CRISPRimmunity

Overview of predicted results

Overview of the results

Contig_ID	Contig_def	CRISPR array number	Contig Signature genes	Self targeting spacer number	Target MGE spacer number	Prophage number	Anti-CRISPR protein number
NC_005362	Lactobacillus johnsonii NCC 533, complete sequence	1 crisprs	cas2,cas3,cas14j,c2c9_V-U4,DEDDh,DinG,csa3	24	0	5	0

1. NC_005362

CRISPR-Cas detection and classification

Crispr_ID: NC_005362_1

• CRISPR_ID: NC_005362_1
• CRISPR_location: 1588224-1592579
• CRISPR_type: Orphan
• Repeat_type: NA
• Spacer_info: 53 spacers

Consensus repeat of NC_005362_1

Consensus_repeat	Method
GCTTTCNCTCATNGATACTGAGTTNCTTANGCTTTCNCTCAT	CRT

spacers of NC_005362_1

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GCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAA
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GCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAG
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TGACACTGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
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GCTTACTGAGTTAGACAA
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GCTTACTGAGTTACTCAA
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GCTTACTGAGTTACTCAA
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TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
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GCTTACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATTGATACGGAGTTGCTTAG
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TGATACTGAGTTACTCAA
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TGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
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GCATACTGAGTTACTCAA
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GCTTACTGAGTTACTTAAACTTTCGCTCATTGACACTGAGATGCTTAA
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TGATACCGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCAT
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TGATACTGAGTTGCTTAG
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TGAGACAGAGTCGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTGCTTAG
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TGATACCGAGTTGCTTAA
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GCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAA
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GCTTACTGAGTTAGATAA
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GCTTACTGAGTTAGATAA
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GCTTACTGAGTTGCTTAA
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GCTTACTGAGTTGCTTAA
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GCTTACTGAGTTGCTCAA
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GCTTACTGAGTTACTTGAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAA
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TGACAATGAGTTGCTTAA
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GCTTACTAAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAG
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TGACACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATCGATACGGAGTTGCTTAA
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TGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCACTGAGTTGCTCAG
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TGACACTGAGTTACTCAA
>1.45|1591800|18|NC_005362|CRT
TGACACTGAGTTGCTTAG
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GCTTACTGAGTTAGATAA
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TGACACTGAGTTACTCAA
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CGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAA
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TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
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TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
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ACTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
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GCTTACTGAGTTACTCAAGCTCTCACTCATTGATACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
>1.53|1592460|78|NC_005362|CRT
GCTTACTGAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTGA

CRISPR arrays and Neighbor proteins around NC_005362_1

CRISPR arrays

The CRISPR arrays of NC_005362_1

>merge|NC_005362|1|1588224-1592579|CRT
GCTTTCACTCATTGAGACCGAATTACTTAAACTTTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCATACTCTCACTCATTGAGACCGAGTTGCTCATGCTTTCGCTCATTGATACTGAATTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCAAGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTCTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATACTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCGCTCATACTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTAGACAAGCTCTCACTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATTGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAGCTCTCACTCATTGATACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAACTTTCGCTCATAGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATGCATACTGAGTTACTCAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCACGCATACTGAGTTACTCAAGCTTTCACTCATTGAAACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAGGCTTACTGAGTTACTTAAACTTTCGCTCATTGACACTGAGATGCTTAAGCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTCATACTCTCGCTCATTGATACCGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCATGCTTCCACTCATCGATACTGAGTTACTTATGCTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATCGACACTGAGTTACTTATGCTTTCGCTCATTGACACTGAGCTACTCAAACTTTCGCTCATTGATACCGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAACTCTCACTCATTGAGACAGAGTCGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATCGATACCGAGTTGCTCATACTCTCGCTCATTGATACCGAGTTGCTTAAGCTCTCACTCATGTTTACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCATACTTACTGAGTTGCTCATGCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTTATGCTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCAGTCTCTCACTCATTGAGACCGAGTTACTTATGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTATGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTCTCACTCATTGACACTGAGTTAGATAAGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAAGCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTTAAACTTTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATCGATACGGAGTTACTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTGAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTACTTAGGCTTTCACTCATTGACAATGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATCGATACGGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTAAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATCGATACGGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTACTCAAACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCAAGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTCTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTCTCACTCATTGACACTGAGTTACTCAAGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATACTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAGCTCTCACTCATTGATACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTGAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCAT

>NC_005362|1|1|1588224-1592579|CRT
GCTTTCACTCATTGAGACCGAATTACTTAAACTTTCGCTCAT	CGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCATACTCTCACTCATTGAGACCGAGTTGCTCAT
GCTTTCGCTCATTGATACTGAATTGCTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCAA
GCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAA
GCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTCAA
GCTCTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCATGCTTACTGAGTTAGATAA
GCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAGACTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCAT	TGATACTGAGTTACTCAT
GCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCAT	ACTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCGCTCAT	ACTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATTGATACGGAGTTGCTTAG
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTAGACAA
GCTCTCACTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTCAA
ACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTCAA
ACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCAT	TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
GCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCATTGATACGGAGTTGCTTAG
GCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTCAAGCTCTCACTCAT	TGATACTGAGTTACTCAA
ACTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCAT	TGATACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
ACTTTCGCTCATAGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCAT	GCATACTGAGTTACTCAA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCAT	TGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCACGCATACTGAGTTACTCAA
GCTTTCACTCATTGAAACGGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAG	GCTTACTGAGTTACTTAAACTTTCGCTCATTGACACTGAGATGCTTAA
GCTTTCACTCATCGACACTGAGTTGCTCATACTCTCGCTCAT	TGATACCGAGTTGCTTAAACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTCAT
GCTTCCACTCATCGATACTGAGTTACTTATGCTCTCGCTCAT	TGATACTGAGTTGCTTAG
ACTTTCACTCATCGACACTGAGTTACTTATGCTTTCGCTCAT	TGACACTGAGCTACTCAAACTTTCGCTCATTGATACCGAGTTGCTTAA
ACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAAACTCTCACTCAT	TGAGACAGAGTCGCTTAAGCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTGCTTAG
ACTTTCACTCATCGATACCGAGTTGCTCATACTCTCGCTCAT	TGATACCGAGTTGCTTAA
GCTCTCACTCATGTTTACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCAT	ACTTACTGAGTTGCTCATGCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTTAT
GCTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTCAGTCTCTCACTCAT	TGAGACCGAGTTACTTAT
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAA
GCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTATGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAA
GCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTAGATAA
GCTTTCGCTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTCTCACTCAT	TGACACTGAGTTAGATAAGCTTTCACTCATCGATACTGAGTTACTCAT
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTAGATAA
GCTTTCACTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTGCTTAA
ACTTTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTGCTTAA
GCTTTCACTCATCGATACGGAGTTACTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTGCTCAA
ACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTTGAGCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAA
GCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTACTTAGGCTTTCACTCAT	TGACAATGAGTTGCTTAA
GCTTTCACTCATCGATACGGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	GCTTACTAAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAG
GCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTACTCATGCTTTCGCTCAT	TGACACTGAGTTACTCATGCTTTCACTCATCGATACGGAGTTGCTTAA
GCTTTCGCTCATCGATACTGAGTTACTCAAACTTTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCACTGAGTTGCTCAG
ACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCGCTCAT	TGACACTGAGTTACTCAA
GCTTTCACTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTCTCACTCAT	TGACACTGAGTTGCTTAG
ACTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAGGCTCTCACTCAT	GCTTACTGAGTTAGATAA
GCTCTCGCTCATCGATACTGAGTTGCTCAAGCTCTCACTCAT	TGACACTGAGTTACTCAA
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ACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCAT	TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCAT	TGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
GCTTTCACTCATTGACACTGAGTTGCTTAAGCTTTCACTCAT	ACTTACTGAGTTACTTAAGCTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTCAT
GCTTTCACTCATGCTTACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTACTCAAGCTCTCACTCATTGATACTGAGTTACTCAAACTTTCGCTCATGCTTACTGAGTTACTTAA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGGCTTTCACTCAT	GCTTACTGAGTTGCTCAAACTCTCGCTCATTGATACTGAGTTGCTTAGACTTTCACTCATGCTTACTGAGTTACTTGA
GCTTTCGCTCATTGATACTGAGTTAGATAAGCTCTCGCTCAT

Neighbor Proteins Overview

Protein	Signature genes	Signature genes Name	Protein_function
NC_005362.1|WP_004893510.1|1577661_1578219_+|ECF-type-riboflavin-transporter-substrate-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|184218
NC_005362.1|WP_011162397.1|1605633_1607880_-|DNA-helicase-PcrA	unknown	unknown	gnl|CDD|273429
NC_005362.1|WP_044496711.1|1583659_1585678_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|163440
NC_005362.1|WP_011162385.1|1579954_1580785_+|energy-coupling-factor-transporter-transmembrane-protein-EcfT	unknown	unknown	gnl|CDD|223692
NC_005362.1|WP_011162390.1|1587297_1587720_-|hypothetical-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|133037
NC_005362.1|WP_011162383.1|1576795_1577641_+|S-adenosyl-l-methionine-hydroxide-adenosyltransferase-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224824
NC_005362.1|WP_011162395.1|1602427_1603567_-|CamS-family-sex-pheromone-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|377863
NC_005362.1|WP_011162386.1|1580847_1581561_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|198414
NC_005362.1|WP_011162382.1|1575293_1576670_+|Na+/H+-antiporter-NhaC	unknown	unknown	gnl|CDD|188097
NC_005362.1|WP_011162398.1|1607977_1608604_-|glycoside-hydrolase-family-73-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|224619
NC_005362.1|WP_011162389.1|1585940_1587125_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|163440
NC_005362.1|WP_004893490.1|1599241_1600672_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatB	unknown	unknown	gnl|CDD|235489
NC_005362.1|WP_011162399.1|1608605_1609223_-|ECF-transporter-S-component	unknown	unknown	gnl|CDD|378961
NC_005362.1|WP_011162384.1|1578240_1579962_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	unknown	unknown	gnl|CDD|213192
NC_005362.1|WP_011162394.1|1600675_1602115_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatA	unknown	unknown	gnl|CDD|234572
NC_005362.1|WP_004897863.1|1602114_1602417_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatC	unknown	unknown	gnl|CDD|178810
NC_005362.1|WP_011162393.1|1598309_1599218_-|diacylglycerol-kinase	unknown	unknown	gnl|CDD|237282
NC_005362.1|WP_011162392.1|1597234_1598050_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase	unknown	unknown	gnl|CDD|319818
NC_005362.1|WP_011162396.1|1603588_1605595_-|NAD-dependent-DNA-ligase-LigA	unknown	unknown	gnl|CDD|236137
NC_005362.1|WP_011162387.1|1581635_1583660_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	unknown	unknown	gnl|CDD|163440

