterized response regulators with similarity to the REC domains of response regulator components of two-component systems that regulates hydrogenase activity, including HupR and HoxA. HupR is part of the HupT/HupR system that controls the synthesis of the membrane-bound [NiFe]hydrogenase, HupSL, of the photosynthetic bacterium Rhodobacter capsulatus. It contains an N-terminal REC domain, a central sigma-54 interaction domain that lacks ATPase activity, and a C-terminal DNA-binding domain. Members of this family contain a REC domain and various output domains including the cyclase homology domain (CHD) and the c-di-GMP phosphodiesterase domains, HD-GYP and EAL. REC domains function as phosphorylation-mediated switches within response regulators, but some also transfer phosphoryl groups in multistep phosphorelays.	1.63665e-55
NZ_CP011849.2|WP_144420648.1|1094104_1095577_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|223021	PHA03247, PHA03247, large tegument protein UL36; Provisional.	9.17808e-06
NZ_CP011849.2|WP_017378003.1|1108457_1109288_+|hypothetical-protein	gnl|CDD|367907	pfam04354, ZipA_C, ZipA, C-terminal FtsZ-binding domain. This family represents the ZipA C-terminal domain. ZipA is involved in septum formation in bacterial cell division. Its C-terminal domain binds FtsZ, a major component of the bacterial septal ring. The structure of this domain is an alpha-beta fold with three alpha helices and a beta sheet of six antiparallel beta strands. The major loops protruding from the beta sheet surface are thought to form a binding site for FtsZ.	1.17377e-13
NZ_CP011849.2|WP_017378007.1|1099538_1101482_-|CHASE-domain-containing-protein	gnl|CDD|226654	COG4191, COG4191, Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system [Signal transduction mechanisms].	6.24409e-47
NZ_CP011849.2|WP_017377998.1|1112394_1112925_+|7-cyano-7-deazaguanine-synthase	gnl|CDD|284031	pfam06508, QueC, Queuosine biosynthesis protein QueC. This family of proteins participate in the biosynthesis of 7-carboxy-7-deazaguanine. They catalyze the conversion of 7-deaza-7-carboxyguanine to preQ0.	1.95217e-24
NZ_CP011849.2|WP_048875961.1|1101627_1103031_-|IS4-family-transposase	gnl|CDD|376573	pfam01609, DDE_Tnp_1, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction. This family contains transposases for IS4, IS421, IS5377, IS427, IS402, IS1355, IS5, which was original isolated in bacteriophage lambda.	1.76184e-13
NZ_CP011849.2|WP_053093668.1|1093322_1093922_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|379252	pfam13546, DDE_5, DDE superfamily endonuclease. This family of proteins are related to pfam00665 and are probably endonucleases of the DDE superfamily. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contain three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	0.000376208
NZ_CP011849.2|WP_027243145.1|1111328_1112384_+|protease-SohB	gnl|CDD|236978	PRK11778, PRK11778, putative inner membrane peptidase; Provisional.	0
NZ_CP011849.2|WP_017378004.1|1104851_1108391_+|chromosome-segregation-protein-SMC	gnl|CDD|274008	TIGR02168, Chromosome_partition_protein_Smc, chromosome segregation protein SMC, common bacterial type. SMC (structural maintenance of chromosomes) proteins bind DNA and act in organizing and segregating chromosomes for partition. SMC proteins are found in bacteria, archaea, and eukaryotes. This family represents the SMC protein of most bacteria. The smc gene is often associated with scpB (TIGR00281) and scpA genes, where scp stands for segregation and condensation protein. SMC was shown (in Caulobacter crescentus) to be induced early in S phase but present and bound to DNA throughout the cell cycle. [Cellular processes, Cell division, DNA metabolism, Chromosome-associated proteins].	0

Protein sequences

>NZ_CP011849.2|WP_017378009.1|1095979_1097725_-|hypothetical-protein
MPITKQTKATTIQISIRALLSSTMEPCGQTIISSIDSSHQEIIRWLEFVKELPQIKESGGGVSFILESNTPLPEGFQQDLKDQCERLIANSKIFFNISSIAAKHHAAEKNSIEISEEIYEEIDSKHYATSPRQSVTEHSLSNHTDDDKDSSTHAHPIANTTQNNDFPPPPPNAADSSATASNLPFEQIQTQPASETVKNLGGSITYDQLLNLLKQEIQKAVAIIDKKIKNAKLPFSISTPFEDTKGRKKSILVLEEFIKDILTYPDQGNPDQPLTQELGMLVHTRLKDFYEDDGKMKGRRKTKTISMLFSEIKLMFQNITYANTAVSDDNGSPFPPPPPPLLEQDLLSLELTQFNDSELPLPPPPPPSPILLEDQQQLELNAAQPDLSADSHKAHMAVLGAKLRERQLSLGNETQSNSNSQPAPPPLPPKPVFSVGDLAPPNSGNTKPPLPPKPPLVVDDLTSSESTHAQCASDLTADKTVTFLEEIQQRKQQGLRSIKHSHPLQGPAPLDLNAQILKRRQNMQQTGTSDGKPINLAAALLFQCSQMNTQHSQSNNSNATNDNNDNWSDDWSDSASSPPSP
>NZ_CP011849.2|WP_144420648.1|1094104_1095577_-|hypothetical-protein
MPTTMIKVIKENEGAIVTKGQETILLTGSIYDGSNLGKSPAIIALSELGSGLFCAKATLQSENSCLSWLQELKETLGNEITFHLTGKQSKEDLAELQILCQQAEIEAQFPIPEKQPLLYSLATGVNANGIIEKEDLYEKTGGFSFSLTLTKEIEQAISELEKKIKDSWFTINTKGRTDSIILLKELKQNLEQLGESYIGPVNSESDLKFPKSLKEAIKDYSGSEAKNGRQQTTTVGGLLKTLDFHFTRYTVLTTKFTQVPVLTATWHTSEPSADTDSASATPMPDINESKSTPPPPPPAELKAGAKARREEEAAVTVLTNAMEFADDNAEDLPPPPPPSNPDLQQPLPDFNDSDFPPPPPPPPPSDEEQMPLADFDDIELPPPPPMDFETGPETQVSPIEEVNSGATPTDGTGPDTTEKKDSANITAEMQSIMARRGAIGGPDSETEAGEDDSWSDQEDNSGPNQSPSTLFQRQQSQSQEADNSNPLQYN
>NZ_CP011849.2|WP_053093668.1|1093322_1093922_-|hypothetical-protein
MRIITKPTTAKCNIQAYIRYLLSEPVRTSCTGLSDVLLNISHDSVNRFLLRENYRPEDLWTEVSEKIDLNNGVLSVDDMVIDKPYSNAEKTDLIGFFYSGKHHCVVKGVNVITLYYTDQHDVSVPINFRIIDPDEGKTKNEHFREMLQQVLSWGLQPSWVTRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP011849.2|WP_144420647.1|1092987_1093185_+|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYVSEDIIRLFSIANSMPRLYFLINFRFSMLEYQQSPAASHGVLSTG
>NZ_CP011849.2|WP_155046604.1|1092646_1092787_-|hypothetical-protein
MLSTPWLAAGAVAVRFKQSIVGMKVVYKSNGTTLRARSEQKRTLAQ
>NZ_CP011849.2|WP_048875964.1|1091799_1092579_-|hypothetical-protein
MHYVINKLKSQIEKQKATLLDDEGSLSIESLLSSDKFQSIINNCRSFKSRFYTPFVTLILFIRQVLSPDKSCKNTVATFLASVSTEDNNNIPSSNTGPYCKARQKLPIETLESLVKLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEHALLRQIKDSIHKDDIVMGDRYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSHVSVATSVGILHIQ
>NZ_CP011849.2|WP_017376708.1|1090833_1091235_-|transposase
MGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKERKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP011849.2|WP_017375625.1|1090311_1090539_-|hypothetical-protein
MSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
>NZ_CP011849.2|WP_017376710.1|1090136_1090307_-|hypothetical-protein
MPLGFRVVCQAAINYRKYRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP011849.2|WP_048875963.1|1088545_1089826_+|hypothetical-protein
MKFIYPGINAPLDTEKSLYAETTQGYFSHKESGKALDFNFIKKQESYFSQWDKRTAFTCEEYKALTHQQRLQLYRLHTTRWNYTLSLLLKDPGAGPDSPLYAEKQFLQNLNENEEMRKLYAGWFIDYVESREGETSKAVEALFKKEMQLKPECDLSKEKQIAVKVRGFRDEITELQAWLMNGSSAERIAIEKYDTKAVNQFIKYQLGQVSKSEFNKTFERAQSKCNKVLKNALHLTTSAASILTEKKIDLNSSVEWERLKNSQHLQKAVLILHKSNINLADSWDTLKDNSHLQKAVLTLHHESSINLTEHWDKVKNNSPLQKALAASYDYLNAERSSWSKMHHNHGIRQTHKFIRHLMASENQTLSGIQAEMQQWLHGYGHFSRASGSASNSRMSFALQSGLCPQADTPPLCSLILAFRQLKSNKK
>NZ_CP011849.2|WP_017378007.1|1099538_1101482_-|CHASE-domain-containing-protein
MKNNIYLNKLPSFLILITGITISLFLFYSLNKSHNLEASSHFEELATDTQQAIQNNINKNIAALNILKSFYESSDFINFNEFTTFTNSLLERDLAIQALEWIPNIPHSKRHDYVKKANQFFKNFNIKEKTAQGKMLIAKTKTNYFPVYYVNPVRGNEKAIGFDISSSPMRNKSLEKAALTGRNVATHKITLIQEEKGNSYGFLLFNPVYHSSSPQDISPKSLKGFVLGVYRINDILGHALNFSAKNNLIIFVKERINNNTLSPIFQNNGKQEINSHLSYQSTFTVADKKWPITIYPSHDFIKEHKNHLPMIILFAGVIISLILAAYLWLLVNREVRVKNLVEERTEQLNELNSKLTVLNEELDQKVMERTQKLKENQEQLIQSEKLASIGQLAAGVAHEINNPIGYIMNNIEIMGEYLDSIKAITQQAEACSKTLTSNDIQIKNDQLQQLKNTLEQEDINYVIDDTEKIIQQSLEGAEKVKNIVLSLKSFAHSDTDNKEEFDLNHCIEQALTITQNELKYKCKIIKNLSPLNPLLGYSSQIGQVIMNLLINAAHAIKESGTITITTQQIAGFNKLTIEDDGYGIHKDHLAKLFDPFFTTKSVGEGTGLGLSISYGIIKKHQGSINVESTVGQGTVFTIQLPNHSHHS
>NZ_CP011849.2|WP_048875961.1|1101627_1103031_-|IS4-family-transposase
MHYVINKLKSQIEKQKATLLDDEGSLSIESLLSSDKFQSIINNCRSFKSRFYTPFVTLILFIRQVLSPDKSCKNTVATFLASVSTEDNNNIPSSNTGPYCKARQKLPIETLESLVKLSGDSLSKSSNARWKIYNREVKLIDGTSLTMADSEENQSRYPQHDAQKAGAGFPIMRLVAIMSLTTGGIIDYAVGAYKGKGTGEHALLRQIKDSIHKDDIVMGDRYFPCFFVMGDLQSIGADGIFKAHSQRKYDFRKGRKLGSKNHLVIWKKPHKPDWMTQETYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
>NZ_CP011849.2|WP_017378006.1|1103150_1103780_-|response-regulator
MPSLLLVDDEPHIIDALKRLFRREKYTLHCAYSAKEGLDILAQQHIDIILSDQRMPSMLGSEFLAKAQAQSPQTLRIILSGYADTKEIINGILNNHIHQFLEKPWRANELREHLRHLINLMDKNQYTQKNQSDNHYTRTAALSFNKNGAIKSINLYFCALLGQKPEHILSAPLTSVINYNQKQLKEILSYVNNHGHWQGKVTLANSTQD
>NZ_CP011849.2|WP_017378005.1|1104018_1104738_-|sulfate-transporter-CysZ
MSGFHYFLNGLNFILTPKMRRYLYLPILLNIILLLVLSYLGVHGIEVITNHVSTSLPHGLHFLRPIATIILSLALITLLVFSFTTLASIIGAPFYSLLCEAVLQKKDHQLPQDNITALIKDMPRLIGRELIKLRYFIIRVMILMILLFIPGINLIVSLLWFIFNCWMQAIQYIDYPMDVLKHPFKQTLKATRQTPLTAMSFGLVCFVCTLIPLLNLIAIPAAVAGGTLLWSERIQPLLK
>NZ_CP011849.2|WP_017378004.1|1104851_1108391_+|chromosome-segregation-protein-SMC
MRLKKIKLAGFKSFVDPMTVELPSQLAAIVGPNGCGKSNIIDAVRWVMGESSAKNLRGESITDVIFSGSSARKPVSQATIELIFDNSQGKLVGPYVSYSEISIKRIVNREAQSSYFLNGTKCRKRDIADVFLGTGLGPRSYSIIEQGMISRVIEAKPEELRVHLEEAAGISKYKERRKETERRIRHTRENLERLGDIREELGKQLSRLHQQAQAAEKYQNFKKEEREVKGQLYIQRWKSLQTQHGQEQKKIQEHEVIVEKQRAGQQHIDASLEKERLALSEASEKLHACQADYYQAGNEVSRLEQQIEHATTRIRETGQEMARLNTSLEKARSELAADEQQKVLLSAQEEALEPETELLQNAVDEAALSAEEAEVSYRQLEKERESLLQQVALCRQEAEVEQTRIRHMEEQGQRLQQRLERLRAETHNSDLISLEVGLEDVQGQQRELEEKEQELQLGAEEQQQRLIQQRQLIEQQRKGLEQQRGELHPLKGRLASLEALQQAALFDVNADSASSVKTWLETQGLIASKQLAQSLRVQEGWETAVETVLGDNLQALYTPGYQVNACVAELEMSLICIDQPLALNVNTQVAQGHENQAGILKLTDVIEPGESLPSQLQHVYLAEDLLAALRIRSELKSYESVVTVDGLWLGVNWLKVTKRDDSQSGVIAREKELMTLRQQELALEESICLHEEQLSQSQEVLMQVEAQVKSVQQQAQALQRELAEVKARVSGRLAHIEQVRARLAVVEHELSEALELFNEEQEEIKIARQRLEIAVEKMAELELQRQALESGRVEASRTTQEARQQLESLKSQYQQKQMQLQRVQSEQAGIKAALQRLEELLGRDKVRLVELEQSRIGLEEPLEEQRMLLDEQLERQLSFEDRLKTVKDQAQAHENQVRTFEKQLHEQMNQVAHAREALEQGRMQAQELFIRRQSVEEQLVEAGFQLRGLLEIYQEGCDVKELETALEDIGRRIQRLGVINLAAIDEYAGQSERKVYLDAQHDDLTEALDMLEAAIRKIDKETRTRFKETFDEVNGHFKLLFPKLFGGGSATLELIGEDLLEAGVALMAHPPGKRNSTIHLLSGGEKALTAAALVFAIFQLNPAPFCMLDEVDAPLDDANVGRFCRLVEEMSESVQFIFISHNKIAMEMADQLVGVTMREPGVSRLVAVDIEKALEMAEE
>NZ_CP011849.2|WP_017378003.1|1108457_1109288_+|hypothetical-protein
METFLKVLVLLVGILLVWVFIWEGLRRLKVWRIRKWGVKRPLQMRSGDPLAEDDIVDDVTDRQNTEDNQQNQSQHDRQADTVSARAPEPNHIILNIYIESKSTGFLAYALFSLLKRSGLIFNDELQVFEAKNEQGEVDFYITSAVAPGVFDIKNAMVSIPAVSVFARPDLQTNPRMSFFKLLESTHTIASELDGRVLNMRREILSEASVSADYLSVVNTYAVAESTAAALSASNSTSIVVDESMQDDNHVYQENESHVIADTRVDADSNKDQHVAG
>NZ_CP011849.2|WP_027243145.1|1111328_1112384_+|protease-SohB
MITQLLADYGLFLIKTATLVAAILIVFSGLLALAMKNRLAKQKGSLEVEKLNDHYDDLKETIEIEVLDKKELKALEKERRKEEKQERKDKKKNKSKETETDDEDAASAARIFVLDFDGDIEASAVHALREEVDALLTFINEKDEVVVRLESPGGMVSPYGLAASQLARFRSKGVKLTIAVDQVAASGGYLMACVADRVIAAPFAVLGSIGVVFQMPNFHRVLKKHDVEYEQLTAGDYKRTLTMFGKNTKEGREKLQEELEDIHYLFKNFVGEYRPQLDIDKVATGEHWFGQRALELNLVDELITSDDYLLSRADEHDIYSVNYMEKQTLADRLGIMARALLGKLATAGVKR
>NZ_CP011849.2|WP_017377998.1|1112394_1112925_+|7-cyano-7-deazaguanine-synthase
MQRKAIVLLSGGGYSSLCLYLARSQGYLPYALSLDIPKRHFQLDSAQQFARDVGVAEHQVIAMNENSLSDSKALTYYSSLLSFAVNWAQELSAQDIFIGLHPSAEHTLEYMVEWLQSYQELINLSSTTAIRIQTPLLFMSDKKREQTAEQFNLKLPEPVSKLKSKKKKFIQRIFSE
>NZ_CP011849.2|WP_017377997.1|1112959_1113409_-|hypothetical-protein
MADFQSIVLPKRQDLCYFASMKQDQGLLDPKNLTPSEAATASVGTAFDDKLAQLLNLPEHSLLKQEICPKDDNVLPKDIWNYALFKKKSEGKEGFFNQASRKQDNENKKLFSKPGDGSQMLMYLSHLKKQQVLGQPSSPSLDDLNQLLN
>NZ_CP011849.2|WP_174872552.1|1113528_1113834_-|transposase
MQRLIRHIPTKSFKMIRYYGFLSFRTRGKLLPTIYKLLDQTVEPVKKITYASLLKGFINTDPFECILCGSKMLLTGGRPKQRLSVIMKHHKALATMQLIKF

