bac_id	bac_def	spacer_id	hit_contig_id	hit_contig_def	identity	alignment_length	mismatch	gapopen	query_start	query_end	hit_start	hit_end	crispr_array_of_hit_genome	evalue	bitscore	coverage	spacer_sequence	hit_contig_region	hit_contig_sequence	hmm_mismatch
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	1.1|188413|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	100.00	33	0	0	1	33	1426554	1426586	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-09	53.9	1.0	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	1426554-1426586	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	0
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	1.1|188413|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.94	33	2	0	1	33	849335	849303	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-07	47.5	1.0	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	849303-849335	ATTGGAAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	1.1|188413|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.94	33	2	0	1	33	849394	849362	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-07	47.5	1.0	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	849362-849394	ATTGGAAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	1.1|188413|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.94	33	2	0	1	33	1514934	1514902	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-07	47.5	1.0	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	1514902-1514934	ATTGGGAATACAATTTCTCTTTGTTGGGGTCCA	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	3.1|843769|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	100.00	31	0	0	1	31	311613	311583	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	8e-09	50.7	1.0	CTGTGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGCC	311583-311613	GGCAATGCAAGTTGGCGGGGCCCCAACACAG	0
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	3.1|843769|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	311558	311528	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CTGTGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGCC	311528-311558	GGTAATGCAAGTTGGCGGGGCCCCAACACAG	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	3.1|843769|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	1730878	1730908	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CTGTGTTGGGGCCCCGCCAACTTGCATTGCC	1730878-1730908	CTGTGTTGGGGCCCCGCCAACTTCCATTGCC	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	4.1|907253|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	97.06	34	1	0	1	34	1426586	1426553	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	4e-09	52.3	1.0	ATTGAGAATCCAATTTCTCTTTGTTGGGGCCCAT	1426553-1426586	ATGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	5.1|1696422|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.97	33	1	0	1	33	849303	849335	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-08	50.7	1.0	ATTGGGAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	849303-849335	ATTGGAAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	5.1|1696422|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.97	33	1	0	1	33	849362	849394	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-08	50.7	1.0	ATTGGGAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	849362-849394	ATTGGAAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	5.1|1696422|33|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.97	33	1	0	1	33	1426586	1426554	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	1e-08	50.7	1.0	ATTGGGAATCCAATTTCTCTGTGTTGGGGCCCA	1426554-1426586	TGGGCCCCAACAAAGAGAAATTGGATTCCCAAT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	6.1|2132693|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	100.00	34	0	0	1	34	843744	843777	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	5e-10	55.5	1.0	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	843744-843777	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	0
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	6.1|2132693|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	100.00	34	0	0	1	34	1214846	1214813	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	5e-10	55.5	1.0	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	1214813-1214846	CCAACACAGAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAA	0
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	6.1|2132693|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	97.06	34	1	0	1	34	1824665	1824632	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	4e-09	52.3	1.0	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	1824632-1824665	CCAACACAAAGAATTTCGAAAAGAAATTCTACAA	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	6.1|2132693|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	94.12	34	2	0	1	34	1430927	1430960	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	4e-08	49.1	1.0	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	1430927-1430960	TTGTGGAATTTCTTATCGAAATTCTCTGTGTTGG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	6.1|2132693|34|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	94.12	34	2	0	1	34	2839458	2839491	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	4e-08	49.1	1.0	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTCTGTGTTGG	2839458-2839491	TTGTAGAATTTCTTTTCGAAATTCTTTTTGTTGG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	856547	856577	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	856547-856577	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGTCAGCT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	856603	856633	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	856603-856633	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGTCAGCT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	856659	856689	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	856659-856689	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGTCAGCT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	96.77	31	1	0	1	31	856715	856745	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	7e-08	47.5	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	856715-856745	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGTCAGCT	1
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	89901	89931	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	89901-89931	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	387946	387916	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	387916-387946	AGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	677474	677444	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	677444-677474	AGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	856771	856801	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	856771-856801	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	907565	907595	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	907565-907595	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	1117822	1117852	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	1117822-1117852	CACATTATTGTAAGCTGACTTTTCGTCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	1220444	1220414	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	1220414-1220444	AGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	1426542	1426512	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	1426512-1426542	AGCTGACGAAAAGTCAGCTTACAATAATGTG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	1514946	1514976	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	1514946-1514976	CACATTATTGTAAGCTGACTTTTCGTCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	1711090	1711060	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	1711060-1711090	AGCTGGCGGAAAGTCAGCTTACAATAATGTG	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	2029933	2029963	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	2029933-2029963	CACATTATTGTAAGCTGACTTTTCGTCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	2386790	2386820	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	2386790-2386820	CACATTATTGTAAGCTGACTTTTCGTCAGCT	2
NC_009782	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	10.1|2397591|31|NC_009782|CRISPRCasFinder	NC_009782.1	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3, complete genome	93.55	31	2	0	1	31	2563824	2563854	188387-188471|428173-428274|843745-843823|907229-907310|1696396-1696480|2132669-2132750|2148325-2148413|2277486-2277566|2289807-2289892|2397566-2397646	6e-07	44.4	1.0	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCTGTCAGCT	2563824-2563854	CACATTATTGTAAGCTGACTTTCCGCCAGCT	2