rpsblast for functional proteins

Protein	Function_ID	Function_description	E-value
NC_005362.1|WP_004893510.1|1577661_1578219_+|ECF-type-riboflavin-transporter-substrate-binding-protein	gnl|CDD|184218	PRK13661, PRK13661, ECF-type riboflavin transporter substrate-binding protein.	2.56387e-91
NC_005362.1|WP_011162397.1|1605633_1607880_-|DNA-helicase-PcrA	gnl|CDD|273429	TIGR01073, ATP-dependent_DNA_helicase_PcrA, ATP-dependent DNA helicase PcrA. Designed to identify pcrA members of the uvrD/rep subfamily. [DNA metabolism, DNA replication, recombination, and repair].	0
NC_005362.1|WP_044496711.1|1583659_1585678_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	gnl|CDD|163440	TIGR03728, glyco_access_1, glycosyltransferase, SP_1767 family. Members of this protein family are putative glycosyltransferases. Some members are found close to genes for the accessory secretory (SecA2) system, and are suggested by Partial Phylogenetic Profiling to correlate with SecA2 systems. Glycosylation, therefore, may occur in the cytosol prior to secretion.	5.07409e-154
NC_005362.1|WP_011162385.1|1579954_1580785_+|energy-coupling-factor-transporter-transmembrane-protein-EcfT	gnl|CDD|223692	COG0619, CbiQ, ABC-type cobalt transport system, permease component CbiQ and related transporters [Inorganic ion transport and metabolism].	1.11947e-35
NC_005362.1|WP_011162390.1|1587297_1587720_-|hypothetical-protein	gnl|CDD|133037	cd04194, GT8_A4GalT_like, A4GalT_like proteins catalyze the addition of galactose or glucose residues to the lipooligosaccharide (LOS) or lipopolysaccharide (LPS) of the bacterial cell surface. The members of this family of glycosyltransferases catalyze the addition of galactose or glucose residues to the lipooligosaccharide (LOS) or lipopolysaccharide (LPS) of the bacterial cell surface. The enzymes exhibit broad substrate specificities. The known functions found in this family include: Alpha-1,4-galactosyltransferase, LOS-alpha-1,3-D-galactosyltransferase, UDP-glucose:(galactosyl) LPS alpha1,2-glucosyltransferase, UDP-galactose: (glucosyl) LPS alpha1,2-galactosyltransferase, and UDP-glucose:(glucosyl) LPS alpha1,2-glucosyltransferase. Alpha-1,4-galactosyltransferase from N. meningitidis adds an alpha-galactose from UDP-Gal (the donor) to a terminal lactose (the acceptor) of the LOS structure of outer membrane. LOSs are virulence factors that enable the organism to evade the immune system of host cells. In E. coli, the three alpha-1,2-glycosyltransferases, that are involved in the synthesis of the outer core region of the LPS, are all members of this family. The three enzymes share 40 % of sequence identity, but have different sugar donor or acceptor specificities, representing the structural diversity of LPS.	7.42902e-23
NC_005362.1|WP_011162383.1|1576795_1577641_+|S-adenosyl-l-methionine-hydroxide-adenosyltransferase-family-protein	gnl|CDD|224824	COG1912, COG1912, Uncharacterized conserved protein [Function unknown].	3.86079e-121
NC_005362.1|WP_011162395.1|1602427_1603567_-|CamS-family-sex-pheromone-protein	gnl|CDD|377863	pfam07537, CamS, CamS sex pheromone cAM373 precursor. This family includes CamS, from which Staphylococcus aureus sex pheromone staph-cAM373 is processed.	3.24142e-138
NC_005362.1|WP_011162386.1|1580847_1581561_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein	gnl|CDD|198414	cd10432, BI-1-like_bacterial, Bacterial BAX inhibitor (BI)-1/YccA-like proteins. This family is comprised of bacterial relatives of the mammalian members of the BAX inhibitor (BI)-1 like family of small transmembrane proteins, which have been shown to have an antiapoptotic effect either by stimulating the antiapoptotic function of Bcl-2, a well-characterized oncogene, or by inhibiting the proapoptotic effect of Bax, another member of the Bcl-2 family. In plants, BI-1 like proteins play a role in pathogen resistance. A characterized prokaryotic member, Escherichia coli YccA, has been shown to interact with ATP-dependent protease FtsH, which degrades abnormal membrane proteins as part of a quality control mechanism to keep the integrity of biological membranes.	5.23367e-46
NC_005362.1|WP_011162382.1|1575293_1576670_+|Na+/H+-antiporter-NhaC	gnl|CDD|188097	TIGR00931, Uncharacterized_Na+/H+_antiporter_HI_1107, Na+/H+ antiporter NhaC. A single member of the NhaC family, a protein from Bacillus firmus, has been functionally characterized.It is involved in pH homeostasis and sodium extrusion. Members of the NhaC family are found in both Gram-negative bacteria and Gram-positive bacteria. Intriguingly, archaeal homolog ArcD (just outside boundaries of family) has been identified as an arginine/ornithine antiporter. [Transport and binding proteins, Cations and iron carrying compounds].	9.53115e-108
NC_005362.1|WP_011162398.1|1607977_1608604_-|glycoside-hydrolase-family-73-protein	gnl|CDD|224619	COG1705, FlgJ, Muramidase (flagellum-specific) [Cell motility and secretion / Intracellular trafficking and secretion].	8.74322e-57
NC_005362.1|WP_011162389.1|1585940_1587125_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	gnl|CDD|163440	TIGR03728, glyco_access_1, glycosyltransferase, SP_1767 family. Members of this protein family are putative glycosyltransferases. Some members are found close to genes for the accessory secretory (SecA2) system, and are suggested by Partial Phylogenetic Profiling to correlate with SecA2 systems. Glycosylation, therefore, may occur in the cytosol prior to secretion.	4.53182e-148
NC_005362.1|WP_004893490.1|1599241_1600672_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatB	gnl|CDD|235489	PRK05477, gatB, Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatB.	0
NC_005362.1|WP_011162399.1|1608605_1609223_-|ECF-transporter-S-component	gnl|CDD|378961	pfam12822, ECF_trnsprt, ECF transporter, substrate-specific component. Energy-coupling factor (ECF) transporters consist of a substrate-specific component (known as the S component), and an energy-coupling module. The substrate-binding component is a small integral membrane protein which captures specific substrates and forms an active transporter in the presence of the energy-coupling AT module.	6.70266e-06
NC_005362.1|WP_011162384.1|1578240_1579962_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein	gnl|CDD|213192	cd03225, ABC_cobalt_CbiO_domain1, First domain of the ATP-binding cassette component of cobalt transport system. Domain I of the ABC component of a cobalt transport family found in bacteria, archaea, and eukaryota. The transition metal cobalt is an essential component of many enzymes and must be transported into cells in appropriate amounts when needed. This ABC transport system of the CbiMNQO family is involved in cobalt transport in association with the cobalamin (vitamin B12) biosynthetic pathways. Most of cobalt (Cbi) transport systems possess a separate CbiN component, the cobalt-binding periplasmic protein, and they are encoded by the conserved gene cluster cbiMNQO. Both the CbiM and CbiQ proteins are integral cytoplasmic membrane proteins, and the CbiO protein has the linker peptide and the Walker A and B motifs commonly found in the ATPase components of the ABC-type transport systems.	7.94372e-86
NC_005362.1|WP_011162394.1|1600675_1602115_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatA	gnl|CDD|234572	PRK00012, gatA, Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatA.	0
NC_005362.1|WP_004897863.1|1602114_1602417_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatC	gnl|CDD|178810	PRK00034, gatC, Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit GatC.	1.74298e-28
NC_005362.1|WP_011162393.1|1598309_1599218_-|diacylglycerol-kinase	gnl|CDD|237282	PRK13055, PRK13055, putative lipid kinase; Reviewed.	0
NC_005362.1|WP_011162392.1|1597234_1598050_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase	gnl|CDD|319818	cd07516, HAD_Pase, phosphatase, similar to Escherichia coli Cof and Thermotoga maritima TM0651; belongs to the haloacid dehalogenase-like superfamily. Escherichia coli Cof is involved in the hydrolysis of HMP-PP (4-amino-2-methyl-5-hydroxymethylpyrimidine pyrophosphate, an intermediate in thiamin biosynthesis), Cof also has phosphatase activity against the coenzymes pyridoxal phosphate (PLP) and FMN. Thermotoga maritima TM0651 acts as a phosphatase with a phosphorylated carbohydrate molecule as a possible substrate. Escherichia coli YbhA is also a member of this family and catalyzes the dephosphorylation of PLP, YbhA can also hydrolyze erythrose-4-phosphate and fructose-1,6-bis-phosphate. Members of this family belong to the haloacid dehalogenase-like (HAD) hydrolases, a large superfamily of diverse enzymes that catalyze carbon or phosphoryl group transfer reactions on a range of substrates, using an active site aspartate in nucleophilic catalysis. Members of this superfamily include 2-L-haloalkanoic acid dehalogenase, azetidine hydrolase, phosphonoacetaldehyde hydrolase, phosphoserine phosphatase, phosphomannomutase, P-type ATPases and many others. HAD hydrolases are found in all three kingdoms of life, and most genomes are predicted to contain multiple HAD-like proteins. Members possess a highly conserved alpha/beta core domain, and many also possess a small cap domain, the fold and function of which is variable. HAD hydrolases are sometimes referred to as belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases.	4.66859e-81
NC_005362.1|WP_011162396.1|1603588_1605595_-|NAD-dependent-DNA-ligase-LigA	gnl|CDD|236137	PRK07956, ligA, NAD-dependent DNA ligase LigA; Validated.	0
NC_005362.1|WP_011162387.1|1581635_1583660_-|SP_1767-family-glycosyltransferase	gnl|CDD|163440	TIGR03728, glyco_access_1, glycosyltransferase, SP_1767 family. Members of this protein family are putative glycosyltransferases. Some members are found close to genes for the accessory secretory (SecA2) system, and are suggested by Partial Phylogenetic Profiling to correlate with SecA2 systems. Glycosylation, therefore, may occur in the cytosol prior to secretion.	2.9873e-145