Crispr_ID: NZ_CP011849_2

• CRISPR_ID: NZ_CP011849_2
• CRISPR_location: 1654673-1654782
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 1 spacers

Consensus repeat of NZ_CP011849_2

Consensus_repeat	Method
TATCTTTAAGTTGCTCCCAATCTCCT	CRISPRCasFinder

spacers of NZ_CP011849_2

>2.1|1654699|58|NZ_CP011849|CRISPRCasFinder
CGAGCTAATTTGATATCGGAACGATAAAGGGCGATAATGGCTGTTTGAAGGATAGAGC

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NZ_CP011849_2

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NZ_CP011849_2

>merge|NZ_CP011849|2|1654673-1654782|CRISPRCasFinder
TATCTTTAAGTTGCTCCCAATCTCCTCGAGCTAATTTGATATCGGAACGATAAAGGGCGATAATGGCTGTTTGAAGGATAGAGCTATCTTTAAGTTGCTCCCAATCATCC

>NZ_CP011849|2|2|1654673-1654782|CRISPRCasFinder
TATCTTTAAGTTGCTCCCAATCTCCT	CGAGCTAATTTGATATCGGAACGATAAAGGGCGATAATGGCTGTTTGAAGGATAGAGC
TATCTTTAAGTTGCTCCCAATCATCC

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NZ_CP011849.2|WP_174872546.1|1656646_1656976_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377437
NZ_CP011849.2|WP_017375696.1|1646793_1647177_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_027242578.1|1652168_1652705_+|DUF2062-domain-containing-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|378263
NZ_CP011849.2|WP_171824204.1|1655464_1655641_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_027243098.1|1659049_1660195_+|carboxypeptidase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|349453
NZ_CP011849.2|WP_036774017.1|1648428_1649304_+|IS982-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|372648
NZ_CP011849.2|WP_144420681.1|1649649_1649835_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_017376785.1|1653167_1654073_-|LysR-family-transcriptional-regulator	unknown	unknown	gnl|CDD|182768
NZ_CP011849.2|WP_162038665.1|1650849_1652061_-|ComEC/Rec2-family-competence-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377126
NZ_CP011849.2|WP_017376787.1|1655789_1656218_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|270910
NZ_CP011849.2|WP_027243097.1|1660260_1660446_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_048876008.1|1649878_1650853_+|IS30-family-transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|225382
NZ_CP011849.2|WP_155046588.1|1656175_1656385_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_027243096.1|1660481_1661114_-|MarC-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|225006
NZ_CP011849.2|WP_155046590.1|1649305_1649470_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_162038664.1|1647919_1648138_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown
NZ_CP011849.2|WP_174872552.1|1656979_1657285_+|transposase	unknown	unknown	gnl|CDD|377437
NZ_CP011849.2|WP_027243099.1|1657500_1658814_-|DEAD/DEAH-box-helicase	unknown	unknown	gnl|CDD|236722
NZ_CP011849.2|WP_162038663.1|1647192_1647993_-|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	unknown	unknown	gnl|CDD|225212
NZ_CP011849.2|WP_144420683.1|1661290_1661947_+|hypothetical-protein	unknown	unknown	unknown

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NZ_CP011849.2|WP_174872546.1|1656646_1656976_+|transposase	gnl|CDD|377437	pfam04986, Y2_Tnp, Putative transposase. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases IS1294 and IS801. This is a rolling-circle transposase.	3.7795e-18
NZ_CP011849.2|WP_027242578.1|1652168_1652705_+|DUF2062-domain-containing-protein	gnl|CDD|378263	pfam09835, DUF2062, Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2062). This domain, found in various prokaryotic proteins, has no known function.	2.12897e-42
NZ_CP011849.2|WP_027243098.1|1659049_1660195_+|carboxypeptidase-family-protein	gnl|CDD|349453	cd06234, M14_PaCCP-like, Peptidase M14-like domain of ATP/GTP binding proteins and cytosolic carboxypeptidases similar to Pseudomonas aerugnosa CCP (PaCCP). A bacterial subgroup of the Peptidase M14-like domain of Nna-1 (Nervous system Nuclear protein induced by Axotomy), also known as ATP/GTP binding protein (AGTPBP-1) and cytosolic carboxypeptidase (CCP)-like proteins. This subgroup includes PaCCP from Pseudomonas aeruginosa, a carboxypeptidase homologous to M14D subfamily of human CCPs. Structural complexes with well-known inhibitors of metallocarboxypeptidases indicate that PaCCP might only possess C-terminal hydrolase activity against cellular substrates of particular specificity. The Peptidase M14 family of metallocarboxypeptidases are zinc-binding carboxypeptidases (CPs) which hydrolyze single, C-terminal amino acids from polypeptide chains, and have a recognition site for the free C-terminal carboxyl group, which is a key determinant of specificity. Nna1-like proteins are active metallopeptidases that are thought to act on cytosolic proteins (such as alpha-tubulin in eukaryotes) to remove a C-terminal tyrosine. Nna1-like proteins from the different phyla are highly diverse, but they all contain a unique N-terminal conserved domain right before the CP domain. It has been suggested that this N-terminal domain might act as a folding domain.	9.10914e-164
NZ_CP011849.2|WP_036774017.1|1648428_1649304_+|IS982-family-transposase	gnl|CDD|372648	pfam13612, DDE_Tnp_1_3, Transposase DDE domain. Transposase proteins are necessary for efficient DNA transposition. This domain is a member of the DDE superfamily, which contains three carboxylate residues that are believed to be responsible for coordinating metal ions needed for catalysis. The catalytic activity of this enzyme involves DNA cleavage at a specific site followed by a strand transfer reaction.	3.54754e-84
NZ_CP011849.2|WP_174872552.1|1656979_1657285_+|transposase	gnl|CDD|377437	pfam04986, Y2_Tnp, Putative transposase. Transposases are needed for efficient transposition of the insertion sequence or transposon DNA. This family includes transposases IS1294 and IS801. This is a rolling-circle transposase.	1.48113e-05
NZ_CP011849.2|WP_017376785.1|1653167_1654073_-|LysR-family-transcriptional-regulator	gnl|CDD|182768	PRK10837, PRK10837, putative DNA-binding transcriptional regulator; Provisional.	3.43302e-86
NZ_CP011849.2|WP_027243099.1|1657500_1658814_-|DEAD/DEAH-box-helicase	gnl|CDD|236722	PRK10590, PRK10590, ATP-dependent RNA helicase RhlE; Provisional.	0
NZ_CP011849.2|WP_017376787.1|1655789_1656218_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|270910	cd14008, STKc_LKB1_CaMKK, Catalytic domain of the Serine/Threonine kinases, Liver Kinase B1, Calmodulin Dependent Protein Kinase Kinase, and similar proteins. STKs catalyze the transfer of the gamma-phosphoryl group from ATP to serine/threonine residues on protein substrates. Both LKB1 and CaMKKs can phosphorylate and activate AMP-activated protein kinase (AMPK). LKB1, also called STK11, serves as a master upstream kinase that activates AMPK and most AMPK-like kinases. LKB1 and AMPK are part of an energy-sensing pathway that links cell energy to metabolism and cell growth. They play critical roles in the establishment and maintenance of cell polarity, cell proliferation, cytoskeletal organization, as well as T-cell metabolism, including T-cell development, homeostasis, and effector function. CaMKKs are upstream kinases of the CaM kinase cascade that phosphorylate and activate CaMKI and CamKIV. They may also phosphorylate other substrates including PKB and AMPK. Vertebrates contain two CaMKKs, CaMKK1 (or alpha) and CaMKK2 (or beta). CaMKK1 is involved in the regulation of glucose uptake in skeletal muscles. CaMKK2 is involved in regulating energy balance, glucose metabolism, adiposity, hematopoiesis, inflammation, and cancer. The LKB1/CaMKK subfamily is part of a larger superfamily that includes the catalytic domains of other STKs, protein tyrosine kinases, RIO kinases, aminoglycoside phosphotransferase, choline kinase, and phosphoinositide 3-kinase.	0.00315648
NZ_CP011849.2|WP_048876008.1|1649878_1650853_+|IS30-family-transposase	gnl|CDD|225382	COG2826, Tra8, Transposase and inactivated derivatives, IS30 family [DNA replication, recombination, and repair].	1.65717e-79
NZ_CP011849.2|WP_027243096.1|1660481_1661114_-|MarC-family-protein	gnl|CDD|225006	COG2095, MarC, Multiple antibiotic transporter [Intracellular trafficking and secretion].	1.76545e-45
NZ_CP011849.2|WP_162038665.1|1650849_1652061_-|ComEC/Rec2-family-competence-protein	gnl|CDD|377126	pfam03772, Competence, Competence protein. Members of this family are integral membrane proteins with 6 predicted transmembrane helices. Some members of this family have been shown to be essential for bacterial competence in uptake of extracellular DNA. These proteins may transport DNA across the cell membrane. These proteins contain a highly conserved motif in the amino terminal transmembrane region that has two histidines that may form a metal binding site.	1.76155e-43
NZ_CP011849.2|WP_162038663.1|1647192_1647993_-|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2	gnl|CDD|225212	COG2333, ComEC, Predicted hydrolase (metallo-beta-lactamase superfamily) [General function prediction only].	3.63401e-72