Protein sequences

>NC_005362.1|WP_011162390.1|1587297_1587720_-|hypothetical-protein
MFLLLYGKFLIPELVDEDEVLYLGNNTIIDQNLDDLFAIDVEDKPLYAIIDFVHPDKFNMGVMLINNIYWRNNNIGNQFLELSKNYGLVYEQAMINDGFGINIGKLPEIYNYQIGFGDPNFELTNSYLYYVDTVERPAII
>NC_005362.1|WP_011162389.1|1585940_1587125_-|SP_1767-family-glycosyltransferase
MAHKNLIRRLPNIHFNIVSGRALYTGLDILTQNGNATLYPQILNYQLKSIIEKTDLCFDIGYGNKNVHFETVLKLLDIPTFAFRDTQYHEQSNNYYVADSMDEMIKQVNKLPANSSKKSFDDIFDISVKSIDETLDEIIENKKSVVRIGDGELDLIYGEDIIYQHFNPELAKILKDSILNNHNPRVLTCLPDIFTNLDRYNEMRGYYAVGVLPRFSDFFKEIEKTKYSYGSTFMSRMYMSFKDKSKSQHYFHKLRKIWQNKDILIVEGEYTRSGVGNDLFENVRSIQRIICPAEDAYDEVHEIEEAIRNNAQNKLILLMLGPTAKVIVNDLQDLDNQILDIGHIDTKYEWFKMDAKYVVSIGKNKHMAESVDKNLNEEDNPQYQKEIIMKINKK
>NC_005362.1|WP_044496711.1|1583659_1585678_-|SP_1767-family-glycosyltransferase
MKTIVLNGDYGFLDKIETTVKSIIYHNQKVKIYVINPDIPHEWFINLNQYLSQIGSQIVDKKIDQAYLNDVNSSFKGIKNIAFARILIPELIKEDKVLYLDCDTVVNANLDELFNIDLENKWVCGVRDYQVPAEFNSGMLLINNKKWKESNIVSSLLEKAKGPNLRNGDQTVINEVFKDKIEELDLSYNYQIGFEKAAFWGNLQKTTQFLDKVKKPKIIHFITEDKPFNLVSTVSLRNKWWHYRRLEWSEIISKYSSFDKSKIKDLSFDGEAFLLTRMADVQNIEQLIQKLPNIRFNIAAYTPMAFLLLKLTQYDNVRLFPTIIGKPLDREINEADIYLDINYGPKADEIIERIMKRRIPIFSFDQTKSQNLDYDNYQVFRDNQIDEMAEAIKETVKTNAPKYNIRVKDMDESLNLILQDNKSVIRFGDGEFDLIRGASIPYQTYDSELANRLKDIILRGQFNNTLVCLPDVFTKPERYQDFTQSFYEKSFFPNNESFLKEIGQTGNWYGSTFISRPYIDLVDKSKSAVYFNKLKQLWSGRDLLIVEGALTRSGVGNDLFTNTKSIKRILAPSKNAYQKIDQIEQMIRENAEDRLILLMLGPTAKVVVDDLQDLENQIIDLGHIDSEYEWFKMGATHKVKLENKHTAEFNFDENINAVHDKAYENEIIGKIE
>NC_005362.1|WP_011162387.1|1581635_1583660_-|SP_1767-family-glycosyltransferase
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>NC_005362.1|WP_011162386.1|1580847_1581561_+|Bax-inhibitor-1/YccA-family-protein
MNNFSQEPERRTIVDVTGLNRFLSRMYGMMTIAVLVSALSAYLTMTVFRTQVMTLFASNPAMTWILLLVPLALTFGISFRATRNPVASFVMLMIMAIVYGVEFSLIAGAYTGHSIASAFVASSTVFITMAVIGTTTKKNLNNLGSYASAALIGLIVAMLINMFLRNPMVSYIFSFIAVIIFTILTAWDAQRMKQIYENYSGQVSVDGLAVAGALALYLDFVNLFLQFLQIFGFSDRN
>NC_005362.1|WP_011162385.1|1579954_1580785_+|energy-coupling-factor-transporter-transmembrane-protein-EcfT
MNDSKILGYQPGNSFIHALNATTKMIFLILVSIACMVTYDTRFLIAICILSLILLKIAGIKWKQVSFIVKFIIVFAIINIIAVFIFQPTYGETLYHSKTVLINAGYFTLTAQELFYLFNVILKYICSIPLVLLFLLTTNPSQFAASLNKIGVSYKVAYAVSLALRYIPNIQESYWSISAAQQARGNELSKKASLGKRIHGTLNIVTPLIFSSLDRIDTISTAMQLRRFGSKKKRTWYVAENFNLADYLVTTLAFILVLVVILLFKVNSGRFYNPFV
>NC_005362.1|WP_011162384.1|1578240_1579962_+|ABC-transporter-ATP-binding-protein
MTEPIIEFKDFSFKYNSQAEPTLKNINLKINKGEKILLAGPSGSGKSTIGRCLNGLIPNIDQGEVKGKCLVNGKDITSTSLFDFSFTTSTILQDADSQFIGLTVGEDIAFALENDCQPKDKMHQTVNQWANELKIKELLTQSPQSLSGGQKQIVALAGVLVDESPILLFDEPLANLDPASGLKTMAIIDKIQKELNATVIIIEHRVEEVLSQLIDRIILVNEGTIVADQPTNQLLHSNTLEKIGVREPLYLKALTAADVNLSSIKEVDQISTLPVSEKISDKLAAWTKQAKITKKEVDNLPLLKLDHVGHQYSKNQPYPLKDVSTTINQGDFISIVGQNGAGKTTLCRTICGFISNEGKITLKDQNLSDLSIKERAEKIGYVMQDPNQMISQKMIFDEIALGLRLRNVDEETIKQKVDQTLKICGLYPFRHWPISALSFGQKKRVTIAAILVLEPEIIILDEPTAGQDWKTYTEIMSFLKHLNTMGKTIIIITHDMHLMLEYTSRSLAFAKGKLIADTTPIELLTNQALIKEASLKRTSLYDLAKHYNLPDPNKFVQAYINFEQQNWKDEDYE
>NC_005362.1|WP_004893510.1|1577661_1578219_+|ECF-type-riboflavin-transporter-substrate-binding-protein
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>NC_005362.1|WP_011162383.1|1576795_1577641_+|S-adenosyl-l-methionine-hydroxide-adenosyltransferase-family-protein
MTTNHFLVLQTDFGLKDGAVSAMHGVAHMVAPHVIVSDLTHEIPPYDIWAASYRLYQTIKYWPKGTTFVSVVDPGVGSNRKSIAAKTQSGQFIITPDNGSLTHVATYMGLEEVREIDEQKNRLPYSSESNTFHGRDIYAYNGALLAEGEKSFEDLGETLDPTSIVKLPLTEASLENDHLRGSIDVLDIRFGSLWTNIPYDLIKKANIQRGDKLTVTITYQDQVYYHDTIPFVRSFADAPISDPLIYINSLVNVGIALNQASFADTYNIGTGNDWKIDLIKE
>NC_005362.1|WP_011162382.1|1575293_1576670_+|Na+/H+-antiporter-NhaC
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>NC_005362.1|WP_011162392.1|1597234_1598050_-|Cof-type-HAD-IIB-family-hydrolase
MAVKLIAVDLDGTLLTSGNTISPETLRTLQVAHGMGVKIVLASGRPLSGVMPFETQLGLEGPEEYAVVFNGAVVQDLSGKVLMSQEMNYRDFEVMLRLQRLAHVNLHFETTERFWTLDRDLSVQMQINAALTDNEIRVRERKEIPQDFTFNKVGFTCAKDSDQIEKLWNSIPYWAFESYDIVHSLDNCIELNGIGASKGNALMDLAQRLKISPEDVMVFGDQGNDVSMFENSSFKKIAMGNAIEDIKEKADFVTDDNNHNGIAKALKKFVI
>NC_005362.1|WP_011162393.1|1598309_1599218_-|diacylglycerol-kinase
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MNFKSTIGLEVHFELKTKSKIFSPSPVSYGAEANTETNVIDWAMPGVLPRLNKDVYRLGIMVALATHSHVLPVTHFDRKNYFYPDNPKAYQITQFFQPLARDGYIEIEVRGKKKRIGIHEMHIEEDAGKNTHGANGYSYVDLNRQGVPLLEVVSEPDMEDPEEAYAYLTKLRQIVQFTGASDVKMEEGSMRVDTNISIRPAGQEKLGTKVEMKNLNSFDHVRRSLAYEEKRQQQVLLSGGRVQLSTRRFDEATGKTVLERVKEGDADYRYFPEPDIAPYHIKQSWIDEIEESLPESPFERRKRYVEEYGIKEYDADVILQTKESSDFYDAAVAAGADPTLAANWLNTQVNGYLNENQVGIADIKLTPEHLAEMIKMIKDGTISSKIAKKVFKESIENGTDPKKYVEDKGMVQLSDVSVLGPMVTKVVDDNPQSVEDFKNGKDRAIGFLVGQIMKQTRGKANPKVVNQLLNKELQSR
>NC_005362.1|WP_011162394.1|1600675_1602115_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatA
MNYLNENIDSLNKKLQDGEITAEDLAKETVKNIKETDKKINAWITVDEEAKPAENLDFNKNKLAGIPIAIKDNIITNGMKTTAASHILYNYMPVYDATVISKLKKAQATFVGKTNMDEFAMGSSTEHSYYGETHNPWNLDKVPGGSSGGSAAAVASGEVVAALGSDTGGSIRQPAAFNGIFGIKPTYGRVSRWGLIAFGSSLDQIGVMSKRVKDSAEVLNVIAGPDEHDATVSEQEVPDYTSFLGQDVKGLRVAVPKEYMDAVDGEMREVIQKQIDVLKDAGAIINEVSLPHTKYVVPTYYIVASSEASSNLQRYDGIRYGYRAKDTKNLLDVYVKSRSEGFGDEVKRRIMLGSFALSAGAYDEFFKKAAQVRTLICRDFEKIFEENDVIVGPTTTEPAFGIGEEISDPIKMYNNDLLTISANLAGIPAASVPAGLVDGMPAGLQIMAKRFDEGNVFKVADFIERNNKFYEKTPTGMED
>NC_005362.1|WP_004897863.1|1602114_1602417_-|Asp-tRNA(Asn)/Glu-tRNA(Gln)-amidotransferase-subunit-GatC
MKITKDEINHVAALSRLEFGEDEIDKFTEQMGDIINMAHQLAEVDTEGVPETVQVVDRETDFREDKPEHWESRAELMKNVPEKADGFIKVPVIIDKDDNE
>NC_005362.1|WP_011162395.1|1602427_1603567_-|CamS-family-sex-pheromone-protein
MKRFLQIALLLATGLSLSACGNLKNSDLANNPTTSTTKKKSYQTTSTSKNGYNVLLKDGEYVTSPIEGTTENTSDNNVDSRALESGLIDLSHNTFSSSKYVFQEGQKISVADATDWLGRKSKSNPEGLNAEKSNKKNSYNPIILDQILEQDFLTKSNSSYKMDGMSIGLALNSVDYYQKVKDGPQYHKDISRAEQETFGKEAANKLVSYLRKKKGLKDIPILVGLFSKTSKDSLVGGNYFAYGIANANSSKINDWKTVNNRSQVLPTVGSEKAINSTDAASFSDFKAAIQGYFPNISGVTATVHYQNKTLTQMNITVTTQFFGYAQIESFSRLVLSAAKKYLPKDAPIEIKINSVNDTQALIAKNSADDSYYVHVFGGE
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162. spacer 1.38|1591266|18|NC_005362|CRT matches to position: 438856-438873, mismatch: 2, identity: 0.889

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170. spacer 1.46|1591860|18|NC_005362|CRT matches to position: 437296-437313, mismatch: 2, identity: 0.889

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172. spacer 1.46|1591860|18|NC_005362|CRT matches to position: 437476-437493, mismatch: 2, identity: 0.889

gcttactgagttagataa	CRISPR spacer
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173. spacer 1.46|1591860|18|NC_005362|CRT matches to position: 437566-437583, mismatch: 2, identity: 0.889

gcttactgagttagataa	CRISPR spacer
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174. spacer 1.46|1591860|18|NC_005362|CRT matches to position: 438856-438873, mismatch: 2, identity: 0.889

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175. spacer 1.46|1591860|18|NC_005362|CRT matches to position: 497863-497880, mismatch: 2, identity: 0.889

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176. spacer 1.47|1591920|18|NC_005362|CRT matches to position: 437656-437673, mismatch: 2, identity: 0.889

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177. spacer 1.47|1591920|18|NC_005362|CRT matches to position: 438676-438693, mismatch: 2, identity: 0.889

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178. spacer 1.47|1591920|18|NC_005362|CRT matches to position: 438736-438753, mismatch: 2, identity: 0.889

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179. spacer 1.47|1591920|18|NC_005362|CRT matches to position: 438886-438903, mismatch: 2, identity: 0.889

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181. spacer 1.51|1592250|48|NC_005362|CRT matches to position: 437866-437913, mismatch: 2, identity: 0.958

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182. spacer 1.51|1592250|48|NC_005362|CRT matches to position: 437956-438003, mismatch: 2, identity: 0.958

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183. spacer 1.51|1592250|48|NC_005362|CRT matches to position: 438046-438093, mismatch: 2, identity: 0.958

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184. spacer 1.51|1592250|48|NC_005362|CRT matches to position: 438136-438183, mismatch: 2, identity: 0.958

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185. spacer 1.51|1592250|48|NC_005362|CRT matches to position: 438226-438273, mismatch: 2, identity: 0.958

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Prophage detection

Region	Region Position	Protein_number	Hit_taxonomy	Key_proteins	Att_site
DBSCAN-SWA_1	269932 : 374448	105	Lactobacillus_prophage(72.58%)	integrase,terminase,protease,tail,capsid,portal,tRNA,head,holin,transposase	attL 267727:267743|attR 332177:332193
DBSCAN-SWA_2	662959 : 675693	13	Bacillus_phage(50.0%)	protease,bacteriocin,transposase	NA
DBSCAN-SWA_3	1008720 : 1019082	9	Moraxella_phage(16.67%)	protease,tRNA	NA
DBSCAN-SWA_4	1260690 : 1330377	74	Lactobacillus_prophage(83.64%)	terminase,integrase,tail,portal,tRNA,head,holin	attL 1285375:1285392|attR 1332266:1332283
DBSCAN-SWA_5	1603588 : 1611776	7	Ralstonia_phage(16.67%)	transposase	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_1

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_1

>NC_005362|269932:374448|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_1

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_167315937.1|364808_364964_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_148138677.1|367394_367499_-	type I toxin-antitoxin system Fst family toxin	Q65YV5	Lactobacillus_phage	8.2e-09	85.3
WP_011161515.1|367572_367791_+	hypothetical protein	Q6SE62	Lactobacillus_prophage	3.5e-33	100.0
WP_011161516.1|368142_370611_+|protease	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit	A0A223W0B1	Agrobacterium_phage	3.4e-124	33.1
WP_044496625.1|370809_374448_+	DNA-directed RNA polymerase subunit beta	A0A1B1ISA9	uncultured_Mediterranean_phage	6.7e-52	25.2

Sequences of DBSCAN-SWA_2

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_2

>NC_005362|662959:675693|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_2

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Homologous phage analysis in the prophage region

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WP_011161709.1|665124_667284_+	peptide cleavage/export ABC transporter	W8CYL7	Bacillus_phage	3.8e-47	27.5
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WP_011161711.1|668014_668242_+|bacteriocin	bacteriocin lactacin-F subunit LafA	NA	NA	NA	NA
WP_011161712.1|668252_668441_+|bacteriocin	Blp family class II bacteriocin	NA	NA	NA	NA
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WP_011161716.1|670865_673025_+	peptide cleavage/export ABC transporter	W8CYL7	Bacillus_phage	8.5e-47	26.7
WP_011161717.1|673035_673629_+	HlyD family efflux transporter periplasmic adaptor subunit	NA	NA	NA	NA
WP_011161718.1|673778_673973_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011161719.1|674085_674376_+|bacteriocin	bacteriocin immunity protein	NA	NA	NA	NA
WP_152023290.1|674730_675693_+|protease	CPBP family intramembrane metalloprotease	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_3

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_005362|1008720:1019082|DBSCAN-SWA
TATGGCAGAAGTAGAACCAAATAATTCTCATCAAAATAAAGAAATTTCAAATAATAAAAAGAAGCATCTTCCCAAATATGCTCAATTTTTGTTAACTGGTATAGCTGGTGCGGCAATTGGTGCAGGTTTGACCTTTGGAATTATGGAAGTTAAGGAACTAAAGTCACCTTTTTATCAAGTTGAAAAAGTGTATGAGCAATTACAAGGTTCATATTATAAAAAAGTCTCACCGCAAACATTGCGCCAGGGGGCAATTAACGGGATGCTTAATAGTCTTAACGATCCTTTTTCTGAGGGATTAAGTGGAGCAAACCAAGAACAAGTTAATAATATTTTAGAGGGTTCGAGTTTTGGCGGAGTAGGTATTCAGATGGCAGTACGCAACAATAAAGTTGTTGTGGACTCTATTGTTGCTGACTCTCCAGCTTCAAAAAGTACTATTAAACCTGGCGATGAGATTGTTGCCGTTAATAATAAAAAAGTAAGTGCAGCTCAGTTTAGTAAAGTAGCTCCTTTAGTCAGAGGAAAAATTGGTACAAAAGTCACCTTGAAACTTAGACGTGCTAACTCTACTTTTAACGTTACCTTAAAGCGGGCTAAAATCTCCCAATCTAGCTTAACTAAGCGAACTGAAGGTAATGCAACAATTATTACAATTACACAATTTGACGTTAATACGGCTAAAGATTTAAAGAGTGCTTTAAAGTCAATTGATACTAAAAAATATCCTAAGTTAATTATTGACTTGCAAGATAATCCTGGTGGTGCAATGGATGCTGCTTTGAAGTCTGCATCGTATTTCTTGCCAAATAATAAAATTATTATGCAATATCAGGATCGCAAGCAAAAAGAAGTTATTCGCTCTGATAAAAAGCTTTCTGGTGGCTTCCATACAAACCTAAAGCCAATTATTTTGATTAATGCTAATACAGCCAGTGCCAGTGAAATCTTTACCGCAGCTCTTGTTCAAAATCACCGGGCAGTTTCTGTTGGTCAAACGAGCTATGGTAAGGGAACAGTGCAAGAAGTAGGGCAGACGCAAGATTCAGAATATAAATATACAATTGCTAAGTGGCTTACACCCGATGGAACTTGGATTAACCAAAAAGGGTTAAAGCCAACTTATCCTGTTCCTGAATCTTCTTTAGCTAAACTACCTCAATTCCAAAGCATGAGTATTCTGAAGAAATCAATGACTGGTGTTGATGTGGCAACTCTGCAGCAATATTTGACTGCCTTAGGCTATATGCCAAAGCATGTTACAGGAGTTTTTAATGATGAAACTAAGAATGCAGTTATTGAGTTTCAAAAAGCCCATGGCTTGACAGCAGATGGTATAGTAAATGGGCAAGTACAAGCGCAACTTTATTTAGCGGTTGCACAAAAACTGCAAGATGATAATCCCGCTTTAAAGAAGGCAATGAGTTTAAATCTAAAGGAAATGGAGGATTAAAAATGGCAACTATTCAATGGTATCCAGGACATATGAATAAGGCTAAAAATCAGCTAGAAGATAATCTAGACTTGATTGATGTCTTAATTGAAGTTTTAGATGCGCGTTTACCAGTTTCTTCTCGTAATCCAATGATTGGACAATTAACAAAGAAGAAACCGCATATTATTGTTTTAAATAAGGCTGATTTGGCTGATCCAATTCAAACTAAAAAATGGACTCATTATTATCAAGATGAGGGTAACTTCGTGATTTCGATGGATGCCCAGCATACTACAAACATGACTAGTCTATTTAAAATTATCAAGTTGGCTGGTAAGGAAAAGACAGATAAATTAATTGCAAAAGGTGCATCAAATCCAATGATTCGAGTAGCTATTGCAGGAATTCCAAACTGTGGTAAATCTACTATTATTAATCGTATGGTTGGAAGAAATGCTGCAATTGTTGGTGATAAGCCTGGTGTAACACGTGGACAAAGTTGGTTAAAGACAAAGACTAATGTTCAGATTTTAGATACACCAGGGATTTTGTGGCCTAAGTTTTCTGATCAAGAAGTAGGTTACAAATTAGCAGCTTGCGGGGCAATTAAGGCGGATATTTTTCATCCCGATGATGTTGCCTTATTTGTGATTGAATTTTTGAAGCAAAATTATCGCGATGATCTTGTTAAATTTGCACGAATTTCAAGTGAAGAGATGGACAGTATGTCTAATCCAGATTTATTGTTAGCAATGACCAATAAATACGGTATGCGAGATGACTATGATAAGTTTTCACTCTTTATGCTTCAACGTTTACGCAAGGGAAAATTGGGAAGGATTACGTTCGATCTTAGATGACGATTACTGAGATAAAGAACTTACTTCAAGGAGAAGTAAGCAAAGAGCAATTAGAAGAATTAAAAGCTGATGAACGAAAGGGCGTCCAAAAGCTCTTAATTAGCTATGAAAAAAGACAAGCTAAATATGCTAAAGCATTAGCTCAATTTCAATCTCGTTTTTCTTATGAAAAAGAATTTTGGCAAAAAGATCAACTTGTTGCTGGGGTTGATGAAGTAGGGCGTGGACCGCTTGCTGGGCCTGTAGTTACAGCTGCAGTTATTTTGCCACATGATTTTGATTTAATTGATGTTAATGACTCAAAAAAATTATCACCTAAGAAGCGGCAGGCGCTTTTTCCAAAGATTCTAGAAAAAGCTGTCAGTGTTAGTGTCGGCTTAGCTAATAATGATGTAATTGATCAGATTAATATTTATGAAGCGGATCGTTTAGCGATGGCTCATGCTGTTCAAGGTCTAAAAGTAAAGCCGGATGCCTTATTAGTTGATGCGATGAATGTACCTTTAAACATTCCTCAAGTTAAATTAATTCATGGGGATGCTAAGTCTAACTCAATTGCTGCCGCTAGTATTGTAGCTAAGGTGTTTCGGGATAACTTAATGGATGCTTATGGTGAGCTCTATCCAGAATATGATTTTAAACATAATGCAGGCTACGGAACCCGTGAGCACATGGAGGCTCTAGAAAAATACGGTCCAACCCCGATTCATCGGAGATCTTTTGCTCCAGTTAGTGAATACGAAAAATAATTAAAAAATAAACCTTCACTTTTGCGTACATGATAGTGGAGGTTTTATTTATATGAATTTGAAAGAATTTTGTTTAAGGTTAAAATTACAGCAAGGTCTTGGCATTACTACTATAGGAAAAATTGTAGCGAATTTTACTGCTGGTGAAGAAGTAACAGTTGACAAAATAGAGAGTTTATCATTAAAATCAAATATCCAAAATCTTGTTTTAGCTGCAATGAAAAATGATAAGTTTAATTCTTGGATTGAAAGAATTGAATTACAGTGTGATGTTATCACTATTTTTGATACAATCTATCCAAATGCACTCCGTGAAATGTATAATGCACCAACACTTCTTTTTACTAGAGGAGATTTATCCTTGCTTAAAAAGGAGATTACAGTTATAGTTGGCGCAAGACAGCCGACAAATTATAGTCGTTTTGTCTTAAAACAATTAATTCCGCAGCTGCTACAGCAAGATTTTGTTATTGCTAGTGGCTTAGCACGCGGAGTGGATGGAATTGCTCATCAAGAAACATTAAAAAATCACGGTAAGACAATTGCCGTCATTGGAAATGGACTCAACCATTTTTATCCGCAAGAAAACAAAATGCTCCAGGAAGAAATTATGGCGAAGGGACTATTGATCAGTGAATATTTACCGGATACTCCGCCAAGACCTTATAGATTTCCTGAGCGCAATAGAATACTTGCGGGCTTAAGCAAAAATATTATTGTGACTGAAGCTAGAAAAAGATCGGGCGCCTTAATTACTGCAAATATTGCTTTAGAAGAAAATCGCAATATTTTTGCAGTTCCGGGACCAGTCTCAAGTCCCTTGTCAGAAGGCCCTAATGAGTTAATTGCCGCTGGTGCTTATCCATTGGTTAATGCTGATTTTAAAAATTTGCTTTAGTTGACAAGAGTAAAATTTTTGGTATTTTAGAATTTGGTAGAAATTGTGCAAGGAAGGGGCATTCTATGCCTACTAAACGAAAAAATAAAAAGAATTTAGTTATTGTCGAGTCTCCTCATAAGGCTAAGACAATTGAAAAATATTTAGGAAGAAATTATCATGTTATCGCTTCAAAAGGCCATATTCGTGATTTACCCAAGTCTCAAATGGGAGTGGATGTAGAACATGACTATGAACCAAAATATATCTCCATTCGTGGAAAAGGCGATACGATTAAAGAATTAAAGAGCGAAGCTAAAAAAGCAAAATATGTTTATCTTGCTTCCGACCCGGATCGAGAAGGAGAAGCGATTGCTTGGCACGTTGCTCATGCATTAAATCTAGATCCAAAAGAACATAACCGCGTTGCTTTTAACGAAATTACTAAAGATGCTGTTAAGAATGCCTTTAAGAATCCAAGAACTATTGATATGGATATTGTTGATGCTCAACAGGCGCGTCGTGTCCTAGACCGTTTGGTTGGTTATTCAATTAGTCCGATTTTGTGGCAAAAGGTAAAGAAAGGTTTGTCAGCTGGACGTGTTCAATCGATTGCCTTGAAGTTAGTAATTGATCGTGAAAATGAAATCAAGAACTTTAAGCCAGAAGAGTACTGGACTATTGATGCTGATTTTGAAAAGGGCTCAGAAAAGTTTAAGGGTGCTTTTTATGGCATTAAAGGCAAAAAGCAAGAGTTGCCAAATAACGAAGCAGTTCAAGATGTTTTAAAGCGAATTGATAAGCGGAAAAACTTTGAAATTACAAAAGTAGTTAAAAAGGAAAGAAGACGTCAACCTGCTGCTCCTTTTACTACTTCAACTATGCAACAAGAAGCAAACAAGCGCTTAGGCTACAGAACTCGTCGAACAATGAGAATTGCCCAATCTCTTTATGAAGGTGTGAACCTTGGTAAGGGATCTGTCGGCTTGATTACTTATATGCGTACTGACTCAAAGCGTATTGCTAATGTAGCAAAGCATGAAGCTTCAAAATTTATTCATGAAGAATACGGTGAAAATTACGCAGCAGTTAAGCCGCAACATTTTAAAAATGATGCGGATGCTCAAGATGCCCACGAAGCAATTCGTCCTACTTCAGCTTTTAGAACTCCAGCTTCTGTGAAAGAGTATTTAACAACTGAAGAATATCGACTATATACTTTAATTTGGTCAAGATTTATTGCTAGTCAAATGACTCCAGCTGTTTACGATACAGTTAGAGCTGATATTGAGCAAAATGATGTAACCTTTAGAACAACTGGCTCAAAACTTAAATTTGCTGGATTTACGAAGGTATACGATAACCAAAAAGAAAAGAGTAATGAACTTCCTGAGTTGAACGAGGGCGACAAGGTTAAACTTAAGAAGACTGATGATCGTCAACACTTTACTCAACCACCTGCACGTTATACAGAAGCTAGTTTAGTTCGTACTCTTGAAGAAAATGGTGTTGGTCGTCCATCAACTTATGCACCAACAATTGATACCATTCAAAAGCGTTACTACGTAAAACTTGAAGGTAGATCAATTGTACCTACAGAATTAGGTGAAATCGTAGATAAGTTAATCGAAGAGTTTTTCCCTGACATTGTTAATGTCGACTTTACAGCTCAACTTGAAAATGACCTAGACGGGGTTGAAGTAGGGAAGAAGAACTGGATTAAAGTAGTTGATGAATACTACAAGCCATTTTCTAAAGAATTAGATAAAGCCGATCAACAAATTGAAAAGGTTCAAATTAAAGATGAACCTGCAGGCTTTAACTGTGATATTTGTGGAGCTCCAATGGTTATCAAAATGGGACGCTATGGTAAGTTCTATGCTTGCTCACGCTTCCCAGATTGTCGTAATACTAAACCAATCGTTAAGAAGATTGGCGTAACTTGTCCTAAGTGTGGTAAGGGCGAAGTTATTGAAAAGAAATCAAAACGCAACCGTAAATTCTATGGCTGTTCACGCTATCCAGATTGTGATTTTGTTTCATGGGATCAACCAATTGGTCGTAATTGTCCAAATGATGGTCACTTCTTAGTTCAAAAGAAGAACAAGAAAGGACTAGTAATCCTTTGTCCAAATGGTGATTACCGTGAAGAACCAGAAGAAAATTAAATTATAATAAAAATCAATGATATCATTAAAACGAAAGCGGTTTAATGATATCATTTTTATATAGACTTGAAAGAGTCGAGCAGAAAGGAAAGATTGCATGGTAAAGAATGTAACCGTAATTGGCGGAGGTCTTGCAGGGAGTGAAGCTGCATGGCAATTAGCTAAGCGTGGCATTGAAGTAGATTTATATGAAATGCGACCTAAGAAAAATACGCCTGCTCATGAAACTGCAAACTTTGCAGAATTAGTATGTACTAACTCAATGAGATCTAACCAACTGTCAAATGCTGTTGGTTTATTAAAAGAAGAAATGCGGCAGCTGGATTCCTTAATTATGAAAGCAGCTGATGAAACTGCAGTACCTGCTGGTGGAGCCTTGGCTGTTGACAGAGATAAGTTTAGTGCAGTTGTAACTAAAACTTTGAAGGACTTGCCAAATGTTCATGTTCATGAGGAAGAAATCACTGAGATTCCAAAAGATGGTATCACGATCATTGCGACTGGTCCATTAACCTCAGATACACTCGCAGAACAAATTAAGGAGTTTTGTGGTACTGACTCACTTCATTTCTTTGATGCGGCTGCTCCAATTGTGGCAGCTAGTTCCATTAATCGTGATATTGTTTATAAAAAATCACGTTATGACAAGGGTGAAGCTGCATATTTGAATTGTCCAATGACTAAAGAAGAGTTTTACAATTTCTACAAAAACTTAGTTGGGGCCGAGACAGCTACCTTACATGGCTTTGAAGATAAGAATGTTTTTGAAGGATGTATGCCAATTGAAGTAATGGCCAAAAGAGGAGAAAAGACAATGCTCTTTGGCCCACTTAAGCCAGTTGGTTTAGAAGATCCTAAGACCGGAAAAACTCCTTATGCAGTTGTGCAATTGCGTCAAGATAATGCAGCTAGCACAATGTATAACATCGTTGGTTTCCAAACTCATTTAAAATATGGTGAGCAAAAGAGAGTCTTTTCAATGATTCCAGGTCTTGAAAATGCAAAATTTGTTCGCTATGGTAAAATGCACCGCAATACCTATATTGCTAGTCCTGAAGTTTTGAATGCAAATTATGAAGCTAGAAAGCAAACTGGTCTCTTCTTTGCTGGACAAATGACTGGAGTAGAAGGTTATGTTGAAAGTGCAGGTTCTGGTTTAGTTGCCGGAATTAATGCGGCTAGAGAAGCTTTAGGAGAAGAAACACTATTCTTTCCTAAGTCAACTGCTTTGGGTTCTATGGCCAACTACATCACAACCACTAGCGCAAAGCATTTCCAACCAATGAATGCTTCATATGCTCTCTTGCCAAAATTAGATTACAAGGTAAGAAACAAGCAAGAAAGACACTTAGAAATTTCAAAGCGAGCATTGAAAGATCTTGAAGCCTTTAAGGAAGAGAAGAAGCTTGATTAATAATGTCTAAAGAAAATGATAAATTAATCAAACAATTTCAAGATTACTTGAACTATGAACGTAATTATAGTAAAAATACTGTAAACTCTTACTTAAACGACCTAAATGAAGCTAAGGAATTTTTTAAAGAAAATGGAGGATTTAGCGGCTGGGATCAAGTCAAAAGTCGCGATGTTGAAATTTTCTTACAAAACTTAGCGACTCAAAATAGGTCAAGAACTACTCAAGCGCGTAAAATGTCTAGTTTAAGATCTTTTTATCGCTTTCTTGTTAAGCGGGAAGTGCTAGATAATGATCCAATGCAGACAATTAGTTTAAGATTAGGCGAAAAGAAATTACCACAATTTTTCTATGAAAAAGAAATGCGGCAAGTCTTTGACAGTCTTGCTGGTCATGAAAAGTTGGTAGTAAGAAATCGTGCGATGTTTGAACTTTTTTATGCGACTGGGATGCGTTTAAGTGAGATGGCATCTTTAAAGCTAGATCAGATTGATTTTGATTTAAAGATTATCTTAGTTCATGGGAAGGGTAATAAAGACCGCTATGTTCCTTTTGGAAAAGATGCGGCCAATGCTTTAAAAGAATATTGTGATGAAGGTCGACCAGCTCTACTAGGTAAAAATGAAGATCGAGGCTATGTATTTTTAAATAACCGGGGACAAAAGTTAACAGGCCGCGGAATTGAATACATTATGCAGCAAGTTTTTATTAAAGCTGGAGTTGGTGGAAAGGTTCACCCCCATATGCTTAGACACTCTTTTGCAACTGAAATGCTTAATAATGGAGCAGACCTAAGGAGTGTGCAAGAGCTTTTAGGCCATGAATCTTTGTCAACGACGCAAATCTATACCCATGTCACAATGAAGCATTTACAAGCAGATTATCAAAAATTTTTCCCAAGAAAAGATAAGAAAGACGAGGCATAATAATATGACAACAATTTGTTCTGTTAGATATAACAATAAAACAGCCATCGCTGGAGATGGTCAAGTTACCTTAGGTGAAAAAGTTATTGCTAAGGCAACTGCTAAAAAGATTAGAAGAATTTATCATGATCAAGTAGTAATCGGCTTTGCTGGCGGTGTTGCAGATGCAGTTAGCTTGCAAGATATGCTTGAAGGAAAGCTTGAAACTTATTCAGGTGACTTACGTAGAGCTGCCGTTGAAATGGCTCAAAGCTGGCGTAAAGATCCAACTTTAGCTAAATTACAAGCTATGGTAATTGCTTTTAATGATAAAGACTTATTATTAATTTCTGGTAATGGTGAAGTACTTGAACCAGATGAAGACGTGGTGGCTATTGGTTCTGGTGGTAACTTTGCCCAAGCAGCTGCAATTGCTATGACTCGCCACAGTAATGGGATGAGCGCAAGTGAAATTGCTAAAGAAGCTGTTAAGATTGCTTCCGGAATTGATGTGTTTACAGATGACCACATTACTACTGATGAAATCTAGGTGAAATATTTTGACTGAAGAAAAAACTCCAAAACAAATTGTAGAATTACTTGATAAATATATTATTGGCCAAAACGAAGCTAAAAAGTCTGTTGCTGTTGCATTGTATAACCGTTATCGTAGATTGCAACTACCAAAACAAATGCAACAAGATATTACGCCAAAAAACATGTTAATGGCAGGTCCTACCGGTGTAGGTAAGACAGAAATTGCACGTCGACTTGCTAAAATTGTTGATGCACCTTTTGTAAAGGTTGAAGCAACTAAGTTTACTGAGGTTGGTTATGTTGGACGTGATGTTGAATCAATGGTCCGTGACTTAGTTGAAGAAGCAGTTCGAATGGAAGAAAAAGATCAATTTGAACATGTTAAAATGCAAGCTACTAAGAAAGCTAATAATCGTCTAGTTAAGTTAATTGTGCCCGGAATTAAACGTGAAAACCGTGAAAATTCTATGCAACAAATGATGCAGATGCTTTCTGGTAACTTCAACATGAATCAACCTCAAGATAATGAAGAAGTAACTGATGCTATTCGTAATGAACGTCTTAGCGTAGCTGATCAACTTAATAAGGGATTACTTGAGAATCGTGAAGTTACCATCGAAGTAGAACAAGCTCCAAAGGTAAACCCAATGGGCGATATGATGGGCCAAATGGGAATTGACATGTCAAGTTTGATGGGCGACTTAATGCCTAAGAAGACTGTTAAGCGTACGCTAAAAGTATCAGATGCACGTGAAGTTTTAATTCAAGAAGAATCAAAGAAGTTAATTAACTACGATTCTCTCTACCAACGTGCAATTGAGCGTACTCAACAAAATGGTATTATCTTTATCGACGAAATTGATAAGATCACTGCTGGTAACAAGAAGACCTCTGGTGAAGTTTCTCGTGAAGGTGTACAAAGAGATATCTTACCAATTGTTGAAGGTTCAACTGTTTCAACTAAGTATGGTCCGGTATCTACTGACCACATCCTATTTATTGCTGCTGGTGCTTTTGCCGAAAGTAAGCCAAGCGATTTAATTCCAGAATTGCAAGGACGTTTTCCAATTCGTGTTGAATTAAATGCCTTGACCCAAGAAGACTTCGTTAAGATCTTAAAGGATCCACAAAACTCACTTTTGAAGCAATATATTGCACTTCTTAAGGCTGATGGTATTAAATTAGTCTTTACTCAAGAAGCAATTGACCGAATTGCTCAAATAGCTTTTGAAGTAAATCAAGGAACTGACAACATTGGTGCCCGTCGTTTGGCAACTATTTTAGAAAAATTACTTGAAGATGTTCTTTACGAAGGACCAGACATGAACATGGGTGAGATCACTATTACTCAGAAGTATGTTGATCAAAAATTGAGTGATATAATTATTAATAAAGACTTAACAAAATTTATTTTGTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_3