Protein sequences

>NZ_CP011849.2|WP_017376785.1|1653167_1654073_-|LysR-family-transcriptional-regulator
MSVKITLRQLEIFVAISQHGHVTQAANSLYLSQSAVSMALAELERQLGKTLFDRAHKNLQLTNEGRLLLDKAVSLMQQAREVEQLFESDVQGELVVGASSTVGNYMLAGLMSEYLQKYPQLRLRLEISNTRRSQEKLLDYQFDCAFVEGEVTHADIKRQLWCMDEMLLIVAPTHPLAYKGLVEASDLSKAVWVLREQGSGTREFFNRRVLPELTYAQVCLELSDSTAIVQSVETGVGVSCLSRHVVECALREKRLAKLPYERKLERAFYLLIHKKKHIPALVHHFIDFCYQYIGKNNNYSL
>NZ_CP011849.2|WP_027242578.1|1652168_1652705_+|DUF2062-domain-containing-protein
MFNWFKKKIPTRESLQDHKILAKLYHLLHYHYLWHFNRHSVSKAIAIGSFFAFIPVPFQMIPAALCALVFRANVGISIATVWISNPITIPPMIYAAYKLGSWMIGHPGFIISLEQPHDIIHLLSQSWPPFLLGCITLSITFSLVNYIIARLFYRLWIIHKWHKNREKHKQANTTKKER
>NZ_CP011849.2|WP_162038665.1|1650849_1652061_-|ComEC/Rec2-family-competence-protein
MCYFIKSKHKAKLLCCLGLGGLWAIIIIFWQDYLHLDDFVLNQVVVITGNVVSIPEHDTRKVCFLFLIESINHQPLWPARQVRLNWYRFKQKKQQVLKAGESWQFQVKLRAPFGLENFIGFNYRRWLYQHSIQATGLVIDRYGKKGINRKLSSSHVFNLQQYRQKIAWFLERIDLHNTALIKALVLGERAEVKRSVRNLLQQTGTAHLLAVSGLHIGLIVTFTFFLIRGVLLWAPGMSRKYKSSGYALFIAAIVSLLVALCYSALAGFSVATLRACLMTVCVLLAFLCRRVVPIWALYQYALVGVVILFPLSVLSIGFWLSFLSVGVLIFVCAGRLTQTKLQKYLKPQWALLIALAPLSLAYFFNMPLIGLLANLVAIPWVGFLVLPLLLFALRHLKCNTTLY
>NZ_CP011849.2|WP_048876008.1|1649878_1650853_+|IS30-family-transposase
MVYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKSITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
>NZ_CP011849.2|WP_144420681.1|1649649_1649835_-|hypothetical-protein
MNMNSLLSVALQMTEGVLGLIFIPLSNELSWVLFHCADLQITWLINRCEPWSAKHGVSRPR
>NZ_CP011849.2|WP_155046590.1|1649305_1649470_-|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYGITLFRPLAALYTTLLWCANINFIGFFFFNVSSI
>NZ_CP011849.2|WP_036774017.1|1648428_1649304_+|IS982-family-transposase
MDLTLISLFCVIDDFCQELLPQWNAILLEDTNKKRNKPSQMSTSEIMTIMIYFHKSNYRNFKMYYLHVIKGSMVKYFPNSVSYNRFVELMPSILLPLCFFIAAQGKTATGIYFVDSTILRVCHEKRASQNRAFKGLAKKSKSTMRWYYGFKLHIIVNDMGELMAFKMSKATTDDRVVLPKMAENLTGKIIGDKGYISQKLFDQLYEKGLQLITKIRKNMKNKLVLMIDKILLRKRGIIESVFDQLKNISQIEHSRHRSADNFMVNIVAGLAAYCLQEKKPSLGIKYNLLNG
>NZ_CP011849.2|WP_162038664.1|1647919_1648138_-|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYVLLMSNSRFFRYVNLINAAWFPWAVVRACDDVGSLGLRTKTCYAGSCICAST
>NZ_CP011849.2|WP_162038663.1|1647192_1647993_-|DNA-internalization-related-competence-protein-ComEC/Rec2
MTMLVPWVYALRPVTPDHAFVRVLDVGQGLAVIVKTHHHNLVYDVGNKTKSGFDLGQMVVVPNLYALGIQHIDKLVISHIDSDHSAGLASVLAAYPKTPIVSSSPLLPYTKIQACVAGDRWLWDGVTFEFLSPAYPFPYGRNNQSCVLKVSINEEGSSMLLTGDIEKRQEKKLLLQAPLSLKSDILFAPHHGSNSSSTSPFIKAVSPHTVIISAGRYNAYRLPHVKVLHRYQSQHIAILNTGQVGAIDFQLSGNKEPLFTFAGAGV
>NZ_CP011849.2|WP_017375696.1|1646793_1647177_+|hypothetical-protein
MTINKRDFFDAINYADTAVKIHEYLLNTLEKQQKDFAESCNNDNSSEKSKALASISDVELRFAQLDMLSAIYRKVLLNTLNEIEGCNDQELKTIKNGLLHMVATTLEACVNDFTIEAKITIDIKEEQ
>NZ_CP011849.2|WP_171824204.1|1655464_1655641_+|hypothetical-protein
MRIFSVYHFQIDNQINQFLNRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
>NZ_CP011849.2|WP_017376787.1|1655789_1656218_-|hypothetical-protein
MPRIIWDSEEQRALEWNIANDKLVAEPNGAKLKRADKKEPIDYTDSNGLVVNLSHSFIKIGDKVLAMAGQGKYLGDGGFGKVKLAEDESGHLYVLKIGHNRGDISGVEKYILKDLKLYQGDAKRIDQPKEMVALHSLRAMEC
>NZ_CP011849.2|WP_155046588.1|1656175_1656385_-|hypothetical-protein
MLGDFASLDVQNTYRGSDAYEINNILILFSYLFGAILKLTFPSYYNFLAKLRSHTICQELYGIQKSKEP
>NZ_CP011849.2|WP_174872546.1|1656646_1656976_+|transposase
MPMWRFSIVNLLRTAYKTGKLVIPHQYQNHITDLTSFNRFINPEYNKLWHVHFAKAQPSHHQNVDYLGRYLKRPPLSNSRLLHYDGKEVIFRYIDRKTGKQEKHTSTTF
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MQRLIRHIPTKSFKMIRYYGFLSFRTRGKLLPTIYKLLDQTVEPVKKITYASLLKGFINTDPFECILCGSKMLLTGGRPKQRLSVIMKHHKALATMQLIKF
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MSFSSLGLSAPLLDAITEQNYKEPSAIQAQAIPAVLSGRDVMAAAQTGTGKTASFTLPLLERLSKGEQVRANQARALVLTPTRELAIQVAESVAVYGKNMPLRSTAVFGGVKINPQMMRLRRGVDILVATPGRLLDLYSQNAIKFKQLEVLVLDEADRMLDMGFIHDLRKIMALLPKQRQNLLFSATFSKEIRALAKTFVHQPLEISVTPRNTTAKTVKQWICPVDKKQKSALLMHLISHHQWQQALVFSKTKHGANRLARYLDDQGVTAAAIHGNKSQGARTKALADFKQGEVRILVATDIAARGLDIDQLPQVVNFDLPNVPEDYVHRIGRTGRAGACGQAVSLVSADEIKQLSDIEHLIGQLLARKLVDGFEPVHDVPVSSLDRRSKAPKKPEIEHQGGQRLGGSMQGKRREDHRNSQQQPGRKRRRPQLCRSK
>NZ_CP011849.2|WP_027243098.1|1659049_1660195_+|carboxypeptidase-family-protein
MRISSQFDAGNIEVISAEAVNNIQLKIRKDNQSDFLQWFHFRLHGAKNQACTLKILNASACSYPQGWQNYNIVASYDKEHWFRIPSHYDGKTLIVEHTPEANSIYYAYFTPYSYERHQELIGHAQQHSQCEVSLLGQTVDGRDLDLLTLGQLDQSNSDHHHKKKIWLIARQHPGETMAEWFIEGFLGALLDESNALARVLLSKAVFYVVPNMNPDGSVRGNLRTNAAGANLNREWQTPSMTKSPEVYYVKEKMQNTGVDLFLDIHGDEALPYNFVVGTEGNPLYSARIHSLEKQFKDAFKQTNPDFQDQYGYDKDQPGQANLTVACNNIGQTFDCLAFTIEMPFKDNADLPCKEFGWSAERSEQLGASVLQPIYNVIDQLR
>NZ_CP011849.2|WP_027243097.1|1660260_1660446_+|hypothetical-protein
MFDMSELSRPENKWDIFKNSKGQWQWSCSDPNGRFLGASTETFDNEESCVANAREQGYSSE
>NZ_CP011849.2|WP_027243096.1|1660481_1661114_-|MarC-family-protein
MHELITFFITLLALTNPFGNLAIFIGLVEGRDVKEQRGIAFKAGIAVAIILMIVTLFGQNILDFFGISIGAFEVAGGLVILLLGLSMLNMKTEHQPHTKSEHTLAEEKPAIAVVPLAMPIIAGPGALAAVIIHTQSHVADRLFAKLPYVGVDIVIAVVVTAVLLFAPFFHKLLGVAGLKIVERIMGLILMAMAVTMMASGVHSLFPVPAA
>NZ_CP011849.2|WP_144420683.1|1661290_1661947_+|hypothetical-protein
MLKACSVPTMQLHADYDTETKKSHYSPLGDLRIQRFFDGRPNIQKTALKRYFKKKLPSGIFSGKTQPELSTYLQTTMRTIGQENGSNAPHSTQHYVITGIIQSIQVSKKPGVAKELMNPNAQYTPYIGASHYHAQVKFKAELRQAGLIILTVPVSINLFEITASHLTVQQDSDKMAYLLKKAINQAIKTMYKKLHQQLPQQSTMTSIKKLSQINRLHP

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3092 : 56492	53	Escherichia_phage(28.57%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_2	191890 : 322841	112	Acinetobacter_phage(11.76%)	tRNA,tail,protease,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	330807 : 384219	50	Staphylococcus_phage(57.14%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_4	441216 : 667295	221	Acinetobacter_phage(17.54%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_5	678046 : 710648	30	Staphylococcus_phage(50.0%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_6	746098 : 887600	114	Staphylococcus_phage(16.67%)	transposase,protease,tRNA,integrase	attL 871220:871279|attR 887376:887872
DBSCAN-SWA_7	892062 : 1032065	117	Staphylococcus_phage(20.0%)	transposase,protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_8	1037916 : 1103031	60	Bacillus_phage(25.0%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_9	1111328 : 1153386	41	Acinetobacter_phage(33.33%)	transposase,protease	NA
DBSCAN-SWA_10	1193858 : 1229746	32	uncultured_Mediterranean_phage(36.36%)	transposase,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_11	1239492 : 1299769	50	Escherichia_phage(20.0%)	transposase	NA
DBSCAN-SWA_12	1360372 : 1400778	38	Tupanvirus(22.22%)	transposase,tRNA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

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MKHSIPISKIMNTDLITVNENNKFSELRSIMEKNGINHLPVMENRKITGIISYKDVLKTSFSDRYTNQQESDQLLDYSMAITDFMTKELFTIKETDTVKHATQMLVEKKFNALPVVDNNANLVGIITLHDLLVFLLDQY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017378478.1|3092_4472_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis GTPase MnmE	NA	NA	NA	NA
WP_017378479.1|4586_6479_+|tRNA	tRNA uridine-5-carboxymethylaminomethyl(34) synthesis enzyme MnmG	NA	NA	NA	NA
WP_017378480.1|6526_7153_+	16S rRNA (guanine(527)-N(7))-methyltransferase RsmG	NA	NA	NA	NA
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WP_027242747.1|8089_8980_+	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	I3NLC2	Bifidobacterium_phage	6.7e-14	31.8
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WP_016209328.1|10364_10769_+	F0F1 ATP synthase subunit C	NA	NA	NA	NA
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WP_016209339.1|14307_15699_+	F0F1 ATP synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_017378489.1|15723_16152_+	F0F1 ATP synthase subunit epsilon	NA	NA	NA	NA
WP_027242749.1|16245_17610_+	bifunctional UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase GlmU	A0A0N7G7I9	Chrysochromulina_ericina_virus	3.9e-37	40.9
WP_027242750.1|17666_19502_+	glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)	A7IW18	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	5.8e-121	43.7
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WP_017378498.1|22678_23335_-	2OG-Fe dioxygenase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_174872529.1|25206_26073_-	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376303.1|26017_26731_-	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	2.2e-28	36.0
WP_027242752.1|26922_27555_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_174872552.1|27719_28025_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_174872530.1|28028_28691_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_080999959.1|28615_28855_-|transposase	transposase zinc-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|29289_30693_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017376724.1|32382_32595_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063559.1|32841_33261_+	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036816796.1|33358_33805_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242563.1|34149_35148_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929590.1|35180_35534_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929591.1|35578_35851_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_016211294.1|41451_41793_+	prokaryotic cytochrome C oxidase subunit IV family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_075275379.1|53110_53329_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP011849|191890:322841|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017377604.1|191890_193873_+|protease	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH	G9E4U6	Ostreococcus_lucimarinus_virus	1.0e-115	41.1
WP_026063651.1|194088_195426_+	phosphoglucosamine mutase	NA	NA	NA	NA
WP_017377606.1|195692_198362_+	pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring), homodimeric type	NA	NA	NA	NA
WP_017377607.1|198385_200302_+	dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_026063653.1|200471_201893_+	dihydrolipoyl dehydrogenase	A0A2K5B2C5	Erysipelothrix_phage	3.1e-45	28.1
WP_017377609.1|202037_203012_+	phospholipase A	NA	NA	NA	NA
WP_027242692.1|203021_203321_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377612.1|203438_203660_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377613.1|203823_205485_-	chaperonin GroEL	A0A2I7SAK5	Vibrio_phage	7.7e-181	64.5
WP_016209850.1|205557_205848_-	co-chaperone GroES	A0A221S322	uncultured_virus	3.3e-15	42.6
WP_017377614.1|206074_206530_+	type II 3-dehydroquinate dehydratase	NA	NA	NA	NA
WP_017377615.1|206594_207059_+	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242691.1|207150_208497_+	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017377618.1|208496_209402_+	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017377619.1|209463_210450_+|tRNA	tRNA dihydrouridine synthase DusB	NA	NA	NA	NA
WP_016209851.1|210442_210685_+	Fis family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_017377620.1|210803_212348_+	bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase	Q58MG4	Prochlorococcus_phage	1.6e-63	46.9
WP_017377621.1|212394_213681_+	phosphoribosylamine--glycine ligase	NA	NA	NA	NA
WP_017377622.1|213723_215127_+	aminopeptidase P family protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NZ_CP011849|330807:384219|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NZ_CP011849|441216:667295|DBSCAN-SWA
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MKIADLKRSFTPVLDMMIQFSQGQDGSLNWRRQYNLSCEQDLFQAKEELLLPFLKNLRCTNQTPSKHA

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017378374.1|455275_456262_+	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)	K7Y9E1	Megavirus	2.2e-42	34.2
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WP_017378381.1|463207_465139_+|tRNA	threonine--tRNA ligase	A0A2K9L297	Tupanvirus	3.1e-117	36.0
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WP_017378389.1|472975_473917_-	hypothetical protein	A0A068C8G6	Acinetobacter_phage	1.7e-20	26.5
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WP_162038649.1|666139_667295_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	4.4e-50	39.0

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NZ_CP011849|678046:710648|DBSCAN-SWA
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MSNLRHTFGDFYISRQQYSGSKKFQIALEAIKGKETIAALSTKHGIAPTLISKWKKDLLERGCELFEKGYKTSDVCLEHERDQLFKKVGELSLEVDYLKKGFASI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377716.1|679337_680801_+	4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017377715.1|680803_681856_+	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein	M4QRZ2	Synechococcus_phage	3.1e-10	41.1
WP_017377714.1|681845_682301_+	arginine repressor	NA	NA	NA	NA
WP_017377712.1|682993_683305_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927332.1|683434_684217_+	lipoprotein	NA	NA	NA	NA
WP_144420768.1|684229_685165_-	EamA family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377709.1|685296_685500_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242901.1|685840_686530_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875919.1|686556_686874_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017377706.1|686891_687104_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162038649.1|687128_688284_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	4.4e-50	39.0
WP_146619445.1|688890_689196_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_174872535.1|689442_690150_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075275277.1|690074_690314_-|transposase	transposase zinc-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771325.1|692394_693369_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_027242902.1|693493_694930_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB	NA	NA	NA	NA
WP_017376308.1|695009_696470_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA	NA	NA	NA	NA
WP_017376309.1|696590_696878_-|tRNA	Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC	NA	NA	NA	NA
WP_016210526.1|697075_698119_+	rod shape-determining protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376312.1|699029_699548_+	rod shape-determining protein MreD	NA	NA	NA	NA
WP_017376313.1|699617_700235_+	septum formation inhibitor Maf	NA	NA	NA	NA
WP_026063524.1|700244_701732_+	ribonuclease G	NA	NA	NA	NA
WP_048875921.1|701741_704582_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157894721.1|704671_705421_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376318.1|705494_706304_+	3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376319.1|706303_706984_+	histidine phosphatase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|707608_708583_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
WP_048875923.1|708625_709621_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|709673_710648_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9

Sequences of DBSCAN-SWA_6

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_6

>NZ_CP011849|746098:887600|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_7

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_7

>NZ_CP011849|892062:1032065|DBSCAN-SWA
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MAKEENIEMEGTVLETLPNTMFRVELENGHVITAHISGRMRKNYIRILTGDKVKVEMTPYDLSKGRIIFRGNDRKSQSSPR

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_048875954.1|1029257_1030013_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_036771709.1|1031303_1032065_-|tRNA	leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_8