>NC_005362|1008720:1019082|1011010_1011763_+|WP_011161946.1|DBSCAN-SWA
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>NC_005362|1008720:1019082|1011815_1012661_+|WP_011161947.1|DBSCAN-SWA
MNLKEFCLRLKLQQGLGITTIGKIVANFTAGEEVTVDKIESLSLKSNIQNLVLAAMKNDKFNSWIERIELQCDVITIFDTIYPNALREMYNAPTLLFTRGDLSLLKKEITVIVGARQPTNYSRFVLKQLIPQLLQQDFVIASGLARGVDGIAHQETLKNHGKTIAVIGNGLNHFYPQENKMLQEEIMAKGLLISEYLPDTPPRPYRFPERNRILAGLSKNIIVTEARKRSGALITANIALEENRNIFAVPGPVSSPLSEGPNELIAAGAYPLVNADFKNLL
>NC_005362|1008720:1019082|1008720_1010172_+|WP_011161944.1|DBSCAN-SWA
MAEVEPNNSHQNKEISNNKKKHLPKYAQFLLTGIAGAAIGAGLTFGIMEVKELKSPFYQVEKVYEQLQGSYYKKVSPQTLRQGAINGMLNSLNDPFSEGLSGANQEQVNNILEGSSFGGVGIQMAVRNNKVVVDSIVADSPASKSTIKPGDEIVAVNNKKVSAAQFSKVAPLVRGKIGTKVTLKLRRANSTFNVTLKRAKISQSSLTKRTEGNATIITITQFDVNTAKDLKSALKSIDTKKYPKLIIDLQDNPGGAMDAALKSASYFLPNNKIIMQYQDRKQKEVIRSDKKLSGGFHTNLKPIILINANTASASEIFTAALVQNHRAVSVGQTSYGKGTVQEVGQTQDSEYKYTIAKWLTPDGTWINQKGLKPTYPVPESSLAKLPQFQSMSILKKSMTGVDVATLQQYLTALGYMPKHVTGVFNDETKNAVIEFQKAHGLTADGIVNGQVQAQLYLAVAQKLQDDNPALKKAMSLNLKEMED
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>NC_005362|1008720:1019082|1012726_1014808_+|WP_011161948.1|DBSCAN-SWA
MPTKRKNKKNLVIVESPHKAKTIEKYLGRNYHVIASKGHIRDLPKSQMGVDVEHDYEPKYISIRGKGDTIKELKSEAKKAKYVYLASDPDREGEAIAWHVAHALNLDPKEHNRVAFNEITKDAVKNAFKNPRTIDMDIVDAQQARRVLDRLVGYSISPILWQKVKKGLSAGRVQSIALKLVIDRENEIKNFKPEEYWTIDADFEKGSEKFKGAFYGIKGKKQELPNNEAVQDVLKRIDKRKNFEITKVVKKERRRQPAAPFTTSTMQQEANKRLGYRTRRTMRIAQSLYEGVNLGKGSVGLITYMRTDSKRIANVAKHEASKFIHEEYGENYAAVKPQHFKNDADAQDAHEAIRPTSAFRTPASVKEYLTTEEYRLYTLIWSRFIASQMTPAVYDTVRADIEQNDVTFRTTGSKLKFAGFTKVYDNQKEKSNELPELNEGDKVKLKKTDDRQHFTQPPARYTEASLVRTLEENGVGRPSTYAPTIDTIQKRYYVKLEGRSIVPTELGEIVDKLIEEFFPDIVNVDFTAQLENDLDGVEVGKKNWIKVVDEYYKPFSKELDKADQQIEKVQIKDEPAGFNCDICGAPMVIKMGRYGKFYACSRFPDCRNTKPIVKKIGVTCPKCGKGEVIEKKSKRNRKFYGCSRYPDCDFVSWDQPIGRNCPNDGHFLVQKKNKKGLVILCPNGDYREEPEEN
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MATIQWYPGHMNKAKNQLEDNLDLIDVLIEVLDARLPVSSRNPMIGQLTKKKPHIIVLNKADLADPIQTKKWTHYYQDEGNFVISMDAQHTTNMTSLFKIIKLAGKEKTDKLIAKGASNPMIRVAIAGIPNCGKSTIINRMVGRNAAIVGDKPGVTRGQSWLKTKTNVQILDTPGILWPKFSDQEVGYKLAACGAIKADIFHPDDVALFVIEFLKQNYRDDLVKFARISSEEMDSMSNPDLLLAMTNKYGMRDDYDKFSLFMLQRLRKGKLGRITFDLR
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MTEEKTPKQIVELLDKYIIGQNEAKKSVAVALYNRYRRLQLPKQMQQDITPKNMLMAGPTGVGKTEIARRLAKIVDAPFVKVEATKFTEVGYVGRDVESMVRDLVEEAVRMEEKDQFEHVKMQATKKANNRLVKLIVPGIKRENRENSMQQMMQMLSGNFNMNQPQDNEEVTDAIRNERLSVADQLNKGLLENREVTIEVEQAPKVNPMGDMMGQMGIDMSSLMGDLMPKKTVKRTLKVSDAREVLIQEESKKLINYDSLYQRAIERTQQNGIIFIDEIDKITAGNKKTSGEVSREGVQRDILPIVEGSTVSTKYGPVSTDHILFIAAGAFAESKPSDLIPELQGRFPIRVELNALTQEDFVKILKDPQNSLLKQYIALLKADGIKLVFTQEAIDRIAQIAFEVNQGTDNIGARRLATILEKLLEDVLYEGPDMNMGEITITQKYVDQKLSDIIINKDLTKFIL
>NC_005362|1008720:1019082|1014905_1016222_+|WP_011161949.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MVKNVTVIGGGLAGSEAAWQLAKRGIEVDLYEMRPKKNTPAHETANFAELVCTNSMRSNQLSNAVGLLKEEMRQLDSLIMKAADETAVPAGGALAVDRDKFSAVVTKTLKDLPNVHVHEEEITEIPKDGITIIATGPLTSDTLAEQIKEFCGTDSLHFFDAAAPIVAASSINRDIVYKKSRYDKGEAAYLNCPMTKEEFYNFYKNLVGAETATLHGFEDKNVFEGCMPIEVMAKRGEKTMLFGPLKPVGLEDPKTGKTPYAVVQLRQDNAASTMYNIVGFQTHLKYGEQKRVFSMIPGLENAKFVRYGKMHRNTYIASPEVLNANYEARKQTGLFFAGQMTGVEGYVESAGSGLVAGINAAREALGEETLFFPKSTALGSMANYITTTSAKHFQPMNASYALLPKLDYKVRNKQERHLEISKRALKDLEAFKEEKKLD
>NC_005362|1008720:1019082|1016224_1017148_+|WP_011161950.1|DBSCAN-SWA
MSKENDKLIKQFQDYLNYERNYSKNTVNSYLNDLNEAKEFFKENGGFSGWDQVKSRDVEIFLQNLATQNRSRTTQARKMSSLRSFYRFLVKREVLDNDPMQTISLRLGEKKLPQFFYEKEMRQVFDSLAGHEKLVVRNRAMFELFYATGMRLSEMASLKLDQIDFDLKIILVHGKGNKDRYVPFGKDAANALKEYCDEGRPALLGKNEDRGYVFLNNRGQKLTGRGIEYIMQQVFIKAGVGGKVHPHMLRHSFATEMLNNGADLRSVQELLGHESLSTTQIYTHVTMKHLQADYQKFFPRKDKKDEA

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011161944.1|1008720_1010172_+	S41 family peptidase	A0A0R6PIZ1	Moraxella_phage	4.7e-09	28.0
WP_011161945.1|1010174_1011014_+	ribosome biogenesis GTPase YlqF	NA	NA	NA	NA
WP_011161946.1|1011010_1011763_+	ribonuclease HII	D2TEQ2	Emiliania_huxleyi_virus	3.2e-25	37.7
WP_011161947.1|1011815_1012661_+	DNA-protecting protein DprA	S6BFL3	Thermus_phage	8.3e-30	37.7
WP_011161948.1|1012726_1014808_+	type I DNA topoisomerase	A0A1V0SCS0	Indivirus	2.1e-98	36.3
WP_011161949.1|1014905_1016222_+|tRNA	methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil(54)- C(5))-methyltransferase (FADH(2)-oxidizing) TrmFO	NA	NA	NA	NA
WP_011161950.1|1016224_1017148_+	tyrosine recombinase XerC	S5W9T9	Leptospira_phage	2.2e-23	29.2
WP_004894572.1|1017152_1017677_+|protease	ATP-dependent protease subunit HslV	NA	NA	NA	NA
WP_011161951.1|1017687_1019082_+|protease	ATP-dependent protease ATPase subunit HslU	A0A1B2IB03	Erwinia_phage	2.1e-30	26.1

Sequences of DBSCAN-SWA_4

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_4

>NC_005362|1260690:1330377|DBSCAN-SWA
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Protein sequences of DBSCAN-SWA_4

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MQKKILLLSTGGTIASVVSEAGLVPKESGEQLINMLGELPYDITVEDILQLDSSNIQPEEWKLIAEKIYENRNKYDGIVVSHGTDTMAYTASMLSFMLQNINIPVVLTGSQVPINVVLSDAPDNLKLAFAAAASCHPNIYLAFDRKVMLGCRSVKVRTINFDAFESVNVPPVARVTSDGLVFSDQNVPKNTKDMKDTTLNTSINPHVSLVKLFPGFDPNLLFAMVESGCQGIVIEAYGLGGMNYIRRNMVAAIGKLIRRGIPIIATSQCLYERSDLTKYEVGREALLEGAISARDMTSESAITKLMWGLGQNWDVHQISDFFNTDVAGEVTIEKDDNLQID
>NC_005362|1260690:1330377|1264114_1264552_-|WP_011162152.1|tRNA|DBSCAN-SWA
MRVVIQRVNKAQVAIDNEVVGKIKRGFLLLVGLRNGDELEQVKKAADKIAKIRIFEDKDGKTNLSLKDVNGEILSVSQFTLLANTKKGNRPSFVEAMRPPKSKQLWEDFNHELEDKGFHVETGEFGADMQVSLENDGPFTIVLDI
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MAFDFRKLNGRIIEKYGTQYNFAKALGLSEHSLSNKLNNRVSWKTNEIAHAMDLLDLDRSKVAEYFFDEKVQN
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MPKDDVKETVSTTEPDKVAASSSENKDDFKKIDADSLVKPYIDRITKEQAQKNDYKAKYEDAMKEIEQLRGKSSKSAKEITEEDERTKEIESLKKQNADLNAQIKRSNDIKEVNGIFKKADLNIGDDVLNMVVNNDATVTVSNAKAIIDLVNKAREEGRNSILQGQTPKIGGNKLKTPQEDLKRALGL
>NC_005362|1260690:1330377|1284449_1285154_+|WP_011162167.1|DBSCAN-SWA
MMKNNIVKIIMWILFWFYLIPYYLLKKFVFKKNKHQVFWANCVTIALLVLLSLALSPSSTTTTSINENASAKSSRVVHKTVIKKVGTKELNKEKARAKVLKQEQKNKQAEYDKLKQQLDDYQEKEEQQKQEAEQARKKVEAAAKKEAKARQKEAEEQQKAAQRQEANTSSSSNSSDSSNQGDLYTGNQGTIVGNSNSKIYHVPGQAGYHMNSANAVYFNSEQDAINAGYRKAKR
>NC_005362|1260690:1330377|1267231_1268179_-|WP_011162154.1|DBSCAN-SWA
MKLLAIKVECSYELEDGLSFFMQDELDAQGIESRKRSDFVLEGQKHDSSLVELDDIENLPEDLELTAYFEYKNADKKKIIQKITDKIAEMKGYGLDAGNVSISTKEVADEDWNTAWQKYYHVIDFSRHLAIVPEWEDYQPAFSDQQLIRLDPGLAFGTGGHTTTQLVLLAMERALVKPMSVLDVGTGSGILAIAASKLGASHVLGTDISDEAVTAAKENIALNNIDNIDVRKANLLKDIDEKYDLIVANILADILLELIPDLDNHLNENGKIIFSGIDYLQLPKIEKALEENNFVIKMKMQEGRWIGLLIARKPN

Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
WP_011162151.1|1260690_1262544_-|tRNA	aspartate--tRNA ligase	A0A1V0SAC0	Catovirus	1.5e-07	23.7
WP_004897182.1|1262545_1263832_-|tRNA	histidine--tRNA ligase	A0A1V0S921	Catovirus	1.8e-28	27.2
WP_011162152.1|1264114_1264552_-|tRNA	D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_011162153.1|1264551_1266801_-	bifunctional (p)ppGpp synthetase/guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase	A0A1X9SH80	Bradyrhizobium_phage	5.6e-09	41.4
WP_004897179.1|1266818_1267199_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162154.1|1267231_1268179_-	50S ribosomal protein L11 methyltransferase	NA	NA	NA	NA
WP_011162155.1|1268241_1268745_+|tRNA	Cys-tRNA(Pro) deacylase	NA	NA	NA	NA
WP_011162157.1|1270655_1272347_-	cell division protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162158.1|1272426_1274856_-	HAD-IC family P-type ATPase	M1I547	Acanthocystis_turfacea_Chlorella_virus	1.1e-39	25.1
WP_011162159.1|1274872_1275898_-	asparaginase	NA	NA	NA	NA
WP_011162160.1|1275988_1277371_-	threonine/serine exporter family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162161.1|1277479_1278406_-	L-lactate dehydrogenase	NA	NA	NA	NA
WP_011162162.1|1278485_1279859_-	flavocytochrome c	M1HTN0	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	8.4e-48	31.0
WP_011162163.1|1279873_1281280_-	class II fumarate hydratase	NA	NA	NA	NA
WP_011162164.1|1281417_1282119_-	ABC transporter permease	NA	NA	NA	NA
WP_011162165.1|1282111_1283161_-	methionine ABC transporter ATP-binding protein	G9BWD6	Planktothrix_phage	1.6e-30	37.0
WP_011162166.1|1283177_1284032_-	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162167.1|1284449_1285154_+	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162168.1|1285153_1286005_+	DNA/RNA non-specific endonuclease	NA	NA	NA	NA
1285375:1285392	attL	NA	NA	NA	NA
WP_011162169.1|1286233_1286623_+	helix-turn-helix transcriptional regulator	NA	NA	NA	NA
WP_011162170.1|1286672_1287653_-	choloylglycine hydrolase family protein	M1HS66	Paramecium_bursaria_Chlorella_virus	3.5e-24	30.5
WP_011162173.1|1289439_1289721_-	membrane protein	NA	NA	NA	NA
WP_004897160.1|1289834_1291121_-	phosphopyruvate hydratase	A0A1X9I5Z8	Streptococcus_phage	2.6e-107	51.7
WP_011162174.1|1291298_1291883_-	phosphatase PAP2 family protein	NA	NA	NA	NA
WP_011162175.1|1292552_1293500_-	lysin	Q6SEB5	Lactobacillus_prophage	3.7e-180	100.0
WP_011162176.1|1293511_1293910_-|holin	phage holin	Q6SEB6	Lactobacillus_prophage	1.7e-62	100.0
WP_011162177.1|1293909_1294122_-	hypothetical protein	NA	NA	NA	NA
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WP_011162180.1|1294788_1297467_-	SGNH/GDSL hydrolase family protein	Q6SEC0	Lactobacillus_prophage	0.0e+00	100.0
WP_011162181.1|1297447_1297840_-	hypothetical protein	Q6SEC1	Lactobacillus_prophage	1.5e-66	100.0
WP_011162182.1|1297832_1300223_-|tail	phage tail protein	Q6SEC2	Lactobacillus_prophage	0.0e+00	100.0
WP_011162183.1|1300222_1301032_-	hypothetical protein	Q6SEC3	Lactobacillus_prophage	3.5e-155	100.0
WP_011162184.1|1301031_1305666_-	tape measure protein	Q6SEC4	Lactobacillus_prophage	0.0e+00	100.0
WP_004895181.1|1305665_1306007_-	hypothetical protein	Q6SEC5	Lactobacillus_prophage	1.0e-55	100.0
WP_011162185.1|1306030_1306411_-|tail	tail protein	Q6SEC6	Lactobacillus_prophage	6.7e-64	100.0
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WP_011162187.1|1307051_1307429_-	hypothetical protein	Q6SEC8	Lactobacillus_prophage	4.4e-68	100.0
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WP_011162191.1|1309393_1309960_-	DUF4355 domain-containing protein	Q6SED3	Lactobacillus_prophage	2.1e-93	100.0
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WP_004895199.1|1316126_1316651_-	super-infection exclusion protein B	Q6SEE1	Lactobacillus_prophage	7.2e-93	100.0
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WP_011162201.1|1319020_1319419_-	hypothetical protein	Q6SEE5	Lactobacillus_prophage	8.0e-68	100.0
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WP_011162203.1|1319794_1320685_-	hypothetical protein	Q6SEE7	Lactobacillus_prophage	1.1e-168	100.0
WP_011162204.1|1320697_1321483_-	ERF family protein	Q6SEE8	Lactobacillus_prophage	4.6e-144	100.0
WP_011162205.1|1321484_1322378_-	DUF1351 domain-containing protein	Q6SE94	Lactobacillus_prophage	1.3e-62	47.3
WP_011162206.1|1322414_1322561_-	hypothetical protein	Q6SEF0	Lactobacillus_prophage	3.3e-19	100.0
WP_011161481.1|1322720_1322930_-	helix-turn-helix domain-containing protein	Q6SE97	Lactobacillus_prophage	2.2e-32	100.0
WP_011162207.1|1323054_1323270_-	helix-turn-helix transcriptional regulator	Q6SE98	Lactobacillus_prophage	1.3e-19	67.6
WP_011162208.1|1323347_1323824_+	DUF2321 domain-containing protein	Q6SEF3	Lactobacillus_prophage	3.1e-90	100.0
WP_011162209.1|1323974_1324736_-	phage repressor protein/antirepressor Ant	Q6SEF4	Lactobacillus_prophage	8.8e-140	100.0
WP_011162210.1|1324763_1324985_-	DUF739 family protein	Q6SEF5	Lactobacillus_prophage	4.9e-35	100.0
WP_011162211.1|1325164_1325602_+	helix-turn-helix domain-containing protein	Q6SEF6	Lactobacillus_prophage	1.0e-76	100.0
WP_011162212.1|1325591_1325996_+	hypothetical protein	Q6SEF7	Lactobacillus_prophage	1.1e-77	100.0
WP_011162213.1|1326051_1326624_+	DUF5067 domain-containing protein	Q6SEF8	Lactobacillus_prophage	1.2e-85	100.0
WP_011162214.1|1326640_1326940_+	hypothetical protein	Q6SEF9	Lactobacillus_prophage	6.9e-48	100.0
WP_011162215.1|1326948_1327245_+	hypothetical protein	Q6SEG0	Lactobacillus_prophage	9.5e-50	100.0
WP_011162216.1|1327269_1327725_+	hypothetical protein	Q6SEG1	Lactobacillus_prophage	8.5e-82	100.0
WP_011162217.1|1327717_1328095_+	hypothetical protein	Q6SEG2	Lactobacillus_prophage	1.9e-39	100.0
WP_011162218.1|1328157_1329033_+	hypothetical protein	Q6SEG3	Lactobacillus_prophage	1.5e-106	100.0
WP_011162219.1|1329201_1330377_+|integrase	site-specific integrase	Q6SEG4	Lactobacillus_prophage	2.6e-223	100.0
1332266:1332283	attR	NA	NA	NA	NA