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_8

>NZ_CP011849|1037916:1103031|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376087.1|1043800_1044175_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376088.1|1044274_1045552_+|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A2I2L577	Orpheovirus	3.6e-21	24.8
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WP_017377891.1|1067983_1068505_+	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC	G3MA90	Bacillus_virus	2.0e-10	34.2
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WP_017377889.1|1069183_1070194_+	Holliday junction branch migration DNA helicase RuvB	B3GAM6	uncultured_virus	6.9e-07	30.8
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WP_017377887.1|1071045_1071477_+	protein TolR	NA	NA	NA	NA
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WP_048875959.1|1072633_1073986_+	Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB	NA	NA	NA	NA
WP_017377882.1|1074021_1074663_+	OmpA family protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420778.1|1074735_1075635_+	tol-pal system protein YbgF	NA	NA	NA	NA
WP_027242836.1|1075637_1076285_+	7-carboxy-7-deazaguanine synthase QueE	J9PV61	Bacillus_phage	1.6e-36	38.6
WP_027242835.1|1076335_1077139_-	PhoH family protein	A0A0E3G5H5	Synechococcus_phage	6.8e-42	43.1
WP_017377879.1|1077320_1077536_+	SlyX family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377878.1|1077539_1077773_-	exodeoxyribonuclease VII small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017377877.1|1077834_1079427_-	exodeoxyribonuclease VII large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017377874.1|1080559_1081327_+	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_017377873.1|1081742_1082462_+	gamma-glutamylcyclotransferase	NA	NA	NA	NA
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WP_048875961.1|1101627_1103031_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_9

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_9

>NZ_CP011849|1111328:1153386|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_10

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_10

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MYKLSATAVIFILSSVLLIMTVPFAYSLALTGDKIKVCAGNWPPIMFQKDDNSPME

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_051929562.1|1193858_1194563_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771332.1|1194813_1195788_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.3e-30	33.2
WP_017376395.1|1196674_1199401_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|1199924_1200899_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
WP_017376397.1|1201096_1202578_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_016209947.1|1203037_1203700_+	carbonic anhydrase	NA	NA	NA	NA
WP_017376398.1|1203941_1205174_-	multidrug effflux MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017376399.1|1205330_1208102_-|tRNA	valine--tRNA ligase	A0A1V0SK04	Klosneuvirus	6.9e-150	39.4
WP_017376400.1|1208170_1208614_-	DNA polymerase III subunit chi	NA	NA	NA	NA
WP_017376401.1|1208766_1210239_-	leucyl aminopeptidase	Q6GYZ8	Mycoplasma_phage	1.8e-43	30.2
WP_017376402.1|1210350_1211412_+	LPS export ABC transporter permease LptF	NA	NA	NA	NA
WP_027242800.1|1211408_1212443_+	LPS export ABC transporter permease LptG	NA	NA	NA	NA
WP_017376405.1|1212445_1213486_+|tRNA	tRNA preQ1(34) S-adenosylmethionine ribosyltransferase-isomerase QueA	NA	NA	NA	NA
WP_026063528.1|1213670_1214786_+|tRNA	tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt	A0A1B1IVQ4	uncultured_Mediterranean_phage	2.2e-94	49.2
WP_017376407.1|1214824_1215178_+	preprotein translocase subunit YajC	A0A1B1IVR5	uncultured_Mediterranean_phage	1.1e-07	46.5
WP_017376408.1|1215198_1217067_+	protein translocase subunit SecD	NA	NA	NA	NA
WP_017376409.1|1217088_1218033_+	protein translocase subunit SecF	A0A1B1IVP7	uncultured_Mediterranean_phage	2.4e-38	35.2
WP_017376410.1|1218266_1218545_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209938.1|1218907_1219546_-	transglycosylase SLT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376411.1|1219520_1220945_-	aminodeoxychorismate synthase component I	A0A0B5J984	Pandoravirus	3.9e-40	33.4
WP_017376412.1|1221145_1221823_+	M15 family metallopeptidase	NA	NA	NA	NA
WP_027242801.1|1221943_1223218_+|tRNA	serine--tRNA ligase	A0A1B1IVT2	uncultured_Mediterranean_phage	1.7e-90	50.9
WP_017376414.1|1223285_1224041_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376415.1|1224092_1225010_+	TIGR01777 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376416.1|1225144_1225315_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420654.1|1225434_1226214_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376231.1|1226266_1226554_+|transposase	IS3 family transposase	A9YX41	Burkholderia_phage	2.2e-06	37.2
WP_051929627.1|1226613_1226964_+|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046603.1|1227157_1227310_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_080999981.1|1227237_1227711_+|transposase	IS3 family transposase	U5P429	Shigella_phage	2.9e-32	48.0
WP_048875973.1|1227723_1228359_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036773947.1|1228870_1229746_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_11

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_11

>NZ_CP011849|1239492:1299769|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP011849|1239492:1299769|1298514_1299489_-|WP_036771330.1|transposase|DBSCAN-SWA
MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MNFPELSNFINIYFNQLPTFEIDRIKINIKLNQQNKNNISSTLSQEFYINTIPFTNTSSEHALPIDVQGFRETYPIIHPNIQGKFQLSAIKKAYYKEHGKTIDLLPKHLTADNLPSYELIQQFTGEGYSELRFHFYENLIQPRTVFIDADWFQLDHFRISDLKLSFYNRSEDYFKIKPVSSQPTILSNERLKVTELIELANIKNHRIIKYDDLKLIISSLVPKHSIFHKAIQHIENISVINNNNFYNYSIETFSLIPEQKVVLQILLSHIQCLLQQLLPVGSQIKLSLKSN
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MLSTPWLAATEQVSKYQNHSFINNIALQQWSTIVRNARISQAISQFINDNSRLNADQVLFGRQNAFTPIELNELNAGRFIITGQYQIPGNYTALAFKTTLQPTLNQYQQLINQLSAAGVSTMALQEFITSILNNYAKTYLNYYSNLLKSFNYKINSISDLKLLLMELTSINSPLRHLIKVVDINTNLPSKDKQLSFMLPVISHFNSLHSLLNNQGLTNSNYETYTMILSGIYQSIIQNTQISTANHNNNTNINAASSSLSKQLSTVGHMALDIYTKDTNSYLEITKNWLKNVGIPDDLTPLFKKPILALYNLGIQQVQAQLISVWNQQITPILYTLTSKFPFSMDSKSPVEIAELTTKIGPNGQFWNLFKQNFKPFLIANGNQWQTRDIDYGSIIIPANILYTINAVTHLRHTLWNQQGEPQAIHYQVLAKQLPTAIINGQNIILSYLTLGNDDVYGINSKPIWKTLDYNWWAPQPTSVGLETADHKYHSYDVFDANWGLFNILNKGDSQNGHTWNWSLPIGPSVVDIHFKFKANPWDLFHINQESNTI
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MARGELLRKEGLYSSRISTWKKERETGKLGGKYKNKSDKKMKLLSQENIRLKKKLAQAEAIIDLQKKVSDLLGEHILPTELSESN
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MKDKKQYKRYSTAFKEEAVALVTEQGYSAQQAADAVGVRTNMIYRWKDQHDKEANSTLTPDENALRHLKCNTQ
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MKVSRSAFYAWDKRPAKVISIEELQLYRRCKELFKESRGSLGSRMMAYKLMALP
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MVKRKRFKKNQPFKWKHYSGEIILWLVRWYGRYALSYRDLKEIAAERGLEIERSTICRWVHEYGSQIAKRLRPHFRQTCASWRLDETLVKIKGRWYYLYRAIDKYGNTLDWMLSRQQNAKAAMRFFKKAIAQPYVKSPRVVNVDKHASFPPAHQKAKDEGLFSSQCKLRRVKYLNNCIENDHKAVKRKSRFRQWYQSLSTARPTIDIMEAMRMVQKGQLRYIKKQNICAQNQLIDKLFGLAA
>NZ_CP011849|1239492:1299769|1285718_1286504_+|WP_017378296.1|DBSCAN-SWA
MSYIELTLDYWQELKNNPEVYKLLIDRAQELQSSDVRFRETMIALNQIGTLSVDDWQLIKENSRLQKSIILLGQIGVNLKADWRMLKEDLSLQKAIIALSQTQMDFKEDWLQLKANVQLRSAVLERDQKLQTAYYPKLKLYEEYCAEYAEDDHPKWLSARRFSQIARMCAKNYLMGQENSFQPLHNSQDEVQALSEHENNLLLRTAGTAALSALGLPLVWGLGKMAVKAVQGQPVQFLFLGATELQKQAESIKLAAPMAID

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017375910.1|1239492_1240221_+|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.1e-43	41.8
WP_017375910.1|1240623_1241352_-|transposase	IS6 family transposase	A0A077SL39	Escherichia_phage	1.1e-43	41.8
WP_075275409.1|1241415_1242243_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_027242802.1|1242424_1242793_-	cell division topological specificity factor MinE	NA	NA	NA	NA
WP_017376425.1|1242789_1243608_-	septum site-determining protein MinD	NA	NA	NA	NA
WP_017376424.1|1243708_1244524_-	septum site-determining protein MinC	NA	NA	NA	NA
WP_017376423.1|1244807_1246868_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420655.1|1246864_1247290_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376421.1|1247475_1248969_-	sodium-dependent transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017376420.1|1249101_1249917_-	exodeoxyribonuclease III	NA	NA	NA	NA
WP_017376419.1|1250012_1250429_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376418.1|1250811_1251351_-	DUF2975 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420656.1|1252267_1252429_-	phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_036772905.1|1255691_1256045_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242803.1|1256253_1257966_+	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	2.5e-25	29.9
WP_027242804.1|1258412_1260266_+	DNA polymerase III subunit gamma/tau	A0A1L2BWV7	Bacteriophage	2.2e-43	40.5
WP_016209821.1|1260368_1260701_+	YbaB/EbfC family nucleoid-associated protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377485.1|1260731_1261328_+	recombination protein RecR	NA	NA	NA	NA
WP_017377486.1|1261324_1262449_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377487.1|1262560_1263208_+	class I SAM-dependent methyltransferase	W8CYT3	Bacillus_phage	1.4e-08	30.8
WP_017377488.1|1263259_1265173_+	molecular chaperone HtpG	A0A1B1ISV4	uncultured_Mediterranean_phage	1.8e-117	38.6
WP_017377489.1|1265377_1266415_+	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242805.1|1266473_1269800_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242806.1|1270506_1271475_-	DNA-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242807.1|1271604_1272093_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036777920.1|1272534_1272768_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036817939.1|1273077_1273266_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375667.1|1273754_1274240_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_169834767.1|1274388_1274541_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275301.1|1274510_1274780_+	TSUP family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377496.1|1274814_1276140_-	ribonuclease HI	G3MB70	Bacillus_virus	1.3e-37	36.3
WP_144420783.1|1276195_1276843_-	TetR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_027242809.1|1277036_1278995_+	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	2.5e-45	28.2
WP_047927313.1|1279138_1282069_+	insulinase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875980.1|1282874_1284278_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017378296.1|1285718_1286504_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378295.1|1286594_1288244_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378294.1|1288388_1289234_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|1289347_1290751_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036774189.1|1291216_1292224_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_098082828.1|1292223_1292481_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_157894727.1|1293014_1293665_-	DotU family type IV/VI secretion system protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378290.1|1293692_1294568_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275303.1|1294703_1295693_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_053093670.1|1295669_1296350_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.1e-43	43.0
WP_144420659.1|1296463_1297243_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875973.1|1297519_1298155_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046582.1|1298151_1298316_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|1298514_1299489_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_017378288.1|1299547_1299769_-|transposase	IS3 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_12

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_12

>NZ_CP011849|1360372:1400778|DBSCAN-SWA
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MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRAKAKQGQAFQQISEEAKMLIHQRLKTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDREQGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017378228.1|1360372_1361293_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-dimethylallyltransferase MiaA	NA	NA	NA	NA
WP_155046600.1|1365456_1365600_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378223.1|1366209_1367028_-	sulfite exporter TauE/SafE family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016211418.1|1367135_1367597_-	YaiI/YqxD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378221.1|1367613_1368537_-	phosphatidylserine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_027242798.1|1368560_1369610_-	small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA	NA	NA	NA	NA
WP_036773431.1|1369789_1370341_+	oligoribonuclease	A0A1B3B0T8	Gordonia_phage	2.4e-14	29.8
WP_017378219.1|1370363_1370834_+|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE	NA	NA	NA	NA
WP_144420785.1|1370943_1372194_+	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase	A0A067ZJB6	Vibrio_phage	1.7e-15	27.4
WP_016211840.1|1372882_1373347_+	DNA starvation/stationary phase protection protein	A0A0A7RTZ1	Clostridium_phage	4.7e-19	32.9
WP_017378214.1|1373785_1375258_+	catalase	A0A2K9L572	Tupanvirus	3.3e-98	46.5
WP_017378213.1|1375374_1375827_+	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_155046599.1|1375951_1376107_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420662.1|1376251_1376455_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378212.1|1376645_1377044_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875983.1|1377229_1377835_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	6.3e-48	49.5
WP_017375549.1|1377843_1378140_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875984.1|1378144_1378681_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875985.1|1378825_1379431_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771639.1|1379474_1380449_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
WP_048875986.1|1380445_1380943_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910640.1|1381350_1381767_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_053856767.1|1381834_1383238_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075275305.1|1383234_1383855_-	MFS transporter	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|1384126_1385101_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
WP_036773538.1|1385265_1385889_+	TetR/AcrR family transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_017376442.1|1385885_1387826_-	ATP-binding cassette domain-containing protein	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	1.8e-72	33.0
WP_017376443.1|1387981_1388635_+	glutaredoxin 2	NA	NA	NA	NA
WP_017376444.1|1388803_1389979_+	formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376445.1|1390332_1391658_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376446.1|1391756_1392539_+|tRNA	tRNA pseudouridine(38-40) synthase TruA	NA	NA	NA	NA
WP_017376447.1|1392640_1393513_+	acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase subunit beta	NA	NA	NA	NA
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Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_13

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MFCSRNARVKYAFISAHGKLHSITLMCRLFRVSPSGYYKWLNHQPSHRQRRNKRLDHQITTIYKEHRGRYGAPRITRELHRQGVDCSLHRIIRRMKCMNLKVKVKRKFKVTTDSKHNLPVAVNVLKRDFSTNHINQKILSDITYIRTDEGWLYLAAVLDLHSRSIIT

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_087910642.1|1568812_1569966_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	6.8e-59	44.2
WP_048876004.1|1570087_1570780_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242833.1|1570788_1571976_-	methyl-accepting chemotaxis protein	A0A2H4J162	uncultured_Caudovirales_phage	5.2e-22	34.3
WP_017376484.1|1572125_1572752_+	uridine kinase	A0A1V0SAA3	Catovirus	1.2e-33	41.3
WP_017376485.1|1572797_1574027_+	hypothetical protein	B2YG43	Musca_hytrovirus	2.6e-08	21.9
WP_144420789.1|1574221_1574668_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376487.1|1574859_1576218_+	dGTPase	NA	NA	NA	NA
WP_048876005.1|1577186_1578104_+|transposase	IS30 family transposase	H7BVY4	unidentified_phage	4.6e-26	32.4
WP_053093673.1|1578445_1579105_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_144420674.1|1579185_1579689_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	3.0e-19	40.7
WP_017376491.1|1579661_1579949_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771628.1|1580241_1581363_-	calcium:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|1581625_1582600_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9

Sequences of DBSCAN-SWA_14

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_14

>NZ_CP011849|1586839:1702124|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016212018.1|1616943_1617243_-	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_047927838.1|1617239_1617485_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_15

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_15

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_026063486.1|1743641_1744142_+	WbuC family cupin fold metalloprotein	NA	NA	NA	NA
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WP_036772592.1|1744818_1746279_-	YdiU family protein	A0A075BSJ0	Microcystis_phage	2.3e-56	33.4
WP_026063485.1|1746356_1746839_-	YiiD C-terminal domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_16

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_16

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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_026063520.1|1781711_1782695_-	chemotaxis protein CheV	Q56AR1	Bacillus_thuringiensis_phage	1.3e-34	32.7
WP_017376274.1|1782845_1783193_+	arsenate reductase (glutaredoxin)	NA	NA	NA	NA
WP_017376273.1|1783192_1783792_+	NAD(P)H:quinone oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
WP_075275328.1|1784166_1784505_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_157894731.1|1790536_1790917_+	copper chaperone PCu(A)C	NA	NA	NA	NA
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WP_027242910.1|1796237_1797692_-	efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_027242911.1|1798126_1799143_+|tRNA	tRNA dihydrouridine(20/20a) synthase DusA	NA	NA	NA	NA
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WP_027242912.1|1801509_1804812_+	translocation/assembly module TamB domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772026.1|1804916_1805792_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376663.1|1805829_1806744_+	L,D-transpeptidase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_075275427.1|1828687_1828759_+	SEC-C domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_075275333.1|1828941_1829124_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376646.1|1829272_1829998_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_169834772.1|1830020_1830188_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_069971656.1|1830325_1830598_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242924.1|1833742_1835494_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157894733.1|1835506_1836598_-|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssK	NA	NA	NA	NA
WP_144420697.1|1836673_1836970_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162038649.1|1837009_1838166_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	4.4e-50	39.0
WP_036771639.1|1839105_1840080_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
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WP_155046586.1|1841929_1842103_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420794.1|1842170_1842314_-	type VI secretion system contractile sheath large subunit	NA	NA	NA	NA
WP_027243218.1|1842332_1842530_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772025.1|1842547_1843054_-	type VI secretion system contractile sheath small subunit	NA	NA	NA	NA
WP_036772663.1|1843976_1844852_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_17

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_17

>NZ_CP011849|1874607:1909795|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_016211829.1|1879755_1880109_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375862.1|1880409_1882137_-	penicillin-binding protein 2	NA	NA	NA	NA
WP_047927270.1|1882240_1882966_-	lipoprotein-releasing ABC transporter ATP-binding protein LolD	G9BWD6	Planktothrix_phage	6.4e-31	38.7
WP_017375864.1|1882958_1884197_-	lipoprotein-releasing ABC transporter permease subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017375865.1|1884334_1885372_+	agmatine deiminase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_027242968.1|1887749_1891241_+	transcription-repair coupling factor	NA	NA	NA	NA
WP_144420795.1|1891357_1892035_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375871.1|1892162_1892711_+	transglycosylase SLT domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375873.1|1894581_1894743_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_051929533.1|1895131_1895461_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063558.1|1895934_1896501_-	dCTP deaminase	S5VM63	Pseudomonas_phage	2.8e-74	77.8
WP_087910646.1|1896503_1897628_-	iron-sulfur cluster carrier protein ApbC	NA	NA	NA	NA
WP_026063557.1|1897712_1898531_-	undecaprenyl-diphosphate phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_027242970.1|1898661_1900641_+	cation:proton antiporter	NA	NA	NA	NA
WP_017376714.1|1900700_1901354_-	tyrosine-protein phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_080999995.1|1902038_1903409_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376707.1|1905124_1905772_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376706.1|1905809_1906202_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376705.1|1906454_1907201_-	transporter substrate-binding domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243123.1|1907799_1908705_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|1908820_1909795_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9

Sequences of DBSCAN-SWA_18

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_18

>NZ_CP011849|1923918:2054374|DBSCAN-SWA
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MKVSRSAFYAWDKRPAKVISIEELQLYRRCKELFKESRGSFRITNDGI

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017376680.1|1929396_1930629_+	phosphoglycerate dehydrogenase	A0A1V0SBV6	Catovirus	8.2e-95	47.3
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WP_162038642.1|1941120_1941360_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375899.1|1941416_1942616_-	trans-2-enoyl-CoA reductase family protein	NA	NA	NA	NA
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WP_075275338.1|1950125_1950575_+	murein L,D-transpeptidase catalytic domain family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242985.1|1950588_1951980_-	flagellar hook-associated protein FlgL	NA	NA	NA	NA
WP_027242986.1|1952021_1955009_-	flagellar hook-associated protein FlgK	NA	NA	NA	NA
WP_027242987.1|1955078_1955912_-	rod-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_087910648.1|1955966_1957154_-	flagellar basal body P-ring protein FlgI	NA	NA	NA	NA
WP_027242989.1|1957141_1957846_-	flagellar basal body L-ring protein FlgH	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_19

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_19

>NZ_CP011849|2066048:2114977|DBSCAN-SWA
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MLKIKEMLIKLNLEFMGFHISKDLRSKFLTEFDNDESKLFDLDCWSEFETNNEDSFYGMYQFWCKK
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MKVMIINQFGDSDVLQLADIPVPSIKDDEVLIQVSHTSVNPADWKIRAGLYEYLLPYKFPIILGWDAAGVISEVGCKVSRFKKGDRVFSYCRKPVIQQGSYAEYLAIDADAVAHIPNNISFAEAATIPMTGLTVWQCLFETIRLTAGQTILIHGGAGGIGSIAIQLAKLQQTTVYTTASLHNHDYVYSLGADIAIDYQNQDFVKEIAAREPAGIDLVLDTRGGEVQQNSYQIIKKGGHLISLVTPPDDDEAAAYQVHAEFVFGYPNGEQLKELAKLLEKKQLKPTIYEEMSLEGAAIAHDMNRNGRLERGKLVLHITPSS
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MESSLINMKIDAINMKFPDARAVLSSNAKSALAVAFKDIGSIDHLKHAAISSRSHVEAKVLLRMFAIQSANGALSISEIAAGALSEQINLVKAVKASAEEASAITKTADERVILNQSVRANLVRYENIANQTVFNQAKLLDGSFAGYFLFDDNLSTETLNILIGDTQGRQLGRYVLDTTGSSLTNQTLNPSSSITVSNGIAAQELMISSEQFKMSGDEKDKGLNISVVSDLSAEGVSRLINQVAEKTGVSAFAQTHVDLKLENIGAPTLVGFNLASGDGATLGNYANSQLIEVAINDEGDLSVLLDQINSVTDQTGVIAEFTSLAEKNQIRLSHATGANIQLSDYQSGPYGLMALP
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MKVLIVKENDVMIVNLYGRLDARTAAEFEKKIQCDLVPVKKNVCLDCQELEYISSAGLSALILLAKELKSNDCALVLSNLQPMVSDILHVTGLIDKVFTVQP
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MSNHSPLSLLKDIHAPEAVSGWPPAPGWLILISIVIILFIVLSYFLKKYRNRQKVKLYGLNSLYDIPQHSNSHYAKECNALLKRVAHYYFPEQNIKILSEKKWHDFLILKLPKKHHNIAITQVNYLITSLYQPEIISNIELKKFVQLWIKECR

Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_20

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_20

>NZ_CP011849|2125849:2174641|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_21

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_21

>NZ_CP011849|2195384:2307164|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377001.1|2196714_2197413_-|tRNA	tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit type 1 TsaB	NA	NA	NA	NA
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WP_026063589.1|2198441_2199068_-	outer membrane beta-barrel protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017376997.1|2200106_2200946_-	NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF	I6XGV6	Vibriophage	1.0e-32	35.3
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WP_017376510.1|2227470_2228091_+	guanylate kinase	A0A143DIC6	Abalone_herpesvirus	1.4e-18	34.5
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2235141:2235200	attL	NA	NA	NA	NA
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WP_017376527.1|2254217_2255897_+	energy-dependent translational throttle protein EttA	A0A2K9L3Z8	Tupanvirus	3.0e-39	26.6
WP_027243172.1|2256008_2256890_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772261.1|2257991_2258585_-	methyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375619.1|2259732_2260257_+|integrase,transposase	DDE-type integrase/transposase/recombinase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	1.4e-11	29.0
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WP_169834777.1|2260714_2260852_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_144420804.1|2261235_2261511_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|2261883_2262858_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_027242983.1|2263014_2263653_-	SGNH/GDSL hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377745.1|2263734_2264133_-	VOC family protein	NA	NA	NA	NA
2262892:2263995	attR	NA	NA	NA	NA
WP_017377746.1|2264285_2264603_-	helix-hairpin-helix domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
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WP_017377749.1|2266810_2267494_-	(d)CMP kinase	NA	NA	NA	NA
WP_036773645.1|2267493_2268579_-	3-phosphoserine/phosphohydroxythreonine transaminase	M1Q1P2	Streptococcus_phage	9.8e-76	43.3
WP_017377751.1|2268620_2271257_-	DNA gyrase subunit A	G3M9Z5	Bacillus_virus	6.9e-99	32.6
WP_155051395.1|2272236_2272380_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_22

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_22

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Protein sequences of DBSCAN-SWA_22

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377982.1|2339276_2340119_-	isopenicillin N synthase family oxygenase	NA	NA	NA	NA
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WP_036771639.1|2378399_2379374_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	5.6e-30	33.2
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WP_144420720.1|2380366_2381167_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_047927392.1|2382765_2383617_+	queuosine precursor transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377925.1|2383908_2384301_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927390.1|2384802_2385894_-	hypothetical protein	A0A0P0IY73	Acinetobacter_phage	3.4e-36	31.7
WP_087910651.1|2386862_2387039_+|transposase	transposase	A4JX31	Burkholderia_virus	5.5e-05	46.2

Sequences of DBSCAN-SWA_23

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_23

>NZ_CP011849|2404661:2423141|DBSCAN-SWA
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MSNFIRPEQTYDSYPDQMTVREFKIKGEVYVTTFQDHKKYNKVALANHYKQRWHIEINFNSLKTIMSMDHLRSKTPDMVHKEIAVHFLAYNLIRTLIAEACRNTERLPIQVSFKGVIQLFNSFVSLLSFSADCNKAHAILLHAIIKNKVGNRPGRIEPRAVKKRPKAFRRLNKSRELEKAEITKRMKKNSNKKCSSAP
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MNIDFYFKNSYLTQEKFDQLNLTQKITLESEVICSLIKDQTITLEQALGFGYEQRQALESKIILGLLKDQAITTEELSFSFYQIEGIENALKSSLVSRLLKNHIITIEQAYRSQLKFSYDALNLDHILSPNSVLQLVEDRIISFNQAMWLGYEQRRSLESRPVCQLVRDDIIPIDQYLRLRDNDLLALNDRETRERLRNEEITVEDLFGLIRERQANNLNGNQSTHTVSIHESVSQSVMRLMELYGRSIQDKALGWTVKEITKYLDSLGSDIKSTSARKAFRRLTSAGYSFTDPGSSISTQQVLALVWISIHDEKQRLGKLNDAKNLFVESLYEIQRGYNLAEDGKDTGGRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_027243059.1|2405213_2408165_+	FAD-binding oxidoreductase	NA	NA	NA	NA
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WP_036774650.1|2410909_2412076_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_036771330.1|2413328_2414303_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_016209908.1|2414435_2415146_+	winged helix-turn-helix domain-containing protein	W8CYM9	Bacillus_phage	2.2e-31	34.8
WP_017377690.1|2415142_2416177_+	phosphate regulon sensor histidine kinase PhoR	W8CYF6	Bacillus_phage	1.3e-32	34.2
WP_017377691.1|2416280_2416622_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876071.1|2417132_2418293_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	3.8e-25	32.0
WP_069971647.1|2418261_2418858_-|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_155046570.1|2419826_2419997_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|2419993_2420968_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_087910645.1|2421987_2423141_-|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	8.9e-59	44.2

Sequences of DBSCAN-SWA_24

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_24

>NZ_CP011849|2456623:2504038|DBSCAN-SWA
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MPTLNNDNKTSGEETKTSMAENGAEGEVQASDETDGGMTENGAEGGAQASDVK
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MQKLKLHGFNNLTKSLSFNIYDICYAKTPEEQQQYLEYIDEAYSASRITELMNQVTETIGAHVLNIAYQDYEPQGASVTMLIAEGPVMLPTKTITPDAVVAHLDKSHIAVHTYPEMHPDNEHGICTFRADIDVSTCGLISPLKALNLLIDSFECDIATVDYRTRGFTRDIYGNKLYMDTPINSIQNFFTEEVRRCYEMIDVNIYQENIFHTKMLLKEFDLDNYLFGATTKELSSGNEQLIRSRIKREMLEIFYGRNMADVPIDGCY

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_017376356.1|2459246_2459645_-|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssE	NA	NA	NA	NA
WP_017376355.1|2459644_2461117_-	type VI secretion system contractile sheath large subunit	NA	NA	NA	NA
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WP_027242853.1|2461603_2463073_-	type VI secretion system domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242854.1|2463077_2463770_-	DUF3540 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242855.1|2463747_2464776_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242856.1|2464769_2465996_-	pentapeptide repeat-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242857.1|2466001_2467513_-	DUF2169 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376343.1|2467773_2468211_+	type VI secretion system lipoprotein TssJ	NA	NA	NA	NA
WP_027242858.1|2468287_2469595_+|plate	type VI secretion system baseplate subunit TssK	NA	NA	NA	NA
WP_027242859.1|2469599_2470310_+	DotU family type IV/VI secretion system protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242860.1|2470322_2473493_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242861.1|2473559_2474696_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_169834779.1|2475243_2475414_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376336.1|2475558_2476416_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376335.1|2476557_2477358_-	adenosylmethionine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_017376334.1|2477456_2478032_-	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	3.2e-57	50.0
WP_027242862.1|2478114_2478786_-	ribulose-phosphate 3-epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_027242863.1|2478831_2479731_+	DUF3530 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376331.1|2479765_2480149_-	response regulator	NA	NA	NA	NA
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WP_017376329.1|2481053_2481764_-	nucleotidyltransferase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376328.1|2481760_2482786_-	phosphotransferase	NA	NA	NA	NA
WP_048876074.1|2482916_2485421_+	LPS-assembly protein LptD	NA	NA	NA	NA
WP_017376325.1|2485427_2486696_+	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SurA	NA	NA	NA	NA
WP_017376324.1|2486697_2487681_+	4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase PdxA	NA	NA	NA	NA
WP_017376323.1|2487693_2488515_+	16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))- dimethyltransferase RsmA	NA	NA	NA	NA
WP_017376322.1|2488559_2488952_+	Co2+/Mg2+ efflux protein ApaG	NA	NA	NA	NA
WP_017376321.1|2489026_2489833_+	symmetrical bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_036774104.1|2490020_2490449_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|2490507_2491482_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_017375660.1|2491505_2491943_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876012.1|2491977_2493381_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017376011.1|2493961_2494123_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376015.1|2495343_2495715_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242569.1|2495822_2497373_-	apolipoprotein N-acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017376017.1|2497405_2498245_-	CBS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376018.1|2498241_2498757_-	rRNA maturation RNase YbeY	NA	NA	NA	NA
WP_017376019.1|2498760_2499753_-	PhoH family protein	A0A0S0MVD6	Pseudomonas_phage	9.3e-49	45.1
WP_017376020.1|2500131_2501502_-|tRNA	tRNA (N6-isopentenyl adenosine(37)-C2)-methylthiotransferase MiaB	NA	NA	NA	NA
WP_027242570.1|2501710_2502850_+	hypothetical protein	A0A0F6YPT7	Sinorhizobium_phage	9.3e-61	41.7
WP_075275355.1|2503063_2504038_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	4.3e-30	33.2