Sequences of DBSCAN-SWA_5

Nucleotide sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_005362|1603588:1611776|DBSCAN-SWA
TTTATTTTTCAATTTTTGCAATTGCTTCTTGTTCAGTTAACATTGGAACTTGAAGTTTTTCAGCCTTATCTTTTTTAGAGCCCGCATCTGCTCCGTAGATCAAATAATCTGTCTTCTTAGAAACTGACCCAGTGACTTTTGCACCAAGATCCTGAAGCTTCTTAGTAAATTCACTTCGAGTAAAGGCAGATAATTTTCCAGTTAGAACTACTGTCTTTTCCTTAAAGAAATTATCTGGTGCTTCTTCTTCAACTGTTCCTAAATATTCCATATTTAATCCGCTGTCACGCAATTCTTGTAGTAGTTTCTGTGCGCTTGGTTGATTAAAATATGCTGTTAATGACTCCGCAATCGTCTCTCCTATTGTATCGATACTTGTTAATTCTGGCACTGTTAATTGACTAACCTTTTCCAAATTTTTATATTTTTCCAAAATTAATCTAGCCGCCTTAGCACCAACATGATCAATTCCTAAGCCGTACAGTAATAATTCAGCAGAGTTTTGCTTACTATTTTCAATAGAAGACAATAAATTAGTAATTGATTTTTCCTTAAAGTGATCGAGTTGTCCTAGTTGGTCCGGAGTTAATTGATATAAGTCAGCTACATCATTAATAAATCCCTTATCAATTAACTGTTTAACAATTCTAGGACCAAGTCCCATAATATTCATCGCTCCACGTGAAGCAAAATGAATAATTCCTTCTTCAATTTGAGCTGGACACATCGGATTAATACAGCGAAGCGCTACTTCATCTTGCAAGTGAACCAAAGTTTCTCCACATGAAGGACAAACATTTGGAATCTCATACGGCTTACTATCTTTAGGTCTTTTGCTTAAAACAACACTAGAAATTTCTGGAATAATATCTCCAGCTTTATGCAATTTAACTGTATCGCCAATTCTTACGCCCTTTTCTCTTAGGTAGTCTGGATTATGTAAAGACGCACGAGAGACAATCGTTCCAGCAAGTTTAACTGGATCCATCACTGCGGTTGGTGTTACTACTCCCGTTCGGCCAACTGTCCATTCAATATTTCTAACTACAGTCTCTTGCTCTTCTGGTGGAAACTTATAGGCAATTTCCCAGCGAGGTACTTTTACAGTATTACCCAGTTCATTTTGTAAACTTAAGTCGTCAACTTTTAAAACAATACCATCAATTCCATAACTTAAATCATTACGTTTAGCGGTATATTCATCAATAAACTTAAATACTTCGTCCATTGATTCAAAACGTCGTCCAGACTGATTAGTATGAAATCCTAATCGATTCATTTCATCAATCGCTTGATGTTGACTTGTAATGTTTCTTGGTGGATTAACCCAAGTATAAATAAAAGTACTTAAATTTCTTTTTTTAGTAATTCGAGCATCTAATTGTCTTAAAGAACCAGCAGCAGCATTTCGAGGATTAGCAAAAACTTGCTCTCCTTTTTCATCACGTTCTGCATTTAAGGTTGCAAATGCTTCTTTCTCCATGTAGCATTCACCACGAACCTCAGTTGTTAAAGGTTCAGGTAATGTTTGAGGAATATCTTTAATAAATTTGGCATTAGCTGTTACATCTTCACCAACACGGCCATTTCCTCTTGTAGAAGCACGTGTTAATTTTCCATCAGTATATTCTAAGGATAAAGATAATCCATCAATTTTTAATTCCACATTATAAGCTACTGAGTGACCCACTAATTTCGTAATTCTTTCGTCAAATTCTTTAAGCTCATCTTTTGAGAAAACATCCCCCATTGAAAGCATCGGAACGGGATGTTCAACTTTAGAAAGATCGCTTTTAATCTCTCCACCAACTCGTTGGGTAATTGAATCGGCAGTTACTAAGTCAGGAAATTGCTCTTCTAATTCTACTAATTCCTGATAGGTCTTATCATATACTGCATCTTCAACTACCGGAGCATCTTTTGCATAATAATCATCTGCCCATTTATCGAGCTTTTTTCTTAATTCATCGACTTTCTGAGAAGCCTCATTATGAGTTAAAACTGCCATTATATTAGCCCCTCTCTAAATCAAACTGTTCTATTTCATTATATCTTTTTAATCGGTGCAAAGGCAGCTAAAAGGCGTTTCACTCCTTGGCTAGCAAAGGCAATATCTAATTCCATATCTTCACCAGTACCGTTAACTTTGACTACAACGCCTTTTCCCCATGCTTTATGTGTAACTTGATCACCAACATTCCAGGACTTTTTCTCAGCTCCAACTGCACCAGTTGCTTTCTTAGCCTCCTCAATTGTCATCTTTGGAGGGTAAACATGAGAGTTAGCTTGTTTCTTTCTATTAATAGCAAAGGGAACAGAGATGACAGAATTAGATGGCATTGGGTTAACAAATTCTAAATCCTTATCTTCAATCTCATCAATAAAGCGTGATGGTTGATTACGTTGCGGACGGCCATACATCATTCTAGAAAAAGCATTGGTTATGTAGAGTTTCTTTTCAGCTCGTGTAATTCCTACATATGCTAGTCGACGTTCTTCTTCAAGTTCACTTGGATCTTCTACTGCTCTTGAAAGTGGGAAGAGTCCCTCTTCCATTCCAACCAAGAAGACCACTGGAAACTCTAGTCCCTTAGCGGCATGAAGAGTCATCAATGCAACTTGGTTATCTTGATTTTCTAAATCATCTTGATCACTTAATAATGAGATCTCTGAAATAAAATCACCTAAAGCTGTTGAATCTTCATCTTCGGGCTCATAATTATCATCAAAACGCTTAGTAACAGTCAGAAATTCATTTAAGTTTTCTAATCTAGTATCTGCTTCAATTGTGTGTTCATTTTCTAAAGCTTCTTTGTAGCCGAAATCAGCTAATATTTTTTCCGTTAAACCTGTTACACCATGCGTCTTACTATATTCGATTGCATCTTTTAAGGCCGTTCCAAAAGTAGCTAGCGTTCTAGCTGGGCGACCCGTAATTGGTGCTAAGCTCAAATTCTTGAAAGTCTCTTCTACTGTAAAGTCATTATCATTAGCAAAACCGTTAAACTTAGCCATCGTAGTTGGCCCCAAACCACGTTTTGGTACATTAATAATTCGGTTGAAACTCATTGAATCAGCAGGATTTGCGACAACTTTTAAATAAGCCAAAATATCTTTAATTTCTTTTCGGTCGTAGAACTTATGTCCTCCAACAATCCGATACGGAATATTAGCTTTAACTAGGGCTTCTTCGACGTTACGTGATTGAGCATTTGTCCGATAAAGAACGGCAAAATCCTTGTAGTCTCTTTGATGTTTTTTTATTTCTTCTTTAATCTTTGAAATGATAAACAGTGCTTCATCATTTCCACTCTGAGCACGGTAATAATTGATTTTATCGCCAGCGCCTTTATCCGTCCAAAGTTTCTTAGGTTTACGTTTCAGATTATTTTTAATTACTGAGTTAGCTGCATCAAGAATATGGCCAGTAGAACGGTAGTTTTGCTCTAATTTAATAGTAGTAACTTCATCATCTTGATAGTCATGCTCAAAATTAAGAATATTTTCCATGTTAGCTCCGCGCCAACCATAGATCGACTGATCTGCATCCCCAACAACGCAAATATTTTTATATTGAGCAGCTAAAGCAACACAAAGTTGATACTGTGCTTCATTTGTATCCTGATACTCGTCTACTAAAATATAGCGGAATTTATTTTGATAATAATGCAAAGTTTCTTTATCCTTTTTAAATAAGACGAGCGTTTGCATAATTAAATCATCAAAATCCATAATTTGATCACGCTTTAAGCGATGCTGATATTCGCTATATACTTGCGCTGTTACCTTTTCAAACGGACTAGCTGCTTGCTCCTTAAAGTCTTTTGGAGTAAGTAAGTCATTTTTTCCATTCGAAATAGCGCCTAAAATTGCTTTTGGATCGTACATTTTAGGATTAATATTAAGATCCTTTTCAATTCGTTTAATTAGTGTCAATTGTTCTGCAGAATCAGCAATTGAAAAATTATTAGAGTAGCCAATTTTTTTTGCGTCTCGCCGTAAAATACGGACACATAAAGCATGAAAAGTTGACATCCAAACACTGTCAGCTGCTGGTCCTAATAACTTTTGGACACGTTCTTTCATTTCGCTAGCTGCCTTATTAGTAAAAGTAATGGCTAAAACATTCCATGGCGCAACGCCCTTTTCTTCAATTAAATAGGCAATTCGACGTGTTAAAACTGATGTTTTTCCACTACCAGCTCCGGCAACTACTAAAAGTGGACCTTCAGTACACTGCACGGCTTTTTTTTGCTGAGGATTTAATCCTGCAAGAATTGTTTCTTCGCTCATTGCTTCTTCCTTTTCTGTTAACTCAAACGCTAAAATAGACTTGTCTATTATAACAAAAAACGACAATAGCATTTACTTAACTATTGTCGTTTTTAATTTAATCATATTGTGTTAAATTGAATTCTTTAATTATATCAATTAATTTTTTTGCATAACCTGGATCTGTCGCATATCCATCTGTTTCTAATGCTTGTGCTTGAGTGGCATAATCTTTGGCAGCTAAAACATGCTGATATTGGTTTCTATTCCAAGTAGTTCCATTCACAAATAGGCTTGTATGTGCCTCGATTGATTCTTCATAAGTATCGTAAACTCGAAAACGCCCCGTAACAGTTTCCCAATGATCATTAACAAACTCAGAGGTCGTTAACTCGCGACTTGTATTCGGATCCATTCCCTTAACGCCAAATAAATTATTGTATTTTCTAGAAAGCTCACTCTGACCAAAATTGCTTTCTAGACAGGCTTGCGCGATTGTAACACTTGGAAAGAGTCCATAAGGCTTGTCAGTCCTTTGGGCAATTGGAGCCACTACTTTAATAAACTTTTCTTTACTTTGAAGAGACTGTTCTTTTTCTAGTTGTGCCTGACGTAATCGTTCATTATTCACAGTTTGCTGACGCCAGTACAAAAAGCCTGATAAAATTATTACCAAAGTAAAACAAATCGCAAATGCTCTTGCAATTATATACTGAATATTTTTTTGACGGCGTCTACGCGACATTTTAACTCATCTTCCTTTTCATCACTTGCTTCAAAGGCATCGCAATTGCCGGCGTAAGAACAGCAGTAAAGATTGCTTCTACAATACCATTAATGCCTAAAACGCTAATTAAAATAGCAATTAAAGGAGCTGAATTTTGAGTTTGACCTAATGAATGAAGTAAAACAGAGGGATCCTTCATGTACCAAAGACTAGTAATACCAACCACAAGTAGCGTATTAGTCAAAGAAGTACATAATCCCGTGATTGTATAAACAACAGTCTTTTGAAATTTTGAATCATCCTTTGCCGCTTGTCCAATCATTCCTGCGATAAAACCCGCAGCTGTCCGAGGAACTAAAGCAATAAGAATGTTTCGGAATAAAAGCATGCTGACAATGTCACCGGGCTGTGTATATGCAACAAACATGCTCAATAAGCCCCAAAATAAACCAATTGATGCTCCAAAACCTGGTCCCATTAAACATCCGGCCAATGCAACTGTTAAAGGAATAGTTGTAATAGAGGGTAATCCTGGCAAAATCCGGATGTAGCCAATATAAGGGACAAAGGTCTGAACTAAAATAATTGCAACAAAAATAGCACTGATGGCAATTCTAAAAGTCTTCTTACTAATCATAGTCTTTCCTACTTTATTAATTTATAACTTTAACAAAAAAGGAAGCCGCAATTTGCGACTTCCTTTTCTTAGTGGTGCGGGCGAGAAGACTCGAACTTCCACGATCTAAAAGCGATCACAAGATCCTTAGTCTTGCGCGTCTGCCATTCCGCCACGCCCGCGGTACTTAAATAATATACCAGATAATTTTTCTTTTAGCAAATGAAAATTCAAATTTTTTATTTATTTTTTCTGATTAATGTTAATCTTCCGCCGCATTTGCCACATCTATATTTTTTTGTATTTACTTTACGAACGCGAGGATACTGAAAATGACAATTTTTACATTCATAAATATAATTTCGATTTTGTCGACGTCGTAAACCAATATCAGGCGTATAACGACTACCTCCAACAGCAGCAAGCAAATTCTTAAAATCACGATTACGATGCTGATAACCGCGACCCGCTAAATGTAAGTGATAATGCGTTAACTCATGCTTAATTATTCCAACTAAAGCTGCATAATATTTTTTATCTAAAAAATGACCGTTAATATCAATATGATGATCCTTTAAAAAGTATCTTCCGCCCGTCGTTGTCATTCGATTATTAATTTTAACCTCATGTTTAAACGGAATATGAAAATACTGTAAAGAAATTTCTTCTACTAAATTTTGTAACTCTGCTTGATTCATTATTTTCGTATTAATTTTTGATATATTCCAGCTTGTTTTGGAGAAGATATCCTTCTCTTTAAATCAGTCACAATTCTTTGCTTCAAAGACTGCTTTCCATCTATCCATGTTCCAGTAAATAAGTGAATAGAATATGAATTCTTGCTTGGATTACACAAAAATCCATCCGGATAAACGTGGAGACCATCTTTTAATATTTGTTCTCTATTGCCTATTTTTAGACCGTAATTTTCTTTTAAAATATCAGTTACTGAAATACTATTCACACCTGCCATTTGATCATTCTTATCAAAAGTAAAATCTCGATTATTGTAATAATTAAGAATATCCTTCATAAAAGGATGATTCATTTCAGCGCCAAAAATAGCTGCTGACAAGTAATCATTGTTTTCAAAACCAATAAATGCACGATTATTTAAAAGTGGATCTAATTTCTTAAGGACTCTAACGTCTGTATCTAAGTAAATGCCACCTTGCTCATAAATCACACGGGCTCTAATATAGTCAGAAACAAATGCCCACTTTTTGGCCTCATAGGCTTGTTCAATATACTTATTTTCATGTACGTTGAAATTATTTTCATTCCATTCAACAATTTCATAGTCTGGCAATTTATTTTTCCAGGTGGCAATGCATTCTTCAATTAAAGATGATTTAGGGTTATTTCCTACCCAAATATAATGGATTTTTTTAGGAATCATTTTTGTCTTTTAATCTTTCCGCTGATTGTAAAATTAAATTGAACACTTGATAAAAAATAAAAAGTCCATTCGGACCTGTTTGATAGAATGTTAATAACCACAAAAACTTTCTATTGGAGGTCAAAATGGACTCTTTACATTCTACCATGAACCAGCACGTTAAAGGCAAGCATTTATCATTTGAAGAGCGAGTTATTATTCAATTGCGTTTGAAAGATGGCTATTCTTTGCGTGCAATTGCCCGTGAACTTAACTGTTCTCCTTCTACTATCAGCTATGAGGTTAAGCGTGGCACTGTAAAACTGTATCATGGTAAAGTCAAAAAATATAAGGCTACTCAAGGGCATGATGCATATAAAGCTCATCGTAAAAATTGTGGGCGCAAATCAGACTTTCTCAGGAAAGCTCAATTCATGCGCTATGTCCACAAGCATTTTTTTAAAGATGGCTGGTCGCTTGATGTGTGCAGTAATCGTGCTACTGCTGTTGGCGAATTCGCTAGCAGCGATGTTGTCTGCACCAAAACTCTTTATAATTACGTTGATCAAGGCTTATTAGGAATTTATAATTACGACTTGCCAGAGAAGCTTAAACGCAATACTAAGCTTCATCGTATTCGCAAAAATAAGAAAAAACTTGGCAGAAGCATTGAAGAACGTCCTAAAGAGATCAATAAACGTAATGAATTCGGTCATTGGGAATGCGATTTAGTTCTCGGACATAAGAGCAAAGATGATGAGGTACTGCTAACCTTATCTGAGCGTATGAGTCGTGAGTTTTTAATTCTTCGTATTCCTGACAAGACTTCTGTCAGTGTCATGCAGGCCTTTAAAGAACTCCAAAGGCAATACAGCGAACATTGGAATGATATTTTTAAAACCATTACCACTGATAATGGCTCAGAGTTTGCAGATCTTTCCAACCTAGAAAAAGTATCCAATACACTGGTTTACTATGCCCATCCTTACACTTCTTGTGATAAGGGAACAGTTGAAAGACACAATGGTCTTATTCGCAGATTCATTCCTAAGGGAGAAGCAATAGCTAACTATTCTTTACAAGACATCATTAATATTGAAACCTGGTGCAATTCTTTGCCAAGAAAGATACTGGCCTATCATACACCAGATGAAATCTTTGAAAGAGAATTAGATCTAATCTATCAAGCAGCTTAA