Sequences of DBSCAN-SWA_25

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_25

>NZ_CP011849|2529337:2573904|DBSCAN-SWA
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MWIAITVIILVVLVLGFVIIRLLQAPAENLALEVGEPLAGAEAVFMHQFDRRMKKLLDELKELPAVNDADYPK
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_174872528.1|2550228_2550384_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_053856764.1|2550507_2551434_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
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WP_017377044.1|2561321_2562335_-	quinone-dependent dihydroorotate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_017377045.1|2562443_2562665_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377046.1|2562669_2564307_-	NAD+ synthase	A0A2L0UZF5	Agrobacterium_phage	3.4e-88	37.8
WP_017377047.1|2564445_2564979_+	GspH/FimT family pseudopilin	NA	NA	NA	NA
WP_017377048.1|2565099_2566218_+	alpha/beta fold hydrolase	NA	NA	NA	NA
WP_162038676.1|2566276_2567533_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772661.1|2567519_2568656_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377052.1|2568886_2569312_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242609.1|2572640_2572994_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772169.1|2573028_2573904_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_26

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_26

>NZ_CP011849|2633458:2686545|DBSCAN-SWA
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MIHSSLIKGIALTLFSALSYASLAAVIKHHPEVPLSLLVFAQSLVCLVLILPIIMQQNKKTAGALKNKKSLFKTNYLHFHIIRAFFSLGISYCLFFALKTIPLVNGVLLANTSALFTPFLALLFFRQKINHKLWPAILIGFVGVAIILNPSHDGFLRGGTLFALASALCVSSSMLFIRRTTDQDSGLTSAFYYFLLSSIISGVFLVINQPQLSTSFIRIILVTGLLFFCTQFALTLALQFIDAHIVSTLYYSNIVFAVLISIILLHTPTSLLMLGGIVLVCFSGIGCVYIQNKQKKHNTHHTQHGVTQTYATD
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MIIALKCVRKRRYLGRYFAHPMMQNRRAKRDDYKPSAVRVTQRYVP
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017375821.1|2675584_2675806_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875923.1|2675802_2676798_-|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036773936.1|2678647_2679403_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_155764754.1|2679597_2681202_-	amino acid permease	NA	NA	NA	NA
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WP_027242638.1|2684041_2684470_+	DUF4402 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927246.1|2684590_2685028_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875873.1|2685141_2686545_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_27

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_27

>NZ_CP011849|2729505:2763827|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_27

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MKIKTLLATALTSSLIATAAIASPTSNNPPPLQGTQCSIGQQCSLSNGMAYFELNQSQYGLYTCKLISGDQTNTHVVTLSTGKDAQNVYLARVGTREFKVYIQEQAKIFRKYNGVGEVKFVGTSGDAISCTQDQTST

Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017377353.1|2740801_2741305_+	methylated-DNA--[protein]-cysteine S-methyltransferase	A0A167R6J9	Powai_lake_megavirus	1.9e-13	41.2
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WP_017377343.1|2750132_2751557_+	bifunctional D-glycero-beta-D-manno-heptose-7-phosphate kinase/D-glycero-beta-D-manno-heptose 1-phosphate adenylyltransferase HldE	M4QSA2	Synechococcus_phage	1.0e-16	42.3
WP_017377342.1|2751621_2752122_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_157894746.1|2752259_2752658_-	FAD-binding protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_28

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_28

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Sequences of DBSCAN-SWA_29

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_29

>NZ_CP011849|2916268:2976604|DBSCAN-SWA
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MSEFRNYTINFGPQHPAAHGVLRLILELDGETVVRADPHIGLLHRGTEKLAETKPYNQSIGYMDRLDYVSMMCNEHAYVMAIEKLLGIEAPIRAQYIRVLFSEITRILNHLMGIGSTALDLGAMTVFLYAFREREDLMDCYEAVSGARMHATYLRPGGVYRDLPERMPQYEASRWRNEKDVAKLNQNRQGSLLDFLWDFTERFPSCVDDYETLLTDNRIWKQRTVGITEVSAERALNLGFSGPMLRACGVEWDLRKKQPYEVYDQLDFDIPVGSKGDCYDRYLVRVEEMRQSNHIMRQCIEWLQKNPGPVMVDDHKIAPPKRAEVKSDMESLIHHFKLFTEGFTCPAGEVYSAVEHPKGEFGIYLVSDGSNKPYRVKIRSSGFSHLAAMDELLRGHMLADVPALIATQDLVFGEVDR
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MISLSQYLIFAAILFGLSVAGILFNRKSAITLLMSIELMLLAVNTNFVAFSHYLNDLSGQVFVFFILTVAAAEAAIGLAILALLFRNRRTIDIEDLNSLKG
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MSNLLQHIQNFLHELRKSERKVGEWVLNNSQAVIHLSITDLARYAEVSEPTVLRFCRNIGCQGYQDFKLKLAQSLVSQPKAPVALTEITAHDTSTSLKEKIFQGAAIALQNAQHDIDAGILDEAIATILAARRVGIFGFGASGVVAQDALHKMFRLSIPAIACMDSHMQSMTALMLSQGDVMLAISRSGRTKEIIESVNLAKNAGATVIGITSHGTPLANVATLGLTIAATNDTELYTPMTSRLIHLSIIDALAIGIAIKRKHTISEHLSRVKEASAIKKFQQE
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MAKLYFYYSAMNAGKSTTLLQSSYNYQESGMNTLLFTPHIDNRAACGRIHSRIGIGADAISFTDSDNLYQLTKKQLKQEKIHCILIDEAQFLTKNQVFQLTEITDQLNIPVLSYGLRTDFLGEPFTGSQYLLAWADVLNEIKTVCHCSRKATMVIRLDEHGSPVKTGAQIEIGGNDKYISMCRKHFKAAIYGEADNA
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MKEYSRTQRITDQMQKELAELLQQEMKDPRIGMITVSGVDVSKDLAHAKVYVTMMEEAEAREEALVVLQKAAGFLRSMLAKRMNLRATPKLRFEYDGSTEQGNALSALINKALYDKS
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MPSSRFDPQALTEIATLYTRTYQRDNLYHNPDNEYGKLYTAAQKLDREARRGEFSEEESARVLKGLLSRINDGFKYSLKRSDLGYKIQETLRQFYDLSPNHINPPQPSVGHIAQRGLNGPYLPALKAYELQETYLGKNLNDLFILFEGCKQKTKAYSEFSNADHRTAIKKEILRQVETCNIDQSLTEQAIKVLAYHSSFTGIGKTSSTKESLKNPQVFTQLYTADSNPKILTKTQRQLVDEFNQTKSNQQLSTKDKSSALKKLKYALVHHIARSGKLEGVELEEVNEIIDYKRDYFALTTNTRDYVSKHPRLNKILPPPKMFQRLFQKAAEAQQPEQTPTAEGEVGHTPC
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MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEAKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MTDSYAGAKQSSTTINPMQTQGFAFLEFTASKDSDHFTKTFTMLGFSKIATHLRKDVELWQQGDIHFLVNRDINSVSQQFSNQHGPCTSAMGFRVKDADFAFERALTLGAEAFRGEGVINVPAIYGIGGSILYFVSEDYNLENEFEIIAGVDAASASQGLVNLDHVTHNVLRGNMDKWAGFYEKLFNFREIRYFDIEGKLTGLKSRAMTSPCGQIRIPINESSDDKSQIEEFIQAFNGEGIQHIALTSSNIYQTVASIRGNGIQFLDTPDTYYEGISKRVPWHNESIKDLHENKILIDGAPTAEGGLLLQIFTDTVIGPAFFEIIQRKGDEGFGEGNFQALFDSIELDQVRRGVLKDR
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MSEVNVKSLASSIGVDVERLLRHLEEAGLPATGPEQVLTDKDKTMLLSFLKKSHGSSDVSEAPRKITLRRKEHSELKVKSADGGRKTVNIQVKKKRTYVKKDPELEAKEAELKAGEEAERLAALEVERLAEQQAKQEQLEAEQKRKEEAKRQAELKKAAEQEQKKAQAEQDPEKAEKERLEKELAERRQAELEAKRVAAEEKARRQTALEAERIAKLAPVQQKSALDEPDNKLEEEHHTHTKKVTATDWVEQGITATDMERQAKRSKSKRAAAKQEARGGAKRGRKGRGGQKAGEQLQHAFSKPTAPVKREVAISEAITVAELAQKMSVKGAEVVKILMKMGVMATINQVLDQDTAVLIVEELGHTPKILQENAMEVAVLAAANVEGEQEQRAPVVTIMGHVDHGKTSLLDYIRRAKVAVGEAGGITQHIGAYQVKHERGTITFLDTPGHAAFTAMRARGANCTDVVVLVVAADDGVMPQTIEAIQHARAAEVPLVVAVNKIDKDSADLDRVRTELSQHEVISEDWGGDTMFINVSAKTGKGIDDLLDSILLQAEVLELQAPVSAPAQGVVLEARLDKGRGSVASLLVQKGTLKQGDIVLAGLEYGRVRAMHDDLGHAIKSVGPSCPVEILGLSGTPNGGDEFSVVADEKKAREVALFRQGKYREVKLARQQANKLSAMFEGMTEGDIGTLNILVKTDVQGSLEALTESLTKLSTDEVKVKVIASGVGGITESDVNLAMASNAVMVGFNVRADLSARRLAAAEELEIRYYSVIYDIINDVKAAMSGLLSPEVKEQITGVAEVREVYRSSKLGAVAGCMVVDGTVKRNNPIRILRDNVVIYEGELESLRRFKDDVPDVRNGMECGIGVKNYNDIKVGDQIEVFEKIEVARQL
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MKILKQWAKTFLLIELLKGLKLTLKHLFTKSVTVQYPEEKTPISPRFRGLHALRRYPNGEERCIACKLCEAVCPALAITIESEQREDGSRRTTRYDIDLFKCIYCGFCEEACPVDSIVETKVFDYHFEERGENIMTKAKLLEIGDQYEEQIAAAKAQDAPYR
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MPKLMIHGYDFYKNKKFQSAYLNYSGKEYFFESLAFLKDVNDYINNNLVLSDKTSEYNNCKIKGINLTNATEFDIRRYFYTTYFSDDAKYQINISHNAKRHSSSNIINTENNSTTNSKHSTLKLTNIESNSLSKKTLSVQDNNYLGVMNPNVNLAEYLKRSTKEIEGVIRTTELTRGTFFKNNPKFPLIKNYTSTTVIMDHLKNSSNQKDKKCCNDCTIL
>NZ_CP011849|2916268:2976604|2954154_2954637_-|WP_027242681.1|DBSCAN-SWA
MPKSTPKIIKLKSDRCEKICHFRFIKNDNKAKIWTSKYQVRCSTAQKIISNYCKNNKPLYILSGSHGNKSGENAITNKELKEESFFLEDKERYETMSPRIKIIDITMLTKKEYKSLIRNTARDALLFYCYSRNDTVVKEALRCASPEALYTRETPPPPAP

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_017378106.1|2916268_2917213_-|tRNA	tRNA pseudouridine(55) synthase TruB	NA	NA	NA	NA
WP_017378107.1|2917212_2917566_-	30S ribosome-binding factor RbfA	NA	NA	NA	NA
WP_017378108.1|2917614_2920290_-	translation initiation factor IF-2	A0A2H4UTS4	Bodo_saltans_virus	1.3e-25	24.1
WP_017378109.1|2920306_2921824_-	transcription termination/antitermination protein NusA	NA	NA	NA	NA
WP_016209273.1|2921900_2922353_-	ribosome maturation factor RimP	NA	NA	NA	NA
WP_017378111.1|2924008_2925547_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit M	NA	NA	NA	NA
WP_017378112.1|2925561_2927532_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit L	NA	NA	NA	NA
WP_016209309.1|2927535_2927841_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoK	NA	NA	NA	NA
WP_017378113.1|2927864_2928488_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit J	NA	NA	NA	NA
WP_017378114.1|2928507_2928996_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoI	NA	NA	NA	NA
WP_027242679.1|2929009_2930035_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoH	NA	NA	NA	NA
WP_017378117.1|2930039_2932433_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit G	NA	NA	NA	NA
WP_016209307.1|2932482_2933772_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit NuoF	NA	NA	NA	NA
WP_017378119.1|2934277_2935531_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit D	NA	NA	NA	NA
WP_017378120.1|2935532_2936210_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit C	NA	NA	NA	NA
WP_016209262.1|2936227_2936713_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit B	NA	NA	NA	NA
WP_016209283.1|2936703_2937072_-	NADH-quinone oxidoreductase subunit A	NA	NA	NA	NA
WP_017378122.1|2937750_2938113_-	preprotein translocase subunit SecG	NA	NA	NA	NA
WP_017378123.1|2938126_2938888_-	triose-phosphate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_017378124.1|2939189_2940536_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771461.1|2940632_2941175_-	1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmpD	NA	NA	NA	NA
WP_017378126.1|2941290_2942124_+	carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase	NA	NA	NA	NA
WP_027242680.1|2942145_2942739_+	thymidine kinase	A0A0B7MRR0	Enterobacteria_phage	6.4e-53	53.6
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WP_017375625.1|2944378_2944606_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378129.1|2944616_2944940_-	DUF423 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_065653735.1|2944963_2945974_-	lipase	NA	NA	NA	NA
WP_026063707.1|2947004_2947916_-	Nudix family hydrolase	NA	NA	NA	NA
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WP_026063708.1|2949616_2949997_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_026063709.1|2950143_2950380_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378135.1|2950676_2951147_+	peptide-methionine (S)-S-oxide reductase MsrA	NA	NA	NA	NA
WP_017378136.1|2951201_2952056_-	SIS domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378137.1|2952527_2952746_+	50S ribosomal protein L31	NA	NA	NA	NA
WP_017378138.1|2952848_2954099_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242681.1|2954154_2954637_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242682.1|2954873_2955302_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036773116.1|2955637_2956612_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	1.6e-29	32.9
WP_017378141.1|2956670_2957723_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378142.1|2958041_2959007_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378143.1|2959309_2960134_-	phenylalanine 4-monooxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_017378144.1|2960335_2961412_+	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase	NA	NA	NA	NA
WP_017378145.1|2961496_2962483_+	fumarylacetoacetate hydrolase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378146.1|2962501_2963146_+	maleylacetoacetate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_027242684.1|2963157_2964267_+	histidinol-phosphate transaminase	A0A142C026	Faustovirus	1.6e-17	23.5
WP_027242685.1|2964333_2964996_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242686.1|2965255_2967139_-	phosphomethylpyrimidine synthase ThiC	NA	NA	NA	NA
WP_017378149.1|2967452_2968952_+	bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase	NA	NA	NA	NA
WP_017378150.1|2969042_2969825_+	exodeoxyribonuclease III	E3T4M6	Cafeteria_roenbergensis_virus	1.8e-31	33.0
WP_017378151.1|2969952_2970873_+	SPFH/Band 7/PHB domain protein	J3IZE5	Acanthamoeba_polyphaga_lentillevirus	2.2e-20	27.5
WP_017378152.1|2970896_2971355_+	NfeD family protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875854.1|2971476_2972352_+|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_017378154.1|2972385_2973651_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036772169.1|2973838_2974714_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875853.1|2974912_2975104_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_30

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_30

>NZ_CP011849|2987341:3027094|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

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Sequences of DBSCAN-SWA_31

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_31

>NZ_CP011849|3060088:3121550|DBSCAN-SWA
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MASKLTNIRALASAVLADVNHQGMSLPAALLKHNELLDEGDKSLLQELCFGSIRWYQRLDAICDQLLNRPLRRREASLKMLLIVGLYQLLFMRIKPYAVISETVDAVKDLKKPHAKGLVNAVLRSAQRQDYPLLTQEIAIYSHPNWLIKRCKRAWPESWQDILKANNERPPMSLRVNQRWGTRQAYLQLLKQHDIVAEAVNIQDCAHAIRLGKPSSVAVLPQFSEGACSVQNEAAQLAAPLLDLKAGLRVLDACAAPGGKSCHILESADAIDLVAVDVDGKRLQRVQENLSRLKLSAKLVEAAVENIDDWWDGVPFDRILLDAPCSGTGVIRRHPDIKLLRTLEDISQLHHLQLQLLTALWPCLKPGGVLIYATCSILPEENEAVIKKFLAEQAGKAQEVKFSAEWGMLRPFGRQIFPEVGGMDGFYYAKLRKIANS
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MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MGQATESFLFEIGTEELPPKSLENLAISLKNSFETALKNAKLNYGDIELFAAPRRIGLLIQQLDAIQPDQIIERRGPAVHAAFNQDGKPTPAALGFARSCNVSLEQIERLETAKGQWLFYKLLEKGAKATDLLPSIAEQAVKKLPIAKAMRWGTNKTQFVRPVHWITMLYGTDVITAKILELSADRITYGHRFHSTGAISLAHANDYAKTLKTTSYVIASFHERRNLIKNQLENIGTKVNGQVHINNDLLNEVTALVEWPMALLANFDKEFLNVPQEALISSMQMHQKCFAVLEPQTSKMLPHFVTISNIDSKNPATVISGNEKVMRARLADAAFFYQTDKKHTLESHLERLKTVTFQAKLGSVYERAERLASISGFIATHLAADIHLAKRAGLLAKTDLMSEMVMEFPELQGIMGRYYAHHDGEANDVALALEEQYLPRFAGDKLPQSMIGAAIALADKIDTLVGIFGIGQKPSGDKDPFALRRAALGLLRIIIENKLALNLTDLIQHSITLYSNKLNNKNTEQDVLQFINERLPAYYAEQSISPDTLEAVTGLQLSYPLDIDQRIQAVHRFRQLEVATALAAANKRVKNILDKQQPATSTISAGLLIEKAEKELYQAICAKHAEVQPLLTEHAYDQALESLASLRHPVDHFFDHVMVMAEDAGLQANRLALLAELRQLFLKVADISYLQN
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MNQATEEGWWRFIDLCAGLEKDQLSQVLKIFLTAAEVDDVSMRTLLVGELLAGKKTQRQIAADLAISITKITRGSNELKRVDSHLRAMLEEALIQ
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MFDPKLFDDMAKKIAEAMPSGLKSVQEDLERNMKTVLQSSFQKMDLVTREEFDIQSAVLAKTRLMVEALEKRVDELEAQLQTDQQQKELKNSE

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_053093682.1|3060088_3060832_-|transposase	IS982 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_162039070.1|3062172_3062595_+	biotin/lipoyl-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377391.1|3062865_3063444_+	HlyD family efflux transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_017377386.1|3067966_3069472_-	YifB family Mg chelatase-like AAA ATPase	NA	NA	NA	NA
WP_017377385.1|3069499_3069781_-	accessory factor UbiK family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209709.1|3069929_3070271_+	P-II family nitrogen regulator	NA	NA	NA	NA
WP_017377384.1|3070391_3072296_+	biosynthetic arginine decarboxylase	NA	NA	NA	NA
WP_047927397.1|3072428_3074000_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048875845.1|3074017_3075241_-	glycosyltransferase family 2 protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377379.1|3075362_3076361_-	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase	NA	NA	NA	NA
WP_144420826.1|3076364_3077123_-	tryptophan synthase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_017377377.1|3077124_3078324_-	tryptophan synthase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_162287776.1|3078307_3078946_-	phosphoribosylanthranilate isomerase	NA	NA	NA	NA
WP_017377375.1|3079000_3079777_-	indole-3-glycerol-phosphate synthase	A0A0P0IR83	Acinetobacter_phage	2.0e-22	31.1
WP_017377374.1|3079780_3080779_-	anthranilate phosphoribosyltransferase	A0A0N7IRD9	Acinetobacter_phage	2.7e-40	32.4
WP_017377373.1|3080780_3081359_-	aminodeoxychorismate/anthranilate synthase component II	A0A0P0IKJ1	Acinetobacter_phage	1.1e-44	44.5
WP_017377372.1|3081355_3082825_-	anthranilate synthase component I family protein	NA	NA	NA	NA
WP_016209719.1|3082868_3083156_-	trp operon repressor	NA	NA	NA	NA
WP_026063627.1|3083356_3084277_+	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017377369.1|3084392_3084947_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017377368.1|3085062_3085488_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771981.1|3085758_3086109_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242711.1|3086302_3086842_+	peroxiredoxin	NA	NA	NA	NA
WP_017377365.1|3086926_3087463_+	carboxymuconolactone decarboxylase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242710.1|3088122_3088425_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242709.1|3088873_3089443_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242708.1|3089511_3089856_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017376171.1|3090034_3091009_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_155046560.1|3091275_3091449_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876031.1|3091554_3092958_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_048875844.1|3092962_3093982_+|transposase	IS4 family transposase	NA	NA	NA	NA
WP_075275373.1|3094598_3094928_+	VUT family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378398.1|3095153_3095552_-	DUF3135 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378399.1|3096419_3097370_+|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit alpha	NA	NA	NA	NA
WP_017378400.1|3097369_3099448_+|tRNA	glycine--tRNA ligase subunit beta	NA	NA	NA	NA
WP_017378401.1|3099589_3100105_+	acyl-CoA thioesterase	NA	NA	NA	NA
WP_017378402.1|3100113_3100677_+	D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase	NA	NA	NA	NA
WP_017378403.1|3100657_3101404_+	1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_017378404.1|3101542_3101995_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_047927132.1|3102130_3102967_+	sterol desaturase family protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242707.1|3102963_3103860_+	DMT family transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017378407.1|3103892_3104960_+	4-oxalomesaconate tautomerase	NA	NA	NA	NA
WP_080963575.1|3105660_3107112_-	potassium transporter	NA	NA	NA	NA
WP_017378410.1|3107118_3108498_-	Trk system potassium transporter TrkA	NA	NA	NA	NA
WP_036773239.1|3108538_3109852_-	16S rRNA (cytosine(967)-C(5))-methyltransferase RsmB	NA	NA	NA	NA
WP_026063734.1|3109841_3110816_-|tRNA	methionyl-tRNA formyltransferase	E3SNR5	Prochlorococcus_phage	1.3e-10	35.9
WP_017378413.1|3110909_3111413_-	peptide deformylase	E3SLL2	Synechococcus_phage	5.4e-13	37.1
WP_017378414.1|3111547_3112699_+	DNA-protecting protein DprA	NA	NA	NA	NA
WP_016210342.1|3112695_3113175_+	DUF494 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242705.1|3113321_3115643_+	type I DNA topoisomerase	A0A1V0SCS0	Indivirus	7.9e-99	35.9
WP_080963576.1|3115587_3116214_+	Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein	NA	NA	NA	NA
WP_017378416.1|3116218_3117118_+	oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase	NA	NA	NA	NA
WP_036773242.1|3117305_3117860_+	DUF4823 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|3117899_3118874_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9
WP_017378420.1|3119463_3119841_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|3120575_3121550_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	3.6e-29	32.9

2. NZ_CP011850

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	1129 : 125456	120	Streptococcus_phage(42.22%)	integrase,portal,terminase,transposase	attL 15049:15108|attR 54691:55611
DBSCAN-SWA_2	135811 : 145403	14	Staphylococcus_phage(25.0%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP011850|1129:125456|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_036772541.1|25294_26023_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_051929623.1|26180_29522_-	DEAD/DEAH box helicase	C3VNU0	Bombyx_mandarina_nucleopolyhedrovirus	2.6e-50	28.7
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WP_017377694.1|40173_40902_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	7.1e-38	42.2
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WP_017377694.1|41309_42038_-|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	7.1e-38	42.2
WP_048876190.1|42067_42397_-	nucleotidyltransferase domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876191.1|42389_42818_-	nucleotidyltransferase substrate binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_162287777.1|43440_44596_+|transposase	IS3 family transposase	A0A0P0I4A4	Acinetobacter_phage	2.2e-49	39.5
WP_155046637.1|45329_45821_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NZ_CP011850|135811:145403|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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>NZ_CP011850|135811:145403|141281_142010_+|WP_036772541.1|transposase|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP011850|135811:145403|137892_138111_+|WP_017375840.1|DBSCAN-SWA
MSSTFEDLTKKLMDEHIVTKAEMIQAIHENNSDLKEQFVAYQKEARVHTRWLIGIGITLIIGVAALIIKTHF
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MLVLTRKSGQEIFVGKDITIKVLSVVNGQVRIGIDAPQEVQIQRDDVKKRPELIKAVV
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MHISVTRGRLSEDDESWESIYFADEVIMPIWRFRVISLLREAYNHEGFI
>NZ_CP011850|135811:145403|144402_145110_-|WP_027243191.1|DBSCAN-SWA
MPIVQIANSKGGVGKSTIACNLATALVHAGFSVVIADCDPQFSSSSWADERQDNGKLLNVDIVQKTGKIIPALRQLTKKYDFVVVDTAGHDSVEMRAALTVSDLTIVPFKPSQLDIDVLGAMQELIENAQDAGNDKMQVAWIINMAAPNPRSKKLKETQDALNDAEGFNLLKSVLHNRDAYVESMSEGCGVVELKDKKAKTEIEALVKEVLKLTGKKAVRHGIKAKKTVKAKKSA
>NZ_CP011850|135811:145403|138573_138912_+|WP_027243184.1|DBSCAN-SWA
MRLIAAEDYADWKGVKIQEVYQLIKNGDIRSLNKSNGSLKRLELVYVDQVPEHILSLDSEVEHLNQKQAAKKLNVSVDSLRQRLRENEVKSFTIKGYCFIPMNQFNESVTFR
>NZ_CP011850|135811:145403|139500_140109_+|WP_036815979.1|transposase|DBSCAN-SWA
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>NZ_CP011850|135811:145403|143570_144449_-|WP_048876212.1|DBSCAN-SWA
MALKLKKQSKQKNQRKANKNDFIYAFKGSEHLKEKFDSGDKWVDTEQCYIAEIKIDRKTKDQDYLNELAASMSGKKQINAAIVRKAKDGRYELINGECRYDAAKINNEPLLVRVVDYDDDEAIGAIIAENDKRKDLCDYDKALAYLEYKSDLSIRAFAEKYNLNRNYVNRLFKVDKIPESVVLALPMIELSASQFEEIAIRIKDNQLYTDVFIELAPLLSQIETPVTWKDFLSRIDRKVNPPEKQPQKKIERYVFSSEKANLRYTDSGFIVKSEKLTRKQKEQIQEALDSIL
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>NZ_CP011850|135811:145403|135811_136906_-|WP_157894754.1|DBSCAN-SWA
MSKSKKIVVKSNKLIEAGYKLSLQEQRVLLLCISQINSKNVELSTEYTITAQQYADQYSIALKGAYRELKAVINTLYDRSVSVYDKQNDIEISFRWLSEKVYLNKQGTARVRFSERVEPFLTDLKSKFTSYDLNLIAGIKSSYAIRIYELLKQFGAFGERTVTLDWLKGRLEINDEKSYKMFGSVKQRILEPAKSEINRCTDISMDYKPVKTGRKVTHISFIFESKRKDIVRDIKEERVDEKVSVAGFIKGLNLVIDTLENSENINRDKLSFAYNKFVANGAAIEDYRKLLDYIASHSSSIKDERDIESVIGEQLYLGKKKSKPFPRNGSRVTNPLSQSYYHEHNVNDDPVLEAINGDYEVVGD

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_157894754.1|135811_136906_-	RepB family plasmid replication initiator protein	A0A218MNI2	uncultured_virus	3.6e-25	29.8
WP_017375840.1|137892_138111_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_052133264.1|138155_138560_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243184.1|138573_138912_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_162287778.1|138904_139054_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036815979.1|139500_140109_+|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	8.9e-10	34.6
WP_017375910.1|140111_140840_-|transposase	IS6 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	1.4e-38	42.6
WP_051929563.1|140862_141252_+	recombinase family protein	A0A219Y912	Aeromonas_phage	1.1e-10	40.0
WP_036772541.1|141281_142010_+|transposase	IS6-like element ISPsa2 family transposase	A0A1X9I6C6	Streptococcus_phage	5.4e-38	42.2
WP_048876211.1|142021_142726_-|transposase	IS30 family transposase	W5R8L2	Staphylococcus_phage	7.9e-10	31.7
WP_144420840.1|143108_143540_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_048876212.1|143570_144449_-	ParB/RepB/Spo0J family partition protein	NA	NA	NA	NA
WP_027243191.1|144402_145110_-	AAA family ATPase	A0A222YXS3	Escherichia_phage	1.2e-34	40.0
WP_075275473.1|145226_145403_-	carbon storage regulator	A0A2I7RT00	Vibrio_phage	1.7e-06	46.0

3. NZ_CP011851

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	4842 : 20864	24	unidentified_phage(35.71%)	capsid,tail,integrase,terminase,transposase,head	attL 4172:4231|attR 18345:18636