Protein sequences of DBSCAN-SWA_5

>NC_005362|1603588:1611776|1603588_1605595_-|WP_011162396.1|DBSCAN-SWA
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MSEETILAGLNPQQKKAVQCTEGPLLVVAGAGSGKTSVLTRRIAYLIEEKGVAPWNVLAITFTNKAASEMKERVQKLLGPAADSVWMSTFHALCVRILRRDAKKIGYSNNFSIADSAEQLTLIKRIEKDLNINPKMYDPKAILGAISNGKNDLLTPKDFKEQAASPFEKVTAQVYSEYQHRLKRDQIMDFDDLIMQTLVLFKKDKETLHYYQNKFRYILVDEYQDTNEAQYQLCVALAAQYKNICVVGDADQSIYGWRGANMENILNFEHDYQDDEVTTIKLEQNYRSTGHILDAANSVIKNNLKRKPKKLWTDKGAGDKINYYRAQSGNDEALFIISKIKEEIKKHQRDYKDFAVLYRTNAQSRNVEEALVKANIPYRIVGGHKFYDRKEIKDILAYLKVVANPADSMSFNRIINVPKRGLGPTTMAKFNGFANDNDFTVEETFKNLSLAPITGRPARTLATFGTALKDAIEYSKTHGVTGLTEKILADFGYKEALENEHTIEADTRLENLNEFLTVTKRFDDNYEPEDEDSTALGDFISEISLLSDQDDLENQDNQVALMTLHAAKGLEFPVVFLVGMEEGLFPLSRAVEDPSELEEERRLAYVGITRAEKKLYITNAFSRMMYGRPQRNQPSRFIDEIEDKDLEFVNPMPSNSVISVPFAINRKKQANSHVYPPKMTIEEAKKATGAVGAEKKSWNVGDQVTHKAWGKGVVVKVNGTGEDMELDIAFASQGVKRLLAAFAPIKKI
>NC_005362|1603588:1611776|1609441_1609900_-|WP_011162400.1|DBSCAN-SWA
MNQAELQNLVEEISLQYFHIPFKHEVKINNRMTTTGGRYFLKDHHIDINGHFLDKKYYAALVGIIKHELTHYHLHLAGRGYQHRNRDFKNLLAAVGGSRYTPDIGLRRRQNRNYIYECKNCHFQYPRVRKVNTKKYRCGKCGGRLTLIRKNK
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MDSLHSTMNQHVKGKHLSFEERVIIQLRLKDGYSLRAIARELNCSPSTISYEVKRGTVKLYHGKVKKYKATQGHDAYKAHRKNCGRKSDFLRKAQFMRYVHKHFFKDGWSLDVCSNRATAVGEFASSDVVCTKTLYNYVDQGLLGIYNYDLPEKLKRNTKLHRIRKNKKKLGRSIEERPKEINKRNEFGHWECDLVLGHKSKDDEVLLTLSERMSREFLILRIPDKTSVSVMQAFKELQRQYSEHWNDIFKTITTDNGSEFADLSNLEKVSNTLVYYAHPYTSCDKGTVERHNGLIRRFIPKGEAIANYSLQDIINIETWCNSLPRKILAYHTPDEIFERELDLIYQAA
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MIPKKIHYIWVGNNPKSSLIEECIATWKNKLPDYEIVEWNENNFNVHENKYIEQAYEAKKWAFVSDYIRARVIYEQGGIYLDTDVRVLKKLDPLLNNRAFIGFENNDYLSAAIFGAEMNHPFMKDILNYYNNRDFTFDKNDQMAGVNSISVTDILKENYGLKIGNREQILKDGLHVYPDGFLCNPSKNSYSIHLFTGTWIDGKQSLKQRIVTDLKRRISSPKQAGIYQKLIRK
>NC_005362|1603588:1611776|1607977_1608604_-|WP_011162398.1|DBSCAN-SWA
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Homologous phage analysis in the prophage region

Protein_ID	Protein_Def	Hit_ID	Hit_Def	E-value	Identity
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WP_011162397.1|1605633_1607880_-	DNA helicase PcrA	A7KV33	Bacillus_phage	4.6e-136	43.1
WP_011162398.1|1607977_1608604_-	glycoside hydrolase family 73 protein	S5M633	Brevibacillus_phage	1.4e-26	44.7
WP_011162399.1|1608605_1609223_-	ECF transporter S component	NA	NA	NA	NA
WP_011162400.1|1609441_1609900_-	SprT family protein	A0A249XZQ4	Enterococcus_phage	2.0e-06	38.4
WP_011162401.1|1609899_1610601_-	glycosyl transferase	A0A2K9L2U7	Tupanvirus	1.9e-08	25.3
WP_011161461.1|1610726_1611776_+|transposase	IS30-like element ISLjo1 family transposase	H7BWC8	unidentified_phage	9.2e-47	35.1