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP011851|4842:20864|DBSCAN-SWA
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MIYRHLNEKDRFYIEQRLSEGDSLRSIARALGFSPSTISREIKRHTPIDFKGLYCHRLTSRCAQEKRANAKQGQAFQQISEEEKMLIHQRLSTHTSPDVISQELIREHNIQVSESTIYRYIYDDRERGGELYKNLPHSGKPYKKKVSRGDQTKIPNRVGIEQRPAIADEKTEFGHFEIDTVVGRDHQSYLLTLVDKANKMCCIRKMPNKQAKTVINTFMNVVGSTFFDFKTITSDNGTEFAGHEAISKITEADFYFARPYRSCDRGLNEHTNGLIRRFLPKGTDFNEVSDKEIAKIEHTLNTRRRASLNYRSPNHVFLEYLMAA
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MIKSDPVKTALTYCDNVLSGRVIACDYVKKACQRHLNDLKYARDRGFYFDKEAACKAPSVI

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
4172:4231	attL	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|4842_5817_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_081049205.1|5930_6287_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_016212329.1|6352_6943_-|integrase	site-specific integrase	K4K6A1	Caulobacter_phage	3.2e-20	35.3
WP_027242955.1|7173_7434_+	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_016211078.1|7426_7780_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	6.5e-13	34.8
WP_069971681.1|7956_8931_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.2
WP_027242954.1|9463_9829_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242953.1|9973_10228_+	type II toxin-antitoxin system HicA family toxin	NA	NA	NA	NA
WP_027242952.1|10220_10568_+	type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin	K7PJX6	Enterobacterial_phage	1.6e-16	36.4
WP_036771330.1|10665_11640_+|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_169834793.1|11871_12018_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242951.1|12265_13132_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242950.1|13344_13728_+	HNH endonuclease	A0A2D1GNP5	Pseudomonas_phage	4.3e-26	46.3
WP_027242949.1|13814_14297_+|terminase	P27 family phage terminase small subunit	Q9B019	Phage_GMSE-1	3.6e-14	34.0
WP_027242948.1|14299_14485_+	hypothetical protein	A0A1J0GUY5	Halomonas_phage	9.0e-06	47.3
WP_036771330.1|14504_15479_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_075275490.1|15575_15968_+|capsid	phage major capsid protein	A0A2I4R671	Erysipelothrix_phage	7.0e-24	45.0
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WP_168183246.1|16752_16908_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771330.1|16965_17940_-|transposase	IS30 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	1.7e-26	31.8
WP_171824220.1|17983_18229_+|head,tail	phage head-tail connector protein	NA	NA	NA	NA
WP_027242945.1|19032_19548_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
18345:18636	attR	NA	NA	NA	NA
WP_027242944.1|19893_20451_+|tail	tail assembly protein	K7PGY0	Enterobacteria_phage	7.9e-21	36.2
WP_027242943.1|20447_20864_+	hypothetical protein	A0A2R3UA88	Siphoviridae_environmental_samples	2.2e-20	41.7

4. NZ_CP011852

Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	3154 : 14404	14	Moraxella_phage(25.0%)	tail,transposase,head	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NZ_CP011852|3154:14404|DBSCAN-SWA
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TACCGGATTAGAGGCGTTTTTATGGTATCACCCCGGAGAAAAACGTTATTTTCAAATCATTTGTTCTGAGTGGCAAGCCAATTTACAGCACAACTATTGGACGGTGATTTTACGTTTTGAGGAGGATTTTAACCCACTATGAGTTTAATCGAGTCCGCCAAGATTTATTTATTTACCCTTGATTTAACGCCCTTGCAATCATCAATTAAATATCACTTTTGTCATAGTCCCGATGGTAATCAAGCGGTGAGCTTTGGCGGGGTCGAGTATCAGCCGATTCCGTTAAAAACGGATGGGTTTGAACGCACAACGATCCATCAACCGACGCCCTCAATCGTATTAGGCAATGTAAAACCCTTATTACTGCCATTATTAAAAGCGCATGATAATCTGCGCGGTGCGTTAATTCGCCGCGTGATGACTTACGTTAAACACTTGGATGGCCATAGCGACCCCGACGCCAGTGCCACCTTGCCCGAGCAAGTCTATGTGATTGAACGTAAATCACAGCATAACAATCTAACGATTACCTTTGAATTGGGCAGTAAATTACCGAGTGATTTAAAACTACCCAGACGCACACAGCTCGCCTCATGTTCAAAAATATATCGCCAATGGGATGAAGAACAACAAGTGTGGATCGCCGGCAGCTGCCCTTATGCCGCAGCTCAGTATTACAACGAGTTTGGACAACAAACGACTGATAAAACAAAGGATCAATGTGGTAAAAAACTCGCAAATTGCATGGCGCGCTTCGGCAACGGACACGCTCTGCCCTTTGAAGGATTCGAGGGCATTAAACCTTTTTAAAGCCTATGCCCTAGAGCAATACCCCAAGGAAGCCGTCGGGCTGATTTTACCCGCAGATCATTTTATGCCCTGCCCTAATTTATCAACGACGCCAGAAGAGAATTTTTGCATTGATCCTACTCAACTCATTGATACCCCGAGCGGTACGCTACTGATACATTCCCATCCTGACGGCACGGTTGAACCCTCATTAGCGGATATGGTCGGTCAACGCGATACAGGGTTATTGTGGGGGATTGTTGCACTCAATCAACACGCAATCACGGATGTCATTGTTTTTGGTGAGCAGTTATTCACCCAGCAATTACTCGAACGACCGTTTTTGCATGGTATTTTTGATTGTTATTCGTTGATTCGTGATTTTTATGCCGTTGAAAAAAAGATTTTTTTGCCTGATTTTCCGCGCCAACGGTCGTGGTGGGAAATTGAAAAATATAATTTATATGAGCGGTATTTTACCGACGCCAGTTTTATCGAAGTGGATAAAGCCAGTCCATTGCACCGCGGTGATGTGTTATTGATGCGCGTTGGCCGCACCACCTGCATTAATCATGGCGCCATTTATTTAGGTGAAGATTGCCGACTCAAAGAAGATCGTAATGCTGTCAGCTTGCCCGGGATGATTTTACACCATGTCTGTGACAACTTAAGCCGCCGTGAAATGTTGAGCGAGTGGCAAAAACGCATTGCAAAGGTGGTTCGTTATGAAAACTAAAATTTACCTGCATGGACGTTTAGGCCGCATTTGCGGCTCTTTTTTTGAGCTTAAAATCAATCACGCTCGTGAGGCGATTTATGCTTTATCAACACAGTTGCCTGAGTTTAAAAAAATCATTCAATCCGGTGAGTGGGCAATTTTTCGAAAGCGCAAATCACTGAACTTAGAACAGTTAGAGTTAAATTGTGCCGGCGGTGAATTACATATTGTGCCTAAGCCGAAGGGGGCGAAGAATTCAGGGTTTGTCCAAGTTTTAATCGGTGCGGCTTTAATTACTGCCGGTTACTTTTCGGTCGGGACGGCATTGGCGCCGATTGCTGGAGGGCTCAGTGCCGCAGGTACAGGTCTTGTGATCAGTGGGGCGTTGACGATGCTCTCCCCTCAGCCGAGTTATGATAATGATTACAGTACCACCGACCCGAATGCCTCCACCTTATTTAGCGGTGTCGATAATGTTGCCGCGCCCGGAGCGCCGGTGCCCTTAGTTTATGGTGAGCACTTGGTGGGTAGTTCAGTGGTGTCGAGTCAGTATAAAACCTTATGAAAAAGACAATTCATGGCGCCGGTGGTGGTGGCGGTAAAGGTGGCGGTAGTACTCATACCCCCACCGAAGCCCCTAACACCCTCTCTACCAATGCCGTTGTAACTCTCGTCGATTTACTTGGCGAGGGTGAAATTGAGGGTTTAGTGAATGGCGCCCAGTCGGTGTATTTTGATGATACCCCGCTGCAAAATCCTGATGGTTCGTATAACTTTGAAGGAGTAACGCTTAAAAGCAATCACGGCACACCTTCACAAGATTATTTACCCGGTTTTGCTGAGTCAGCCAGTGAAGAAGCCTTTAATGTAAAAGTCACCCATGAACAGCCGGTGATTCGTACCGTTGGCCGCCAAGAGACCAATGAACTTCGCGTTAAAATCGGCTTGGATGCGCTCACCGAATATGCAACTAACGGCGACATTAACGGCTCTAGCGTGCATATTCGCCTGTATTTAAATAATGTACTGGTGGTGAATCATGAAATTACCGGCAAAACGACAAGTAAGCTTGAACAGACCTTTATTATTAAAGTCTCTCCTGGGTATTATATTGCAGACATCGAAACCTCTGATGTTGTTCTTGATAACCTTGATGAGTACTTTAGTTGGAAGCGCGCCGGTGCACATGCAATCACCAATAATTATTATAAACCCACCCACTTTGCCTATCCCTACACCTTAAAAGTTGAACGGGTCACTGAAGATACCGATTCGAGTCGGGTGCAAAATAGTATTTATTTAACCAGCATCACCGATGTCATTGATACAAAGCTTAGCTATCCCAACAGTGCGGTGGTGGGCTTGGAGTTTAGCGCCGCGCAATTTGGTAATCAATTGCCCAAACGCAGTTATTTAATCCGTGGCTTAAAAATTCAAATCCCGACTAATTACGACCCCAGTACACGAATTTATAGCGGAATTTGGGACGGCAGCTTTAAAACAGAATATTCGAATAATCCAGCCTGGGTATTTTATGACTTACTCATCAATGAGCGTTATGGTGCCGGTCATTATCTTGTAGATGCTGATGTAGACAAATGGGAGCTGTATAGCATTGCCCAGTATTGTGATGAGTTGGTGCCCGATGGGCGTGGCGGCAAGCAACCGCGGTTTTGCTGTAATTTAGCAATTAACAATCAAAACCAAGCGCTCAACATGATTACTCAGCTGACCTCGATTTTTCGGGGGATGGCTTATGATGCGGCGGGGACCATTCAATTTAGTCAAGACCGCCCACGCGAGCCGTCGATGCTGATTACTCAAACCGATGTAGTGAACGGCCAATTTGATTATCAGACGAGCAGCATTAAAGAATTGCATTCGGTCTGTGTGGTCGCCTTTAGAAATCCAGATTTAAACTATGCCATTGATCAAGAAGTCGTGGAGGATGCCAGCCGCTTAGCGCGCTTAGGTGAGCGCCGCTTGGAAATTACTGCGGTCGGTTGCACCTCCCGATCTCAAGCGATGCGCCAAGGGCTATGGGCACTGCAATCGGAGGCACAGAGTGACATGATAAGCTACAAAGCCACGCAAGACCATATTCATTCACTGCCGAGCGATATTGTTAAAATCTTTGATCCGGATATGGATCAAGAACAAGGGGTGGCCGGTGTCATTACCGCGGTGGCTGATCATGTGATTACTTTAGATCGTGAGGTCAGTTTATCCAGTCAAAACACTCTGATGATCTTTTCAACAGAGCAAGGGATTGAAGAATATACAGTGATTGGTGCGCCCGGGTCTAGAAGGCTGGAGGTAGACCGCACCATCATCGCTGATGTAGGCGCACGCTGGGTAGTATATCACTCTACACCACCGAAGCAATGGCGCATTACGGCCATTACGGAAGAAGACGACGGCACCTATACCGTCAATGCAATTGCCCATGACCCAGATAAATATCAAAAAATCGATGAAGAGCGAGCGCTAGGGGTCAGCAAAGAAAACACTCCAATTCCAAGCTTAAAAGCACCGAGTAATTACCGTGTTGAACAGAGCCTCAGCTATCACGGCGGCATGGTCGAAGCGGTTTTAATTGTTGCGTTTGATGGCGACCCGAATGCGGCCTATTACGAGTATCAAGTCCGCAGCAATGACGGGAATTATTCAGACGTTAAAACCACGCATTTAAATCACATTGAATTGAATAGCACAGGTGCAACATACACCTTTCGAGTGCGTGCGATGGGTTGGTTTGGGCAACGTAGCGGCTATTCAACATATCGCTGTAGCGCATCGCTGGAGCAGCAGATTCCTGACAATGTCAGCCGTTTTGTGTCCTCGTATAGCGATAAAATCGCCGTTTTAGAATGGGCTAAAAATCCAGAGTTGTATGTTAAACACTATGAAATCAGGCAGGGTACCGCCTGGGAAAACTCAATTCTCATTGCAGAACTTAATAGCACCACACTGCATCTAACTCATGCCAGACCTGGCTTTTATTTGATTAAAGCGGTGAGTCAGTGGGGGATTAAATCAGCTGAAGCGAGTGCGTTAGAGCTGACCGACTTAACCCCTTTAAACATTATTCAAGAATACGATTATGCCGCTAATGATTGGCCGGGCGAATTTCATCATACCGCTGTTAATAATAATAACCATATTCGCTTATTTTCATACTACTCTTGGGGCGGTATGACTCAATCCTGGGAGGATTACGCCCTCCGTCATCTGAAGTGCAACACTCAGTAGAGAGTTCATATTCATACAGATAAACTCTCTAGTTCTCCTTTTGACTTAGAGGGTAGAGATGATTTATCGGCACTTAAATGAAAAAGATCGTTTTTATATCGAACAACGGTTATCAGAGGGAGACTCGCTCAGATCAATTGCTAGAGCACTTGGCTTTTCTCCTAGCACGATTAGCCGTGAGATTAAACGGCACACCCCAATCGATTTTAAAGGTCTTTATTGTCACCGGCTTACTTCTCGC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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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MALRNALFNLAFKTAPVTLGELELQVKELSIAEQQYYQQQHADLSETEASLLLICLSLCDLQGAKVFDVSEYKKLAELPLGIIKQITDAIVEVNGFNESAAHDLKKN
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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_017375780.1|4066_4462_+	HK97 gp10 family phage protein	Q6UAX1	Klebsiella_phage	4.3e-05	39.6
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WP_017375782.1|4808_5231_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375783.1|5232_5556_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375784.1|5612_5879_+	DUF4035 domain-containing protein	NA	NA	NA	NA
WP_036771950.1|5882_7961_+|tail	phage tail tape measure protein	A0A1J0GWA6	Alteromonas_phage	1.6e-50	31.2
WP_017375786.1|7953_8295_+|tail	phage tail protein	NA	NA	NA	NA
WP_017375787.1|8291_8963_+|tail	phage minor tail protein L	W6EC15	Rhizobium_phage	1.4e-27	33.6
WP_144420832.1|8892_9678_+	C40 family peptidase	A0A0R6PHF9	Moraxella_phage	5.1e-42	41.1
WP_017375789.1|9667_10225_+|tail	tail assembly protein	K7PM97	Enterobacterial_phage	2.7e-21	35.6
WP_048876251.1|10221_12912_+	host specificity protein J	A0A0R6PIC9	Moraxella_phage	8.0e-111	32.9
WP_017375652.1|12970_13399_+|transposase	transposase	NA	NA	NA	NA
WP_036771347.1|13426_14404_-|transposase	IS5 family transposase	A0A1B0VFY5	Salmonella_phage	3.9e-47	35.9